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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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1981 | 2025-10-06 |
Piezo1 promotes colitis progression by modulating the Nrf2/NF-κB/NLRP3 signaling pathway
2025-Aug-29, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2025.117293
PMID:40886854
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研究论文 | 本研究探讨了机械敏感性离子通道Piezo1通过调节Nrf2/NF-κB/NLRP3信号通路促进结肠炎发展的机制 | 首次揭示Piezo1在结肠炎中通过调控Nrf2/NF-κB/NLRP3信号通路加剧炎症损伤的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究Piezo1在肠道炎症病理生理中的作用及其对信号通路的调控机制 | 野生型和Piezo1Lyz2基因修饰小鼠的溃疡性结肠炎模型 | 分子生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞测序,RNA测序 | NA | 基因表达数据,病理学数据 | 小鼠结肠炎模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
1982 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing defines developmental progression and reproductive transitions of Pneumocystis carinii
2025-Aug-25, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.01277-25
PMID:40853149
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序绘制了卡氏肺孢子虫的发育进程和生殖转变图谱 | 首次构建卡氏肺孢子虫的单细胞RNA测序图谱,揭示了13个转录特征不同的发育阶段集群 | 该真菌无法连续培养,依赖宿主环境获取营养,研究受限于样本获取 | 阐明卡氏肺孢子虫的完整生命周期和生殖转变过程 | 从感染大鼠支气管肺泡灌洗液中分离的卡氏肺孢子虫 | 单细胞生物学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR | NA | 单细胞转录组数据 | 87,716个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
1983 | 2025-10-06 |
A mouse organoid platform for modeling cerebral cortex development and cis-regulatory evolution in vitro
2025-Aug-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.08.001
PMID:40876454
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研究论文 | 开发了一种从小鼠外胚层干细胞生成大脑皮层类器官的可重复方案,用于模拟皮层发育和顺式调控进化 | 首次建立了能够重现胚胎皮层发育时序和细胞分化程序的小鼠大脑皮层类器官平台,并利用该系统全面绘制了发育中皮层细胞类型的顺式作用转录调控变异 | 研究仅限于小鼠模型,且为体外类器官系统,可能无法完全模拟体内环境 | 研究大脑皮层发育的基因调控网络和顺式调控进化机制 | 小鼠大脑皮层类器官,来源于实验室小鼠(C57BL/6J)和四种野生近交系杂交的F1代外胚层干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 来自5个小鼠品系(包括C57BL/6J和4个野生近交系)杂交的F1代外胚层干细胞生成的皮层类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1984 | 2025-10-06 |
Pro-inflammatory immune microenvironment and Thrombospondin-1-positive monocytes as drivers of osteoclastogenesis in postmenopausal osteoporosis
2025-Aug-24, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf083
PMID:40515615
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析绝经后骨质疏松症患者骨髓微环境,揭示促炎免疫微环境和THBS1阳性单核细胞在破骨细胞生成中的驱动作用 | 首次在单细胞水平系统描绘PMOP骨髓细胞异质性,发现三种具有破骨细胞生成潜能的单核细胞亚群及其相关信号通路 | 样本量相对有限(20例),主要基于转录组数据,需要进一步功能验证 | 阐明绝经后骨质疏松症的骨髓微环境细胞组成和破骨细胞生成机制 | 绝经后骨质疏松症患者和对照组的骨髓细胞 | 单细胞转录组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序,组织学验证,体外通路调控 | NA | 单细胞转录组数据 | 10例PMOP患者和10例对照,总计93,867个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1985 | 2025-10-06 |
Interpretable machine learning coupled to spatial transcriptomics unveils mechanisms of macrophage-driven fibroblast activation in ischemic cardiomyopathy
2025-Aug-24, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.18.25333841
PMID:40894159
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研究论文 | 本研究结合可解释机器学习和空间转录组学揭示了缺血性心肌病中巨噬细胞驱动成纤维细胞活化的机制 | 开发了结合可解释机器学习(SLIDE)、调控网络推断和计算机模拟扰动的新工作流程,发现了传统分析会遗漏的细胞程序 | NA | 揭示缺血性心肌病中巨噬细胞微环境介导的成纤维细胞活化机制 | 缺血性心肌病患者的巨噬细胞、静息和活化心脏成纤维细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | SLIDE(可解释机器学习) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
1986 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell and single-nucleus datasets improves bulk RNA-seq deconvolution
2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.671333
PMID:40894744
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研究论文 | 本研究系统评估了整合单细胞和单核RNA测序数据以改善bulk RNA-seq反卷积性能的策略 | 首次系统比较多种整合策略,发现过滤跨模态差异表达基因和条件变分自编码器能显著提升反卷积精度 | 研究仅基于四种组织类型,对于更广泛组织的适用性需要进一步验证 | 开发优化bulk RNA-seq反卷积的跨模态数据整合方法 | 单细胞RNA测序和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, bulk RNA测序 | 变分自编码器, 主成分分析 | 基因表达数据 | 四种不同组织类型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
1987 | 2025-10-06 |
MODE: high-resolution digital dissociation with deep multimodal autoencoder
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.02.631152
PMID:40894791
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研究论文 | 提出一种名为MODE的多模态自编码器流程,用于高分辨率数字解离组织样本 | 通过多模态自编码器将多维特征关联,联合预测个性化多组学谱和细胞组成,利用内部非转录组参考和外部scRNA-seq数据构建伪批量数据 | NA | 开发能够同时处理多组学数据的组织数字解离方法 | 单细胞生物学中的组织样本 | 机器学习 | NA | 多组学分析,单细胞RNA测序 | 多模态自编码器 | 多组学数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,多组学分析 | NA | NA |
1988 | 2025-10-06 |
Single-cell clonal lineage tracing identifies the transcriptional program controlling the cell fate decisions by neoantigen-specific CD8 + T cells
2025-Aug-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.13.670223
PMID:40894735
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研究论文 | 通过单细胞克隆谱系追踪揭示新抗原特异性CD8+T细胞命运决定的转录程序 | 首次结合单细胞转录组和TCR分析,系统描绘了新抗原特异性CD8+T细胞在肿瘤和引流淋巴结中的克隆扩增与分化轨迹 | 研究基于小鼠前列腺癌模型,人类临床适用性需进一步验证 | 解析新抗原特异性CD8+T细胞命运决定的转录调控机制 | 新抗原特异性CD8+T细胞 | 单细胞生物学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组测序, TCR分析, 克隆谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据 | 小鼠前列腺癌模型中的CD8+T细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1989 | 2025-10-06 |
Development of Drug-resistant Cell Lines for Experimental Procedures
2025-Aug-12, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68957
PMID:40889269
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研究论文 | 本文介绍了药物耐药细胞系的开发方法及其在癌症治疗研究中的应用 | 建立了通过逐步增加药物浓度筛选耐药细胞系的标准方法,并采用IC50值比较验证耐药性发展 | 未提及具体应用的癌症类型或药物种类,缺乏临床验证数据 | 开发药物耐药细胞系以研究耐药机制和克服治疗失败的策略 | 癌症细胞系及其衍生的耐药细胞系 | 癌症生物学 | 癌症 | 细胞活力测定、非线性回归分析、微阵列、单细胞测序 | NA | 实验数据、测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
1990 | 2025-10-06 |
Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer
2025-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09240-3
PMID:40670783
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示全基因组加倍是卵巢癌中持续发生的突变过程,促进肿瘤进化能力和免疫失调 | 开发了基于突变的WGD时序分析方法doubleTime,首次在单细胞分辨率揭示WGD作为持续突变过程对肿瘤进化和免疫调控的影响 | 研究样本仅限于高级别浆液性卵巢癌,未涵盖其他癌症类型 | 探究全基因组加倍对肿瘤体细胞进化和免疫逃逸的影响机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本 | 基因组学 | 卵巢癌 | 单细胞全基因组测序,单细胞RNA测序,高分辨率免疫荧光显微镜 | NA | 基因组数据,转录组数据,图像数据 | 41名患者的70个肿瘤样本,包含30,260个肿瘤基因组 | NA | 单细胞全基因组测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
1991 | 2025-10-06 |
Cathepsin K as a key regulator of myocardial fibrosis in dilated cardiomyopathy and a promising therapeutic target
2025-Aug, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110421
PMID:40578558
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现组织蛋白酶K是扩张型心肌病中心肌纤维化的关键调控因子 | 首次通过单细胞RNA测序技术鉴定出CTSK在心脏成纤维细胞中的特异性表达,并证实其通过PDGF-BB通路调控细胞增殖 | CTSK敲低对TGF-β1诱导的心脏成纤维细胞向肌成纤维细胞转分化无抑制作用 | 探索扩张型心肌病中心肌纤维化的分子机制 | 扩张型心肌病患者心脏组织和人心脏成纤维细胞 | 分子生物学 | 扩张型心肌病 | scRNA-seq, 加权基因共表达网络分析, 蛋白质互作分析, Masson三色染色, 免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | DCM患者与正常心室组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1992 | 2025-10-06 |
Autophagy Regulates Müller Glial Cell Inflammatory Activation
2025-Aug-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.11.74
PMID:40879296
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研究论文 | 本研究探讨自噬如何调节视网膜Müller胶质细胞的炎症激活状态 | 首次证明自噬通过调控Müller细胞的激活状态来维持眼部免疫特权,揭示了自噬缺陷导致细胞均一性激活的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证;炎症诱导使用LPS,可能不完全模拟生理性炎症 | 探究自噬在Müller胶质细胞炎症反应调控中的作用机制 | 小鼠视网膜Müller胶质细胞 | 细胞生物学 | 眼部炎症疾病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光共聚焦显微镜,流式细胞术,siRNA敲低 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,图像数据,细胞计数数据 | 对照和Atg5缺陷小鼠的视网膜Müller细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1993 | 2025-10-06 |
[Buyang Huanwu Decoction targets PPARG/SPP1/CD44 signaling pathway: mechanisms of lipid dysregulation and treatment in idiopathic pulmonary fibrosis]
2025-Jul, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
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研究论文 | 本研究揭示补阳还五汤通过调控PPARG/SPP1/CD44信号通路改善特发性肺纤维化脂质代谢紊乱的机制 | 首次发现PPARG/SPP1/CD44通路在IPF脂质代谢中的核心调控作用,并阐明补阳还五汤通过该新机制发挥抗纤维化作用 | 研究主要基于动物模型,尚未进行临床验证 | 探究特发性肺纤维化中脂质代谢紊乱的调控机制及中药治疗作用 | 博来霉素诱导的特发性肺纤维化大鼠模型 | 生物医学研究 | 特发性肺纤维化 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 网络药理学, 分子对接, Western blot | 动物疾病模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 大鼠随机分为6组(对照组、模型组、吡非尼酮组及补阳还五汤低中高剂量组) | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
1994 | 2025-10-06 |
Microglia-driven inflammation induces progressive tauopathies and synucleinopathies
2025-May, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01450-z
PMID:40307569
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现小胶质细胞驱动的炎症能够独立引发并传播tau蛋白病和突触核蛋白病 | 首次证明小胶质细胞驱动的炎症足以独立引发神经退行性疾病的全套病理特征,并揭示其跨脑区传播机制 | 研究基于小鼠模型,人类疾病中的直接相关性仍需验证 | 探究小胶质细胞驱动的炎症在神经退行性疾病发病机制中的作用 | 小鼠模型和体外培养的小胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病,帕金森病 | 单细胞RNA测序,细胞移植 | NA | 基因表达数据,行为数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1995 | 2025-10-06 |
Prunella vulgaris: A potential molecule for the treatment of hepatocellular carcinoma
2025-Apr-25, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000042267
PMID:40295240
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研究论文 | 本研究系统评估了夏枯草治疗肝细胞癌的潜力并探索其分子机制 | 首次通过系统药理学方法识别夏枯草治疗肝细胞癌的关键靶点,并揭示其通过p53信号通路和免疫细胞调节的分子机制 | 研究主要基于计算预测和体外实验,缺乏体内实验验证和临床数据支持 | 探索夏枯草治疗肝细胞癌的分子机制和潜在生物标志物 | 夏枯草活性成分及其在肝细胞癌中的分子靶点 | 系统药理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,分子对接,体外实验 | NA | 基因表达数据,化合物靶点数据 | 185个药物靶点和635个HCC相关靶点 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1996 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal Profiling Defines Persistence and Resistance Dynamics during Targeted Treatment of Melanoma
2025-Mar-03, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0690
PMID:39700408
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析黑色素瘤靶向治疗过程中的克隆谱系演化,揭示了耐药性的时空动态机制 | 首次结合空间转录组学和深度学习分析,在患者来源异种移植模型中实时追踪治疗过程中的克隆进化,识别了持久性细胞状态的关键特征和潜在治疗脆弱性窗口 | 研究基于患者来源异种移植模型,可能与人类体内真实情况存在差异;样本规模相对有限 | 阐明BRAF突变黑色素瘤靶向治疗中耐药性产生的时空动态机制 | BRAF突变黑色素瘤患者来源异种移植模型 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学,深度学习,系统发育追踪 | 深度学习模型 | 空间转录组数据,组织病理切片图像 | 患者来源异种移植模型样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
1997 | 2025-10-06 |
Transcriptomic responses of lung mesenchymal cells during pneumonia
2025-Feb-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177084
PMID:39998887
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肺炎期间肺间充质细胞的转录组响应 | 首次系统揭示肺炎期间不同类型肺间充质细胞的转录组动态变化及其特异性免疫活动 | 研究仅基于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 阐明肺间充质细胞在呼吸道感染中的功能和响应机制 | 小鼠肺组织中的间充质细胞 | 单细胞转录组学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠肺组织单细胞悬液(包括初始状态、肺炎期和感染恢复期) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1998 | 2025-10-06 |
WITHDRAWN: Retinal Phenotypes and Single-cell Sequencing Analysis of Ush2a Knockout Mice
2025-01-28, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110247
PMID:39884543
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撤稿文章 | 本文因出版流程错误已被编辑要求撤回 | NA | 因出版流程错误导致文章被撤回,无法获取有效研究内容 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
1999 | 2025-10-06 |
Stimulating the regenerative capacity of the human retina with proneural transcription factors in 3D cultures
2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2417228122
PMID:39823300
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研究论文 | 本研究通过在3D培养系统中使用proneural转录因子刺激人类视网膜中Müller胶质细胞的再生能力 | 首次在成人人类视网膜中证明Müller胶质细胞可通过转录因子重编程生成新神经元 | 研究基于体外培养系统,尚未进行体内验证 | 开发视网膜退行性疾病的再生医学治疗方法 | 人类胎儿视网膜组织和成人死后视网膜组织 | 再生医学 | 视网膜退行性疾病 | 慢病毒载体转导,免疫组化,单细胞RNA测序,电生理学 | 3D培养系统 | 基因表达数据,电生理数据,图像数据 | 人类胎儿和成人视网膜组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2000 | 2025-10-06 |
An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations
2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.08.631962
PMID:39829764
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研究论文 | 通过整合单细胞测序和空间转录组学构建甲状腺癌进展图谱,识别与预后相关的成纤维细胞亚群 | 首次结合单细胞测序、空间转录组学和批量RNA测序,系统定义甲状腺癌中基质细胞亚群和肿瘤-基质相互作用 | NA | 解析甲状腺癌进展过程中的基质细胞重组机制 | 甲状腺癌组织样本 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | 基因表达数据,空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |