单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 37368 篇文献,本页显示第 2001 - 2020 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
2001 2026-02-18
Ligand-receptor hotspots in dendritic-T cell niches expose targets in autoimmunity
2026-Feb, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1
研究论文 本研究通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据,识别了与自身免疫性皮肤炎症相关的树突状细胞-T细胞通讯介质,特别是F11R,并揭示了其在疾病严重程度中的空间富集作用 开发了一个空间框架来识别免疫通讯介质,首次将F11R与银屑病严重程度和局部免疫放大联系起来,为自身免疫炎症的精准调控提供了新靶点 研究主要基于转录组数据,功能验证有限;样本可能不足以覆盖所有自身免疫性皮肤病的亚型;未深入探讨F11R在循环免疫细胞中的表达差异机制 识别与自身免疫性皮肤炎症相关的树突状细胞-T细胞通讯新兴介质 特应性皮炎和银屑病皮肤样本中的树突状细胞和T细胞 数字病理学 自身免疫性皮肤病 空间转录组学, 单细胞RNA测序, CITE-seq NA 转录组数据, 空间数据 NA NA 空间转录组学, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 NA NA
2002 2026-02-18
Muscularis Macrophage-Derived ApoE is Dispensable for Maintaining Gut Motility in Mice
2026-Feb, Neurogastroenterology and motility IF:3.5Q2
研究论文 本研究探讨了肌肉层巨噬细胞来源的ApoE在小鼠肠道运动调控中的作用 首次通过单细胞RNA测序揭示了肌肉层巨噬细胞中ApoE的高表达及其在肠道操作后的上调,并利用骨髓嵌合体和巨噬细胞特异性ApoE缺陷小鼠模型,系统评估了ApoE在生理和应激条件下对肠道运动的影响 研究主要基于小鼠模型,结果可能无法直接外推至人类;且仅关注了ApoE在肌肉层巨噬细胞中的功能,未全面探讨其他细胞类型中ApoE的可能作用 探究肌肉层巨噬细胞来源的ApoE在维持肠道运动中的功能角色 小鼠(包括全局ApoE敲除小鼠、骨髓嵌合体小鼠和巨噬细胞特异性ApoE缺陷小鼠) NA 术后肠梗阻 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2003 2026-02-18
Isolation of Pericytes from Mouse Cortical Tissue Using FACS for Single-cell Sequencing
2026-Jan-30, Journal of visualized experiments : JoVE
研究论文 本文建立了一种优化的、可重复的FACS方法,用于从小鼠皮层组织中分离周细胞,以进行单细胞RNA测序 在已建立的CD13/CD31分选策略基础上,引入了关键改进,特别是使用20% BSA溶液重悬细胞以减少应激和聚集,从而最大化细胞活力和RNA质量,专门针对scRNA-seq应用进行优化 该方法仅在小鼠模型(C57BL/6)中进行了验证,样本量较小(3只成年小鼠),且未在其他物种或疾病模型中广泛测试 研究周细胞的异质性,并阐明其在神经血管疾病中的机制,以单细胞分辨率进行 小鼠大脑皮层组织中的周细胞 单细胞测序 神经血管疾病 单细胞RNA测序 NA RNA序列数据 3只成年C57BL/6小鼠 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2004 2026-02-18
Multimodal single-cell network analysis uncovers BSG/CD147 as an early biomarker and signaling hub in hepatocellular carcinoma
2026-Jan-27, Research square
研究论文 本研究通过多模态单细胞网络分析,揭示了BSG/CD147作为肝细胞癌早期生物标志物和信号枢纽的作用 首次将单细胞RNA测序与高维加权基因共表达网络分析结合,识别出BSG/CD147作为早期肝细胞癌的关键枢纽基因,并验证其在小于2厘米病灶中的诊断价值 研究基于两个公开数据集,样本量有限;需要进一步在更大队列和前瞻性研究中验证BSG/CD147的临床实用性 识别肝细胞癌早期恶性转化的分子标志物,改善早期诊断 肝细胞癌组织与非肿瘤肝组织 数字病理学 肝细胞癌 单细胞RNA测序, 定量免疫荧光 高维加权基因共表达网络分析, CellChat, 伪时间分析 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 两个独立scRNA-seq数据集(GSE149614和GSE189903),包含非肿瘤和HCC组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2005 2026-02-18
Intracerebral hemorrhage induces monocyte TNF signaling that is suppressed by Siponimod (BAF312): a single-cell transcriptomics study in patients
2026-Jan-27, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和血浆细胞因子分析,探讨了免疫调节药物BAF312(Siponimod)对脑出血患者外周血免疫反应的影响 首次在脑出血患者中应用单细胞转录组学分析BAF312对单核细胞TNF信号通路的抑制作用,并揭示了单核细胞在疾病亚急性期的复杂作用 研究样本量较小,且未评估BAF312对血浆细胞因子或趋化因子浓度的影响 研究脑出血后免疫反应及BAF312的免疫调节作用 脑出血患者的外周血样本 单细胞转录组学 脑出血 单细胞RNA测序,血浆细胞因子分析 NA 单细胞RNA测序数据,血浆细胞因子数据 脑出血患者的外周血样本,在出血后第1、3、7天采集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2006 2026-02-18
ICI-induced Granulomatous Sialadenitis is Responsive to Prednisone
2026-Jan-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 本文报告了首例免疫检查点抑制剂诱导的肉芽肿性涎腺炎病例,并通过整合分析揭示了其发病机制及对皮质类固醇治疗的反应 首次报道免疫检查点抑制剂诱导的肉芽肿性涎腺炎病例,并利用单细胞RNA测序和空间转录组学进行整合分析 仅基于单个病例报告,且尽管治疗,广泛的纤维化持续存在 研究免疫检查点抑制剂引起的免疫相关不良事件(irAEs)的病理机制及治疗反应 一名患有BRAF-V600E突变乳头状甲状腺癌的中年男性患者 数字病理学 甲状腺癌 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA 组织学图像,单细胞RNA测序数据,空间转录组学数据 1例患者 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
2007 2026-02-18
Distinct Endothelial Phenotype Associates with Macrophage-Enriched Microenvironments in Triple-Negative Breast Cancer
2026-Jan-23, Research square
研究论文 本研究探讨了三阴性乳腺癌中巨噬细胞富集微环境与血管状态之间的关联,揭示了巨噬细胞如何影响肿瘤血管正常化和免疫活性 首次通过单细胞RNA测序揭示巨噬细胞富集微环境中内皮细胞的炎症表型和静脉样状态,并验证其在人类TNBC中的保守性 研究主要基于小鼠模型和现有人类数据集,缺乏直接临床干预验证 探究巨噬细胞富集微环境对三阴性乳腺癌血管状态和免疫-血管协调动态的影响 三阴性乳腺癌小鼠模型和人类单细胞数据集中的肿瘤内皮细胞与巨噬细胞 单细胞组学 乳腺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 基于已建立的小鼠TNBC模型和人类TNBC单细胞数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2008 2026-02-18
3D reconstruction of spatial transcriptomics with spatial pattern enhanced graph convolutional neural network
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为Spa3D的方法,利用反泄漏傅里叶变换和图卷积神经网络模型从多个2D空间转录组学切片重建3D空间结构,以克服现有方法在三维空间分析中的限制 Spa3D通过结合反泄漏傅里叶变换和图卷积神经网络,首次从多个2D SRT切片重建3D空间结构,提升了空间域识别、细胞通讯分析和发育轨迹建模的准确性 NA 开发一种能够从二维空间转录组学数据重建三维空间结构的方法,以更准确地分析空间域、空间可变基因、细胞间通讯和发育轨迹 空间转录组学数据 空间转录组学 NA 空间转录组学 图卷积神经网络 空间转录组学数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
2009 2026-02-18
Intranasal Human NSC-Derived EVs Therapy Can Restrain Inflammatory Microglial Transcriptome, and NLRP3 and cGAS-STING Signaling, in Aged Hippocampus
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究探讨了鼻内给予人诱导多能干细胞来源的神经干细胞外泌体对老年小鼠海马神经炎症的影响 首次证明hiPSC-NSC-EVs中的特定miRNA(miRNA-30e-3p和miRNA-181a-5p)能分别抑制NLRP3炎症小体和STING通路的激活,并通过单细胞RNA测序揭示了其对小胶质细胞转录组的广泛调控作用 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证;治疗效果的长期持续性未知;特定miRNA的作用机制需进一步阐明 评估hiPSC-NSC-EVs疗法对老年海马神经炎症的抑制作用及其认知功能改善效果 18月龄的雄性和雌性C57BL6/J小鼠以及基因工程RAW细胞 神经科学 老年疾病 单细胞RNA测序,体外功能验证 动物模型(小鼠),细胞模型(RAW细胞) RNA测序数据,蛋白质表达数据,行为学数据 未明确具体数量,但涉及18月龄C57BL6/J小鼠的雄性和雌性个体 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2010 2026-02-18
Spatial transcriptomics reveals organizational properties of mouse spinal cord and alterations in neuropathic pain
2026-Jan-12, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用空间转录组学技术,揭示了小鼠脊髓的组织特性及其在神经性疼痛模型中的变化 首次应用空间分辨的单细胞转录组分析,系统描绘了成年小鼠脊髓的神经元亚型空间分布、性别差异及在神经性疼痛中的转录组变化 研究主要基于小鼠模型,结果向人类转化需进一步验证;空间转录组技术分辨率可能受限于当前平台 解码脊髓在健康和疾病状态下的感觉与运动功能电路机制 成年小鼠脊髓组织 空间转录组学 神经性疼痛 空间分辨单细胞转录组学 NA 空间转录组数据 未明确指定样本数量,但基于成年小鼠脊髓 NA 空间转录组学 NA NA
2011 2026-02-18
Transcriptomic signature-guided depletion of intermediate alveolar epithelial cells ameliorates pulmonary fibrosis in mice
2026-Jan-10, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了肺纤维化中的中间上皮细胞状态,并开发了一种RNA感应依赖的蛋白质翻译技术,选择性靶向并耗竭这些细胞,从而在小鼠模型中减轻了肺纤维化 引入了RNA感应依赖的蛋白质翻译技术,能够选择性靶向并耗竭Krt8+肺泡分化中间细胞,首次证明了这些过渡性上皮细胞在肺纤维化中的致病驱动作用 研究主要基于小鼠模型,人类细胞的应用和临床转化仍需进一步验证 探究肺纤维化中中间上皮细胞的功能贡献,并开发靶向治疗策略 小鼠模型中的Krt8+肺泡分化中间细胞及人类KRT5-/KRT17+异常基底样细胞 数字病理学 肺纤维化 单细胞RNA测序,RNA感应依赖的蛋白质翻译技术 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2012 2026-02-18
Screening Co-Diagnostic Genes for Lung Adenocarcinoma and Myocardial Infarction and Analysis of the Molecular Functions and Drug Value of the Genes
2026, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets
研究论文 本研究通过生物信息学分析,筛选出肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因MMP9,并分析了其分子功能和潜在药物价值 首次通过生物信息学方法系统筛选并验证了肺腺癌与心肌梗死之间的共同诊断基因MMP9,并揭示了其在炎症和免疫调节中的作用 研究主要基于公共数据库的回顾性数据分析,缺乏实验验证;样本来源和平台存在异质性 发现肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因,并分析其分子功能和潜在药物价值,为两种疾病的诊疗提供新策略 肺腺癌和心肌梗死患者的基因表达数据 生物信息学 肺腺癌, 心血管疾病 生物信息学分析,包括差异表达分析、WGCNA、PPI网络分析、LASSO、SVM-RFE、免疫浸润分析、药物预测、分子对接、单细胞测序分析 LASSO, SVM-RFE 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2013 2026-02-18
Deciphering the therapeutic mechanism of kaempferol in diabetic retinopathy via the P21/Thioredoxin axis
2026-Jan, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3
研究论文 本研究探讨了山奈酚通过P21/硫氧还蛋白轴在糖尿病视网膜病变中的治疗机制 首次结合加权基因共表达网络分析和单细胞RNA测序分析,揭示了山奈酚调控P21/硫氧还蛋白通路的新机制,并建立了成纤维细胞活性与DR纤维化进展之间的新联系 研究未明确山奈酚的具体给药剂量和长期治疗效果,且分子机制仍需进一步体内验证 阐明糖尿病视网膜病变从早期到晚期的进展相似性,并探索山奈酚治疗DR的关键靶点 糖尿病视网膜病变的分子机制和山奈酚的治疗作用 生物信息学与分子生物学 糖尿病视网膜病变 加权基因共表达网络分析, 单细胞RNA测序, 分子对接, Evans Blue渗漏实验, H&E染色, PAS染色, TUNEL染色, ELISA, 免疫荧光, Western blotting, 实时PCR NA 基因表达数据, 图像数据, 蛋白质表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
2014 2026-02-18
Multiomics analysis of polyamine metabolism in colorectal cancer, highlighting the key role of extracellular putrescine in impairing CXCR6+CD8+ T cell anti-tumor activity
2026, PeerJ IF:2.3Q2
研究论文 本研究通过多组学分析揭示了结直肠癌中多胺代谢,特别是细胞外腐胺,如何通过损害CXCR6+CD8+ T细胞的抗肿瘤活性来促进肿瘤进展 定义了新的“Pi值”来量化CXCR6+CD8+ T细胞周围的局部腐胺积累,并揭示了细胞外腐胺直接抑制这些T细胞毒性功能的新机制 研究主要基于体外实验和动物模型,其在人类患者中的直接临床转化仍需进一步验证 阐明腐胺代谢在结直肠癌肿瘤免疫监视受损中的作用机制 结直肠癌患者样本、结直肠癌细胞系(HCT-116和RKO)、CXCR6+CD8+ T细胞、DSS诱导的结肠炎小鼠模型 多组学分析 结直肠癌 单细胞RNA测序,多组学分析 NA 单细胞转录组数据,基因表达数据 来自131名受试者的221个样本,共计517,191个细胞;两个独立队列 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2015 2026-02-18
Plasma Proteomics Identifies Thousand-and-One-Amino Acid Kinase 3 as a Potential Biomarker of Rheumatoid Arthritis Activity and a Novel Therapeutic Target
2025-Dec-22, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
研究论文 本研究通过血浆蛋白质组学分析,发现TAOK3作为类风湿关节炎活动期骨破坏的潜在生物标志物和治疗靶点 首次将TAOK3与类风湿关节炎活动期的骨破坏关联,并验证其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 研究样本量有限,且主要在体外和动物模型中进行功能验证,需进一步临床验证 识别类风湿关节炎活动期骨破坏的新型生物标志物,为精准监测和靶向治疗提供策略 类风湿关节炎患者血浆样本、成纤维样滑膜细胞和胶原诱导关节炎小鼠模型 蛋白质组学 类风湿关节炎 数据非依赖性采集质谱、单细胞RNA测序、酶联免疫吸附测定、多重免疫组织化学 NA 蛋白质组数据、RNA测序数据 160名RA患者和40名健康对照的血浆样本,以及两个独立验证队列(N1=50,N2=10) NA 单细胞RNA测序 NA NA
2016 2026-02-18
Sig27 stratifies prostate cancer recurrence by assessing the immunosuppressive properties of tumors
2025-Nov-01, Endocrine-related cancer IF:4.1Q2
研究论文 本研究评估了新型27基因面板Sig27及其衍生面板Sig27IMG在前列腺癌复发预测中的作用,并揭示了其与免疫抑制特征(特别是肿瘤相关单核/巨噬细胞和内皮细胞)的关联 开发了新型27基因面板Sig27及其衍生5基因面板Sig27IMG,用于前列腺癌复发风险分层,并首次系统性地揭示了这些基因在多种癌症类型中与肿瘤相关单核/巨噬细胞、树突状细胞和内皮细胞的免疫抑制功能的关联 研究主要基于回顾性RNA-seq数据集,需要前瞻性临床验证来确认其预测价值;样本量虽大但可能存在批次效应;未详细探讨这些基因在肿瘤微环境中的具体作用机制 开发并验证基因表达面板用于前列腺癌复发风险分层,并探究其与肿瘤免疫抑制特征的关联 前列腺癌患者肿瘤组织样本(包括原发性和转移性)以及多种癌症类型的肿瘤样本 数字病理学 前列腺癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq 基因表达面板(多基因特征) 基因表达数据(RNA-seq和scRNA-seq) 批量RNA-seq:3,133个肿瘤样本(13个数据集);单细胞RNA-seq:53名患者(6个数据集);多癌症类型验证:单细胞RNA-seq 386名患者(26种癌症类型),批量RNA-seq 5,672名患者(17种癌症类型) NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
2017 2026-02-18
Spatiotemporal transcriptomic profiling reveals metabolic dysfunction prior to overt tauopathy in the PS19 mouse model
2025-Jul-10, Research square
研究论文 本研究利用PS19小鼠模型,通过空间转录组学分析揭示了tau蛋白病早期代谢功能障碍与区域脆弱性的关联 首次在PS19小鼠模型中结合空间转录组学技术,揭示了代谢功能障碍在可检测tau缠结病理出现之前的早期发生,并关联了区域脆弱性与转录组变化 研究基于转基因小鼠模型,可能无法完全模拟人类神经退行性疾病的复杂性,且样本时间点有限 探究tau蛋白病中区域脆弱性与tau驱动转录组变化之间的关系,特别是代谢功能障碍的作用 PS19转基因小鼠模型(tau P301S)的海马体和皮质区域 空间转录组学 阿尔茨海默病 空间转录组学分析 NA 空间转录组数据 PS19小鼠模型在选定疾病阶段的海马体和皮质区域样本 NA 空间转录组学 NA NA
2018 2026-02-18
A multi-step immune-competent genetic mouse model reveals phenotypic plasticity in uveal melanoma
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文开发了一种多步骤基因工程小鼠模型,用于模拟葡萄膜黑色素瘤的进展,并揭示其表型可塑性 该模型首次结合了时空控制的GNAQ突变、BAP1缺失和MYC激活,成功模拟了人类葡萄膜黑色素瘤的进展和免疫微环境 模型可能无法完全捕捉人类疾病的所有复杂性,且单细胞测序样本量有限 研究葡萄膜黑色素瘤的生物学机制、驱动基因功能及免疫治疗策略 基因工程小鼠模型中的葡萄膜黑色素瘤肿瘤细胞及其微环境 数字病理学 葡萄膜黑色素瘤 单细胞RNA测序 基因工程小鼠模型 基因表达数据 未明确指定,但涉及小鼠模型中的肿瘤样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2019 2026-02-18
Single-cell transcriptomics reveals targeted modulation of inflammatory repertoire by SOCE blockers
2025-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文通过单细胞转录组学揭示了SOCE阻断剂如何靶向调节免疫细胞的炎症反应谱 首次利用多路单细胞RNA测序技术,系统比较了两种典型SOCE阻断剂BTP2和CM4620对多克隆刺激下人类外周血单个核细胞中不同免疫细胞亚群的影响,揭示了其在降低细胞毒性同时保留耐受性相关通路的特异性免疫调节机制 研究仅基于体外多克隆刺激的PBMCs模型,未在体内疾病模型或临床样本中验证;样本来源为健康供者,未涵盖病理状态下的免疫细胞;机制研究局限于转录组水平,缺乏蛋白质或功能层面的深入验证 探究SOCE阻断剂对免疫细胞功能的特异性调节作用及其分子机制 多克隆刺激的正常人类外周血单个核细胞(PBMCs),重点关注CD8效应T细胞、自然杀伤细胞和CD4调节性T细胞 单细胞转录组学 免疫介导性疾病(如器官移植) 多路单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确样本数量,但使用正常人类PBMCs NA 单细胞RNA-seq NA NA
2020 2026-02-18
Seq-Scope-eXpanded: Spatial Omics Beyond Optical Resolution
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为Seq-Scope-X的空间组学技术,通过组织扩张实现亚微米级分辨率,超越传统测序方法的限制 结合组织扩张技术,将Seq-Scope的分辨率提升至亚微米级,首次在测序方法中接近光学分辨率,并揭示核质转录组差异 未明确提及技术在大规模应用中的成本、通量或数据处理复杂性 开发超高分辨率空间转录组和蛋白质组分析工具,以突破现有测序方法的分辨率限制 肝脏、大脑、结肠等组织样本,以及小鼠脾脏和人类扁桃体 空间组学 NA 空间转录组学、空间蛋白质组学、组织扩张技术 NA 空间转录组数据、蛋白质组数据 未指定具体样本数量,但涉及多种组织类型 NA 单细胞空间转录组学、空间蛋白质组学 Seq-Scope-X Seq-Scope-eXpanded,结合组织扩张的亚微米分辨率空间组学平台
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