单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
19981	2024-08-08	Cellular Landscapes of Nondiseased Human Cardiac Valves From End-Stage Heart Failure-Explanted Heart 2022-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.122.318314 PMID:36200446	研究论文	探索来自终末期心力衰竭患者的心脏移植中的非病变人类心脏瓣膜的细胞景观	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析非病变人类心脏瓣膜叶片的细胞景观，并结合生物信息学方法识别细胞类型、描述细胞功能及研究细胞发育轨迹和相互作用	研究仅限于非病变心脏瓣膜，未涉及病变瓣膜的情况	探索心脏瓣膜疾病的细胞层面机制，以识别新的治疗靶点	来自终末期心力衰竭患者的心脏移植中的非病变人类心脏瓣膜叶片	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	5个主动脉瓣、5个肺动脉瓣、5个三尖瓣和3个二尖瓣，共128,412个细胞
19982	2024-08-08	Review: Challenges and perspectives in applying single nuclei RNA-seq technology in plant biology 2022-Dec, Plant science : an international journal of experimental plant biology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.plantsci.2022.111486 PMID:36202294	综述	本文综述了单核RNA测序技术在植物生物学中的应用挑战与前景	探讨了单细胞转录组在植物细胞发育和环境应激响应中的动态调控	讨论了使用植物原生质体与核进行单细胞RNA测序实验的优缺点	支持基因功能研究，建立精确的转录程序，预测更准确的基因调控网络，并长期设计新基因途径以增强选定作物性状	植物细胞的转录组及其在细胞发育和环境应激中的调控	NA	NA	单核RNA测序	NA	转录组数据	多种植物物种和器官的细胞
19983	2024-08-08	Thyroid hormone regulators in human cerebral cortex development 2022-12-01, The Journal of endocrinology IF:3.4Q2 DOI:10.1530/JOE-22-0189 PMID:36219489	review	本文综述了甲状腺激素在人类大脑皮层发育中的调控作用	利用单细胞转录组学方法分析了发育中的人类大脑皮层的单细胞RNA-Seq数据，提供了甲状腺激素转运蛋白、脱碘酶和受体在特定细胞中表达的新见解	由于小鼠和人类大脑之间的根本差异，小鼠疾病模型并不完全令人满意	探讨甲状腺激素在人类新皮层发育中的病理生理学背景	人类大脑皮层发育中的甲状腺激素调控	NA	NA	单细胞RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	未明确提及具体样本数量
19984	2024-08-08	Spatial transcriptomics shows moxibustion promotes hippocampus astrocyte and neuron interaction 2022-Dec-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2022.121052 PMID:36220370	研究论文	本研究探讨了艾灸通过促进海马体星形胶质细胞与神经元之间的相互作用，从而改善阿尔茨海默病小鼠的认知功能	本研究首次采用空间转录组学技术评估艾灸对阿尔茨海默病小鼠星形胶质细胞与神经元相互作用的影响	NA	研究艾灸是否能通过促进星形胶质细胞与神经元之间的相互作用，增强突触可塑性，从而缓解阿尔茨海默病的认知障碍	阿尔茨海默病小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学	NA	转录组数据	APP/PS1小鼠
19985	2024-08-08	scHiCPTR: unsupervised pseudotime inference through dual graph refinement for single-cell Hi-C data 2022-11-30, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac670 PMID:36205615	研究论文	本文介绍了scHiCPTR，一种基于图的无监督流程，用于从单细胞Hi-C接触矩阵中推断伪时间	scHiCPTR通过双图优化过程优化图结构，有助于减少噪声导致的虚假细胞连接，并确定全局发育方向性	NA	研究如何利用单细胞Hi-C接触矩阵构建伪时间路径，以沿着发育轨迹对细胞进行排序	单细胞Hi-C接触矩阵	生物信息学	NA	单细胞Hi-C技术	图模型	矩阵数据	NA
19986	2024-08-08	PPMS: A framework to Profile Primary MicroRNAs from Single-cell RNA-sequencing datasets 2022-11-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac419 PMID:36209413	研究论文	本文介绍了一种名为PPMS的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中分析初级微小RNA（pri-miRNA）	PPMS框架能够以细胞类型分辨率对pri-miRNA进行分析和定量，这是目前其他计算方法所不具备的	NA	开发一种新的计算方法，用于在单细胞水平上分析和定量pri-miRNA	pri-miRNA在不同细胞类型和细胞状态中的分布及其与细胞/读取序列数量的关系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	计算框架	RNA序列数据	包括人类心脏的不同腔室、人类多能干细胞分化为心肌细胞以及感染了严重急性呼吸综合征冠状病毒2的hiPSCs衍生心肌细胞的公开单细胞RNA测序数据
19987	2024-08-08	Subclones of bone marrow CD34+ cells in acute myeloid leukemia at diagnosis confer responses of patients to induction chemotherapy 2022-11-15, Cancer IF:6.1Q1 DOI:10.1002/cncr.34481 PMID:36197314	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了新诊断急性髓系白血病（AML）患者骨髓CD34+细胞的异质性，并根据患者对诱导化疗的反应将其分为敏感组和耐药组	本研究首次揭示了CD34+细胞亚群与AML患者对诱导化疗反应的关系，并提供了预测患者反应的生物标志物	NA	研究AML患者骨髓CD34+细胞的异质性与对诱导化疗反应的关系	急性髓系白血病患者的骨髓CD34+细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	新诊断的AML患者骨髓CD34+细胞样本
19988	2024-08-08	Angiotensin-converting Enzyme-2 (ACE2) Expression in Pediatric Liver Disease 2022 Nov-Dec 01, Applied immunohistochemistry & molecular morphology : AIMM IF:1.3Q3 DOI:10.1097/PAI.0000000000001068 PMID:36222506	研究论文	本文研究了儿童免疫介导性肝病中血管紧张素转换酶2（ACE2）的表达情况	采用了新的方法学来评估ACE2在儿童肝病中的表达，并使用计算深度学习分割模型和空间转录组学进行分析	需要进一步研究ACE2在慢性疾病和急性感染中的作用	更好地理解ACE2在肝病中的存在及其在感染如COVID-19中的作用	儿童免疫介导性肝病中的ACE2表达	NA	肝病	免疫荧光染色、共聚焦显微镜、酶联免疫吸附试验、空间转录组学	深度学习模型	组织、血液	儿童和成人肝病及对照组织样本
19989	2024-08-08	BATF epigenetically and transcriptionally controls the activation program of regulatory T cells in human tumors 2022-10-14, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abk0957 PMID:36206353	研究论文	本文研究了BATF在人肺肿瘤微环境中对调节性T细胞的表观遗传和转录调控作用	首次揭示了BATF通过表观遗传调控激活相关基因表达，从而影响T细胞在肿瘤微环境中的分化和功能	NA	探讨BATF在肿瘤微环境中对调节性T细胞分化和功能的调控机制	人肺肿瘤中的调节性T细胞及其表观遗传和转录调控	数字病理学	肺癌	ATAC测序、单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	NA	基因表达数据	NA
19990	2024-08-08	Upper cortical layer-driven network impairment in schizophrenia 2022-10-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abn8367 PMID:36223459	研究论文	本研究通过单核RNA测序和免疫组织化学分析，探讨了精神分裂症患者大脑皮质上层的神经网络损伤	首次通过单核RNA测序和空间转录组学技术，详细分析了精神分裂症患者大脑皮质上层神经元的转录组变化	研究样本仅限于精神分裂症患者和匹配的控制组，可能需要更多样化的样本以验证结果的普遍性	揭示精神分裂症对大脑皮质上层神经网络的影响	精神分裂症患者和匹配的控制组的大脑皮质上层神经元	数字病理学	精神分裂症	单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	转录组数据	超过220,000个神经元样本
19991	2024-08-08	Pro-inflammatory megakaryocyte gene expression in murine models of breast cancer 2022-10-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo5224 PMID:36223471	research paper	本研究使用自发性的乳腺癌小鼠模型，发现肿瘤负荷减少了巨核细胞的数量和大小，并干扰了多倍体化。单细胞RNA测序显示，肿瘤小鼠的巨核细胞表现出促炎性表型，蛋白质S100A8/A9和脂质运载蛋白-2水平在血小板中也增加，表明肿瘤诱导的巨核细胞改变传递给了血小板后代，促进了体外肿瘤细胞侵袭和肿瘤细胞肺部定植。	首次证明乳腺癌诱导的巨核细胞改变，导致血小板成分的质变，可能反馈促进肿瘤转移。	NA	研究乳腺癌对血小板产生巨核细胞的影响。	乳腺癌小鼠模型的巨核细胞和血小板。	NA	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	肿瘤小鼠和野生型小鼠的巨核细胞和血小板。
19992	2024-08-08	Decoding the transcriptome of calcified atherosclerotic plaque at single-cell resolution 2022-10-12, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04056-7 PMID:36224302	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序和系统生物学方法分析了钙化动脉粥样硬化斑块中血管平滑肌细胞和内皮细胞的转录组特征	揭示了动脉粥样硬化斑块中细胞表达的炎症介质和基质分泌基因的解剖学区分，并识别了可能驱动细胞转分化的新候选基因	NA	探索动脉粥样硬化斑块的病理生理机制，并建立针对疾病进展的特定部位干预策略	钙化动脉粥样硬化斑块中的血管平滑肌细胞和内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	来自接受颈动脉内膜切除术患者的钙化动脉粥样硬化斑块和匹配的近端邻近颈动脉组织
19993	2024-08-08	A single cell transcriptional roadmap of human pacemaker cell differentiation 2022-10-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.76781 PMID:36217819	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和轨迹推断，构建了人类诱导多能干细胞向窦房结样心肌细胞分化的转录变化和谱系决策路线图	首次揭示了人类起搏细胞分化过程中的分子机制，特别是SANCM和前心外膜细胞谱系的分离由WNT信号决定，以及TGFβ和WNT信号在过渡型和头部SANCM亚型分支中的作用	NA	揭示人类起搏细胞分化的分子过程	人类诱导多能干细胞向窦房结样心肌细胞的分化	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
19994	2024-08-08	Single-cell transcriptomics reveals the role of Macrophage-Naïve CD4 + T cell interaction in the immunosuppressive microenvironment of primary liver carcinoma 2022-10-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-022-03675-2 PMID:36221095	研究论文	本研究利用单细胞和批量转录组数据，探讨了肝癌中免疫细胞间的重要相互作用及其靶向药物	揭示了巨噬细胞与幼稚CD4+ T细胞相互作用在肝癌免疫抑制微环境中的关键作用，并预测了相关药物	相关机制需要在实验和队列研究中进一步验证	研究肝癌中免疫细胞间的相互作用及其靶向药物	肝癌中的免疫细胞及其相互作用	数字病理学	肝癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	31名处于健康、肝炎、肝硬化和癌症四种不同状态的患者
19995	2024-08-08	Single-cell transcriptomic profiling for inferring tumor origin and mechanisms of therapeutic resistance 2022-Oct-10, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-022-00314-3 PMID:36210388	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术分析头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者的肿瘤样本，以推断肿瘤起源和治疗抵抗机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了HNSCC对检查点抑制剂治疗抵抗的机制，并证实了肿瘤的转移性质	研究样本仅来自单一患者，可能限制了结果的普遍性	识别HNSCC对检查点抑制剂治疗的反应和抵抗驱动因素	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者的肿瘤样本	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	两个反应性病变和一个进展性病变
19996	2024-08-08	Combination of oral STING agonist MSA-2 and anti-TGF-β/PD-L1 bispecific antibody YM101: a novel immune cocktail therapy for non-inflamed tumors 2022-10-08, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-022-01363-8 PMID:36209176	研究论文	本文研究了口服STING激动剂MSA-2与抗TGF-β/PD-L1双特异性抗体YM101联合治疗非炎症性肿瘤的新型免疫鸡尾酒疗法	MSA-2与YM101联合使用在增强天然和适应性免疫、促进抗原呈递、改善T细胞迁移和趋化性以及上调肿瘤浸润淋巴细胞数量和活性方面显示出协同效应	NA	探索MSA-2与YM101联合使用在非炎症性肿瘤模型中的抗肿瘤免疫增强效果	非炎症性肿瘤模型	免疫学	肿瘤	流式细胞术, RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	细胞, 基因表达数据	NA
19997	2024-08-08	Characterization of placental and decidual cell development in early pregnancy loss by single-cell RNA sequencing 2022-Oct-08, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-022-00904-5 PMID:36209198	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了早期妊娠丢失中绒毛和蜕膜细胞的发育情况	首次通过单细胞RNA测序揭示了不同形式的早期妊娠丢失中绒毛和蜕膜细胞的独特基因表达特征	NA	旨在更好地理解早期妊娠丢失的病理机制	早期妊娠丢失中的绒毛和蜕膜细胞	数字病理学	妊娠疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同形式的早期妊娠丢失及正常妊娠的绒毛和蜕膜组织
19998	2024-08-08	Aging compromises human islet beta cell function and identity by decreasing transcription factor activity and inducing ER stress 2022-Oct-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo3932 PMID:36197983	research paper	本文通过元分析单细胞RNA测序数据、转录因子调控网络分析、高分辨率共聚焦显微镜和胰岛素分泌测量，研究了衰老对人类胰岛β细胞功能和身份的影响。	揭示了β细胞衰老过程中的分子和功能变化，包括转录调控失调、β细胞转录因子网络重组、基因转录率增加和葡萄糖刺激的胰岛素释放减少，以及内质网应激和自噬途径的激活。	NA	理解衰老对β细胞的影响。	人类胰岛β细胞。	digital pathology	type 2 diabetes	single-cell RNA sequencing	NA	RNA sequencing data	非糖尿病捐赠者，涵盖了人类生命周期的绝大部分。
19999	2024-08-08	A single-cell atlas of the cycling murine ovary 2022-10-07, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.77239 PMID:36205477	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，分析了成年小鼠卵巢中超过34,000个细胞的转录组，描述了在正常动情周期和其他生殖状态下发生的转录变化，构建了一个全面的小鼠卵巢细胞类型和状态的动态图谱	首次构建了小鼠卵巢在动情周期中的单细胞转录组图谱，揭示了细胞状态的动态变化和旁分泌因子在此过程中的作用	NA	研究小鼠卵巢在动情周期中的细胞状态动态变化及其调控机制	小鼠卵巢中的细胞类型及其在动情周期中的转录变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	超过34,000个细胞
20000	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing uncovers a neuron-like macrophage subset associated with cancer pain 2022-10-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abn5535 PMID:36206343	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了与癌症疼痛相关的一种神经样巨噬细胞亚群，并探讨了其在肿瘤神经发生中的作用机制	首次发现巨噬细胞向神经样细胞转化的现象（MNT），并证实其直接促进肿瘤神经发生	NA	探索肿瘤相关巨噬细胞在促进肿瘤神经发生中的作用机制	肿瘤相关巨噬细胞及其在癌症疼痛中的作用	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	涉及肺腺癌模型中的巨噬细胞