单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-07-20	Differential chromatin accessibility and transcriptional dynamics define breast cancer subtypes and their lineages 2024-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00773-6 PMID:39478117	研究论文	通过分析乳腺癌亚型及其起源细胞的染色质可及性和转录动态，揭示了乳腺癌亚型的分子特征和起源细胞	首次在单细胞水平上结合转录组和染色质可及性分析，揭示了乳腺癌亚型及其起源细胞的分子特征和调控网络	样本量相对较小（61个样本来自37名患者），可能限制结果的普适性	研究乳腺癌亚型及其起源细胞的分子特征和调控网络	乳腺癌患者样本（61个样本来自37名患者）	癌症生物学	乳腺癌	单细胞多组学技术、空间转录组学、多重成像	NA	转录组数据、染色质可及性数据	61个样本来自37名乳腺癌患者
182	2025-07-20	Atp13a5 Marker Reveals Pericyte Specification in the Mouse Central Nervous System 2024-Oct-23, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0727-24.2024 PMID:39261008	研究论文	本文报道了在小鼠中枢神经系统中发现的一种新的周细胞标记物Atp13a5，并开发了一种敲入模型用于追踪中枢神经系统周细胞的分布	发现了Atp13a5作为中枢神经系统周细胞的特异性标记物，并开发了包含tdTomato报告基因和Cre重组酶的敲入模型	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他物种中验证	探索中枢神经系统周细胞的功能特性和分子标记	小鼠中枢神经系统的周细胞	神经科学	NA	单细胞转录组学、基因敲入模型	敲入小鼠模型	基因表达数据、图像数据	小鼠胚胎和成体组织
183	2025-07-20	HIV persists in late coronary atheroma and is associated with increased local inflammation and disease progression 2024-Oct-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5125826/v1 PMID:39483879	研究论文	该研究通过综合评估HIV感染者与非感染者的冠状动脉和主动脉，揭示了HIV在晚期动脉粥样硬化斑块中的持续存在及其与局部炎症和疾病进展的关联	首次在HIV感染者的晚期动脉粥样硬化斑块中发现HIV的存在，并揭示了其与局部炎症和疾病进展的关联	研究样本来源于已故患者，可能无法完全反映活体患者的病理生理状态	探究HIV感染者动脉粥样硬化进展的免疫机制	HIV感染者与非感染者的冠状动脉和主动脉	心血管疾病研究	心血管疾病	DNA/RNA检测、空间转录组学、高分辨率质谱	NA	组织样本	已故HIV感染者与非感染者的冠状动脉和主动脉样本
184	2025-07-20	Identification of kidney cell types in scRNA-seq and snRNA-seq data using machine learning algorithms 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38567 PMID:39403515	研究论文	本研究利用五种监督分类方法对肾脏细胞类型进行自动注释，以提高scRNA-seq和snRNA-seq数据的注释效率和准确性	首次系统比较了五种机器学习算法在肾脏细胞类型注释中的性能，并展示了其在跨数据集和跨技术（scRNA-seq与snRNA-seq）应用中的潜力	活检样本数量有限，且模型在scRNA-seq训练数据应用于snRNA-seq测试数据时表现有所下降	开发自动化的肾脏细胞类型注释方法，以替代传统依赖专家知识的繁琐手动注释流程	来自79个肾脏活检样本的62,120个细胞的scRNA-seq和snRNA-seq数据	机器学习	肾脏疾病	scRNA-seq, snRNA-seq	支持向量机(SVM), 随机森林(RF), 多层感知机(MLP), k近邻(KNN), 极限梯度提升(XGBoost)	单细胞RNA测序数据	79个肾脏活检样本中的62,120个细胞
185	2025-07-20	Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis 2024-10-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52990-3 PMID:39379371	研究论文	通过单细胞多组学测序技术，研究Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）的组织特异性反应	首次使用单细胞转录组、表面蛋白质组和T细胞受体（TCR）测序技术，全面解析SJS/TEN患者的免疫病理机制	样本量较小（15名患者），且为罕见疾病，可能限制结果的普遍性	揭示SJS/TEN的细胞免疫病理机制，并识别潜在的治疗靶点	15名SJS/TEN患者的未受影响皮肤、受影响皮肤和水疱液	单细胞测序	Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症	单细胞转录组测序、表面蛋白质组测序、T细胞受体（TCR）测序	NA	单细胞多组学数据	15名患者的109,888个细胞
186	2025-07-20	Proximity-dependent labeling identifies dendritic cells that drive the tumor-specific CD4+ T cell response 2024-10-04, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adq8843 PMID:39365874	研究论文	利用LIPSTIC技术识别驱动肿瘤特异性CD4+ T细胞反应的树突状细胞	首次使用LIPSTIC单细胞转录组学技术鉴定出在肿瘤引流淋巴结和肿瘤微环境中能向CD4 T细胞呈递抗原的树突状细胞	仅关注了树突状细胞与CD4 T细胞的相互作用，未涉及其他免疫细胞类型	研究树突状细胞在肿瘤免疫反应中的作用机制	树突状细胞和CD4+ T细胞	免疫学	肿瘤	LIPSTIC单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
187	2025-07-20	Preventive Treatment with a CD73 Small Molecule Inhibitor Enhances Immune Surveillance in K-Ras Mutant Pancreatic Intraepithelial Neoplasia 2024-Oct-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.) DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-24-0200 PMID:39099209	research paper	该研究探讨了CD73小分子抑制剂AB-680在K-Ras突变胰腺上皮内瘤变（PanIN）中的免疫预防作用	首次证明CD73抑制剂AB-680可增强免疫监视，减少PanIN进展，并改变肿瘤微环境中的免疫细胞组成	研究仅在KrasG12D; PdxCre1基因工程小鼠模型中进行，尚未在人体试验验证	探索CD73抑制作为胰腺导管腺癌（PDAC）免疫预防新策略的潜力	KrasG12D; PdxCre1基因工程小鼠模型中的胰腺上皮内瘤变（PanIN）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	KrasG12D; PdxCre1（KC）基因工程小鼠模型	基因表达数据	KC小鼠模型（具体数量未明确说明）
188	2025-07-20	Tumor editing suppresses innate and adaptive antitumor immunity and is reversed by inhibiting DNA methylation 2024-Oct, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01932-8 PMID:39169233	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺癌基因工程小鼠模型中肿瘤编辑对先天和适应性抗肿瘤免疫的抑制作用，并发现抑制DNA甲基化可以逆转这种效应	首次在全基因组范围内研究了早期肿瘤发生过程中的基因编辑，并发现低剂量地西他滨可以逆转免疫基因的抑制，恢复免疫控制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类肿瘤中进行验证	探究肿瘤编辑对免疫逃逸的影响及DNA甲基化抑制剂的潜在治疗作用	乳腺癌基因工程小鼠模型及植入的乳腺癌和黑色素瘤肿瘤	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	GEMM（基因工程小鼠模型）	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了GEMM和植入肿瘤模型
189	2025-07-20	Therapeutic single-cell landscape: methotrexate exacerbates interstitial lung disease by compromising the stemness of alveolar epithelial cells under systemic inflammation 2024-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105339 PMID:39303666	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了甲氨蝶呤（MTX）和TNF抑制剂对类风湿关节炎相关间质性肺病（RA-ILD）的影响	揭示了MTX通过促进免疫细胞浸润、Th17激活和纤维化加剧肺炎症，而TNF抑制剂则改善这些特征并抑制ILD进展	研究主要基于SKG小鼠模型，人类队列数据仍需进一步验证	评估MTX和TNF抑制剂对RA-ILD的影响	SKG小鼠模型和人类RA-ILD队列	单细胞转录组学	间质性肺病	单细胞转录组学	SKG小鼠模型	转录组数据	NA
190	2025-07-20	Deciphering the role of LGALS2: insights into tertiary lymphoid structure-associated dendritic cell activation and immunotherapeutic potential in breast cancer patients 2024-Sep-30, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02126-4 PMID:39350165	研究论文	本文通过整合分析乳腺癌样本的转录组数据，揭示了LGALS2在三级淋巴结构（TLSs）相关树突状细胞激活中的关键作用及其免疫治疗潜力	首次发现LGALS2作为TLSs中的关键标志物，并揭示了其在乳腺癌免疫微环境中的复杂作用及其与患者生存期的关联	研究主要基于计算分析和实验验证，但未涉及LGALS2在临床治疗中的实际应用效果	探索LGALS2在乳腺癌免疫微环境中的作用及其免疫治疗潜力	乳腺癌患者样本	癌症研究	乳腺癌	单细胞测序、空间转录组学、免疫组织化学（IHC）、体内验证分析	机器学习（ML）	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	超过6000个乳腺癌样本
191	2025-07-20	Permethrin exposure primes neuroinflammatory stress response to drive depression-like behavior through microglial activation in a mouse model of Gulf War Illness 2024-Sep-13, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03215-3 PMID:39272155	研究论文	本研究探讨了氯菊酯暴露如何通过小胶质细胞激活引发神经炎症应激反应，从而在模拟海湾战争疾病的小鼠模型中诱导抑郁样行为	首次揭示了氯菊酯暴露可通过小胶质细胞激活引发神经炎症应激反应，并与心理压力协同作用导致抑郁样行为	研究仅使用小鼠模型，结果需在人类中进一步验证	评估氯菊酯暴露是否会导致神经炎症应激反应并引发与海湾战争疾病相关的精神症状	海湾战争疾病小鼠模型	神经科学	海湾战争疾病	单细胞RNA测序分析	DREADD受体技术	基因表达数据	21,566个来自小鼠海马区的单细胞核
192	2025-07-20	SCIntRuler: guiding the integration of multiple single-cell RNA-seq datasets with a novel statistical metric 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae537 PMID:39226185	研究论文	介绍了一种名为SCIntRuler的新型统计指标，用于指导多个单细胞RNA测序数据集的整合	提出了SCIntRuler这一新型统计指标，帮助研究人员决定是否需要数据整合以及选择合适的整合方法	未明确提及具体局限性	解决多个单细胞RNA测序数据集整合中的挑战，提高分析稳健性	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
193	2024-08-07	Advancing sequencing-based spatial transcriptomics with a comprehensive benchmarking study 2024-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02326-2 PMID:38977827	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
194	2025-07-20	Regulator of G-protein signaling expression in human intestinal enteroendocrine cells and potential role in satiety hormone secretion in health and obesity 2024-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105283 PMID:39142076	研究论文	本研究探讨了G蛋白信号调节因子（RGS）在人肠道内分泌细胞（EECs）中的表达及其在健康和肥胖状态下对饱腹激素分泌的潜在作用	首次揭示了RGS在人类EECs中的表达谱，并发现其在肥胖状态下表达谱的改变，以及RGS蛋白作为肠道EECs分泌GLP-1和PYY的调节因子的潜在作用	样本量相对较小（61例患者），且部分数据来源于公开数据集，可能影响结果的广泛适用性	研究RGS在肠道内分泌细胞中的表达及其对饱腹激素分泌的调控作用	人类肠道内分泌细胞（EECs）	分子生物学	肥胖	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、RNA测序（RNAseq）	NA	转录组数据	61例患者（42例肥胖，19例瘦）
195	2025-07-20	Machine Learning Uncovers Vascular Endothelial Cell Identity Genes by Expression Regulation Features in Single Cells 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.27.609808 PMID:39253493	研究论文	介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞中识别细胞身份基因	SCIG方法利用遗传序列特征和单细胞RNA-seq数据，无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因	NA	解密细胞身份基因以理解细胞分化、发育及与细胞身份失调相关的疾病	血管内皮细胞	机器学习	NA	单细胞RNA-seq	SCIG	基因表达数据	NA
196	2025-07-20	Inhalable Stem Cell Exosomes Promote Heart Repair After Myocardial Infarction 2024-Aug-27, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.065005 PMID:39186525	研究论文	本研究开发了一种通过吸入干细胞来源的外泌体（SCENT）来促进心肌梗死后心脏修复的非侵入性方法	首次提出通过吸入方式递送干细胞外泌体进行心脏修复，并揭示了内皮细胞CD36敲除对心脏损伤的改善作用	研究主要基于动物模型，尚未进行人体临床试验	开发心肌梗死后心脏修复的新型治疗方法	心肌梗死小鼠模型和猪模型	再生医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、心脏磁共振成像	Cd36fl/-条件性敲除小鼠模型	影像数据、基因表达数据	C57BL/6小鼠和猪模型
197	2025-07-20	Plasma proteomics of acute tubular injury 2024-Aug-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51304-x PMID:39191768	研究论文	本研究通过血浆蛋白质组学分析，识别与急性肾小管损伤（ATI）严重程度相关的生物标志物	首次使用SomaScan蛋白质组学平台在434名肾病患者中识别ATI相关血浆生物标志物，并结合多种组学技术探索其表达和生物学通路	样本来源局限于特定肾病患者群体，可能影响结果的普遍性	开发非侵入性ATI生物标志物以实现早期检测和药物开发	肾病患者（特别是急性肾小管损伤患者）	蛋白质组学	肾脏疾病	SomaScan蛋白质组学平台、区域转录组学和蛋白质组学、单细胞RNA测序、通路分析	NA	血浆蛋白质组数据、转录组数据	434名活检确诊的肾病患者（主要研究）+ KPMP研究44例 + ARIC研究4610例 + CHROME研究268例
198	2025-07-20	Epsins oversee smooth muscle cell reprograming by influencing master regulators KLF4 and OCT4 2024-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.08.574714 PMID:39131381	研究论文	本文研究了Epsins蛋白家族如何通过影响主调控因子KLF4和OCT4来调控平滑肌细胞的重编程，从而影响冠状动脉疾病的发展	揭示了Epsins在平滑肌细胞重编程中的新作用，并发现其通过调控OCT4和KLF4影响细胞命运，为冠状动脉疾病治疗提供了新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床应用的转化仍需进一步验证	探究Epsins在平滑肌细胞重编程中的作用及其与冠状动脉疾病的关系	平滑肌细胞	细胞生物学	冠状动脉疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 全基因组关联研究(GWAS)	NA	基因表达数据	小鼠动脉粥样硬化斑块样本和人类冠状动脉疾病样本
199	2025-07-20	Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2024-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608866 PMID:39229219	研究论文	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制	发现了一种鸡特有的肺泡细胞类型（KRT14表达的腔细胞），并阐明了鸡肺中单向气流的形成机制	研究仅聚焦于鸡肺发育，未与其他鸟类物种进行直接比较	探索鸟类肺脏单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向气流的差异	鸡肺的发育过程	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本
200	2025-07-20	Heavy Metal Exposure-Mediated Dysregulation of Sphingolipid Metabolism 2024-Aug-12, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox13080978 PMID:39199224	研究论文	本研究探讨了重金属暴露对鞘脂代谢和氧化应激的影响	首次研究了特定重金属局部高浓度对鞘脂代谢稳态的影响，并利用体外模型和三维离体人体组织模型进行了分析	研究主要基于体外和离体模型，可能无法完全反映体内情况	探究重金属暴露对鞘脂代谢和氧化应激的影响	鞘脂代谢和氧化应激	生物医学	哮喘	空间转录组学、实时定量PCR	体外模型系统、三维离体人体组织模型	分子生物学数据	未明确说明具体样本数量