单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-06-21	Development of a prognostic model for overall survival in neuroblastoma based on Schwann cell-specific genes, clinical predictors, and MYCN amplification 2025-May-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-2048 PMID:40530123	研究论文	本研究开发了一个结合施万细胞特异性基因、临床因素和肿瘤微环境的神经母细胞瘤预后模型，以提高预测准确性和临床相关性	首次将施万细胞特异性基因与临床因素和肿瘤微环境结合，构建神经母细胞瘤预后模型	模型在测试集中的表现略低于训练集，可能需要更多数据验证	开发更准确的神经母细胞瘤总体生存预后模型	神经母细胞瘤患者	数字病理学	神经母细胞瘤	scRNA-seq, WGCNA, UMAP, Cox回归分析	预后预测模型	基因表达数据, 临床数据	训练集238例, 测试集106例, 单细胞数据16例患者(160,910个细胞)
182	2025-06-21	Tolerance and heteroresistance to echinocandins in Candida auris: conceptual issues, clinical implications, and outstanding questions 2025-May-27, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00161-25 PMID:40237528	review	本文探讨了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性及其临床意义	提出了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性作为治疗挑战的新视角	这些机制的临床意义尚不明确，且相关数据有限	理解耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性的机制及其影响	耳念珠菌	微生物学	真菌感染	空间转录组学	NA	NA	NA
183	2025-06-21	3D organoids containing endothelial and neural cells generation by serial inductions of differentiation on human iPSC-derived embryoid bodies 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.20.653559 PMID:40475416	研究论文	通过在人iPSC衍生的胚胎体上连续诱导分化，生成包含内皮细胞和神经细胞的3D器官样体	开发了一种新型3D器官样体模型，该模型同时包含神经细胞和内皮细胞，模拟了体内神经和内皮细胞的发育过程	未提及具体的样本量或实验重复次数	研究人脑发育和神经系统疾病中内皮细胞与神经细胞的相互作用	人iPSC衍生的胚胎体	干细胞与再生医学	神经系统疾病	scRNA-Seq, RNA-Seq, siRNA处理	3D器官样体模型	基因表达数据	NA
184	2025-06-21	Efficient profiling of total RNA in single cells with STORM-seq 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.03.14.484332 PMID:40475517	研究论文	本文介绍了一种名为STORM-seq的新型单细胞总RNA测序技术，能够高效检测非编码转录本、全长RNA覆盖并解析转录本水平的复杂性	STORM-seq是一种使用标准实验室设备的随机六聚体引物、核糖体减少的单细胞总RNA测序协议，能够构建迄今为止复杂度最高的scRNA-seq文库，并准确测量单细胞中的转录异构体和临床相关基因融合	NA	开发一种高效的单细胞总RNA测序技术，以解决现有技术在检测非编码转录本、全长RNA覆盖和解析转录本复杂性方面的不足	单细胞中的总RNA，包括非编码转录本、转录异构体、基因融合、转座子元件(TEs)和增强子RNA(eRNAs)	基因组学	NA	sc-total-RNA-seq	NA	RNA测序数据	人类输卵管上皮细胞
185	2025-06-21	Pseudoassembly of k-mers 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.11.653354 PMID:40463286	研究论文	介绍了一种通过彩色de Bruijn图识别基因组序列变异的方法	提出了一种名为klue的程序，能够将k-mers组装成与变异感知的伪对齐扩展兼容的序列	NA	识别基因组序列中的变异	小鼠黑色素瘤模型中的单细胞RNA-seq数据	基因组学	黑色素瘤	单细胞RNA-seq	NA	基因组序列	NA
186	2025-06-21	Reparative immunological consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2025-May-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333558 PMID:39961646	研究论文	本研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	揭示了SCT主要通过影响肠道髓系谱系，恢复能够支持黏膜愈合的巨噬细胞群体，并发现了CD患者造血干细胞（HSCs）的功能异质性	样本量较小（n=19），且研究结果主要基于小鼠异种移植模型，需进一步临床验证	理解SCT后免疫系统重建机制，探索SCT作为细胞疗法恢复免疫细胞功能的潜力	难治性克罗恩病成人患者（n=19）的血液和肠道样本及HSCs	细胞治疗	克罗恩病	CyTOF、scRNA-seq、小鼠异种移植模型	NA	单细胞RNA测序数据、质谱流式细胞数据	19例难治性CD患者
187	2025-06-21	Single-cell transcriptome atlas of spontaneous dry age-related macular degeneration in macaques 2025-May, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2023.02.028 PMID:40528953	研究论文	构建了老年非人灵长类动物自发性干性年龄相关性黄斑变性（SD-AMD）的单细胞视网膜转录图谱，揭示了SD-AMD的分子机制	首次在非人灵长类动物模型中构建SD-AMD的单细胞转录图谱，并发现铁稳态破坏和铁死亡在SD-AMD发病中的作用	研究主要基于非人灵长类动物模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究自发性干性年龄相关性黄斑变性（SD-AMD）的分子机制	老年非人灵长类动物的视网膜组织	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	老年非人灵长类动物的视网膜组织样本
188	2025-06-21	Advances and challenges in cell-cell communication inference: a comprehensive review of tools, resources, and future directions 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf280 PMID:40536815	综述	本文全面回顾了细胞间通信推断的工具、资源和未来方向，总结了当前的研究现状和挑战	整合了100多种生物信息学工具和近50种资源，创建了集中式网络平台CCC-Catalog	工具和资源的多样性和差异性给用户选择带来挑战，当前方法仍存在局限性和未解决的问题	总结细胞间通信分析的研究现状，提供未来发展方向	单细胞和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
189	2025-06-21	Stratifin is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury 2025-Apr-23, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521 PMID:40280276	研究论文	本研究探讨了Stratifin（SFN）在胃急性损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生（SPEM）过程中的作用	首次揭示了SFN通过调节EGFR/ERK信号通路在主细胞转分化和SPEM发展中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证	阐明SFN在胃黏膜损伤修复过程中主细胞转分化的分子机制	小鼠胃主细胞和SPEM细胞	分子生物学	胃疾病	单细胞RNA测序，免疫组化	Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型	基因表达数据，组织学图像	转基因小鼠模型
190	2025-06-21	In mice, discrete odors can selectively promote the neurogenesis of sensory neuron subtypes that they stimulate 2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.10.579748 PMID:38405728	research paper	研究发现特定气味能选择性促进小鼠嗅觉感觉神经元亚型的神经发生	揭示了特定气味经验能选择性‘放大’特定嗅觉感觉神经元亚型，表明持续的神经元发生部分具有适应性功能	研究仅在小鼠中进行，未涉及其他哺乳动物	探究嗅觉刺激如何及为何加速某些嗅觉感觉神经元亚型的神经发生速率	小鼠的嗅觉感觉神经元（OSNs）	神经科学	NA	scRNA-seq和亚型特异性OSN出生日期标记	NA	基因表达数据	小鼠
191	2025-06-21	Spatially resolved transcriptomics reveal the determinants of primary resistance to immunotherapy in NSCLC with mature tertiary lymphoid structures 2025-Feb-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101934 PMID:39909044	研究论文	该研究通过空间转录组学和多重免疫荧光技术，揭示了非小细胞肺癌(NSCLC)中成熟三级淋巴结构(mTLSs)阳性患者对免疫检查点抑制剂(ICIs)原发性耐药的决定因素	发现了两种特定的癌症相关成纤维细胞(CAFs)亚群在mTLS阳性NSCLC中对ICIs原发性耐药的关键作用，并揭示了这些CAFs与免疫排斥、CD8 T细胞耗竭和调节性CD4 T细胞浸润增加的关联	研究样本量虽然较大(n=509)，但可能仍不足以覆盖所有NSCLC亚型	揭示mTLS阳性NSCLC患者对ICIs原发性耐药的决定因素，以提高免疫治疗效果	非小细胞肺癌(NSCLC)患者，特别是mTLS阳性且接受ICI治疗的患者	数字病理学	肺癌	空间转录组学、多重免疫荧光(mIF)	NA	转录组数据、免疫荧光图像	509名来自BIP研究(NCT02534649)的NSCLC患者
192	2025-06-21	High expression of CCL3/CCL4/CCL5/CCR5 promotes exhausted CD8+ T cells terminal differentiation and is associated with poor prognosis in pediatric B-ALL patients 2025 Jan-Dec, International journal of immunopathology and pharmacology IF:3.0Q2 DOI:10.1177/03946320251346823 PMID:40522146	research paper	本研究旨在识别B-ALL细胞与耗竭CD8 T细胞之间差异上调的配体-受体相互作用，并基于CCL3/CCL4/CCL5表达水平开发多变量Cox回归模型预测儿童B-ALL患者的总生存期	首次报道了CCL3/CCL4/CCL5-CCR5轴在B-ALL中终末耗竭CD8 T细胞分化中的关键作用，并开发了一个创新的分层模型整合CCL3、CCL4和CCL5通过多Cox回归预测预后	研究样本量有限，且模型在成人B-ALL患者中的验证需要进一步扩大样本量	探索B-ALL细胞与耗竭CD8 T细胞的相互作用及其对预后的影响，开发预测模型	儿童B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者	生物医学	B细胞急性淋巴细胞白血病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）	多变量Cox回归模型	RNA测序数据	221例儿童B-ALL样本及部分成人B-ALL患者样本
193	2025-06-21	Copper Metabolism-Related Genes as Biomarkers in Colon Adenoma and Cancer 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S521512 PMID:40524750	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨铜代谢在结肠腺瘤进展为结直肠癌中的作用，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	首次将铜代谢相关基因与结肠腺瘤至结直肠癌的进展关联，并利用多种机器学习算法和单细胞RNA测序技术识别了五个新的生物标志物	需要进一步的临床验证来确认这些生物标志物的诊断和治疗价值	阐明铜代谢在结肠腺瘤至结直肠癌进展中的作用，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	结肠腺瘤和结直肠癌患者样本	生物信息学	结直肠癌	生物信息学分析、机器学习算法、单样本基因集富集分析(ssGSEA)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、定量聚合酶链反应(qPCR)	五种机器学习算法	基因表达数据	来自GEO数据库的结肠腺瘤样本和正常对照样本，以及通过qPCR和HPA数据库验证的患者样本
194	2025-06-21	Single-cell sequencing reveals cellular differences and potential mechanisms in congenital pulmonary airway malformation 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1548177 PMID:40529122	研究论文	通过单细胞测序技术分析先天性肺气道畸形(CPAM)病变组织与正常组织的细胞差异，揭示关键细胞类型和功能	首次使用单细胞测序技术深入分析CPAM病变组织与正常组织的细胞差异，发现关键细胞类型和功能	研究样本量未明确说明，且未进行功能验证实验	探究先天性肺气道畸形(CPAM)的病理过程	CPAM病变组织和正常组织	数字病理学	肺发育异常	单细胞测序	NA	基因表达数据	未明确说明
195	2025-06-21	Research advances in the study of traditional Chinese medicine formula granules on signaling pathway-mediated disease mechanisms 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1609211 PMID:40529488	综述	本文系统回顾了中药配方颗粒在信号通路介导的疾病机制研究中的进展，并展望了其在现代精准医学中的应用前景	整合多组学技术探索复方混合物的超分子协同效应，并强调大规模临床试验在验证其精准医学潜力中的重要性	当前研究面临单组分分析、复方混合物协同机制不明确以及转化应用临床证据不足等挑战	阐明中药配方颗粒通过调控信号通路治疗复杂疾病的多靶点调控机制	中药配方颗粒及其活性代谢物	中医药研究	炎症、肿瘤、代谢紊乱、纤维化、骨关节炎和骨质疏松等复杂疾病	多组学技术（如代谢组学、空间转录组学）	NA	NA	NA
196	2025-06-21	Cancer-Derived Exosomal LINC01615 Induces M2 Polarization of Tumor-Associated Macrophages via RBMX-EZH2 Axis to Promote Colorectal Cancer Progression 2025, International journal of nanomedicine IF:6.6Q1 DOI:10.2147/IJN.S499381 PMID:40529536	研究论文	探讨癌症来源的外泌体LINC01615通过RBMX-EZH2轴诱导肿瘤相关巨噬细胞M2极化促进结直肠癌进展的机制	首次揭示了外泌体LINC01615通过RBMX-EZH2轴调控巨噬细胞M2极化的分子机制	未涉及LINC01615在其他癌症类型中的作用及临床转化潜力	阐明外泌体lncRNA在肿瘤微环境调控中的作用机制	结直肠癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	肿瘤微环境	结直肠癌	单细胞RNA测序、RNA免疫沉淀、染色质免疫沉淀、Western blot等	NA	RNA测序数据、蛋白质印迹数据	未明确说明样本数量（涉及体外和体内实验）
197	2025-06-21	Integrated machine learning and single-cell analysis reveal the prognostic and therapeutic potential of SUMOylation-related genes in ovarian cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1577781 PMID:40534859	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞分析，揭示了SUMOylation相关基因在卵巢癌中的预后和治疗潜力	首次整合机器学习和单细胞RNA测序数据，鉴定出与卵巢癌预后和治疗相关的关键SUMOylation相关基因	研究样本主要来自TCGA-OV队列和一家医院的213名患者，可能存在样本选择偏差	探索SUMOylation及其调控因子在卵巢癌中的作用，寻找潜在的生物标志物和治疗靶点	卵巢癌患者样本和ID8小鼠模型	精准医学	卵巢癌	单细胞RNA测序、机器学习	NA	多组学数据	TCGA-OV队列和213名卵巢癌患者样本
198	2025-06-21	Cancer-associated fibroblasts in clear cell renal cell carcinoma: functional heterogeneity, tumor microenvironment crosstalk, and therapeutic opportunities 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1617968 PMID:40534854	research paper	该研究探讨了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的功能异质性、肿瘤微环境（TME）的相互作用及治疗机会	揭示了CAFs通过代谢重编程和免疫抑制网络促进ccRCC进展的新机制，并探讨了针对CAFs的新型治疗策略	CAFs的异质性和双重功能角色限制了临床转化，且缺乏特异性生物标志物	研究ccRCC中CAFs的功能异质性及其在肿瘤微环境中的作用，探索潜在的治疗策略	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤学	肾癌	单细胞测序、空间多组学技术	NA	NA	NA
199	2025-06-21	Role of CD28+ PD-1+ Tc cells in immune response and prognosis prediction in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1576193 PMID:40534863	研究论文	本研究探讨了CD28+PD-1+ Tc细胞在肝细胞癌（HCC）中的免疫反应作用和预后预测价值	首次建立了单细胞HCC转录图谱，聚焦于CD28+PD-1+ Tc细胞的细胞间通讯和轨迹分析，揭示了其在HCC中的预后意义和分子特征	样本量较小（仅10例HCC样本），且未探讨CD28+PD-1+ Tc细胞功能异常的具体分子机制	阐明CD28+PD-1+ Tc细胞在HCC中的预后意义和分子特征	肝细胞癌（HCC）组织和对应正常组织中的CD28+PD-1+ Tc细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、富集分析	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	10例HCC样本及其对应正常组织样本，共鉴定25644个T细胞
200	2025-06-21	Integrated transcriptomics and machine learning reveal REN as a dual regulator of tumor stemness and NK cell evasion in Wilms tumor progression 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1612987 PMID:40534868	research paper	该研究通过整合转录组学和机器学习技术，揭示了REN基因在Wilms肿瘤进展中作为肿瘤干性和自然杀伤细胞逃逸的双重调节因子的作用	首次发现REN基因在Wilms肿瘤中同时调控肿瘤干性和NK细胞逃逸的双重功能，并开发了新的癌症干性预后指数(CSPI)用于风险分层	研究主要基于体外实验和计算模拟，需要进一步的体内实验验证	探索Wilms肿瘤进展中肿瘤干性和免疫逃逸的分子机制	Wilms肿瘤(WT)患者样本和肿瘤细胞	digital pathology	Wilms tumor	scRNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, 分子对接模拟	machine learning	RNA-seq数据	未明确说明样本数量