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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2026-06-10 |
Reference-informed spatial domain detection using weak supervision for spatial transcriptomics
2026-Jun-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281260.125
PMID:42236081
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研究论文 | 提出一种名为GraphScrDom的弱监督对比学习模型,整合参考单细胞RNA-seq数据和专家注释,用于空间转录组数据的组织分割 | 首次将参考信息与弱监督对比学习结合,仅需少量涂鸦注释即可实现空间域检测 | 依赖参考单细胞RNA-seq数据的质量,且涂鸦注释仍需专家参与 | 开发一种通用且稳健的空间转录组组织分割方法 | 空间转录组数据中的组织区域 | 机器学习 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | 对比学习模型 | 空间转录组数据、单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 182 | 2026-06-10 |
Modulation of intestinal bile acids influences colonic mucosal responses
2026-Jun-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-55206-4
PMID:42236792
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研究论文 | 研究肠道胆汁酸调节对结肠黏膜反应的影响 | 首次通过单细胞RNA测序结合靶向定植小鼠和人类活检样本,详细解析次级胆汁酸(尤其是DCA)对结肠上皮细胞类型和功能的影响 | 未提及 | 确定肠道上皮对胆汁酸调节的体内和原位反应 | 小鼠结肠上皮细胞及人类结肠组织活检样本 | 转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、免疫染色 | NA | 基因表达数据、图像 | 定植小鼠(具体数量未明确)及人类活检样本(包括观察性队列和干预研究) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于scRNA-Seq |
| 183 | 2026-06-10 |
IL-22 promotes genesis of small intestinal secretory cells that protect against cholera in mice
2026-Jun-03, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-026-02375-7
PMID:42236988
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示IL-22促进小肠分泌细胞生成以保护小鼠免受霍乱弧菌感染 | 首次通过单细胞RNA测序技术系统描绘了IL-22Fc预防治疗对婴儿小鼠小肠上皮和免疫细胞基因表达谱的影响,并揭示了IL-22通过促进抗菌蛋白Reg3β和黏液分泌细胞来限制霍乱弧菌定植的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,结论向人类的转化仍需验证;IL-22Fc的预防性治疗策略在临床中的应用尚需进一步评估 | 阐明白介素-22在小肠先天免疫防御霍乱弧菌感染中的作用机制 | 婴儿小鼠和霍乱弧菌 | 单细胞转录组学 | 霍乱 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 婴儿小鼠小肠上皮和免疫细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 184 | 2026-06-10 |
Modeling the role of urokinase-type plasminogen activator, uPA, and circulating cancer-associated fibroblasts (cCAFs) in breast cancer cell extravasation
2026-Jun-03, Clinical & experimental metastasis
IF:4.2Q2
DOI:10.1007/s10585-026-10411-3
PMID:42234219
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研究论文 | 探讨尿激酶型纤溶酶原激活物(uPA)和循环肿瘤相关成纤维细胞(cCAFs)在乳腺癌细胞外渗中的作用 | 首次揭示cCAFs通过与三阴性乳腺癌细胞共簇上调PLAU/uPA表达,促进癌细胞从毛细血管后微静脉外渗至肺实质 | 基于小鼠尾静脉注射模型,可能无法完全模拟人类乳腺癌转移的微环境;体外实验使用HUVEC细胞,与肺毛细血管内皮细胞存在差异 | 阐明循环肿瘤相关成纤维细胞如何促进乳腺癌细胞外渗的分子机制 | 三阴性乳腺癌MDA-MB231细胞和CAF23成纤维细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用MDA-MB231细胞和CAF23细胞系,具体样本量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 185 | 2026-06-10 |
Cucurbitacin B targets PPAT to suppress de novo purine biosynthesis in esophageal squamous cell carcinoma
2026-Jun-03, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2026.158362
PMID:42259163
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研究论文 | 本研究揭示葫芦素B通过靶向PPAT抑制食管鳞状细胞癌中从头嘌呤生物合成途径,从而抑制肿瘤生长并增强放射治疗疗效 | 首次发现葫芦素B通过TRIM38介导的泛素化降解PPAT,抑制从头嘌呤生物合成通路,并证实其作为放射增敏剂的潜力 | NA | 阐明PPAT在食管鳞状细胞癌进展中的作用及靶向PPAT的治疗潜力 | 食管鳞状细胞癌 | NA | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、非靶向代谢组学、基于结构的虚拟筛选、分子对接、pull-down、CETSA、泛素化分析 | NA | 细胞、动物模型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 186 | 2026-06-10 |
scMEDAL: interpretable single-cell transcriptomics analysis with batch effect visualization via deep mixed-effects autoencoder
2026-Jun-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72666-4
PMID:42230590
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研究论文 | 提出scMEDAL框架,通过深度混合效应自编码器可视化并建模单细胞转录组测序中的批次效应 | 首次设计随机效应贝叶斯自编码器(scMEDAL-RE),独立分离批次不变与批次特异性效应,并保留通常被标准校正方法丢弃的生物信息 | 未明确讨论计算复杂度或对超大规模的扩展性 | 开发一种可解释的批次效应建模方法,以保留与批次混杂的生物信号并提高疾病状态预测能力 | 来自自闭症、白血病和心血管疾病的单细胞转录组数据 | 机器学习 | 自闭症、白血病、心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度混合效应自编码器、贝叶斯自编码器 | 单细胞转录组表达数据 | 涉及多种疾病(自闭症、白血病、心血管疾病)及不同细胞类型的技术和生物效应 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 187 | 2026-06-10 |
Multiscale hyperbolic embedding reveals hierarchical structure in complex biological systems
2026-Jun-02, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-026-00725-z
PMID:42230656
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研究论文 | 提出多尺度双曲嵌入算法MuH-MDS,用于揭示复杂生物系统中的层次结构,提升计算效率和全局结构保留能力 | 通过绝热优化策略实现多尺度双曲多维缩放,显著加速计算(10倍)并扩展至8万样本数据集,同时保留局部细节与全局层次结构 | 未提及具体限制,可能涉及对超参数敏感或泛化性需进一步验证 | 开发一种可扩展且保真的双曲嵌入方法,用于分析复杂生物系统的层级组织 | 复杂生物系统(如线虫胚胎发生单细胞RNA-seq数据)的层级结构和生物学关系 | 机器学习和生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多尺度双曲多维缩放(MuH-MDS) | 单细胞基因表达数据 | 包含超过80,000个样本的scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 188 | 2026-06-10 |
Distinct transcription factors control tissue adaptation and effector function in infant and adult memory T cells
2026-Jun-02, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-026-02535-1
PMID:42230957
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序等技术,研究婴幼儿与成人记忆T细胞在组织适应和效应功能上的差异,发现HELIOS和KLF6是关键转录调控因子 | 首次揭示HELIOS (IKZF2) 作为婴幼儿特异性转录程序的关键调控因子,限制CCL5效应记忆T细胞的效应功能,并发现KLF6在成人组织中的调控作用 | 未提及具体局限性 | 探究人类记忆T细胞功能调控的年龄依赖性机制,特别是婴幼儿与成人记忆T细胞差异的分子基础 | 来自婴幼儿(2-9个月)和成人(40-63岁)器官捐献者的淋巴组织和粘膜组织中的T细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,ATAC测序,CRISPR-Cas9基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据,单核转录组数据,染色质可及性数据 | 婴幼儿(2-9个月)和成人(40-63岁)器官捐献者样本 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,ATAC测序 | NA | NA |
| 189 | 2026-06-10 |
Copper nanoregulator with organelle-level precision reprograms COMMD1-Mediated copper homeostasis for myocardial infarction repair
2026-Jun-02, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学、临床样本和动物模型,发现心肌梗死中铜稳态的负调控因子COMMD1,并构建pH响应性铜纳米调节剂Qu@Cu-SS31,通过线粒体靶向释放铜离子,调节COMMD1-Cu-ROS轴,抑制细胞焦亡和凋亡,促进心肌修复 | 首次鉴定出COMMD1作为心肌梗死中铜稳态的负调控因子,并开发出具有细胞器级别精度的铜纳米调节剂,实现线粒体靶向和pH响应性铜释放,建立了新的铜稳态调控策略 | NA | 研究铜稳态失调在心肌梗死中的作用机制,并开发靶向线粒体的铜纳米调节剂以促进心肌修复 | 心肌梗死小鼠模型、临床样本、缺血性心肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠心肌梗死模型、临床样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 190 | 2026-06-10 |
The splenic norepinephrine-β2-adrenergic receptor axis aggravates sepsis-associated acute kidney injury via neutrophil-mediated immunosuppression
2026-Jun, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2026.01.024
PMID:41724376
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研究论文 | 本文揭示了脾脏去甲肾上腺素-β2肾上腺素能受体轴通过调控中性粒细胞介导的免疫抑制,加重脓毒症相关性急性肾损伤的作用机制 | 首次阐明脾脏NE/β2-AR信号轴通过cAMP反应元件结合蛋白通路增强中性粒细胞前列腺素E2合成,从而抑制Th1细胞活化,加重局部感染和肾损伤的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,其临床转化价值尚需进一步验证;未明确NE/β2-AR信号在人类SA-AKI中的具体调控差异 | 探究脾脏NE/β2-AR信号轴在脓毒症相关性急性肾损伤中的作用机制 | 脓毒症相关性急性肾损伤小鼠模型 | 机器学习 | 脓毒症相关性急性肾损伤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型(具体样本量未提供) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 191 | 2026-06-10 |
Immunomodulatory strategies and targeted delivery systems in atherosclerosis therapy
2026-Jun, Expert opinion on drug delivery
IF:5.0Q1
DOI:10.1080/17425247.2026.2636761
PMID:41729255
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综述 | 本文综述了动脉粥样硬化免疫调节策略与靶向递送系统的最新进展,涵盖了从非特异性免疫抑制向精准干预的转变,以及纳米递送系统的演变 | 提出了免疫调节策略从广谱免疫抑制向亚群特异性精准干预(如靶向线粒体分裂DRP1、ANGPTL3、表观遗传调节因子SET7)的转变,以及纳米递送系统从单配体靶向向智能化仿生平台(如VLA-4/VCAM-1双靶向、ROS响应性释放)的演进 | 斑块穿透性欠佳、肝纳米载体蓄积风险以及系统性免疫抑制风险仍存在重大挑战 | 总结动脉粥样硬化免疫病理学与靶向纳米药物的研究现状,并展望未来发展方向 | 动脉粥样硬化免疫病理机制及靶向纳米递送系统 | 机器学习 | 心血管疾病 | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 192 | 2026-06-10 |
Oncolytic zika virus therapy leverages CCR2+ monocytes to boost anti-glioblastoma T cell responses
2026-Jun-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noag037
PMID:41729934
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研究论文 | 研究溶瘤寨卡病毒如何通过CCR2+单核细胞增强抗胶质母细胞瘤的CD8+ T细胞免疫反应 | 首次揭示溶瘤寨卡病毒通过激活和招募CCR2+单核细胞来增强抗肿瘤CD8+ T细胞反应的机制,强调了单核细胞-T细胞互作在克服胶质母细胞瘤免疫抑制中的治疗潜力 | 未明确提及,但从背景看可能存在样本量、模型类型或长期疗效评估方面的限制 | 探究溶瘤寨卡病毒治疗胶质母细胞瘤时,单核细胞在增强CD8+ T细胞反应中的作用机制 | 胶质母细胞瘤小鼠模型及其肿瘤微环境中的CCR2+单核细胞和CD8+ T细胞 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确提及样本数量,但使用了同基因免疫活性小鼠胶质母细胞瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 193 | 2026-06-10 |
DNA methylation profiling reveals a novel subtype harboring IDH mutation in H3-altered gliomas
2026-Jun-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noag054
PMID:41832962
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研究论文 | 通过DNA甲基化谱分析在H3突变胶质瘤中发现一种携带IDH突变的新亚型 | 首次通过全基因组DNA甲基化分析定义H3突变胶质瘤的四种甲基化亚型,并发现一种同时携带IDH和H3突变的新亚型IDH/H3_comut,该亚型具有良好的预后 | 样本量相对较小(49例代表性病例),且主要基于回顾性队列,需要更大规模和多中心验证 | 重新定义H3突变胶质瘤的表观遗传学分类,揭示其分子异质性和临床多样性 | H3突变的胶质瘤患者,包括H3K27M和H3G34R/V突变类型 | 机器学习,数字病理学 | 神经胶质瘤 | 全基因组DNA甲基化测序,单细胞RNA-seq,ChIP-seq,空间转录组学 | 无监督聚类,单细胞转录组分析 | DNA甲基化数据,单细胞转录组数据,空间转录组数据,ChIP-seq数据 | 来自375例H3突变胶质瘤临床队列中的49例代表性病例,以及TCGA数据 | Illumina | 单细胞RNA测序,空间转录组学,全基因组甲基化测序 | NA | NA |
| 194 | 2026-06-10 |
RENAL-CHIP: Rejection Evaluation via Non-Invasive Analysis of Circulating Podocytes With Herringbone-Chip Isolation Platform
2026-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202520426
PMID:41849694
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研究论文 | 提出一种利用磁性鱼骨微流控芯片从血液中分离循环足细胞,实现非侵入性监测肾移植排斥反应的方法 | 首次将供体来源的循环足细胞作为急性排斥反应的血液标志物,并开发磁性可逆鱼骨微流控芯片实现高效捕获与释放 | 样本量较小(65名参与者),且仅验证了活检确诊排斥反应患者;循环足细胞分离依赖EpCAM抗体,可能遗漏其他表型细胞 | 开发一种非侵入性、精准的肾移植排斥反应诊断方法 | 肾移植受者外周血中的循环足细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交, 微流控芯片 | NA | 图像, 基因表达数据 | 65名参与者,其中移植排斥反应患者提供1 mL外周血样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 195 | 2026-06-10 |
scResponse: A Rank-Based Method for Identifying Cell States That Contribute to Immunotherapy Response by Single-Cell Data
2026-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202524397
PMID:41869876
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研究论文 | 提出了一种基于排序的方法scResponse,通过单细胞数据识别影响免疫治疗反应的细胞状态 | 首次从单细胞分辨率出发,以排序方式定量评估不同细胞亚型和状态对免疫治疗疗效的贡献,并整合跨癌症分析发现关键代谢通路作用 | 作为概念验证,虽然实验验证了乙醛酸和视黄醇代谢的相反作用,但对其他新发现通路的机制验证尚不充分,且算法在不同数据集上的泛化性需要更多测试 | 开发一种可靠的算法,在单细胞水平上评估免疫治疗疗效,发现影响治疗反应的细胞状态和分子机制 | 免疫治疗前后肿瘤微环境中的多种细胞类型,包括血管细胞、巨噬细胞、CD8 T细胞、成纤维细胞和肿瘤细胞 | 机器学习 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 基于排名的统计模型 | 单细胞转录组数据 | 跨多种癌症类型的多个单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 196 | 2026-06-10 |
A single-cell atlas of the human airways from patients with allergic rhinitis comorbid with asthma
2026-Jun, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology
DOI:10.1016/j.anai.2026.03.013
PMID:41887463
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序分析过敏性鼻炎合并哮喘患者上下气道上皮细胞的分子特征和转录变化 | 首次在特定且明确的微解剖区域收集过敏性鼻炎合并哮喘患者的鼻腔和支气管刷洗细胞进行单细胞RNA分析,揭示上下气道共享的基因表达改变和细胞间通讯变化 | 未明确提及研究局限性,但样本量相对较小(未提供具体数字)以及仅涉及体外实验验证GZMA-PARD3通路 | 通过单细胞RNA分析探究过敏性鼻炎合并哮喘患者上下气道中细胞群体分布和转录变化 | 过敏性鼻炎合并哮喘患者和健康志愿者的鼻腔和支气管刷洗细胞 | 单细胞基因组学 | 过敏性鼻炎合并哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 过敏性鼻炎合并哮喘患者和健康志愿者的鼻腔和支气管刷洗细胞(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 197 | 2026-06-10 |
Identification of rheumatoid arthritis manganese metabolism-related diagnostic biomarkers through bulk and single-cell RNA sequencing analysis
2026-Jun, Clinical rheumatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1007/s10067-026-08081-3
PMID:41913032
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研究论文 | 通过批量与单细胞RNA测序分析鉴定类风湿关节炎锰代谢相关诊断生物标志物 | 首次系统探索锰代谢失调与RA发病机制之间的关联,结合整合组学分析揭示了细胞组成和通讯变化,并鉴定出5个锰代谢相关基因作为高准确率诊断标志物 | 未提及具体局限性 | 探索锰代谢失调在类风湿关节炎发病机制中的作用,并识别诊断性生物标志物 | 类风湿关节炎患者 | 机器学习 | 类风湿关节炎 | RNA测序 | LASSO, SVM, RF | 基因表达数据 | NA | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 198 | 2026-06-10 |
Deep single-cell decoding of human pancreatic islets reveals T2D β-cell gene expression defects
2026-Jun, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-026-00744-w
PMID:41986506
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research paper | 对人类胰岛进行单细胞转录组深度解码,揭示2型糖尿病β细胞基因表达缺陷 | 首次在单细胞水平上对非糖尿病、前驱糖尿病和2型糖尿病患者的大规模胰岛细胞进行转录组分析,鉴定出14种细胞类型,并发现T2D相关基因与β细胞衰老亚群增加有关 | 样本量相对有限(48个供体),功能验证主要基于多模态方法但可能不足以完全确认因果关系 | 研究人类胰岛细胞在2型糖尿病中的特异性表达变化及其对病理生理的贡献 | 非糖尿病、前驱糖尿病和2型糖尿病患者的胰岛细胞 | machine learning | type 2 diabetes | single-cell RNA-seq | NA | gene expression data | 48个供体(非糖尿病、前驱糖尿病和2型糖尿病),总共245,878个细胞 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 199 | 2026-06-10 |
Spatial and single-cell characterization of human glioblastoma tumor microenvironment reveals malignant cellular communities
2026-Jun, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-026-02265-5
PMID:41992007
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研究论文 | 通过整合多组学数据,揭示了胶质母细胞瘤肿瘤微环境中四种恶性细胞群落的空间组织和细胞间通讯特征 | 首次结合空间转录组学、单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和区域测序技术,系统描绘了胶质母细胞瘤的恶性细胞群落及其微环境的空间异质性,并鉴定了两种间充质样肿瘤细胞亚群及其与不同细胞类型的共定位和相互作用 | 未提及 | 揭示胶质母细胞瘤肿瘤微环境的复杂细胞和空间组织,以改进诊断和治疗 | 100名患者的原发胶质母细胞瘤组织样本 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、区域测序 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 100名患者的121个空间转录组样本、单细胞RNA测序样本、单细胞ATAC测序样本和区域测序样本 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 200 | 2026-06-10 |
Integrated multi-dimensional analyses reveal a BTN3A2-centered diagnostic risk score and a monocyte-T cell axis as central drivers of dermatomyositis
2026-Jun, Clinical rheumatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1007/s10067-026-08143-6
PMID:42062698
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research paper | 通过整合多组学数据构建了以BTN3A2为中心的皮肌炎诊断风险模型,并揭示了单核细胞-T细胞轴在疾病发病机制中的核心作用 | 首次将BTN3A2同时作为诊断标志物和因果相关基因,结合多组学数据构建了高精度诊断风险模型,并发现单核细胞来源的LGALS9-CD44/CD45信号轴是连接遗传风险与免疫功能障碍的关键机制 | 研究主要基于公开数据集,缺乏独立的前瞻性队列验证;单细胞RNA-seq分析仅来自一个数据集,样本量可能有限;因果推断仍依赖孟德尔随机化,需要进一步功能实验验证 | 构建高精度皮肌炎诊断风险模型,识别因果相关基因,并揭示细胞类型特异性免疫回路 | 皮肌炎患者的外周血和组织样本 | machine learning | dermatomyositis | RNA-seq, single-cell RNA-seq | LASSO | transcriptomic data | 三个批量转录组数据集和一个单细胞RNA-seq数据集(GSE190684) | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |