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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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181 | 2025-10-05 |
Clonal dynamics shaped by diverse drug-tolerant persister states in melanoma resistance
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.16.676608
PMID:41000875
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研究论文 | 开发MeRLin平台追踪黑色素瘤靶向治疗期间克隆和转录动态,揭示药物耐受持续细胞状态导致耐药性的机制 | 整合细胞条形码、单细胞转录组学、RNA-FISH和计算分析的高分辨率谱系追踪平台,首次系统揭示黑色素瘤中四种保守的持续细胞状态 | 基于患者来源的黑色素瘤模型研究,尚未在临床患者中直接验证 | 解析黑色素瘤靶向治疗耐药机制 | 患者来源的黑色素瘤模型 | 单细胞分析 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组测序, RNA荧光原位杂交, 空间转录组学 | 计算分析模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 患者来源黑色素瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, RNA-FISH | NA | MeRLin平台整合细胞条形码、单细胞转录组学和RNA-FISH技术 |
182 | 2025-10-05 |
Integrative Spatial Omics for Systems-Level Mapping of Pathological Niches
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.12.675904
PMID:41000710
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研究论文 | 开发了一种整合空间组学的多模态分析流程,用于系统级绘制病理微环境 | 首次整合MALDI成像质谱脂质组学、空间转录组学、多重免疫荧光显微镜和组织病理学染色,实现跨分子类别的空间分子分析 | NA | 开发空间组学整合方法以揭示疾病微环境中的空间分子特征 | 阿尔茨海默病的人脑组织和2型糖尿病的人胰腺组织 | 空间组学 | 阿尔茨海默病, 2型糖尿病 | MALDI成像质谱, 空间转录组学, 多重免疫荧光显微镜, 组织病理学染色 | NA | 质谱数据, 转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 成像质谱, 多重免疫荧光 | NA | NA |
183 | 2025-10-06 |
Reference-Informed Spatial Domain Detection Using Weak Supervision for Spatial Transcriptomics
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.11.675689
PMID:41000972
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研究论文 | 提出一种参考信息引导的弱监督对比学习模型GraphScrDom,用于空间转录组数据的组织区域分割 | 首次将专家标注的空间网格/组织学图像涂鸦与参考单细胞RNA-seq数据中的细胞类型特异性基因表达谱相结合进行组织分割 | 仅使用有限的涂鸦标注,可能在某些复杂组织结构中存在分割精度限制 | 开发空间转录组数据的组织区域检测方法 | 空间转录组数据中的组织区域 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | 对比学习模型 | 空间基因表达数据,组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
184 | 2025-10-05 |
Exhausted-like effector CD8 T cells mediate immune-stromal interactions at mucosal Chronic Graft-versus-Host Disease onset
2025-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.11.675642
PMID:41000699
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了耗竭样效应CD8 T细胞在口腔黏膜慢性移植物抗宿主病发病机制中的关键作用 | 首次在口腔黏膜cGVHD发病时鉴定出两个具有耗竭样表型的CD8 T细胞亚群,并揭示了它们从炎症前耗竭状态向终末耗竭状态的转变轨迹 | 样本量有限,Treg功能受损的确切机制尚未完全阐明 | 探究慢性移植物抗宿主病的免疫发病机制 | 口腔黏膜活检组织中的免疫细胞和基质细胞 | 免疫学 | 慢性移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序,伪时间分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 在cGVHD发病时和移植后6个月收集的口腔黏膜活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
185 | 2025-10-06 |
Astrocytic glutamate regulation is shaped by adversity and glucocorticoid signalling
2025-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.24.600362
PMID:41000899
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研究论文 | 本研究通过单细胞核和空间转录组学揭示了人类皮质星形胶质细胞的多样性及其在精神疾病和逆境暴露中的分子变化 | 首次在人类中系统揭示星形胶质细胞分子多样性及其在精神疾病中谷氨酸相关突触功能的特异性改变,并证实糖皮质激素信号直接调控谷氨酸信号 | 样本数量有限,未完全阐明性别差异的机制 | 探究逆境暴露和糖皮质激素信号如何通过星形胶质细胞影响精神疾病风险 | 人类皮质星形胶质细胞、精神疾病患者、人 pluripotent stem cell 来源的星形胶质细胞模型 | 空间转录组学 | 精神疾病 | 单细胞核转录组学, 空间转录组学, 组织学定量 | 2D和3D细胞模型 | 转录组数据, 空间定位数据 | 约145,000个星形胶质细胞, 超过20,000个组织学定量星形胶质细胞 | NA | 单细胞核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
186 | 2025-10-05 |
p53 maintains lineage fidelity during lung capillary injury-repair in neonatal hyperoxia
2025-Sep-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.182880
PMID:40763040
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研究论文 | 本研究揭示了p53在新生儿高氧损伤后肺毛细血管修复过程中维持内皮细胞谱系保真性的关键作用 | 首次发现p53通过调控内皮细胞亚群动态平衡在肺毛细血管损伤修复中的关键作用,并识别出与人类BPD相关的过渡性内皮细胞状态 | 研究主要聚焦于内皮细胞,其他细胞类型在BPD中的作用可能未被充分探索 | 探究p53在新生儿高氧诱导肺损伤修复过程中的分子机制 | 新生儿高氧损伤模型中的肺毛细血管内皮细胞 | 生物医学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
187 | 2025-10-05 |
Intestinal epithelial Ceacam1 deficiency prevents steroid-refractory acute gut graft-versus-host disease
2025-Sep-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.186984
PMID:40923321
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现肠道上皮细胞CEACAM1缺失可预防类固醇难治性急性肠道移植物抗宿主病 | 首次揭示肠道上皮细胞CEACAM1在SR-Gut-aGVHD中的关键作用机制,并证明其缺失可通过调节T细胞亚群、肠道菌群和单核吞噬细胞来预防疾病 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究肠道上皮细胞CEACAM1在类固醇难治性急性肠道移植物抗宿主病发病机制中的作用 | 小鼠模型和人类样本中的肠道上皮细胞、免疫细胞及肠道菌群 | 免疫学 | 移植物抗宿主病 | 成像质谱流式细胞术,单细胞RNA测序,ATAC测序,高维流式细胞术 | NA | 图像,单细胞转录组数据,表观基因组数据,流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,多组学分析 | NA | NA |
188 | 2025-10-05 |
Single-Cell Profiling of Pediatric High-Grade Gliomas Reveals OPC-Like Subpopulations Driving Tumorigenic Lineage Transitions
2025-Sep, Pediatric discovery
DOI:10.1002/pdi3.70027
PMID:41036308
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析儿童高级别胶质瘤,揭示少突胶质前体细胞样亚群在肿瘤发生和谱系转化中的关键作用 | 首次在弥漫性中线胶质瘤中发现表达EGFR的OPC样细胞作为潜在肿瘤起源,并鉴定PDGFRA作为DMG特异性分子标志物 | 研究排除了婴儿型半球胶质瘤,样本来源和数量可能存在限制 | 探究儿童高级别胶质瘤的肿瘤微环境特征和肿瘤细胞谱系转化机制 | 儿童高级别胶质瘤肿瘤细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 下一代测序, 多重免疫荧光 | Monocle2, CytoTRACE2, SCENT, scMetabolism | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
189 | 2025-10-05 |
Delving Into the Dialogue between Epigenetic Modifications and Immunometabolism in Cancer
2025-Sep, Advanced genetics (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/ggn2.202500034
PMID:41036475
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综述 | 探讨肿瘤免疫代谢与表观遗传修饰之间的相互作用及其在肿瘤微环境中的调控机制 | 系统阐述代谢产物作为表观遗传调节因子调控免疫细胞功能的新机制 | 肿瘤微环境的细胞复杂性、动态相互作用和时空异质性对研究构成重大挑战 | 解析肿瘤免疫代谢与表观遗传修饰的对话机制,探索新兴技术在该领域的应用前景 | 肿瘤微环境中的免疫细胞及其表观遗传调控 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞测序,空间组学,人工智能 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞测序,空间组学 | NA | NA |
190 | 2025-10-05 |
Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals a Distinct Monocyte MIF/ANXA1 Signature Associated With Poor Responsiveness to ICS
2025-Sep, Allergy, asthma & immunology research
DOI:10.4168/aair.2025.17.5.658
PMID:41044838
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了与哮喘患者吸入糖皮质激素治疗反应不良相关的单核细胞MIF/ANXA1特征 | 首次在单细胞水平识别出ICS治疗反应不良哮喘患者的特异性单核细胞分子特征,发现MIF-ANXA1信号通路失调是关键免疫特征 | 样本量较小(仅16例),需要更大规模研究验证 | 探究哮喘患者对吸入糖皮质激素治疗反应差异的细胞和分子机制 | 哮喘患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 16例样本(6例健康对照,6例ICS反应者,4例ICS反应不良者) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
191 | 2025-10-05 |
Targeting Ferroptosis Restores the Antiviral Activity of CD8+ T Cells During Chronic Hepatitis B Virus Infection
2025-Aug-11, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101612
PMID:40803501
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研究论文 | 本研究揭示铁死亡是慢性乙型肝炎病毒感染中CD8+ T细胞功能失调的关键机制,并探索了靶向干预策略 | 首次发现HBV特异性CD8+ T细胞发生铁死亡,阐明棕榈酸和TGF-β1通过调控CD36和GPX4协同促进铁死亡的分子机制 | 研究主要基于患者样本分析,具体分子通路机制需要进一步验证 | 探究慢性HBV感染中CD8+ T细胞铁死亡现象及其与功能失调的关系 | 慢性乙型肝炎患者的CD8+ T细胞,特别是HBV特异性CD8+ T细胞 | 免疫学 | 乙型肝炎 | 流式细胞术、电子显微镜、单细胞RNA测序、MHC I四聚体技术 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、电子显微镜图像 | 慢性乙型肝炎患者CD8+ T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
192 | 2025-10-05 |
Snail1 as a key prognostic biomarker of cancer-associated fibroblasts in breast tumors
2025-07, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189316
PMID:40222423
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综述 | 本文总结了Snail1作为癌症相关成纤维细胞关键预后生物标志物在乳腺肿瘤中的作用 | 揭示了Snail1相关基因特征在CAFs中的预后潜力,并强调了表达Snail1的成纤维细胞的纤维化和免疫抑制作用 | 基于现有研究的综述性分析,缺乏原始实验数据验证 | 探讨CAF生物标志物在癌症预后中的价值,特别关注Snail1的作用 | 乳腺癌患者样本和小鼠模型中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
193 | 2025-10-05 |
Non-disruptive 3D profiling of combinations of epigenetic marks in single cells
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659535
PMID:40666962
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研究论文 | 开发了一种非破坏性的基于成像的单细胞空间表观遗传分析技术Epi-PHR,能够在保持基因组3D结构的同时检测多种表观遗传标记的组合 | 首次实现了在单细胞水平上同时检测多种表观遗传标记的组合,同时保持基因组的三维空间结构 | 技术仍处于开发阶段,尚未在大规模样本中验证 | 研究单细胞中表观遗传标记组合的三维空间分布及其与染色质构象的关系 | 海马体组织切片中的单细胞 | 空间组学 | NA | 表观遗传邻近杂交反应(Epi-PHR),染色质追踪 | NA | 成像数据,空间表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞空间表观遗传分析 | Epi-PHR | 表观遗传邻近杂交反应技术,能够检测数百个单基因靶点的表观遗传标记组合 |
194 | 2025-10-05 |
RetiGene, a comprehensive gene atlas for inherited retinal diseases (IRDs)
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.08.653722
PMID:40661613
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研究论文 | 开发了用于遗传性视网膜疾病的综合基因图谱RetiGene | 整合了变异数据、bulk和单细胞RNA测序数据及功能注释的专家策划基因图谱 | NA | 解决遗传性视网膜疾病基因目录不完整和更新不及时的问题 | 遗传性视网膜疾病相关基因 | 生物信息学 | 遗传性视网膜疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 功能注释数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
195 | 2025-10-05 |
Comparison of Lean, Obese, and Weight-Loss Models Reveals TREM2 Deficiency Attenuates Breast Cancer Growth Uniquely in Lean Mice and Alters Clonal T-cell Populations
2025-Apr-03, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3511
PMID:39841585
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研究论文 | 本研究通过比较瘦型、肥胖型和减重后小鼠模型,揭示TREM2缺失在瘦型小鼠中独特抑制乳腺癌生长并改变克隆性T细胞群体 | 首次证明体重历史条件影响TREM2抑制在乳腺癌中的疗效,并发现瘦型TREM2缺陷小鼠中CD8+ T细胞从耗竭状态向效应记忆状态的转变 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类临床环境中验证 | 探讨肥胖与乳腺癌关联的机制及减重潜在益处,评估TREM2缺失对不同体重状态下绝经后乳腺癌的影响 | 绝经后乳腺癌小鼠模型(瘦型、肥胖型、减重后) | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 可变-多样-连接区测序(VDJ测序) | 小鼠模型 | 基因表达数据, T细胞受体序列数据 | 多种体重状态的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
196 | 2025-10-05 |
Artificial variables help to avoid over-clustering in single-cell RNA sequencing
2025-Apr-03, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.014
PMID:40081375
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研究论文 | 提出一种名为'recall'的方法,通过引入人工变量来防止单细胞RNA测序中的过度聚类问题 | 通过控制'双重使用'数据的影响,提供了一种可应用于多种聚类算法的过度聚类保护方法 | NA | 解决单细胞RNA测序分析中过度聚类导致的误导性结果问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类算法 | 基因表达数据 | 真实数据和模拟数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
197 | 2025-10-05 |
A platform for multimodal in vivo pooled genetic screens reveals regulators of liver function
2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.18.624217
PMID:39605605
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研究论文 | 开发了一种结合成像和测序的多模态平台,用于在组织中构建大规模基因型-表型图谱 | 首次将成像与测序方法配对,能够在单个细胞中识别遗传扰动的同时测量其基因表达和亚细胞形态 | NA | 解析细胞和组织表型的遗传调控基础 | 小鼠肝脏 | 机器学习和计算生物学 | 肝脏疾病 | 单细胞测序、成像技术、遗传扰动 | 机器学习模型 | 图像、基因表达数据 | 数百个遗传扰动 | NA | 单细胞RNA测序、多模态分析 | NA | NA |
198 | 2025-10-05 |
Integrated multi-omics analysis of single-cell and spatial transcriptomics reveals distinct hpv-associated immune microenvironment features and prognostic signatures in cervical cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1612623
PMID:41035636
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学分析,揭示了HPV阳性和阴性宫颈癌免疫微环境的异质性特征并构建了预后标志物 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA测序,系统解析了不同HPV状态宫颈癌的空间免疫微环境异质性 | 样本量相对有限,需要更大规模验证研究 | 探究不同HPV状态宫颈癌的免疫微环境特征和预后标志物 | 宫颈癌患者组织样本 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光分析, Cox回归, LASSO回归 | 风险评分模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, bulk RNA测序数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA测序 | NA | NA |
199 | 2025-10-05 |
Cancer-Associated Fibroblast-Derived GDF15 Induces Oxidative Stress and Neutrophil Infiltration in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma through the PI3K/AKT/STAT3 Axis Cascade
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0901
PMID:41035818
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研究论文 | 本研究揭示了头颈部鳞状细胞癌中癌症相关成纤维细胞通过GDF15-GFRAL信号轴诱导氧化应激和中性粒细胞浸润的分子机制 | 首次发现GDF15通过PI3K/AKT/STAT3信号通路级联诱导氧化应激失衡,并通过TNF-α激活ERK1/2通路促进中性粒细胞浸润 | NA | 阐明头颈部鳞状细胞癌中肿瘤细胞与癌症相关成纤维细胞的相互作用机制 | 头颈部鳞状细胞癌肿瘤细胞、癌症相关成纤维细胞、中性粒细胞 | 癌症生物学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组测序、单细胞RNA测序、分子相互作用实验、共培养系统、基因敲低/过表达、流式细胞术、动物实验、分子动力学模拟 | NA | 转录组数据、分子相互作用数据、细胞表型数据 | NA | NA | 空间转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
200 | 2025-10-05 |
Decoding Fibroblast Heterogeneity in Osteoarthritis: Identification of a Fibrosis-Associated Subtype and Novel Diagnostic Biomarkers
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/7066432
PMID:41035938
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术识别骨关节炎中成纤维细胞的异质性,发现与纤维化相关的亚型并筛选诊断生物标志物 | 首次在骨关节炎中系统鉴定成纤维细胞亚型,发现纤维化相关亚型Fibroblast 3,并筛选出四个具有强诊断性能的生物标志物 | 研究基于公共数据库的二次分析,缺乏实验验证;样本来源和数量未明确说明 | 解析骨关节炎中成纤维细胞的异质性及其在疾病发展中的作用机制 | 骨关节炎患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序, 基因集富集分析, 伪时间轨迹分析 | Seurat, Monocle2 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |