单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-05-03	Group 1 ILCs: Heterogeneity, plasticity, and transcriptional regulation 2024-05, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.13327 PMID:38563448	review	本文综述了小鼠第1组先天淋巴样细胞（ILCs）的基本特征，包括其发育程序、表型异质性、可塑性及转录调控	利用单细胞RNA测序技术揭示了第1组ILCs的异质性，并通过命运图谱研究增进了对这些细胞发育和效应成熟程序的理解	主要关注小鼠模型，人类ILCs的相关研究可能有所不同	探讨第1组ILCs的发育程序、表型异质性、可塑性及转录调控	小鼠第1组先天淋巴样细胞（ILC1s和NK细胞）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），命运图谱研究	NA	基因表达数据	NA
182	2025-05-03	Envelope protein-specific B cell receptors direct lentiviral vector tropism in vivo 2024-May-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.002 PMID:38449314	研究论文	研究通过系统性给药慢病毒载体后，脾脏B细胞被高效转导的现象，并发现不同假型包膜蛋白导致转导不同的B细胞亚群	揭示了不同假型包膜蛋白通过特异性B细胞受体(BCR)介导病毒进入，从而选择性转导特定B细胞亚群的新机制	NA	探索慢病毒载体系统性给药后转基因表达的生物分布机制	脾脏B细胞	基因治疗	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
183	2025-05-03	Unveiling cell subpopulations in T1D mouse islets using single-cell RNA sequencing 2024-May-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism DOI:10.1152/ajpendo.00323.2023 PMID:38506753	research paper	利用单细胞RNA测序技术揭示T1D小鼠胰岛中的细胞亚群	首次在T1D小鼠模型中通过scRNA-Seq技术鉴定了11种主要的胰岛细胞类型，并发现α和β细胞的异质性可能在T1D发展中起关键作用	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类T1D尚需验证	探究T1D小鼠胰岛细胞的异质性及其与疾病发展的关系	链脲佐菌素诱导的T1D小鼠模型	digital pathology	diabetes	scRNA-Seq, flow cytometry	NA	RNA sequencing data	T1D小鼠胰岛组织
184	2025-05-03	Nfe2l3 promotes neuroprotection and long-distance axon regeneration after injury in vivo 2024-May, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2024.114741 PMID:38395216	研究论文	本研究探讨了Nfe2l3在神经保护和长距离轴突再生中的作用，并揭示了其在治疗中枢神经系统损伤和疾病中的潜在应用	首次揭示了Nfe2l3在神经保护和轴突再生中的功能，并发现其与已知的神经保护和轴突再生机制相关	研究主要集中在小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究Nfe2l3在神经保护和轴突再生中的作用及其治疗潜力	小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs）和皮质投射神经元	神经科学	中枢神经系统损伤和疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和病毒载体递送技术	NA	RNA-seq数据	小鼠的视网膜神经节细胞和皮质投射神经元
185	2025-05-03	How Mycobacterium tuberculosis builds a home: Single-cell analysis reveals M. tuberculosis ESX-1-mediated accumulation of anti-inflammatory macrophages in infected mouse lungs 2024-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.20.590421 PMID:38712150	research paper	研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了结核分枝杆菌（MTB）ESX-1分泌系统在感染小鼠肺部时对单核吞噬细胞（MNPs）的招募和分化的影响	首次揭示了MTB ESX-1系统如何通过调控MNPs的招募和分化，促进抗炎信号的上调，从而帮助MTB在宿主体内生存	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究MTB ESX-1系统在感染过程中对宿主免疫反应的调控机制	小鼠和鼠骨髓来源的巨噬细胞（BMDM）	infectious disease	tuberculosis	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	小鼠和鼠骨髓来源的巨噬细胞（BMDM）
186	2025-05-03	Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues 2024-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.06.547944 PMID:37461466	研究论文	介绍了一种名为MMoCHi的多模态分层分类方法，用于整合CITE-seq数据中的基因和蛋白质表达信息，以准确注释免疫细胞类型	提出了一种不依赖参考图谱的标记方法MMoCHi，能够整合基因和蛋白质表达数据，优于现有的转录组分类器和多模态无监督聚类方法	未明确提及具体局限性	开发一种能够整合单细胞转录组和表面蛋白质组数据的分类器，以更准确地注释免疫细胞类型	免疫细胞，特别是T淋巴细胞亚群和跨组织的人类免疫细胞数据集	单细胞测序数据分析	NA	CITE-seq, scRNA-seq	MMoCHi	单细胞转录组和表面蛋白质组数据	已分类的T淋巴细胞亚群和跨组织的人类免疫细胞数据集
187	2025-05-03	Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer 2024-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.30.578066 PMID:38352515	meta-analysis	通过整合小鼠和人类前列腺单细胞转录组数据，研究上皮细胞可塑性在组织退化、再生和癌症中的作用	揭示了前列腺上皮细胞在正常、退化及癌症状态下的转录组相似性，并发现雄激素依赖性可塑性	研究主要基于转录组数据，可能缺乏蛋白质水平或功能实验的验证	探究前列腺上皮细胞的可塑性及其在前列腺癌发生和治疗反应中的作用	小鼠和人类前列腺的单细胞转录组数据	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq	NA	transcriptomic data	多个已发表和新的scRNA-seq数据集
188	2025-05-03	Cellular Senescence Contributes to the Progression of Hyperoxic Bronchopulmonary Dysplasia 2024-Feb, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0038OC PMID:37874230	research paper	该研究探讨了细胞衰老在高氧性支气管肺发育不良（BPD）进展中的作用，并测试了几种潜在的治疗策略	首次提出细胞衰老在BPD进展中的关键作用，并验证了通过减少髓过氧化物酶氧化剂生成、内质网应激和细胞衰老来治疗BPD的潜在策略	研究主要基于动物模型，人类样本有限，临床转化需要进一步验证	探究细胞衰老在BPD发病机制中的作用并寻找潜在治疗靶点	人类尸检肺组织和暴露于高氧环境的Sprague-Dawley大鼠幼崽	呼吸系统疾病研究	支气管肺发育不良	组织学检查、转录组学分析、免疫印迹、单细胞RNA测序	动物模型（大鼠）	组织样本、基因表达数据	人类尸检肺组织样本和实验大鼠
189	2025-05-03	Transcriptomic profiling of thymic dysregulation and viral tropism after neonatal roseolovirus infection 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1375508 PMID:38895117	研究论文	通过单细胞RNA测序研究新生儿玫瑰疹病毒感染后胸腺的转录组变化和病毒趋向性	首次全面描述了玫瑰疹病毒在新生儿感染后的胸腺趋向性，并建立了首个体外易感MRV感染的细胞培养系统	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究新生儿玫瑰疹病毒感染如何导致胸腺功能失调和自身免疫疾病	小鼠玫瑰疹病毒(MRV)感染的胸腺细胞	转录组学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，研究对象为MRV感染的小鼠胸腺细胞
190	2025-05-03	Metabolic reprogramming and macrophage expansion define ACPA-negative rheumatoid arthritis: insights from single-cell RNA sequencing 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1512483 PMID:39830504	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究ACPA阴性类风湿关节炎（ACPA- RA）的代谢重编程和巨噬细胞扩增特征	首次整合单细胞RNA测序与机器学习，构建神经网络模型区分ACPA- RA患者与健康对照，并揭示其独特的代谢特征	样本来源仅限于外周血单个核细胞和滑膜组织，未涉及其他可能相关的组织或细胞类型	阐明ACPA- RA的独特细胞和代谢特征，以提供更有针对性的诊断和治疗策略	ACPA阴性和阳性类风湿关节炎患者及健康对照的外周血单个核细胞和滑膜组织	数字病理学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络	RNA测序数据	ACPA- RA患者、ACPA+ RA患者及健康对照的外周血单个核细胞和滑膜组织样本
191	2025-05-03	Myeloid dendritic cells and periodontal disease association: integrated study of single-cell sequencing and Mendelian randomization analysis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522281 PMID:39830509	研究论文	通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，探讨髓样树突状细胞与牙周病之间的关联	结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，首次发现LIMA1基因在牙周病进展中的关键作用	研究样本来源于公开数据集，可能无法完全代表所有牙周病患者群体	阐明牙周病的发病机制，为精准医疗提供新靶点	牙周病患者和健康对照的免疫细胞	生物信息学	牙周病	scRNA-seq, 孟德尔随机化分析	Seurat, CellChat, ClusterProfilerR	单细胞RNA测序数据	GSE152042数据集中的样本
192	2025-05-03	scRNA-seq reveals elevated interferon responses and TNF-α signaling via NFkB in monocytes in children with uncomplicated malaria 2024, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.3389/ebm.2024.10233 PMID:39830896	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究儿童无并发症疟疾中单核细胞的干扰素反应和TNF-α信号传导机制	首次在儿童无并发症疟疾中，利用单细胞RNA测序技术揭示了单核细胞中干扰素反应和TNF-α信号传导的增强现象	样本量相对较小（n=11），且仅针对无并发症疟疾儿童，结果可能不适用于其他人群或疾病阶段	探究宿主-寄生虫因素与症状性疟疾的关系，以及免疫反应的差异	224名个体（134名患者和90名无症状对照），其中11名进行了单细胞RNA测序	免疫学	疟疾	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	224名个体（11名进行scRNA-seq）
193	2025-05-03	Circadian regulation of lung repair and regeneration 2023-08-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.164720 PMID:37463053	研究论文	探讨生物钟对肺修复和再生的调控作用及其机制	首次揭示了生物钟通过不同途径调控肺再生，并提出将生物钟维度纳入肺修复治疗的新思路	未明确生物钟调控肺再生的具体分子机制	研究生物钟在肺修复和再生中的作用	肺器官样体、气管细胞、肺泡上皮细胞	生物医学	呼吸道感染	单细胞RNA测序、器官样体培养	生物钟紊乱模型	基因表达数据、临床数据	UK Biobank数据库样本及实验模型
194	2025-05-03	Cryobanking of Human Distal Lung Epithelial Cells for Preservation of Their Phenotypic and Functional Characteristics 2022-12, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2021-0507MA PMID:36036918	研究论文	本文详细介绍了一种用于冷冻保存小鼠或人类肺组织上皮细胞以保持其表型和功能特性的方法	提出了一种新的冷冻保存方法，能够长期保存远端肺组织的上皮细胞，适用于下游肺细胞功能和分子表型分析	未提及该方法是否适用于其他类型的肺细胞或组织	开发一种有效的冷冻保存方法，以保持远端肺组织上皮细胞的表型和功能特性	人类和小鼠的远端肺组织上皮细胞	细胞生物学	NA	流式细胞术、上皮类器官形成效率分析、单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类和小鼠的远端肺组织
195	2025-05-02	RORγt eTACs mediate oral tolerance and Treg induction 2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20250573 PMID:40298935	research paper	该研究揭示了RORγt eTACs在口服耐受和Treg诱导中的关键作用	首次证实RORγt eTACs是口服耐受诱导的必要细胞群体，并发现其独特的Itgb8表达特征	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需验证	阐明口服耐受的细胞机制和关键调控细胞	RORγt谱系抗原呈递细胞（包括ILC3s、树突状细胞和R-eTACs）	免疫学	自身免疫疾病	谱系追踪、单细胞测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型
196	2025-05-02	Taurine ameliorates liver fibrosis by repressing Fpr2-regulated macrophage M1 polarization 2025-Jun-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177614 PMID:40216178	研究论文	本研究探讨了牛磺酸通过抑制Fpr2调控的巨噬细胞M1极化来改善肝纤维化的机制	揭示了牛磺酸通过SLC6A6转运体和Fpr2/NF-κBp65通路调控巨噬细胞极化状态的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明牛磺酸在肝纤维化中的保护作用机制	人类纤维化肝组织样本和两种不同的小鼠肝纤维化模型	肝脏病理学	肝纤维化	氨基酸代谢组学、基因表达微阵列分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	SLC6A6野生型和敲除小鼠模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	人类纤维化肝组织样本和两种小鼠模型
197	2025-05-02	Integrating Bulk RNA and Single-Cell Sequencing Data Unveils Efferocytosis Patterns and ceRNA Network in Ischemic Stroke 2025-Jun, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01255-8 PMID:38678526	研究论文	本研究通过整合大量RNA和单细胞测序数据，揭示了缺血性中风中的细胞凋亡清除模式和ceRNA网络	首次整合大量RNA和单细胞测序数据，识别出与细胞凋亡清除相关的关键基因和转录因子，并验证了miR-125b-5p作为缺血性中风的治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型，未涉及人类临床试验	探讨缺血性中风后炎症和细胞凋亡清除的分子机制及其对脑损伤和恢复的影响	缺血性中风患者和小鼠模型的基因表达数据	生物信息学	缺血性中风	RNA测序、单细胞测序、GSEA、GO、KEGG分析	LASSO、ceRNA网络	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE137482-3m、GSE137482-18m、GSE30655、GSE174574、GSE56267、GSE122709、GSE215212、GSE231431）和小鼠MCAO模型
198	2025-05-02	Single-Cell Transcriptomics Revealed White Matter Repair Following Subarachnoid Hemorrhage 2025-Jun, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01265-6 PMID:38861152	研究论文	通过单细胞转录组学揭示蛛网膜下腔出血后白质修复的机制	首次在SAH模型小鼠中识别出修复性小胶质细胞在白质富集区域的浸润和克隆扩增，并发现小胶质细胞相关多效蛋白（PTN）通过mTOR信号通路调控少突胶质前体细胞（OPCs）	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	探究蛛网膜下腔出血后急性期和亚急性期脑细胞亚群在白质损伤修复中的作用	SAH模型小鼠的脑细胞亚群	神经科学	蛛网膜下腔出血	单细胞RNA测序、基因集富集分析、CellChat软件包分析、磁共振成像、免疫荧光双染色、Western blot	SAH小鼠模型	单细胞转录组数据、影像数据、蛋白质数据	SAH模型小鼠的脑组织样本
199	2025-05-02	Single-cell transcriptomics in a child with coenzyme Q10 nephropathy: potential of single-cell RNA sequencing in pediatric kidney disease 2025-May, Pediatric nephrology (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00467-024-06611-2 PMID:39805995	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了一名辅酶Q10肾病患儿的肾脏活检样本，揭示了该疾病在细胞水平上的基因表达变化	首次在辅酶Q10肾病中应用单细胞RNA测序技术，揭示了跨细胞类型的线粒体基因表达下调特征	研究仅基于单个病例样本，结果需要更大样本验证	阐明辅酶Q10肾病在单个细胞水平的基因表达变异	5岁男性辅酶Q10肾病患儿的肾脏活检组织	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	1例患儿肾脏活检样本
200	2025-05-02	Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung 2025-May-01, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027884 PMID:40014797	research paper	该研究揭示了成人肺中存在功能性造血祖细胞，这些细胞具有增殖和移植能力，并在免疫、巨核细胞/血小板和红细胞相关通路中表现出更高的基线激活	首次在成人肺中鉴定出功能性造血祖细胞，并发现其基因特征与骨髓中的造血祖细胞不同，具有独特的免疫和造血相关通路激活	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类肺中造血祖细胞的实际功能和在人体内的作用仍需进一步验证	探索成人肺中是否存在功能性造血祖细胞及其特征	成人肺中的造血祖细胞	NA	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA