单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27648 篇文献，本页显示第 20101 - 20120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 20101 | 2024-08-05 |
A Survey on Methods for Predicting Polyadenylation Sites from DNA Sequences, Bulk RNA-seq, and Single-cell RNA-seq
2023-02, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2022.09.005
PMID:36167284
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研究论文 | 本文全面概述了从DNA序列、整体RNA测序和单细胞RNA测序中预测聚腺苷酸化位点的方法 | 提出了评估不同工具预测的聚腺苷酸化位点可靠性的方法和选择适当方法的实用指南 | 研究中未提及对所讨论工具和方法的具体性能评估结果 | 探讨聚腺苷酸化在基因调控中的机制，及其相关的计算预测工具 | 主要研究对象为基因组数据中的聚腺苷酸化位点 | 计算生物学 | NA | RNA测序 | 机器学习 | 基因组数据 | 来自外周血单核细胞的整体RNA测序和单细胞RNA测序数据 |
| 20102 | 2024-08-08 |
A Novel MIP-1-Expressing Macrophage Subtype in BAL Fluid from Healthy Volunteers
2023-02, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2021-0123OC
PMID:36174229
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了来自健康志愿者的BAL液中的细胞异质性，特别是巨噬细胞的亚型。 | 首次在健康个体的BAL液中鉴定出表达MIP-1的巨噬细胞亚群，并通过RNA杂交和重新分析已发表的肺单细胞数据验证了这一亚群的存在。 | 组织可用性仍然是使用单细胞基因组技术研究人体健康和疾病中细胞异质性的重要限制因素。 | 研究健康个体肺部巨噬细胞的异质性，并为未来研究健康和疾病中的肺部环境提供资源。 | 来自健康志愿者的BAL液中的细胞，特别是巨噬细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从四名健康志愿者的BAL液中分离出超过40,000个细胞 |
| 20103 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals New Basic and Translational Insights in the Cystic Fibrosis Lung
2023-02, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2022-0038TR
PMID:36194688
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在囊性纤维化（CF）肺研究中的应用，揭示了新的细胞和分子机制 | 利用scRNA-seq技术揭示了CF肺病的新细胞和分子叙述，并探讨了未来利用单细胞技术进行临床应用的机会 | NA | 探讨scRNA-seq在CF肺病研究中的应用及未来临床应用的可能性 | 囊性纤维化肺病 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 20104 | 2024-08-08 |
Regional epithelial cell diversity in the small intestine of pigs
2023-Jan-03, Journal of animal science
IF:2.7Q1
DOI:10.1093/jas/skac318
PMID:36183288
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了猪小肠不同区域的黏膜上皮细胞 | 发现了猪特有的EE细胞亚群，以及BEST4肠细胞在猪小肠中的分布与人类不同 | 某些区域特异性表达仅通过单细胞RNA测序检测到，可能存在其他未检测到的差异 | 深入了解猪小肠黏膜上皮细胞的区域分布和特化，以开发控制食欲、压力和营养吸收的方法 | 猪小肠的十二指肠、空肠和回肠的黏膜上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自十二指肠、空肠和回肠的黏膜上皮细胞 |
| 20105 | 2024-08-08 |
Histamine Signaling Is Essential for Tissue Macrophage Differentiation and Suppression of Bacterial Overgrowth in the Stomach
2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.09.008
PMID:36167263
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研究论文 | 本研究探讨了组胺信号在胃组织巨噬细胞分化和维持胃稳态中的重要作用 | 首次揭示了组胺信号在胃组织巨噬细胞分化中的精确作用，并通过抑制胃内细菌过度生长来维持胃稳态 | NA | 旨在揭示组胺在介导巨噬细胞分化和维持胃稳态中的精确作用 | 组胺信号在胃组织巨噬细胞分化中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序分析，流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据 | 使用组氨酸脱羧酶敲除（Hdc-/-）小鼠，无菌Hdc-/-小鼠和骨髓移植的Hdc-/-小鼠进行深入的体内研究 |
| 20106 | 2024-08-08 |
Remodelling landscape of tissue-engineered bladder with porcine small intestine submucosa using single-cell RNA sequencing
2023-Jan, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13343
PMID:36177893
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了使用猪小肠黏膜下层（PSIS）构建的组织工程膀胱的细胞重塑景观 | 首次构建了组织工程膀胱的细胞重塑景观，并识别了驱动膀胱重塑的关键细胞亚群和重要基因 | 需要更多的体内和体外研究来进一步验证这些结果 | 构建细胞重塑景观并识别驱动膀胱重塑的关键细胞亚群和重要基因 | 使用猪小肠黏膜下层（PSIS）构建的组织工程膀胱 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 24个重建的小鼠膀胱 |
| 20107 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Treg
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2647-4_17
PMID:36180638
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析技术研究了调节性T细胞（Treg）的异质性 | NA | NA | 探讨调节性T细胞的异质性及其来源 | 胸腺来源的Treg（tTreg）和外周来源的Treg（pTreg） | 免疫学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 20108 | 2024-08-08 |
High-Dimensional Single-Cell Profiling of Tumor-Infiltrating CD4+ Regulatory T Cells
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2647-4_16
PMID:36180637
|
研究论文 | 本文通过高维单细胞技术分析肿瘤浸润性CD4+调节性T细胞的异质性 | 本文利用高维流式细胞术定义了一个与癌症进展正相关的效应Treg亚群，并提供了一个适用于任何白细胞亚群的高维单细胞分析工作流程模板 | NA | 研究肿瘤浸润性CD4+调节性T细胞的异质性及其在疾病中的潜在作用 | 肿瘤浸润性CD4+调节性T细胞 | 数字病理学 | NA | 高维单细胞技术，如单细胞RNA测序、质谱流式细胞术或多色流式细胞术 | NA | 细胞 | NA |
| 20109 | 2024-08-08 |
Protocol for fast scRNA-seq raw data processing using scKB and non-arbitrary quality control with COPILOT
2022-12-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101729
PMID:36181683
|
研究论文 | 描述了一种使用scKB和COPILOT对单细胞RNA测序（scRNA-seq）原始数据进行快速且非任意质量控制的方法 | scKB作为kallisto和bustools的封装脚本，加速了对齐和转录本计数矩阵生成，运行速度显著快于流行的工具Cell Ranger。COPILOT通过比较低质量和高质量细胞的分布，提供了非任意的背景噪声去除 | NA | 简化scRNA-seq数据处理流程，为新用户提供便捷的入门方法 | 单细胞RNA测序的原始数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 数据 | NA |
| 20110 | 2024-08-08 |
The CC ligand chemokine family members CCL17/CCL22 predict the survival and response to immune checkpoint blockade therapy of patients with head and neck squamous cell carcinoma
2022-12, Current problems in cancer
IF:2.5Q3
|
研究论文 | 研究探讨了CCL17和CCL22在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的预测价值及其对免疫检查点阻断疗法反应的影响 | 首次阐明了CCL17和CCL22在HNSCC中的预测价值及其对免疫检查点阻断疗法反应的影响 | 研究结果的统计显著性仅处于边缘水平（P值分别为0.057和0.055） | 探究CCL17和CCL22在HNSCC中的预测价值及其对免疫检查点阻断疗法反应的影响 | 头颈部鳞状细胞癌患者 | NA | 头颈部鳞状细胞癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多种癌症类型的样本 |
| 20111 | 2024-08-08 |
Expression of periodontitis susceptibility genes in human gingiva using single-cell RNA sequencing
2022-Dec, Journal of periodontal research
IF:3.4Q1
DOI:10.1111/jre.13057
PMID:36170299
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人类牙龈中与牙周炎易感性相关的基因表达情况 | 结合人类遗传学和单细胞基因组学，通过将变异映射到预测其作用细胞和潜在功能，以更好地理解牙周炎 | 遗传因素与牙周炎发病机制的相关性仅被有限地识别，并且常常验证不足 | 确定牙周炎易感基因的可能细胞类型特异性 | 分析26个通过全基因组关联研究(GWAS)确定的与疾病相关的基因在牙龈黏膜中的表达 | 人类基因组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 共分析了来自4个不同供体的12,411个细胞 |
| 20112 | 2024-08-08 |
Dynamic Ins2 Gene Activity Defines β-Cell Maturity States
2022-12-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db21-1065
PMID:36170671
|
研究论文 | 研究使用活细胞成像、FACS和单细胞RNA测序技术，探讨了β细胞中Ins2基因活性的动态变化及其与β细胞成熟状态的关系 | 首次揭示了β细胞中Ins2基因活性存在动态变化，并发现这种变化与β细胞的成熟状态相关 | 研究仅限于Ins2GFP敲入小鼠模型，可能需要进一步在其他模型或人类样本中验证 | 探究β细胞中Ins2基因活性的动态变化及其与β细胞成熟状态的关系 | β细胞中的Ins2基因活性及其与细胞成熟状态的关系 | NA | NA | 活细胞成像、FACS、单细胞RNA测序 | NA | 图像、RNA序列 | 使用Ins2GFP敲入小鼠的β细胞样本，约25%的β细胞表现出较高的Ins2基因活性 |
| 20113 | 2024-08-08 |
Carbon ion irradiation plus CTLA4 blockade elicits therapeutic immune responses in a murine tumor model
2022-12-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2022.215928
PMID:36183858
|
研究论文 | 研究碳离子放射治疗结合CTLA4阻断在鼠肿瘤模型中诱导治疗性免疫反应的效果 | 首次详细探索了碳离子放射治疗结合CTLA4阻断后肿瘤内免疫细胞组成的改变，并发现这种组合能有效诱导非照射肿瘤的完全排斥 | 研究主要集中在鼠模型上，未来研究需要验证这些发现是否适用于人类 | 探讨碳离子放射治疗结合免疫检查点抑制剂在肿瘤治疗中的免疫学效应 | 鼠Her2+ EO771肿瘤细胞及免疫功能正常的鼠 | 数字病理学 | 肿瘤 | 碳离子放射治疗 | NA | 单细胞RNA测序数据和流式细胞术分析数据 | 免疫功能正常的鼠 |
| 20114 | 2024-08-08 |
dynDeepDRIM: a dynamic deep learning model to infer direct regulatory interactions using time-course single-cell gene expression data
2022-11-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac424
PMID:36168811
|
研究论文 | 本文提出了一种名为dynDeepDRIM的深度学习模型，用于利用时间序列单细胞基因表达数据推断直接的基因调控相互作用 | dynDeepDRIM模型通过将基因对的联合表达视为图像，并利用目标转录因子-基因对及其潜在邻居的图像来重建基因调控网络，有效去除了传递性的转录因子-基因相互作用 | NA | 重建细胞类型特异性的基因调控网络 | 时间序列单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 深度学习模型 | 时间序列数据 | 四个真实的时间序列单细胞RNA测序数据集 |
| 20115 | 2024-08-08 |
scSemiGAN: a single-cell semi-supervised annotation and dimensionality reduction framework based on generative adversarial network
2022-11-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac652
PMID:36193998
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研究论文 | 本文提出了一种基于生成对抗网络的单细胞半监督细胞类型注释和降维框架scSemiGAN | scSemiGAN能够同时进行深度潜在表示学习和细胞类型标签预测，统一了细胞类型注释与降维 | NA | 克服现有方法在单细胞RNA测序数据分析中无法统一细胞类型注释与降维的局限 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 生成对抗网络 | 生成对抗网络 | 单细胞RNA测序数据 | 多种模拟和真实单细胞RNA测序数据集 |
| 20116 | 2024-08-08 |
Interferon α facilitates anti-HBV cellular immune response in a B cell-dependent manner
2022-Nov, Antiviral research
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.antiviral.2022.105420
PMID:36165866
|
研究论文 | 本研究探讨了B细胞在干扰素α（IFN-α）介导的抗乙型肝炎病毒（HBV）细胞免疫中的作用 | 揭示了B细胞在IFN-α介导的抗HBV细胞免疫中的关键作用，特别是在抗原呈递和共刺激功能方面 | 研究主要基于B细胞缺陷小鼠模型和单细胞RNA测序，可能需要进一步的人体临床试验验证 | 阐明B细胞在IFN-α介导的抗HBV细胞免疫中的作用机制 | B细胞在IFN-α治疗慢性乙型肝炎（CHB）患者中的作用 | NA | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液样本 | B细胞缺陷小鼠模型及IFN-α治疗的CHB患者 |
| 20117 | 2024-08-08 |
Spatial Transcriptomics-Based Identification of Molecular Markers for Nanomedicine Distribution in Tumor Tissue
2022-11, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202201091
PMID:36180396
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研究论文 | 本文开发了一种分子标记识别平台，通过整合纳米药物分布的显微荧光图像和空间转录组信息，探索与纳米药物肿瘤摄取相关的因子候选 | 本文提出了一种新的方法，通过结合显微荧光图像和空间转录组信息，识别与纳米药物肿瘤摄取相关的分子标记 | NA | 探索与纳米药物肿瘤摄取相关的因子候选 | 纳米药物在肿瘤组织中的分布 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 20118 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq reveals early heterogeneity during aging in yeast
2022-11, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13712
PMID:36181361
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，对酵母衰老过程中的转录组变化进行了系统性和定量性的研究 | 发现了酵母衰老过程中细胞间转录变异性的增加，并揭示了与衰老相关的关键生物过程和细胞组分 | NA | 研究酵母衰老过程中的早期异质性 | 酵母细胞在不同年龄段的转录组变化 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个酵母细胞 |
| 20119 | 2024-08-08 |
Muscle injury induces a transient senescence-like state that is required for myofiber growth during muscle regeneration
2022-11, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202200289RR
PMID:36190443
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，研究了肌肉损伤后细胞衰老样状态在肌肉再生中的作用 | 首次证明肌肉损伤后多种细胞类型（如巨噬细胞和纤维脂肪原细胞）会短暂表现出衰老特征，这些特征对于肌肉纤维的生长和再生至关重要 | NA | 探讨肌肉损伤后细胞衰老样状态在肌肉再生中的作用 | 肌肉再生过程中的细胞衰老样状态 | NA | 肌肉疾病 | 空间转录组学，单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | D2-mdx小鼠模型中的肌肉组织 |
| 20120 | 2024-08-08 |
Competitive cleavage of SARS-CoV-2 spike protein and epithelial sodium channel by plasmin as a potential mechanism for COVID-19 infection
2022-11-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00152.2022
PMID:36193902
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研究论文 | 研究探讨了SARS-CoV-2刺突蛋白和上皮钠通道通过纤溶酶竞争性切割的机制，以及这对COVID-19感染的影响 | 首次揭示了SARS-CoV-2刺突蛋白和上皮钠通道通过纤溶酶的竞争性切割机制，可能影响病毒的传播和水肿的消退 | NA | 探讨SARS-CoV-2刺突蛋白和上皮钠通道通过纤溶酶的竞争性切割机制及其对COVID-19感染的影响 | SARS-CoV-2刺突蛋白、上皮钠通道、纤溶酶 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 包括健康组、中度/重度COVID-19患者及SARS-CoV-2感染的气道/肺泡上皮细胞 |