单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
20001	2024-08-08	Pan-cancer analysis of AIM2 inflammasomes with potential implications for immunotherapy in human cancer: A bulk omics research and single cell sequencing validation 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.998266 PMID:36248785	研究论文	本研究通过大规模组学研究和单细胞测序验证，分析了AIM2炎症小体在泛癌中的作用，并探讨了其对人类癌症免疫治疗的潜在影响。	首次在泛癌背景下全面分析AIM2炎症小体，并通过单细胞转录组测序技术验证其在肿瘤微环境中的激活状态。	研究主要依赖于公共数据库和单细胞测序数据，可能存在样本选择偏倚和数据解释的局限性。	探讨AIM2炎症小体在泛癌中的表达模式、预后意义及其与免疫治疗的相关性。	AIM2炎症小体及其相关基因在不同癌症中的表达和功能。	数字病理学	NA	单细胞转录组测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	使用了The Cancer Genome Atlas (TCGA)和The Genotype-Tissue Expression (GTEx)数据库中的数据，具体样本数量未详细说明。
20002	2024-08-08	Single cell meta-analysis of EndMT and EMT state in COVID-19 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.976512 PMID:36248845	meta-分析	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了健康个体、COVID-19患者和特发性肺纤维化患者的肺细胞转录组，以探究COVID-19中的间质过渡状态	首次通过分析公共数据库的单细胞测序数据，识别了早期和晚期的内皮间质过渡（EndMT）和上皮-间质过渡（EMT）	NA	探究COVID-19患者肺部间质过渡状态及其与纤维化的关系	健康个体、COVID-19患者和特发性肺纤维化患者的肺细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	健康个体45例，COVID-19患者58例，特发性肺纤维化患者64例
20003	2024-08-08	Transcriptional states of CAR-T infusion relate to neurotoxicity - lessons from high-resolution single-cell SOM expression portraying 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.994885 PMID:36248848	研究论文	本文通过重新分析24名患者的单细胞RNA测序数据，探讨了CAR-T细胞免疫疗法中细胞状态与神经毒性的关系	开发了一种单细胞数据描绘工作流程，用于解析单细胞分辨率的转录状态空间，并通过直观的可视化、功能挖掘、分子细胞分层和变异性分析展示了单细胞数据描绘的能力	NA	研究CAR-T细胞免疫疗法中的细胞状态与神经毒性的关系	24名患者的单细胞RNA测序数据	免疫学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	24名患者，超过130,000个细胞
20004	2024-08-08	Single-cell sequencing reveals effects of chemotherapy on the immune landscape and TCR/BCR clonal expansion in a relapsed ovarian cancer patient 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.985187 PMID:36248860	研究论文	本研究通过单细胞测序技术，揭示了化疗对复发性卵巢癌患者免疫景观及TCR/BCR克隆扩增的影响	首次在单细胞分辨率下，全面描述了化疗耐药患者在不同治疗阶段肿瘤、腹水和外周血中的多维细胞和免疫学图谱	研究仅基于单一患者的数据，可能限制了结果的普遍性和广泛应用	探讨化疗对复发性卵巢癌患者免疫环境的具体影响，并提出改善化疗引起的免疫损伤的策略	复发性化疗耐药的卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	NA	单细胞数据	单一患者
20005	2024-08-08	Evaluating the role of IDO1 macrophages in immunotherapy using scRNA-seq and bulk-seq in colorectal cancer 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1006501 PMID:36248886	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量测序（bulk-seq）分析结直肠癌（CRC）患者，以评估IDO1巨噬细胞在免疫治疗中的作用	首次详细分类了结直肠癌中的巨噬细胞亚群，并揭示了IDO1巨噬细胞在不同亚群中的浸润程度差异	NA	研究IDO1巨噬细胞在结直肠癌免疫治疗中的作用	结直肠癌患者及其巨噬细胞亚群	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量测序（bulk-seq）	NA	RNA序列数据	多个结直肠癌患者样本
20006	2024-08-08	Metabolic-related gene pairs signature analysis identifies ABCA1 expression levels on tumor-associated macrophages as a prognostic biomarker in primary IDHWT glioblastoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.869061 PMID:36248907	研究论文	本研究通过分析代谢相关基因对签名，确定了肿瘤相关巨噬细胞中ABCA1表达水平作为原发性IDHWT胶质母细胞瘤的预后生物标志物。	开发了一种基于代谢相关基因对的预后签名，用于原发性IDHWT胶质母细胞瘤患者的个性化管理。	NA	开发一种针对IDHWT胶质母细胞瘤患者的稳健预后签名。	原发性IDHWT胶质母细胞瘤患者的肿瘤组织和临床数据。	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共分析了377个样本，包括204个训练集样本和173个验证集样本。
20007	2024-08-08	Expression Analysis of Ligand-Receptor Pairs Identifies Cell-to-Cell Crosstalk between Macrophages and Tumor Cells in Lung Adenocarcinoma 2022, Journal of immunology research IF:3.5Q2 DOI:10.1155/2022/9589895 PMID:36249427	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析了肺腺癌中的配体-受体对表达，揭示了巨噬细胞与肿瘤细胞之间的细胞间对话。	首次在肺腺癌中详细分析了巨噬细胞与肿瘤细胞之间的自分泌和旁分泌网络，并构建了基于细胞间相互作用的机器学习预测模型。	研究依赖于已发表文献和公开数据库中的样本，可能存在数据来源的局限性。	探索肺腺癌中巨噬细胞与肿瘤细胞之间的细胞间通信，并识别与患者预后相关的关键基因对。	肺腺癌患者的单细胞和批量RNA测序样本，以及巨噬细胞和肿瘤细胞的细胞亚型。	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型	RNA测序数据	159,219个单细胞（包括18,248个肿瘤细胞和29,520个巨噬细胞）
20008	2024-08-08	Identification of cellular heterogeneity and immunogenicity of chondrocytes via single-cell RNA sequencing technique in human osteoarthritis 2022, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2022.1004766 PMID:36249797	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人骨关节炎中软骨细胞的异质性和免疫原性	首次定义了八种具有不同生物学功能的软骨细胞亚型，并发现效应软骨细胞和纤维软骨细胞可能促进骨关节炎的发展	NA	探索软骨细胞的生物学功能和标志物，以促进骨关节炎的准确诊断和靶向治疗	人骨关节炎中的软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
20009	2024-08-08	SCAN-IT: Domain segmentation of spatial transcriptomics images by graph neural network 2021-Nov, BMVC : proceedings of the British Machine Vision Conference. British Machine Vision Conference PMID:36227018	研究论文	本文开发了一种基于深度学习的方法SCAN-IT，通过将空间域识别问题转化为图像分割问题，利用图神经网络对空间转录组图像进行域分割	SCAN-IT方法结合了几何建模、图神经网络和DeepGraphInfomax信息学方法，能够处理来自不同空间转录组技术的数据，包括高空间分辨率低基因覆盖率和低空间分辨率高基因覆盖率的数据	NA	开发一种新的方法用于空间转录组图像的域分割，以更好地理解和控制生物功能	复杂生物组织的空间和功能域分割	计算机视觉	NA	空间转录组技术	图神经网络	图像	NA
20010	2024-08-05	Spatial transcriptomic analysis delineates epithelial and mesenchymal subpopulations and transition stages in childhood ependymoma 2023-04-06, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noac219 PMID:36215273	研究论文	利用空间转录组学分析了儿童脑肿瘤神经上皮瘤的细胞亚群和转变阶段	揭示了儿童神经上皮瘤的细胞组成及其在肿瘤进展中的相互作用	研究未说明样本的具体数量和来源	加深对儿童神经上皮瘤微环境的理解	儿童神经上皮瘤后脑室亚组A（PFA）	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
20011	2024-08-05	The heterogeneity of cancer-associated fibroblast subpopulations: Their origins, biomarkers, and roles in the tumor microenvironment 2023-Jan, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.15609 PMID:36197901	研究论文	本文探讨了癌症相关成纤维细胞亚群体的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	本研究通过单细胞转录组学策略分析CAFs的不同亚群体及其来源和生物标志物	未提及具体的实验数据和样本规模，可能影响结论的普适性	旨在深入探讨癌症相关成纤维细胞在不同肿瘤中的角色	研究癌症相关成纤维细胞的不同亚群体及其对肿瘤微环境的影响	数字病理学	胃癌，结直肠癌，胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
20012	2024-08-05	Single-cell Transcriptomics Reveals Early Molecular and Immune Alterations Underlying the Serrated Neoplasia Pathway Toward Colorectal Cancer 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.10.001 PMID:36216310	研究论文	本研究揭示了锯齿性肿瘤途径与结直肠癌相关的早期分子和免疫改变	首次通过单细胞转录组学描绘了锯齿性病变中的分子和免疫改变	研究样本数量有限，可能影响研究结果的广泛性	解析锯齿性病变中尚未明确的分子和免疫改变	16个锯齿性病变样本与3个正常结肠组织样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	19个样本（16个锯齿性病变，3个正常结肠组织）
20013	2024-08-08	Implications of microglial heterogeneity in spinal cord injury progression and therapy 2023-01, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2022.114239 PMID:36216123	综述	本文综述了微胶质细胞在脊髓损伤进展和治疗中的异质性及其作用	利用单细胞RNA测序(Sc-RNAseq)等技术，深入研究了微胶质细胞在整个生命周期中的异质性	NA	探讨微胶质细胞在脊髓损伤中的作用及其作为治疗靶点的潜力	微胶质细胞在脊髓损伤中的异质性及其功能	NA	脊髓损伤	单细胞RNA测序(Sc-RNAseq)	NA	NA	NA
20014	2024-08-08	Integrative genomic and transcriptomic profiling reveals distinct molecular subsets in adult mixed phenotype acute leukemia 2023-01, American journal of hematology IF:10.1Q1 DOI:10.1002/ajh.26758 PMID:36219502	研究论文	本研究通过综合基因组和转录组分析方法，探索了176名成人混合表型急性白血病患者的分子特征，并定义了八个具有独特突变和基因表达特征的分子亚群	首次通过综合基因组和转录组分析方法，定义了混合表型急性白血病的八个分子亚群，并分析了各亚群的基因突变和表达特征	研究样本主要集中在成人患者，且样本量相对有限，可能影响结果的普遍性	通过综合基因组和转录组分析，揭示混合表型急性白血病的分子特征，以促进更精确的诊断和治疗	176名成人混合表型急性白血病患者及其分子特征	数字病理学	白血病	下一代测序, RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据	176名成人混合表型急性白血病患者，包括86名T-淋巴/髓系MPAL患者，42名Ph+ MPAL患者，36名B-淋巴/髓系MPAL患者，4名t(v;11q23)患者，8名MPAL, NOS, 罕见类型患者
20015	2024-08-08	H3K4me3 as a target of di(2-ethylhexyl) phthalate (DEHP) impairing primordial follicle assembly 2023-Jan, Chemosphere IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.chemosphere.2022.136811 PMID:36220427	研究论文	本研究探讨了邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)对原始卵泡组装的影响及其分子机制，特别是H3K4me3的作用。	发现Smyd3-H3K4me3是DEHP对小鼠早期卵泡发生过程中原始卵泡形成的新的有害ER介导效应的目标，并强调表观遗传变化作为DEHP等内分泌干扰物的重要目标。	NA	研究DEHP对原始卵泡组装的影响及其分子机制。	小鼠卵巢中的原始卵泡和H3K4me3水平。	NA	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	从DEHP暴露的母亲的后代卵巢中获取样本
20016	2024-08-08	Subcapsular Sinus Macrophages Promote Melanoma Metastasis to the Sentinel Lymph Nodes via an IL1α-STAT3 Axis 2022-12-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0225 PMID:36206577	研究论文	研究了皮肤来源的肿瘤细胞通过淋巴管迁移至前哨淋巴结（sLN）的过程，并探讨了亚被膜窦（SS）中的巨噬细胞通过IL1α-STAT3轴促进黑色素瘤转移的机制	发现了亚被膜窦中的巨噬细胞在识别肿瘤抗原后产生促肿瘤的IL1α，并通过单细胞RNA测序揭示了IL1α信号在转移性肿瘤细胞中的STAT3为主要靶点	NA	探讨黑色素瘤转移至前哨淋巴结的机制及潜在的免疫治疗策略	亚被膜窦中的巨噬细胞、IL1α、STAT3信号通路	免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	从接受IL1α特异性阻断抗体治疗的动物中获取的微切割转移样本
20017	2024-08-08	Cellular Landscapes of Nondiseased Human Cardiac Valves From End-Stage Heart Failure-Explanted Heart 2022-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.122.318314 PMID:36200446	研究论文	探索来自终末期心力衰竭患者的心脏移植中的非病变人类心脏瓣膜的细胞景观	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析非病变人类心脏瓣膜叶片的细胞景观，并结合生物信息学方法识别细胞类型、描述细胞功能及研究细胞发育轨迹和相互作用	研究仅限于非病变心脏瓣膜，未涉及病变瓣膜的情况	探索心脏瓣膜疾病的细胞层面机制，以识别新的治疗靶点	来自终末期心力衰竭患者的心脏移植中的非病变人类心脏瓣膜叶片	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	5个主动脉瓣、5个肺动脉瓣、5个三尖瓣和3个二尖瓣，共128,412个细胞
20018	2024-08-08	Review: Challenges and perspectives in applying single nuclei RNA-seq technology in plant biology 2022-Dec, Plant science : an international journal of experimental plant biology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.plantsci.2022.111486 PMID:36202294	综述	本文综述了单核RNA测序技术在植物生物学中的应用挑战与前景	探讨了单细胞转录组在植物细胞发育和环境应激响应中的动态调控	讨论了使用植物原生质体与核进行单细胞RNA测序实验的优缺点	支持基因功能研究，建立精确的转录程序，预测更准确的基因调控网络，并长期设计新基因途径以增强选定作物性状	植物细胞的转录组及其在细胞发育和环境应激中的调控	NA	NA	单核RNA测序	NA	转录组数据	多种植物物种和器官的细胞
20019	2024-08-08	Thyroid hormone regulators in human cerebral cortex development 2022-12-01, The Journal of endocrinology IF:3.4Q2 DOI:10.1530/JOE-22-0189 PMID:36219489	review	本文综述了甲状腺激素在人类大脑皮层发育中的调控作用	利用单细胞转录组学方法分析了发育中的人类大脑皮层的单细胞RNA-Seq数据，提供了甲状腺激素转运蛋白、脱碘酶和受体在特定细胞中表达的新见解	由于小鼠和人类大脑之间的根本差异，小鼠疾病模型并不完全令人满意	探讨甲状腺激素在人类新皮层发育中的病理生理学背景	人类大脑皮层发育中的甲状腺激素调控	NA	NA	单细胞RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	未明确提及具体样本数量
20020	2024-08-08	Spatial transcriptomics shows moxibustion promotes hippocampus astrocyte and neuron interaction 2022-Dec-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2022.121052 PMID:36220370	研究论文	本研究探讨了艾灸通过促进海马体星形胶质细胞与神经元之间的相互作用，从而改善阿尔茨海默病小鼠的认知功能	本研究首次采用空间转录组学技术评估艾灸对阿尔茨海默病小鼠星形胶质细胞与神经元相互作用的影响	NA	研究艾灸是否能通过促进星形胶质细胞与神经元之间的相互作用，增强突触可塑性，从而缓解阿尔茨海默病的认知障碍	阿尔茨海默病小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学	NA	转录组数据	APP/PS1小鼠