单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 20141 - 20160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 20141 | 2024-08-05 |
Single-cell profiles reveal distinctive immune response in atopic dermatitis in contrast to psoriasis
2023-02, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.15486
PMID:35986602
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研究论文 | 本研究探讨了特应性皮炎和银屑病患者的免疫反应差异 | 首次通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序揭示特应性皮炎与银屑病在疾病驱动细胞类型及亚型上的不同 | 缺乏对其他类型慢性炎症皮肤疾病的比较分析 | 探讨特应性皮炎与银屑病的炎症特征及其严重程度的关联 | 特应性皮炎和银屑病患者的免疫细胞 | 数字病理学 | 皮肤病 | 单细胞RNA测序和TCR测序 | NA | 细胞数据 | 来自特应性皮炎和银屑病患者的皮肤活检和血液样本 |
| 20142 | 2024-08-05 |
Comprehensive Analysis of Fibroblast Activation Protein Expression in Interstitial Lung Diseases
2023-01-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202110-2414OC
PMID:35984444
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研究论文 | 本文全面分析了纤维母细胞激活蛋白在间质性肺疾病中的表达。 | 首次揭示了FAP在低剂量促纤维化细胞因子作用下的早期激活阶段显著上调。 | 虽然应用了多种实验方法，但对于FAP在各种间质性肺疾病中表达模式的定义仍然不足。 | 研究FAP的表达强度能否作为间质性肺疾病中活化纤维母细胞的潜在评估指标。 | 人类原代肺纤维母细胞及临床肺标本。 | 数字病理学 | 间质性肺疾病 | 实时定量PCR（qPCR）、西方印迹、免疫荧光染色、深度学习测量全切片免疫组化、单细胞测序等。 | NA | 临床样本数据 | 多种类型的间质性肺疾病患者 |
| 20143 | 2024-08-08 |
Genomic insights into the phylogeny and biomass-degrading enzymes of rumen ciliates
2022-12, The ISME journal
DOI:10.1038/s41396-022-01306-8
PMID:35986094
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和组装识别流程，获得了52个高质量的瘤胃纤毛虫基因组，解析了其分类和系统发育框架，并揭示了瘤胃纤毛虫广泛的碳水化合物活性酶（CAZymes）以降解各种植物和微生物碳水化合物 | 首次大规模分析了瘤胃纤毛虫的基因组，揭示了其通过水平基因转移和基因家族扩张获得广泛的碳水化合物活性酶，特别是Diplodiniinae和Ophryoscolecinae物种编码的CAZymes数量与肠道真菌相当 | NA | 探究瘤胃纤毛虫的基因组多样性和降解酶的遗传基础 | 瘤胃纤毛虫的基因组和碳水化合物活性酶 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组 | 52个高质量的瘤胃纤毛虫基因组 |
| 20144 | 2024-08-08 |
Combined hepatocellular-cholangiocarcinoma derives from liver progenitor cells and depends on senescence and IL-6 trans-signaling
2022-12, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2022.07.029
PMID:35988690
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研究论文 | 本研究探讨了肝前体细胞在肝细胞癌（HCC）和混合型肝细胞癌-胆管癌（cHCC-CCA）中的作用，并揭示了IL-6跨信号传导在此过程中的重要性。 | 首次证明cHCC-CCA肿瘤来源于肝前体细胞，并依赖于衰老细胞中的IL-6通过IL-6跨信号传导途径。 | NA | 确定肝前体细胞是否参与HCC、cHCC-CCA或两种肿瘤的发生。 | 肝前体细胞在肝细胞癌和混合型肝细胞癌-胆管癌中的作用。 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用Mdr2-KOFoxl1-CRE;RosaYFP小鼠模型进行研究。 |
| 20145 | 2024-08-08 |
Network analysis reveals different hub genes and molecular pathways for pig in vitro fertilized early embryos and parthenogenotes
2022-Dec, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene
DOI:10.1111/rda.14231
PMID:35997106
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研究论文 | 本文通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）研究了体外受精早期胚胎和孤雌激活胚胎的母源到合子过渡（MZT）过程中的功能模块和枢纽基因。 | 首次应用WGCNA分析方法揭示了猪体外受精早期胚胎和孤雌激活胚胎在MZT过程中的不同枢纽基因和分子通路。 | NA | 深入研究猪胚胎中母源到合子过渡（MZT）的调控和功能。 | 猪体外受精早期胚胎和孤雌激活胚胎的母源到合子过渡（MZT）过程中的功能模块和枢纽基因。 | 生物信息学 | NA | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 45个单细胞RNA测序数据集 |
| 20146 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-sequencing dissects cellular heterogeneity and identifies two tumor-suppressing immune cell subclusters in HPV-related cervical adenosquamous carcinoma
2022-12, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.28084
PMID:36000446
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了人乳头瘤病毒（HPV）相关宫颈腺鳞癌的肿瘤内异质性，识别了七个上皮和十一个免疫亚群 | 首次详细解析了HPV相关宫颈腺鳞癌的细胞异质性，并发现了两个具有肿瘤抑制作用的免疫细胞亚群 | 研究样本仅来自两个HPV相关宫颈腺鳞癌样本，可能影响结果的普遍性 | 探究HPV相关宫颈腺鳞癌的肿瘤内异质性，以改进诊断和治疗策略 | HPV相关宫颈腺鳞癌的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 18,046个单细胞样本，以及165名HPV相关宫颈癌患者的数据 |
| 20147 | 2024-08-08 |
Uptake of Staphylococcus aureus by keratinocytes is reduced by interferon-fibronectin pathway and filaggrin expression
2022-Nov, The Journal of dermatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1111/1346-8138.16546
PMID:35983802
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研究论文 | 研究探讨了金黄色葡萄球菌（S. aureus）在特应性皮炎（AD）患者皮肤中的吸收机制，以及干扰素-纤维连接蛋白途径和丝聚合蛋白表达对角质形成细胞吸收金黄色葡萄球菌的影响。 | 首次揭示了干扰素-γ通过调节纤维连接蛋白和丝聚合蛋白表达，影响角质形成细胞对AD型金黄色葡萄球菌的吸收。 | 研究仅限于细胞水平，未涉及体内实验，且样本量较小。 | 阐明金黄色葡萄球菌在特应性皮炎患者皮肤中的吸收机制及其影响因素。 | 金黄色葡萄球菌、角质形成细胞（HaCaT细胞）、干扰素-γ、白细胞介素-4、白细胞介素-13。 | NA | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 约100个细胞 |
| 20148 | 2024-08-08 |
Construction of the prognostic enhancer RNA regulatory network in osteosarcoma
2022-Nov, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2022.101499
PMID:36001923
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研究论文 | 本文构建了基于增强子RNA的预测骨肉瘤患者预后的模型，并探索了骨肉瘤发病机制的相关调控网络 | 首次构建了基于增强子RNA的骨肉瘤预后预测模型，并整合生物信息学分析探索了骨肉瘤发病机制的潜在调控网络 | NA | 预测骨肉瘤患者的预后并探索骨肉瘤发病机制的调控网络 | 骨肉瘤中的差异表达增强子RNA、转录因子及其靶基因 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | limma包（线性模型用于微阵列分析） | 多元风险预测模型 | RNA | 3,981个差异表达靶基因，468个差异表达增强子RNA，51个差异表达转录因子，27个差异表达标志性基因集 |
| 20149 | 2024-08-08 |
Comprehensive identification of immuno-related transcriptional signature for active pulmonary tuberculosis by integrated analysis of array and single cell RNA-seq
2022-11, The Journal of infection
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.jinf.2022.08.017
PMID:36007657
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研究论文 | 本文通过综合分析阵列和单细胞RNA测序数据，全面识别了活动性肺结核的免疫相关转录特征，并探索了潜在的诊断标记物。 | 本文首次结合阵列和单细胞RNA测序技术，筛选出与结核病高度相关的三个关键免疫相关枢纽基因，并验证了ADM基因在结核病患者中的显著表达增加。 | 研究样本量较小，需要进一步在大规模队列中验证。 | 旨在识别活动性肺结核的免疫相关转录特征，并探索潜在的诊断标记物。 | 研究对象包括结核病、潜伏性结核感染和健康对照的血液样本。 | 数字病理学 | 肺结核 | 阵列和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及成人和儿童的结核病、潜伏性结核感染和健康对照的血液样本 |
| 20150 | 2024-08-08 |
Single-cell mutation calling and phylogenetic tree reconstruction with loss and recurrence
2022-10-14, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac577
PMID:36000873
|
研究论文 | 本文介绍了一种方法，通过建模噪声过程并允许突变在肿瘤进化过程中丢失或重新出现，联合调用每个细胞中的突变，重建细胞间的系统发育关系，并确定突变丢失和重新出现的位置 | 提出了一个贝叶斯方法，能够准确调用突变并量化预测的确定性，同时展示了允许突变丢失或重新出现的优势 | NA | 理解每个患者的肿瘤组成和进化历史，为个性化治疗提供关键信息 | 肿瘤细胞的异质性和进化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | 贝叶斯模型 | 单细胞测序数据 | NA |
| 20151 | 2024-08-08 |
propeller: testing for differences in cell type proportions in single cell data
2022-10-14, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac582
PMID:36005887
|
研究论文 | 本文介绍了propeller方法，用于检测单细胞数据中细胞类型比例在不同实验条件下的差异 | propeller方法利用生物复制来发现细胞类型比例在组间的统计显著差异，并展示了其在多种场景下的良好表现 | NA | 开发一种统计方法来准确识别单细胞RNA测序数据中细胞类型组成的统计显著变化 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型比例 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 数据 | 数千到数百万的单细胞 |
| 20152 | 2024-08-08 |
Lymphatic migration of unconventional T cells promotes site-specific immunity in distinct lymph nodes
2022-10-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2022.07.019
PMID:36002023
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研究论文 | 本研究通过淋巴结移植、单细胞RNA测序、光谱流式细胞术和转基因小鼠模型，展示了源自组织的非常规T细胞（UTCs）通过淋巴途径迁移到局部引流淋巴结 | 发现每个组织都拥有独特的UTCs谱，这些细胞具有局部适应的分化状态和独特的T细胞受体库，使得每个引流淋巴结都由独特的组织决定性混合淋巴细胞组成 | NA | 研究非常规T细胞在淋巴结中的迁移及其对特定部位免疫反应的影响 | 非常规T细胞（UTCs）及其在淋巴结中的迁移和功能 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序、光谱流式细胞术 | NA | 细胞 | 转基因小鼠模型 |
| 20153 | 2024-08-08 |
Phosphatase control of cytokine-mediated overproduction of galactose-deficient IgA1, the main autoantigen in IgA nephropathy
2022-10, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2022.102883
PMID:35987175
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研究论文 | 本文研究了磷酸酶在细胞因子介导的过量产生缺乏半乳糖的IgA1（IgA肾病的主要自身抗原）中的调控作用 | 发现了IgA1分泌细胞中C1GALT1表达减少的亚群，这些细胞在细胞因子刺激下表现出异常的细胞因子信号传导调控，可能导致IgA肾病中自身抗原的过量产生 | NA | 探讨IgA肾病中自身抗原过量产生的机制 | IgA肾病患者的外周血单个核细胞（PBMCs）和健康对照者的PBMCs | NA | 肾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 来自IgA肾病患者和健康对照者的PBMCs |
| 20154 | 2024-08-08 |
Intestinal single-cell atlas reveals novel lymphocytes in pigs with similarities to human cells
2022-10, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202201442
PMID:35995567
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，在猪的回肠中鉴定了26种细胞类型，并与人和小鼠的回肠细胞进行了比较 | 发现了猪特有的淋巴细胞亚群，并定义了猪的外周和回肠先天淋巴细胞的基因特征，揭示了与人类先天淋巴细胞的相似性 | NA | 深入理解猪的肠道淋巴细胞，以提高其在生物医学模型中的实用性 | 猪的肠道淋巴细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 猪的回肠中的26种细胞类型 |
| 20155 | 2024-08-08 |
A novel approach to single-cell analysis reveals intrinsic differences in immune marker expression in unstimulated BALB/c and C57BL/6 macrophages
2022-10, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.14478
PMID:36001069
|
研究论文 | 本文通过一种新的单细胞RNA测序分析方法，揭示了未刺激的BALB/c和C57BL/6小鼠巨噬细胞在免疫标记表达上的内在差异。 | 本文采用了一种新的单细胞RNA测序分析方法，能够揭示未刺激巨噬细胞在基因表达上的差异。 | NA | 探讨巨噬细胞在未刺激状态下基因表达的差异及其对免疫反应的影响。 | BALB/c和C57BL/6小鼠的未刺激巨噬细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | BALB/c和C57BL/6小鼠的未刺激巨噬细胞群体 |
| 20156 | 2024-08-08 |
scWMC: weighted matrix completion-based imputation of scRNA-seq data via prior subspace information
2022-09-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac570
PMID:35984287
|
研究论文 | 本文提出了一种基于加权矩阵补全的scRNA-seq数据插补方法scWMC，通过利用先验子空间信息来提高插补精度 | 开发了一种新的正则化方法，利用不完美的先验信息来估计真实的潜在先验子空间，并将其嵌入到典型的基于低秩矩阵补全的框架中 | NA | 提高scRNA-seq数据中由于技术缺陷导致的基因表达值为零的插补精度 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 低秩矩阵补全 | 基因表达矩阵 | 模拟和真实scRNA-seq数据 |
| 20157 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing reveals novel cellular heterogeneity in uterine leiomyomas
2022-09-30, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deac183
PMID:36001050
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术揭示了子宫平滑肌瘤组织中的细胞异质性 | 发现了子宫平滑肌瘤和子宫肌层中平滑肌细胞、成纤维细胞和内皮细胞的异质性，并首次在单细胞水平上比较了这些组织的转录组差异 | 研究主要集中在携带MED12变异的子宫平滑肌瘤，其他遗传重排的子宫平滑肌瘤可能在细胞组成和转录组特征上有所不同 | 探究子宫肌层和子宫平滑肌瘤的细胞组成及单细胞转录组差异 | 子宫平滑肌瘤和子宫肌层的细胞组成及转录组差异 | 数字病理学 | 子宫平滑肌瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 从八名患者中共收集了五个子宫平滑肌瘤和五个子宫肌层样本 |
| 20158 | 2024-08-08 |
Using human iPSC-derived kidney organoids to decipher SARS-CoV-2 pathology on single cell level
2022-09-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101612
PMID:35983169
|
研究论文 | 本文描述了一种用于单细胞RNA测序的SARS-CoV-2感染的人诱导多能干细胞（iPSC）衍生的肾脏类器官的协议 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究SARS-CoV-2感染的iPSC衍生的肾脏类器官 | 该协议主要针对6孔Transwell格式培养的肾脏类器官，其他器官背景的类器官需要适应 | 揭示SARS-CoV-2感染后肾脏细胞的变化 | 人诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个肾脏类器官样本 |
| 20159 | 2024-08-08 |
Protocol to analyze antitumor immunity of orthotopic injection and spontaneous murine high-grade glioma models using flow cytometry and single-cell RNA sequencing
2022-09-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101607
PMID:35990740
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研究论文 | 本文描述了一种用于诱导自发脑肿瘤模型、从脑肿瘤微环境中分离单细胞并使用scRNA-seq和流式细胞术分析免疫反应的协议 | 提出了一种自发脑肿瘤模型，避免了传统骨钻和肿瘤细胞注射方法的不良影响 | 目前对脑肿瘤免疫的理解仍然不足 | 研究脑肿瘤的抗肿瘤免疫 | 自发脑肿瘤模型中的单细胞和免疫反应 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | scRNA-seq和流式细胞术 | NA | 单细胞RNA序列数据和流式细胞术数据 | 未具体说明样本数量 |
| 20160 | 2024-08-08 |
Migrating Type 2 Dendritic Cells Prime Mucosal Th17 Cells Specific to Small Intestinal Commensal Bacteria
2022-09-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2200204
PMID:35995508
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研究论文 | 本文研究了小肠中特定共生细菌驱动的Th17细胞的早期激活过程，发现这一过程由表达Zbtb46的DC2细胞控制 | 首次揭示了DC2细胞在小肠共生细菌驱动的Th17细胞早期激活中的关键作用 | NA | 探讨小肠中共生细菌驱动的Th17细胞的早期激活机制 | 小肠中的DC2细胞和Th17细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用小鼠共生细菌实验模型进行研究 |