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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1981 - 2000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1981 | 2025-10-06 |
Crosstalk between heterogeneous cancer-associated fibroblast subpopulations and the immune system in breast cancer: key players and promising therapeutic targets
2025-Sep-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03527-z
PMID:40890855
|
综述 | 探讨乳腺癌中异质性癌症相关成纤维细胞亚群与免疫系统的相互作用及其治疗潜力 | 聚焦CAF异质性与免疫系统的双向互作机制，系统总结基于CAF的乳腺癌治疗策略 | NA | 阐明CAF异质亚群与免疫细胞互作在肿瘤免疫微环境形成中的作用 | 乳腺癌肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞亚群和免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1982 | 2025-10-06 |
Integrated Single-Cell RNA-Seq Reveals Immunosuppressive Mechanisms of Treg Cell Differentiation and Tumor Microenvironment Interactions in Colorectal Cancer
2025-Sep, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71202
PMID:40891683
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据揭示结直肠癌中Treg细胞分化及其与肿瘤微环境相互作用的免疫抑制机制 | 首次系统揭示TGFβ1+ Treg细胞在低分化结直肠腺癌中的扩增及其通过特定配体-受体对介导CD8+ T细胞功能耗竭的新机制 | 研究基于公共数据库的回顾性分析，样本来源有限，需要更多前瞻性研究验证 | 探索结直肠癌微环境并发现新的治疗靶点 | 结直肠癌患者肿瘤组织中的免疫细胞 | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光 | 细胞聚类分析, 伪时间轨迹分析, 细胞间通讯分析 | 单细胞转录组数据, 免疫荧光图像 | 整合GEO数据库中三个数据集(GSE164522, GSE132465, GSE144735)的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1983 | 2025-10-06 |
Dual probe ligation in situ hybridization with rolling-circle amplification for high-plex spatial transcriptomics
2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102207
PMID:40893776
|
研究论文 | 开发了一种基于双探针连接和滚环扩增的高通量空间转录组学方法LISH-LnR，用于分析FFPE临床样本中的mRNA空间分布 | 在原有连接原位杂交技术基础上引入滚环扩增，提高了检测灵敏度和多重分析能力，并开发了可精细调控检测性能的分子变阻器系统 | 主要针对FFPE样本中不同程度降解的mRNA进行分析，可能受限于样本质量 | 开发适用于FFPE临床样本的高通量空间转录组学技术 | 包涵体肌炎患者和儿童横纹肌肉瘤患者的固定组织样本 | 空间转录组学 | 肌肉疾病, 儿童癌症 | 连接原位杂交, 滚环扩增, 迭代荧光探针杂交成像 | NA | 空间转录组数据, 图像数据 | 包涵体肌炎和儿童横纹肌肉瘤患者组织样本 | NA | 空间转录组学, 原位杂交 | NA | LISH-Lock'n'Roll (LISH-LnR) 方法 |
| 1984 | 2025-10-06 |
ST-deconv: an accurate deconvolution approach for spatial transcriptome data utilizing self-encoding and contrastive learning
2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf109
PMID:40896262
|
研究论文 | 提出一种基于深度学习的空间转录组数据反卷积方法ST-deconv，整合空间信息提高细胞类型解析精度 | 结合自编码器和对比学习增强相邻点的空间表示，采用领域对抗网络提升跨数据集泛化能力 | 未明确说明方法在更复杂组织类型或更低质量数据上的性能表现 | 开发高精度空间转录组数据反卷积方法以解析细胞类型组成 | 空间转录组数据中的细胞类型组成 | 空间转录组学 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 自编码器，对比学习，领域对抗网络 | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 小鼠嗅球和人类胰腺导管腺癌组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 1985 | 2025-10-06 |
[Progress of scRNA-seq technology in nasopharyngeal carcinoma research]
2025-Sep, Lin chuang er bi yan hou tou jing wai ke za zhi = Journal of clinical otorhinolaryngology head and neck surgery
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在鼻咽癌研究中的应用进展 | 系统总结了单细胞RNA测序技术在揭示鼻咽癌肿瘤异质性、肿瘤微环境和治疗耐药机制中的创新应用 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在鼻咽癌研究中的应用价值 | 鼻咽癌 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1986 | 2025-10-06 |
Single cell-RNA sequencing reveal TOP2A as a key driver of hepatocellular carcinoma progression
2025-Aug-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-16785-w
PMID:40887474
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能分析发现TOP2A是肝细胞癌进展的关键致癌驱动因子 | 首次通过单细胞RNA测序揭示TOP2A通过SPP1-CD44轴促进Tmem向Tex分化，从而驱动肝癌免疫逃逸 | 研究主要基于体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证 | 探讨TOP2A在肝细胞癌中的生物学功能及其作为治疗靶点的潜力 | 肝细胞癌细胞系HepG2和Huh-7 | 单细胞组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, QPCR, Western Blotting, siRNA干扰, CCK8检测, 伤口愈合实验, Transwell实验, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 细胞功能数据 | 两种肝癌细胞系(HepG2和Huh-7) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1987 | 2025-10-06 |
Protocol optimization improves the performance of multiplexed RNA imaging
2025-Aug-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-17477-1
PMID:40887478
|
研究论文 | 本研究通过系统优化MERFISH技术的实验方案，提高了在细胞培养和组织样本中的RNA成像性能 | 首次系统性地研究了多种实验方案选择对MERFISH性能的影响，并提出了针对探针设计、杂交、缓冲液储存和组成的优化方案 | 研究主要针对MERFISH技术，其他空间转录组学技术的适用性可能需要进一步验证 | 优化多重RNA成像技术的实验方案以提高性能 | 细胞培养物和组织样本 | 空间转录组学 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交(MERFISH), 单分子荧光原位杂交(smFISH) | NA | RNA成像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单分子荧光原位杂交 | NA | NA |
| 1988 | 2025-10-06 |
scSorterDL: a deep neural network-enhanced ensemble LDAs for single cell classifications
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf446
PMID:40889117
|
研究论文 | 提出一种结合惩罚线性判别分析、群体学习和深度神经网络的单细胞分类方法scSorterDL | 首次将惩罚线性判别分析、群体学习和深度神经网络集成到单细胞分类中，通过数据子集生成和模型输出整合提高分类精度 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的细胞类型注释 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 惩罚线性判别分析(pLDA), 深度神经网络(DNN) | 基因表达数据 | 13个真实scRNA-seq数据集和20对跨平台数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1989 | 2025-10-06 |
Effects of esketamine on electrophysiology and metabolic reprogramming in brain organoids: insights into antidepressant mechanisms
2025-Aug-30, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03198-4
PMID:40885845
|
研究论文 | 本研究通过脑类器官探究艾司氯胺酮对电生理和代谢重编程的影响，揭示其抗抑郁机制 | 首次在健康对照和抑郁症患者来源的脑类器官中系统研究艾司氯胺酮对电生理和能量代谢的浓度和时间依赖性影响 | 研究基于体外脑类器官模型，与体内真实脑环境存在差异 | 探究艾司氯胺酮的抗抑郁作用机制 | 健康对照和抑郁症患者iPSCs来源的脑类器官 | 神经科学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序，电生理记录，代谢分析 | 脑类器官模型 | 电生理数据，基因表达数据，代谢数据 | 健康对照和抑郁症患者来源的脑类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1990 | 2025-10-06 |
Piezo1 promotes colitis progression by modulating the Nrf2/NF-κB/NLRP3 signaling pathway
2025-Aug-29, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2025.117293
PMID:40886854
|
研究论文 | 本研究探讨了机械敏感性离子通道Piezo1通过调节Nrf2/NF-κB/NLRP3信号通路促进结肠炎发展的机制 | 首次揭示Piezo1在结肠炎中通过调控Nrf2/NF-κB/NLRP3信号通路加剧炎症损伤的新机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究Piezo1在肠道炎症病理生理中的作用及其对信号通路的调控机制 | 野生型和Piezo1Lyz2基因修饰小鼠的溃疡性结肠炎模型 | 分子生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞测序,RNA测序 | NA | 基因表达数据,病理学数据 | 小鼠结肠炎模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1991 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing defines developmental progression and reproductive transitions of Pneumocystis carinii
2025-Aug-25, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.01277-25
PMID:40853149
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序绘制了卡氏肺孢子虫的发育进程和生殖转变图谱 | 首次构建卡氏肺孢子虫的单细胞RNA测序图谱，揭示了13个转录特征不同的发育阶段集群 | 该真菌无法连续培养，依赖宿主环境获取营养，研究受限于样本获取 | 阐明卡氏肺孢子虫的完整生命周期和生殖转变过程 | 从感染大鼠支气管肺泡灌洗液中分离的卡氏肺孢子虫 | 单细胞生物学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR | NA | 单细胞转录组数据 | 87,716个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 1992 | 2025-10-06 |
A mouse organoid platform for modeling cerebral cortex development and cis-regulatory evolution in vitro
2025-Aug-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.08.001
PMID:40876454
|
研究论文 | 开发了一种从小鼠外胚层干细胞生成大脑皮层类器官的可重复方案，用于模拟皮层发育和顺式调控进化 | 首次建立了能够重现胚胎皮层发育时序和细胞分化程序的小鼠大脑皮层类器官平台，并利用该系统全面绘制了发育中皮层细胞类型的顺式作用转录调控变异 | 研究仅限于小鼠模型，且为体外类器官系统，可能无法完全模拟体内环境 | 研究大脑皮层发育的基因调控网络和顺式调控进化机制 | 小鼠大脑皮层类器官，来源于实验室小鼠(C57BL/6J)和四种野生近交系杂交的F1代外胚层干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 来自5个小鼠品系(包括C57BL/6J和4个野生近交系)杂交的F1代外胚层干细胞生成的皮层类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1993 | 2025-10-06 |
Pro-inflammatory immune microenvironment and Thrombospondin-1-positive monocytes as drivers of osteoclastogenesis in postmenopausal osteoporosis
2025-Aug-24, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf083
PMID:40515615
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析绝经后骨质疏松症患者骨髓微环境，揭示促炎免疫微环境和THBS1阳性单核细胞在破骨细胞生成中的驱动作用 | 首次在单细胞水平系统描绘PMOP骨髓细胞异质性，发现三种具有破骨细胞生成潜能的单核细胞亚群及其相关信号通路 | 样本量相对有限（20例），主要基于转录组数据，需要进一步功能验证 | 阐明绝经后骨质疏松症的骨髓微环境细胞组成和破骨细胞生成机制 | 绝经后骨质疏松症患者和对照组的骨髓细胞 | 单细胞转录组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序，组织学验证，体外通路调控 | NA | 单细胞转录组数据 | 10例PMOP患者和10例对照，总计93,867个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1994 | 2025-10-06 |
Interpretable machine learning coupled to spatial transcriptomics unveils mechanisms of macrophage-driven fibroblast activation in ischemic cardiomyopathy
2025-Aug-24, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.18.25333841
PMID:40894159
|
研究论文 | 本研究结合可解释机器学习和空间转录组学揭示了缺血性心肌病中巨噬细胞驱动成纤维细胞活化的机制 | 开发了结合可解释机器学习(SLIDE)、调控网络推断和计算机模拟扰动的新工作流程，发现了传统分析会遗漏的细胞程序 | NA | 揭示缺血性心肌病中巨噬细胞微环境介导的成纤维细胞活化机制 | 缺血性心肌病患者的巨噬细胞、静息和活化心脏成纤维细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | SLIDE(可解释机器学习) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1995 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell and single-nucleus datasets improves bulk RNA-seq deconvolution
2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.671333
PMID:40894744
|
研究论文 | 本研究系统评估了整合单细胞和单核RNA测序数据以改善bulk RNA-seq反卷积性能的策略 | 首次系统比较多种整合策略，发现过滤跨模态差异表达基因和条件变分自编码器能显著提升反卷积精度 | 研究仅基于四种组织类型，对于更广泛组织的适用性需要进一步验证 | 开发优化bulk RNA-seq反卷积的跨模态数据整合方法 | 单细胞RNA测序和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, bulk RNA测序 | 变分自编码器, 主成分分析 | 基因表达数据 | 四种不同组织类型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1996 | 2025-10-06 |
MODE: high-resolution digital dissociation with deep multimodal autoencoder
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.02.631152
PMID:40894791
|
研究论文 | 提出一种名为MODE的多模态自编码器流程，用于高分辨率数字解离组织样本 | 通过多模态自编码器将多维特征关联，联合预测个性化多组学谱和细胞组成，利用内部非转录组参考和外部scRNA-seq数据构建伪批量数据 | NA | 开发能够同时处理多组学数据的组织数字解离方法 | 单细胞生物学中的组织样本 | 机器学习 | NA | 多组学分析，单细胞RNA测序 | 多模态自编码器 | 多组学数据，转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，多组学分析 | NA | NA |
| 1997 | 2025-10-06 |
Single-cell clonal lineage tracing identifies the transcriptional program controlling the cell fate decisions by neoantigen-specific CD8 + T cells
2025-Aug-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.13.670223
PMID:40894735
|
研究论文 | 通过单细胞克隆谱系追踪揭示新抗原特异性CD8+T细胞命运决定的转录程序 | 首次结合单细胞转录组和TCR分析，系统描绘了新抗原特异性CD8+T细胞在肿瘤和引流淋巴结中的克隆扩增与分化轨迹 | 研究基于小鼠前列腺癌模型，人类临床适用性需进一步验证 | 解析新抗原特异性CD8+T细胞命运决定的转录调控机制 | 新抗原特异性CD8+T细胞 | 单细胞生物学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组测序, TCR分析, 克隆谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据 | 小鼠前列腺癌模型中的CD8+T细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1998 | 2025-10-06 |
Development of Drug-resistant Cell Lines for Experimental Procedures
2025-Aug-12, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68957
PMID:40889269
|
研究论文 | 本文介绍了药物耐药细胞系的开发方法及其在癌症治疗研究中的应用 | 建立了通过逐步增加药物浓度筛选耐药细胞系的标准方法，并采用IC50值比较验证耐药性发展 | 未提及具体应用的癌症类型或药物种类，缺乏临床验证数据 | 开发药物耐药细胞系以研究耐药机制和克服治疗失败的策略 | 癌症细胞系及其衍生的耐药细胞系 | 癌症生物学 | 癌症 | 细胞活力测定、非线性回归分析、微阵列、单细胞测序 | NA | 实验数据、测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1999 | 2025-10-06 |
Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer
2025-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09240-3
PMID:40670783
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示全基因组加倍是卵巢癌中持续发生的突变过程，促进肿瘤进化能力和免疫失调 | 开发了基于突变的WGD时序分析方法doubleTime，首次在单细胞分辨率揭示WGD作为持续突变过程对肿瘤进化和免疫调控的影响 | 研究样本仅限于高级别浆液性卵巢癌，未涵盖其他癌症类型 | 探究全基因组加倍对肿瘤体细胞进化和免疫逃逸的影响机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本 | 基因组学 | 卵巢癌 | 单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜 | NA | 基因组数据，转录组数据，图像数据 | 41名患者的70个肿瘤样本，包含30,260个肿瘤基因组 | NA | 单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2000 | 2025-10-06 |
Cathepsin K as a key regulator of myocardial fibrosis in dilated cardiomyopathy and a promising therapeutic target
2025-Aug, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110421
PMID:40578558
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析发现组织蛋白酶K是扩张型心肌病中心肌纤维化的关键调控因子 | 首次通过单细胞RNA测序技术鉴定出CTSK在心脏成纤维细胞中的特异性表达，并证实其通过PDGF-BB通路调控细胞增殖 | CTSK敲低对TGF-β1诱导的心脏成纤维细胞向肌成纤维细胞转分化无抑制作用 | 探索扩张型心肌病中心肌纤维化的分子机制 | 扩张型心肌病患者心脏组织和人心脏成纤维细胞 | 分子生物学 | 扩张型心肌病 | scRNA-seq, 加权基因共表达网络分析, 蛋白质互作分析, Masson三色染色, 免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | DCM患者与正常心室组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |