单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-05-01	Integration of multi-omics and single-cell transcriptome reveals mitochondrial outer membrane protein-2 (MTX-2) as a prognostic biomarker and characterizes ubiquinone metabolism in lung adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.106902 PMID:40302794	研究论文	本研究通过多组学和单细胞转录组学方法，揭示了线粒体外膜蛋白-2（MTX-2）作为肺腺癌预后生物标志物的潜力，并描述了其在泛醌代谢中的作用	首次将MTX-2与肺腺癌的预后联系起来，并通过多组学和单细胞RNA测序技术揭示了其在肿瘤微环境中的作用	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	探索MTX-2在肺腺癌进展和预后中的作用	肺腺癌组织和正常肺组织	数字病理学	肺腺癌	多组学分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、临床数据	公共数据库中的肺腺癌患者数据
182	2025-05-01	Identification of the role of MED6 in the development and prognosis of lung adenocarcinoma based on multi-omics profiling 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.110981 PMID:40302793	研究论文	基于多组学分析揭示MED6在肺腺癌发展和预后中的作用	首次发现MED6在肺腺癌中的具体作用及其与患者预后的关联，并探索了基于MED6表达的药物敏感性	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探索Mediator复合体亚基在肺腺癌中的具体作用及其临床意义	肺腺癌（LUAD）细胞和组织	癌症研究	肺腺癌	CRISPR-Cas9功能缺失实验、RNA-seq、单细胞测序、药物敏感性分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、药物敏感性数据	未明确提及具体样本数量
183	2025-05-01	Identification and Validation of Prognostic Genes Related to Histone Lactylation Modification in Glioblastoma: An Integrated Analysis of Transcriptome and Single-cell RNA Sequencing 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.110646 PMID:40302809	研究论文	本研究通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，识别并验证了与组蛋白乳酸化修饰相关的胶质母细胞瘤预后基因	首次系统地研究了组蛋白乳酸化修饰（HLM）在胶质母细胞瘤（GBM）中的预后价值，并构建了基于HLM相关基因的风险预测模型	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索组蛋白乳酸化修饰相关基因在胶质母细胞瘤预后中的作用机制	胶质母细胞瘤组织和相关基因	生物信息学	胶质母细胞瘤	免疫组化染色、Western blotting、转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归模型	基因表达数据	来自TCGA-GBM数据集和单细胞RNA测序数据集的多例样本
184	2025-05-01	Bridging the gap: how patient-derived lung cancer organoids are transforming personalized medicine 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1554268 PMID:40302940	综述	本文总结了患者来源的肺癌类器官（PDLCOs）的培养和验证过程，并探讨了其在个性化治疗、耐药后药物筛选、PDLCOs生物库构建和药物开发中的临床应用	探讨了PDLCOs与肿瘤组装体技术、人工智能、器官芯片、3D生物打印、基因编辑和单细胞RNA测序等前沿技术的整合，极大地扩展了其临床潜力	由于标本来源、后续处理技术、培养基配方和Matrigel批次的差异，PDLCOs模型的可重复性和标准化仍面临挑战	总结PDLCOs的培养、临床应用和跨学科整合，同时探讨其在肺癌精准医学中的前景和挑战	患者来源的肺癌类器官（PDLCOs）	数字病理学	肺癌	肿瘤组装体技术、人工智能、器官芯片、3D生物打印、基因编辑、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
185	2025-05-01	HDC/histamine Signaling Axis Drives Macrophage Reprogramming to Promote Angiogenesis in Hindlimb-Ischemic Mice 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.105148 PMID:40303294	research paper	该研究揭示了HDC/组胺信号轴在促进后肢缺血小鼠血管生成中的关键作用	首次发现HDC在Ly6C巨噬细胞中高表达，并鉴定了HDCCXCR2巨噬细胞亚群在缺血组织中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明HDC/组胺信号在血管生成中的作用机制	后肢缺血小鼠模型中的巨噬细胞和内皮细胞	血管生物学	缺血性疾病	单细胞测序技术	HDC-GFP转基因小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量（使用转基因小鼠模型）
186	2025-05-01	Macrophage KDM2A promotes atherosclerosis via regulating FYN and inducing inflammatory response 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.102675 PMID:40303308	研究论文	本研究揭示了巨噬细胞特异性转录调节因子KDM2A通过调控FYN促进动脉粥样硬化发展的新机制	首次发现KDM2A通过转录调控FYN激活巨噬细胞炎症反应，推动动脉粥样硬化发展	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类临床验证仍需进一步研究	探究巨噬细胞在动脉粥样硬化发展中的转录调控机制	巨噬细胞及其转录调节因子KDM2A	分子生物学	心血管疾病	RNA-seq, 染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq), qPCR, 虚拟筛选	机器学习算法	基因表达数据	人类斑块微阵列数据集、小鼠骨髓来源巨噬细胞、ApoE小鼠模型
187	2025-05-01	NAMPT Impairs Vascular Permeability in Periodontitis by Influencing FASN-mediated Lipogenesis 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.104485 PMID:40303304	研究论文	本研究探讨了NAMPT通过影响FASN介导的脂肪生成来损害牙周炎中血管通透性的机制	揭示了NAMPT在牙周炎中通过调节FASN介导的脂肪生成促进血管通透性增加的新机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	探究牙周炎中血管通透性增加的分子机制及其在疾病进展中的作用	内皮细胞、牙周炎患者和小鼠模型	分子病理学	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、组织样本	人类牙周炎组织和小鼠模型
188	2025-05-01	Targeting endothelial MYC using siRNA or miR-218 nanoparticles sensitizes chemo- and immuno-therapies by recapitulating the Notch activation-induced tumor vessel normalization 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.112023 PMID:40303332	研究论文	该研究探讨了通过靶向内皮细胞MYC基因，利用siRNA或miR-218纳米颗粒来增强化疗和免疫疗法效果的方法	揭示了Notch激活通过MYC抑制增殖性肿瘤内皮细胞亚群来使肿瘤血管正常化的机制，并提出了一种新的纳米颗粒递送策略	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用效果尚需验证	探索肿瘤血管正常化的分子机制及治疗新策略	肿瘤内皮细胞(TECs)	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序、qRT-PCR、western blotting、免疫荧光、流式细胞术	基因修饰小鼠模型(Cdh5-Cre)	基因表达数据、蛋白质数据、细胞形态数据	未明确说明具体样本数量，使用基因修饰小鼠模型
189	2025-05-01	Spatially segregated APOE+ macrophages restrict immunotherapy efficacy in clear cell renal cell carcinoma 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.109097 PMID:40303328	研究论文	本研究揭示了APOE+巨噬细胞在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中促进免疫抑制和对免疫检查点阻断(ICB)疗法抵抗的关键作用	发现APOE+巨噬细胞在ICB抵抗性ccRCC中显著增加，并揭示了其通过TGF-β信号塑造免疫抑制性肿瘤微环境的机制	研究主要基于ccRCC，结果是否适用于其他癌症类型尚不明确	探索ccRCC中免疫抵抗的机制并寻找增强免疫治疗效果的策略	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者和细胞系	肿瘤免疫学	肾细胞癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、Western blot、流式细胞术	NA	基因表达数据、蛋白质数据、临床数据	超过2000个样本，包括230名接受ICB治疗的晚期ccRCC患者的真实世界队列
190	2025-05-01	Single-nucleus RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal an immunosuppressive tumor microenvironment related to metastatic dissemination during pancreatic cancer liver metastasis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.108925 PMID:40303346	研究论文	通过单核RNA测序和空间转录组学揭示胰腺癌肝转移过程中与转移扩散相关的免疫抑制肿瘤微环境	首次使用单核RNA测序和空间转录组学技术解析PDAC肝转移中的细胞异质性和免疫微环境，并发现CITED4在促进胰腺癌细胞转移中的关键作用	研究样本量相对较小，且未涉及其他转移器官的微环境分析	探究胰腺导管腺癌(PDAC)肝转移过程中免疫微环境的作用机制	PDAC的原发肿瘤组织和肝转移组织	数字病理学	胰腺癌	单核RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光染色, 免疫组化(IHC), transwell实验, 划痕愈合实验	预后模型	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 免疫组化数据	62,326个细胞
191	2025-05-01	Modulation of brain immune microenvironment and cellular dynamics in systemic inflammation 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107061 PMID:40303348	研究论文	本研究探讨了系统性炎症中脑免疫微环境和细胞动力学的调控机制	揭示了脓毒症相关脑病（SAE）中脑免疫微环境的动态变化及细胞通讯网络，开发了DeconvCellLink R包用于研究神经炎症相关的细胞互作网络，并发现丙戊酸可通过调节胶质细胞平衡缓解脓毒症诱导的神经炎症	人类和动物模型之间的脑细胞变化存在差异	阐明SAE的发病机制及潜在治疗策略	人类和小鼠模型的脑免疫微环境及细胞动力学	神经免疫学	脓毒症相关脑病	bulk和单细胞转录组学	NA	转录组数据	人类和小鼠模型样本（具体数量未提及）
192	2025-05-01	Magnetic sculpture-like tumor cell vaccines enable targeted in situ immune activation and potent antitumor effects 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107162 PMID:40303352	research paper	该研究开发了一种新型全细胞疫苗平台，结合了免疫原性、结构完整性和肿瘤靶向能力	通过高浓度FeCl处理肿瘤细胞，创造出具有磁性的‘磁性雕塑样（MASK）细胞’，无需传统化学交联即可实现形态固定，并赋予细胞磁性以实现定向导航	研究仅在黑色素瘤小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	开发一种新型全细胞疫苗平台，用于靶向、患者特异性的抗肿瘤治疗	肿瘤细胞和黑色素瘤小鼠模型	肿瘤免疫治疗	黑色素瘤	高浓度FeCl处理、空间转录组分析	小鼠模型	生物分子数据、空间转录组数据	黑色素瘤小鼠模型
193	2025-05-01	PD-1 activation mitigates lupus nephritis by suppressing hyperactive and heterogeneous PD-1+CD8+ T cells 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107418 PMID:40303350	research paper	该研究探讨了PD-1+CD8+ T细胞在狼疮性肾炎（LN）中的作用及其潜在治疗策略	揭示了PD-1+CD8+ T细胞在LN中的过度活跃和克隆扩增特性，并展示了PD-L1 Fc融合蛋白在减轻肾脏病理方面的治疗效果	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证仍需进一步研究	探索PD-1+CD8+ T细胞在狼疮性肾炎中的作用及其治疗潜力	狼疮性肾炎患者和NZB/W F1小鼠	免疫学	狼疮性肾炎	scRNA-seq, RNA-seq, q-PCR, 流式细胞术, Western blot	NZB/W F1小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞表型数据	LN患者和NZB/W F1小鼠
194	2025-05-01	Serine supplementation suppresses hypoxia-induced pathological retinal angiogenesis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.105299 PMID:40303351	研究论文	探讨丝氨酸补充在抑制缺氧诱导的病理性视网膜血管生成中的作用	首次系统性地研究了丝氨酸代谢在抑制缺氧驱动的视网膜新生血管形成中的作用，并揭示了线粒体脂肪酸氧化和氧化磷酸化在此过程中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索丝氨酸补充作为治疗新生血管性眼病的潜在治疗策略	缺氧诱导的视网膜病变小鼠模型	眼科研究	视网膜病变	代谢组学、脂质组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序	氧诱导视网膜病变(OIR)小鼠模型	代谢数据、基因表达数据、蛋白质数据	C57BL/6J OIR幼鼠
195	2025-05-01	Identification of disulfidptosis in esophageal squamous cell carcinoma based on single-cell and bulk RNA-seq data to predict prognosis and treatment response 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567793 PMID:40303412	研究论文	本研究基于单细胞和批量RNA-seq数据，识别食管鳞状细胞癌中的disulfidptosis分子亚型，构建预后模型并探索潜在治疗靶点	首次在食管鳞癌中发现disulfidptosis相关基因的分子亚型，建立新型预后特征并验证其对免疫治疗的预测能力	研究结果需在更大样本队列中进行外部验证，且缺乏体内外功能实验验证靶向药物的有效性	开发食管鳞癌预后预测模型并筛选潜在治疗靶点	食管鳞状细胞癌(ESCC)患者样本	数字病理学	食管癌	单细胞RNA-seq，批量RNA-seq	LASSO-Cox回归模型	基因表达数据	GSE53625数据集和TCGA-ESCC队列
196	2025-05-01	Heterogenous cancer-associated fibroblasts related tumor microenvironment marked by CD10/KLF4/TIAM1 were identified in pancreatic adenocarcinoma by integrated transcriptomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1557698 PMID:40303408	研究论文	本研究通过整合转录组学方法，识别了胰腺导管腺癌(PDAC)中与异质性癌症相关成纤维细胞(CAFs)相关的肿瘤微环境(TME)亚型，并探讨了这些亚型对患者预后和治疗反应的影响	首次在PDAC中识别出三种不同的CAF相关TME亚型(iCAF-rich、myCAF-rich和PSC-rich)，并发现这些亚型具有独特的基因表达谱和预后相关性	研究主要基于转录组学分析，需要进一步的实验验证来确认CAF亚型的功能机制	探索PDAC中CAF亚型的组成、比例及其在肿瘤微环境中的作用	胰腺导管腺癌(PDAC)患者的肿瘤微环境和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	数字病理学	胰腺癌	整合转录组学、多重免疫组织化学和空间转录组学	NA	转录组数据、免疫组织化学数据和空间转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及多个PDAC患者样本
197	2025-05-01	Decoding immune cell dynamics in ischemic stroke: insights from single-cell RNA sequencing analysis 2025, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2025.1549518 PMID:40303468	研究论文	通过单细胞RNA测序分析解码缺血性中风中的免疫细胞动态	利用scRNA-seq数据识别了与缺血性中风相关的细胞类型及其亚群，揭示了吞噬作用在疾病进展中的关键影响，并预测了梗死细胞的轨迹	样本量相对较小（5,582个单细胞），且数据来源单一（GEO数据库）	研究缺血性中风的细胞类型和分子生物学过程	健康对照和缺血性中风患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	缺血性中风	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	UMAP, iTALK	基因表达数据	5,582个单细胞（来自健康对照和缺血性中风患者）
198	2025-05-01	Heterogeneity of Renal Endothelial Cells, Interact with Neighboring Cells, and Endothelial Injury in Chronic Kidney Disease: Mechanisms and Therapeutic Implications 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.108299 PMID:40303495	review	本文综述了慢性肾脏病（CKD）中肾内皮细胞的异质性及其与邻近细胞的相互作用，以及内皮损伤的机制和治疗策略	利用单细胞测序技术深入探讨了肾内皮细胞的异质性及其微环境的影响，并讨论了新兴的治疗方法如抗炎治疗、基因治疗和生活方式调整	综述性文章未涉及具体实验数据，可能缺乏对新治疗策略临床效果的详细评估	探讨慢性肾脏病中内皮细胞异质性、内皮损伤机制及潜在治疗策略	肾内皮细胞及其与邻近细胞的相互作用	NA	慢性肾脏病	单细胞测序	NA	NA	NA
199	2025-05-01	Comprehensive Characterization of the Oxidative Stress Profiles in Neonatal Necrotizing Enterocolitis 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.109008 PMID:40303487	研究论文	本研究旨在描绘坏死性小肠结肠炎（NEC）中氧化应激（OS）的特征，识别相关枢纽基因及机制，并探索潜在治疗药物	整合bulk-RNA测序和单细胞RNA测序数据集，系统性阐明NEC与非NEC组织中不同细胞群体OS功能差异，首次鉴定4种巨噬细胞亚型及其在NEC进展中的动态变化	枢纽基因具体名称未在摘要中列出，动物模型验证仅涉及RT-qPCR而未提及其他功能实验	揭示NEC发病过程中的氧化应激特征及免疫微环境变化	坏死性小肠结肠炎患者组织样本及小鼠模型	生物医学研究	坏死性小肠结肠炎	bulk-RNA测序，单细胞RNA测序，差异分析，基因集富集分析，免疫浸润分析，RT-qPCR，免疫荧光染色	NEC小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量（含人类组织及小鼠模型）
200	2025-05-01	Integrative analysis of m6A-SNPs and single-cell RNA sequencing reveals key drivers of endocrine combined with CDK4/6 inhibitor therapy resistance in ER+ breast cancer 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1590363 PMID:40303916	研究论文	本研究通过整合m6A-SNPs和单细胞RNA测序数据，揭示了ER+乳腺癌对内分泌联合CDK4/6抑制剂治疗耐药的关键驱动因素	首次结合m6A-SNPs和单细胞RNA测序技术，系统分析了ER+乳腺癌治疗耐药的分子机制，并识别出FILIP1L和TOM1L1在耐药发展中的动态表达变化	研究样本量有限，且未进行体外或体内实验验证关键基因的功能	探索ER+乳腺癌对内分泌联合CDK4/6抑制剂治疗耐药的分子机制	ER+乳腺癌患者	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序, 全基因组关联研究(GWAS)	伪时间轨迹分析	基因组数据, 转录组数据	未明确说明样本数量