单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 28320 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-05-31 |
Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07571-1
PMID:39567783
|
research paper | 该研究通过整合25个单细胞RNA测序数据集，构建了一个包含约110万细胞和136种精细细胞状态的健康胃肠道参考图谱，并锚定了12种胃肠道疾病数据集，揭示了炎症性肠道疾病中上皮细胞的化生现象 | 开发了新的自动化质量控制方法（scAutoQC），构建了迄今为止最大的健康胃肠道单细胞参考图谱，并发现了炎症性肠道疾病中干细胞来源的上皮细胞化生现象 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏蛋白质水平和功能验证数据 | 研究健康与疾病状态下胃肠道的细胞组成及其变化 | 健康对照和胃肠道疾病患者的胃肠道组织细胞 | 基因组学 | 胃肠道疾病（包括胃肠道癌症、乳糜泻、溃疡性结肠炎和克罗恩病） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 385个样本（来自189名健康对照）和12种胃肠道疾病数据集，总计约160万个细胞 |
| 182 | 2025-05-31 |
A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07944-6
PMID:39567784
|
research paper | 该研究通过建立胸腺的定量形态学框架，结合多模态单细胞图谱、空间转录组学和高分辨率多重成像数据，绘制了人类胸腺细胞的空间图谱，揭示了T细胞发育过程中的微解剖学基础 | 建立了胸腺的定量形态学框架（Cortico-Medullary Axis），并应用该框架揭示了胎儿发育早期胸腺细胞的空间分布和发育轨迹 | 研究主要关注胎儿发育早期和出生前阶段的胸腺，未涉及成人胸腺或胸腺退化后的情况 | 理解T淋巴细胞发育的微解剖学基础 | 人类胸腺细胞，特别是T细胞和胸腺上皮细胞 | digital pathology | NA | 空间转录组学，高分辨率多重成像，单细胞图谱 | NA | 空间转录组数据，成像数据，单细胞数据 | 胎儿发育早期和出生前阶段的胸腺样本 |
| 183 | 2025-05-31 |
A multi-omic atlas of human embryonic skeletal development
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08189-z
PMID:39567793
|
研究论文 | 该研究通过多组学方法构建了人类胚胎骨骼发育的多组学图谱，揭示了骨骼和关节形成的细胞状态、表观遗传过程及关键调控因子 | 结合转录组和表观遗传数据建模，揭示了肢体和颅骨成骨祖细胞的区域特异性轨迹，并开发了新工具ISS-Patcher和SNP2Cell | 研究仅覆盖了受孕后5至11周的胚胎发育阶段 | 探索人类胚胎骨骼发育的细胞命运决定机制 | 人类胚胎骨骼和关节发育 | 发育生物学 | 骨关节炎、颅缝早闭 | 空间转录组学、多组学分析 | NA | 转录组数据、表观遗传数据 | 约336,000个核液滴 |
| 184 | 2025-05-31 |
Multi-site Ultrasound-guided Fine Needle Aspiration to Study Cells and Soluble Factors From Human Lymph Nodes
2024-Nov, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70063
PMID:39579041
|
研究论文 | 本文描述了超声引导下细针穿刺（FNA）技术在采集人类淋巴结样本中的应用 | 提出了一种微创技术，用于采集与神经免疫疾病和基本淋巴功能相关的免疫细胞和无细胞材料 | NA | 研究人类淋巴结中的免疫细胞和无细胞材料，以了解其在免疫反应中的作用 | 人类头颈部颈部淋巴结 | 医学研究 | 神经免疫疾病 | 超声引导下细针穿刺（FNA）、流式细胞术、单细胞转录组测序（RNA-seq）、蛋白质组学 | NA | 细胞样本、无细胞上清液 | NA |
| 185 | 2025-05-31 |
Mouse enteric neurons control intestinal plasmacytoid dendritic cell function via serotonin-HTR7 signaling
2024-10-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53545-2
PMID:39455564
|
研究论文 | 研究揭示了小鼠肠道神经元通过血清素-HTR7信号通路调控肠道浆细胞样树突状细胞功能，从而增强黏膜防御 | 首次发现肠道5-羟色胺能神经元通过HTR7信号轴调控pDC介导的IgA B细胞分化，揭示了神经-免疫互作新机制 | 研究仅限于小鼠模型，未验证人类肠道中是否存在相同机制 | 探究肠道5-羟色胺能神经元在免疫稳态调控中的作用 | 小鼠肠道5-羟色胺能神经元和浆细胞样树突状细胞(pDC) | 免疫神经生物学 | 肠道感染 | 小鼠遗传学模型、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 186 | 2025-05-31 |
Single-Cell Transcriptomics Unveils Skin Cell Specific Antifungal Immune Responses and IL-1Ra- IL-1R Immune Evasion Strategies of Emerging Fungal Pathogen Candida auris
2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.22.619653
PMID:39463935
|
research paper | 该研究通过单细胞转录组学揭示了皮肤细胞对新兴真菌病原体Candida auris的特异性抗真菌免疫反应以及IL-1Ra-IL-1R免疫逃逸策略 | 首次使用单细胞转录组学技术全面解析了Candida auris皮肤感染期间的免疫和非免疫细胞的转录组特征，并揭示了该病原体通过上调IL-1RN基因表达和独特细胞壁甘露聚糖外层逃逸宿主防御的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证 | 阐明宿主免疫因素如何调控Candida auris在皮肤组织的定植和持久性 | Candida auris感染的鼠皮肤组织 | 免疫学 | 真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 187 | 2025-05-31 |
Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis
2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.07.611010
PMID:39282370
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析，研究多发性硬化症(MS)患者脑脊液和血液中CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性 | 首次全面分析了MS患者中CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性，并识别出识别EB病毒抗原和多个新模拟表位的CD8+ T细胞克隆型 | 样本量相对较小，且仅包括未接受治疗的MS患者 | 探究多发性硬化症中CD8+ T细胞的抗原特异性及其在疾病中的作用 | 多发性硬化症患者和对照参与者的脑脊液和血液中的CD8+ T细胞 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), T细胞受体测序(TCR-seq) | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | 一组未接受治疗的多发性硬化症患者和对照参与者 |
| 188 | 2025-05-31 |
Putting proteins in context
2024-Oct-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.09.009
PMID:39418999
|
research paper | 介绍了一种名为PINNACLE的几何深度学习方法，用于生成蛋白质的上下文表征 | 通过结合蛋白质相互作用和多器官单细胞转录组学分析，生成具有生物或环境背景的蛋白质表征 | NA | 解决蛋白质表征缺乏生物或环境背景的问题 | 蛋白质 | machine learning | NA | 单细胞转录组学 | 几何深度学习 | 蛋白质相互作用数据和单细胞转录组数据 | NA |
| 189 | 2025-05-31 |
Single-cell transcriptomic profiling of human pancreatic islets reveals genes responsive to glucose exposure over 24 h
2024-Oct, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-024-06214-4
PMID:38967666
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序技术，研究人类胰岛细胞在24小时内对葡萄糖暴露的基因表达变化 | 首次在单细胞分辨率下全面描述人类胰岛细胞对葡萄糖暴露的24小时转录组响应，并结合遗传关联研究数据鉴定出与2型糖尿病相关的候选效应基因 | 仅使用两名捐赠者的胰岛细胞样本，样本量较小 | 探索高血糖条件下人类胰岛细胞基因表达的变化及其与2型糖尿病发病机制的关系 | 人类胰岛细胞（α细胞、β细胞、γ细胞、δ细胞、导管细胞和腺泡细胞） | 单细胞转录组学 | 2型糖尿病 | scRNA-seq, CRISPR干扰 | 离散时间和连续时间模型 | 单细胞RNA测序数据 | 两名捐赠者的胰岛细胞 |
| 190 | 2025-05-31 |
OrganogenesisDB: A Comprehensive Database Exploring the Cell-Type Identities and Gene Expression Dynamics during Organogenesis
2024-10, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202301758
PMID:38967205
|
研究论文 | 介绍了一个名为OrganogenesisDB的综合性数据库，用于探索器官发生过程中的细胞类型识别和基因表达动态 | 开发了一个包含超过140万个细胞的单细胞RNA测序数据的数据库，并手动整理了3324个细胞标记物，覆盖1120种细胞类型 | NA | 为解密细胞谱系确定和揭示器官发生机制提供关键资源和有用工具 | 人类和小鼠的器官发生过程中的细胞类型和基因表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 超过140万个细胞，来自49个已发表的数据集 |
| 191 | 2025-05-31 |
Single Nucleus Total RNA Sequencing of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Gliomas
2024-10, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202301801
PMID:38958078
|
研究论文 | 开发了一种名为snRandom-seq的高通量单核总RNA测序平台，用于分析福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的胶质瘤样本，以探索其分子多样性和肿瘤进化 | 开发了自动化snRandom-seq平台，优化用于FFPE样本的单核RNA测序，能够处理多种样本类型，并识别了丰富的非编码RNA和复发相关靶点 | 当前的单细胞RNA测序平台在大规模临床应用方面存在不足 | 探索胶质瘤的分子多样性和进化过程，以促进新治疗方法的开发 | 福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的胶质瘤样本 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单核总RNA测序（snRandom-seq） | NA | RNA测序数据 | 17个FFPE样本中的116,492个单核 |
| 192 | 2025-05-31 |
Single-cell transcriptomics identifies aberrant glomerular angiogenic signalling in the early stages of WT1 kidney disease
2024-10, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6339
PMID:39177649
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和配体-受体分析，研究WT1肾病早期阶段肾小球细胞间通讯异常 | 揭示了WT1肾病早期阶段肾小球血管生成信号异常的新机制，并发现肾上腺髓质素作为一种促血管生成因子在早期损伤中的上调 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究WT1肾病早期阶段肾小球细胞间通讯异常的分子机制 | WT1基因突变小鼠模型和人类WT1肾小球病变活检样本 | 单细胞转录组学 | 肾病 | scRNA-seq, 配体-受体分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | WT1基因突变小鼠模型和人类活检样本 |
| 193 | 2025-05-31 |
Single-nucleus and spatial transcriptomics of paediatric ovary: Molecular insights into the dysregulated signalling pathways underlying premature ovarian insufficiency in classic galactosemia
2024-Oct, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70043
PMID:39440457
|
research paper | 通过单核RNA测序和空间转录组学技术，研究经典半乳糖血症（CG）患儿卵巢组织中基因表达和信号通路的动态变化，以揭示早发性卵巢功能不全（POI）的分子机制 | 首次创建了CG患儿卵巢组织的单核转录组图谱和空间景观，揭示了内质网应激、氧化应激及DNA损伤反应相关基因的激活，以及PTEN/PI3K/AKT信号通路的失调 | 研究样本量较小，且仅针对青春期前女孩的卵巢组织，可能无法完全代表所有CG患者的卵巢病理变化 | 探究经典半乳糖血症患儿卵巢功能早衰的分子机制 | 青春期前经典半乳糖血症患儿的卵巢组织 | digital pathology | classic galactosemia | single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq), spatial transcriptomics | NA | RNA-seq data, spatial transcriptomics data | 卵巢组织活检样本（具体数量未明确说明） |
| 194 | 2025-05-31 |
The pericardium forms as a distinct structure during heart formation
2024-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613484
PMID:39345600
|
研究论文 | 该研究通过活体成像、谱系追踪和单细胞转录组学技术，揭示了心包在斑马鱼心脏形成过程中的独立起源和发育机制 | 首次明确了心包起源于侧板中胚层中的特定前部间皮祖细胞，而非经典心区，并发现心包形成与心脏管形成是两个独立过程 | 主要研究在斑马鱼模型中进行，虽发现基因表达特征在哺乳动物中保守，但需进一步验证人类发育中的适用性 | 探究心包的发育起源及其在心脏形态发生中的作用 | 斑马鱼胚胎心脏发育过程 | 发育生物学 | 小儿扩张型心肌病 | 活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学、光片显微镜、原子力显微镜 | 机器学习辅助细胞追踪 | 图像数据、转录组数据 | 斑马鱼胚胎模型及新生大鼠模型 |
| 195 | 2025-05-31 |
A Paradoxical Tumor Antigen Specific Response in the Liver
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.614002
PMID:39372792
|
research paper | 该研究探讨了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在抗肿瘤免疫中的作用 | 揭示了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的耗竭表型及其与SPP1+巨噬细胞的相互作用 | 研究主要基于小鼠模型和有限的患者数据，可能不完全适用于人类 | 研究肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的功能及其在肿瘤转移中的作用 | 小鼠肿瘤模型和患者的肝脏转移瘤 | 免疫学 | 肝癌和结肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CODEX蛋白质组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质组学数据 | 小鼠肿瘤模型和患者样本 |
| 196 | 2025-05-31 |
Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche
2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.12.612751
PMID:39314376
|
研究论文 | 本文研究了炎症如何通过重塑骨髓微环境的特定区域来影响造血过程 | 通过结合scRNA-seq分析和流式细胞术分离，首次系统地验证了骨髓中7个关键中央骨髓和骨内膜群体的存在，并揭示了炎症对不同区域的特定影响 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类系统中的适用性需要进一步验证 | 探究骨髓微环境空间区室化在炎症和肿瘤反应中的重要性 | 造血干细胞和祖细胞(HSPC)与骨髓基质细胞的相互作用 | 细胞生物学 | 造血系统疾病 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据 | 多个小鼠品系 |
| 197 | 2025-05-31 |
Light and dopamine impact two circadian neurons to promote morning wakefulness
2024-Sep-09, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2024.07.056
PMID:39142287
|
research paper | 该研究探讨了光和 dopamine 如何影响果蝇的两个昼夜节律神经元以促进早晨清醒 | 揭示了 dopamine 受体 Dop1R1 在早晨清醒中的关键作用，并发现光依赖性上调早晨 Dop1R1 转录水平 | 研究仅基于果蝇模型，尚未在哺乳动物中验证 | 探究光和 dopamine 如何调控果蝇的早晨清醒行为 | 果蝇的两个 lateral neurons (LNs) | 神经科学 | NA | CRISPR-Cas9 mutagenesis, live imaging | NA | mRNA levels, cAMP responses | 果蝇的两个 ITP LNs 神经元 |
| 198 | 2025-05-31 |
Analyzing embryo dormancy at single-cell resolution reveals dynamic transcriptional responses and activation of integrin-Yap/Taz prosurvival signaling
2024-Sep-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.06.015
PMID:39047740
|
research paper | 通过单细胞RNA测序分析小鼠胚胎休眠状态，揭示了胚胎滞育的分子机制和转录动态 | 首次在单细胞分辨率下定义了胚胎滞育的分子特征，并发现休眠多能细胞通过整合素受体感知微环境并通过Yap/Taz介导的生存信号维持其活力 | 研究仅基于小鼠胚胎，未涉及其他哺乳动物物种 | 探究胚胎滞育的分子机制和转录动态 | 小鼠胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 199 | 2025-05-31 |
A conserved cell-type gradient across the human mediodorsal and paraventricular thalamus
2024-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.03.611112
PMID:39282422
|
研究论文 | 利用单核和空间转录组学技术，研究人类内侧背侧丘脑和旁室丘脑的细胞组成及其与精神疾病的遗传风险关联 | 发现了一个保守的兴奋性神经元梯度，并揭示了其在人类和小鼠中的差异，以及与精神分裂症和双相情感障碍遗传风险的关联 | 研究主要聚焦于内侧背侧丘脑和旁室丘脑，可能未涵盖其他相关脑区 | 探究内侧背侧丘脑和旁室丘脑的细胞组成及其在认知和精神疾病中的作用 | 人类和小鼠的内侧背侧丘脑和旁室丘脑 | 神经科学 | 精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症 | 单核转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 未明确提及样本数量，但涉及人类和小鼠的脑组织 |
| 200 | 2025-05-31 |
Bin2cell reconstructs cells from high resolution Visium HD data
2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae546
PMID:39250728
|
research paper | Bin2cell是一种从高分辨率Visium HD数据中重建细胞的方法 | Bin2cell通过结合形态学图像分割和基因表达信息，首次实现了从2微米分辨率的数据中重建细胞 | 未提及具体局限性 | 开发一种从Visium HD数据中高效重建细胞的方法 | 小鼠脑组织和人类结直肠癌数据 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | Visium HD | NA | 转录组数据和形态学图像 | 未明确提及样本数量 |