单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-09-20	Personalised immunotherapy strategies informed by single cell profiling in thyroid cancer: a mini review 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1651088 PMID:40959084	综述	本文探讨了单细胞分析如何指导甲状腺癌的个性化免疫治疗策略	通过单细胞转录组分析揭示甲状腺癌中的细胞状态和免疫微环境特征，并据此提出新型组合治疗策略	NA	总结单细胞分析在甲状腺癌免疫治疗中的应用和前景	甲状腺癌肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), CITE-seq, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	超过150,000个肿瘤和免疫细胞
182	2025-09-20	A multi-omic analysis reveals a predictive value of tertiary lymphoid structures in improving the prognosis of colorectal cancer patients with BRAF mutation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1662573 PMID:40959083	研究论文	本研究通过多组学分析探讨三级淋巴结构（TLS）对改善BRAF突变结直肠癌患者预后的预测价值	首次揭示TLS特征（数量、成熟度）与BRAF突变状态的关联，并证明TLS可能抵消BRAF突变的不良预后影响	样本量有限（200例组织病理学评估），回顾性研究设计可能存在偏倚	评估TLS在BRAF突变结直肠癌预后中的作用机制	结直肠癌患者（含BRAF野生型和突变型）	肿瘤免疫微环境	结直肠癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、LASSO回归、免疫浸润分析（ESTIMATE/CIBERSORT）	10基因预后模型	转录组数据、组织病理学数据	TCGA队列+5个GEO数据集（GSE146771等）+200例患者组织切片
183	2025-09-20	Single-cell RNA-seq reveals a repair pattern in cystic lesions in steroid induced osteonecrosis of the femoral head 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1626337 PMID:40959091	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了类固醇诱导股骨头坏死中囊性病变的细胞异质性和修复机制	首次在SIONFH囊性病变中鉴定出8种细胞类型，并将软骨细胞细分为5个功能亚群，发现CLIC3+表达的肥大软骨细胞群在骨修复中的关键作用	样本量较小（仅3例患者），需要更大规模研究验证发现	探究类固醇诱导股骨头坏死中囊性病变的转录组特征和修复机制	类固醇诱导股骨头坏死患者的囊性病变组织	单细胞组学	骨坏死疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序），计算生物学方法，组织学检测	NA	单细胞转录组数据，组织病理学数据	3例SIONFH患者的囊性病变样本
184	2025-09-20	Single-cell RNA sequencing and proteomics uncover SIRPα-CD47 immune checkpoint and glycolysis-driven immune evasion in cardiac myxoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1652645 PMID:40959090	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学揭示了心脏黏液瘤中SIRPα-CD47免疫检查点和糖酵解驱动的免疫逃逸机制	首次在心脏黏液瘤中发现ap-CAF细胞通过趋化因子招募免疫细胞，证实肿瘤细胞源自间充质干细胞，并揭示糖酵解激活和SIRPα-CD47免疫检查点的作用	NA	深入解析心脏黏液瘤的微环境组成、细胞生长机制和免疫逃逸策略	心脏黏液瘤组织样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 蛋白质组学, western blot, 类器官模型	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	NA
185	2025-09-20	Spermidine potentiates anti-tumor immune responses and immunotherapy sensitivity in breast cancer 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.113235 PMID:40959110	研究论文	本文探讨了亚精胺在乳腺癌中通过增强CD8⁺ T细胞活化和抗肿瘤免疫反应来提高免疫治疗敏感性的作用	首次通过多组学分析揭示肿瘤内亚精胺水平与CD8⁺ T细胞浸润和活化的正相关性，并证实外源性亚精胺补充可直接促进抗肿瘤免疫	NA	阐明亚精胺在乳腺癌免疫调节中的作用及其治疗潜力	乳腺癌标本和CD8⁺ T细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	批量RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组化、多重免疫组化	NA	多组学数据、组织标本	NA
186	2025-09-20	Comprehensive analytical approach identifies a subtype of CTCF+ tumor-associated neutrophils associated with CRC development and as a biomarker for immunotherapy 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.111529 PMID:40959269	研究论文	本研究通过多组学方法鉴定并功能验证了结直肠癌中CTCF+肿瘤相关中性粒细胞亚型及其促癌机制	首次发现并表征CTCF+ TANs亚型，揭示其通过CTCF-MIEN1-IL-1β轴驱动肿瘤进展和免疫抑制的新机制	NA	探究结直肠癌中肿瘤相关中性粒细胞的异质性及其促肿瘤作用的分子机制	结直肠癌患者样本及肿瘤相关中性粒细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk RNA测序、体内外功能实验	NA	基因组数据、转录组数据、空间表达数据	NA
187	2025-09-20	Senescent Tumoral HLA-E Reshapes Microenvironment through Impairing NK Cell-Dendritic Cell-T Cell Network in Malignant Pleural Effusion from Lung Cancer 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.116499 PMID:40959273	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析恶性胸腔积液中衰老肿瘤细胞通过HLA-E抑制NK细胞功能并破坏免疫细胞网络，揭示免疫逃逸机制	首次揭示HLA-E表达的衰老肿瘤细胞通过损害NK-树突细胞-T细胞网络重塑肿瘤微环境	样本来源限于心衰和肺癌-MPE患者，机制验证仍需进一步实验	探究肺癌恶性胸腔积液中先天和适应性免疫反应的相互作用机制	肺癌患者的恶性胸腔积液样本	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序, Luminex, ELISA, 免疫组化	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质定量数据, 组织切片图像	心衰和肺癌-MPE患者的临床样本
188	2025-09-20	Integration of multi-omics data reveals dysregulated RNA methylation in retinal pigment epithelium drives age-related macular degeneration 2025, International journal of ophthalmology IF:1.9Q2 DOI:10.18240/ijo.2025.09.03 PMID:40881439	研究论文	本研究通过整合多组学数据揭示了视网膜色素上皮细胞中RNA甲基化失调在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的驱动作用	首次结合单细胞转录组、多组学QTL数据和机器学习方法系统验证RNA甲基化与AMD的因果关系	样本量相对有限（单细胞数据34例，Bulk RNA数据68例），需更大队列验证	探究RNA甲基化在AMD发病机制中的作用	人视网膜色素上皮（RPE）细胞	生物信息学	年龄相关性黄斑变性	单细胞转录组测序、Bulk RNA测序、GWAS、多组学QTL分析（eQTL/pQTL/sQTL/mQTL）、孟德尔随机化（SMR）、机器学习	机器学习模型（未指定具体类型）	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	单细胞数据：34例样本（11正常对照+23 AMD患者）；Bulk RNA数据：68例样本（31正常对照+37 AMD患者）
189	2025-09-20	Multi-omics integration uncovers key transcriptional regulators in triple-negative breast cancer spatial heterogeneity 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1614254 PMID:40969325	研究论文	通过多组学整合方法构建三阴性乳腺癌空间细胞图谱，揭示细胞类型异质性和关键转录调控因子	首次结合scRNA-seq和空间转录组学构建TNBC空间细胞图谱，识别上皮和间质细胞中的关键转录因子及其调控网络	NA	解析三阴性乳腺癌的空间微环境异质性和调控机制	三阴性乳腺癌组织中的细胞类型及其空间分布	空间转录组学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学，免疫组化验证	NA	空间转录组数据，单细胞RNA测序数据	NA
190	2025-09-20	NADH supplementation improves human oocyte maturation and developmental competence of resulting embryos in controlled ovarian hyperstimulation cycles: a pilot study implicating the CDK2/GAS6 signaling pathway 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1627679 PMID:40969372	研究论文	本研究探索NADH补充对控制性超促排卵周期中人卵母细胞成熟及胚胎发育能力的影响，并揭示CDK2/GAS6信号通路的作用机制	首次研究NADH（而非NAD+前体）对人卵母细胞成熟的直接影响，并发现其通过上调CDK2和GAS6基因改善线粒体功能	初步研究（pilot study），样本量有限，需更大规模验证	评估NADH对人卵母细胞体外成熟和胚胎发育的促进作用及其分子机制	人GV/MⅠ期卵母细胞（来自控制性超促排卵周期中的废弃卵子）	生殖医学	卵巢功能减退	体外成熟（IVM）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、线粒体功能检测	NA	基因表达数据、荧光成像数据、生化指标数据	未明确总样本数，但使用废弃GV/MⅠ卵母细胞进行分组实验
191	2025-09-20	Single-cell transcriptomics reveals predominantly inflammatory endothelial cell responses and suppressed vascular repair in silicosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1629226 PMID:40969743	研究论文	通过单细胞转录组学揭示矽肺中内皮细胞主要表现为炎症反应且血管修复功能受抑制	首次在矽肺模型中鉴定出功能截然不同的两种内皮细胞亚群：促炎型与修复型，并揭示其失衡机制	研究局限于小鼠模型，人类矽肺中的内皮细胞反应可能存在差异	探究矽肺发病过程中内皮细胞的功能变化及其分子机制	二氧化硅暴露小鼠的肺组织内皮细胞	单细胞组学	矽肺	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	二氧化硅暴露小鼠肺组织样本（具体数量未注明）
192	2025-09-20	A Brief Introduction to Genomics and Single-cell Analysis for Psychiatric Disorders 2025, Juntendo medical journal DOI:10.14789/ejmj.JMJ25-0003-R PMID:40969821	综述	本文回顾了基因组学和单细胞分析在精神疾病研究中的最新进展，特别关注双相情感障碍	整合临床基因组数据与细胞类型特异性表达谱，探索iPSCs作为基因组研究未来延伸的潜力	直接获取活体人脑组织存在重大限制，依赖死后脑组织样本	理解精神疾病的病理机制并开发创新诊断和治疗策略	精神疾病（特别是双相情感障碍和精神分裂症）的病理机制	基因组学	精神疾病	单细胞RNA测序，iPSCs技术	NA	基因组数据，表达谱数据	NA
193	2025-09-20	Unlocking hematopoietic stem cell potential: integrative computational approaches for genomic and transcriptomic analysis 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1589823 PMID:40970097	综述	本文综述了整合计算方法在造血干细胞基因组和转录组分析中的应用与潜力	强调计算工具与多组学数据整合在解析造血干细胞异质性和调控机制中的协同作用	NA	解析造血干细胞生物学特性并推动血液疾病精准治疗	造血干细胞（HSCs）	计算生物学	血液疾病	scRNA-seq, ChIP-seq, 网络推断算法, 机器学习	机器学习模型	基因组数据, 转录组数据, 多组学数据	NA
194	2025-09-20	Learning antibody sequence constraints from allelic inclusion 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619760 PMID:39484623	研究论文	利用等位基因包含现象学习抗体序列约束条件	首次大规模发现并利用等位基因包含的B细胞数据训练机器学习模型，揭示抗体序列的新约束规律	主要基于人类数据，小鼠部分仅为初步观察，需进一步验证	探索抗体序列的生物学约束机制	人类和小鼠的B细胞及其抗体序列	机器学习	NA	单细胞测序	机器学习模型	序列数据	数千个人类初始B细胞
195	2025-09-20	Imputing abundance of over 2,500 surface proteins from single-cell transcriptomes with context-agnostic zero-shot deep ensembles 2024-Sep-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.08.006 PMID:39243755	研究论文	提出一种名为SPIDER的零样本深度集成模型，用于从单细胞转录组数据中大规模预测表面蛋白丰度	开发了上下文无关的零样本深度集成方法，能够预测超过2,500种表面蛋白，并在多种背景下表现出更好的泛化能力	NA	从单细胞转录组数据预测表面蛋白丰度，以支持药物靶点识别和细胞身份标记	单细胞表面蛋白	机器学习	肝细胞癌, 结直肠癌	CITE-seq, 单细胞RNA测序	深度集成模型	单细胞转录组数据	NA
196	2025-09-20	Characterisation of HBV and co-infection with HDV and HIV through spatial transcriptomics 2024-Aug, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2024-100067 PMID:39149129	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析慢性乙型肝炎患者肝活检样本，揭示HBV与HDV或HIV共感染下的肝内转录景观和免疫特征	首次应用NanoString GeoMx平台对HBV共感染肝组织进行空间转录组分析，识别出与感染类型相关的特异性转录特征和细胞群变化	样本量较小（仅3例初治患者），属于原理验证性研究	评估空间转录组学在表征HBV共感染肝内生物学过程的应用价值	慢性HBV感染患者的肝活检样本（包括HDV或HIV共感染）	空间转录组学	病毒性肝炎	NanoString GeoMx数字空间分析，人类全转录组图谱检测	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	空间转录组数据，FFPE组织切片	3例未治疗的慢性HBV合并HDV或HIV感染患者
197	2025-09-20	Reproducible single cell annotation of programs underlying T-cell subsets, activation states, and functions 2024-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.03.592310 PMID:38746317	研究论文	开发并应用T-CellAnnoTator（TCAT）流程对T细胞进行单细胞注释，以量化其基因表达程序	提出TCAT分析框架，能够同时量化预定义的基因表达程序，揭示46个可重复的T细胞功能程序，包括新发现的激活状态	NA	改进T细胞特征描述方法，解决传统分类无法反映单细胞测序显示的连续状态问题	T细胞及其亚群、激活状态和功能	生物信息学	传染病（Covid-19）和癌症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	来自700名个体、38种组织、5种疾病背景的1,700,000个T细胞
198	2024-08-07	Identification of TIMPs signatures in Randall plaque from single-cell RNA sequencing (scRNA-Seq) analysis 2024-01-16, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01296-0 PMID:38225514	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
199	2025-09-20	Anterior Pituitary Transcriptomics Following a High-Fat Diet: Impact of Oxidative Stress on Cell Metabolism 2023-12-23, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqad191 PMID:38103263	研究论文	研究高脂饮食对小鼠垂体转录组的影响，特别关注氧化应激对细胞代谢的作用	首次使用单细胞RNA测序分析揭示性别差异在垂体对肥胖应激响应中的关键作用，并识别出雌性中最易受损的垂体细胞群体	研究仅使用FVB.129P小鼠模型，结果可能不直接适用于其他物种或品系	探究肥胖引起的氧化应激对垂体功能的影响及性别特异性差异	雌性和雄性FVB.129P小鼠	转录组学	代谢疾病	单细胞RNA测序分析	NA	转录组数据	多组FVB.129P小鼠（具体数量未明确说明），实验周期10-15周
200	2025-09-20	Unraveling Vulnerabilities in Endocrine Therapy-Resistant HER2+/ER+ Breast Cancer 2023-11-02, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqad159 PMID:37897495	研究论文	本研究开发并表征了两种内分泌治疗耐药（ETR）的HER2+/ER+乳腺癌体外模型，以探索潜在治疗靶点	首次通过长期雌激素剥夺（LTED）模型揭示HER2+/ER+乳腺癌内分泌耐药的不同表型，并发现脂代谢重编程和铁死亡通路作为新型治疗脆弱点	研究基于体外细胞模型，尚未进行体内或临床验证	识别HER2+/ER+乳腺癌内分泌治疗耐药机制并探索联合治疗策略	HER2+/ER+乳腺癌细胞系（BT-474和MDA-MB-361）及其LTED衍生耐药株	肿瘤生物学	乳腺癌	全基因组测序、单细胞RNA测序、生长测定、PAM50分型	体外细胞模型	基因组数据、转录组数据、细胞表型数据	两种乳腺癌细胞系及其LTED衍生株（BT474 LTED和MM361 LTED）