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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1981 | 2026-03-14 |
Single-cell analysis reveals immune remodeling of monocytes, NK cells, T cell exhaustion, and Galectin-9-associated depletion of gamma delta and mucosal-associated invariant T cells in Long COVID with ME/CFS
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1745933
PMID:41822518
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了长新冠(LC)伴随肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征(ME/CFS)患者的外周免疫重塑,包括单核细胞、NK细胞、T细胞耗竭以及γδ T细胞和黏膜相关不变T细胞的耗竭,并识别了Galectin-9-TIM-3相互作用作为潜在驱动机制 | 首次在单细胞水平上比较了LC-ME/CFS与特发性ME/CFS的免疫差异,并识别了Galectin-9-TIM-3通路作为γδ和MAIT细胞耗竭的潜在机制 | 样本仅来自女性个体,且依赖于公开数据集进行特发性ME/CFS的比较,可能限制结果的普适性 | 探究长新冠伴随ME/CFS的细胞机制,以理解其发病机理并识别潜在生物标志物和治疗靶点 | 长新冠伴随ME/CFS患者和康复个体的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 长新冠伴随肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自LC-ME/CFS患者和康复个体的外周血单核细胞样本,具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1982 | 2026-03-14 |
Long noncoding RNAs in tumor stemness: emerging mechanisms and therapeutic opportunities
2026, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2026.1772938
PMID:41822755
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综述 | 本文是一篇关于长链非编码RNA在肿瘤干细胞特性中作用机制及治疗潜力的迷你综述 | 系统总结了lncRNAs调控肿瘤干细胞生物学的多种机制,并探讨了利用高通量组学技术识别相关lncRNAs及开发靶向治疗的新策略 | 作为一篇综述性文章,主要基于现有文献进行总结,未提出新的实验数据或模型 | 阐明长链非编码RNA在维持肿瘤干细胞特性和肿瘤可塑性中的作用,并探索其作为治疗靶点的潜力 | 肿瘤干细胞及长链非编码RNA | 肿瘤生物学 | 癌症 | 高通量组学技术(包括单细胞和空间转录组学) | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1983 | 2026-03-14 |
Lung scRNA-seq reveals chronic inflammation and emphysemous phenotype in mice with osteogenesis imperfecta
2026, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2026.1713393
PMID:41822759
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了成骨不全症小鼠模型中肺部异常的新分子和细胞机制,包括慢性炎症和肺气肿表型 | 首次使用单细胞RNA测序技术系统分析成骨不全症小鼠模型的肺部细胞变化,揭示了AT2向AT1细胞过渡异常、成纤维细胞激活及慢性炎症表型等新机制 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;样本量未明确说明;未涉及临床干预验证 | 探究成骨不全症中肺部并发症的分子和细胞机制 | 成骨不全症小鼠模型(Aga2小鼠)的肺组织 | 单细胞组学 | 成骨不全症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1984 | 2026-03-14 |
Single-Cell Sequencing Data Revealed Mechanisms of Interactions Between Tumor Cells and Cancer-Associated Fibroblasts in Metastatic Colorectal Cancer
2026, BioMed research international
IF:2.6Q3
DOI:10.1155/bmri/8830690
PMID:41823347
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序数据揭示了转移性结直肠癌中肿瘤细胞与癌症相关成纤维细胞之间的相互作用机制 | 识别了转移性和原发性结直肠癌中的特征性细胞亚群,并基于这些亚群间的相互作用基因构建了预后模型 | 研究依赖于公开数据集,可能受样本来源和测序技术的限制,且未进行实验验证 | 探究结直肠癌转移机制中肿瘤细胞与微环境成分的相互作用及其对患者预后的影响 | 转移性和原发性结直肠癌患者的单细胞测序数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | Cox比例风险模型 | 单细胞测序数据 | 来自GSE225857和GSE166555数据集的转移性和非转移性结直肠癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1985 | 2026-03-14 |
Mapping Plasmodium transitions and interactions in the Anopheles female
2025-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09653-0
PMID:41125888
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了疟原虫在按蚊中肠内的关键发育阶段和蚊虫-寄生虫相互作用 | 首次结合单细胞RNA测序和共聚焦显微镜,揭示了疟原虫与按蚊中肠祖细胞的优先相互作用,并识别了调控卵囊生长的关键过程 | NA | 研究疟原虫在按蚊中肠内的发育过渡和相互作用,以理解传播机制 | 恶性疟原虫和按蚊 | 单细胞组学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序,共聚焦显微镜 | NA | 单细胞RNA测序数据,显微镜图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1986 | 2026-03-14 |
LECT2 promotes liver regeneration across developmental stages by activating the ADAM10-NOTCH signaling pathway
2025-Dec-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000842
PMID:41811354
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序鉴定出LECT2作为肝脏再生过程中的关键介质,并揭示其通过激活ADAM10-NOTCH信号通路促进跨发育阶段肝脏再生的机制 | 首次发现LECT2作为跨发育阶段保守的促肝脏再生调节因子,并阐明其通过ADAM10-NOTCH信号通路发挥作用的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限;机制研究虽深入但尚未完全解析所有下游效应 | 鉴定跨发育阶段保守的肝脏促再生调节因子并阐明其机制作用 | 野生型小鼠(1月龄、4月龄、12月龄、20月龄)及Lect2敲除小鼠,部分肝切除患者样本 | 分子生物学 | 肝脏疾病 | RNA测序,单细胞RNA测序,免疫荧光,共免疫沉淀,实时定量PCR,小分子抑制 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据,组织染色图像 | 四个年龄组小鼠(具体数量未明确),部分肝切除患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
| 1987 | 2026-03-14 |
Inference of Tumor Progression Patterns in Colon Cancer Using Optimal Cell Order Analysis in Single Cell Resolution
2025 Nov-Dec, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3592571
PMID:40811186
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研究论文 | 本研究提出了一种基于单细胞RNA-Seq数据的计算方法,用于推断结肠癌中细胞群体的进展模式 | 开发了一种基于排序的方法,利用最优重排序层次结构推断进展模式,并提供了先进的三维可视化工具和新评估指标 | 方法主要基于单细胞RNA-Seq数据,可能未考虑其他组学层面或更大样本量的验证 | 推断结肠癌中细胞群体的动态进展模式,如分化、信号传导或肿瘤进化轨迹 | 人类结肠样本的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞RNA-Seq | 基于排序的算法,主曲线可视化 | 单细胞RNA-Seq数据 | 未明确指定,但涉及真实人类结肠样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1988 | 2026-03-14 |
Integrative scATAC-seq and mtDNA mutation analysis reveals disease-driven regulatory aberrations in AML
2025-10-15, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2025.07.009
PMID:40781032
|
研究论文 | 本文通过整合scATAC-seq和线粒体DNA突变分析,揭示了急性髓系白血病(AML)中疾病驱动的调控异常 | 开发并应用了线粒体单细胞ATAC-seq(mtscATAC-seq)技术,结合单细胞RNA-seq,构建了单细胞造血参考图谱,并利用内部算法cisGRN分析了顺式调控元件动态,发现了WT1锌指结构域突变与染色质可及性降低及靶基因下调的关联,以及早期出现的CRE突变通过引入CEBPB结合基序促进AML增殖的新机制 | NA | 研究急性髓系白血病(AML)的进展机制并识别预后生物标志物,以改善治疗结果 | 急性髓系白血病(AML)细胞 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 线粒体单细胞ATAC-seq(mtscATAC-seq),单细胞RNA-seq,线粒体DNA追踪,机器学习建模 | 机器学习模型 | 单细胞染色质可及性数据,单细胞转录组数据,线粒体DNA突变数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1989 | 2026-03-14 |
Multi-step genomics on single cells and live cultures in sub-nanoliter capsules
2025-Sep-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.642839
PMID:40166192
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研究论文 | 本文开发了一种名为CAGEs的胶囊技术,用于在单细胞水平上进行高通量多步基因组学分析,包括活细胞培养与全基因组读出的结合 | CAGEs胶囊技术首次实现了在单细胞水平上结合活细胞培养与高通量多步基因组学分析,突破了传统方法在活细胞分析中的限制 | 未明确提及技术局限性,但可能涉及胶囊制备的复杂性或特定应用场景的适应性 | 开发一种新型单细胞分析平台,以支持活细胞的高通量多步基因组学测量 | 单细胞和活细胞培养 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞测序、基因组学分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 数万个扩展克隆的转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | CAGEs胶囊技术 |
| 1990 | 2026-03-14 |
Cholinergic Waves Have a Modest Influence on the Transcriptome of Retinal Ganglion Cells
2025-08-27, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0165-25.2025
PMID:40695599
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探究胆碱能波对小鼠视网膜神经节细胞转录组的调控作用 | 首次在单细胞水平揭示胆碱能波对视网膜神经节细胞转录组的影响具有类型特异性且程度有限 | 研究仅关注出生后第一周,未涵盖其他发育阶段;样本量相对有限 | 探究胆碱能波对视网膜神经节细胞基因表达的调控机制 | 野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞 | 单细胞转录组学 | 视觉系统发育异常 | 单细胞RNA测序,原位杂交,全细胞记录 | β2KO小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,使用野生型和β2KO小鼠视网膜神经节细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1991 | 2026-03-14 |
Rapid generation of functional vascular organoids via simultaneous transcription factor activation of endothelial and mural lineages
2025-Aug-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.05.014
PMID:40516530
|
研究论文 | 本文介绍了一种通过同时激活内皮细胞和平滑肌细胞谱系的转录因子,从诱导多能干细胞快速生成功能性血管类器官的简化方法 | 通过正交激活转录因子ETV2和NKX3.1,实现了内皮细胞和平滑肌细胞的高效共分化,无需ECM包埋即可在5天内生成功能性3D血管类器官 | NA | 开发一种快速、多功能的血管类器官平台,用于血管建模、疾病研究和再生细胞治疗 | 诱导多能干细胞(iPSCs)、内皮细胞(iECs)、平滑肌细胞(iMCs)以及生成的血管类器官(VOs) | 再生医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、Dox诱导系统、modRNA系统 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1992 | 2026-03-14 |
Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.657506
PMID:40766395
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术分析HepaRG细胞在多种化学物质暴露下的应激反应状态 | 应用TempO-LINC平台生成大规模单细胞转录组数据,通过文献来源的应激反应通路基因特征对单个细胞进行评分,揭示细胞应激状态的异质性动态变化 | 仅使用HepaRG细胞系,暴露时间固定为24小时,未涵盖更长时间点或其他细胞类型 | 解码细胞在毒理学相关化学物质暴露下的应激状态,理解细胞适应性与终末反应之间的转换机制 | HepaRG细胞(约40,000个) | 单细胞转录组学 | 毒理学 | 单细胞转录组测序 | 广义Jaccard度量聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 约40,000个HepaRG细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | TempO-LINC平台 | TempO-LINC单细胞转录组平台 |
| 1993 | 2026-03-14 |
Opposite regulation of intestinal and intrahepatic CD8+ T cells controls alcohol-associated liver disease progression
2025-Jul-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-334412
PMID:40199574
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研究论文 | 本研究探讨了肠道和肝内CD8+ T细胞在酒精相关肝病(ALD)中的相反调控作用及其对疾病进展的影响 | 首次揭示了ALD中肠道和肝内CD8+ T细胞的相反调控机制,并发现BCL2在其中的关键作用,为治疗提供了新靶点 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本,机制细节仍需进一步验证,且样本量可能有限 | 阐明肠道和肝内CD8+ T细胞在ALD发病机制中的调控作用及其对疾病进展的贡献 | ALD患者和小鼠模型(包括野生型、CD8特异性Bcl2转基因和Cd8 -/-小鼠) | NA | 酒精相关肝病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组学分析、功能研究 | NA | 单细胞RNA测序数据、转录组数据、功能实验数据 | ALD患者和小鼠模型(具体数量未在摘要中明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1994 | 2026-03-14 |
Sequence Diversity and Encoded Enzymatic Differences of Monocistronic L1 ORF2 mRNA Variants in the Aged Normal and Alzheimer's Disease Brain
2025-06-18, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.2298-24.2025
PMID:40368603
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研究论文 | 本研究通过功能测定、长读长测序和空间转录组学,揭示了阿尔茨海默病与正常衰老大脑中L1反转录转座子ORF2 mRNA的序列多样性及其编码的酶活性差异 | 首次在人类大脑中鉴定出超过550种编码蛋白的单顺反子ORF2 mRNA变体,其数量是参考基因组的两倍多,并证实了这些变体具有内源性反转录酶和核酸内切酶活性 | 样本量相对较小(31个大脑样本),且主要关注大脑皮层,未涵盖其他脑区 | 探究人类大脑中内源性反转录酶活性的来源、L1 mRNA的多样性及其在阿尔茨海默病与正常衰老大脑中的差异 | 31个阿尔茨海默病患者和非疾病(正常衰老)捐赠者的大脑皮层样本 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | 酶功能测定、靶向PacBio HiFi长读长测序、定量空间转录组学 | NA | RNA序列数据、空间转录组数据、酶活性数据 | 31个人类大脑样本(阿尔茨海默病与非疾病,包含两性) | PacBio | 长读长测序, 空间转录组学 | PacBio HiFi | 靶向PacBio HiFi长读长测序 |
| 1995 | 2026-03-14 |
Multi-omic analyses of the development of obesity-related depression linked to the gut microbe Anaerotruncus colihominis and its metabolite glutamate
2025-06-15, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2025.04.010
PMID:40274437
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了肠道微生物Anaerotruncus colihominis及其代谢产物谷氨酸在肥胖相关抑郁症发展中的关键作用 | 首次将肥胖相关抑郁症与特定肠道微生物A. colihominis及其谷氨酸代谢联系起来,并通过单细胞RNA测序揭示了Efnb2-Ephb2互作在细胞通讯中的核心作用 | 研究主要基于动物模型和临床样本的相关性分析,因果关系和具体分子通路仍需进一步验证 | 探究肥胖相关抑郁症的发病机制,寻找潜在的治疗靶点 | 肥胖相关抑郁症患者、健康个体、高脂饮食小鼠、无菌小鼠 | 微生物组学 | 肥胖相关抑郁症 | 单细胞RNA测序、粪便微生物移植、多组学分析 | NA | 微生物组数据、转录组数据、代谢组数据 | 临床患者与健康个体样本、高脂饮食小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1996 | 2026-03-14 |
Spatiotemporal transcriptome atlas of developing mouse lung
2025-05-30, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2025.03.012
PMID:40118721
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据,构建了小鼠肺发育从E12.5到P0期的时空转录组图谱 | 首次报道了发育中肺的全面时空转录组图谱,结合空间和单细胞数据识别了10个关键空间域和谱系轨迹 | 研究仅基于小鼠模型,未直接验证人类肺发育,且未进行功能实验验证关键基因如Angpt2和Epha3的具体作用 | 旨在理解哺乳动物肺功能发育的复杂过程,包括分支形态发生和肺泡生成 | 小鼠肺组织,涵盖胚胎期E12.5到出生后P0的发育阶段 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 小鼠肺组织样本,覆盖E12.5至P0多个时间点 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1997 | 2026-03-14 |
An automatic annotation tool and reference database for T cell subtypes and states at single-cell resolution
2025-05-30, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2025.02.043
PMID:40157887
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研究论文 | 本研究构建了最大的人类T细胞参考数据库,并开发了名为STCAT的自动注释工具,用于单细胞RNA测序数据中T细胞亚型和状态的精准注释 | 构建了包含134.8万个T细胞、涵盖35种条件和16种组织的最大人类T细胞参考数据库;开发了基于分层模型和标记物校正的新型自动注释工具STCAT,其准确率比现有工具提高28%;首次系统揭示了CD4 Treg细胞在肿瘤样本中的富集现象以及CD8 naive相关细胞在健康个体中的丰度特征 | 参考数据库主要基于现有公开数据集构建,可能无法涵盖所有疾病状态和组织类型;工具验证仅在六个独立数据集上进行,需要更广泛的临床验证 | 开发T细胞亚型和状态的自动注释工具及参考数据库,以促进T细胞免疫和肿瘤免疫学研究 | 人类T细胞(包括CD4和CD8 T细胞) | 单细胞组学 | 肺癌、COVID-19、卵巢癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 分层模型 | 单细胞转录组数据 | 1,348,268个T细胞,来自35种条件和16种组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1998 | 2026-03-14 |
Cell type-specific network analysis in Diversity Outbred mice identifies genes potentially responsible for human bone mineral density GWAS associations
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.20.594981
PMID:38826475
|
研究论文 | 本研究利用多样性远交小鼠的单细胞转录组数据,构建细胞类型特异性网络,以解析人类骨密度GWAS关联基因的潜在因果作用 | 首次结合单细胞转录组轨迹分析与网络驱动基因识别,从细胞状态动态变化角度揭示骨密度调控新机制 | 研究基于小鼠模型数据,在人类中的直接验证尚需进一步实验 | 解析骨密度GWAS关联基因的细胞类型特异性功能与因果机制 | 骨髓来源基质细胞在成骨条件下的分化过程 | 单细胞转录组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | 网络分析 | 单细胞转录组数据 | 多样性远交小鼠的骨髓基质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1999 | 2026-03-14 |
The impact of breast radiotherapy on the tumor genome and immune ecosystem
2025-May-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115703
PMID:40378044
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研究论文 | 本研究探讨了放疗对雌激素受体阳性乳腺癌患者肿瘤基因组和免疫微环境的影响 | 首次结合单细胞DNA测序和单细胞RNA测序技术,在放疗前后时间点分析乳腺癌肿瘤的克隆选择和免疫细胞动态变化 | 样本量较小(20名患者),仅针对雌激素受体阳性乳腺癌,且随访时间较短(放疗后7天) | 阐明放疗如何调节乳腺癌肿瘤微环境,特别是对肿瘤基因组和免疫生态系统的影响 | 20名接受新辅助放疗的雌激素受体阳性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 20名患者,其中8名进行scDNA-seq,11名进行scRNA-seq,在放疗前和放疗后7天采集肿瘤活检样本 | NA | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2000 | 2026-03-14 |
EZH2 coordinates memory B-cell programming and recall responses
2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf004
PMID:40073167
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白甲基转移酶EZH2在调控记忆B细胞(MBC)编程和回忆应答中的关键作用 | 首次在流感感染模型中系统阐明了EZH2如何调控MBC的形成、表型维持和功能潜能,并发现EZH2缺失导致MBC库向非生发中心型IgM+亚群偏移 | EZH2敲除不完全,可能存在残留活性影响表型解读;研究主要聚焦流感感染模型,在其他病原体感染中的普适性需进一步验证 | 探究表观遗传酶EZH2在记忆B细胞分化与功能调控中的作用机制 | 小鼠(Mus musculus)记忆B细胞及其亚群 | 免疫学 | 传染病(流感) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量(使用抗原特异性MBC进行scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |