单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-09-30	Netrin-1 blockade inhibits tumour growth and EMT features in endometrial cancer 2023-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06367-z PMID:37532934	研究论文	本研究探讨了Netrin-1阻断在子宫内膜癌治疗中的效果，通过临床前模型和I期临床试验验证其抑制肿瘤生长和上皮间质转化的作用	首次报道Netrin-1在子宫内膜癌中的上调现象，并证明其阻断剂NP137能够同时诱导肿瘤消退和抑制EMT，且与标准化疗联合使用效果更佳	I期临床试验样本量较小（14例患者），需要更大规模的临床试验验证疗效	评估Netrin-1阻断在子宫内膜癌治疗中的疗效和机制	子宫内膜癌患者和小鼠模型	肿瘤学研究	子宫内膜癌	RNA-seq、空间转录组学、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据、临床数据	14例晚期子宫内膜癌患者和EC小鼠模型
182	2025-09-30	Cryopreservation and post-thaw characterization of dissociated human islet cells 2022, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0263005 PMID:35081145	研究论文	本研究优化了分离人胰岛细胞的冷冻保存方法，获得了可用于糖尿病研究的功能性细胞	开发了分级冷冻方案，首次系统评估了冷冻保存对胰岛细胞分子表型和功能特性的影响	未明确说明样本数量和具体实验重复次数	优化胰岛细胞冷冻保存方法，为糖尿病研究提供细胞来源	分离的人胰岛细胞	细胞生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、膜片钳电生理学、冷冻保存技术	NA	基因表达数据、电生理数据	NA
183	2025-09-29	Daytime SHP2 inhibitor dosing, when immune cell numbers are elevated, shrinks neurofibromas 2025-Dec, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202503359 PMID:40992926	研究论文	本研究探讨SHP2抑制剂在特定给药时间通过靶向单核细胞来源的巨噬细胞缩小神经纤维瘤的机制	发现SHP2抑制剂仅在白天给药时有效缩小肿瘤，揭示了药物疗效与髓系细胞浸润昼夜模式的关联	研究仅在动物模型中进行，尚未验证人类患者的适用性	研究SHP2抑制剂对神经纤维瘤体积和免疫微环境的影响	神经纤维瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	神经纤维瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、细胞计数数据	NA
184	2025-09-29	Lichenoid graft-versus-host disease shows a high interferon score, with IFNAR1 inhibition preventing skin inflammation 2025-Oct, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV IF:8.4Q1 DOI:10.1111/jdv.20760 PMID:40439472	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了苔藓样移植物抗宿主病的干扰素特征，并在小鼠模型中验证了IFNAR1抗体治疗的潜力	首次通过单细胞RNA测序揭示lGVHD皮肤的干扰素特征，并证明IFNAR1抗体可预防皮肤炎症	人类样本量较小（n=3），需要更大规模研究验证	解析苔藓样GVHD的免疫机制并评估阻断I型干扰素通路的效果	人类lGVHD皮肤样本和小鼠ccGVHD模型	免疫学	移植物抗宿主病	scRNA-Seq, bulk-RNA-Seq, 定量PCR, 微阵列数据分析	小鼠异基因移植模型	基因表达数据	人类皮肤样本：lGVHD 3例+健康对照4例（单细胞测序），lGVHD 13例+健康对照10例（PCR）；小鼠模型使用公开微阵列数据
185	2025-09-29	The bone marrow immune ecosystem shapes daratumumab acquired resistance in plasma cell myeloma 2025-Oct, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-025-02712-5 PMID:40750676	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和数字空间分析技术揭示了多发性骨髓瘤患者对达雷妥尤单抗获得性耐药的骨髓免疫生态系统机制	首次系统性地揭示了骨髓免疫生态系统中IFN-γ通过激活MYC调控网络诱导达雷妥尤单抗获得性耐药的新机制	样本量相对有限，需要更大规模的临床验证	探究多发性骨髓瘤对达雷妥尤单抗产生获得性耐药的免疫学机制	多发性骨髓瘤患者治疗前后的配对样本	肿瘤免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，数字空间分析，体外和体内实验	单细胞调控网络推断	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	配对治疗前后样本，4个外部验证队列（GSE24080、GSE136337、GSE57317和coMMpass）
186	2025-09-29	SPP1 exacerbates ischemic stroke by promoting ferroptosis induced brain injury 2025-Oct-01, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152627 PMID:40957318	研究论文	本研究揭示SPP1通过PI3K/AKT信号通路加剧铁死亡诱导的脑损伤，从而恶化缺血性卒中	首次发现SPP1通过调控PI3K/AKT信号通路促进脑缺血再灌注损伤中的铁死亡过程	研究主要基于细胞和动物模型，尚未在临床样本中验证	探究SPP1在缺血性卒中中的作用机制及其与铁死亡的关系	HT22细胞系和小鼠MCAO/R模型	分子生物学	缺血性卒中	单细胞测序、Western blot、蛋白组学分析、免疫荧光、电子显微镜	NA	蛋白质表达数据、显微镜图像、活性氧定量数据	HT22细胞系和小鼠模型（具体数量未明确说明）
187	2025-09-29	Computational Analysis of Exosome-Derived Signature in TNBC: Integrating Single-Cell and Bulk Transcriptomics for Prognosis Prediction 2025-Oct, Clinical and translational science DOI:10.1111/cts.70368 PMID:40994257	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据，开发基于外泌体相关基因的三阴性乳腺癌预后预测模型	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，从外泌体相关基因构建预后特征，并发现其与肿瘤免疫微环境的关联	需要进一步验证EDPS与外泌体生物学的直接关系	探索外泌体相关基因在三阴性乳腺癌预后预测中的作用	三阴性乳腺癌患者样本	计算生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、机器学习	整合机器学习、Cox回归	基因表达数据	10个TNBC样本的31,140个细胞，TCGA和METABRIC队列的批量RNA-seq数据
188	2025-09-29	How Single-Cell Transcriptomics of Hydractinia Is Informing the Evolution of Cnidarian Sensory Systems 2025-Sep-26, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf090 PMID:40504553	综述	本文综述了利用水螅虫单细胞转录组学研究刺胞动物感觉系统的演化	构建了更新的水螅虫单细胞转录组图谱，探索细胞类型特异性标记和再生机制	NA	研究刺胞动物感觉系统的演化和细胞生物学	水螅虫（Hydractinia）的细胞类型和感觉系统	发育生物学	NA	单细胞转录组学、CRISPR/Cas9基因敲除、shRNA敲低、转基因报告系统	NA	转录组数据	两种水螅虫物种（H. symbiolongicarpus和H. echinata）的实验室克隆系
189	2025-09-29	Shedding Light on Patterns of Unconventional Expression of Opsin Genes in Hydra vulgaris 2025-Sep-26, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf100 PMID:40581592	研究论文	本研究通过分析水螅的单细胞RNA测序数据，揭示了视蛋白基因在神经元和非神经元细胞类型中的非常规表达模式	首次系统性地描述了水螅中视蛋白基因在非神经元细胞类型中的广泛表达，并发现其在发育过程中的动态表达模式	研究基于已发表的测序数据，缺乏实验验证视蛋白在非神经元细胞中的具体功能	探究刺胞动物中非神经元细胞视蛋白表达的普遍性及其潜在功能	淡水水螅(Hydra vulgaris)的细胞类型和分化状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ATAC-seq	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	基于已发表的水螅单细胞测序数据集
190	2025-09-29	Chromosomal instability degrades developmental phenotypes essential for anti-GD2 immunotherapy outcomes in high-risk neuroblastoma 2025-Sep-26, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102375 PMID:41015032	研究论文	本研究通过分析840例高风险神经母细胞瘤样本，揭示了染色体不稳定性通过降解发育表型影响抗GD2免疫治疗效果的机制	首次将染色体11q缺失与神经母细胞瘤发育表型退化联系起来，并发现这种退化会损害抗GD2免疫治疗效果	仅分析了19对活检样本进行克隆进化研究，样本量有限	探索高风险神经母细胞瘤多模式治疗（含抗GD2免疫治疗）后的基因组相关性及治疗效果机制	高风险神经母细胞瘤患者肿瘤样本	癌症基因组学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序，基因组分析	NA	基因组数据，RNA测序数据	840个肿瘤样本，19对活检样本
191	2025-09-29	SPP1-Mediated Crosstalk Between Macrophage and Fibroblasts Promotes Benign Airway Stenosis 2025-Sep-26, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2025.110627 PMID:41015147	研究论文	本研究通过大鼠模型和体外共培养系统揭示了M2巨噬细胞通过SPP1介导的信号通路促进良性气道狭窄的纤维化机制	首次发现SPP1介导的巨噬细胞-成纤维细胞相互作用在良性气道狭窄中的关键作用，并证实雷帕霉素可通过抑制该通路改善气道通畅性	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床验证	阐明M2巨噬细胞在良性气道狭窄发病机制中的作用	SD大鼠模型、人肉芽组织来源的成纤维细胞、正常气道组织成纤维细胞	病理机制研究	良性气道狭窄	单细胞RNA测序、生物信息学分析、体外共培养系统	SD大鼠气道狭窄模型	基因表达数据、组织病理学数据	SD大鼠分为5个实验组（正常对照组和建模后第1、4、7、14天组）
192	2025-09-29	Integrated single-cell transcriptomics and Mendelian randomization identify neutrophil-associated biomarker genes in colorectal cancer 2025-Sep-25, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03452-9 PMID:40996626	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学与孟德尔随机化分析，识别出结直肠癌中与中性粒细胞相关的关键生物标志物基因PRDX1和FTH1	首次结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和共定位分析系统鉴定中性粒细胞相关基因在结直肠癌中的因果作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限	揭示中性粒细胞浸润在结直肠癌中的作用机制并识别关键基因	结直肠癌患者的中性粒细胞及相关基因	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)、共定位分析(coloc)、免疫组化验证	NA	基因表达数据、eQTL数据	来自GEO数据库(GSE231559)和BioBank Japan(BBJ-a-107)的多个独立队列
193	2025-09-29	Identification of immunosuppressive CD4+ T-cell subtype and construction of prognostic model for hepatocellular carcinoma 2025-Sep-25, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03556-2 PMID:40996677	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序鉴定肝细胞癌中免疫抑制性CD4+ T细胞亚型并构建预后模型	首次识别SPP1+TNFRSF18+ CD4+ T细胞作为肝细胞癌免疫逃逸的关键驱动因素，并构建基于9个基因的预后预测模型	样本量相对有限（16例患者），需要更大规模队列验证	阐明CD4+ T细胞在肝细胞癌免疫逃逸中的作用机制并开发预后预测工具	肝细胞癌患者肿瘤组织中的免疫细胞	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、GSVA、SCENIC、CellChat、LASSO Cox回归、分子对接和动力学模拟	LASSO Cox回归模型	基因表达数据	16例肝细胞癌患者（GSE149614），TCGA-LIHC队列和GSE109211验证队列
194	2025-09-29	Tabersonine inhibits inflammation and apoptosis through the JAK1/STAT3 signaling pathway to alleviate LPS-induced acute lung injury 2025-Sep-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-17885-3 PMID:40998926	研究论文	本研究探讨塔博赛宁通过JAK1/STAT3信号通路抑制炎症和细胞凋亡，缓解LPS诱导的急性肺损伤的作用机制	首次通过网络药理学预测结合实验验证，发现塔博赛宁通过JAK1/STAT3通路治疗急性肺损伤的新机制	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未进行临床验证	探究塔博赛宁治疗急性肺损伤的分子机制	LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型和RAW264.7巨噬细胞系	分子药理学	急性肺损伤	网络药理学、单细胞转录组分析、分子对接、Western blot、流式细胞术	动物模型、细胞模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据	GSE225664单细胞转录组数据集、LPS诱导的小鼠模型和RAW264.7细胞系
195	2025-09-29	Single-Cell transcriptomic profiles of peripheral blood immune cells reveal early monocyte and platelet activation in the transition from high-risk states to clinical sepsis 2025-Sep-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-17078-y PMID:40998960	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示外周血免疫细胞在脓毒症高风险状态向临床脓毒症转变过程中的早期单核细胞和血小板激活特征	首次在单细胞水平上系统描绘脓毒症发展过程中免疫细胞的转录组重编程，发现S100A8/A9和IFITM2/3核心基因集在高风险阶段和临床脓毒症中的持续上调	研究样本量相对有限，需要在更大规模队列中验证发现	阐明从高风险状态向临床脓毒症转变过程中的免疫细胞变化机制	健康对照、高风险个体和临床脓毒症患者的外周血免疫细胞	单细胞转录组学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	包含健康对照、高风险个体、临床脓毒症患者，以及极早产脓毒症婴儿和糖尿病老年患者的独立队列
196	2025-09-29	Evaluation of cell type annotation reliability using a large language model-based identifier 2025-Sep-25, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08745-x PMID:40998963	研究论文	开发了一种基于大语言模型的细胞类型标识工具LICT，用于评估单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的可靠性	首次将大语言模型与多模型集成和'人机对话'方法相结合，用于细胞类型注释可靠性评估	NA	解决单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性问题	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	大语言模型	基因表达数据	多个不同数据集
197	2025-09-29	MitoDelta: identifying mitochondrial DNA deletions at cell-type resolution from single-cell RNA sequencing data 2025-Sep-25, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11931-0 PMID:40999372	研究论文	开发了首个从单细胞RNA测序数据中检测细胞类型特异性线粒体DNA缺失的计算流程MitoDelta	首个专门从单细胞RNA测序数据检测细胞类型特异性mtDNA缺失的方法，利用mtDNA高拷贝数和稳定转录的特性	NA	开发检测细胞类型特异性线粒体DNA缺失的计算方法	线粒体DNA缺失变异	生物信息学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	beta-二项分布模型	单细胞转录组数据	已发表的帕金森病单核RNA测序数据集
198	2025-09-29	EMB is essential for enteric nervous system development mediated by PI3K signaling 2025-Sep-25, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01538-1 PMID:40999499	研究论文	本研究揭示了EMB通过PI3K信号通路调控肠道神经系统发育的重要机制	首次发现EMB通过招募PP2A至细胞膜促进PI3K-AKT通路激活，从而调控肠道神经嵴细胞发育	PI3K或AKT激动剂仅能部分恢复斑马鱼emb突变体的ENS发育缺陷	探究EMB在肠道神经系统发育中的功能及其分子机制	肠道神经嵴细胞(ENCCs)	发育生物学	先天性巨结肠症(HSCR)	scRNA-seq、免疫荧光染色、基因敲除、迁移实验、类器官培养	斑马鱼和小鼠基因敲除模型	基因表达数据、表型数据、患者变异数据	斑马鱼和小鼠模型，以及HSCR患者队列
199	2025-09-29	Tumor-derived CCL5 recruits CCR1+ macrophages to suppress apoptosis and drive proliferation in duodenal adenocarcinoma 2025-Sep-25, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.218064 PMID:41015267	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了十二指肠腺癌中肿瘤细胞通过分泌CCL5招募CCR1+巨噬细胞抑制细胞凋亡并促进增殖的机制	首次在十二指肠腺癌中发现CCL5/CCR1轴介导的肿瘤-巨噬细胞互作机制，并证明靶向该轴可增强化疗效果	研究样本量有限，需要更大规模验证	阐明十二指肠腺癌肿瘤微环境中肿瘤细胞与免疫细胞的相互作用机制	十二指肠腺癌患者肿瘤组织及匹配的正常组织	肿瘤免疫学	十二指肠腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，患者来源类器官培养，转录组分析	患者来源类器官模型	RNA测序数据，功能实验数据	十二指肠腺癌患者肿瘤及匹配正常组织样本
200	2025-09-29	Molecular Insights into the Role of Tumor-specific Endothelial Cells in Metastasis 2025-Sep-25, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.104964 PMID:41015325	综述	探讨肿瘤特异性内皮细胞在肿瘤转移中的作用机制及靶向治疗策略	系统阐述肿瘤特异性内皮细胞区别于正常内皮细胞的独特基因表达特征及其在转移和免疫逃逸中的双重作用机制	NA	阐明肿瘤特异性内皮细胞在肿瘤进展中的功能并探索相关靶向治疗策略	肿瘤特异性内皮细胞	肿瘤生物学	癌症	单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	分子表达数据	NA