单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-07-25	GPC2-targeted CAR T cells engineered with NFAT-inducible membrane-tethered IL-15/IL-21 exhibit enhanced activity against neuroblastoma 2025-Jun-26, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0975 PMID:40569285	研究论文	该研究评估了靶向GPC2的CAR T细胞在表达IL-15和IL-21时对高负荷神经母细胞瘤的疗效	通过NFAT诱导型膜锚定IL-15/IL-21的表达增强CAR T细胞功能，同时降低系统性毒性	需要在进一步研究中验证这些发现	优化CAR T细胞疗法以治疗高负荷神经母细胞瘤	神经母细胞瘤	免疫治疗	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	CAR T细胞	体外和体内实验数据	高负荷神经母细胞瘤异种移植模型
182	2025-07-25	Spatial determinants of tumor cell dedifferentiation and plasticity in primary cutaneous melanoma 2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.21.660851 PMID:40667360	研究论文	本研究通过整合高plex循环免疫荧光成像、空间转录组学和传统组织学方法，探讨了早期黑色素瘤中肿瘤细胞去分化和真皮侵袭的相关因素	揭示了早期黑色素瘤中肿瘤可塑性和空间异质性的早期出现及其与微环境局部特征的关联	早期疾病的详细空间分析仍然有限	揭示黑色素瘤起始、进展和免疫监视的基本机制	原发性皮肤黑色素瘤	数字病理学	黑色素瘤	高plex循环免疫荧光成像(CyCIF)、空间转录组学、传统组织学	NA	图像、转录组数据	多个原发性癌症样本，每个癌症中的100-300细胞微区域
183	2025-07-25	Transcriptomic analysis reveals novel targets in benign schwannoma using machine learning 2025-Jun-21, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.06.048 PMID:40550384	研究论文	本研究通过机器学习辅助的转录组和单细胞分析，识别良性神经鞘瘤的关键免疫相关生物标志物，并构建疾病评估预测模型	识别了五个新的免疫相关生物标志物，并验证了它们在神经鞘瘤进展中的生物学意义	预测模型的AUC值为0.67，可能还需要进一步优化以提高准确性	识别良性神经鞘瘤的关键免疫相关生物标志物并构建预测模型	良性神经鞘瘤的转录组数据和单细胞数据	机器学习	神经鞘瘤	转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、LASSO、SVM、随机森林算法	LASSO、SVM、随机森林	转录组数据、单细胞数据	GSE108524数据集中的样本，以及NF2敲除小鼠模型
184	2025-07-25	Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling 2025-Jun-19, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.031 PMID:40541184	研究论文	本研究探讨了胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号促进弥漫性中线胶质瘤生长的机制	首次揭示了中脑胆碱能神经元活动通过特定神经环路调控弥漫性中线胶质瘤增殖的机制，并发现毒蕈碱受体M1/M3在此过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类患者的临床相关性需要进一步验证	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的调控机制	弥漫性中线胶质瘤(DMG)和少突胶质前体细胞(OPCs)	神经肿瘤学	弥漫性中线胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据、电生理数据	未明确说明具体样本数量，使用DMG小鼠模型和原代DMG样本
185	2025-07-25	Integrating Artificial Intelligence in Next-Generation Sequencing: Advances, Challenges, and Future Directions 2025-Jun-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47060470 PMID:40699869	综述	本文探讨了人工智能（AI）与下一代测序（NGS）的协同关系，及其在基因组研究和临床应用中的变革性影响	AI驱动的工具（如机器学习和深度学习）优化了NGS工作流程的各个方面，从实验设计到生物信息学分析，并在变异检测、表观基因组分析等领域超越了传统方法	存在数据异质性、模型可解释性及伦理问题等挑战	探索AI在NGS中的应用及其对基因组学和精准医学的推动作用	基因组数据及其在癌症研究和药物发现中的应用	机器学习	癌症	NGS, TGS	CNN, RNN, 混合架构	基因组数据	NA
186	2025-07-25	Distinct molecular patterns in R6/2 HD mouse brain: Insights from spatiotemporal transcriptomics 2025-Jun-06, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.05.014 PMID:40482637	研究论文	通过时空转录组学揭示R6/2亨廷顿病小鼠脑中的分子模式	整合了10× Genomics Visium空间转录组学和单核RNA测序（snRNA-seq）技术，提供了区域、时间和细胞类型特异性的调控通路信息	研究仅针对R6/2小鼠模型，可能无法完全反映人类亨廷顿病的复杂性	理解亨廷顿病的分子机制	R6/2亨廷顿病小鼠脑组织	生物信息学	亨廷顿病	10× Genomics Visium空间转录组学, 单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	R6/2小鼠脑组织（出生后0天[P0]、4周和12周）
187	2025-07-25	Immune reconstitution following allogeneic hematopoietic cell transplantation and CAR-T therapy: dynamics, determinants, and directions 2025-Jun, Best practice & research. Clinical haematology DOI:10.1016/j.beha.2025.101634 PMID:40701740	review	本文综述了异基因造血细胞移植（allo-HCT）和CAR-T疗法后免疫重建的动态过程、影响因素及优化策略	总结了当前关于免疫重建动力学的知识，并评估了不同移植和CAR-T设置的影响，讨论了优化免疫监测和治疗方法的个性化策略	未提及具体研究样本量或实验设计的局限性	探讨异基因造血细胞移植和CAR-T疗法后的免疫重建过程及其临床意义	接受异基因造血细胞移植和CAR-T疗法的患者	免疫学	白血病	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
188	2025-07-25	Reconstructing Dynamic Gene Regulatory Networks Using f-Divergence from Time-Series scRNA-Seq Data 2025-May-30, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47060408 PMID:40699807	研究论文	提出了一种基于f-散度的动态基因调控网络推断方法f-DyGRN，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中重建动态基因调控网络	首次将f-散度应用于量化单细胞基因表达的时间变化，结合Granger因果关系模型和正则化技术，能够捕捉单细胞水平的动态调控变化	方法性能依赖于选择合适的f-散度度量，且未明确说明在更复杂细胞类型或更大规模数据集上的适用性	从时间序列单细胞RNA测序数据中推断动态基因调控网络	THP-1人类髓系单核细胞白血病细胞的模拟和真实scRNA-seq数据	生物信息学	白血病	scRNA-seq	f-DyGRN（基于f-散度的动态基因调控网络模型）	单细胞RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，涉及THP-1细胞的模拟和真实数据
189	2025-07-25	High-resolution comparative single-cell transcriptomics of doublesex-expressing neurons reveals evolutionary conservation and diversity of sexual circuits in Drosophila 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652433 PMID:40654601	研究论文	通过高分辨率单细胞转录组学比较研究不同果蝇物种中表达doublesex基因的神经元，揭示性行为神经回路在进化中的保守性和多样性	首次系统性比较多个果蝇物种中表达性别决定基因的神经元细胞类型，揭示了细胞类型在进化中的高度独立性以及神经调节信号通路的物种差异	研究仅关注表达doublesex基因的神经元，可能忽略了其他参与性行为调控的神经元群体	探究神经回路在进化过程中细胞和分子组成的变化如何导致行为多样性	多种果蝇物种中表达doublesex基因的神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个果蝇物种的雄性个体（具体数量未明确说明），并包括一个雌性果蝇数据集
190	2025-07-25	Novel insights into kidney disease: the scRNA-seq and spatial transcriptomics approaches: a literature review 2025-Apr-08, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-025-04103-5 PMID:40200175	文献综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（ST）在肾脏疾病研究中的应用与发展	通过结合scRNA-seq和ST技术，以前所未有的分辨率解析细胞异质性，识别新的细胞亚群及其在肾脏微环境中的动态相互作用	NA	探讨scRNA-seq与ST技术在肾脏疾病研究中的应用及其对肾脏发育、稳态和疾病进展的细胞和分子机制的理解	肾脏疾病中的细胞异质性和空间组织	生物医学研究	肾脏疾病	scRNA-seq, 空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
191	2025-07-25	Mapping Small Extracellular Vesicle Secretion Potential in Healthy Human Gingiva Using Spatial Transcriptomics 2025-Apr-07, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47040256 PMID:40699655	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，对健康人类牙龈组织中小细胞外囊泡（sEVs）的分泌潜力进行了定位分析	首次在sEVs生物发生的特定背景下对牙龈转录组数据进行荟萃分析，揭示了牙龈组织中不同结构在sEVs生物发生中的作用	研究仅基于公开可用的转录组数据，未进行实验验证	探索健康人类牙龈组织中sEVs的生物发生机制	健康人类牙龈组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	公开可用的牙龈转录组数据
192	2025-07-25	Identification of podocyte molecular markers in diabetic kidney disease via single-cell RNA sequencing and machine learning 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328352 PMID:40690456	研究论文	通过单细胞RNA测序和机器学习识别糖尿病肾病中的足细胞分子标记	利用单细胞RNA测序数据和多种机器学习算法，揭示了糖尿病肾病中足细胞的异质性和功能差异，并鉴定了ARHGEF26作为潜在的诊断生物标志物	研究主要关注早期糖尿病肾病，可能不适用于晚期病例	阐明糖尿病肾病中足细胞的功能及其分子标记	糖尿病肾病患者的足细胞	数字病理学	糖尿病肾病	scRNA-seq, RT-qPCR, Western blot	机器学习算法	RNA测序数据	早期糖尿病肾病患者的单细胞RNA测序数据
193	2025-07-25	3D visualization of uterus and ovary: tissue clearing techniques and biomedical applications 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1610539 PMID:40692613	综述	本文综述了组织透明化和三维可视化技术在子宫和卵巢研究中的最新进展及其生物医学应用	整合了组织透明化技术与空间转录组学和AI分析工具，实现了全面的三维分子图谱	未提及具体实验数据或样本量的详细信息	促进对女性生殖系统功能的理解，并探索早期诊断子宫和卵巢病理的潜在策略	子宫和卵巢组织	数字病理学	妇科疾病	组织透明化技术（有机溶剂基、水凝胶基和水凝胶包埋方法）、光片显微镜、多光子显微镜	NA	三维图像数据	NA
194	2025-07-25	Immune cell single-cell RNA sequencing analyses link an age-associated T cell subset to symptomatic benign prostatic hyperplasia 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1585446 PMID:40692782	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究发现一种与年龄相关的T细胞亚群与症状性良性前列腺增生（BPH）相关	首次将年龄相关的CD8+ T细胞亚群（Taa）与BPH症状联系起来，并揭示了Granzyme K在促进前列腺基质成纤维细胞炎症反应中的作用	研究样本量较小，且主要关注老年男性，可能限制了结果的普遍性	探讨年龄相关免疫细胞变化对BPH症状的贡献	老年男性（>50岁）的前列腺组织及BPH患者来源的成纤维细胞	免疫学	前列腺癌	scRNA-seq, ELISA	NA	单细胞RNA测序数据	老年男性前列腺组织（小≤40g和大≥90g）及3例年轻器官捐赠者的前列腺组织
195	2025-07-25	Cross-talk of m6A methylation modification and the tumor microenvironment composition in esophageal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1572810 PMID:40692788	研究论文	本研究探讨了m6A甲基化修饰与食管癌肿瘤微环境组成之间的相互作用，并开发了一个m6A评分系统来预测免疫治疗反应	首次揭示了m6A甲基化在食管癌肿瘤微环境中的关键作用，并开发了新型m6A评分系统作为预测免疫治疗反应的生物标志物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明m6A甲基化修饰对食管癌肿瘤微环境的影响并开发预测性生物标志物	食管癌患者样本和肿瘤微环境	生物信息学	食管癌	scRNA-seq, 共识聚类算法, 主成分分析	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的食管癌数据集
196	2025-07-25	Integrating GEO Database, Mendelian Randomization, and Molecular Docking to Identify HLA-C as a Potential Therapeutic Target for Periodontitis 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/9163431 PMID:40692979	研究论文	本研究通过整合GEO数据库、孟德尔随机化和分子对接技术，识别HLA-C作为牙周炎的潜在治疗靶点	首次结合多种生物信息学方法和分子对接技术，系统性地探索牙周炎的分子机制并验证HLA-C作为治疗靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索牙周炎的分子机制并识别关键治疗靶点	牙周炎相关基因表达数据和HLA-C分子	生物信息学	牙周炎	GEO数据库分析、孟德尔随机化(MR)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分子对接(MD)	NA	基因表达微阵列数据、单细胞RNA测序数据	GSE10334微阵列数据集（具体样本数量未明确说明）
197	2025-07-25	Tumor-associated bacteria activate PRDX1-driven glycolysis to promote immune evasion and PD-1 antibody resistance in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1599691 PMID:40693141	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关细菌通过激活PRDX1驱动的糖酵解促进肝细胞癌免疫逃逸和PD-1抗体耐药性的机制	首次将肿瘤内细菌与PD-1耐药性通过氧化还原调节代谢联系起来，并提出PRDX1和肠道菌群双重靶向作为一种新型组合免疫治疗策略	研究样本量较小（29例HCC临床样本和8只小鼠每组），需要更大规模的验证	探索细菌感染如何重塑肿瘤代谢从而削弱抗PD-1治疗的疗效	肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中的微生物、代谢和免疫相互作用	肿瘤免疫学	肝细胞癌	16S rRNA基因测序、单细胞RNA测序、流式细胞术	原位HCC小鼠模型	基因测序数据、流式细胞数据	29例HCC临床样本和12,487个细胞的单细胞RNA测序数据，每组8只小鼠的动物模型
198	2025-07-25	High Glucose Promotes the Ferroptosis and Dysfunction of Endothelial Cells by Downregulating SLC3A2 and Promoting the Development of Nephropathy 2025, International journal of endocrinology IF:2.3Q3 DOI:10.1155/ije/1186113 PMID:40703306	研究论文	本研究探讨高糖环境下内皮细胞铁死亡和功能障碍的机制及其在糖尿病肾病中的作用	发现SLC3A2作为关键调控因子，揭示了其在糖尿病肾病中内皮细胞功能障碍和铁死亡中的新作用	需要进一步研究机制和策略以改善患者预后	研究糖尿病肾病中内皮细胞功能障碍的分子机制	高糖暴露的内皮细胞和STZ处理的糖尿病小鼠	生物医学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、qPCR、Western blotting、铁测量、TUNEL检测和生物信息学分析	NA	RNA-seq数据	GSE13535数据集和STZ处理的糖尿病小鼠
199	2025-07-25	Integrative multi-omics analysis reveals the interaction mechanisms between gut microbiota metabolites and ferroptosis in rheumatoid arthritis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1608262 PMID:40703513	研究论文	本研究采用多组学整合方法结合机器学习算法和单细胞转录组数据，探讨了类风湿性关节炎(RA)中关键铁死亡基因与肠道代谢物的调控关系	首次系统性地揭示了GPX3和MYC作为RA中铁死亡关键调控因子的作用，并通过分子对接和动力学模拟验证了肠道代谢物Diosgenin与GPX3的相互作用机制	研究结果主要基于计算分析和体外模拟，需要进一步的体内实验验证	探究RA中铁死亡基因与肠道代谢物的调控关系及其在疾病发生中的作用机制	类风湿性关节炎患者数据及相关基因和代谢物	生物信息学	类风湿性关节炎	多组学整合分析、单细胞RNA测序、机器学习(LASSO/SVM/RFE-RF)、分子对接、分子动力学模拟	机器学习算法(LASSO/SVM/RFE-RF)	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	NA
200	2025-07-25	A novel mast cell marker gene-related prognostic signature to predict prognosis and reveal the immune landscape in head and neck squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1538641 PMID:40703522	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个基于14个肥大细胞标记基因的预后模型，用于预测头颈部鳞状细胞癌患者的预后并揭示其免疫景观	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据构建预后模型，首次将肥大细胞标记基因与头颈部鳞状细胞癌的预后和免疫治疗反应联系起来	研究依赖于公共数据库的数据，未进行独立的外部验证队列研究	预测头颈部鳞状细胞癌患者的预后并揭示免疫微环境特征	头颈部鳞状细胞癌患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	scRNA-seq, 批量RNA-seq	Cox回归, LASSO回归	RNA测序数据	来自GSE103322和TCGA数据库的头颈部鳞状细胞癌样本