单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 40869 篇文献，本页显示第 2001 - 2020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2001 | 2026-06-06 |
Unveiling the molecular mechanisms of burn injury through integrated single-cell and bulk transcriptomic analysis
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0341725
PMID:41592030
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组分析揭示烧伤的分子机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统解析烧伤微环境的细胞图谱，并结合机器学习方法鉴定关键标记基因 | 样本量有限且缺乏实验验证 | 探究烧伤损伤的免疫学微环境及其分子机制 | 烧伤微环境中的细胞亚群，特别是巨噬细胞和其他免疫细胞 | 机器学习, 数字病理学 | 烧伤 | 单细胞RNA测序, LASSO回归, 随机森林 | UMAP | 基因表达数据 | 9248个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2002 | 2026-06-06 |
Exploring key genes related to air pollutants in polycystic ovary syndrome: A comprehensive analysis from transcriptome and single-cell analysis combined with network toxicology
2026-Jan-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119623
PMID:41601053
|
研究论文 | 结合转录组和单细胞分析以及网络毒理学，探索空气污染物与多囊卵巢综合征相关的关键基因 | 首次整合批量RNA-seq、单细胞RNA-seq数据与空气污染物相关分子靶点，采用差异表达、机器学习、功能富集和分子对接分析，鉴定了ESR2、FAAH和MAOB三个关键基因，并揭示其与污染物诱导内分泌紊乱的关联 | NA | 探讨空气污染物与多囊卵巢综合征的关联机制并识别潜在的分子生物标志物 | 多囊卵巢综合征患者与健康对照的转录组和单细胞数据 | 机器学习 | 多囊卵巢综合征 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2003 | 2026-06-06 |
SpaConTDS: A multimodal contrastive learning framework for identifying spatial domains by applying tuple disturbing strategy
2026-Jan, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013893
PMID:41610146
|
research paper | 提出了一种名为SpaConTDS的多模态对比学习框架，通过应用元组扰动策略来识别空间域 | 将强化学习与自监督多模态对比学习相结合，通过数据增强和伪标签元组扰动策略生成正负样本，动态优化模型超参数，无需先验对齐即可整合多个组织切片并校正批次效应 | 未在摘要中明确提及 | 准确识别空间域，探索细胞结构和功能 | 多模态空间转录组学数据 | machine learning | NA | 空间转录组学 | 多模态对比学习框架 | 空间转录组学数据 | NA | NA | spatial transcriptomics | NA | NA |
| 2004 | 2026-06-06 |
PIK3R1 as a Gastric Cancer Biomarker Linked to CD73 + Treg-Mediated Immunosuppression
2026, Oncology research
IF:2.0Q3
DOI:10.32604/or.2025.069453
PMID:41613810
|
research paper | 研究PIK3R1作为胃癌生物标志物与CD73+Treg介导的免疫抑制作用的关系 | 首次建立整合PIK3R1和CD73表达与临床参数的预后模型，用于胃癌患者风险分层 | NA | 探究PIK3R1在胃癌中的预后意义及其与肿瘤免疫微环境的关联 | 胃癌患者（包括TCGA和中山大学肿瘤防治中心队列） | machine learning | 胃癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 免疫组化图像 | TCGA和SYSUCC两个队列的胃癌患者样本 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | TCGA数据集使用Illumina平台进行RNA测序 |
| 2005 | 2026-06-06 |
Associations Between Immune Senescence and Immune Reconstitution Among People Living With HIV Undergoing Antiretroviral Therapy
2026, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/jimr/8683624
PMID:42227661
|
研究论文 | 本研究探讨了免疫衰老与HIV感染者接受抗逆转录病毒治疗后免疫重建失败之间的关联 | 首次利用公共单细胞RNA测序数据中SenMayo基因集评分，结合前瞻性队列研究，系统评估了基线免疫衰老特征对ART治疗后免疫重建失败的影响 | 未明确提及，但可能包括样本量有限、观察周期仅为48周、未深入机制验证等 | 探究ART治疗前免疫衰老特征在免疫重建失败中的作用 | 510名开始ART治疗的HIV感染者 | 免疫学 | 艾滋病 | 单细胞RNA测序、免疫表型分析、细胞因子检测、细胞衰老标志物评估 | 逻辑回归 | 基因表达数据、免疫表型数据、细胞因子数据 | 510名HIV感染者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 来源于公共数据库的CD4+ T细胞单细胞RNA测序数据 |
| 2006 | 2026-06-06 |
Immune Cell Infiltration and Kynurenine Pathway Activation Define Early Injury and Progression in Diabetic Nephropathy
2026, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.122164
PMID:41608614
|
研究论文 | 整合单细胞RNA测序、体内糖尿病模型和2型糖尿病患者临床样本，研究糖尿病肾病不同阶段免疫炎症动态变化 | 首次揭示CCL4⁺髓源性抑制细胞在早期糖尿病肾病中的主导浸润作用，发现MALAT1维持其功能，并阐明犬尿氨酸途径代谢物与MDSC诱导和不良肾结局的关联 | 未提供明显局限性信息 | 阐明糖尿病肾病进展过程中的免疫炎症动态变化及关键分子机制 | 糖尿病肾病小鼠模型和2型糖尿病患者 | 机器学习 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 多个小鼠模型和2型糖尿病患者临床样本（具体数量未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 2007 | 2026-06-06 |
Integrating network toxicology, machine learning, and single-cell sequencing to reveal the FASN-mediated role of phenolic endocrine disruptors in water in promoting prostate cancer
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0350638
PMID:42228706
|
研究论文 | 整合网络毒理学、机器学习和单细胞测序揭示水中酚类内分泌干扰物通过FASN促进前列腺癌的作用 | 首次利用网络毒理学、机器学习和单细胞测序多维框架，系统揭示酚类内分泌干扰物（NP/OP）通过FASN基因促进前列腺癌的潜在分子机制 | 研究基于计算分析和已有数据集，缺乏实验验证；FASN作为分子枢纽的因果关系仍需进一步实验确认 | 探究水中酚类内分泌干扰物（NP/OP）促进前列腺癌的分子机制 | 前列腺癌相关基因和酚类内分泌干扰物靶点 | 机器学习, 生物信息学, 网络毒理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟 | ANN, LASSO, SVM-RFE, GSVA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | GSE46602数据集（36个肿瘤样本 vs 14个良性样本），GSE137829数据集（6个前列腺癌样本） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2008 | 2026-06-06 |
The Research Progress of Tumor-Associated Macrophages in Prostate Cancer
2026, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/jimr/6287638
PMID:42244152
|
综述 | 文章综述了肿瘤相关巨噬细胞在前列腺癌中的研究进展，包括其促进肿瘤进展和免疫治疗耐药的机制，以及靶向TAMs的精准治疗策略 | 基于单细胞RNA测序细化了TAMs的经典M1/M2分型，提出增殖性TAM和免疫调节性TAM等新亚型，并探讨了巨噬细胞胞外陷阱在转移中的作用 | 靶向治疗面临肿瘤微环境复杂性、TAM异质性、药物生产和递送障碍以及毒性管理等挑战 | 基于患者肿瘤内TAM亚群的组成、功能状态和信号依赖性开发个性化靶向策略，实现从“一刀切”方法向精准医学的转变 | 肿瘤相关巨噬细胞 | 机器学习教育 | 前列腺癌 | NA | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2009 | 2026-06-06 |
Multisystem regulation of reward and addiction: beyond the dopaminergic system
2026, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2026.1840096
PMID:42244883
|
综述 | 综述了奖赏与成瘾的多系统调控机制，超越了多巴胺能系统的单一视角 | 提出奖赏和厌恶应在一个统一的价处理框架下理解，并鉴定出下丘脑被盖核（SVTg）作为新的脑干节点，整合多系统信号 | 未提供具体实验数据，主要基于现有文献的综合分析 | 阐述奖赏和成瘾的多系统、网络基础模型，强调超越多巴胺能系统的调控机制 | 奖赏与成瘾相关神经环路及分子机制 | 机器学习 | 成瘾 | 单细胞转录组学、实时神经影像学、计算精神病学、药物基因组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2010 | 2026-06-06 |
Epigenetic subtypes of high-grade T1 bladder cancer reveal intra-tumor heterogeneity and distinct interactions with tumor microenvironment
2026, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.129729
PMID:42244999
|
研究论文 | 该研究通过整合染色质图谱、单核RNA-seq、免疫组化和空间转录组学，定义了高级别T1期膀胱癌的表观遗传亚型，揭示了肿瘤内异质性及其与肿瘤微环境的相互作用 | 首次通过整合多种技术定义了高级别T1期膀胱癌的表观遗传亚型，并揭示了其与微环境的特异性相互作用及空间分布特征 | 研究中未提及明显的局限性信息 | 定义高级别T1期膀胱癌的表观遗传亚型，表征异质性，并探索肿瘤-微环境相互作用 | 高级别T1期膀胱癌患者肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 批量染色质分析、单核RNA测序、免疫组化、空间转录组学 | NA | 图像、文本 | 未明确说明具体样本数量，但涉及高级别T1期膀胱癌患者 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 2011 | 2026-06-06 |
Scalable differentiation of human cardiac organoids from iPSCs generates cardiac tissues for cardiac cell therapy
2026, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.127654
PMID:42245001
|
研究论文 | 本研究提出了一种可扩展的方法，从iPSC分化出心脏类器官，用于心脏细胞治疗，并在猪心肌梗死模型中验证了其移植效果 | 首次在20天内从iPSC分化出含有心肌细胞、心脏成纤维细胞和内皮细胞的成熟心脏类器官，并验证了生物反应器辅助放大策略和猪体内移植可行性 | 仅使用了少量类器官（3500个），且随访时间较短（8-30天），长期效果和安全性需进一步评估 | 开发可扩展的心脏类器官分化技术，用于改善心肌梗死细胞治疗的细胞植入效果 | 人诱导多能干细胞（iPSC）衍生的心脏类器官 | 数字病理学 | 心血管疾病 | NA | NA | 图像 | 3500个心脏类器官，移植到猪心肌梗死模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2012 | 2026-06-06 |
Toll-Like Receptors in Diabetes: Immunometabolic Mechanisms and Emerging Precision Therapeutic Strategies
2026, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S606875
PMID:42245151
|
综述 | 综述Toll样受体在糖尿病中的免疫代谢机制及新兴精准治疗策略 | 提出“特洛伊木马”途径——肠道来源外泌体将炎症配体隐蔽运输至β细胞内体，绕过传统表面受体监控，并利用单细胞转录组学和孟德尔随机化揭示β细胞免疫反应细胞异质性和因果遗传联系 | 未提及具体限制 | 综合梳理Toll样受体在糖尿病中的免疫代谢整合角色，并为精准医学提出框架 | Toll样受体及其在糖尿病中的作用机制 | 机器学习 | 糖尿病 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2013 | 2026-06-06 |
Integrated clinical and multi-omics analysis links composite inflammatory indices to macrophage-associated molecular programs in aortic dissection
2026, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2026.1840880
PMID:42245402
|
研究论文 | 通过临床数据与多组学分析，探索复合炎症指数与主动脉夹层中巨噬细胞相关分子程序之间的联系 | 首次将常规血液检测衍生的复合炎症指数与单细胞RNA测序、批量转录组数据整合分析，揭示炎症指数与巨噬细胞转录重编程的关联 | 样本量相对有限，炎症指数与分子机制的因果关系尚未完全验证 | 评估复合炎症指数在主动脉夹层疾病评估中的作用，并揭示其与分子机制的整合关系 | 主动脉夹层患者和对照组参与者 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 逻辑回归, LASSO, 随机森林, SVM-RFE, 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据, 临床数据 | 288名参与者（144名主动脉夹层患者和144名对照组） | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2014 | 2026-06-06 |
Graph Topology Reframes the Coherence of Cell-State Manifold Inference under Heterogeneous Single-Cell Observations
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0087
PMID:42245398
|
研究论文 | 该论文讨论了在异质性单细胞观测数据下，图拓扑结构如何重构细胞状态流形推断的一致性 | 提出拓扑稳定性描述符用于评估低维流形骨架的可靠性，识别异质性观测带来的系统性扭曲 | 主要基于模拟数据验证，未在多种真实数据集上充分验证拓扑描述符的普适性 | 研究单细胞观测异质性对基于流形的推断（如图抽象）的影响，并提出解决系统性扭曲的方法 | 异质性单细胞RNA测序数据中的浅层观测细胞与深层观测细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 一个经验性单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2015 | 2026-06-06 |
NAMPT orchestrates fibroblast cuproptosis and immune crosstalk during IPF progression
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1726692
PMID:42245670
|
研究论文 | 通过转录组分析揭示NAMPT在特发性肺纤维化（IPF）中调控成纤维细胞铜死亡和免疫互作的关键作用 | 首次将铜死亡机制与IPF病程进展关联，并发现NAMPT作为枢纽基因在调控成纤维细胞铜死亡和免疫微环境重塑中的双重功能 | 研究主要基于转录组数据分析，缺乏体内实验或功能验证机制的直接证据 | 探索NAMPT在IPF中调控成纤维细胞铜死亡及免疫互作的分子机制和潜在治疗靶点 | IPF患者和健康对照的肺组织样本 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | IPF患者和健康对照样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2016 | 2026-06-06 |
The translational paradox of AI in hepatocellular carcinoma: from algorithmic over-engineering to real-world clinical utility
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1848190
PMID:42245726
|
综述 | 批判性评述人工智能在肝细胞癌中从算法过度工程化到临床实际应用的转化悖论 | 揭示自监督视觉基础模型、无监督域适应与AI协同空间转录组学等先进算法在真实世界多扫描仪队列中未经验证的转化困境，并挑战多模态叙事范式，证明算法复杂度不等同于临床效用 | 该综述基于近期文献批判性分析，但未提供原始实验数据或具体队列验证结果 | 评估肝细胞癌中人工智能方法从静态模式识别到机制驱动诊断的演变及其临床转化障碍 | 肝细胞癌的人工智能诊断方法（包括视觉基础模型、虚拟分子分析、空间转录组学、大语言模型与概念瓶颈模型） | 机器学习 | 肝细胞癌 | NA | 自监督视觉基础模型、大语言模型、概念瓶颈模型 | 图像、文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2017 | 2026-06-06 |
Comprehensive analysis of m6A RNA methylation regulators and the immune microenvironment in spinal cord injury
2026, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2026.1759661
PMID:42246043
|
研究论文 | 综合分析脊髓损伤中m6A RNA甲基化调控因子与免疫微环境的关系 | 首次系统性地结合多种机器学习算法、单细胞RNA测序和体内实验，识别并验证了FTO和YTHDC1作为脊髓损伤关键调控因子的作用，并探讨其与免疫微环境的关系 | 研究依赖于公共数据集，样本量有限，且未进行功能验证实验以确认FTO和YTHDC1在脊髓损伤中的直接作用机制 | 探索m6A RNA甲基化调控因子在脊髓损伤发病机制中的作用，并识别潜在生物标志物和治疗靶点 | 脊髓损伤组织和细胞（包括人源转录组数据和大鼠模型） | 数字病理学 | 脊髓损伤 | RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR, 免疫荧光染色 | 机器学习算法, ssGSEA, NetworkAnalyst | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 来自GEO数据库的多个脊髓损伤转录组数据集，以及大鼠脊髓损伤模型组织样本 | NA | scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2018 | 2026-06-06 |
Revealing the Best Strategies for Rare Cell Type Detection in Multi-Sample Single-Cell Datasets
2025-Dec-29, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17010031
PMID:41595450
|
研究论文 | 系统评估多样本单细胞数据中稀有细胞类型检测的最佳分析策略 | 首次在多样本场景下系统比较不同检测策略（单样本、合并样本、批次校正合并样本）和多种工具的性能，并基于批次校正的合并检测策略取得最优效果 | 研究仅提供策略层面的比较，未深入探讨各方法在不同技术平台或更大规模数据集上的适用性 | 评估多样本单细胞RNA测序数据中稀有细胞检测方法的性能，确定最有效的分析策略 | 五款稀有细胞检测工具（CellSIUS、GapClust、GiniClust、scCAD、SCISSORS）以及基于scGPT和Isolation Forest的稀有细胞检测方法 | 自然语言处理、机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Isolation Forest, scGPT | 基因表达数据 | 多个公开可用的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2019 | 2026-06-06 |
scSelector: A Flexible Single-Cell Data Analysis Assistant for Biomedical Researchers
2025-Dec-19, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17010002
PMID:41595423
|
research paper | 开发了一个交互式软件工具包scSelector，允许生物医学研究者基于专业知识灵活选择和分析单细胞数据中的细胞群 | 整合了套索选择工具与大型语言模型（DeepSeek/Gemini）辅助的细胞类型预测，突破了传统聚类依赖方法的刚性限制 | 可能依赖API稳定性，且不同数据集的生物学知识指导可能需要人工调整 | 为生物医学研究者提供灵活的单细胞数据分析工具，提高细胞亚群识别和功能异质性解析的精度 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群，包括稀有细胞亚群和标准质控中丢弃的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 大型语言模型 | 大型语言模型 | 单细胞表达数据 | 多个公共数据集，具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2020 | 2026-06-06 |
Emerging technologies and current challenges in intratumoral microbiota research
2025, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2025.1685862
PMID:41552720
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综述 | 系统总结瘤内微生物研究中的新兴技术与当前挑战，涵盖检测方法、功能解析及临床转化 | 整合单细胞RNA测序、空间转录组学、类器官共培养及人工智能等多技术手段，提出从描述性分析向机制研究和临床转化跨越的路径 | 瘤内微生物低生物量导致检测易受环境污染，分析流程标准化不足，跨研究比较困难 | 阐述瘤内微生物研究的技术进展和挑战，推动精准肿瘤学中微生物导向策略的发展 | 肿瘤微环境中的瘤内微生物 | 机器学习 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 优化厌氧培养, 基因组解析分析, 酶水平分析, 类器官共培养 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |