单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-05-09	scSDNE: A semi-supervised method for inferring cell-cell interactions based on graph embedding 2025-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013027 PMID:40333631	研究论文	本文介绍了一种名为scSDNE的半监督图嵌入模型，用于推断基于配体-受体（L-R）相互作用的细胞间通讯	结合深度学习与手动整理的L-R相互作用数据库，构建了一个共享潜在空间来映射相互作用细胞中的基因，提高了细胞间相互作用推断的准确性和生物学可解释性	NA	全面理解细胞间通讯的复杂相互作用机制	细胞间通讯中的配体-受体（L-R）相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	半监督图嵌入模型（scSDNE）	基因表达数据	NA
182	2025-05-09	p63 co-opts the skin Krt8-to-Krt5 transition for enamel organ development 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637463 PMID:39990386	研究论文	本研究探讨了p63在牙釉质器官(EO)发育中的作用，特别是其在调控Krt8到Krt5转变过程中的功能	揭示了p63在牙釉质器官发育中调控Krt8到Krt5转变的机制，并发现这一机制与皮肤发育中的功能相似	研究依赖于小鼠切牙的单细胞RNA测序数据，可能不适用于其他物种或牙齿类型	阐明p63在牙釉质器官发育中的具体作用机制	小鼠切牙的牙釉质器官	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 轨迹重建, 比较转录组分析, 染色质可及性分析	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠切牙样本
183	2025-05-09	Skin organoid transplantation promotes tissue repair with scarless in frostbite 2025-Apr-18, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwae055 PMID:39363875	research paper	该研究探讨了皮肤类器官移植在促进冻伤无疤痕组织修复中的应用	首次构建了hiPSC来源的皮肤类器官结合明胶水凝胶用于冻伤治疗，并揭示了其通过调节整合素α5β1-FAK通路减少纤维化及促进生理性ECM重建的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床转化验证	开发冻伤后促进无疤痕愈合的新型治疗方法	冻伤小鼠模型及hiPSC来源的皮肤类器官	再生医学	冻伤	单细胞转录组测序	小鼠冻伤模型	基因表达数据	未明确说明实验动物数量
184	2025-05-09	The transcription factor HHEX maintains glucocorticoid levels and protects adrenals from androgen-induced lipid depletion 2025-Apr-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6248794/v1 PMID:40321776	research paper	该研究揭示了转录因子HHEX在维持肾上腺糖皮质激素水平和保护肾上腺免受雄激素诱导的脂质耗竭中的关键作用	首次发现HHEX是雄激素受体靶基因，通过抑制雌性转录程序维持肾上腺性别二态性，并保护脂滴免受雄激素诱导的脂噬作用	研究主要基于小鼠模型，人类肾上腺中的HHEX功能需要进一步验证	探究维持肾上腺皮质细胞差异响应能力的分子机制	肾上腺皮质糖皮质激素产生细胞	分子生物学	内分泌疾病	scRNA-seq	遗传小鼠模型	转录组数据	NA
185	2025-05-09	Loss of ATG7 in microglia impairs UPR, triggers ferroptosis, and weakens amyloid pathology control 2025-Apr-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230173 PMID:39945772	research paper	研究揭示了在小胶质细胞中缺失ATG7如何影响未折叠蛋白反应(UPR)、触发铁死亡，并削弱对淀粉样病理的控制	首次发现ATG7缺失导致小胶质细胞UPR减少和氧化应激增加，进而引发铁死亡，影响Aβ斑块的控制	研究主要基于AD小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	探究ATG7在小胶质细胞中对Aβ斑块控制及细胞死亡机制的影响	AD小鼠模型中的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病(AD)	单细胞RNA测序、生化分析、免疫荧光分析	AD小鼠模型	基因表达数据、生化数据、图像数据	AD小鼠模型中的小胶质细胞
186	2025-05-09	Integrating single-cell sequencing and machine learning to uncover the role of mitophagy in subtyping and prognosis of esophageal cancer 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02061-1 PMID:39948301	研究论文	该研究通过整合单细胞测序和机器学习技术，探讨了线粒体自噬相关基因在食管癌亚型分型和预后中的作用	首次结合单细胞测序和机器学习方法分析食管癌中线粒体自噬相关基因的预后价值，并发现两个核心基因HSPD1和MAP1LC3B	研究结果需要更多独立队列验证，分子机制研究仍需深入	探索线粒体自噬相关基因在食管癌分子分型和预后预测中的作用	食管癌患者及其相关基因表达数据	数字病理学	食管癌	RNA-seq, 单细胞测序	LASSO回归, Random Forest, XGBoost	基因表达数据	TCGA数据库中的食管癌样本及两个外部验证队列
187	2025-05-09	The development and potent antitumor efficacy of CD44/CD133 dual-targeting IL7Rα-armored CAR-T cells against glioblastoma 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217541 PMID:39952598	研究论文	开发了一种针对CD44和CD133的双靶向IL7Rα装甲CAR-T细胞，用于治疗胶质母细胞瘤	首次开发了针对CD44和CD133的双靶向CAR-T细胞，并加入了IL7Rα装甲，增强了抗肿瘤效果	研究仍处于临床前阶段，尚未进行人体试验	开发一种新型CAR-T细胞疗法，以克服胶质母细胞瘤的肿瘤异质性和免疫抑制微环境	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）、患者样本、颅内异种移植模型、患者来源的异种移植模型和胶质母细胞瘤类器官（GBOs）	免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	CAR-T细胞	测序数据、细胞表型数据	患者来源的GSCs、异种移植模型和GBOs
188	2025-05-09	X-scPAE: An explainable deep learning model for embryonic lineage allocation prediction based on single-cell transcriptomics revealing key genes in embryonic cell development 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109787 PMID:39946788	research paper	介绍了一种基于单细胞转录组学的可解释深度学习模型X-scPAE，用于预测胚胎细胞谱系分配并识别关键基因	结合PCA和注意力机制的自编码器模型，利用CGA算法解释基因表达差异，显著提高了预测准确性	未提及模型在其他物种或更广泛细胞类型中的适用性	理解细胞分化过程并减少人类早期妊娠流产	人类和小鼠的单细胞转录组数据	machine learning	NA	single-cell transcriptomics	PCA-based deep learning attention autoencoder (X-scPAE)	gene expression data	NA
189	2025-05-09	Positive Prognostic Overall Survival Impacts of Methylated TGFB2 and MGMT in Adult Glioblastoma Patients 2025-Mar-27, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17071122 PMID:40338274	research paper	该研究探讨了TGFB2和MGMT基因甲基化对成人胶质母细胞瘤患者总生存期的积极影响	研究发现TGFB2和MGMT基因甲基化水平高，尤其是对年轻成年男性患者的总生存期有显著改善	研究仅基于TCGA数据集，未涉及其他独立队列验证	评估TGFB2和MGMT基因甲基化对胶质母细胞瘤患者预后的影响	成人胶质母细胞瘤患者	digital pathology	glioblastoma	methylation sequencing, RNA-seq	multivariate Cox proportional hazards model	genomic data, RNA-seq data	TCGA数据集中的胶质母细胞瘤患者
190	2025-05-09	Upregulation of LSP1 in AML cells enhances AML resistance to sorafenib and promotes apoptosis in CD8+ T cells 2025-Mar-26, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114255 PMID:39952006	研究论文	本研究通过RNA-seq分析识别了急性髓系白血病(AML)中的两种免疫相关亚型，并发现LSP1作为AML患者的重要预后标志物，影响索拉非尼的敏感性及CD8+ T细胞功能	首次揭示LSP1作为AML免疫相关标志物，与患者预后、临床特征及索拉非尼敏感性显著相关，并影响CD8+ T细胞功能	研究主要基于RNA-seq和scRNA-seq数据分析，缺乏体内实验验证	探索AML肿瘤微环境中的免疫抑制机制并寻找新的免疫治疗靶点	急性髓系白血病(AML)患者样本及CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	急性髓系白血病	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但包含AML患者分组(Cluster 1和Cluster 2)
191	2025-05-09	Protocol to recover single-cell gene expression profiles from spatial transcriptomics data using cluster computing 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103636 PMID:39946238	研究论文	提出了一种名为scResolve的计算协议，用于从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱	开发了scResolve协议，利用集群计算环境加速数据处理，实现从多细胞分辨率数据中恢复单细胞基因表达谱	未提及具体性能指标或与其他方法的比较	解决空间转录组技术在单细胞分辨率分析上的限制	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	NA	基因表达数据	NA
192	2025-05-09	PbImpute: Precise Zero Discrimination and Balanced Imputation in Single-Cell RNA Sequencing Data 2025-Mar-10, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.4c02125 PMID:39957720	研究论文	提出了一种名为PbImpute的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中精确区分和平衡填充零值	PbImpute通过结合零膨胀负二项分布模型与静态和动态修复机制，实现了在技术性丢失和生物零值之间的最优平衡	未明确提及具体限制，但可能依赖于数据质量和初始参数设置	解决单细胞RNA测序数据中的零值问题，提高下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	ZINB, 图嵌入神经网络	基因表达数据	模拟和真实的scRNA-seq数据集（如PBMC）
193	2025-05-09	Single-cell copy number calling and event history reconstruction 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf072 PMID:39946094	research paper	开发了一种名为SCICoNE的统计模型和MCMC算法，用于从浅层全基因组DNA测序数据中进行单细胞拷贝数分析	SCICoNE能够重建肿瘤中拷贝数事件的历史，并利用这些进化关系识别单个细胞的拷贝数谱	仅在模拟数据和两种乳腺癌样本上进行了评估，样本量有限	开发精确的癌症诊断和治疗方法	单细胞拷贝数变异	基因组学	乳腺癌	单细胞测序，浅层全基因组DNA测序	MCMC算法	DNA测序数据	两个乳腺癌样本
194	2025-05-09	GCLink: a graph contrastive link prediction framework for gene regulatory network inference 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf074 PMID:39960893	research paper	提出了一种名为GCLink的图对比链接预测框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	引入图对比学习策略，整合基因的特征和邻域信息以学习其表示，减少对样本量的依赖并提升预测潜在基因调控相互作用的能力	未明确提及具体局限性，但可能依赖于已知基因调控相互作用的质量和数量	开发一种新的方法来更准确地推断基因调控网络，特别是在样本量有限的情况下	基因调控网络（GRNs）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	GCLink（图对比链接预测模型）	基因表达数据	未明确提及具体样本量，但实验基于真实scRNA-seq数据集
195	2025-05-09	Targeting enteric glial CRF-R1/Cx43 attenuates stress-induced accelerated colonic motility 2025-Mar, Journal of pharmacological sciences IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.jphs.2025.01.009 PMID:39929591	研究论文	本研究探讨了肠神经胶质细胞中的CRF-R1/Cx43在应激诱导的结肠运动加速中的作用	首次揭示了肠神经胶质细胞中CRF-R1的表达及其通过Cx43激活在应激诱导结肠运动反应中的机制	研究仅使用雄性C57BL/6小鼠，未考虑性别差异或其他品系动物的反应	阐明应激诱导结肠运动加速的分子机制	肠神经胶质细胞(EGCs)及其CRF-R1/Cx43信号通路	神经胃肠病学	胃肠功能紊乱	免疫荧光、单细胞RNA测序	小鼠应激模型	分子表达数据、运动功能数据	雄性C57BL/6小鼠(具体数量未说明)
196	2025-05-09	Leveraging prior knowledge to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-sequencing data 2025-Mar, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-025-00088-3 PMID:39939367	综述	本文探讨了如何利用先验知识从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络，以提高网络的可靠性	提出整合先验知识的方法来增强基因调控网络推断的可靠性，并提出了标准化的基准测试框架	未提及具体实验验证或实际应用效果	提高从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络的准确性	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
197	2025-05-09	Sciatic nerve stimulation enhances NK cell cytotoxicity through dopamine signaling and synergizes immunotherapy in triple-negative breast cancer 2025-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2025.101212 PMID:39951881	研究论文	研究探讨了坐骨神经刺激通过多巴胺信号增强NK细胞毒性，并与免疫疗法协同作用治疗三阴性乳腺癌的效果	首次揭示了坐骨神经刺激通过D1样多巴胺受体-cAMP-PKA-CREB信号通路增强NK细胞毒性，并与抗PD-1疗法协同抑制肿瘤生长	研究仅在TNBC小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究坐骨神经刺激对三阴性乳腺癌抗肿瘤免疫反应及免疫疗法效果的影响	三阴性乳腺癌小鼠模型	癌症免疫治疗	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、免疫细胞表型数据	未明确说明具体样本量，使用4T1肿瘤模型小鼠
198	2025-05-09	An international perspective on the future of systemic sclerosis research 2025-Mar, Nature reviews. Rheumatology DOI:10.1038/s41584-024-01217-2 PMID:39953141	review	本文综述了系统性硬化症（SSc）研究的国际视角，探讨了当前挑战、最新进展及未来方向	整合单细胞RNA测序、空间生物学、人工智能等前沿技术探索SSc早期发病机制	缺乏经过验证的生物标志物和可靠的动物模型，疾病分类和临床异质性带来挑战	推动系统性硬化症的机制理解并开发个性化治疗方案	系统性硬化症的发病机制、诊断方法和治疗策略	医学研究	系统性硬化症（系统性自身免疫病）	单细胞RNA测序、二代测序、空间生物学、转录组学、基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组分析、人工智能	NA	多组学数据	NA
199	2025-05-09	TCL1A in naïve B cells as a therapeutic target for type 1 diabetes 2025-Mar, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105593 PMID:39946833	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术等方法，探讨了T1D患者中B细胞的作用，并开发了一种靶向TCL1A的siRNA纳米药物用于治疗T1D	发现T1D早期患者中naïve B细胞数量增加且TCL1A表达上调，开发了靶向Tcl1a mRNA的siRNA纳米药物，有效减少naïve B细胞数量并改善T1D小鼠的葡萄糖不耐受	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探讨B细胞在T1D发病机制中的作用，并开发新的治疗方法	T1D患者、NOD小鼠及健康对照	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、磷酸化蛋白微阵列分析	siRNA纳米药物	RNA序列数据、蛋白质磷酸化数据	新诊断的T1D患者、相对对照及年龄匹配的健康对照
200	2025-05-09	Spatial profiling of the interplay between cell type- and vision-dependent transcriptomic programs in the visual cortex 2025-Feb-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421022122 PMID:39946537	research paper	研究探讨了视觉经验对初级视觉皮层L2/3细胞类型空间组织和转录组程序的影响	应用多任务理论揭示了L2/3细胞类型的空间分区与基因表达谱的连续性之间的关系，并描述了视觉剥夺引起的两种独立基因程序	研究仅关注了L2/3细胞类型，未涉及其他皮层细胞类型	探究早期视觉经验对哺乳动物新皮层神经元细胞类型组织和转录组程序的影响	初级视觉皮层(V1)的L2/3细胞类型	神经科学	NA	空间转录组分析、单核RNA测序	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量