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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-10-30 | Somatic TEK Mutation Identified in a Patient with Calvarial Venous Malformations 
          2025-Sep-23, Genes
          
          IF:2.8Q2
          
         
          DOI:10.3390/genes16101123
          PMID:41153341
         | 研究论文 | 首次报道一例儿童颅骨静脉畸形患者携带TEK基因体细胞突变及其分子机制 | 首次在儿童颅骨静脉畸形中发现TEK基因L914F体细胞突变,并揭示其在血管内皮细胞中的富集特征 | 仅报道单例病例,需要更大样本量研究验证 | 探索颅骨静脉畸形的遗传学基础 | 16岁女性颅骨静脉畸形患者 | 数字病理 | 血管畸形 | 外显子组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组DNA, 单细胞RNA测序数据 | 1例患者(病变组织和血液DNA配对样本) | NA | 外显子组测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 182 | 2025-10-30 | LncCE: Landscape of Cellularly-elevated lncRNAs in Single Cells Across Normal and Cancer Tissues 
          2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
          
         
          DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf069
          PMID:40833782
         | 研究论文 | 开发了一个名为LncCE的资源,用于系统探索正常和癌组织中细胞特异性高表达的长链非编码RNA | 首次在单细胞分辨率下系统构建了跨正常和癌组织的细胞特异性高表达lncRNA图谱 | 基于现有单细胞RNA测序数据集的分析,可能受限于数据覆盖度和质量 | 构建细胞特异性高表达lncRNA的综合数据库 | 149种细胞类型中的87,946个细胞特异性高表达lncRNA条目 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 181个单细胞RNA测序数据集,涵盖20个胎儿正常组织、59个成人正常组织、32个成人癌症类型和5个儿科癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 183 | 2025-10-30 | Hi-C3: a statistical inference-based model for reconstructing higher-order cell-cell communication networks 
          2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
          
          IF:6.8Q1
          
         
          DOI:10.1093/bib/bbaf568
          PMID:41159728
         | 研究论文 | 提出一种基于统计推断的模型Hi-C3,用于从单细胞RNA测序数据重建高阶细胞-细胞通讯网络 | 首次将网络扩散和流行病动力学原理应用于细胞通讯建模,能够推断传统成对通讯和新的高阶通讯模式 | NA | 开发统计推断框架以揭示超越成对互作的高阶细胞通讯网络 | 拟南芥和结直肠癌数据集中的细胞类型 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 基于似然的EM算法,改进的PageRank算法 | scRNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 184 | 2025-10-30 | Single-cell multi-omics and machine learning for dissecting stemness in cancer 
          2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
          
          IF:6.8Q1
          
         
          DOI:10.1093/bib/bbaf566
          PMID:41159730
         | 综述 | 探讨单细胞多组学与机器学习在解析癌症干细胞特性中的应用与进展 | 提出从静态标记定义转向动态功能视角的癌症干细胞研究范式转变,整合轨迹推断、空间转录组学和人工智能预测模型 | NA | 解析癌症干细胞的特性并开发精准医疗策略 | 癌症干细胞(CSCs) | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 多组学整合, CRISPR筛选 | 人工智能预测模型 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA | 
| 185 | 2025-10-30 | Integrated multi-omics analysis reveals diagnostic biomarkers and therapeutic targets for systemic lupus erythematosus 
          2025-Aug-15, Medicine
          
          IF:1.3Q2
          
         
          DOI:10.1097/MD.0000000000042290
          PMID:40826785
         | 研究论文 | 通过整合多组学分析鉴定系统性红斑狼疮的诊断生物标志物和治疗靶点 | 首次通过孟德尔随机化分析确定血浆蛋白与SLE的因果关系,并构建高精度诊断列线图模型 | 分子机制仍需进一步实验验证 | 探索系统性红斑狼疮的分子机制和潜在治疗策略 | 系统性红斑狼疮相关基因和蛋白质 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 全基因组关联研究, 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 分子对接模拟 | 列线图模型 | 基因组数据, 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 186 | 2025-10-30 | GTestimate: improving relative gene expression estimation in scRNA-seq using the Good-Turing estimator 
          2025-Jan-06, GigaScience
          
          IF:11.8Q1
          
         
          DOI:10.1093/gigascience/giaf084
          PMID:41159548
         | 研究论文 | 提出了一种基于Good-Turing估计器的新型单细胞RNA测序归一化方法GTestimate | 使用Good-Turing估计器考虑未观察基因,改进了传统归一化方法的最大似然估计器选择 | 未明确说明方法在特定细胞类型或条件下的局限性 | 改进单细胞RNA测序中的相对基因表达估计 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,细胞靶向PCR扩增方法(cta-seq) | Good-Turing估计器 | 基因表达数据 | 4个示例数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 187 | 2025-10-30 | Research overview and hotspots in the field of recurrent miscarriage: A literature-mining study 
          2025, Frontiers in medicine
          
          IF:3.1Q1
          
         
          DOI:10.3389/fmed.2025.1605088
          PMID:41140654
         | 文献挖掘研究 | 通过文献计量学分析复发性流产领域的研究概况和热点 | 首次对2015-2024年复发性流产领域进行系统的文献计量分析,识别关键研究方向和热点 | 仅基于Web of Science数据库的3114篇文献,可能存在文献收录不全的局限性 | 分析复发性流产领域的研究现状、发展趋势和研究热点 | 复发性流产相关研究文献 | 文献计量学 | 复发性流产 | 文献计量分析、共现分析、共被引分析 | NA | 文献数据 | 3114篇文献 | NA | NA | NA | NA | 
| 188 | 2025-10-30 | The role of the nervous system in the occurrence, development, and immune response of renal cell carcinoma 
          2025, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2025.1681503
          PMID:41142779
         | 综述 | 系统探讨神经系统在肾细胞癌发生发展及免疫应答中的作用机制 | 首次系统阐述神经免疫系统在肾癌中的作用机制,提出靶向神经免疫轴的新型治疗策略 | 主要基于临床前研究数据,缺乏大规模临床验证 | 阐明神经系统在肾癌发生发展和免疫应答中的调控作用 | 肾细胞癌及其肿瘤微环境 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 
| 189 | 2025-10-30 | Prognostic genes related to mitochondrial dynamics and mitophagy in diffuse large B-cell lymphoma are identified and validated using an integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing 
          2025, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2025.1686948
          PMID:41142795
         | 研究论文 | 通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,识别并验证了与弥漫性大B细胞淋巴瘤线粒体动力学和线粒体自噬相关的预后基因 | 首次将线粒体动力学相关基因与DLBCL预后联系起来,建立了整合风险评分和临床参数的复合预测模型,并在单细胞水平验证了基因表达与B细胞分化的关联 | 研究主要基于公共数据库和有限临床样本验证,需要更大规模的前瞻性研究进一步验证 | 探讨线粒体动力学相关基因在DLBCL患者预后中的作用 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者 | 生物信息学 | 淋巴瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, WGCNA, LASSO-Cox回归 | 风险评分模型, nomogram模型 | 基因表达数据, 临床数据 | 公共RNA-seq数据库和临床样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA | 
| 190 | 2025-10-30 | Elevated SerpinB2 regulates MUC5AC expression via STAT6 signaling in nasal epithelial cells in allergic rhinitis 
          2025, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2025.1669777
          PMID:41142810
         | 研究论文 | 本研究探讨了在过敏性鼻炎中SerpinB2通过STAT6信号通路调控MUC5AC表达的机制 | 首次揭示SerpinB2在过敏性鼻炎中通过STAT6信号通路调控MUC5AC表达的新机制 | 研究主要基于体外细胞实验,需要进一步的体内实验验证 | 评估SerpinB2在过敏性鼻炎中的表达及其通过STAT6信号通路调控MUC5AC的机制 | 过敏性鼻炎患者和健康对照者的鼻上皮细胞 | 分子生物学 | 过敏性鼻炎 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,Western blot,免疫荧光,ELISA | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 间歇性和持续性过敏性鼻炎患者及健康对照者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 191 | 2025-10-30 | Effects of hormone-primed oviduct epithelial cell co-culture system on swine SCNT embryo development 
          2025, Frontiers in cell and developmental biology
          
          IF:4.6Q1
          
         
          DOI:10.3389/fcell.2025.1692877
          PMID:41142920
         | 研究论文 | 本研究建立了激素预处理的猪输卵管上皮细胞共培养系统,显著提高了猪体细胞核移植胚胎的囊胚形成率 | 首次使用雌二醇和孕酮预处理的输卵管上皮细胞建立共培养系统,更好地模拟输卵管生理环境 | 囊胚总细胞数未增加,具体分子机制仍需进一步验证 | 提高猪体细胞核移植胚胎的发育效率 | 猪体细胞核移植胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组测序(SMART-seq2) | NA | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 192 | 2025-10-30 | Identification and Validation of the Key Genes of Diabetic Vasculopathy: Evidence Based on Bioinformatics Analysis and Animal Study 
          2025, International journal of genomics
          
          IF:2.6Q2
          
         
          DOI:10.1155/ijog/7850852
          PMID:41143005
         | 研究论文 | 通过生物信息学分析和动物实验识别并验证糖尿病血管病变的关键基因 | 整合三种不同算法确定关键基因,结合调控网络分析、免疫浸润分析和单细胞RNA测序,并通过动物实验进行验证 | 研究样本量有限,动物模型验证仅为初步实验 | 探索糖尿病血管病变的分子机制并识别关键致病基因 | 2型糖尿病患者动脉样本和糖尿病小鼠模型 | 生物信息学 | 糖尿病血管病变 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序,动物实验 | 蛋白-蛋白相互作用网络,调控网络分析 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | GSE13760数据集中的T2DM和对照动脉样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 193 | 2025-10-30 | Identification and characterization of senescent macrophages in renal allograft rejection: a cross-species MultiOmics study 
          2025, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2025.1623124
          PMID:41142786
         | 研究论文 | 通过跨物种多组学研究识别和表征肾移植排斥中的衰老巨噬细胞 | 首次鉴定出肾移植排斥中的新型衰老浸润巨噬细胞(SnIMs),并揭示其跨物种保守的NF-κB/Cebpb驱动转录特征 | 研究主要基于动物模型和回顾性临床数据,需要进一步功能验证 | 探究免疫细胞衰老在肾移植排斥中的作用机制 | 肾移植患者活检样本和年龄匹配的大鼠同种异体移植模型 | 数字病理学 | 肾移植排斥 | 单细胞转录组学, 微阵列, 免疫细胞浸润算法, 组织病理学 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据, 病理图像 | 肾移植活检队列和大鼠移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA | 
| 194 | 2025-10-30 | Multi-scale data reveal a CD24(+) MUCL1(+) tumor subgroup associated with unfavorable prognosis in ER+ breast cancer 
          2025, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2025.1695689
          PMID:41142825
         | 研究论文 | 通过多组学方法识别ER+乳腺癌中与不良预后相关的CD24(+) MUCL1(+)肿瘤亚群 | 首次系统揭示MUCL1+CD24+细胞在乳腺癌中的生物学特性和临床意义,并开发可临床转化的影像组学方法 | NA | 识别ER+乳腺癌患者中预后不良的肿瘤亚群以进行预后分层 | ER+乳腺癌患者 | 数字病理 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学, bulk RNA测序, 多重免疫组化, 影像组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据, 基因组数据, 医学影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA | 
| 195 | 2025-10-30 | Human axillary lymph node T follicular helper (Tfh) and Precursor-Tfh cells exhibit functional flexibility following seasonal influenza vaccination 
          2025, Clinical & translational immunology
          
          IF:4.6Q2
          
         
          DOI:10.1002/cti2.70056
          PMID:41143063
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人类腋窝淋巴结中T滤泡辅助细胞及其前体细胞在季节性流感疫苗接种后的功能可塑性 | 首次在人体淋巴结中揭示Tfh细胞谱系具有功能可塑性,能够分化为不同命运谱系 | 样本量较小(仅5名个体),且仅观察疫苗接种后5天的时间点 | 评估疫苗接种后免疫反应中CD4+T细胞亚群的适应性和可塑性潜力 | 人类腋窝淋巴结中的T滤泡辅助细胞和Pre-Tfh细胞 | 免疫学 | 传染病 | 单细胞RNA测序,T细胞受体分析,基因表达分析 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 5名个体的疫苗引流和对侧腋窝淋巴结 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 196 | 2025-10-30 | Exercise induced immune regulation and drug efficacy in rhinitis nasopharyngeal carcinoma implications for tumor microenvironment single cell immune signal transduction 
          2025, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2025.1673383
          PMID:41159023
         | 综述 | 探讨运动通过调节免疫信号增强免疫疗法在过敏性鼻炎和鼻咽癌治疗中疗效的机制 | 首次系统阐述运动通过单细胞技术调控肿瘤微环境免疫信号转导以增强免疫治疗效果的协同机制 | 尚未建立标准化的个体化运动方案,缺乏大规模临床验证 | 研究运动与免疫疗法联合治疗对肿瘤微环境的调控作用 | 过敏性鼻炎和鼻咽癌患者 | 单细胞生物学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序, 空间组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA | 
| 197 | 2025-10-30 | Fibroblast heterogeneity and FN1-mediated signaling in endometriosis revealed by single-cell and spatial transcriptomics 
          2025, Frontiers in immunology
          
          IF:5.7Q1
          
         
          DOI:10.3389/fimmu.2025.1680849
          PMID:41159025
         | 研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示子宫内膜异位症中成纤维细胞异质性和FN1介导的信号传导机制 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术系统解析子宫内膜异位症中成纤维细胞亚群的异质性及其在纤维化和免疫调节中的关键作用 | 样本量有限(15例患者),空间转录组数据仅来自两个异位病灶 | 探究子宫内膜异位症中成纤维细胞异质性及其在疾病进展中的分子机制 | 子宫内膜异位症患者的病灶组织 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 功能富集分析, 轨迹推断 | CellChat | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 15例子宫内膜异位症患者 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA | 
| 198 | 2025-10-30 | Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA 
          2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2024.08.08.607264
          PMID:39149388
         | 研究论文 | 开发了一种无需超参数调优的广义对比主成分分析方法,用于比较高维数据集间的差异模式 | 提出了超参数自由的广义对比PCA方法,解决了传统对比PCA需要手动调参且无法对称比较两个实验条件的问题 | 论文未明确说明方法在极端高维情况下的计算效率限制或对特定数据分布的适用性限制 | 开发一种能够对称比较两个高维数据集的降维方法,提取条件特异性模式 | 高维生物数据,包括神经生理记录和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | II型糖尿病 | 单细胞RNA测序,神经生理记录分析 | 广义对比PCA | 高维生物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 199 | 2025-10-29 | Single-Cell Sequencing of Human Neural Organoids in a Model of Intracerebral Hemorrhage Reveals Temporally Dynamic Responses to Blood 
          2025-Nov, Stroke
          
          IF:7.8Q1
          
         
          DOI:10.1161/STROKEAHA.125.051788
          PMID:40905149
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析人脑类器官在脑出血模型中对血液暴露的时序动态反应 | 首次在可扩展的人脑类器官模型中系统表征血液诱导的继发性损伤对不同脑细胞类型的时序动态影响 | 研究基于体外类器官模型,可能与体内真实脑出血环境存在差异 | 探究脑出血后血液暴露对不同脑细胞类型的时序特异性转录组影响 | 人脑类器官包含兴奋性神经元、抑制性神经元、神经祖细胞、星形胶质细胞、内皮细胞和小胶质细胞 | 单细胞组学 | 脑出血 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18个类器官中的96,725个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 200 | 2025-10-29 | Neuroinflammation and Alzheimer's disease: Unravelling the molecular mechanisms 
          2025-Nov, Journal of Alzheimer's disease : JAD
          
         
          DOI:10.1177/13872877251374353
          PMID:40938771
         | 综述 | 本文系统探讨神经炎症在阿尔茨海默病发病机制中的核心作用及分子机制 | 深入解析小胶质细胞和星形胶质细胞在神经炎症中的双重功能,并整合单细胞组学技术揭示的胶质细胞异质性新发现 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据验证 | 阐明神经炎症在阿尔茨海默病发病机制中的分子机制 | 阿尔茨海默病相关的神经炎症机制 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学、脂质组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |