单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2001	2025-03-25	Endothelial-like cancer-associated fibroblasts facilitate pancreatic cancer metastasis via vasculogenic mimicry and paracrine signalling 2025-Mar-23, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333638 PMID:40122596	research paper	该研究识别了一种新型的前肿瘤性癌症相关成纤维细胞(CAF)亚型，该亚型通过血管生成拟态和旁分泌信号促进胰腺癌转移	发现FAPα+CD144+内皮样CAFs(endoCAFs)并通过CD144-β-catenin-STAT3信号轴阐明其促进转移的机制，开发了靶向siRNA递送纳米系统	未明确说明样本量大小，且机制研究主要在动物模型中进行	鉴定胰腺导管腺癌(PDAC)中具有血管生成拟态功能的新型CAF亚型并探索其促转移机制	胰腺导管腺癌(PDAC)微环境中的FAPα+CD144+内皮样CAFs	肿瘤微环境	胰腺癌	单细胞RNA测序、mIHC、细胞因子阵列分析、RNA测序、IP-质谱、ChIP和荧光素酶分析	KPC小鼠模型(LSL-KrasG12D/+, LSL-Trp53R172H/+和Pdx1-Cre)	基因表达数据、蛋白质数据	NA
2002	2025-03-25	Mapping molecular landscapes in triple-negative breast cancer: insights from spatial transcriptomics 2025-Mar-22, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04057-3 PMID:40119898	review	本文综述了空间转录组学在三阴性乳腺癌肿瘤微环境研究中的应用及其在精准医学中的潜力	利用空间转录组学技术揭示三阴性乳腺癌的肿瘤微环境异质性，识别空间生物标志物，并预测免疫治疗反应	需要进一步发展空间转录组学技术、计算工具和多中心合作以促进其临床应用	探讨空间转录组学在三阴性乳腺癌研究中的应用及其对精准医学的贡献	三阴性乳腺癌的肿瘤微环境	digital pathology	breast cancer	spatial transcriptomics	AI-based spatial analysis	transcriptomic data	NA
2003	2025-03-25	Constructing a disease-specific ceRNA coregulatory network for keratoconus diagnosis and landscape of the immune environment 2025-Mar-22, International ophthalmology IF:1.4Q3 DOI:10.1007/s10792-025-03488-4 PMID:40119981	研究论文	本研究通过构建圆锥角膜（KC）特异的ceRNA共调控网络和免疫环境图谱，旨在发现早期诊断的生物标志物并揭示其分子机制	首次构建KC特异的PPI和ceRNA网络，开发了基于ElasticNet算法的诊断模型，并揭示了KC患者独特的免疫微环境特征	研究基于公共数据库的转录组数据，需要进一步实验验证	确定圆锥角膜的潜在疾病特异性基因生物标志物并解析其免疫环境	圆锥角膜患者与对照组的转录组数据	生物信息学	圆锥角膜	转录组分析，单细胞测序分析	ElasticNet算法	RNA-seq数据	来自GEO和ArrayExpress数据库的圆锥角膜患者与对照组样本
2004	2025-03-25	Immunosuppressive JAG2+ tumor-associated neutrophils hamper PD-1 blockade response in ovarian cancer by mediating the differentiation of effector regulatory T cells 2025-Mar-22, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70021 PMID:40120139	research paper	该研究揭示了JAG2+肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）中通过介导效应调节性T细胞（eTregs）的分化来阻碍PD-1阻断反应的机制	首次阐明了JAG2+ TANs通过Notch信号通路促进eTregs分化，从而导致免疫逃避和抗PD-1治疗抵抗的具体机制	研究主要基于HGSOC样本，其他类型卵巢癌或实体瘤的适用性需要进一步验证	阐明JAG2+ TANs在HGSOC肿瘤免疫抑制微环境中的作用机制	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者样本和肿瘤相关中性粒细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	多重免疫组化、流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外共培养系统、肿瘤移植小鼠模型	患者来源肿瘤类器官（PDTOs）模型和异种移植模型	临床样本数据、单细胞转录组数据、流式细胞数据	304例HGSOC样本（274例构成两个独立队列，30例用于建立PDTOs）
2005	2025-03-25	AMPK-dependent Parkin activation suppresses macrophage antigen presentation to promote tumor progression 2025-Mar-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn8402 PMID:40117357	research paper	该研究揭示了Parkin通过AMPK依赖性激活抑制巨噬细胞抗原呈递，从而促进肿瘤进展的机制	发现了Parkin在肿瘤免疫微环境中调控巨噬细胞与T细胞相互作用的新机制，并证明Parkin缺失可增强免疫检查点阻断治疗效果	研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证仍需进一步研究	探究Parkin在肿瘤免疫微环境中的调控作用及其机制	小鼠模型和人类固体肿瘤患者样本	肿瘤免疫学	固体肿瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、流式细胞数据	未明确说明具体样本数量，涉及基因工程小鼠和人类患者数据
2006	2025-03-25	Influence of experimental variables on spheroid attributes 2025-Mar-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92037-1 PMID:40118968	research paper	本文通过分析32,000个球体图像，系统性地研究了影响3D细胞培养模型可靠性的关键参数	大规模分析揭示了氧气水平、培养基成分和血清浓度对球体特性的显著影响，并整合了单细胞RNA测序和自动图像分析技术	研究未涉及所有可能的实验变量，且结果可能受特定细胞类型或培养条件限制	提高3D细胞培养模型的可靠性和可重复性，以促进其在药物测试、个性化医疗和肿瘤生物学中的应用	三维(3D)细胞培养系统中的球体	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序, 自动图像分析	NA	图像, 基因表达数据	32,000个球体图像
2007	2025-03-25	DNA methylation changes during acute COVID-19 are associated with long-term transcriptional dysregulation in patients' airway epithelial cells 2025-Mar-21, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00215-5 PMID:40119174	研究论文	本研究通过DNA甲基化和单细胞RNA测序技术，探讨了COVID-19患者急性期DNA甲基化变化与长期转录调控异常的关系	首次揭示了COVID-19急性期DNA甲基化变化与长期呼吸道基因表达失调的关联，特别是纤毛功能相关基因的持续抑制	样本量相对较小(n=19患者)，长期随访样本更少(n=5)	阐明SARS-CoV-2感染后持续健康影响的分子机制	COVID-19患者和对照组的鼻上皮细胞	表观遗传学	COVID-19	酶促DNA甲基化测序，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组甲基化数据，单细胞转录组数据	急性期：19例患者(14例scRNA-seq)和14例对照(10例scRNA-seq)；随访期：3个月(n=7)和12个月(n=5)；验证队列：15例(感染后6个月)
2008	2025-03-25	Runx2 drives Schwann cells repair phenotype switch through chromatin remodeling and Sox2 activation after nerve injury 2025-Mar-21, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01142-4 PMID:40119274	research paper	本研究探讨了Runx2通过染色质重塑和Sox2激活调控雪旺细胞修复表型转换的机制	揭示了Runx2通过染色质重塑和转录因子激活调控雪旺细胞表型转换的新机制	研究主要基于大鼠模型，人类细胞中的机制尚需进一步验证	探究Runx2在神经损伤后雪旺细胞表型转换中的表观遗传调控机制	雪旺细胞	分子生物学	神经损伤	qPCR, ATAC测序, CUT&Tag测序, 单细胞RNA测序, 双荧光素酶报告基因检测	NA	转录组数据, 表观遗传数据, 单细胞RNA测序数据	健康成年Sprague-Dawley大鼠(100-150g)
2009	2025-03-25	Exploring cell-to-cell variability and functional insights through differentially variable gene analysis 2025-Mar-20, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00507-z PMID:40113778	research paper	本文介绍了一种名为spline-DV的统计框架，用于通过单细胞RNA测序数据进行差异变异性分析，以探索细胞间变异性和功能见解	提出了spline-DV方法，专注于分析单细胞基因表达数据的变异性，而非仅关注平均表达水平	未提及具体的技术限制或数据局限性	开发一种新的统计方法，以更深入地理解细胞系统的变异性	单细胞RNA测序数据中的基因表达变异性	生物信息学	肥胖、纤维化和癌症	scRNA-seq	spline-DV	基因表达数据	NA
2010	2025-03-25	RNA m7G methylation regulators and targets significantly contribute to chronic obstructive pulmonary disease 2025-Mar-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93901-w PMID:40113900	研究论文	本研究首次通过整合生物信息学方法探讨了m7G RNA甲基化调节因子在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的联合作用	首次发现m7G甲基化调节因子及其靶标在COPD中的重要作用，并鉴定出METTL1-CAT轴作为关键调控机制	研究结果需要进一步的实验验证	探讨m7G RNA甲基化在COPD发病机制中的作用	COPD患者和细胞早衰模型	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	生物信息学分析，单细胞测序，qRT-PCR，GSEA	机器学习算法	基因表达数据	未明确说明样本数量
2011	2025-03-25	Intratumoral microbiota-aided fusion radiomics model for predicting tumor response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer 2025-Mar-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06369-7 PMID:40114207	研究论文	本研究开发了一种基于瘤内微生物组和放射组学的融合模型，用于预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫疗法的病理完全缓解	首次结合瘤内微生物组特征和多时间点MRI放射组学特征构建预测模型，显著提高了预测准确性	样本量相对有限（124例患者），需要更大规模的研究验证	开发预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫疗法反应的非侵入性工具	早期三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	16S rDNA测序、单细胞RNA测序、MRI影像分析	融合放射组学模型	微生物组数据、单细胞RNA测序数据、MRI影像数据	124例患者（训练集88例，验证集36例）
2012	2025-03-25	Periarteriolar niches become inflamed in aging bone marrow, remodeling the stromal microenvironment and depleting lymphoid progenitors 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412317122 PMID:40063797	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了衰老骨髓中LepR细胞和内皮细胞的变化及其对造血干细胞微环境的影响	首次发现衰老骨髓中动脉周围微环境炎症化现象，并阐明其通过干扰素依赖性机制重塑基质微环境并耗竭淋巴祖细胞	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究骨髓基质细胞在衰老过程中的变化及其对造血功能的影响	小鼠骨髓基质细胞（LepR细胞和内皮细胞）	细胞生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2月龄、12月龄和24月龄小鼠骨髓基质细胞
2013	2025-03-25	Cell type and region-specific transcriptional changes in the endometrium of women with RIF identify potential treatment targets 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421254122 PMID:40063812	研究论文	通过空间转录组学分析，识别了复发性植入失败（RIF）女性子宫内膜中区域和细胞类型特异的基因表达差异，并提出了潜在的治疗靶点	首次使用空间转录组学技术对RIF患者子宫内膜进行区域和细胞类型特异的基因表达分析，并发现不同区域和细胞类型之间存在显著差异	样本量较小（每组8人），且仅针对特定时间点的子宫内膜进行分析	探索复发性植入失败的分子机制并寻找潜在治疗靶点	复发性植入失败（RIF）患者和生育能力正常女性（FC）的子宫内膜组织	生殖医学	不孕症	空间转录组学	NA	基因表达数据	8名RIF患者和8名生育能力正常女性的子宫内膜活检样本
2014	2025-03-25	Integrative single-cell and bulk RNA-seq analysis identifies lactylation-related signature in osteosarcoma 2025-Mar-12, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01559-4 PMID:40072643	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA-seq分析，识别骨肉瘤中与乳酸化相关的基因特征	首次整合单细胞和批量RNA-seq数据，识别与乳酸代谢相关的基因特征，并构建风险模型以预测骨肉瘤患者的预后	研究依赖于公共数据集，未进行实验验证	阐明乳酸化相关基因在骨肉瘤中的作用，以提高预后准确性和增强免疫治疗效果	骨肉瘤患者	生物信息学	骨肉瘤	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	LASSO算法, uni-Cox回归	RNA-seq数据	公共数据集中的样本（具体数量未提及）
2015	2025-03-25	SENSITIVITY BASED MODEL AGNOSTIC SCALABLE EXPLANATIONS OF DEEP LEARNING 2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639516 PMID:40093081	research paper	本文介绍了一种名为SensX的模型无关可解释AI框架，用于解释深度学习模型的内部机制	SensX在准确性和计算时间上优于当前最先进的XAI方法，并能扩展到解释具有超过150,000个特征的视觉变换器模型	NA	开发一种可扩展的模型无关解释方法，以揭示深度学习模型从数据中学到的机制关系	深度学习模型（特别是视觉变换器模型和用于单细胞RNA-seq数据注释的DNNs）	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	DNNs, ViT	gene expression data, facial images	NA
2016	2025-03-25	Analysis of Head and Neck Cancer scRNA-seq Data Identified PRDM6 Promotes Tumor Progression by Modulating Immune Gene Expression 2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.641548 PMID:40093183	研究论文	通过分析头颈癌单细胞RNA测序数据，发现PRDM6通过调节免疫基因表达促进肿瘤进展	首次揭示了PRDM6在促进肿瘤细胞增殖中的新作用，并发现HPV病毒致癌蛋白上调PRDM6表达	研究样本量有限，未进行大规模临床验证	探索头颈鳞状细胞癌中免疫应答基因的调控机制及其在肿瘤进展中的作用	头颈鳞状细胞癌患者样本	生物信息学	头颈癌	scRNA-seq	IRIS3	单细胞RNA测序数据	NA
2017	2025-03-25	Systematic evaluation of single-cell multimodal data integration for comprehensive human reference atlas 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.637075 PMID:40093094	research paper	本文系统评估了单细胞多模态数据整合方法，用于构建全面的人类参考图谱	开发了可解释的机器学习工具scOMM，并系统评估了整合策略，提高了细胞类型识别和分辨率	研究主要关注肾脏皮层，可能不适用于所有复杂组织	评估单细胞多模态数据整合方法在构建人类参考图谱中的应用	119,744个高质量核/细胞，来自19名捐赠者的肾脏皮层	single-cell analysis	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq	interpretable machine learning (scOMM)	single-cell multimodal data	119,744个高质量核/细胞，来自19名捐赠者
2018	2025-03-25	Efficient count-based models improve power and robustness for large-scale single-cell eQTL mapping 2025-Mar-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.01.18.25320755 PMID:40093202	research paper	提出了一种名为jaxQTL的高效单细胞eQTL映射框架，用于分析大规模单细胞转录组数据	jaxQTL使用高效的基于计数的模型，能够识别低表达eGenes，并提高了对远端eQTLs的检测能力	虽然jaxQTL提高了eQTL的检测能力，但尚未完全解决GWAS与eQTLs之间的缺失联系	开发一种高效的单细胞eQTL映射方法，以识别疾病相关的eQTLs	单细胞转录组数据中的eQTLs	生物信息学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	负二项模型	单细胞转录组数据	982个样本
2019	2025-03-25	Asymmetric Histone Inheritance Regulates Differential Transcription Re-initiation and Cell Fate Decisions in Mouse Olfactory Horizontal Basal Cells 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.02.641101 PMID:40093102	研究论文	本研究探讨了小鼠嗅觉上皮中细胞分裂模式和组蛋白遗传模式，揭示了不对称组蛋白遗传在成年干细胞谱系中的生物学意义	首次在哺乳动物成年干细胞谱系中发现不对称组蛋白遗传现象，并阐明其与组织再生和动物行为的关联	研究仅聚焦于小鼠嗅觉水平基底细胞，其他干细胞系统的适用性尚待验证	探索哺乳动物中表观遗传的机制及其在细胞命运决定中的作用	小鼠嗅觉上皮的水平基底细胞(HBCs)	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠嗅觉上皮组织
2020	2025-03-25	Decoding neuronal wiring by joint inference of cell identity and synaptic connectivity 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.640006 PMID:40093165	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和电子显微镜连接组数据，解码了果蝇腿部运动神经元回路的发育过程	开发了新型计算工具ConnectionMiner，首次实现了通过整合转录组和连接组数据来解析神经回路组装机制	研究仅针对果蝇腿部运动系统，结论在其他神经系统中的普适性有待验证	解析运动神经元回路在发育过程中如何建立连接	果蝇腿部运动神经元和前运动神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)，电子显微镜连接组学	ConnectionMiner(新型计算工具)	基因表达数据，神经连接数据	多个时间点的果蝇腿部运动神经元单细胞数据