本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2026-05-29 |
Deciphering the heterogeneity and immunosuppressive function of regulatory T cells in osteosarcoma using single-cell RNA transcriptome
2023-10, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107417
PMID:37669584
|
研究论文 | 利用单细胞RNA转录组解析骨肉瘤中调节性T细胞的异质性和免疫抑制功能 | 首次在单细胞水平揭示骨肉瘤微环境中调节性T细胞的异质性及其通过CXCL信号与成骨细胞、内皮细胞和髓系细胞的相互作用,并构建基于Treg特异性基因的预后模型 | 未提及具体局限性 | 探究骨肉瘤微环境中调节性T细胞的异质性和免疫抑制功能,并构建预后模型 | 骨肉瘤组织与癌旁组织的调节性T细胞 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 基因集变异分析, 细胞通讯分析 | LASSO回归, 多变量分析 | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | 未提供具体样本量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 182 | 2026-05-29 |
Netrin-1 blockade inhibits tumour growth and EMT features in endometrial cancer
2023-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06367-z
PMID:37532934
|
研究论文 | 本研究揭示了Netrin-1在子宫内膜癌中上调,使用抗Netrin-1抗体NP137可抑制肿瘤进展和上皮间质转化,并在临床试验中展示初步疗效 | 首次在临床试验中验证Netrin-1单克隆抗体NP137作为单一药物治疗晚期子宫内膜癌的效果,并揭示其通过抑制上皮间质转化发挥抗肿瘤作用的新机制 | 临床试验样本量较小(14例),仅体现初步疗效,且未报告长期生存获益和不良反应详细信息 | 评估Netrin-1阻断剂NP137在子宫内膜癌中的抗肿瘤效果及其作用机制 | 子宫内膜癌患者和小鼠模型 | 机器学习 | 子宫内膜癌 | RNA测序、空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 14例晚期子宫内膜癌患者,以及小鼠模型样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序 | 10x Chromium | 用于单细胞RNA测序、空间转录组学以及批量RNA测序的10x Chromium平台 |
| 183 | 2026-05-29 |
Accelerated cerebromicrovascular senescence contributes to cognitive decline in a mouse model of paclitaxel (Taxol)-induced chemobrain
2023-07, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13832
PMID:37243381
|
研究论文 | 紫杉醇诱导的脑微血管衰老加速小鼠认知衰退,并表明通过药物消除衰老细胞可改善认知功能 | 首次证明紫杉醇诱导的内皮细胞衰老是化疗脑功能损伤的关键机制,并通过遗传和药物方法消除衰老细胞,验证了其因果关系 | 研究局限于小鼠模型,临床上对人类化疗脑的转化效果仍需进一步验证 | 探索紫杉醇(PTX)诱导的认知功能障碍的机制,特别是内皮细胞衰老的作用 | p16-3MR转基因小鼠脑微血管内皮细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 文本 | 紫杉醇治疗组与对照组各含多个小鼠,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 184 | 2026-05-29 |
scDisInFact: disentangled learning for integration and prediction of multi-batch multi-condition single-cell RNA-sequencing data
2023-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.01.538975
PMID:37205545
|
研究论文 | 提出scDisInFact,一种解耦学习方法,用于多批次多条件单细胞RNA测序数据的整合与预测 | 首次同时建模批次效应和条件效应,实现批次效应去除、条件相关关键基因检测和扰动预测三项任务的联合执行 | 仅在模拟和真实数据集上验证,未提及对复杂临床场景的泛化能力或计算资源需求 | 开发能够解耦批次效应和条件效应的深度学习框架,以提升多批次多条件scRNA-seq数据的整合与预测准确性 | 多批次多条件单细胞RNA测序数据,包括模拟数据和真实数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 深度学习 (解耦学习框架) | 基因表达数据 (单细胞转录组) | 模拟数据集和真实数据集(具体规模未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | NA |
| 185 | 2026-05-29 |
Transcriptional and functional divergence in lateral hypothalamic glutamate neurons projecting to the lateral habenula and ventral tegmental area
2021-12-01, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2021.09.020
PMID:34624220
|
研究论文 | 通过病毒示踪、单细胞测序、电生理和体内钙成像等方法,系统比较了外侧下丘脑谷氨酸能神经元投射到外侧缰核和腹侧被盖区的转录和功能差异 | 首次系统解析了外侧下丘脑投射到不同脑区(外侧缰核和腹侧被盖区)神经元群体的转录组、电生理和功能差异,并发现投射到外侧缰核的神经元对饱食状态和进食激素特别敏感 | NA | 解析外侧下丘脑不同投射神经元群体的功能异质性 | 外侧下丘脑谷氨酸能神经元投射到外侧缰核和腹侧被盖区的亚群 | 神经科学 | NA | 病毒示踪, 单细胞测序, 电生理, 体内钙成像 | NA | 基因表达数据, 电生理信号, 钙成像信号 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序平台 |
| 186 | 2026-05-29 |
Sequential regulation of hemogenic fate and hematopoietic stem and progenitor cell formation from arterial endothelium by Ezh1/2
2021-07-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.05.014
PMID:34143974
|
研究论文 | 该研究揭示了Ezh1/2通过顺序调控动脉内皮细胞中的血液生成命运和造血干祖细胞形成的机制 | 首次阐明Ezh1在脊椎动物造血干祖细胞产生中的表观遗传调控作用及其与Ezh2的非冗余顺序功能 | 主要在斑马鱼胚胎中进行研究,未在哺乳动物模型中验证,且单细胞RNA测序分析的样本量有限 | 探究Ezh1/2在动脉内皮细胞向血液生成命运转变和造血干祖细胞形成中的调控机制 | 斑马鱼胚胎和诱导多能干细胞来源的体外分化体系 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼胚胎中ezh1不同基因型的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 187 | 2026-05-29 |
Single-cell RNA-Seq reveals a highly coordinated transcriptional program in mouse germ cells during primordial follicle formation
2021-07, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13424
PMID:34174788
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示小鼠原始卵泡形成过程中生殖细胞的协调转录程序 | 首次通过单细胞RNA测序构建了新生小鼠卵巢生殖细胞发育轨迹,并利用SCENIC算法识别出可能调控卵泡形成的关键转录因子 | 未明确说明 | 阐明原始卵泡形成过程中卵母细胞的发育轨迹和调控机制 | 新生小鼠卵巢中的单个生殖细胞 | 机器学习 | 原发性卵巢功能不全 | RNA-seq | Monocle, SCENIC | 单细胞转录组数据 | 新生(P0.5)小鼠卵巢中的单个生殖细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 188 | 2026-05-29 |
Genome stabilization by RAD51-stimulatory compound 1 enhances efficiency of somatic cell nuclear transfer-mediated reprogramming and full-term development of cloned mouse embryos
2021-Jul, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13059
PMID:34021643
|
研究论文 | 发现通过RAD51激活剂RS-1稳定基因组可提高体细胞核移植重编程效率及克隆小鼠胚胎全程发育能力 | 首次揭示RAD51活性在体细胞核移植胚胎中低于IVF,并通过RS-1激活RAD51增强DNA损伤修复,克服发育阻滞,提高克隆胚胎生产效率 | 未提及具体局限性,可能涉及RS-1的长期安全性或机制中组蛋白去甲基化酶独立通路的细节未完全阐明 | 研究修复遗传不稳定性或DNA双链断裂在体细胞核移植重编程中的作用,以提高胚胎发育效率 | 体外受精胚胎和体细胞核移植来源的小鼠胚胎 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(single-cell RNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 包括体细胞核移植胚胎和IVF胚胎,具体数量未在摘要中提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 189 | 2026-05-29 |
The relationship between the gut microbiome and host gene expression: a review
2021-May, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-020-02237-0
PMID:33221945
|
综述 | 探讨肠道微生物组与宿主基因表达之间的相互影响关系 | 系统总结肠道微生物如何通过重塑染色质、差异剪接、表观遗传改变和信号级联干扰来调节宿主基因表达 | 未提及具体局限性 | 理解肠道微生物与宿主基因表达的交互机制及其对疾病和健康的重要性 | 模式生物、人体活检样本和细胞培养物 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 190 | 2026-05-29 |
Single cell RNA sequencing identifies IGFBP5 and QKI as ciliated epithelial cell genes associated with severe COPD
2021-Apr-06, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-021-01675-2
PMID:33823868
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别与严重COPD相关的纤毛上皮细胞基因IGFBP5和QKI | 首次在单细胞水平上确定与严重COPD相关的纤毛上皮细胞特异性基因表达变化,并验证了IGFBP5和QKI蛋白水平在COPD肺组织中的改变 | 样本量较小(各3例),可能限制发现的普遍性;未进行功能验证实验以确认基因与COPD病理机制的因果关系 | 确定严重慢性阻塞性肺疾病(COPD)中细胞特异性的转录组变化 | 严重COPD患者和健康非吸烟者的外周肺实质组织细胞 | 单细胞转录组学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例严重COPD患者和3例健康非吸烟者,共29,961个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 191 | 2026-05-29 |
Schistosoma mansoni venom allergen-like protein 6 (SmVAL6) maintains tegumental barrier function
2021-03, International journal for parasitology
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.ijpara.2020.09.004
PMID:33253697
|
研究论文 | 本研究首次揭示了曼氏血吸虫毒液过敏原样蛋白6 (SmVAL6) 在维持表皮屏障功能中的关键作用 | 首次提供第二组SmVAL在血吸虫生物学中具有必要功能的实验证据,并鉴定出与其直接相互作用的蛋白伴侣 | 未进行体内功能验证,且对其他第二组SmVAL家族成员的功能研究仍缺乏 | 探究第二组SmVAL家族成员SmVAL6在血吸虫生物学中的具体功能 | 曼氏血吸虫成虫及其卵细胞 | NA | 寄生虫病 | RNA干扰、酵母双杂交、单细胞RNA测序、原位杂交 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | 未具体说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 192 | 2026-05-29 |
Loss of Claudin-3 Impairs Hepatic Metabolism, Biliary Barrier Function, and Cell Proliferation in the Murine Liver
2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.04.003
PMID:33866021
|
研究论文 | 研究Claudin-3缺失对小鼠肝脏代谢、胆道屏障功能及细胞增殖的影响 | 首次揭示紧密连接蛋白Claudin-3在肝脏代谢稳态、胆汁酸保留和肝再生中肝细胞增殖中的必要性 | 未明确Claudin-3缺失导致代谢途径下调的分子机制,且仅在小鼠模型中验证 | 探索Claudin-3在肝脏代谢、屏障功能和细胞增殖中的调控及功能重要性 | 小鼠肝脏组织及肝细胞、胆管细胞 | 机器学习 | 肝脏疾病 | RNA-seq, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年Cldn3-/-与Cldn3+/+小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 193 | 2026-05-29 |
Epigenetic regulation of the PGE2 pathway modulates macrophage phenotype in normal and pathologic wound repair
2020-09-03, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.138443
PMID:32879137
|
研究论文 | 本研究揭示了PGE2通路的表观遗传调控在正常和病理伤口修复中调节巨噬细胞表型的机制 | 首次证明TGF-β诱导的miRNA29b通过抑制DNA甲基转移酶3b介导的Cox-2启动子高甲基化来增加COX-2/PGE2的产生,并发现混合谱系白血病1(MLL1)上调cPLA2表达驱动COX-2/PGE2通路;同时开发了靶向巨噬细胞的纳米疗法以改善糖尿病伤口修复 | 未提及具体局限性 | 研究PGE2通路在伤口巨噬细胞中的表观遗传调控机制及其在糖尿病伤口修复中的作用 | 人类和小鼠伤口巨噬细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类和小鼠伤口组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于人类伤口组织分析 |
| 194 | 2026-05-29 |
Simultaneous single-cell profiling of lineages and cell types in the vertebrate brain
2018-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.4103
PMID:29608178
|
研究论文 | 结合CRISPR-Cas9条形码编辑与单细胞RNA测序,同时分析脊椎动物大脑中的细胞谱系和细胞类型 | 首次将GESTALT谱系追踪技术与单细胞RNA测序结合,实现发育后期阶段的谱系信息捕获和细胞类型鉴定 | 未提及局限性 | 重建发育过程中细胞类型之间的谱系关系 | 幼年斑马鱼大脑中的细胞 | 单细胞基因组学 | NA | CRISPR-Cas9条形码编辑、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约6万个转录组,来自幼年斑马鱼大脑 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | scGESTALT方法 |
| 195 | 2026-05-28 |
MDK promotes the mast cell activation and pancreatic fibrosis in mice with chronic pancreatitis via MDK-NCL signaling pathway
2026-Jul-01, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2026.115043
PMID:42031197
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析和小鼠模型研究,发现MDK-NCL信号通路促进慢性胰腺炎中胰腺星状细胞与肥大细胞的相互作用及纤维化 | 首次揭示MDK-NCL配体-受体对在慢性胰腺炎中调控胰腺星状细胞与肥大细胞间的相互作用,并验证其促纤维化和炎症的机制 | 未提及具体局限性 | 探究慢性胰腺炎的发病机制,特别是MDK-NCL信号通路在胰腺纤维化和炎症中的作用 | 人类慢性胰腺炎单细胞RNA测序数据(GSE208536)和二丁基二氯化锡诱导的慢性胰腺炎小鼠模型 | 机器学习和数字病理学 | 慢性胰腺炎 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类单细胞RNA测序数据(GSE208536)及小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 196 | 2026-05-28 |
Integrating spatial and single-cell transcriptomics via machine learning to characterize efferocytosis in hepatocellular carcinoma prognosis and immunotherapy
2026-Jul, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102801
PMID:42140032
|
研究论文 | 通过机器学习整合空间与单细胞转录组学,表征肝癌预后与免疫治疗中的胞葬作用 | 首次将胞葬作用与肝细胞癌的空间微环境特征相结合,利用机器学习构建胞葬相关评分系统(ERG评分),揭示SPP1+巨噬细胞的空间分布与免疫抑制状态的关系 | 研究主要基于公开数据集,临床样本验证有限;体外实验仅验证了核心基因TPI1的表达,未进行体内功能验证 | 探究胞葬作用在肝细胞癌肿瘤微环境中的空间结构特征及对患者预后和免疫治疗的影响 | 肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据、空间转录组数据和批量转录组数据 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、批量转录组学、qRT-PCR、Western Blot | 机器学习算法组合(101种算法) | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本量,但整合了多个公开数据集 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序 | NA | NA |
| 197 | 2026-05-28 |
Multi-omics interrogation identifies IRF4 as a causal transcription factor in monocytes that suppresses colorectal cancer progression by remodeling the immune microenvironment and inhibiting EMT
2026-Jul, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102816
PMID:42140033
|
研究论文 | 通过多组学分析,确定IRF4是单核细胞中抑制结直肠癌进展的因果转录因子,其机制涉及重塑免疫微环境和抑制上皮间质转化 | 首次整合单细胞RNA测序、批量转录组数据和孟德尔随机化分析,因果性地识别出单核细胞相关转录因子IRF4在结直肠癌中的关键作用,并通过空间转录组学和体外实验验证其免疫调节功能和预后意义 | 未提及具体局限性 | 阐明结直肠癌进展和免疫逃逸的细胞和分子机制,尤其是识别关键的细胞亚群和转录因子 | 单核细胞及转录因子IRF4在结直肠癌中的作用 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,批量转录组分析,孟德尔随机化分析,空间转录组学,多重免疫去卷积算法,慢病毒介导的IRF4调控,流式细胞术,ELISA | NA | 基因表达数据,空间转录组数据,免疫细胞浸润数据 | 单细胞RNA测序数据集GSE161277,批量转录组数据来自GEO和TCGA,未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 198 | 2026-05-28 |
Multi-Omics profiling identify NNMT in tumor endothelium as a key regulator of CD8⁺ T cell exhaustion via the TGF signaling pathway
2026-Jul, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102809
PMID:42140035
|
研究论文 | 通过多组学分析发现肿瘤内皮细胞中的NNMT通过TGF信号通路调控CD8⁺ T细胞耗竭 | 首次鉴定NNMT在肿瘤相关内皮细胞中特异性过表达,并通过TGF-β信号通路调控CD8⁺ T细胞耗竭,提出NNMT作为ccRCC治疗靶点 | 主要基于体外细胞系和公共数据库分析,缺乏体内动物模型验证 | 探究ccRCC中CD8⁺ T细胞耗竭的机制并识别潜在治疗靶点 | ccRCC肿瘤微环境中的内皮细胞和CD8⁺ T细胞 | 机器学习和数字病理学 | 肾透明细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 临床样本数据 | TCGA队列样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 199 | 2026-05-28 |
Multiomics reveals CCL3-driving neuronal sensitization in chronic pruritus of unknown origin
2026-Jun, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.10.620
PMID:41320115
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示CCL3驱动不明原因慢性瘙痒中神经元敏化的机制 | 首次利用单细胞RNA测序鉴定出CCL3作为不明原因慢性瘙痒的潜在诊断生物标志物,并阐明CCL3-CCR1轴在慢性瘙痒中的关键神经免疫通路 | CCL3在小鼠中不直接作为瘙痒原,其作用机制需进一步验证;研究中使用的慢性干皮瘙痒模型可能不能完全代表人类疾病 | 探究不明原因慢性瘙痒的潜在机制,寻找诊断生物标志物和治疗靶点 | 不明原因慢性瘙痒患者及健康对照者、小鼠模型 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | CNN | 基因表达数据 | 不明原因慢性瘙痒患者和健康对照者外周血单核细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 200 | 2026-05-28 |
Skin fibroblasts in health and disease: From extracellular matrix remodeling to immune regulation
2026-Jun, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.12.002
PMID:41493297
|
综述 | 回顾了皮肤成纤维细胞在健康和疾病中的功能,重点关注其从细胞外基质重塑到免疫调节的转变 | 将成纤维细胞重新定义为动态的免疫调节细胞,并利用单细胞和空间转录组学揭示其异质性和疾病特异性表型 | 关于皮肤成纤维细胞的谱系特性、功能可塑性和表型驱动基因调控网络仍存在知识空白 | 综合当前对皮肤成纤维细胞异质性、可塑性及其在炎症性皮肤病中多样功能的理解 | 皮肤成纤维细胞在自身免疫性、过敏性、纤维化和肿瘤性皮肤病中的功能 | 数字病理学 | 炎症性皮肤病 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 用于单细胞和空间转录组学分析的平台 |