单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-06-07	Protocol to dissect and dissociate the mouse brainstem for single-cell RNA-seq applications 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102908 PMID:38461411	研究论文	本文提出了一种用于小鼠脑干单细胞RNA测序的解剖、解离和冷冻保存方案	该方案允许异步样本收集和下游处理，适用于脑干组织中的细胞，特别是新生儿小鼠	虽然该方案以孤立的preBötzinger复合体和SmartSeq3 cDNA文库制备为例，但可能不适用于所有脑干区域和文库制备方法	开发一种适用于小鼠脑干单细胞RNA测序的样本处理方案	小鼠脑干组织，特别是新生儿小鼠的脑干细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），SmartSeq3 cDNA文库制备	NA	RNA测序数据	新生儿小鼠的脑干组织
182	2025-06-07	Protocol for acquiring high-quality fresh mouse lung spatial transcriptomics data 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102825 PMID:38280199	研究论文	本文提出了一种获取高质量新鲜小鼠肺空间转录组数据的实验方案	针对肺肺泡中存在空腔导致切片困难的问题，提出了一种新的实验方案，包括肺灌注、获取冷冻切片、收集肺切片cDNA及数据分析等步骤	NA	解决肺组织空间转录组实验中切片困难的问题，获取高质量的空间转录组数据	小鼠肺组织	空间转录组学	NA	空间转录组分析	NA	空间转录组数据	NA
183	2025-06-07	An optimized protocol for isolation of murine pancreatic single cells with high yield and purity 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102836 PMID:38219150	研究论文	本文提出了一种从小鼠胰腺中快速分离单细胞的优化方案，旨在减少消化酶对胰腺外分泌细胞的损伤	优化了解剖顺序、酶组成和操作步骤，从而获得高产量且高纯度的胰腺单细胞	NA	开发一种高效的小鼠胰腺单细胞分离方案	小鼠胰腺单细胞	细胞生物学	NA	单细胞分离技术	NA	NA	NA
184	2025-06-07	Protocol for flow cytometry-assisted single-nucleus RNA sequencing of human and mouse adipose tissue with sample multiplexing 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102893 PMID:38416649	研究论文	开发了一种用于人类和小鼠脂肪组织的流式细胞术辅助单核RNA测序工作流程，整合了样本多重标记	整合流式细胞术进行质量控制、计数和精确核池化，显著减少低质量核、环境RNA污染及试剂浪费	未提及具体样本量或实验验证的广泛性	优化脂肪组织的单核RNA测序流程，提高信息内容和成本效率	人类和小鼠脂肪组织	单细胞测序	NA	流式细胞术, 单核RNA测序, 10× Chromium控制器	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
185	2025-06-07	Protocol for inferring epithelial-to-mesenchymal transition trajectories from single-cell RNA sequencing data using R 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102819 PMID:38183653	研究论文	介绍了一个名为COMET的R包，用于从单细胞RNA测序数据推断上皮-间质转化(EMT)轨迹和状态间转换速率	开发了COMET这一新工具，能够优化EMT基因数量并拟合连续时间马尔可夫链来估计状态转换速率	未提及具体验证数据集或应用范围的限制	开发从单细胞RNA测序数据推断EMT轨迹的分析方法	上皮-间质转化过程	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	连续时间马尔可夫链	基因表达数据	NA
186	2025-06-07	Establishing a 3D culture system for early organogenesis of monkey embryos ex vivo and single-cell transcriptome analysis of cultured embryos 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102835 PMID:38224493	研究论文	建立了一个用于猴子胚胎早期器官发生的3D体外培养系统，并对培养的胚胎进行了单细胞转录组分析	开发了一种能够在体外培养食蟹猴胚胎长达25天的3D培养系统，并利用单细胞RNA测序技术解析了原肠胚形成和早期器官发生的关键发育事件	NA	理解灵长类动物胚胎发生最初4周的发育过程	食蟹猴胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、生物信息学分析	3D培养系统	转录组数据	NA
187	2025-06-07	Protocol for optimized dissociation of human scalp tissue for hair follicle transcriptomics by scRNA-seq 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102848 PMID:38319786	research paper	本文提出了一种优化的人体头皮组织解离方案，用于通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究毛囊转录组学	优化了人体头皮组织的解离步骤，以获得高质量的单细胞悬液用于scRNA-seq	NA	研究人体毛囊的转录组学	人体头皮组织	转录组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
188	2025-06-07	Protocol for functional profiling of patient-derived organoids for precision oncology 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102887 PMID:38367233	研究论文	本文提出了一种用于精准肿瘤学的患者来源类器官功能分析协议	提供了一种全面的协议，涵盖结直肠癌患者来源类器官的生成和培养、肿瘤浸润淋巴细胞的分离和扩增，以及外周血单个核细胞的分离和培养	需要参考Plattner等人的研究以获取完整的协议执行细节	开发一种用于精准肿瘤学的功能分析方法	结直肠癌患者来源的类器官、肿瘤浸润淋巴细胞和外周血单个核细胞	精准医学	结直肠癌	RNA-seq, WES, scRNA-seq, (磷酸化)蛋白质组学	NA	多组学数据	NA
189	2025-06-07	BATF2 inhibits the stem cell-like properties and chemoresistance of gastric cancer cells through PTEN/AKT/β-catenin pathway 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.98389 PMID:39629124	研究论文	本文研究了BATF2通过PTEN/AKT/β-catenin通路抑制胃癌细胞的干细胞样特性和化疗耐药性	揭示了BATF2通过抑制ABCG2药物转运体和促进PTEN稳定性来增强5-Fu敏感性，并减少胃癌细胞的干细胞样特性和化疗耐药性	研究样本量较小，仅包括9个胃癌样本	探究BATF2在胃癌干细胞样特性和化疗耐药性中的作用	胃癌细胞	癌症研究	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞培养、肿瘤细胞球体和类器官实验、皮下肿瘤形成实验、免疫组织化学和免疫印迹	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	9个胃癌样本
190	2025-06-07	Deciphering the effects of radiopharmaceutical therapy in the tumor microenvironment of prostate cancer: an in-silico exploration with spatial transcriptomics 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99516 PMID:39629134	research paper	该研究结合空间转录组学和计算模型，探索了放射性药物治疗在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量学和生物效应	首次将空间转录组学与计算模型结合，用于评估放射性药物治疗在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量分布和细胞存活概率	研究仅基于两名前列腺癌患者的三个空间转录组数据集，样本量较小	探索放射性药物治疗在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量学和生物效应	前列腺癌肿瘤微环境	digital pathology	prostate cancer	spatial transcriptomics, PBPK模型, MIRD形式主义	CRD模型, 线性二次模型	基因表达数据	两名前列腺癌患者的三个空间转录组数据集
191	2025-06-07	Phosphoglycerate mutase 1-mediated dephosphorylation and degradation of Dusp1 disrupt mitochondrial quality control and exacerbate endotoxemia-induced myocardial dysfunction 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.102647 PMID:39659576	研究论文	本研究探讨了Dusp1和Pgam1在内毒素血症引起的心肌功能障碍中的作用，揭示了Pgam1介导的Dusp1去磷酸化如何破坏线粒体质量控制并加剧心肌损伤	发现Dusp1作为内毒素血症诱导心肌功能障碍的新型生物标志物，并阐明Pgam1-Dusp1轴在调控线粒体质量控制中的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究内毒素血症中心肌功能障碍的分子机制	心肌细胞特异性敲除和转基因小鼠，内毒素血症患者样本	分子生物学	心血管疾病	qPCR, Seahorse分析, 分子对接, Western blot, 单细胞测序	小鼠模型	分子生物学数据	未明确说明具体样本数量
192	2025-06-07	Locus-specific expression of transposable elements in single cells with CELLO-seq 2022-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01093-1 PMID:34782740	research paper	该文章介绍了一种名为CELLO-seq的新技术，用于在单细胞水平上测量转座子元件(TEs)的位点特异性表达	开发了结合长读长单细胞RNA测序和计算分析的CELLO-seq技术，解决了短读长测序无法准确定位年轻TEs表达的问题	对于小鼠中极少数非常年轻的转座子元件，仍无法高置信度地映射回参考基因组	研究转座子元件在不同生物过程中的调控作用	小鼠两细胞期卵裂球和人类诱导多能干细胞中的转座子元件	基因组学	NA	CELLO-seq, 长读长单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠两细胞期卵裂球和人类诱导多能干细胞
193	2025-06-07	Oral cavity infection by the SARS-CoV-2: emphasizing the essence of masking and peptide therapeutics 2022, The Egyptian journal of medical human genetics DOI:10.1186/s43042-022-00213-z PMID:37521842	研究论文	本文研究了SARS-CoV-2在口腔中的感染机制，并探讨了口罩预防和肽类治疗的重要性	利用TMPRSS2和PAI-1的结合界面信息设计了一种潜在的治疗性肽，用于抑制TMPRSS2	NA	研究SARS-CoV-2在口腔中的感染机制，并开发潜在的治疗方法	SARS-CoV-2病毒及其在口腔中的感染机制	医学研究	COVID-19	scRNA-Seq	NA	NA	NA
194	2025-06-07	Neuroinflammation and EIF2 Signaling Persist despite Antiretroviral Treatment in an hiPSC Tri-culture Model of HIV Infection 2020-04-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2020.02.010 PMID:32220329	research paper	该研究开发了一种基于人类诱导多能干细胞（hiPSC）的三重培养模型，用于研究HIV感染和抗逆转录病毒治疗（ART）对中枢神经系统的影响	首次使用hiPSC分化为神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞，并系统组合成三重培养模型，模拟HIV感染和ART治疗	模型可能无法完全模拟体内复杂的神经炎症环境	研究HIV相关神经认知障碍（HAND）的治疗靶点机制	人类诱导多能干细胞（hiPSC）分化的神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞	神经科学	HIV感染	单细胞RNA测序	hiPSC三重培养模型	RNA测序数据	NA
195	2025-06-06	Human microbiota influence the immune cell composition and gene expression in the tumor environment of a murine model of glioma 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2508432 PMID:40443227	研究论文	研究人类微生物群对小鼠胶质瘤模型中肿瘤环境免疫细胞组成和基因表达的影响	首次揭示人类微生物群通过影响免疫细胞浸润和基因表达调控小鼠胶质瘤对抗PD-1治疗的反应	研究仅基于两种人源化微生物群小鼠模型，样本多样性有限	探究肠道微生物群在胶质瘤免疫治疗中的作用机制	人源化微生物群小鼠模型和胶质瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	胶质瘤	16S rRNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠胶质瘤模型(GL261)	基因表达数据	两种人源化微生物群小鼠模型(HuM1和HuM2)
196	2025-06-06	SGTB: A graph representation learning model combining transformer and BERT for optimizing gene expression analysis in spatial transcriptomics data 2025-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108482 PMID:40306096	研究论文	提出了一种结合Transformer和BERT的图表示学习模型SGTB，用于优化空间转录组学数据中的基因表达分析	整合了图卷积网络（GCN）、Transformer和BERT语言模型，以优化空间转录组学数据的表示能力，捕捉复杂的空间依赖性和全局特征	未提及具体的数据集或实验结果的局限性	优化空间转录组学数据的表示能力，提高细胞类型分类和基因调控网络构建等任务的准确性	空间转录组学数据	机器学习	NA	空间转录组学（ST）	GCN, Transformer, BERT	基因表达矩阵	NA
197	2025-06-06	Identification and validation of biomarkers in Alzheimer's disease based on machine learning algorithms and single-cell sequencing analysis 2025-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108475 PMID:40315768	research paper	通过机器学习和单细胞测序分析，识别并验证了阿尔茨海默病的潜在生物标志物	结合多种机器学习算法和单细胞RNA测序数据，系统性识别并验证了SCG3作为阿尔茨海默病早期诊断标志物的潜力	样本量相对较小（295例），且仅基于公开数据集分析，未涉及大规模临床验证	识别阿尔茨海默病的诊断标志物以阐明其发病机制并促进早期诊断	阿尔茨海默病患者和正常对照的基因表达数据	digital pathology	geriatric disease	single-cell RNA-seq, immunofluorescence assay	LASSO, SVM-RFE, Random forest	gene expression data	295个样本（153例AD患者和142例正常对照）
198	2025-06-06	scDGG: Dynamic gene graphs for enhancing clustering analysis of single-cell RNA sequencing data via spatiotemporal representations 2025-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108483 PMID:40328048	research paper	本文提出了一种名为scDGG的多视图图学习架构，用于从不同信号通路中压缩动态基因图，以增强单细胞RNA测序数据的聚类分析	提出动态基因图（dynamic gene graphs）以更全面地观察调控机制，相比静态基因图能更好地捕捉动态调控机制	未明确提及具体局限性，但暗示静态基因图在传达动态调控机制方面信息有限	提高单细胞RNA测序数据的聚类分析准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多视图图学习架构（multi-view graph learning architecture）	基因表达数据	基准scRNA-seq数据集（未明确提及具体数量）
199	2025-06-06	The analysis of X chromosome activity of porcine embryonic stem Cells: Study based on parthenogenetic embryonic stem cells with LCDM medium 2025-Sep-15, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2025.117479 PMID:40367543	研究论文	本研究旨在通过LCDM培养基从猪囊胚期胚胎建立猪胚胎干细胞系，并从X染色体活性的角度分析其特性	首次在猪孤雌生殖胚胎干细胞中观察到X染色体侵蚀样状态，并发现X染色体活性与干细胞多能性状态密切相关	猪原始态胚胎干细胞系尚未成功建立，且缺乏标准化的表征和评估标准	建立稳定的猪原始态胚胎干细胞系并研究X染色体活性与多能性的关系	猪孤雌生殖胚胎干细胞(ppLCDM)	干细胞生物学	NA	XIST RNA-FISH, 免疫荧光染色, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据, 表观遗传数据	NA
200	2025-06-06	Activated Schwann cells promote tumor growth in colon cancer 2025-Aug-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217791 PMID:40349909	research paper	该研究揭示了激活的雪旺细胞在结肠癌中的关键作用及其通过c-Jun依赖的机制促进肿瘤生长的过程	首次详细描述了雪旺细胞在结肠癌微环境中的激活机制及其通过c-Jun依赖的方式促进肿瘤生长的作用	研究主要基于体外和动物模型，临床样本的验证仍需进一步扩大	探究雪旺细胞在结肠癌进展中的作用及其潜在的治疗靶点	结肠癌组织中的雪旺细胞及其与肿瘤细胞、成纤维细胞的相互作用	肿瘤生物学	结肠癌	单细胞RNA测序、共培养实验、基因敲除	NA	基因表达数据、临床样本数据	结肠癌组织样本与正常组织样本的比较