单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
20061	2024-08-08	Jag2b-Notch3/1b-mediated neuron-to-glia crosstalk controls retinal gliogenesis 2022-10-06, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202254922 PMID:36047082	研究论文	本文报道了光感受器细胞衍生的Jag2b在斑马鱼发育中的视网膜中对Notch依赖的Müller胶质细胞（MG）生成的作用	揭示了Jag2b与Notch3/Notch1b相互作用介导的神经元与胶质细胞之间的对话，确保了MG的不可逆分化，为发育中的脊椎动物中枢神经系统结构中胶质细胞命运的时间性指定提供了新的机制性见解	NA	研究神经元对胶质细胞生成的影响	斑马鱼视网膜中的光感受器细胞和Müller胶质细胞	神经科学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
20062	2024-08-08	S100A10 might be a novel prognostic biomarker for head and neck squamous cell carcinoma based on bioinformatics analysis 2022-10, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106000 PMID:36049414	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨了S100A10作为头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）新型预后生物标志物的潜力	首次揭示了S100A10在HNSCC中的表达水平与患者总体生存率的关系，并通过单细胞RNA测序分析了其在肿瘤发展中的具体作用	NA	探索S100A10作为HNSCC预后生物标志物的可能性及其在肿瘤发展中的作用	S100A10在HNSCC中的表达及其对患者预后的影响	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	mRNA表达数据	涉及HNSCC患者的mRNA表达水平数据
20063	2024-08-08	The progressive application of single-cell RNA sequencing technology in cardiovascular diseases 2022-Oct, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2022.113604 PMID:36057222	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在心血管疾病研究中的应用及其数据分析过程	介绍了单细胞RNA测序技术如何通过高吞吐量分析单细胞，揭示细胞异质性，识别罕见细胞类型，并构建人类心脏细胞图谱	讨论了单细胞RNA测序技术的不足，并探讨了其与空间组学技术结合的可能性	总结单细胞测序技术在心血管疾病研究中的最新发现，并探讨其未来应用方向	心血管疾病及其发病机制中的细胞类型和细胞异质性	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及大量单细胞样本
20064	2024-08-08	Intestinal epithelial organoids: regeneration and maintenance of the intestinal epithelium 2022-10, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2022.101977 PMID:36058061	研究论文	本文综述了肠道上皮类器官在肠道上皮再生和维持中的作用及其在再生疗法中的应用	利用单细胞转录组学和表观遗传分析等技术，对肠道上皮细胞类型及其周围间质微环境进行了遗传学特征分析，并结合基因组工程、遗传谱系追踪和组织移植技术，推动了基于类器官的再生疗法的发展	NA	探讨肠道上皮自我更新在稳态和再生中的机制，并展望未来类器官医学的发展	肠道上皮细胞及其再生和维持机制	数字病理学	短肠综合征	单细胞转录组学、表观遗传分析	NA	基因组数据	NA
20065	2024-08-08	DEMOC: a deep embedded multi-omics learning approach for clustering single-cell CITE-seq data 2022-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac347 PMID:36047285	研究论文	本文提出了一种新的深度嵌入式多组学聚类模型DEMOC，用于联合聚类CITE-seq数据，能够有效利用转录组和蛋白质组数据的一致性和互补信息	DEMOC模型能够处理具有不同特征的多组学数据，并在实际CITE-seq数据集上表现优于现有的单组学和多组学聚类方法	NA	开发一种新的计算方法，用于更有效地聚类和分析CITE-seq数据	CITE-seq数据中的细胞类型识别	机器学习	NA	CITE-seq	深度学习模型	多组学数据	两个实际CITE-seq数据集和三个scRNA-seq数据集
20066	2024-08-08	Boosting single-cell gene regulatory network reconstruction via bulk-cell transcriptomic data 2022-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac389 PMID:36070863	研究论文	本文探讨了利用大量细胞的转录组数据来辅助单细胞基因调控网络（GRN）重建的可能性	提出了一种基于轴向变换器的弱监督学习框架，结合单细胞和大量细胞数据来推断细胞类型特异性的GRN，并展示了其在阿尔茨海默病风险基因的转录因子识别和潜在调控方面的应用	NA	研究如何利用大量细胞数据来提高单细胞GRN预测的准确性	单细胞和大量细胞的基因调控网络	基因组学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	轴向变换器	转录组数据	未具体说明
20067	2024-08-08	SCDD: a novel single-cell RNA-seq imputation method with diffusion and denoising 2022-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac398 PMID:36070866	研究论文	本文提出了一种新的单细胞RNA测序插补方法SCDD，结合扩散和去噪技术，以解决单细胞RNA测序数据分析中的过平滑问题	SCDD方法通过扩散策略进行初步插补，并结合图卷积神经网络和收缩自编码器进行去噪，有效抑制了过平滑问题	NA	解决单细胞RNA测序数据插补中的过平滑问题，提高下游分析效果	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	图卷积神经网络，收缩自编码器	RNA测序数据	大规模单细胞
20068	2024-08-08	CD8 memory precursor cell generation is a continuous process 2022-Sep-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104927 PMID:36065187	研究论文	本研究通过分析急性感染后扩增阶段的单细胞RNA测序数据，研究了记忆前体细胞的生成过程，特别是CD8 T细胞的发育轨迹。	发现记忆前体细胞是连续生成的，并且随着时间的推移数量逐渐增加，同时在后期时间点，与效应功能相关的基因表达也在记忆前体细胞中升高。	NA	研究记忆前体细胞的生成过程及其动态变化。	CD8 T细胞的记忆前体细胞生成过程。	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	包含CD8 T细胞的单细胞RNA测序数据
20069	2024-08-08	Protocol for the isolation of CD8+ tumor-infiltrating lymphocytes from human tumors and their characterization by single-cell immune profiling and multiome 2022-09-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101649 PMID:36065294	研究论文	本文介绍了一种从人类肿瘤中分离CD8+肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）并进行单细胞免疫谱和多组学分析的协议	本文建立了一种新的协议，通过单细胞RNA测序与VDJ分析和染色质结构分析相结合，用于肿瘤中CD8 TILs的特征描述	NA	理解肿瘤浸润淋巴细胞群体的异质性和人类癌症中的免疫生物学，以建立有效的免疫疗法	人类肿瘤中的CD8+肿瘤浸润淋巴细胞	NA	NA	单细胞RNA测序，VDJ分析，染色质结构分析	NA	单细胞数据	NA
20070	2024-08-08	Whole-genome CRISPR screening identifies genetic manipulations to reduce immune rejection of stem cell-derived islets 2022-09-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.08.002 PMID:36055241	研究论文	本研究通过全基因组CRISPR筛选，识别出减少干细胞衍生胰岛免疫排斥的遗传操作	首次通过单细胞RNA测序和全基因组CRISPR筛选，揭示了干细胞衍生胰岛在免疫环境中的免疫原性机制，并找到了通过基因编辑减少免疫排斥的方法	研究主要在人源化小鼠模型中进行，需要进一步在临床前模型中验证	旨在通过遗传修饰减少干细胞衍生胰岛的免疫排斥，以实现胰岛素依赖型糖尿病的细胞替代治疗	人类胚胎干细胞衍生的胰岛（SC-islets）及其在免疫环境中的免疫原性	基因编辑	糖尿病	CRISPR筛选，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据，RNA序列数据	涉及干细胞衍生胰岛与异基因外周血单个核细胞（PBMCs）的相互作用
20071	2024-08-08	Induction of a colitogenic phenotype in Th1-like cells depends on interleukin-23 receptor signaling 2022-09-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2022.08.007 PMID:36070768	研究论文	本研究探讨了白细胞介素-23受体（IL-23R）在Th1样细胞中诱导结肠炎表型的作用	首次揭示了IL-23R在Th1样细胞中的作用，并证明了IL-23R信号传导是Th1样细胞诱导组织炎症的致病驱动因素	NA	研究IL-23R在Th1样细胞中诱导炎症和自身免疫的作用	Th1样细胞和IL-23R	免疫学	结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用eGFP报告小鼠和T细胞适应性转移结肠炎模型进行体内外研究
20072	2024-08-08	Clinical application of advanced multi-omics tumor profiling: Shaping precision oncology of the future 2022-09-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.08.011 PMID:36055231	综述	本文综述了多组学肿瘤分析的最新进展，重点关注空间基因组学、染色质组织、空间转录组学和蛋白质组学、液体活检以及体外药物反应建模	介绍了通过下一代DNA测序技术识别治疗靶点和分子生物标志物，以及多组学数据在精准治疗中的整合	高分辨率肿瘤分析和多组学数据整合在精准治疗中的临床转化和实施面临重大挑战	总结多组学肿瘤分析的最新进展，并探讨其在未来精准治疗中的应用前景	多组学肿瘤分析技术及其在精准治疗中的应用	NA	NA	下一代DNA测序技术	NA	多组学数据	NA
20073	2024-08-08	Injury-induced pulmonary tuft cells are heterogenous, arise independent of key Type 2 cytokines, and are dispensable for dysplastic repair 2022-09-08, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.78074 PMID:36073526	研究论文	本文通过批量和单细胞转录组学技术，研究了流感损伤后肺部畸胎区域的毛细胞的多样性和发展机制	发现了肺部毛细胞的发展不依赖于关键的2型细胞因子信号，与肠道毛细胞的发展机制不同	文章未详细探讨毛细胞在肺部健康和疾病中的具体功能	揭示肺部毛细胞在肺损伤后的多样性和发展机制	肺部毛细胞及其在肺损伤后的发展	NA	肺部疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及流感损伤和博来霉素损伤的肺部样本
20074	2024-08-08	Beiging of perivascular adipose tissue regulates its inflammation and vascular remodeling 2022-09-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-32658-6 PMID:36071032	研究论文	研究显示血管损伤诱导周围血管脂肪组织（PVAT）发生棕色脂肪样表型变化（beiging），这种变化精细调控炎症反应，从而作为保护机制影响血管重塑	首次揭示了PVAT的beiging现象在血管炎症和重塑中的关键作用，并发现NRG4在beige脂肪细胞中的表达调控巨噬细胞的替代激活	NA	探讨PVAT在血管炎症和重塑中的作用机制	周围血管脂肪组织（PVAT）及其在血管损伤后的炎症和重塑反应	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用小鼠模型和急性主动脉夹层患者的人体组织样本
20075	2024-08-08	Long read genome assemblies complemented by single cell RNA-sequencing reveal genetic and cellular mechanisms underlying the adaptive evolution of yak 2022-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-32164-9 PMID:36068211	研究论文	本研究通过长读取基因组组装和单细胞RNA测序，揭示了野牦牛和家牦牛适应高海拔环境的遗传和细胞机制	首次构建了牦牛和牛肺组织的单细胞基因表达图谱，并识别了牦牛特有的内皮细胞亚型	NA	探究牦牛适应极端高海拔环境的遗传和细胞基础	野牦牛和家牦牛的基因组和肺组织	基因组学	NA	长读取测序, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据	两个野牦牛和家牦牛的染色体级别基因组，以及牦牛和牛的肺组织样本
20076	2024-08-08	Identification of HBEGF+ fibroblasts in the remission of rheumatoid arthritis by integrating single-cell RNA sequencing datasets and bulk RNA sequencing datasets 2022-09-06, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-022-02902-x PMID:36068607	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序数据集和批量RNA测序数据集，识别出在类风湿性关节炎缓解期起作用的HBEGF+成纤维细胞。	首次描述了特定成纤维细胞亚群在类风湿性关节炎缓解期的贡献，并发现HBEGF+成纤维细胞在关节炎缓解中的作用。	NA	探讨成纤维细胞亚群在类风湿性关节炎过程中的作用，为预测生物标志物和阐明关节炎缓解机制提供依据。	类风湿性关节炎患者的成纤维细胞及其在关节炎缓解中的作用。	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA序列数据	三个来自类风湿性关节炎患者的单细胞RNA数据集，以及不同条件下（健康、骨关节炎、类风湿性关节炎、治疗前后）的批量RNA测序数据集。
20077	2024-08-08	Landscape and age dynamics of immune cells in the Egyptian rousette bat 2022-09-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111305 PMID:36070695	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和免疫染色技术，研究了埃及果蝠在不同年龄阶段的免疫细胞景观及其年龄动态变化	首次深入研究了埃及果蝠的细胞免疫特征及其与年龄的关系，揭示了不同年龄阶段免疫细胞的分布和功能变化	NA	探索埃及果蝠免疫细胞的年龄动态及其对病毒的耐受机制	埃及果蝠的免疫细胞及其在不同年龄阶段的变化	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	幼年、亚成年和成年阶段的埃及果蝠
20078	2024-08-08	Single-cell RNA-seq data analysis characterizing bronchoalveolar epithelial cells in patients with SARS-CoV-2 infection 2022-Sep-05, Journal of inflammation (London, England) DOI:10.1186/s12950-022-00310-1 PMID:36064702	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了SARS-CoV-2感染患者的支气管肺泡上皮细胞变化及其与免疫细胞的相互作用	首次详细描述了SARS-CoV-2感染后支气管肺泡上皮细胞的11个集群及其与免疫细胞的信号通路和相互作用	研究仅限于特定细胞类型和样本，可能需要更多样本和细胞类型以验证结果	探究SARS-CoV-2感染后支气管肺泡上皮细胞的变化及其与免疫细胞的相互作用	SARS-CoV-2感染患者的支气管肺泡上皮细胞及其与免疫细胞的相互作用	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	不同严重程度的SARS-CoV-2感染患者和健康人的支气管肺泡灌洗液样本
20079	2024-08-08	Msx1+ stem cells recruited by bioactive tissue engineering graft for bone regeneration 2022-09-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-32868-y PMID:36064711	研究论文	本研究展示了神经营养补充剂在体外促进间充质基质细胞的强大扩增，并通过体内移植含有神经营养补充剂的3D打印水凝胶移植物，促进了关键大小骨缺损的全层再生	研究发现了在颅骨愈合过程中生成的一种独特的体内干细胞/祖细胞图谱，并观察到移植后的局部Msx1+骨骼干细胞的扩增	NA	研究旨在解决关键大小骨缺损的再生问题	间充质基质细胞和Msx1+骨骼干细胞	生物工程	骨骼疾病	3D打印	NA	单细胞RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
20080	2024-08-08	Endothelial versus pronephron fate decision is modulated by the transcription factors Cloche/Npas4l, Tal1, and Lmo2 2022-Sep-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abn2082 PMID:36044573	研究论文	本文研究了转录因子Npas4l、Tal1和Lmo2在调节内皮细胞与前肾小管细胞命运决定中的作用	通过生成敲入报告基因的斑马鱼模型，揭示了Npas4l/Tal1/Lmo2在早期侧板中胚层中调控内皮细胞与前肾小管细胞命运决定的机制	NA	探究内皮细胞与其他细胞系分离的机制及其调控因子	斑马鱼胚胎中的内皮前体细胞及其衍生物	NA	NA	单细胞转录组学、活体成像、creERT2基于的谱系追踪	NA	基因表达数据	野生型和突变型斑马鱼胚胎