单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-10-01	Transcriptome Analysis Unravels CD4+ T-Cell and Treg-Cell Differentiation in Ovarian Cancer 2025-Aug-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15091241 PMID:41008548	研究论文	通过转录组分析揭示卵巢癌中CD4+ T细胞和调节性T细胞的分化特征	整合七个多中心单细胞RNA-seq数据集构建元数据资源，首次在卵巢癌中描绘CD4+ T细胞分化的两种终末状态	NA	研究卵巢癌肿瘤浸润T细胞的生物学特征及其在免疫治疗中的潜在价值	卵巢癌患者的肿瘤浸润CD4+ T细胞和调节性T细胞	生物信息学	卵巢癌	单细胞RNA-seq、批量RNA-seq、BayesPrism算法	NA	转录组数据	七个数据集共137,648个单细胞，五个独立批量RNA-seq队列
182	2025-10-01	Diagnosis of Periodontitis via Neutrophil Degranulation Signatures Identified by Integrated scRNA-Seq and Deep Learning 2025-Aug-26, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16091005 PMID:41009952	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学和深度学习技术，识别了与牙周炎中性粒细胞脱颗粒相关的关键生物标志物，并建立了诊断模型	首次结合单细胞RNA测序、分层加权基因共表达网络分析和深度学习算法，识别牙周炎中致病性中性粒细胞亚群及其脱颗粒特征	NA	建立牙周炎的早期诊断和精准干预模型	人牙龈组织和中性粒细胞亚群	数字病理学	牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分层加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)	卷积神经网络(CNN)、机器学习	基因表达数据、免疫细胞谱数据	多个队列的牙龈组织样本
183	2025-10-01	Population analysis and immunologic landscape of melanoma in people living with HIV 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.17.648995 PMID:40313919	研究论文	本研究通过分析HIV感染者黑色素瘤的临床特征和免疫微环境，揭示其预后较差的免疫学机制	首次结合大规模电子健康记录分析与空间免疫转录组学，系统揭示HIV感染者黑色素瘤免疫微环境的独特特征	样本量相对有限（空间转录组学n=11，多重免疫荧光n=29），需要更大规模研究验证	探究HIV感染者黑色素瘤临床预后较差的免疫学基础	HIV感染者和非HIV感染者的黑色素瘤患者	数字病理学	黑色素瘤	空间免疫转录组学、多重免疫荧光	NA	电子健康记录、基因表达数据、免疫组织化学数据	电子健康记录：1,019例HIV感染者，373,121例非HIV感染者；空间转录组学：11例样本；多重免疫荧光：29例样本（15例HIV感染者，14例非感染者）
184	2025-10-01	Enhanced M2 Polarization of Retinal Microglia in Streptozotocin-Induced Diabetic Mice upon Autoimmune Stimulation 2025-Aug-22, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13092049 PMID:41007615	研究论文	本研究探讨糖尿病环境对实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎发展的影响及视网膜小胶质细胞活化状态	首次在链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠模型中揭示小胶质细胞向抗炎M2表型极化的转变机制	研究仅使用小鼠模型，结果向人类糖尿病的转化需要进一步验证	研究糖尿病环境对自身免疫性疾病发展和免疫细胞功能的影响	野生型和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠	免疫学研究	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、免疫组织化学、眼底检查、光学相干断层扫描	NA	基因表达数据、细胞计数数据、影像数据	野生型和糖尿病小鼠模型
185	2025-10-01	High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer 2025-Jul-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adx3800 PMID:40705858	研究论文	开发并验证了PEtracer技术，用于在体内高分辨率绘制细胞状态和谱系动态	基于prime editing的进化谱系追踪技术，可同时分析细胞状态和谱系，兼容单细胞测序和多模态成像方法	NA	在发育和疾病中绘制细胞命运决定的时空动态	小鼠肿瘤转移模型中的肿瘤细胞	生物技术	肿瘤转移	prime editing、MERFISH空间转录组分析、单细胞测序、多模态成像	NA	空间转录组数据、成像数据	同源小鼠肿瘤转移模型
186	2025-10-01	Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888 PMID:40412393	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型骨转移生态系统的细胞组成和特征	首次在多种癌症类型中系统识别骨转移的三种生态系统原型，并发现其与组织来源相关性较弱	样本数量相对有限（42个骨转移样本），需要进一步验证	探索不同癌症类型骨转移的细胞生态系统特征和机制	42个来自8种癌症类型的骨转移样本	单细胞生物学	多癌种骨转移	单细胞RNA测序，免疫组化，生物信息学分析	NA	单细胞RNA测序数据，组织切片图像，批量RNA测序/微阵列数据	42个骨转移样本（单细胞测序），158个骨转移样本（验证分析）
187	2025-10-01	[Application progress of single-cell RNA sequencing technology in breast development and related diseases] 2025-Jun-28, Zhong nan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Central South University. Medical sciences DOI:10.11817/j.issn.1672-7347.2025.250039 PMID:41015567	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在乳腺发育及相关疾病研究中的应用进展	利用高分辨率的scRNA-seq技术解析乳腺细胞异质性，构建高精度细胞图谱并揭示细胞命运决定的转录调控网络	NA	揭示乳腺发育及相关疾病的分子机制	乳腺细胞亚群及其在生理发育和病理进程中的调控机制	单细胞测序技术	乳腺癌、巨乳症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间组学	NA	单细胞转录组数据、多模态数据	NA
188	2025-10-01	Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction 2025-Jun-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.05.004 PMID:40449485	研究论文	本研究通过筛选单克隆抗体库并分析Fc变体，揭示了抗体Fab和Fc区域在结核分枝杆菌限制中的协同作用机制	首次通过Fc变体分析证实Fc效应功能在结核分枝杆菌限制中的作用，并利用单细胞转录组学发现中性粒细胞早期激活是抗体介导限制的关键特征	研究主要在小鼠模型中进行，人类临床应用的转化潜力仍需验证	探究抗体介导结核分枝杆菌限制的分子机制	结核分枝杆菌和特异性单克隆抗体	免疫学	结核病	单细胞转录组学、单克隆抗体筛选、Fc变体工程	NA	基因表达数据、体内感染实验数据	小鼠模型及单克隆抗体库
189	2025-10-01	Integrated analysis of molecular atlases unveils modules driving developmental cell subtype specification in the human cortex 2025-May, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01933-2 PMID:40259073	研究论文	通过整合分析人类皮层发育和成年期的单细胞转录组数据，揭示了驱动皮层细胞亚型分化的基因共表达网络模块	首次通过平行元分析生成500多个基因共表达网络，发现发育元模块在皮层发育过程中的动态细胞亚型特异性，并通过人类皮层嵌合体实验验证FEZF2和TSHZ3在深层神经元分化中的不同作用机制	研究主要关注人类皮层发育的特定阶段，可能未覆盖所有发育时期和脑区	探索人类大脑皮层发育过程中细胞亚型分化的分子机制	人类皮层发育和成年期的单细胞转录组数据	生物信息学	神经发育障碍	单细胞转录组测序，基因共表达网络分析，人类皮层嵌合体实验	基因共表达网络分析	单细胞转录组数据	发育期7个数据集，成年期16个数据集
190	2025-10-01	Unified integration of spatial transcriptomics across platforms 2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646238 PMID:40236180	研究论文	提出名为L loki的新型框架，用于整合不同平台的空间转录组数据	无需共享基因面板即可整合基于成像的空间转录组数据，通过最优传输引导的特征传播和批量对齐实现跨平台整合	NA	解决跨平台空间转录组数据整合的挑战	小鼠脑组织样本和卵巢癌数据集	生物信息学	卵巢癌	空间转录组学、scRNA-seq、scGPT	scGPT、图神经网络	空间转录组数据	五个不同技术的小鼠脑样本和五个卵巢癌数据集
191	2025-10-01	Tumor-derived arachidonic acid reprograms neutrophils to promote immune suppression and therapy resistance in triple-negative breast cancer 2025-Apr-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.002 PMID:40157359	研究论文	本研究揭示三阴性乳腺癌细胞通过释放含花生四烯酸的胞外囊泡重编程中性粒细胞，导致免疫抑制和治疗抵抗的机制	首次发现肿瘤细胞脂质积累通过花生四烯酸介导的中性粒细胞重编程促进免疫抑制，并提出通过阻断omega-6脂肪酸摄入或抑制脂肪酸延伸可逆转治疗抵抗	人类患者数据仅为相关性分析，需进一步验证机制	探究三阴性乳腺癌对免疫检查点阻断和化疗产生获得性抵抗的机制	三阴性乳腺癌细胞、中性粒细胞、肿瘤微环境	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、脂质组学分析	NA	基因表达数据、脂质组学数据、临床样本数据	未明确具体样本数量，包含实验模型和人类患者数据
192	2025-10-01	Annexin A1 regulates inflammatory-immune response and reduces pancreatic and extra- pancreatic injury during severe acute pancreatitis 2025-Apr, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00321-x PMID:40025269	研究论文	本研究探讨了Annexin A1在重症急性胰腺炎中调节炎症免疫反应及减轻胰腺和胰腺外损伤的作用机制	首次系统揭示Anxa1在髓系细胞中的动态表达调控及其对胰腺和胰腺外器官损伤的保护作用，并验证了Anxa1衍生合成肽Ac2-26的治疗潜力	研究主要基于动物模型，尚未在人体临床试验中验证	阐明Anxa1在重症急性胰腺炎炎症免疫反应中的调控机制	髓系细胞、胰腺组织及肺肝肾等胰腺外器官	免疫学与分子病理学	急性胰腺炎	流式细胞术、单细胞RNA测序、基因表达分析	动物模型	基因表达数据、细胞表型数据	多种动物模型（具体数量未明确说明）
193	2025-10-01	Human memory CD4+ T-cells recognize Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages amid broader pathogen-specific responses 2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.23.639515 PMID:40060660	研究论文	本研究揭示了人类记忆CD4+ T细胞如何识别结核分枝杆菌感染的巨噬细胞及其特异性免疫反应机制	首次通过TCR测序和单细胞转录组学证实了70%以上结核特异性T细胞克隆能识别感染巨噬细胞，并明确了其特征性效应功能	研究主要基于潜伏感染者的样本，未涉及活动性结核病患者	阐明CD4+ T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞的分子机制及其在结核病免疫保护中的作用	潜伏结核感染者的单核细胞源性巨噬细胞和自体记忆CD4+ T细胞	免疫学	结核病	TCR测序、单细胞转录组学	NA	基因组测序数据、转录组数据	来自潜伏结核感染者的免疫细胞样本
194	2025-10-01	Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples 2025-Jan-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5656204/v1 PMID:39877088	研究论文	本研究系统比较了三种基于成像的单细胞分辨率空间转录组学平台在福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本中的性能表现	首次使用严格控制的实验系统评估商业空间转录组学平台，并采用像素级手动评估进行病理学意义的比较	研究仅针对肺腺癌和胸膜间皮瘤样本，且样本量有限	评估不同空间转录组学平台在肿瘤研究中的性能差异	福尔马林固定石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤手术切除样本	空间转录组学	肺癌	空间转录组学(CosMx, MERFISH, Xenium), bulk RNA测序, 多重免疫荧光, GeoMx数字空间分析仪, H&E染色	NA	空间转录组数据, 图像数据, 测序数据	使用组织微阵列中的肺腺癌和胸膜间皮瘤连续5微米切片样本
195	2025-10-01	Identification of prognostic biomarkers for hepatocellular carcinoma based on the m6A RNA modification 2025 Jan-Dec, International journal of immunopathology and pharmacology IF:3.0Q2 DOI:10.1177/03946320251370847 PMID:41013996	研究论文	本研究通过分析m6A RNA修饰识别肝细胞癌的预后生物标志物	基于m6A调节因子的转录谱识别了四种肝细胞癌分子亚型，并建立了稳健的风险预测模型	NA	识别肝细胞癌的预后生物标志物	肝细胞癌患者数据和肝癌细胞系（Huh7、Hep 3B、Hep G2）及正常肝细胞	生物信息学	肝细胞癌	RNA测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR	风险模型	RNA测序数据、临床数据、单细胞RNA测序数据	来自TCGA-LIHC和ICGC-LIRI-JP数据库的样本及三种肝癌细胞系
196	2025-10-01	The Single-Cell Triaptosis Regulatory Pattern in the Immune Microenvironment of Keloids 2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S536776 PMID:41024856	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据揭示了瘢痕疙瘩免疫微环境中三亡调节模式的作用机制	首次在瘢痕疙瘩中发现三亡调节模式对免疫细胞异质性的影响，并鉴定出关键基因ELMO2	NA	探究三亡在瘢痕疙瘩免疫微环境形成中的调控作用	瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞和免疫细胞亚群	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基于汇总数据的孟德尔随机化、免疫荧光染色	NA	单细胞RNA测序数据	公共数据库单细胞RNA测序数据+自有瘢痕疙瘩单细胞RNA测序样本
197	2025-10-01	Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples 2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.13.628390 PMID:39763763	研究论文	本研究系统比较了三种基于成像的单细胞分辨率空间转录组学平台在福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本中的性能表现	首次使用严格控制的实验系统评估商业空间转录组学平台性能，并引入像素级手动评估方法进行病理学意义的比较	研究仅针对肺腺癌和胸膜间皮瘤样本，且样本数量有限	评估和比较不同空间转录组学平台在肿瘤研究中的性能差异	福尔马林固定石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤手术切除样本	空间转录组学	肺癌	空间转录组学、RNA测序、多重免疫荧光、数字空间分析仪、苏木精-伊红染色	NA	图像、转录组数据	使用组织芯片中的肺腺癌和胸膜间皮瘤连续切片样本
198	2025-10-01	A specific gene expression program underlies antigen archiving by lymphatic endothelial cells in mammalian lymph nodes 2024-Dec-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5493746/v1 PMID:39711554	研究论文	本研究揭示了淋巴结淋巴管内皮细胞通过特定基因表达程序实现抗原长期存档的机制	首次定义了抗原存档LEC的独特转录程序，并证明该程序能预测不同疾病状态和物种的抗原存档能力	NA	探究淋巴管内皮细胞如何实现持久抗原存档及其独特转录特征	小鼠和人类淋巴结中的淋巴管内皮细胞及树突状细胞	生物信息学	传染病	单细胞测序、空间转录组学	机器学习	基因表达数据	多个时间点的淋巴结组织样本
199	2025-10-01	SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection 2024-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.23.609477 PMID:39229093	研究论文	提出SPACE框架，通过调整细胞类型混杂效应来聚类空间可变基因，以改进空间域检测	无需基因簇数量、空间模式或细胞类型信息的先验知识，通过调整细胞类型混杂效应实现空间可变基因的准确聚类	未在摘要中明确说明	改进空间转录组学中的空间域检测准确性	空间可变基因(SVGs)	空间转录组学	NA	空间转录组学	SPACE框架	空间转录组数据	未在摘要中明确说明
200	2025-10-01	FUSION: A web-based application for in-depth exploration of multi-omics data with brightfield histology 2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.09.602778 PMID:39026885	研究论文	开发了一个基于Web的多组学数据与明场组织学深度探索工具FUSION	首次将分子数据与组织病理学特征整合到单一工作空间，提供基于深度学习的空间组学数据分析工具	NA	开发用于空间组学数据与组织病理学整合分析的工具平台	健康与疾病组织样本的空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组测序	深度学习算法	全切片图像、分子数据	福尔马林固定石蜡包埋和冷冻制备的数据集