单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1981	2025-07-22	HECLIP: histology-enhanced contrastive learning for imputation of transcriptomics profiles 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf363 PMID:40569046	research paper	该论文提出了一种名为HECLIP的深度学习框架，用于从H&E染色的组织学图像中推断空间基因表达谱	HECLIP采用以图像为中心的对比学习策略，能够直接从H&E图像中预测基因表达，减少了对空间转录组数据的依赖	NA	开发一种可扩展的计算方法，以弥合组织学图像与转录组学之间的差距	H&E染色的组织学图像和空间基因表达谱	digital pathology	NA	对比学习	深度学习框架	图像和基因表达数据	公开可用数据集
1982	2025-07-22	Technologies for Decoding Cancer Metabolism with Spatial Resolution 2025-Jul-01, Cold Spring Harbor perspectives in medicine IF:7.8Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a041553 PMID:39284668	review	本文讨论了三种新兴的代谢组学技术在解码癌症代谢空间分辨率中的应用	介绍了空间代谢组学、单细胞代谢组学和细胞器代谢组学这三种新兴技术	未提及具体实验数据或样本量的限制	研究癌症细胞代谢途径的适应性和重编程机制	癌症细胞及其代谢产物	癌症代谢研究	癌症	质谱技术、空间代谢组学、单细胞代谢组学、细胞器代谢组学	NA	代谢物数据	NA
1983	2025-07-22	Noncanonical Differentiation of Memory B Cells Drives Latent Tuberculosis Infection Reactivation Upon Tumor Necrosis Factor-Alpha Inhibitor Therapy: An Integrative Transcriptomic Study 2025-Jul, International journal of rheumatic diseases IF:2.4Q2 DOI:10.1111/1756-185X.70311 PMID:40686471	研究论文	本研究通过整合转录组学分析，探讨了肿瘤坏死因子抑制剂（TNFi）治疗期间潜伏结核感染（LTBI）再激活的机制	揭示了记忆B细胞在结核病进展和TNFi治疗中的非经典分化轨迹及其代谢重编程的作用	研究仅基于六个转录组数据集，样本量有限	探索TNFi治疗期间LTBI再激活的分子机制	记忆B细胞在结核病进展和TNFi治疗中的作用	生物信息学	结核病	转录组分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	六个转录组数据集
1984	2025-07-22	A spatial transcriptomic atlas of the host response to oropharyngeal candidiasis 2025-Jun-30, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00849-25 PMID:40586608	研究论文	利用空间转录组学技术构建宿主对口腔念珠菌病反应的图谱，揭示免疫细胞间的相互作用和新型抗菌蛋白家族	首次应用10× Visium空间转录组学技术，在保持组织空间完整性的同时，高分辨率映射宿主微环境，发现2型免疫反应、M2巨噬细胞和血小板脱颗粒在疾病缓解中的新作用，并鉴定出一类新型富含脯氨酸的抗菌蛋白家族	研究基于小鼠模型，结果向人类转化需进一步验证	探究口腔念珠菌病感染过程中宿主免疫反应的平衡机制	小鼠口腔念珠菌病模型中的舌组织	空间转录组学	口腔念珠菌病	10× Visium空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
1985	2025-07-22	Guanylate-Binding Proteins Promote Host Defense Against Leishmania major by Balancing iNOS/Arg-1 in Myeloid Cells 2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.26.661809 PMID:40631203	研究论文	该研究探讨了鸟苷酸结合蛋白（GBPs）在皮肤利什曼病（CL）中对宿主防御的作用，特别是在调节iNOS/Arg-1平衡中的重要性	首次详细研究了GBPs在皮肤利什曼病中的免疫调节作用，揭示了其在调节iNOS和Arg-1表达中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究GBPs在皮肤利什曼病宿主防御中的具体作用机制	C57Bl/6小鼠及其骨髓来源的巨噬细胞（BMDMs）	免疫学	皮肤利什曼病	RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq	GBPChr3敲除小鼠模型	RNA测序数据	C57Bl/6小鼠及其GBPChr3敲除小鼠的巨噬细胞和单核细胞
1986	2025-07-22	A scalable, all-optical method for mapping synaptic connectivity with cell-type specificity 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.25.661552 PMID:40667305	研究论文	本文提出了一种可扩展的全光学方法，用于绘制具有细胞类型特异性的突触连接图谱	利用光学工具和空间转录组学技术，实现了高灵敏度、高通量和细胞类型特异性的长程突触连接检测	该方法目前仅在小鼠运动皮层中进行了验证，尚未在其他脑区或物种中广泛应用	开发一种高通量的光学方法来绘制神经环路中细胞类型特异性的突触连接图谱	小鼠运动皮层中的神经元及其长程突触连接	神经科学	NA	光学成像、空间转录组学	NA	光学信号、基因表达数据	超过1000个运动皮层神经元
1987	2025-07-22	Protocol for deep-learning-driven cell type label transfer in single-cell RNA sequencing data 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103768 PMID:40232935	研究论文	提出了一种使用SIMS在单细胞RNA测序数据中进行细胞类型标签转移的深度学习协议	开发了SIMS协议，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型标签转移，提供了数据准备、模型训练和预测解释的详细步骤	未提及	开发一种深度学习协议，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型标签转移	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	SIMS	RNA测序数据	未提及
1988	2025-07-22	Identifying condition-related cell-cell communication events using supervised tensor analysis 2025-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.15.571918 PMID:38168391	研究论文	介绍了一种名为STACCato的监督张量分析工具，用于识别与生物条件相关的细胞间通讯事件	STACCato通过张量回归模型调整混杂因素和细胞间通讯事件的依赖性，提供了更清晰的统计推断	未提及具体的样本量限制或数据类型的局限性	开发一种新方法来识别与生物条件（如疾病状态、组织类型）相关的细胞间通讯事件	细胞间通讯事件	生物信息学	狼疮和自闭症	scRNA-seq	张量回归模型	scRNA-seq数据	NA
1989	2025-07-22	Epigenetic Reprogramming of Autophagy Leads to Uncovering a Novel Therapeutic Target for Mutant IDH1 Astrocytomas 2025-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.08.584091 PMID:38559270	研究论文	本文揭示了自噬在mIDH1胶质瘤中的关键作用，并通过阻断该途径在体内外诱导放射敏感性	发现自噬是mIDH1胶质瘤生存的关键途径，并通过抑制自噬增强放射敏感性	研究主要基于体外和动物模型，临床转化潜力尚需进一步验证	探索mIDH1胶质瘤的治疗新靶点	人类和小鼠的mIDH1胶质瘤细胞及患者样本	肿瘤学	胶质瘤	RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	人类和小鼠的mIDH1胶质瘤细胞及患者样本
1990	2025-07-22	How single-cell transcriptomics of Hydractinia is informing the evolution of cnidarian sensory systems 2025-Jun-12, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf090 PMID:40504553	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术研究水螅（Hydractinia）的感官系统进化	更新了水螅成虫的单细胞转录组图谱，探索其细胞生物学和细胞类型表达谱，并验证细胞类型特异性标记的空间表达模式	NA	深入了解水螅的细胞生物学及其感官系统的进化	水螅（Hydractinia）的细胞类型和感官细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学、CRISPR/Cas9基因敲除、shRNA敲低、合成RNA过表达	NA	转录组数据	两种水螅物种（H. symbiolongicarpus 和 H. echinata）的实验室克隆系
1991	2025-07-22	Radiotherapy promotes cuproptosis and synergizes with cuproptosis inducers to overcome tumor radioresistance 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.031 PMID:40215978	研究论文	本文揭示了放疗通过上调铜转运蛋白1和消耗线粒体谷胱甘肽诱导铜死亡，并与铜死亡诱导剂协同克服肿瘤放疗抵抗	首次揭示放疗诱导铜死亡的机制，并发现通过靶向铜死亡克服肿瘤放疗抵抗的治疗策略	研究主要基于食管癌，其他癌症类型的适用性尚需验证	探索放疗诱导铜死亡的机制及其在克服肿瘤放疗抵抗中的应用	癌细胞、患者肿瘤样本、细胞系和患者来源的异种移植模型	肿瘤学	食管癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	包括放疗不敏感的食管癌患者肿瘤样本及细胞系和异种移植模型
1992	2025-07-22	A multi-step immune-competent genetic mouse model reveals phenotypic plasticity in uveal melanoma 2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657841 PMID:40502063	研究论文	开发了一种多步骤免疫能力遗传小鼠模型，用于研究葡萄膜黑色素瘤的表型可塑性	创建了一种新的遗传工程小鼠模型，能够逐步模拟人类葡萄膜黑色素瘤的进展，并保留了免疫能力以研究肿瘤免疫微环境和治疗干预	NA	研究葡萄膜黑色素瘤的生物学特性、候选驱动基因的功能特征以及开发免疫治疗策略	葡萄膜黑色素瘤	肿瘤生物学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序	遗传工程小鼠模型	基因表达数据	NA
1993	2025-07-22	Habitual Exercise Modulates Neuroimmune Interaction to Mitigate Aortic Stiffness 2025-Jun-06, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325656 PMID:40304034	研究论文	研究探讨了习惯性运动如何通过调节神经免疫相互作用来减轻主动脉硬化	揭示了运动通过调节交感神经与免疫细胞的相互作用来减轻主动脉硬化的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究运动对主动脉硬化中神经免疫相互作用的调节作用	C57BL/6小鼠	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序，免疫组织化学	小鼠模型	基因表达数据，生理参数	未明确说明具体数量，使用C57BL/6小鼠进行实验
1994	2025-07-22	Transcriptomic profiling after B cell depletion reveals central and peripheral immune cell changes in multiple sclerosis 2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182790 PMID:40067358	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了B细胞耗竭疗法如何调节多发性硬化症患者的免疫景观	首次使用单细胞RNA-Seq技术全面分析B细胞耗竭治疗后多发性硬化症患者免疫景观的变化，揭示了特定免疫细胞亚群的转录组特征和功能改变	研究样本量有限，且仅关注了B细胞耗竭治疗的短期效果	探究B细胞耗竭疗法对多发性硬化症患者免疫系统的调节机制	多发性硬化症患者的脑脊液巨噬细胞和外周血单核细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA-Seq	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
1995	2025-07-22	Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches 2025-May-29, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00985-4 PMID:40442367	research paper	该研究通过免疫活性小鼠模型，揭示了胶质母细胞瘤（GBM）侵袭过程中肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）的相互作用及其在引导肿瘤集体迁移中的作用	发现了plexin-B2在TAMs中的关键作用，解决了细胞碰撞问题，引导GBM细胞排列并重组细胞外基质，从而影响GBM的生长模式	研究主要基于小鼠模型，虽然结果在人类GBMs中得到验证，但直接应用于临床仍需进一步研究	探索GBM侵袭性生长的机制及其与TAMs的相互作用	胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）	digital pathology	glioblastoma	single-cell RNA sequencing	immunocompetent murine model	RNA-seq data, imaging data	小鼠模型及人类GBMs样本
1996	2025-07-22	Polyamine acetylation mediates crosstalk between cancer cells and myeloid cells to promote mesenchymal/plurimetabolic states in glioblastoma 2025-May-27, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf128 PMID:40424600	研究论文	本研究探讨了多胺乙酰化在胶质母细胞瘤(GBM)中介导癌细胞与髓系细胞间的代谢串扰，促进间充质/多代谢状态的作用	首次发现SAT1及其产物N1-乙酰亚精胺在连接肿瘤细胞与肿瘤相关巨噬细胞/髓系细胞的代谢活性中的新作用	部分机制尚未完全阐明，如SAT1影响肿瘤细胞代谢的具体通路	探究多胺代谢重编程如何影响GBM亚型分类的恶性细胞内在和微环境依赖的生物学过程	人类和小鼠GBM肿瘤及细胞系	肿瘤代谢	胶质母细胞瘤	液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)、单细胞RNA测序	NA	代谢组数据、转录组数据	人类和小鼠GBM肿瘤样本及细胞系(具体数量未明确)
1997	2025-07-22	Spatial characterization of interface dermatitis in cutaneous lupus reveals novel chemokine ligand-receptor pairs that drive disease 2025-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.05.574422 PMID:38260617	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，揭示了皮肤红斑狼疮（CLE）中界面性皮炎的免疫病理机制，特别是发现了新的趋化因子配体-受体对	发现了新的趋化因子配体-受体对（如CXCL6/CXCR1和CCL8/CCR2），并揭示了角质形成细胞损伤到淋巴细胞募集的通路	样本量相对较小，且仅针对CLE的特定亚型进行了分析	理解皮肤红斑狼疮（CLE）中界面性皮炎的免疫病理机制	皮肤红斑狼疮（CLE）患者和健康对照的皮肤样本	数字病理	皮肤红斑狼疮	空间转录组学、空间蛋白质组学、数字空间分析（DSP）、96-plex免疫分析	NA	蛋白质组数据、转录组数据、流式细胞数据	使用吸疱活检和穿刺活检的皮肤样本，具体数量未明确说明
1998	2025-07-22	Aging Compromises Terminal Differentiation Program of Cytotoxic Effector Lineage and Promotes Exhaustion in CD8+ T Cells Responding to Coronavirus Infection 2025-May-21, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70109 PMID:40396260	research paper	该研究探讨了衰老如何影响病毒特异性T细胞在感染过程中的分化程序，特别是在冠状病毒感染模型中	揭示了衰老通过调节关键转录因子表达，损害病毒特异性CD8 T细胞的终末分化并促进其耗竭的新机制	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究衰老对病毒特异性T细胞分化程序的影响	老年小鼠中的CD8和CD4 T细胞	免疫学	冠状病毒感染	bulk和单细胞转录组学	NA	转录组数据	老年小鼠模型
1999	2025-07-22	Avian photoreceptor homologies and the origin of double cones 2025-May-19, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2025.02.040 PMID:40250431	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了鸟类视网膜中光感受器的进化关系，揭示了双锥细胞的起源	首次系统地探索了鸟类光感受器与其他脊椎动物光感受器的进化关系，并提出了双锥细胞（DC-P和DC-A）分别起源于祖先红锥和蓝锥的假设	研究仅基于新孵化鸡的视网膜样本，可能无法完全代表所有鸟类或其他脊椎动物的光感受器进化关系	探索鸟类光感受器与其他脊椎动物光感受器的进化关系	鸟类视网膜中的光感受器细胞	生物进化	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和CRISPR介导的基因敲除	NA	RNA测序数据	新孵化鸡的视网膜样本
2000	2025-07-22	High KYNU Expression Is Associated with Poor Prognosis, KEAP1/STK11 Mutations, and Immunosuppressive Metabolism in Patient-Derived but Not Murine Lung Adenocarcinomas 2025-May-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17101681 PMID:40427178	research paper	该研究旨在发现与患者预后相关的双峰表达基因，揭示潜在的致癌基因型，并为肺腺癌（LUAD）提供新的治疗见解	研究发现KYNU基因的表达模式与LUAD患者的预后、KEAP1/STK11突变以及免疫抑制代谢密切相关，并在多种癌症类型中显示出预后关联	研究指出小鼠模型中的KYNU表达与人类肿瘤存在差异，提示临床前模型的局限性	探索肺腺癌中与预后相关的双峰表达基因及其潜在的致癌机制	肺腺癌患者和小鼠模型	digital pathology	lung cancer	meta-analysis, bulk and single-cell transcriptomics, metabolomics	NA	transcriptomics, metabolomics data	多个LUAD数据集及小鼠模型数据