单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
20121	2024-08-08	Characterization of the evolution trajectory and immune profiling of new histologic patterns in lung adenocarcinoma 2022-11, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3455 PMID:36194517	研究论文	本研究重新分析了TCGA-LUAD大型数据集，全面描绘了肺腺癌中不同组织学模式的基因组和转录组特征，并探讨了其分子进化机制和免疫微环境特征	首次识别出一种新的癌症相关成纤维细胞亚型，该亚型同时表达成纤维细胞激活蛋白-α和干扰素基因刺激因子，并揭示了FAP作为CAFs中STING的重要下游效应因子	NA	探讨肺腺癌中不同组织学模式的分子特征及其在原发肿瘤和淋巴结转移中的分子进化机制	肺腺癌中的组织学模式及其分子特征	数字病理学	肺癌	单细胞转录组测序	NA	基因组和转录组数据	大型TCGA-LUAD数据集
20122	2024-08-08	Comprehensive multi-omics single-cell data integration reveals greater heterogeneity in the human immune system 2022-Oct-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105123 PMID:36185375	研究论文	本文开发了一种名为SuPERR的新分析流程，用于提高多组学单细胞数据集中细胞类型识别的分辨率和准确性	SuPERR流程能够更精确地去除细胞双联体，并通过整合细胞表面蛋白和免疫球蛋白转录本计数信息，防止细胞类型错误分类	NA	旨在深入理解人类免疫系统的多样性和异质性	人类免疫系统的细胞类型及其在不同组织和疾病背景下的多样性	数字病理学	NA	单细胞转录组学、蛋白质组学和细胞受体组库	NA	多组学数据	NA
20123	2024-08-08	Multi-Omics Analysis Reveals the Unexpected Immune Regulatory Effects of Arsenene Nanosheets in Tumor Microenvironment 2022-Oct-12, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.2c10743 PMID:36166745	研究论文	本研究探讨了砷烯纳米片在肿瘤微环境中的免疫调节作用及其机制	首次发现砷烯纳米片能够通过激活T细胞受体信号通路和抑制肿瘤细胞的DNA复制及TCA循环途径，重塑肿瘤微环境，增强抗肿瘤免疫反应	NA	揭示砷烯纳米片在肿瘤微环境中的免疫调节机制	砷烯纳米片及其在肿瘤微环境中的作用	纳米医学	肿瘤	单细胞RNA测序，蛋白质组学分析	NA	细胞	具体样本数量未提及
20124	2024-08-08	Conservation at the uterine-placental interface 2022-10-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2210633119 PMID:36191208	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了早期和晚期妊娠阶段大鼠子宫-胎盘界面入侵滋养层细胞及其他细胞群体的转录组特征	发现大鼠入侵滋养层细胞的转录本在人类胎盘的入侵绒毛外滋养层细胞中具有保守性	NA	探究子宫-胎盘界面中滋养层细胞与母体细胞的相互作用及其对胎儿生长的影响	大鼠子宫-胎盘界面中的入侵滋养层细胞及其他细胞群体	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	早期（妊娠第15.5天）和晚期（妊娠第19.5天）的大鼠子宫-胎盘界面细胞样本
20125	2024-08-08	Single-cell sequencing resolves the landscape of immune cells and regulatory mechanisms in HIV-infected immune non-responders 2022-10-04, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-022-05225-6 PMID:36195585	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）分析了来自HIV-1感染的免疫非应答者（INR）和应答者（IR）的外周血单个核细胞（PBMCs），揭示了INR中黏膜相关不变T细胞（MAIT）低表达及其与受损线粒体功能和凋亡信号相关的转录特征。	首次通过单细胞测序技术详细解析了HIV感染后免疫非应答者的免疫细胞图谱及其调控机制，特别是发现了MAIT细胞在INR中的功能障碍及其与线粒体功能的关系。	研究样本仅限于外周血单个核细胞，未涉及其他组织或器官的细胞，可能限制了对HIV感染后免疫重建失败机制的全面理解。	探究HIV感染后免疫非应答者免疫重建失败的机制。	HIV-1感染的免疫非应答者（INR）和应答者（IR）的外周血单个核细胞（PBMCs）。	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	细胞	来自免疫非应答者（INR）和应答者（IR）的多个样本
20126	2024-08-08	Multicellular immune dynamics implicate PIM1 as a potential therapeutic target for uveitis 2022-10-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33502-7 PMID:36195600	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU），揭示了疾病进展中的细胞组成和转录调控变化，并发现PIM1分子与疾病相关	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了葡萄膜炎中细胞动态变化，并识别出PIM1作为潜在治疗靶点	NA	探究葡萄膜炎的细胞动态和发病机制，并寻找潜在的治疗靶点	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）和人类葡萄膜炎（VKH）	NA	葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
20127	2024-08-08	Spatial transcriptomics tools allow for regional exploration of heterogeneous muscle pathology in the pre-clinical rabbit model of rotator cuff tear 2022-Oct-04, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-022-03326-8 PMID:36195913	研究论文	本文评估了空间转录组技术在兔肩袖撕裂模型中探索异质性骨骼肌组织区域细胞活动的潜力和挑战	使用3' Visium空间转录组技术，能够在先前获取的组织中探索空间转录模式，并与底层组织学相关联	肌肉纤维过长，难以被单细胞液滴包围，且单核转录组学受肌肉纤维多核化的影响	评估空间转录组技术在理解异质性骨骼肌组织区域细胞活动中的潜力和挑战	兔肩袖撕裂模型的肌肉组织	数字病理学	肌肉疾病	3' Visium空间转录组技术	NA	转录组数据	健康对照组和手术后2周及16周的组织样本，以及储存超过6年的组织样本
20128	2024-08-08	The heterogeneity of mammalian utricular cells over the course of development 2022-10, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1052 PMID:36178017	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了从新生期到成年期小鼠椭圆囊细胞的异质性，并追踪了新毛细胞的来源	发现新毛细胞主要通过Sox9+前体细胞分化产生，而非有丝分裂增殖	NA	探究哺乳动物椭圆囊细胞在发育过程中的命运及其特征	小鼠椭圆囊中的毛细胞和支持细胞	NA	NA	单细胞测序	NA	细胞	包括新生期和成年期的小鼠椭圆囊样本，具体为P2、P7和P30的小鼠
20129	2024-08-08	Cell Heterogeneity Uncovered by Single-Cell RNA Sequencing Offers Potential Therapeutic Targets for Ischemic Stroke 2022-Oct-01, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2022.0212 PMID:36186129	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示缺血性中风中细胞异质性和潜在治疗靶点方面的应用	利用单细胞RNA测序技术无偏倚地确定高分辨率的细胞异质性，并识别细胞标记，揭示了细胞类型特异性基因表达模式中的主要脑簇以及细胞特异性亚簇及其在不同通路中的功能	NA	旨在启发新的研究，并为探索单细胞水平上缺血性中风的潜在病理机制和新型治疗策略提供方向	缺血性中风中的脑细胞和外周免疫细胞	数字病理学	中风	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
20130	2024-08-08	Fast and interpretable consensus clustering via minipatch learning 2022-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010577 PMID:36191044	研究论文	本文提出了一种快速且可解释的共识聚类方法IMPACC，通过使用微小块（minipatches）学习来提高聚类的准确性、稳定性和计算效率	IMPACC方法通过从观测和特征的微小子集中集成聚类共现，显著减少了计算时间，并开发了自适应采样方案以提高可靠性和解释性	NA	解决共识聚类在处理大规模生物信息学数据时的计算效率低下和缺乏解释性的问题	大规模生物信息学数据，如单细胞测序数据	生物信息学	NA	共识聚类	NA	数据集	多种真实大规模生物信息学数据集
20131	2024-08-08	CaSee: A lightning transfer-learning model directly used to discriminate cancer/normal cells from scRNA-seq 2022-10, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-022-02478-5 PMID:36192479	研究论文	本研究开发了一种名为pan-Cancer Seeker（CaSee）的转移学习模型，用于直接从scRNA-seq表达矩阵中区分癌细胞和正常细胞	CaSee是首个直接用于scRNA-seq表达矩阵中区分癌细胞和正常细胞的工具，相较于需要相应参考细胞的拷贝数变异（CNV）方法，具有更广泛的应用领域和更高的效率	NA	开发一种基于深度学习的泛癌细胞鉴别模型，以区分癌细胞和正常细胞	scRNA-seq表达矩阵中的癌细胞和正常细胞	基因组学	癌症	scRNA-seq	转移学习模型	表达矩阵	在11个回顾性队列和1个独立数据集的多中心数据评估中展示了优异的性能
20132	2024-08-08	Therapeutic implications of mitochondrial stress-induced proteasome inhibitor resistance in multiple myeloma 2022-09-30, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abq5575 PMID:36170375	研究论文	本文探讨了线粒体应激诱导的蛋白酶体抑制剂抗性在多发性骨髓瘤中的治疗意义	首次揭示了电子传递链抑制促进蛋白酶体抑制剂抗性的机制，并提出了针对线粒体代谢状态的联合治疗方案	NA	研究多发性骨髓瘤中代谢状态与治疗抗性的关联	多发性骨髓瘤患者及细胞模型	NA	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及CoMMpass试验中的患者样本
20133	2024-08-08	Rapid and sensitive single-cell RNA sequencing with SHERRY2 2022-09-30, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-022-01416-x PMID:36175891	研究论文	本文介绍了一种名为SHERRY2的单细胞RNA测序优化协议，无需第二链cDNA合成，具有高灵敏度和准确性	SHERRY2利用Tn5转座酶直接切割和标记DNA/RNA异源双链，避免了预扩增和序列依赖性偏差	NA	开发一种新型单细胞RNA测序方法，提高测序的灵敏度和准确性	单细胞RNA测序技术	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个细胞
20134	2024-08-08	In vivo generation of bone marrow from embryonic stem cells in interspecies chimeras 2022-Sep-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.74018 PMID:36178184	研究论文	本文通过胚胎互补技术，在鼠-鼠嵌合体中从胚胎干细胞生成骨髓细胞系，并分析了其基因表达特征和细胞表面标记	首次在鼠-鼠嵌合体中成功生成功能性骨髓，并展示了胚胎干细胞衍生的造血干细胞的长期重建潜力	该方法目前仅在鼠-鼠嵌合体中验证，尚未在其他物种中进行测试	加速未来针对致命疾病的细胞疗法的开发	胚胎干细胞衍生的骨髓细胞系及其在嵌合体中的功能	干细胞研究	NA	荧光激活细胞分选分析，单细胞RNA测序	NA	细胞	使用了鼠胚胎干细胞和鼠-鼠嵌合体
20135	2024-08-08	CAR density influences antitumoral efficacy of BCMA CAR T cells and correlates with clinical outcome 2022-Sep-30, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo0514 PMID:36179026	研究论文	本研究探讨了CAR密度对BCMA CAR T细胞功能的影响及其与临床结果的相关性	首次揭示了CAR密度对CAR T细胞功能的影响，并提供了基因调控网络的机制洞察	研究主要集中在体外和转录水平，需要进一步的临床试验验证	识别与CAR T细胞长期疗效相关的新标志物	BCMA CAR T细胞的功能及其在多发性骨髓瘤治疗中的应用	NA	多发性骨髓瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	涉及多个血液恶性肿瘤患者
20136	2024-08-08	Single cell and spatial transcriptomic analyses reveal microglia-plasma cell crosstalk in the brain during Trypanosoma brucei infection 2022-09-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33542-z PMID:36180478	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示了在布氏锥虫感染期间大脑中微胶质细胞与浆细胞之间的相互作用	发现了微胶质细胞与Cd138浆细胞之间通过IL-10和B细胞激活因子（BAFF）信号传导的先前未知的相互作用	NA	旨在深入了解非洲锥虫感染期间大脑的分子和细胞反应	布氏锥虫感染期间大脑中的微胶质细胞和浆细胞	数字病理学	睡眠病	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠大脑样本
20137	2024-08-08	LAG3 blockade coordinates with microwave ablation to promote CD8+ T cell-mediated anti-tumor immunity 2022-09-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-022-03646-7 PMID:36180876	研究论文	本文研究了LAG3阻断与微波消融（MWA）联合治疗在促进CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用。	首次报道了LAG3在肿瘤微环境中的上调表达，并提出MWA与LAG3阻断的联合治疗策略。	研究仅在预临床小鼠模型中进行，需要进一步的临床试验验证。	探讨LAG3阻断与MWA联合治疗在某些实体瘤中的疗效及其对肿瘤微环境的影响。	研究对象包括肿瘤微环境中的免疫细胞和CD8+ T细胞。	数字病理学	实体瘤	微波消融（MWA）	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	研究使用了预临床小鼠模型，具体样本数量未详细说明。
20138	2024-08-08	Bone marrow-derived naïve B lymphocytes improve heart function after myocardial infarction: a novel cardioprotective mechanism for empagliflozin 2022-09-28, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-022-00956-1 PMID:36171393	研究论文	研究探讨了骨髓来源的初始B淋巴细胞在心肌梗死后改善心脏功能的作用，以及SGLT2抑制剂empagliflozin在此过程中的保护机制	首次建立了双次心肌梗死模型来评估empagliflozin的剂量依赖性心脏保护作用，并揭示了empagliflozin恢复骨髓初始B细胞数量和功能的机制	研究主要基于小鼠模型和少量急性心肌梗死患者，需要更多临床试验验证	探究心肌梗死后适应性免疫反应的作用机制，特别是B淋巴细胞的作用，并评估empagliflozin的心脏保护效果	骨髓来源的初始B淋巴细胞、心肌梗死模型小鼠、急性心肌梗死患者	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	14名急性心肌梗死患者和18名对照组
20139	2024-08-08	Single-cell analysis reveals heterogeneity of juvenile idiopathic arthritis fibroblast-like synoviocytes with implications for disease subtype 2022-09-27, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-022-02913-8 PMID:36167601	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了幼年特发性关节炎中的成纤维样滑膜细胞的异质性及其与疾病亚型的关系	首次揭示了幼年特发性关节炎中成纤维样滑膜细胞的异质性，并发现特定的基因表达模式可以区分不同的疾病亚型	NA	探究幼年特发性关节炎中成纤维样滑膜细胞的异质性及其与疾病亚型的关系	幼年特发性关节炎中的成纤维样滑膜细胞	数字病理学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自三种持续性寡关节炎、三种扩展前寡关节炎和三种多关节炎亚型的成纤维样滑膜细胞系
20140	2024-08-08	Polyclonal evolution of Fanconi anemia to MDS and AML revealed at single cell resolution 2022-Sep-27, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-022-00319-5 PMID:36167633	研究论文	本研究通过单细胞分辨率揭示了范可尼贫血向骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病的多克隆演化过程	首次在单细胞水平上展示了范可尼贫血向骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病演化的多克隆模式	研究仅基于少数患者样本，可能无法完全代表所有范可尼贫血患者的演化模式	探究范可尼贫血向骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病的分子克隆演化过程	范可尼贫血患者及其向骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病的演化过程	NA	骨髓增生异常综合征，急性髓系白血病	单细胞测序	NA	基因组数据	包括一个从范可尼贫血演化为骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病的患者样本（P1001）及其他三个处于骨髓增生异常综合征阶段的范可尼贫血患者样本