单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30890 篇文献，本页显示第 2001 - 2020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2001 | 2025-07-22 |
Direct microglia replacement reveals pathologic and therapeutic contributions of brain macrophages to a monogenic neurological disease
2025-May-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.019
PMID:40311614
|
研究论文 | 本研究通过直接替换小胶质细胞，揭示了脑巨噬细胞在单基因神经系统疾病中的病理和治疗作用 | 首次使用单细胞测序技术揭示了Krabbe病中巨噬细胞的早期干扰素反应特征，并通过直接替换小胶质细胞显著改善了疾病模型小鼠的生存率和病理特征 | 研究仅在Galc小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证 | 探究巨噬细胞在Krabbe病病理生理和造血干细胞移植中的作用 | Krabbe病模型小鼠和人类脑标本 | 神经科学 | Krabbe病（单基因神经系统疾病） | 单细胞测序、CNS单核细胞注射 | Galc小鼠模型 | 基因表达数据、组织病理数据 | 未明确提及具体样本数量，但包括小鼠模型和人类脑标本 |
| 2002 | 2025-07-22 |
Defining pathogenic IL-17 and CSF-1 gene expression signatures in chronic graft-versus-host disease
2025-May-08, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024025337
PMID:39977705
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研究论文 | 该研究通过单细胞测序技术在小鼠模型中定义了慢性移植物抗宿主病(cGVHD)中IL-17和CSF-1的基因表达特征，并验证了这些特征在患者中的存在 | 首次在小鼠血液单核细胞中定义了非直观的IL-17和CSF-1特征，并验证了这些特征在cGVHD患者中的存在 | 仅在70%的确诊患者和50%后续发展为cGVHD的患者中检测到这些特征 | 开发用于识别cGVHD患者中可药物治疗的免疫失调的生物标志物 | 慢性移植物抗宿主病(cGVHD)患者和小鼠模型 | 生物医学研究 | 慢性移植物抗宿主病 | 单细胞测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明患者样本数量，但涉及小鼠模型和患者样本 |
| 2003 | 2025-07-22 |
EnrichSci: Transcript-guided Targeted Cell Enrichment for Scalable Single-Cell RNA Sequencing
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651937
PMID:40654882
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研究论文 | 开发了一种名为EnrichSci的可扩展、无需微流体的平台，用于靶向细胞类型的单核转录组分析 | 结合了杂交链式反应RNA FISH与组合索引技术，实现了靶向细胞类型的单核转录组分析，并揭示了衰老相关的分子动态变化 | 目前仅在小鼠脑部的少突胶质细胞中进行了应用，尚未在其他细胞类型或组织中验证 | 解码复杂组织中多种细胞类型的动态调控景观 | 衰老小鼠脑中的少突胶质细胞亚型 | 单细胞RNA测序 | 衰老相关疾病 | 杂交链式反应RNA FISH与组合索引技术 | NA | 单核转录组数据 | 衰老小鼠脑中的少突胶质细胞 |
| 2004 | 2025-07-22 |
Decoding sexual dimorphism of the sex-shared nervous system at single-neuron resolution
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.27.630541
PMID:40654890
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，解析了成年雄性和雌雄同体个体中共享神经系统的单神经元分辨率下的性别二态性 | 揭示了神经系统在单神经元水平上的广泛分子二态性，特别是在之前未被识别的神经元类型中，如触觉感受器，并强调了神经肽在性别特异性行为中的关键作用 | 研究主要关注转录组层面的差异，未涉及蛋白质或功能层面的验证 | 探究遗传性别如何塑造神经系统在单神经元水平上的分子结构 | 成年雄性和雌雄同体个体的共享神经系统神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年雄性和雌雄同体个体的神经系统神经元 |
| 2005 | 2025-07-22 |
scRegulate: Single-Cell Regulatory-Embedded Variational Inference of Transcription Factor Activity from Gene Expression
2025-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.17.649372
PMID:40654959
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研究论文 | 开发了一个名为scRegulate的生成深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性 | 结合了基因调控网络先验知识，利用变分推断方法，能够捕捉新颖、动态和特定于上下文的调控相互作用 | 依赖于基因调控网络的先验知识，可能在某些未知调控关系的情况下表现受限 | 解决从单细胞RNA测序数据中准确推断转录因子活性的计算生物学挑战 | 转录因子活性和基因调控网络 | 计算生物学 | NA | scRNA-seq | 生成深度学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共实验数据集和合成数据集 |
| 2006 | 2025-07-22 |
Multiomic spatial atlas shows deleted in malignant brain tumors 1 (DMBT1) glycoprotein is lost in colonic dysplasia
2025-May, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6406
PMID:40026233
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研究论文 | 该研究通过多组学空间图谱揭示了在结肠发育不良中DMBT1糖蛋白的缺失 | 揭示了DMBT1在炎症与发育不良结肠中的双相调节，并提出了细菌与结肠肿瘤发生之间的潜在机制联系 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 理解宿主-微生物在结肠肿瘤发生过程中的相互作用 | 结肠发育不良和正常结肠组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、免疫荧光 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、免疫荧光图像 | 三种小鼠结肠肿瘤模型及人类腺瘤发育不良样本 |
| 2007 | 2025-07-22 |
CXCL12+ fibroblastic reticular cells in lymph nodes facilitate immune tolerance by regulating T cell-mediated alloimmunity
2025-May-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI182709
PMID:40309773
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研究论文 | 本研究探讨了淋巴结中CXCL12高表达的纤维网状细胞（FRCs）在调控T细胞介导的同种免疫反应中的作用 | 首次揭示了CXCL12hi FRCs通过表达免疫调节基因促进心脏移植耐受性的具体机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类淋巴结数据验证有限 | 阐明特定FRC亚群在控制同种免疫反应中的作用机制 | 小鼠和人类淋巴结中的CXCL12hi纤维网状细胞 | 免疫学 | 器官移植排斥反应 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 心脏移植小鼠的淋巴结和人类淋巴结样本 |
| 2008 | 2025-07-22 |
Single-cell transcriptomics reveals targeted modulation of inflammatory repertoire by SOCE blockers
2025-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.28.651042
PMID:40654653
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学揭示了SOCE阻断剂对炎症反应的靶向调控作用 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究SOCE阻断剂BTP2和CM4620对人类外周血单个核细胞的差异化影响，揭示了其对CD8效应T细胞和自然杀伤细胞的细胞毒性基因表达的抑制作用，同时保留了CD4调节性T细胞的抗炎基因表达 | 研究仅针对体外多克隆刺激的正常人类PBMCs，未涉及体内模型或疾病状态下的免疫细胞 | 探究SOCE阻断剂对不同免疫细胞类型的差异化作用机制 | 人类外周血单个核细胞(PBMCs)，包括CD8效应T细胞、自然杀伤(NK)细胞和CD4调节性T细胞 | 免疫学 | 免疫介导性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未明确说明样本数量的人类外周血单个核细胞 |
| 2009 | 2025-07-22 |
The dynamic immune behavior of primary and metastatic ovarian carcinoma
2025-Apr-25, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00818-8
PMID:40281242
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，探讨了高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中导致免疫抑制的分子机制 | 结合单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了HGSC中原发肿瘤与网膜肿瘤在免疫微环境中的差异，以及上皮细胞与免疫细胞间的交叉通讯在免疫抑制中的作用 | 研究未涉及其他类型的卵巢癌，且样本来源可能限制了结果的普遍性 | 揭示HGSC中免疫抑制的分子机制，为免疫调节药物的临床试验设计提供依据 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSC）的原发肿瘤和网膜肿瘤 | 癌症研究 | 卵巢癌 | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 2010 | 2025-07-22 |
Unified integration of spatial transcriptomics across platforms
2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646238
PMID:40236180
|
研究论文 | 介绍了一种名为L loki的新框架，用于整合不同平台的空间转录组数据 | L loki框架无需共享基因面板即可整合不同平台的空间转录组数据，通过特征对齐和批次对齐任务解决数据稀疏性和技术变异性问题 | 未提及具体局限性 | 解决跨平台空间转录组数据整合的挑战 | 小鼠脑样本和卵巢癌数据集 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 空间转录组学(ST), scRNA-seq, scGPT | scGPT | 空间转录组数据 | 小鼠脑样本来自五种不同技术，五个卵巢癌数据集 |
| 2011 | 2025-07-22 |
Dissection of tumoral niches using spatial transcriptomics and deep learning
2025-Apr-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112214
PMID:40230519
|
研究论文 | 介绍了一种名为TG-ME的计算框架，用于通过空间转录组学和深度学习解析肿瘤微环境 | 整合了transformer与图变分自编码器(GraphVAE)模型，用于空间转录组数据和形态学图像的分析 | 未提及具体的技术或应用限制 | 解析肿瘤微环境的空间组织及其分子变化 | 肿瘤微环境中的细胞和组织 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌(NSCLC) | 空间转录组学 | transformer, GraphVAE | 空间转录组数据, 形态学图像 | 未提及具体样本数量 |
| 2012 | 2025-07-22 |
Progesterone signaling in oviductal epithelial cells modulates the immune response to support preimplantation embryonic development
2025-Apr-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt6113
PMID:40249812
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研究论文 | 本研究探讨了孕酮信号在输卵管上皮细胞中对免疫反应的调节作用及其对胚胎植入前发育的影响 | 揭示了孕酮受体在输卵管上皮细胞中通过调节免疫反应（特别是IL-22）支持胚胎发育的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证 | 阐明早期妊娠失败中输卵管微环境的分子机制 | 输卵管上皮细胞与植入前胚胎 | 生殖生物学 | 妊娠相关疾病 | 条件性基因敲除、单细胞RNA测序、药理学抑制实验 | PGR敲除小鼠模型 | 基因表达数据、胚胎发育表型数据 | 未明确说明具体样本量（使用基因工程小鼠模型） |
| 2013 | 2025-07-22 |
Morphogenic, molecular and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung
2025-Apr-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204346
PMID:40177910
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研究论文 | 本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制 | 发现了鸡肺特有的KRT14表达肺泡细胞类型（命名为管腔细胞），并揭示了其与肺泡2型细胞和1型细胞在空间上的同心圆分布模式 | 研究仅聚焦于鸡肺发育过程，与其他鸟类肺部的比较分析不足 | 探索鸟类肺脏单向气流系统的发育机制及其与哺乳动物双向气流系统的差异 | 鸡肺发育过程中的形态结构、细胞类型和分子特征 | 发育生物学 | NA | 多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学 | NA | 3D图像数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 鸡肺发育关键阶段样本 |
| 2014 | 2025-07-22 |
ATM-dependent DNA damage response constrains cell growth and drives clonal hematopoiesis in telomere biology disorders
2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI181659
PMID:40179146
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研究论文 | 该研究探讨了端粒生物学障碍（TBDs）中ATM依赖性DNA损伤反应对细胞生长的影响及其在克隆造血中的作用 | 首次全面评估了TBD患者造血细胞中的获得性遗传变异，并揭示了ATM依赖性DDR通路在TBD发病机制中的关键作用 | 研究样本量相对有限（166名患者），且未探讨ATM抑制剂的长期安全性 | 理解TBD患者造血结果的潜在因素 | 166名儿童和成人TBD患者的造血细胞 | 分子生物学 | 端粒生物学障碍 | 单细胞测序、ATM激活检测、端粒功能障碍诱导的焦点分析、细胞生长检测 | NA | 遗传数据、细胞表型数据 | 166名TBD患者（儿童和成人） |
| 2015 | 2025-07-22 |
distQTL: Distribution Quantitative Trait Loci Identification by Population-Scale Single-Cell Data
2025-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.04.647121
PMID:40291679
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研究论文 | 本文提出了一种名为distQTL的新方法，利用群体规模的单细胞RNA测序数据识别分布定量性状位点（distQTLs） | 使用Fréchet回归方法，将完整的经验分布作为响应对象，而非简单的均值等统计量，从而在单细胞水平上更精细地解析转录调控 | 方法的应用依赖于大规模单细胞RNA测序数据，可能受限于数据获取成本和技术难度 | 研究遗传变异如何影响基因表达，特别是在单细胞分辨率下的调控异质性 | 外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Fréchet回归 | 单细胞RNA测序数据 | 982名捐赠者的外周血单个核细胞 |
| 2016 | 2025-07-22 |
Tumor-derived arachidonic acid reprograms neutrophils to promote immune suppression and therapy resistance in triple-negative breast cancer
2025-Apr-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.002
PMID:40157359
|
研究论文 | 本文探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）细胞通过脂质积累导致免疫抑制和治疗抵抗的机制 | 发现TNBC细胞通过脂质积累和释放花生四烯酸（AA）重编程中性粒细胞，从而促进免疫抑制和治疗抵抗 | 研究主要基于小鼠模型，人类患者数据相关性仍需进一步验证 | 揭示TNBC治疗抵抗的机制并探索潜在的治疗策略 | 三阴性乳腺癌细胞和中性粒细胞 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠模型和人类患者数据 |
| 2017 | 2025-07-22 |
Artificial variables help to avoid over-clustering in single-cell RNA sequencing
2025-Apr-03, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.014
PMID:40081375
|
research paper | 提出了一种名为'recall'的方法，通过引入人工变量来避免单细胞RNA测序中的过度聚类问题 | 提出'recall'方法，通过控制重复使用相同数据进行差异表达分析的影响，有效防止过度聚类 | 未提及具体局限性 | 解决单细胞RNA测序分析中的过度聚类问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | 真实和模拟数据 |
| 2018 | 2025-07-22 |
The essential role of connective-tissue cells during axolotl limb regeneration
2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.30.645595
PMID:40236065
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研究论文 | 本研究探讨了结缔组织细胞在蝾螈肢体再生过程中的重要作用 | 通过空间转录组学技术揭示了结缔组织细胞在再生芽基中的高比例及其必要性，并建立了交互式网络平台共享分子特征数据 | 未详细探讨其他类型细胞在再生过程中的具体作用 | 阐明蝾螈肢体再生过程中结缔组织细胞的关键作用 | 蝾螈肢体再生过程中的结缔组织细胞 | 再生生物学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2019 | 2025-07-22 |
The immune checkpoint regulator CD40 potentiates myocardial inflammation
2025-Apr, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00633-1
PMID:40217124
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研究论文 | 本文探讨了CD40激动剂在心肌炎症中的作用及其潜在的心脏副作用 | 首次揭示了CD40激动剂通过激活CCR2巨噬细胞和招募效应记忆CD8 T细胞重塑心脏免疫景观的机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚待验证 | 评估CD40激动剂在心肌炎症和心力衰竭发病机制中的潜在作用 | CD40激动剂对心脏免疫系统的影响 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞测序、细胞耗竭研究 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据 | NA |
| 2020 | 2025-07-22 |
Whole-Genome Sequencing Reveals Individual and Cohort Level Insights into Chromosome 9p Syndromes
2025-Mar-30, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.03.28.25324850
PMID:40196253
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研究论文 | 本研究通过全基因组测序（WGS）对100名9p相关综合征患者进行了大规模分析，揭示了染色体9p缺失和重复综合征的基因组结构特征 | 首次大规模应用全基因组测序技术研究9p相关综合征，并开发了基于机器学习的预测模型，同时发现了两个新的晚期复制区域（LRR1和LRR2） | 样本量相对有限（100名个体），且研究结果需要进一步验证和扩展 | 深入理解染色体9p缺失和重复综合征的基因组特征及其临床意义 | 100名来自9p相关综合征家庭的个体（包括85名无关先证者） | 基因组学 | 染色体异常综合征 | 全基因组测序（WGS）、空间转录组学、机器学习 | 机器学习模型（具体类型未说明） | 基因组数据、转录组数据 | 100名个体（85名无关先证者） |