单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
20041	2024-08-08	Network analysis of hepatocellular carcinoma liquid biopsies augmented by single-cell sequencing data 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.921195 PMID:36092896	研究论文	本研究通过构建基因网络，分析了肝细胞癌患者的细胞外转录组基因网络，并与健康对照组进行比较，同时结合单细胞RNA测序数据，探讨了基因共表达网络分析在肝细胞癌研究中的应用。	本研究首次将单细胞RNA测序数据与细胞外RNA网络分析相结合，以细胞类型特异性转录组为背景，深入探讨了肝细胞癌的基因关联网络。	NA	旨在通过基因共表达网络分析，揭示肝细胞癌患者的细胞外转录组基因网络特征。	肝细胞癌患者的细胞外转录组基因网络。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
20042	2024-08-08	Repression of enhancer RNA PHLDA1 promotes tumorigenesis and progression of Ewing sarcoma via decreasing infiltrating T-lymphocytes: A bioinformatic analysis 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.952162 PMID:36092920	研究论文	本研究通过生物信息学分析，探讨了增强子RNA PHLDA1在Ewing肉瘤中的作用，发现其通过减少浸润性T淋巴细胞促进肿瘤发生和发展	首次揭示了PHLDA1作为关键调节因子在Ewing肉瘤发生和发展中的作用，并通过Connectivity Map分析筛选出可能靶向Ewing肉瘤的候选化合物	研究主要基于数据库分析和生物信息学方法，需要进一步的实验验证	探索Ewing肉瘤的分子机制，寻找新的靶向治疗途径	Ewing肉瘤样本和正常骨样本中的差异表达基因和增强子RNA	数字病理学	Ewing肉瘤	CIBERSORT, GSVA, ssGSEA	NA	RNA序列	85个Ewing肉瘤样本和3个正常骨样本
20043	2024-08-08	TIGER: A Web Portal of Tumor Immunotherapy Gene Expression Resource 2023-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2022.08.004 PMID:36049666	研究论文	本文介绍了TIGER，一个肿瘤免疫治疗基因表达资源门户网站，包含大量转录组数据和单细胞转录组数据，用于分析肿瘤免疫治疗反应和抵抗的有效生物标志物	TIGER整合了大量和单细胞基因表达数据，提供了多种分析模块，有助于理解抗肿瘤免疫机制和发现有效生物标志物	NA	开发新的免疫治疗策略和有效的反应及抵抗生物标志物	肿瘤免疫治疗中的基因表达数据	数字病理学	NA	基因表达谱技术	NA	基因表达数据	包含1508个肿瘤样本的转录组数据和2,116,945个免疫细胞的单细胞转录组数据
20044	2024-08-08	A Clustering Method Unifying Cell-Type Recognition and Subtype Identification for Tumor Heterogeneity Analysis 2023 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2022.3203185 PMID:36044493	研究论文	本文提出了一种统一细胞类型识别和亚型鉴定的聚类方法（UCRSI），用于肿瘤异质性分析	UCRSI方法通过分别计算选择性表达基因的差异和表达水平的差异，并使用共识邻接矩阵进行组合，从而更准确地进行细胞类型和亚型的识别	NA	旨在改进肿瘤异质性分析中的细胞类型和亚型识别	肿瘤微环境中的不同免疫细胞和肿瘤克隆	单细胞技术	肿瘤	单细胞RNA测序	谱聚类算法	基因表达数据	NA
20045	2024-08-08	Bioinformatics Analysis Identifies Key Genes in Recurrent Implantation Failure Based on Immune Infiltration 2023-03, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-022-01060-4 PMID:36045247	研究论文	本研究通过数据挖掘探索了与反复植入失败（RIF）相关的免疫相关基因	本研究通过综合分析方法（WGCNA、随机森林和LASSO回归）识别了四个关键基因（GJA1、PRKAG2、CPT1A和ICA1），并构建了一个有效的RIF预测模型	NA	探索反复植入失败（RIF）中的免疫相关基因	反复植入失败（RIF）患者与对照组的内膜表达谱	生物信息学	生殖障碍	单样本基因集富集分析（ssGSEA）	NA	RNA测序数据	24例反复植入失败患者和24例对照组
20046	2024-08-08	Fc Fragment of IgE Receptor Ig (FCER1G) acts as a key gene involved in cancer immune infiltration and tumour microenvironment 2023-02, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13557 PMID:36054819	研究论文	本研究基于多个数据库探讨了FcεRIγ在多种肿瘤中的表达模式、预后价值及其在肿瘤增殖、转移中的作用，并分析了其基因组改变和DNA甲基化水平，同时评估了FcεRIγ与肿瘤微环境中免疫浸润细胞的关联及其在免疫检查点阻断治疗中的预测作用。	首次进行了FcεRIγ作为免疫相关基因的泛癌分析，并验证了其在肿瘤免疫治疗中的潜在价值。	NA	探讨FcεRIγ在多种肿瘤中的作用及其在肿瘤免疫学中的潜在价值。	FcεRIγ基因在肿瘤中的表达及其与肿瘤微环境和免疫治疗的关系。	数字病理学	NA	免疫组化染色、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种肿瘤类型的多个样本
20047	2024-08-08	Epithelial cell-expressed type II IL-4 receptor mediates eosinophilic esophagitis 2023-02, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.15510 PMID:36070083	研究论文	本文研究了IL-4和IL-13在嗜酸性食管炎（EoE）中的作用，特别是通过IL-13Rα1介导的信号传导	首次明确IL-13通过IL-13Rα1在EoE中的作用，并提出II型IL-4R作为未来治疗目标	NA	探讨IL-4和IL-13在嗜酸性食管炎中的作用及IL-13Rα1的介导效应	嗜酸性食管炎（EoE）及其相关细胞和分子机制	NA	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括WT、Il13ra1-/-和Krt14Cre/Il13ra1fl/fl小鼠以及人类EoE活检样本
20048	2024-08-08	The pleiotropic mode and molecular mechanism of macrophages in promoting tumor progression and metastasis 2023-Jan, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-022-02932-6 PMID:36071369	综述	本文综述了巨噬细胞在促进肿瘤进展和转移中的多效性模式及分子机制	利用单细胞RNA测序技术，对肿瘤相关巨噬细胞的起源、分类及功能机制有了新的认识	目前对巨噬细胞的了解主要来自体外实验和动物模型，对人类复杂微环境中的巨噬细胞仍知之甚少	旨在为制定最佳的巨噬细胞靶向治疗策略提供帮助	巨噬细胞在肿瘤进展和转移中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
20049	2024-08-08	Urinary single-cell sequencing captures kidney injury and repair processes in human acute kidney injury 2022-12, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2022.07.032 PMID:36049643	研究论文	本文通过建立尿液单细胞RNA测序流程，分析了来自32名急性肾损伤患者的42,608个单细胞转录组，揭示了肾脏损伤和修复过程中的细胞和分子动态变化	首次通过尿液单细胞测序技术，非侵入性地深入了解急性肾损伤的细胞过程，为靶点识别、亚分类和疾病自然进程及干预监测提供了新机会	NA	探索急性肾损伤的细胞和分子动态变化	急性肾损伤患者的尿液单细胞转录组	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组	42,608个单细胞转录组，来自32名患者的40份尿液样本
20050	2024-08-08	Single-cell RNA-seq reveals fate determination control of an individual fibre cell initiation in cotton (Gossypium hirsutum) 2022-12, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.13918 PMID:36053965	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了棉花纤维细胞发育过程中的基因表达模式	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了棉花纤维细胞命运决定的调控机制，并提出了单个纤维细胞早期发育的模型	NA	揭示棉花纤维细胞从胚珠表皮起始的调控机制	棉花纤维细胞的发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA序列	14,535个细胞
20051	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals intra-tumoral heterogeneity of glioblastoma and a pro-tumor subset of tumor-associated macrophages characterized by EZH2 overexpression 2022-12-01, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2022.166534 PMID:36057370	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤内异质性以及EZH2过表达的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的促瘤作用	首次发现具有胶质-免疫双重特征的MES2样GBM亚群，并揭示了EZH2在肿瘤微环境中的异质性表达及其在TAMs中的促瘤作用	NA	全面解析胶质母细胞瘤的分子景观及其在肿瘤微环境中EZH2的异质性分布和潜在作用	胶质母细胞瘤样本和肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	8名患者的胶质母细胞瘤样本
20052	2024-08-08	Glioma stem cell signature predicts the prognosis and the response to tumor treating fields treatment 2022-12, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.13956 PMID:36070228	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，构建了与胶质瘤干细胞相关的风险评分，并评估了其对预后和肿瘤治疗场治疗的反应的预测价值	本研究首次构建了由11个胶质瘤干细胞特异性基因组成的胶质瘤干细胞特征，并验证了其在胶质瘤中的预后价值	NA	探索胶质瘤干细胞富集的胶质瘤患者的个性化治疗潜力	胶质瘤干细胞及其在胶质瘤复发和化疗放疗抵抗中的作用	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	LASSO和COX回归	基因数据	NA
20053	2024-08-08	Plasma CD27, a Surrogate of the Intratumoral CD27-CD70 Interaction, Correlates with Immunotherapy Resistance in Renal Cell Carcinoma 2022-11-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-0905 PMID:36067339	研究论文	研究探讨了CD27和CD70在透明细胞肾细胞癌中的相互作用及其对免疫治疗抵抗的影响	首次证明了sCD27作为T细胞功能障碍的替代标记物，是肾细胞癌免疫治疗抵抗的预测生物标志物	研究样本量有限，且仅限于透明细胞肾细胞癌患者	探究CD27-CD70相互作用对肾细胞癌免疫治疗抵抗的影响	透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤组织和血浆中的sCD27水平	数字病理学	肾细胞癌	多重免疫荧光、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	组织、血浆	25名透明细胞肾细胞癌患者和81名接受免疫治疗的肾细胞癌患者
20054	2024-08-08	Ewing Sarcoma and Osteosarcoma Have Distinct Immune Signatures and Intercellular Communication Networks 2022-11-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1471 PMID:36074145	研究论文	本研究通过多重免疫荧光分析和单细胞RNA测序，探讨了尤文肉瘤和骨肉瘤在复发与原发疾病中的免疫浸润特征及细胞间通讯网络	首次揭示了尤文肉瘤和骨肉瘤在复发疾病中免疫浸润的增加，并发现了特定的免疫细胞亚群和细胞间通讯机制	NA	深入理解骨肉瘤的免疫生物学特性，为未来的免疫治疗提供理论基础	尤文肉瘤和骨肉瘤的免疫特征及细胞间通讯网络	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	免疫细胞数据	来自配对血液和骨肉瘤肿瘤样本的免疫细胞
20055	2024-08-08	Integrative multi-omics landscape of fluoxetine action across 27 brain regions reveals global increase in energy metabolism and region-specific chromatin remodelling 2022-Nov, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-022-01725-1 PMID:36056172	研究论文	本文通过综合多组学分析，研究了氟西汀在27个脑区的基因调控变化，揭示了能量代谢的全球性增加和区域特异性的染色质重塑	本文首次全面描述了氟西汀在多个脑区的分子景观，包括基因表达和染色质状态的区域特异性变化，并发现了与人类表型相关的表达变化	NA	研究氟西汀在多个脑区的分子机制及其对抑郁症和焦虑症的治疗潜力	氟西汀在27个脑区的基因表达和染色质状态变化	数字病理学	抑郁症	RNA-seq, H3K27ac ChIP-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据, 染色质状态数据	310个批量RNA-seq和H3K27ac ChIP-seq数据集, 20个单细胞RNA-seq数据集
20056	2024-08-08	Single cell RNA-sequencing: A powerful yet still challenging technology to study cellular heterogeneity 2022-11, BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology IF:3.2Q1 DOI:10.1002/bies.202200084 PMID:36068142	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术在研究细胞异质性中的应用及其挑战	scRNA-Seq技术提供了高分辨率的细胞程序动态图谱，有助于解答生物学基本问题及其功能和进化，并能探讨罕见细胞群体在疾病进展和治疗抵抗中的作用	需要强大的计算流程和可重复的实验协议以促进该技术在基础和临床研究中的广泛接受	探讨scRNA-Seq技术在理解复杂疾病如糖尿病、心血管疾病和癌症中的应用	单细胞RNA测序技术及其在生物医学研究中的应用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	NA
20057	2024-08-08	Transcriptomic Features in a Single Extracellular Vesicle via Single-Cell RNA Sequencing 2022-11, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202200881 PMID:36068167	研究论文	本研究使用10x Genomics平台，对来自人K562和间充质干细胞的单个外泌体中的RNA货物进行了分析	首次在单个外泌体水平上提供了高吞吐量的转录组数据，并揭示了外泌体的异质性	NA	探索单个外泌体中的转录组特征和异质性	人K562和间充质干细胞的单个外泌体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	CB2算法	RNA	来自人K562和间充质干细胞的单个外泌体
20058	2024-08-08	Brainstem noradrenergic neurons: Identifying a hub at the intersection of cognition, motility, and skeletal muscle regulation 2022-11, Acta physiologica (Oxford, England) DOI:10.1111/apha.13887 PMID:36073023	研究论文	本文探讨了脑干去甲肾上腺素能神经元在认知、运动和骨骼肌调节中的作用及其潜在的遗传和分子机制	通过遗传谱系追踪揭示了脑干去甲肾上腺素能神经元的显著异质性，并探讨了其在神经退行性疾病中的潜在作用	需要多学科复杂方法来验证假设，包括遗传追踪、特定电路标记、光遗传学和化学遗传学等	识别脑干去甲肾上腺素能神经元在认知、运动和骨骼肌调节中的关键节点，并探讨其在衰老和神经退行性疾病中的作用	脑干去甲肾上腺素能神经元及其在神经系统中的功能和潜在病理机制	神经科学	神经退行性疾病	遗传谱系追踪、光遗传学、化学遗传学、电生理学、单细胞转录组学和蛋白质组学	NA	遗传数据、电生理数据、转录组数据、蛋白质组数据	未明确提及具体样本数量
20059	2024-08-08	Genomic Characteristics and Single-Cell Profiles After Immunotherapy in Fumarate Hydratase-Deficient Renal Cell Carcinoma 2022-11-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1279 PMID:36074152	研究论文	本研究分析了延胡索酸水合酶缺陷型肾细胞癌（FHRCC）的基因组特征和微环境，以及单细胞水平上免疫检查点抑制剂（ICI）治疗后的异质性反应原因	首次在单细胞水平上分析了FHRCC对ICI治疗的异质性反应，并探讨了免疫浸润与治疗反应的关系	ICI治疗无法逆转进展期疾病患者的CD8+ T细胞耗竭，需要额外的治疗策略	分析FHRCC的基因组特征和微环境，以及ICI治疗后的单细胞水平反应	延胡索酸水合酶缺陷型肾细胞癌（FHRCC）患者	数字病理学	肾细胞癌	全外显子测序、免疫组化染色分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、单细胞RNA序列数据	30名晚期FHRCC患者，4名接受ICI治疗的患者的单细胞RNA测序
20060	2024-08-08	SD2: spatially resolved transcriptomics deconvolution through integration of dropout and spatial information 2022-10-31, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac605 PMID:36063455	研究论文	本文提出了一种新的空间转录组解卷积方法SD2，通过整合空间信息和考虑dropout特征，提高了组织全景图的分辨率	SD2方法通过提取基于dropout的基因作为信息特征，并利用图卷积神经网络预测细胞类型组成，显著提高了性能	NA	探索细胞间相互作用和人类疾病细胞靶点，提高空间转录组数据的解析度	空间转录组数据中的细胞类型组成	生物信息学	NA	空间转录组学	图卷积神经网络	基因表达数据	模拟seqFISH+数据集和三个真实世界数据集