单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-08-09	Immunotherapy enhances the risk of tumor oxidative stress and metastasis in lung cancer with radiation pneumonitis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1629170 PMID:40777001	研究论文	本研究探讨了放射性肺炎（RP）对肺癌免疫治疗的影响及其生物学机制，发现免疫治疗在RP背景下增强了肺癌的肝转移，并揭示了RP与免疫治疗协同加剧脂质代谢失调和氧化应激的机制	揭示了RP不仅是毒性反应，而且是肿瘤-免疫-代谢景观的主动调节者，阐明了免疫治疗耐药的新机制	研究主要基于小鼠模型和单中心临床数据，可能需要在更大规模的人类队列中进行验证	探讨放射性肺炎对肺癌免疫治疗的影响及其生物学机制	放射性肺炎和原位肺癌的小鼠模型，以及多中心肺腺癌队列的临床数据	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据和临床数据	多中心肺腺癌队列（具体样本量未明确说明）
182	2025-08-09	Themis differentially regulates T follicular helper cell differentiation during early and late stages of chronic viral infection 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1638178 PMID:40777021	研究论文	本研究探讨了Themis在慢性病毒感染早期和晚期对T滤泡辅助细胞（TFH）分化的差异性调控作用	揭示了Themis在慢性病毒感染不同阶段对TFH细胞分化的双重调控作用，早期促进分化而晚期抑制分化	研究仅限于LCMV感染模型，未涉及其他慢性病毒感染情况	阐明Themis在慢性病毒感染过程中对CD4⁺ T细胞分化为TFH细胞的调控机制	野生型和Themis条件性敲除小鼠的CD4⁺ T细胞	免疫学	慢性病毒感染	流式细胞术、组织学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、细胞表型数据	使用野生型和Themis条件性敲除小鼠模型
183	2025-08-09	Revolutionizing cervical cancer treatment: single-cell sequencing of TSPAN1+ tumor EPCs and immune checkpoints to assess drug sensitivity and optimize therapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1574174 PMID:40777026	研究论文	本研究利用多组学和单细胞测序技术探索宫颈癌的免疫景观、细胞异质性和药物敏感性，重点关注肿瘤亚型及其与免疫细胞的相互作用，以理解治疗反应	通过单细胞测序识别了宫颈癌中不同的肿瘤上皮细胞亚型，并探索了它们在肿瘤进展、免疫逃逸和治疗反应中的作用，强调了肿瘤上皮细胞作为预后生物标志物和个性化治疗靶点的潜力	NA	理解宫颈癌肿瘤微环境的免疫景观和细胞异质性，优化治疗策略	宫颈癌肿瘤微环境中的肿瘤上皮细胞和免疫细胞	数字病理学	宫颈癌	多组学和单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
184	2025-08-09	Blood samples collected under anesthesia can be used as a source of non-diseased controls for immune-based assays 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618080 PMID:40777034	研究论文	探讨在全身麻醉下采集的血液样本是否可作为健康儿童免疫检测的非疾病对照	首次评估吸入麻醉诱导对儿童免疫系统组成和转录谱的影响，并验证其作为实验对照的适用性	研究仅针对特定麻醉组合（一氧化二氮和七氟醚）的影响，未涵盖其他麻醉方案	解决健康儿童年龄匹配对照招募的伦理和实践挑战	接受择期牙科手术的儿童	免疫学	NA	多参数流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序（10x Genomics平台）	NA	血液样本的免疫细胞组成和转录数据	未明确说明样本量，但涉及择期牙科手术儿童的血样分析
185	2025-08-09	Single-cell sequencing combined with machine learning to identify glioma biomarkers and therapeutic targets 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1629102 PMID:40777122	研究论文	本研究利用单细胞测序数据和机器学习技术探索胶质瘤异质性，并鉴定与胶质母细胞瘤复发相关的关键生物标志物	结合单细胞测序和机器学习方法构建了基于分化相关基因的预后模型，并首次报道了泛素化在胶质母细胞瘤中的重要作用	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	探索胶质瘤异质性并鉴定关键生物标志物和治疗靶点	胶质瘤组织和细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序，RNA-seq	LASSO，SVM-RFE	转录组数据	来自GEO和TCGA数据库的多组数据集(GSE159416，GSE159605，GSE186057)
186	2025-08-09	Dual Roles of SIRT7 Inhibition by Oroxylin A Reprogram HSCs Fate: PRMT5 Succinylation-Driven Senescence and Ecto-Calreticulin-Dependent NK Cell Immune Clearance in Liver Fibrosis 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0808 PMID:40777599	research paper	该研究揭示了Oroxylin A通过抑制SIRT7的双重作用，重编程肝星状细胞命运，从而在肝纤维化中发挥治疗作用	发现Oroxylin A通过抑制SIRT7的双重作用，协调PRMT5降解介导的细胞衰老和ecto-CRT依赖的NK细胞免疫清除HSCs的新机制	研究未探讨SIRT7抑制对其他细胞类型的影响，且酶活性非依赖性机制尚未完全阐明	探索肝纤维化治疗新靶点及机制	肝星状细胞(HSCs)	分子病理学	肝纤维化	单细胞转录组测序、Western blotting、免疫荧光、共免疫沉淀	NA	转录组数据、蛋白质数据	人类样本、动物模型和原代培养细胞
187	2025-08-09	PCLDA: An interpretable cell annotation tool for single-cell RNA-sequencing data based on simple statistical methods 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.07.019 PMID:40778314	研究论文	提出了一种基于简单统计方法的单细胞RNA测序数据注释工具PCLDA，具有高准确性和可解释性	PCLDA采用t检验基因筛选、PCA和LDA三个模块，通过两个新颖的增强模块显著提升性能和鲁棒性，同时保持计算效率和可解释性	模型保留了原始假设，可能在某些复杂场景下表现受限	开发一种准确、可靠且可解释的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	PCA和LDA	基因表达数据	22个公共scRNA-seq数据集和35个不同的评估场景
188	2025-08-09	Inferring Metabolic Flux from Gene Expression Data Using METAFlux 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4566-6_10 PMID:40779111	研究论文	介绍了一种名为METAFlux的计算技术，用于从RNA测序数据推断代谢反应的通量	开发了METAFlux技术，利用通量平衡分析从RNA测序数据推断代谢反应的通量，并扩展到表征代谢异质性和细胞类型间的代谢相互作用	当前代谢组学技术的局限性限制了肿瘤代谢组的广泛和深入表征	理解癌症生物学并改善患者护理	肿瘤和肿瘤微环境中的代谢途径	计算生物学	癌症	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	通量平衡分析（FBA）	RNA测序数据	NA
189	2025-08-09	Inferring Phenotypes of Copy Number Clones in Cancer Populations Using TreeAlign 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4566-6_7 PMID:40779108	研究论文	介绍了一种名为TreeAlign的计算方法，用于将单细胞RNA数据与单细胞全基因组序列数据中的克隆进行匹配，以联合分析拷贝数和基因表达	TreeAlign方法能够结合系统发育信息，稳健地模拟基因剂量对基因表达的影响	需要同时具备单细胞RNA测序和单细胞全基因组测序数据，这在当前并不常见	开发一种计算方法，以联合分析单细胞水平的拷贝数变异和基因表达变化	癌症细胞中的拷贝数克隆和基因表达表型	计算生物学	癌症	scRNA-seq, scWGS	TreeAlign	基因组序列数据, 基因表达数据	NA
190	2025-08-09	Genome-scale modeling identifies dynamic metabolic vulnerabilities during the epithelial to mesenchymal transition 2024-Dec-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07408-7 PMID:39730911	研究论文	通过基因组尺度代谢建模，研究上皮-间质转化(EMT)过程中的动态代谢脆弱性	整合多种组学数据，利用计算模型揭示EMT过程中的时间依赖性和细胞状态特异性代谢依赖关系	研究主要基于细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂情况	探索上皮-间质转化过程中的代谢网络重构	TGF-β刺激的细胞培养模型	计算生物学	肺癌	基因组尺度代谢建模、时间序列转录组学、时间序列蛋白质组学、单细胞转录组学、CRISPR-Cas9筛选	基因组尺度代谢模型	转录组数据、蛋白质组数据	多个细胞培养模型的组学数据集
191	2025-08-09	Associations between cuprotosis-related genes and the spectrum of metabolic dysfunction-associated fatty liver disease: An exploratory study 2024-12, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.15946 PMID:39285685	研究论文	探讨铜死亡相关基因（CRGs）与代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MAFLD）不同阶段（包括肝细胞癌HCC）的关联	首次探索铜死亡相关基因在MAFLD及其进展至HCC过程中的作用机制，发现GLS基因通过铜死亡和T细胞激活促进MAFLD进展	研究样本量相对有限，且主要依赖回顾性数据分析，需要进一步实验验证	揭示铜死亡相关基因在MAFLD疾病谱中的分子机制	MAFLD患者（n=331）、MAFLD相关HCC患者（n=271）及温州PERSONS队列（n=656）	生物医学研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MAFLD）和肝细胞癌（HCC）	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）、全基因组关联分析（GWAS）	逻辑回归分析、差异相关性分析	基因表达数据、临床指标数据	总样本量1258例（MAFLD 331例，MAFLD-HCC 271例，验证队列656例）
192	2025-08-09	Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis 2024-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00734-0 PMID:39706866	research paper	本文提出了一种名为基因信号模式分析（GSPA）的图信号处理方法，用于从单细胞数据中学习丰富的基因表示	GSPA利用细胞-细胞图上的扩散小波字典学习基因表示，能够基于基因在细胞流形上的模式和定位进行表征	NA	解决单细胞测序分析中基因空间映射或嵌入的问题	单细胞测序数据中的基因	computational biology	NA	single-cell sequencing	graph signal processing	single-cell data	NA
193	2025-08-09	Advancing toward a unified eosinophil signature from transcriptional profiling 2024-Nov-27, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae188 PMID:39213186	review	本文总结了小鼠和人类嗜酸性粒细胞在血液和组织中的转录分析研究，讨论了各种方法的优势和潜在缺陷	提出了建立嗜酸性粒细胞转录特征的最小基因集，以及人类疾病活动期与缓解期或发育阶段的比较研究	嗜酸性粒细胞细胞脆弱性和高质量RNA分离困难限制了转录分析的研究	提高嗜酸性粒细胞相关疾病的诊断精确度和治疗选择	小鼠和人类的嗜酸性粒细胞	转录组学	嗜酸性粒细胞相关疾病	单细胞RNA测序、批量RNA测序、微阵列	NA	转录组数据	NA
194	2025-08-09	[Ionizing radiation-induced damage (IRD) to and repair mechanisms of the male reproductive system: Report of testicular function changes in a case of IRD] 2024-Aug, Zhonghua nan ke xue = National journal of andrology PMID:40778793	research paper	研究电离辐射对睾丸结构和功能的影响，并提供预防和治疗辐射损伤的策略	使用单细胞转录组测序技术分析电离辐射对睾丸细胞功能的影响，并探索通过改善脂质代谢来减轻辐射损伤	研究仅基于一个病例和小鼠模型，样本量较小	探讨电离辐射对男性生殖系统的损伤机制及修复策略	睾丸结构和功能、精子、激素水平、Leydig细胞和巨噬细胞	生殖医学	辐射损伤	辐射剂量模拟、精液分析、激素检测、电子显微镜、单细胞转录组测序	小鼠模型	生物医学数据	一个病例和小鼠模型
195	2025-08-09	Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression 2024-01-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44210-1 PMID:38191471	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了前列腺癌进展中肿瘤间质细胞的分子变化及其作用	识别了8个具有跨物种一致性的基质细胞亚群，并发现了periostin在侵袭和分化中的作用，提出了超越传统Gleason评分的转移预测基因特征	主要基于小鼠模型数据，人类样本验证仍需进一步研究	阐明间质细胞在前列腺癌进展中的具体作用机制	前列腺癌肿瘤微环境中的间质细胞	肿瘤生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型(GEMMs)	RNA测序数据	4种基因工程小鼠模型和人类肿瘤样本
196	2025-08-09	Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression 2023-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.29.534769 PMID:37034687	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序比较了不同阶段前列腺癌小鼠模型与野生型小鼠的间质细胞，揭示了间质细胞在前列腺癌进展中的作用	识别了8个转录和功能上不同的间质细胞群体，并构建了一个能预测前列腺癌转移进展的基因特征	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证相对有限	探究间质细胞在前列腺癌进展中的作用及其分子机制	前列腺癌小鼠模型和人类前列腺癌样本	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	四种基因工程小鼠模型(GEMMs)及对应野生型小鼠，以及人类肿瘤样本
197	2025-08-09	Universal prediction of cell-cycle position using transfer learning 2022-01-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02581-y PMID:35101061	research paper	介绍了一个名为tricycle的R/Bioconductor包，用于通过单细胞RNA-seq数据高分辨率推断细胞周期位置	利用细胞周期的生物学特征、周期性函数主成分分析的数学特性以及迁移学习，开发了一种通用的细胞周期位置预测方法	NA	开发一种通用的方法来高分辨率推断细胞周期位置	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	迁移学习	RNA-seq数据	NA
198	2025-08-09	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Retinal Development Identifies NFI Factors as Regulating Mitotic Exit and Late-Born Cell Specification 2019-06-19, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.04.010 PMID:31128945	研究论文	通过单细胞RNA测序分析视网膜发育过程，鉴定NFI转录因子在调控有丝分裂退出和晚期出生细胞命运决定中的作用	首次利用单细胞RNA测序技术全面解析视网膜神经发生过程中的基因表达变化，并发现NFI转录因子在调控晚期视网膜祖细胞命运决定中的新功能	研究仅关注视网膜发育过程，未验证NFI因子在其他神经发育系统中的功能	揭示视网膜神经发生过程中的基因调控网络	视网膜发育过程中的细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	涵盖视网膜神经发生全过程的10个发育阶段样本
199	2025-08-09	Decomposing Cell Identity for Transfer Learning across Cellular Measurements, Platforms, Tissues, and Species 2019-05-22, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.04.004 PMID:31121116	研究论文	本文介绍了scCoGAPS和projectR工具，用于通过转移学习在单细胞RNA测序数据中分解和验证细胞状态的潜在空间	提出了scCoGAPS和projectR工具，通过转移学习在不同数据集间验证潜在空间，避免了批次效应和技术特征的影响	潜在空间的解释和验证仍是一个挑战	探索单细胞RNA测序数据的潜在空间表示，以比较和识别细胞	小鼠视网膜、人视网膜发育时间序列、发育中的脑单细胞RNA测序数据集、染色质可及性数据和小鼠细胞类型图谱	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个数据集，包括小鼠和人的视网膜、脑发育数据等
200	2025-08-08	Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000961 PMID:40626838	review	本文综述了空间转录组学在HIV组织持久性研究中的应用及其技术平台和工作流程	空间转录组学以高分辨率（<1μm）捕获RNA分子，实现近单细胞水平的全基因组分析，并揭示了HIV感染细胞与周围微环境的相互作用	靶向RNA捕获在增加目标数量的同时可能降低灵敏度，且需避免报告未知生物学意义的特征	探讨HIV在组织中的持久性机制并为治疗策略提供信息	HIV感染细胞及其周围微环境	空间转录组学	HIV感染	空间转录组学平台、ATAC-seq、蛋白质捕获、T细胞受体测序	NA	RNA分子数据	NA