单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
20081	2024-08-08	Stability of scRNA-Seq Analysis Workflows is Susceptible to Preprocessing and is Mitigated by Regularized or Supervised Approaches 2022, Evolutionary bioinformatics online DOI:10.1177/11769343221123050 PMID:36199555	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析工作流程的稳定性，特别是预处理步骤对其的影响，并探讨了正则化或监督方法如何缓解这一问题。	本文首次全面评估了scRNA-Seq分析工作流程在降维、聚类和轨迹推断中的稳健性，并引入了神经网络方法来评估模型复杂度对偏差/方差权衡的影响。	研究主要集中在公共数据库中的时间序列单细胞转录组数据，可能无法完全代表所有scRNA-Seq数据的情况。	旨在全面审查scRNA-Seq分析工作流程的稳健性，特别是在降维、聚类和轨迹推断方面。	单细胞RNA测序数据分析工作流程的稳定性及其对预处理步骤的敏感性。	数字病理学	NA	scRNA-Seq	神经网络	时间序列单细胞转录组数据	超过6000次分析
20082	2024-08-08	Regulatory pattern of abnormal promoter CpG island methylation in the glioblastoma multiforme classification 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.989985 PMID:36199581	研究论文	本研究探讨了启动子CpG岛甲基化异常在胶质母细胞瘤分类中的调控模式	首次构建了基于启动子CpG岛甲基化驱动基因的胶质母细胞瘤样本集群的多组学尺度图，并开发了胶质母细胞瘤的诊断图和预测模型	NA	研究启动子CpG岛甲基化异常在胶质母细胞瘤分类中的作用	胶质母细胞瘤的分类和诊断	数字病理学	脑肿瘤	CpG岛甲基化测序	NA	甲基化谱、表达谱和单细胞测序数据	多个高注释公共临床队列的数据
20083	2024-08-08	Versican enrichment predicts poor prognosis and response to adjuvant therapy and immunotherapy in gastric cancer 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.960570 PMID:36203562	研究论文	本文评估了胃癌（GC）患者中VCAN表达对预后及辅助治疗和免疫治疗反应的影响	VCAN可作为预测胃癌患者对辅助化疗、辅助放化疗及免疫治疗反应的潜在指标	NA	研究VCAN表达在胃癌中的作用及其对治疗反应的预测价值	胃癌患者的VCAN表达及其对治疗反应的影响	数字病理学	胃癌	RNA测序	NA	RNA序列数据	1353名胃癌患者
20084	2024-08-08	IFN-γ transforms the transcriptomic landscape and triggers myeloid cell hyperresponsiveness to cause lethal lung injury 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1011132 PMID:36203588	研究论文	本研究通过流感与耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）共感染及每日抗生素治疗的实验模型，探讨了IFN-γ受体信号在急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中的作用	首次展示了IFN-γ信号通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）诱导气道免疫细胞转录组变化，特别是上调与炎症疾病相关的巨噬细胞和单核细胞基因表达	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨IFN-γ在ARDS发病机制中的作用及其对肺损伤的影响	小鼠模型中的IFN-γ受体信号及肺部炎症反应	数字病理学	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型
20085	2024-08-08	Mechanism investigation and experiment validation of capsaicin on uterine corpus endometrial carcinoma 2022, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2022.953874 PMID:36210802	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验操作，探讨辣椒素目标基因GATA1在子宫内膜癌治疗中的潜在机制，并开发疾病预后模型以验证该模型	本研究首次筛选出与预后相关的高风险基因GATA1，并通过Kaplan-Meier分析和ROC曲线验证了其作为独立预后因子的有效性	NA	探讨辣椒素在子宫内膜癌治疗中的作用机制并开发预后模型	辣椒素、GATA1基因、子宫内膜癌	NA	子宫内膜癌	生物信息学分析、单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
20086	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals the role of immune-related autophagy in spinal cord injury in rats 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.987344 PMID:36211348	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了大鼠脊髓损伤后免疫相关自噬的作用	首次全面评估了脊髓损伤部位的细胞类型，并筛选了免疫自噬相关因子的表达及信号通路	NA	探究脊髓损伤后的细胞组成变化、细胞发展轨迹及细胞间通讯	大鼠脊髓损伤部位的细胞	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	几乎涵盖了所有脊髓损伤部位的细胞类型
20087	2024-08-08	A novel T-cell proliferation-associated regulator signature pre-operatively predicted the prognostic of bladder cancer 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.970949 PMID:36211359	研究论文	本研究通过收集膀胱癌患者的mRNA表达谱和临床信息，利用LASSO Cox回归模型建立了一个多基因签名，用于预测膀胱癌的预后和分期	本研究首次建立了一个与T细胞增殖相关调节因子签名，用于膀胱癌的预后预测	NA	研究T细胞增殖及其免疫微环境，以改善膀胱癌的预后和免疫治疗反应	膀胱癌患者的mRNA表达谱和临床信息	数字病理学	膀胱癌	LASSO Cox回归模型	LASSO Cox回归模型	mRNA表达谱	TCGA队列和验证队列
20088	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing of CSF reveals neuroprotective RAC1+ NK cells in Parkinson's disease 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.992505 PMID:36211372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了帕金森病患者的脑脊液，揭示了神经保护性的RAC1+ NK细胞在帕金森病中的作用	首次在帕金森病患者中发现RAC1在NK细胞中显著上调，并探讨了RAC1 NK细胞在神经保护中的作用	研究主要基于小鼠模型和公开的单细胞RNA测序数据，需要进一步的人体临床研究验证	探究NK细胞在帕金森病中的分子机制及其神经保护作用	帕金森病患者的脑脊液中的NK细胞	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了公开的单细胞RNA测序数据（GSE141578），涉及帕金森病患者的脑脊液样本
20089	2024-08-08	Identification of immune cell infiltration and diagnostic biomarkers in unstable atherosclerotic plaques by integrated bioinformatics analysis and machine learning 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.956078 PMID:36211422	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析和机器学习方法，识别了不稳定动脉粥样硬化斑块中的免疫细胞浸润和诊断生物标志物。	本研究首次详细分析了不稳定斑块中免疫细胞的浸润情况，并发现了与斑块稳定性相关的关键基因和潜在治疗药物。	研究主要依赖于公共数据库的数据，需要进一步的临床样本验证。	旨在探讨免疫细胞在不稳定斑块形成中的作用，并探索相关的诊断生物标志物。	动脉粥样硬化斑块中的免疫细胞和相关基因。	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	22种免疫细胞类型，来自公共GEO数据库的RNA测序和微阵列数据。
20090	2024-08-08	The emerging roles of interstitial macrophages in pulmonary fibrosis: A perspective from scRNA-seq analyses 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.923235 PMID:36211428	综述	本文综述了间质巨噬细胞在肺纤维化中的新兴作用，并通过单细胞RNA测序分析提供了新的视角	利用单细胞RNA测序技术结合生物信息学方法，重新认识间质巨噬细胞在肺纤维化中的作用	NA	探讨间质巨噬细胞在肺纤维化中的作用及其分类和功能	间质巨噬细胞及其在肺纤维化中的作用	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
20091	2024-08-08	Impaired expression of serine/arginine protein kinase 2 (SRPK2) affects melanoma progression 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.979735 PMID:36212152	研究论文	本文研究了丝氨酸/精氨酸蛋白激酶2（SRPK2）在黑色素瘤进展中的作用	发现SRPK2在黑色素瘤细胞中的表达与不良预后相关，并通过CRISPR-Cas9基因编辑技术验证了SRPK2在抑制黑色素瘤细胞增殖和侵袭能力中的特定作用	NA	探讨SRPK1和SRPK2在黑色素瘤进展中的不同功能角色	黑色素瘤细胞中的SRPK2表达	NA	黑色素瘤	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因编辑	NA	RNA	多个黑色素瘤患者样本
20092	2024-08-08	A necroptosis-related prognostic model for predicting prognosis, immune landscape, and drug sensitivity in hepatocellular carcinoma based on single-cell sequencing analysis and weighted co-expression network 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.984297 PMID:36212155	研究论文	本研究基于单细胞测序分析和加权共表达网络，构建了一个与坏死性凋亡相关的预后模型，用于预测肝细胞癌的预后、免疫景观和药物敏感性	首次构建了基于坏死性凋亡相关基因的预后模型，并探讨了高和低坏死性凋亡组与肝细胞癌中免疫细胞浸润的关系	NA	研究坏死性凋亡相关基因在肝细胞癌中的临床预后特征及其与免疫微环境的关系	肝细胞癌患者及其坏死性凋亡相关基因	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序	加权共表达网络	单细胞数据	使用了来自GEO数据库的GSE125449和GSE151530数据集，以及TCGA和ICGC队列中的肝细胞癌患者数据
20093	2024-08-08	Fibronectin-1 is a dominant mechanism for rheumatoid arthritis via the mediation of synovial fibroblasts activity 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.1010114 PMID:36225320	研究论文	本研究使用scRNA-seq技术评估与类风湿性关节炎（RA）相关的分子机制，并识别出纤维连接蛋白-1（FN-1）作为关键基因，可能成为RA治疗的新靶点	首次通过scRNA-seq技术识别出FN-1在RA发展中的关键作用，并提出其作为潜在的治疗靶点	研究仅基于GEO数据库中的scRNA-seq数据，可能需要进一步的实验验证	评估类风湿性关节炎的分子机制并识别关键基因	类风湿性关节炎患者的滑膜成纤维细胞	NA	类风湿性关节炎	scRNA-seq	NA	基因表达数据	来自类风湿性关节炎患者的滑膜成纤维细胞的scRNA-seq数据集
20094	2024-08-08	Comprehensive pan-cancer analysis identifies cellular senescence as a new therapeutic target for cancer: multi-omics analysis and single-cell sequencing validation 2022, American journal of cancer research IF:3.6Q2 PMID:36225642	研究论文	本文通过多组学分析和单细胞测序验证，全面分析了细胞衰老相关基因在33种肿瘤类型中的表达、拷贝数变异、单核苷酸变异、甲基化和药物敏感性变化，并探讨了细胞衰老评分与预后、肿瘤免疫微环境及肿瘤免疫相关基因表达的关系。	首次全面分析了细胞衰老在多种癌症类型中的作用，并验证了其在肿瘤免疫微环境中的重要性，为癌症治疗提供了新的靶点。	NA	探讨细胞衰老与肿瘤免疫之间的关系，并验证其作为癌症治疗新靶点的潜力。	细胞衰老相关基因在多种肿瘤类型中的表达、拷贝数变异、单核苷酸变异、甲基化和药物敏感性。	数字病理学	癌症	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	33种肿瘤类型的样本
20095	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing combined with whole exome sequencing reveals the landscape of the immune pathogenic response to chronic mucocutaneous candidiasis with STAT1 GOF mutation 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.988766 PMID:36225936	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序结合全外显子测序，揭示了STAT1 GOF突变导致的慢性黏膜皮肤念珠菌病免疫发病机制的景观	首次结合单细胞RNA测序和全外显子测序技术，深入分析了STAT1 GOF突变患者的免疫细胞变化和相关基因表达	研究样本量较小，且部分病例缺乏详细数据	探究慢性黏膜皮肤念珠菌病的免疫发病机制	慢性黏膜皮肤念珠菌病患者及STAT1 GOF突变	数字病理学	慢性黏膜皮肤念珠菌病	单细胞RNA测序，全外显子测序	NA	基因表达数据	共分析了4例慢性黏膜皮肤念珠菌病患者，其中3例数据缺失
20096	2024-08-08	Integration of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing to reveal an immunogenic cell death-related 5-gene panel as a prognostic model for osteosarcoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.994034 PMID:36225939	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了与免疫原性细胞死亡相关的5基因面板，作为骨肉瘤的预后模型	开发了一个基于免疫原性细胞死亡的5基因风险面板，用于评估骨肉瘤患者的预后风险	NA	确定免疫原性细胞死亡在骨肉瘤中的作用，并构建基于免疫原性细胞死亡的预后面板	骨肉瘤的恶性细胞和正常细胞，以及免疫原性细胞死亡相关基因	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序，批量RNA测序	LASSO-Cox回归分析	RNA测序数据	212名骨肉瘤患者
20097	2024-08-08	Identification of tumor antigens and immune subtypes in breast cancer for mRNA vaccine development 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.973712 PMID:36226063	研究论文	研究旨在识别与乳腺癌相关的肿瘤抗原，以开发针对乳腺癌的mRNA疫苗，并确定适合mRNA疫苗接种的人群	识别了三种与乳腺癌相关的肿瘤抗原，并确定了三种免疫亚型，为乳腺癌mRNA疫苗的开发提供了新的方向	NA	开发针对乳腺癌的mRNA疫苗并确定适合接种的人群	乳腺癌相关的肿瘤抗原和免疫亚型	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据和临床数据	数据来自TCGA和METABRIC数据库，具体样本数量未提及
20098	2024-08-08	Integrated Single-Cell and RNA Sequencing Analysis Identifies Key Immune Cell and Dendritic Cells Associated Genes Participated in Myocarditis 2022, Journal of immunology research IF:3.5Q2 DOI:10.1155/2022/8655343 PMID:36226312	研究论文	本研究通过整合单细胞和RNA测序分析，识别了与心肌炎相关的关键免疫细胞和树突状细胞相关基因	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，详细分析了心肌炎中免疫细胞的浸润及其相关基因的表达模式	NA	探究心肌炎中免疫细胞的基因和单细胞特征，以了解免疫细胞在心肌炎中的作用	心肌炎中的免疫细胞和树突状细胞相关基因	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	20972个细胞
20099	2024-08-08	Integrated single-cell analysis-based classification of vascular mononuclear phagocytes in mouse and human atherosclerosis 2023-Jul-06, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvac161 PMID:36190844	研究论文	本研究利用集成单细胞分析技术，对小鼠和人类动脉粥样硬化中的血管单核吞噬细胞进行分类，并比较其转录组特征	本研究通过集成单细胞RNA测序数据，细化了动脉粥样硬化血管中单核吞噬细胞的命名，并揭示了小鼠和人类中保守的转录组特征	NA	旨在细化动脉粥样硬化血管中单核吞噬细胞的命名，并比较小鼠和人类疾病中的转录组特征	小鼠和人类动脉粥样硬化中的血管单核吞噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	小鼠数据来自12个单细胞RNA测序数据集，人类数据来自11名患者的4个冠状动脉和7个颈动脉内膜切除术标本
20100	2024-08-08	TiO2 nanoparticles abrogate the protective effect of the Crohn's disease-associated variation within the PTPN22 gene locus 2023-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2021-325911 PMID:36191962	研究论文	研究探讨了二氧化钛（TiO2）纳米颗粒与PTPN22基因变异在炎症性肠病发病机制中的相互作用	首次揭示了TiO2纳米颗粒能够消除PTPN22基因变异对克罗恩病的保护作用	研究仅在动物模型中进行，需要进一步的人体研究验证	探究环境因素与遗传风险变异在炎症性肠病发病机制中的相互作用	PTPN22基因变异的小鼠模型及TiO2纳米颗粒的影响	NA	炎症性肠病	bulk和单细胞RNA测序	NA	RNA	野生型和PTPN22变异小鼠