单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1981	2025-07-22	Altered AP-1, RUNX and EGR chromatin dynamics drive fibrotic lung disease 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619858 PMID:39554071	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了纤维化肺病中转录因子AP-1、RUNX和EGR的染色质动态变化及其对促纤维化基因程序的调控作用	使用ChromBPNet神经网络工具在单碱基对分辨率下推断转录因子结合，并开发新算法HALO确认转录因子活性及其调控网络	研究主要基于离体肺组织样本，可能无法完全反映体内动态过程	探究纤维化肺病中成纤维细胞和巨噬细胞的转录调控机制	系统性硬化相关间质性肺病(SSc-ILD)患者和供体对照的肺组织	生物信息学	肺纤维化	单核ATAC测序(snATAC-seq)/单核RNA测序(snRNA-seq)	ChromBPNet(神经网络), HALO(新算法)	基因组和转录组数据	SSc-ILD患者和供体对照的肺组织样本(具体数量未明确说明)
1982	2025-07-22	Learning antibody sequence constraints from allelic inclusion 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619760 PMID:39484623	研究论文	利用等位基因包含现象学习抗体序列限制	首次利用等位基因包含的B细胞数据训练机器学习模型，识别异常序列，并发现这些模型与未训练的抗体特性相关	研究主要基于人类和小鼠的数据，可能不适用于其他物种	探索抗体序列的限制条件及其与抗体特性的关系	B细胞及其产生的抗体和B细胞受体（BCRs）	机器学习	NA	单细胞测序	机器学习模型	序列数据	数千个naive-B细胞
1983	2025-07-22	Recovering single-cell expression profiles from spatial transcriptomics with scResolve 2024-Oct-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100864 PMID:39326411	研究论文	开发了一种名为scResolve的方法，用于从多细胞分辨率下的空间转录组学测量中恢复单细胞表达谱	scResolve能够准确恢复单个细胞在其位置上的表达谱，这是细胞类型去卷积无法实现的	NA	提高空间转录组学数据的单细胞分辨率，以进行更灵活和精确的空间分析	人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据	数字病理学	乳腺癌, 肺部疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
1984	2025-07-22	HIV persists in late coronary atheroma and is associated with increased local inflammation and disease progression 2024-Oct-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5125826/v1 PMID:39483879	研究论文	该研究通过综合评估HIV感染者与非感染者的冠状动脉和主动脉，揭示了HIV在晚期动脉粥样硬化斑块中的持续存在与局部炎症增加及疾病进展的关联	首次在HIV感染者的晚期动脉粥样硬化斑块中发现HIV拷贝数与炎症程度显著相关，并揭示了CD163巨噬细胞中基因表达的变化	研究样本来自已故患者，可能无法完全反映活体情况；临床队列研究部分结果需要进一步验证	探究HIV感染者动脉粥样硬化进展的免疫机制	HIV感染者与非感染者的冠状动脉和主动脉组织	心血管疾病研究	心血管疾病	DNA/RNA检测、空间转录组学、高分辨率质谱分析	NA	组织样本、基因表达数据	已故HIV感染者和对照组患者的冠状动脉和主动脉样本
1985	2025-07-22	Sympathetic neuropeptide Y protects from obesity by sustaining thermogenic fat 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07863-6 PMID:39198648	研究论文	本研究揭示了交感神经元中的神经肽Y（NPY）如何通过维持产热脂肪来防止肥胖	首次发现NPY在交感神经元中通过维持血管周围细胞（mural cells）的增殖来保护免受肥胖，且外周NPY与中枢NPY对体重的影响相反	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证尚不充分	探究NPY在交感神经元中防止肥胖的机制	小鼠的棕色脂肪组织（BAT）和白色脂肪组织（WAT）	代谢研究	肥胖	单细胞RNA测序、组织成像	小鼠模型	基因表达数据、组织图像	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠BAT和WAT组织分析
1986	2025-07-22	An aberrant immune-epithelial progenitor niche drives viral lung sequelae 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07926-8 PMID:39232171	research paper	该研究通过建立小鼠模型和患者队列分析，揭示了呼吸道病毒感染后长期后遗症（PASC）中异常免疫-上皮祖细胞生态位的作用机制	首次发现CD8 T细胞-巨噬细胞互作通过IFNγ/TNF-IL-1β轴导致肺泡再生障碍和肺纤维化的机制，并提出针对急性期后纤维化疾病的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类患者样本的验证仍需进一步扩大	阐明新冠病毒等呼吸道病毒感染后长期肺纤维化后遗症的发病机制	呼吸道PASC患者队列和小鼠模型	免疫病理学	COVID-19后遗症	空间转录组学、成像技术	小鼠疾病模型	基因表达数据、影像数据	三个患者队列（具体数量未说明）和小鼠模型
1987	2025-07-22	Tumour evolution and microenvironment interactions in 2D and 3D space 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08087-4 PMID:39478210	研究论文	通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，研究肿瘤与非癌细胞在2D和3D空间中的相互作用及肿瘤微环境	定义了'肿瘤微区域'和'空间亚克隆'概念，结合深度学习算法揭示了肿瘤在3D空间中的异质性和免疫微环境特征	样本量相对有限，仅包含6种癌症类型	探究肿瘤在空间维度上的演化机制及其与微环境的相互作用	131个肿瘤切片（来自78例6种癌症类型患者）	数字病理学	癌症	Visium空间转录组学(ST)、单核RNA测序(snRNA-seq)、共检测索引(CODEX)	无监督深度学习算法	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据	131个肿瘤切片（78例患者）、48个匹配单核RNA测序样本、22个匹配CODEX样本、16个样本的48个连续ST切片
1988	2025-07-22	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.23.614590 PMID:39386496	研究论文	研究探讨了利鲁唑（RZ）通过增加脑源性神经营养因子（BDNF）来逆转颅脑放疗（RT）引起的认知功能下降和神经退行性后果的效果	首次证明RZ通过增加BDNF水平，改善RT引起的认知功能障碍，并揭示了其神经保护机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索减轻颅脑放疗引起的认知功能障碍的潜在治疗方法	成年小鼠模型	神经科学	脑癌	空间转录组学分析、双免疫荧光染色、生化评估	小鼠模型	基因表达数据、生化数据、行为数据	未明确说明小鼠数量，但涉及RT+Veh和RT+RZ两组比较
1989	2025-07-22	Gene expression prediction from histology images via hypergraph neural networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae500 PMID:39401144	研究论文	提出了一种新的超图神经网络模型HGGEP，用于从组织学图像预测基因表达	HGGEP模型通过梯度增强模块增强对细胞形态信息的感知，并利用注意力机制和多尺度特征关联来提高预测性能	NA	基于成本效益高的组织学图像预测基因表达	组织学图像和基因表达数据	数字病理学	癌症和肿瘤疾病	超图神经网络	HGGEP	图像	多个疾病样本数据集
1990	2025-07-22	Genetic association with autoimmune diseases identifies molecular mechanisms of coronary artery disease 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110715 PMID:39262791	研究论文	本研究利用GWAS数据探索冠状动脉疾病（CAD）与自身免疫性疾病之间的遗传关系	通过统计遗传学方法识别CAD与多种自身免疫性疾病之间的相关性和因果性SNP，并利用单细胞RNA测序技术解析冠状动脉粥样硬化斑块中的细胞类型	未提及样本量具体数据，且可能受限于GWAS数据的覆盖范围	揭示CAD与自身免疫性疾病的遗传关联机制	冠状动脉疾病（CAD）与自身免疫性疾病	遗传学	冠状动脉疾病	GWAS, CPASSOC, MR, COLOC, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
1991	2025-07-22	NK cells with adhesion defects and reduced cytotoxic functions are associated with a poor prognosis in multiple myeloma 2024-09-19, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023023529 PMID:38875515	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者的NK细胞，揭示了NK细胞在骨髓和外周血中的转录组变化及其与患者预后的关联	首次在多发性骨髓瘤患者中发现CD16/CD226Lo NK细胞的积累及其与不良预后的关联	样本量较小（10名患者和10名健康捐赠者），且部分分析基于回顾性队列	研究多发性骨髓瘤患者中NK细胞的功能缺陷及其对预后的影响	多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者的NK细胞	免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	10名多发性骨髓瘤患者和10名健康捐赠者，以及177名患者的回顾性队列
1992	2025-07-22	A Novel Non-Invasive Murine Model of Neonatal Hypoxic-Ischemic Encephalopathy Demonstrates Developmental Delay and Motor Deficits with Activation of Inflammatory Pathways in Monocytes 2024-09-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181551 PMID:39329733	research paper	该研究提出了一种新型非侵入性小鼠模型，用于模拟新生儿缺氧缺血性脑病（HIE），并展示了发育延迟和运动缺陷与单核细胞炎症通路的激活	首次将母体免疫激活（MIA）与产后缺氧结合，创建了一种非侵入性HIE模型，揭示了炎症基因上调及微胶质细胞亚群的变化	该模型产生的表型较现有HIE模型更温和，而HIE在临床上具有异质性，可能导致不同的人类结果	开发一种新型非侵入性小鼠模型，用于研究HIE的发病机制及潜在治疗靶点	新生小鼠	NA	新生儿缺氧缺血性脑病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但使用了新生小鼠作为研究对象
1993	2025-07-22	Isotype-aware inference of B cell clonal lineage trees from single-cell sequencing data 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100637 PMID:39208795	研究论文	本文提出了一种名为TRIBAL的算法，用于从单细胞RNA测序数据中重建B细胞克隆谱系的进化历史，包括体细胞高频突变和类别转换重组	TRIBAL算法首次同时考虑了体细胞高频突变和类别转换重组，相比现有方法能更全面、准确地重建B细胞谱系树	NA	改进B细胞谱系追踪，用于疫苗反应建模、疾病进展研究和治疗性抗体识别	B细胞克隆谱系	生物信息学	NA	scRNA-seq	TRIBAL算法	单细胞RNA测序数据	NA
1994	2025-07-22	Preexisting Skin-Resident CD8 and γδ T-cell Circuits Mediate Immune Response in Merkel Cell Carcinoma and Predict Immunotherapy Efficacy 2024-Sep-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0798 PMID:39058036	research paper	该研究通过整合大量和单细胞RNA测序与空间转录组学数据，揭示了默克尔细胞癌（MCC）中预先存在的皮肤驻留CD8和γδ T细胞回路如何介导免疫反应并预测免疫治疗疗效	首次在MCC中识别出CD8 Trm和Vδ1 γδ T细胞作为免疫检查点阻断（ICB）反应的临床可操作生物标志物和治疗靶点	样本量虽为迄今最大但仍有限（116例患者），且需要进一步验证这些生物标志物的临床实用性	探索MCC中预测ICB疗效的生物标志物和免疫机制	默克尔细胞癌（MCC）患者肿瘤样本和免疫细胞	肿瘤免疫学	默克尔细胞癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	116例患者的186份样本（包括14对ICB治疗前后匹配样本）
1995	2025-07-22	Multi-omic analysis and validation reveal ZBP1 as a potential prognostic and immunotherapy-related biomarker in head and neck squamous cell carcinoma 2024-09, Journal of stomatology, oral and maxillofacial surgery DOI:10.1016/j.jormas.2024.101901 PMID:38688403	研究论文	本研究通过多组学分析验证了ZBP1作为头颈部鳞状细胞癌潜在预后和免疫治疗相关生物标志物的作用	首次全面揭示了ZBP1在HNSCC中的预后价值和免疫治疗相关性	验证队列样本量较小(66例肿瘤样本和37例对照)	探索ZBP1在头颈部鳞状细胞癌中的潜在功能	头颈部鳞状细胞癌患者	癌症基因组学	头颈部鳞状细胞癌	多组学分析、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库数据+独立验证队列(66例肿瘤样本和37例对照)
1996	2025-07-22	Eganelisib combined with immune checkpoint inhibitor therapy and chemotherapy in frontline metastatic triple-negative breast cancer triggers macrophage reprogramming, immune activation and extracellular matrix reorganization in the tumor microenvironment 2024-Aug-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009160 PMID:39214650	研究论文	本研究探讨了eganelisib联合免疫检查点抑制剂疗法和化疗在转移性三阴性乳腺癌一线治疗中的作用，特别是对肿瘤微环境中巨噬细胞重编程、免疫激活和细胞外基质重组的影响	首次报告了eganelisib联合atezolizumab和nab-paclitaxel在转移性三阴性乳腺癌一线治疗中的转化分析结果，包括配对肿瘤活检数据	样本量相对较小（n=11-18），且为II期临床试验结果，需要更大规模的验证	评估eganelisib联合免疫检查点抑制剂和化疗在转移性三阴性乳腺癌治疗中的效果和机制	转移性三阴性乳腺癌患者	肿瘤免疫治疗	三阴性乳腺癌	多重免疫荧光、GeoMx数字空间转录组分析、流式细胞术、多重细胞因子分析	NA	肿瘤活检组织、外周血样本	11-18例患者的配对肿瘤活检样本
1997	2025-07-22	Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs 2024-Aug-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51590-5 PMID:39209833	research paper	介绍了一种名为空间图傅里叶变换（SpaGFT）的方法，用于空间组学数据的表示和分析	提出了一种新的解释性图表示方法，能够识别空间可变基因并提高基因表达插补的准确性	未提及具体的数据规模或计算资源需求	探索组织生物学和功能的空间组学数据分析	人类和小鼠的空间转录组数据、人类淋巴结Visium数据、人类扁桃体CODEX数据	空间组学	NA	空间图傅里叶变换（SpaGFT）	NA	空间转录组数据、空间蛋白质组数据	人类和小鼠的空间转录组数据、人类淋巴结Visium数据、人类扁桃体CODEX数据
1998	2025-07-22	FUSION: A web-based application for in-depth exploration of multi-omics data with brightfield histology 2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.09.602778 PMID:39026885	research paper	介绍了一个名为FUSION的基于网络的应用程序，用于深入探索多组学数据与明场组织学的关联	开发了一个集成的网络工具，结合深度学习和可视化技术，用于分析空间组学数据及其相关的高分辨率组织学图像	未提及具体的技术验证或用户反馈数据	连接分子和组织病理学特征，提供一个统一的工作空间以促进生物学机制的深入理解	健康与病变组织的空间转录组数据（FFPE和冷冻制备样本）	digital pathology	NA	空间转录组学（ST）	deep learning-based algorithms	image, spatial -OMICS data	未明确提及具体样本数量，但包括FFPE和冷冻制备的健康与病变组织数据集
1999	2025-07-22	Multi-parametric atlas of the pre-metastatic liver for prediction of metastatic outcome in early-stage pancreatic cancer 2024-Aug, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03075-7 PMID:38942992	研究论文	通过多参数分析术前肝脏活检，预测早期胰腺癌患者的转移风险、时间和器官部位	结合代谢组学、组织学和单细胞转录组学及多重成像方法，首次开发了基于机器学习的模型预测转移结果	样本量较小（49例胰腺癌患者和19例对照组），需要更大规模的研究验证	预测胰腺癌患者的转移风险和器官特异性转移	早期胰腺癌患者和对照组非癌性胰腺病变患者的肝脏活检样本	数字病理学	胰腺癌	代谢组学、单细胞转录组学、多重成像	机器学习模型	组织样本、代谢组数据、转录组数据、图像数据	49例胰腺癌患者和19例对照组
2000	2025-07-22	Molecular Pathways and Cellular Subsets Associated with Adverse Clinical Outcomes in Overlapping Immune-Related Myocarditis and Myositis 2024-Aug-01, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0011 PMID:38768394	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了免疫检查点疗法引发的心肌炎和肌炎的分子通路和免疫亚群	首次在活体患者中鉴定了与心肌炎和肌炎相关的CD8+ T细胞和髓系细胞亚群，并发现IL1B+TNF+髓系细胞与更严重的毒性和不良临床结果相关	样本量较小（n=10心肌炎加肌炎患者，n=1单纯心肌炎患者，n=9对照组）	揭示免疫检查点疗法引发的心肌炎和肌炎的分子机制	接受免疫检查点疗法治疗并出现心肌炎和/或肌炎的癌症患者	免疫学	心肌炎和肌炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫组织化学	NA	单细胞RNA测序数据和免疫组织化学数据	20例（10例心肌炎加肌炎患者，1例单纯心肌炎患者，9例对照组）