单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 39702 篇文献，本页显示第 2001 - 2020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2001 | 2026-05-04 |
Spatially resolved ex vivo drug response profiling in SMARCB1-deficient sinonasal carcinoma
2026-May-02, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-026-00437-1
PMID:42070010
|
研究论文 | 结合单核RNA测序、空间转录组学和离体患者来源组织切片培养，解析SMARCB1缺陷型鼻窦癌的瘤内异质性、微环境结构和治疗脆弱性 | 首次将单核RNA测序、空间转录组学和离体组织切片培养整合应用于SMARCB1缺陷型鼻窦癌，发现mTOR抑制剂Sapanisertib能诱导肿瘤广泛坏死并有效清除特定恶性亚群 | 离体模型可能无法完全模拟体内治疗的复杂微环境，且回顾性队列样本量较小 | 解析SMARCB1缺陷型鼻窦癌的恶性亚群异质性、空间组织特征并筛选潜在治疗靶点 | SMARCB1缺陷型鼻窦癌患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | SMARCB1缺陷型鼻窦癌 | 单核RNA测序, 空间转录组学, 离体组织切片培养 | NA | 基因表达数据, 空间基因表达数据 | 1例指数病例进行深度分析，12例回顾性队列 | 10x Genomics | 单核RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单核RNA测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 2002 | 2026-05-04 |
PD-1 Blockade-Induced DKK1 Expression by CD8+ T Cells Promotes Blood-Brain Barrier Permeabilization
2026-May-01, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-25-1222
PMID:41525686
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示抗PD-1治疗通过诱导CD8+ T细胞表达DKK1促进血脑屏障通透性，从而影响脑转移瘤治疗效果 | 首次发现抗PD-1治疗可特异性地破坏血脑屏障完整性，并阐明DKK1/β-catenin/TCF及FOXM1通路介导的机制 | 未明确提及研究局限性 | 探究抗PD-1治疗脑转移瘤效果异质性的宿主驱动因素 | 脑转移微环境中的免疫细胞及内皮细胞 | 数字病理学 | 肺癌脑转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 临床肺癌患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 2003 | 2026-05-04 |
An integrative multi-cohort transcriptomic study reveals cell cycle- and adhesion-related hub genes as diagnostic biomarkers for pulmonary arterial hypertension
2026-May, Advances in biological regulation
DOI:10.1016/j.jbior.2026.101145
PMID:41576688
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研究论文 | 通过整合多个转录组数据集，发现细胞周期和粘附相关核心基因作为肺动脉高压的诊断生物标志物 | 首次通过多队列整合分析结合单细胞测序数据和动物实验验证，鉴定出CDK1、TPX2、IGF1和VCAM1四个核心基因作为肺动脉高压的多基因诊断标志物 | 尚未在大型独立临床队列中验证这些标志物的诊断效能，且其分子机制需进一步实验探索 | 筛选和验证肺动脉高压相关的核心基因作为非侵入性诊断生物标志物 | 肺动脉高压患者及尼古丁诱导的肺动脉高压小鼠模型 | 机器学习 | 肺动脉高压 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 4个GEO数据集（GSE117261， GSE24988， GSE53408， GSE113439）和2个额外数据集（GSE33463， GSE228644）以及尼古丁诱导的PAH小鼠模型 | NA | bulk RNA-seq， 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2004 | 2026-05-04 |
Adenosine A2B Receptor Promotes Tumor Progression and Metastases in Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma
2026-May-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3934
PMID:41642698
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研究论文 | 通过多组学方法分析未分化多形性肉瘤原发性和转移性肿瘤样本，发现腺苷A2B受体（ADORA2B）促进肿瘤进展和转移 | 首次揭示ADORA2B在UPS转移中的关键驱动作用，并利用空间转录组学和批量RNA测序等多组学方法进行系统分析 | 样本量较小（13例患者），需进一步在更大队列中验证 | 阐明未分化多形性肉瘤转移的分子机制，寻找潜在治疗靶点 | 未分化多形性肉瘤患者的原发性和转移性肿瘤样本 | 数字病理学 | 软组织肉瘤（未分化多形性肉瘤） | 空间转录组学、批量RNA测序、反卷积分析、CRISPR-Cas9基因敲除 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 13例患者的配对原发和转移性UPS肿瘤样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2005 | 2026-05-04 |
ScRNA-Seq: A way to reveal the potential mechanisms of metastasis in small cell lung cancer
2026-May, Bulletin du cancer
IF:1.1Q4
DOI:10.1016/j.bulcan.2025.12.014
PMID:41760455
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在揭示小细胞肺癌转移潜在机制中的应用 | 强调单细胞测序技术能够以单细胞分辨率揭示肿瘤异质性、肿瘤微环境和细胞间通讯网络，克服传统高通量测序无法捕捉细胞间异质性的局限性 | 未明确说明局限性 | 探讨单细胞测序技术在小细胞肺癌转移机制研究中的潜力和挑战 | 小细胞肺癌的转移机制及其细胞异质性和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2006 | 2026-05-04 |
Cell-specific gene expression plasticity in response to hypoxia promotes high-altitude adaptive evolution
2026-May, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-025-3108-3
PMID:41793589
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研究论文 | 该研究利用绵羊从平原到高原的转运实验，结合单细胞RNA测序和单核RNA测序技术，揭示了细胞在低氧环境下通过基因表达可塑性促进高海拔适应的进化机制 | 首次构建重要器官在低氧适应过程中的细胞转录组图谱，发现免疫细胞中逆转可塑性对遗传适应的促进作用，并揭示了AP-1→HIF∣-BHLHE41网络在三种器官中的共同调控机制 | 未提及 | 探究基因表达可塑性与遗传适应在低氧环境下的分子和细胞机制 | 绵羊的脑、心脏和肺组织 | 自然语言处理 | 心血管疾病 | scRNA-seq, snRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 27只绵羊的236,805个细胞和906,315个细胞核 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 2007 | 2026-05-04 |
Preimplantation genetic testing for meiotic aneuploidy in trophectoderm biopsies - is it time to change our approach?
2026-May, Reproductive biomedicine online
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.rbmo.2026.105504
PMID:41865500
|
评论文章 | 讨论在滋养层活检中区分减数分裂与有丝分裂非整倍体的必要性，提出核型定位技术可改善胚胎植入前遗传学检测的准确性 | 首次提出结合核型定位和亲本强度分析来区分减数分裂与非整倍体，避免误弃仅含临床意义未知的有丝分裂非整倍体的潜在可用胚胎 | NA | 改进胚胎植入前遗传学检测策略，减少非整倍体误判导致的胚胎丢弃 | 囊胚期滋养层活检样本 | 生物信息学 | 染色体非整倍体相关疾病 | 单核苷酸多态性亲本单倍型分析（核型定位）、单细胞测序 | NA | 遗传数据（单核苷酸多态性、单细胞序列） | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2008 | 2026-05-04 |
scSurvival: Single-Cell Survival Analysis of Clinical Cancer Cohort Data at Cellular Resolution
2026-May-01, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-25-0965
PMID:42013315
|
研究论文 | 提出scSurvival框架，在单细胞分辨率下对临床癌症队列数据进行生存分析 | 首个直接从单细胞数据建模生存结局的注意力多实例Cox回归框架，整合变分自编码器处理高维、稀疏和批次效应 | 未明确说明 | 开发直接从单细胞转录组数据预测患者生存并识别关键细胞亚群的方法 | 黑色素瘤和肝癌患者的单细胞RNA测序队列数据 | 机器学习 | 黑色素瘤, 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 注意力多实例Cox回归, 变分自编码器 | 单细胞转录组数据, 临床生存数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2009 | 2026-05-04 |
Macrophage-related Genomic Signatures Predict HCC Prognosis and Therapy Response
2026 May-Jun, Cancer genomics & proteomics
IF:2.6Q3
DOI:10.21873/cgp.20587
PMID:42055628
|
研究论文 | 整合单细胞和bulk RNA-seq数据识别巨噬细胞相关基因特征，构建HCC预后和免疫治疗反应预测模型 | 首次利用巨噬细胞相关基因特征进行肝癌分子亚型划分，并基于主成分分析构建预后模型；整合单细胞与bulk转录组数据揭示免疫微环境差异 | 研究仅依赖公开数据库（GSE151530, HCCDB18, TCGA-HCC），缺乏独立外部验证队列；未进行实验验证巨噬细胞相关基因的功能机制 | 识别巨噬细胞相关基因组特征，划分肝细胞癌分子亚型，构建预后模型预测生存和疗法反应 | 肝细胞癌患者样本的转录组数据（单细胞和bulk RNA-seq）及对应临床信息 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | 主成分分析 | 基因表达数据 | 整合GSE151530（scRNA-seq）、HCCDB18（bulk RNA-seq）和TCGA-HCC（bulk RNA-seq）数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 2010 | 2026-05-04 |
Single-Cell Analysis Identified a Recurrent Malignant-Associated Transcriptional State in Colorectal Cancer
2026-May, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70335
PMID:41770629
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研究论文 | 对四名日本结直肠癌患者的肿瘤和邻近正常组织进行单细胞RNA测序，鉴定出一个与恶性相关的重复性转录状态，并发现RASSF6表达在该状态中显著降低 | 首次在单细胞层面描述了日本结直肠癌患者中一个反复出现的癌症相关转录状态，并揭示了肿瘤组织中RASSF6表达一致降低的特征，该特征在群体平均分析中可能被低估 | 样本数量有限（仅四名日本患者），且未在更大队列中验证该转录状态的普适性 | 通过单细胞转录组分析揭示结直肠癌的分子异质性，并鉴定与恶性肿瘤相关的细胞状态 | 四名日本结直肠癌患者的肿瘤组织和邻近正常组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 4名患者的肿瘤和邻近正常组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2011 | 2026-05-04 |
Tetrameric STAT5 regulates the formation of immune niche cells to protect stem cell regenerative repair against mucosal inflammation
2026-May-01, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-026-01716-0
PMID:42062572
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研究论文 | 四聚体STAT5通过调节免疫微环境细胞保护肠道干细胞再生修复免受黏膜炎症影响 | 发现四聚体STAT5抑制隐窝T细胞微环境形成，打破其可促进TCRγδ细胞扩增并增强肠道干细胞再生，为炎症性肠病治疗提供新靶点 | 未提及 | 探究四聚体STAT5在肠道炎症中调控干细胞再生修复的机制 | 肠道干细胞、隐窝T细胞、STAT5四聚体 | 机器学习 | 炎症性肠病（溃疡性结肠炎） | 染色质免疫沉淀、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | IBD患者标本、STAT5高活性及四聚体缺陷小鼠、类器官 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 2012 | 2026-05-04 |
Immune cell annotation in the single-cell studies: technologies, challenges, and integrative solutions
2026-May-01, Immunologic research
IF:3.3Q3
DOI:10.1007/s12026-026-09780-4
PMID:42062653
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综述 | 综述单细胞研究中免疫细胞注释的技术挑战与整合解决方案 | 详细阐述mRNA与蛋白质表达差异的生物学因素和技术假象，并系统评估转录组、蛋白质组及多模态技术的优缺点 | 未提供实证数据验证所提方法的有效性，且未涉及大规模临床样本的应用验证 | 探讨免疫细胞注释在单细胞研究中的挑战并整合多模态解决方案 | 免疫细胞（如外周血单核细胞）及其转录组与蛋白质组数据 | 自然语言处理，数字病理 | 非特定疾病 | 单细胞RNA测序，CITE-seq | NA | 转录组数据，蛋白质组数据 | NA | 10x Genomics, BD Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | 10x Chromium, BD Rhapsody, Illumina NovaSeq | CITE-seq整合转录组与表位测序 |
| 2013 | 2026-05-04 |
Conventional type-1 DC density is associated with checkpoint inhibitor response across multiple types of cancer
2026-May-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI200987
PMID:42065248
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研究论文 | 分析多种癌症类型中传统1型树突状细胞密度与检查点抑制剂治疗反应之间的关联 | 首次在多癌种中系统验证cDC1密度与免疫检查点抑制剂疗效的强关联，并结合空间转录组学揭示cDC1-CD8+ T细胞组织微环境与治疗预后的关系 | 主要基于回顾性临床试验数据，cDC1作为生物标志物的前瞻性验证尚未完成 | 探究cDC1树突状细胞密度对免疫检查点抑制剂治疗反应的预测价值 | 黑色素瘤、尿路上皮癌、非小细胞肺癌患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 肺癌, 黑色素瘤, 尿路上皮癌 | RNA测序, 多重免疫荧光, 空间转录组学, GeoMX-DSP | NA | RNA序列, 图像 | 7项关键临床试验的RNA序列数据，黑色素瘤、尿路上皮癌和非小细胞肺癌的多重免疫荧光样本 | NA | 空间转录组学 | Xenium, GeoMX-DSP | Xenium空间转录组学平台用于黑色素瘤样本分析，NSCLC样本使用GeoMX-DSP分析 |
| 2014 | 2026-05-04 |
The BTN3A3-TOMM22 axis preserves mitochondrial homeostasis to facilitate HCC stemness and drug resistance
2026-Apr-30, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218557
PMID:42069175
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研究论文 | 本研究揭示了BTN3A3-TOMM22轴通过维持线粒体稳态促进肝癌干性和耐药性的新机制 | 首次阐明BTN3A3在肝细胞癌中通过非免疫性方式调控线粒体重编程，防止TOMM22泛素化降解以维持线粒体稳态，从而驱动干性和耐药性 | 尚未明确BTN3A3在线粒体转位及与TOMM22相互作用的精细分子机制 | 探究BTN3A3在肝细胞癌干性和耐药性中的作用及其线粒体相关分子机制 | 肝细胞癌细胞、原位异种移植小鼠模型、患者来源类器官 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞转录组测序、批量转录组测序、质谱分析、免疫共沉淀 | NA | 转录组数据 | 批量与单细胞转录组数据来源样本数未明确，体内模型和类器官实验样本量未详述 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 2015 | 2026-05-04 |
Multi-organ single-cell analysis of preferential expression of CAKUT genes
2026-Apr-27, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-026-05003-y
PMID:42045859
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研究论文 | 通过多器官单细胞分析揭示CAKUT相关基因的优先表达模式 | 首次利用单细胞RNA测序数据系统分析CAKUT相关基因在人类胎儿和成人肾、输尿管及膀胱中的细胞类型特异性表达，并发现共享的基质-间充质基因表达特征 | 基于公共数据集，缺乏独立验证实验；样本仅涉及人胎儿和成人组织，未涵盖所有发育阶段 | 探究先天性肾脏和尿路畸形（CAKUT）相关基因是否在发育过程中共享细胞表达程序 | 人胎儿和成人肾、输尿管及膀胱组织中的单细胞 | 单细胞生物学 | 先天性肾脏和尿路畸形（CAKUT） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 公开数据集中的多个胎儿和成人样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2016 | 2026-05-04 |
Integrative multi-omics analysis identifies stromal-immune crosstalk as a determinant of immunotherapy efficacy and establishes a prognostic signature in gastric cancer
2026-Apr-23, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 通过多组学整合分析揭示胃癌中基质-免疫互作对免疫检查点抑制剂疗效的影响，并建立预后特征 | 首次将基质-免疫细胞间通信（MHC-I和胶原/层粘连蛋白信号）与帕博利珠单抗耐药机制直接关联，并开发了包含VWF/VCAN等基因的预后评分系统（LSR） | 文中未明确提及研究的局限性 | 探究转移性胃癌中帕博利珠单抗疗效的分子驱动因素，并建立预后签名 | 转移性胃癌患者（包括帕博利珠单抗治疗组及多个独立队列） | 数字病理学 | 胃癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组化, 多组学分析 | Lasso-Cox回归模型（用于构建预后签名） | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫组化图像 | 包含TIGER数据库中帕博利珠单抗治疗的胃癌队列，以及4个独立验证队列（来自GEO和TCGA数据库） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据来自GEO数据库，空间转录组学用于GC组织分析 |
| 2017 | 2026-05-04 |
Endothelial Adgrl2 Expression and Alternative Splicing Controls the Cerebrovasculature
2026-04-22, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0019-26.2026
PMID:41876233
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研究论文 | 研究内皮细胞Adgrl2表达和可变剪接对脑血管系统发育和功能的影响 | 发现Adgrl2基因在神经元和内皮细胞中通过细胞类型特异性可变剪接产生不同异构体，分别调控神经回路组装和脑血管稳态 | 主要基于小鼠模型，人类脑血管中Adgrl2的类似功能尚需验证 | 探究Adgrl2在内皮细胞中的功能及其可变剪接对脑血管完整性及血脑屏障稳态的调控机制 | 小鼠（雌雄兼用）的脑血管内皮细胞和神经元 | 神经生物学 | 脑积水 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 2018 | 2026-05-04 |
Anemoside B4 alleviates pulmonary fibrosis by targeting the Keap1/Nrf2 axis to suppress NLRP3 inflammasome-mediated pyroptosis and epithelial-mesenchymal transition
2026-Apr-20, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2026.158223
PMID:42068876
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研究论文 | 探讨Anemoside B4通过调节Keap1/Nrf2轴抑制NLRP3炎症小体介导的细胞焦亡和上皮-间充质转化从而缓解肺纤维化 | 首次发现Anemoside B4作为预防性而非治疗性药物，通过靶向Keap1激活Nrf2抗氧化反应、抑制NLRP3依赖的细胞焦亡及分泌组驱动的上皮-间充质转化，为肺纤维化的早期干预提供潜在候选药物 | 未提及具体局限性 | 明确Anemoside B4对肺纤维化的保护作用及分子机制 | 博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型（野生型和Nlrp3-/-小鼠） | 数字病理学 | 肺纤维化 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 分子对接, Co-IP, CETSA | NA | 基因表达数据 | 博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型，包括野生型和Nlrp3-/-小鼠 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2019 | 2026-05-04 |
Single-Cell RNA Sequencing of Lung Tissue in a Rat Model of Acute Respiratory Distress Syndrome
2026-04-07, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/70491
PMID:42044167
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研究论文 | 介绍了一种在脂多糖诱导的大鼠急性呼吸窘迫综合征模型中进行肺组织单细胞RNA测序的标准化方案，揭示了21种细胞群体和6种巨噬细胞/单核细胞亚群的转录特征 | 建立了可重复的单细胞RNA测序工作流程，包括优化的组织解离、严格质量控制、双细胞去除和批次效应校正，首次在ARDS大鼠模型中识别了六种巨噬细胞/单核细胞亚群的独特转录特征 | 该研究基于动物模型，其发现可能不完全适用于人类ARDS；同时技术变异可能影响结果的稳定性和可重复性 | 开发并标准化用于ARDS肺组织单细胞RNA测序的分析流程，以深入解析细胞异质性和炎症机制 | 脂多糖诱导的大鼠急性呼吸窘迫综合征模型中的肺组织细胞 | 数字病理学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 大鼠肺组织样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2020 | 2026-05-04 |
A Protocol for Harvesting Single-cell Suspension from Mouse Corneas
2026-04-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69844
PMID:42008475
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研究论文 | 建立从小鼠角膜组织中制备高质量单细胞悬液的稳健方案 | 针对角膜组织致密复杂结构，优化了胶原酶A和胰蛋白酶顺序消化方法，获得高细胞数、高活力（≥94.6%）和高单细胞比例（96.3%）的悬液，满足scRNA-seq等下游应用要求 | NA | 建立从小鼠全角膜制备高质量单细胞悬液的标准化方案 | 小鼠全角膜组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 小鼠角膜组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |