单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-09-10	Reproducible single cell annotation of programs underlying T-cell subsets, activation states, and functions 2024-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.03.592310 PMID:38746317	研究论文	开发T-CellAnnoTator（TCAT）流程，用于单细胞水平量化T细胞基因表达程序，揭示其亚群、激活状态和功能	提出TCAT分析框架，克服传统离散分类局限，发现46个可重复的基因表达程序，包括新型激活程序	NA	改进T细胞表征方法，揭示其连续状态和功能程序	T细胞及其基因表达程序	生物信息学	传染病与癌症（COVID-19和癌症）	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	170万个T细胞，来自700名个体的38种组织，涵盖五种疾病背景
182	2025-09-10	Lupus dermal fibroblasts are proinflammatory and exhibit a profibrotic phenotype in scarring skin disease 2024-Feb-15, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.173437 PMID:38358820	研究论文	本研究探讨了狼疮患者皮肤成纤维细胞的炎症反应和纤维化表型在瘢痕形成中的作用	揭示了SLE成纤维细胞对炎症的过度反应特性，并发现瘢痕与非瘢痕患者存在差异反应机制，TGF-β被鉴定为关键上游调节因子	样本量有限（22例患者和34例对照），仅针对皮肤组织进行分析	阐明皮肤红斑狼疮患者瘢痕形成的细胞机制和成纤维细胞的作用	系统性红斑狼疮（SLE）和皮肤红斑狼疮（CLE）患者的皮肤成纤维细胞	细胞生物学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、体外细胞因子刺激实验	NA	基因表达数据、细胞实验数据	22例SLE和CLE患者非皮损皮肤样本，34例健康对照样本
183	2025-09-10	Single cell RNA sequencing of AML initiating cells reveals RNA-based evolution during disease progression 2021-10, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-021-01338-7 PMID:34244611	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究急性髓系白血病（AML）起始细胞的RNA层面演化，揭示疾病进展中的转录组克隆进化现象	首次在AML起始细胞（LICs）中发现RNA克隆进化现象，突破以往仅关注DNA突变层面的研究局限	研究样本量有限，且部分发现仍需在更大队列中验证	探究AML疾病复发机制并寻找潜在治疗靶点	急性髓系白血病起始细胞（LICs）	单细胞组学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	匹配的诊断期和复发期患者样本（具体数量未明确说明）
184	2025-09-09	TCGAimmunosurv: An R package to identify genes associated with patient survival and immune cell state transitions using TCGA and single-cell RNA-seq data 2025-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108568 PMID:40623343	研究论文	开发了一个名为TCGAimmunosurv的R包，用于整合TCGA大块RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，识别与患者生存和免疫细胞状态转换相关的基因	开发了首个整合大块和单细胞RNA-seq数据的系统性计算框架，能够进行突变特异性免疫动态分析并连接两种数据分析方法	NA	识别与癌症进展相关的驱动基因，并研究突变特异性免疫动力学	癌症患者基因组数据和免疫细胞状态	生物信息学	癌症	RNA-seq，单细胞RNA-seq，假时间轨迹分析	NA	基因组测序数据，单细胞测序数据	基于TCGA数据库的泛癌种样本和用户提供的单细胞数据集
185	2025-09-09	Crustacean cardioactive peptide (CCAP) negatively regulates sand-diving behaviour in kuruma shrimp, Penaeus japonicus 2025 Oct-Dec, Comparative biochemistry and physiology. Part B, Biochemistry & molecular biology DOI:10.1016/j.cbpb.2025.111143 PMID:40812679	研究论文	研究甲壳动物心脏活性肽(CCAP)对日本对虾沙潜行为的负向调控作用	首次通过基因干扰和过表达实验证实CCAP对甲壳动物沙潜行为的负向调节作用	NA	探究CCAP基因表达与日本对虾沙潜行为的关系	日本对虾(Penaeus japonicus)	分子生物学	NA	RT-qPCR, 原位杂交, RNA干扰, 基因过表达	NA	基因表达数据, 行为观察数据	NA
186	2025-09-09	Reactive Oxygen Species-Responsive Hydrogel Microspheres Loaded with Epigallocatechin Gallate for Effective Osteoarthritis Therapy 2025-Sep-08, ACS biomaterials science & engineering IF:5.4Q2 DOI:10.1021/acsbiomaterials.5c00564 PMID:40813306	研究论文	开发了一种活性氧响应型水凝胶微球系统，用于靶向递送表没食子儿茶素没食子酸酯（EGCG）以治疗骨关节炎	首次将ROS响应型水凝胶微球与WYRGRL肽修饰相结合，实现软骨靶向递送，并通过单细胞转录组学和代谢组学揭示Tomm70上调及ER-线粒体-钙稳态恢复的作用机制	研究目前仅限于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	开发智能递送系统改善骨关节炎治疗	软骨细胞和骨关节炎小鼠模型	生物医学工程	骨关节炎	单细胞转录组学、代谢组学、肽修饰技术	NA	分子生物学数据、体内外实验数据	骨关节炎小鼠模型（具体数量未明确说明）
187	2025-09-09	Benchmarking Ploidy Estimation Methods for Bulk and Single-Cell Whole Genome Sequencing 2025-Sep-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202507839 PMID:40916931	研究论文	本研究对批量与单细胞全基因组测序的倍性估计方法进行了系统性性能比较	首次对11种批量WGS和8种单细胞WGS倍性估计工具进行了全面基准测试	现有工具在整倍体样本或长读长测序数据上表现均不佳	评估不同计算工具在基因组测序数据中估计细胞倍性的性能	二倍体细胞与异倍体或多倍体细胞的混合实验和模拟数据集	生物信息学	癌症	全基因组测序（WGS），包括批量测序和单细胞测序	NA	基因组测序数据	基于实验和模拟数据集，具体样本数量未明确说明
188	2025-09-09	Rolling circle amplification for next-generation molecular diagnostics, genome analysis, and spatial transcriptome profiling 2025-Sep-08, Nanoscale IF:5.8Q1 DOI:10.1039/d5nr03032c PMID:40917009	综述	本文全面探讨滚环扩增技术（RCA）在分子诊断、基因组分析和空间转录组分析中的应用与进展	整合CRISPR检测、生物传感器和纳米颗粒辅助信号放大技术，显著提升检测灵敏度，并拓展至空间转录组等高分辨率应用领域	面临反应特异性、自动化程度和成本效益等关键挑战	推动下一代分子诊断、基因组分析和空间多组学平台的发展	核酸、蛋白质、细胞外囊泡和单细胞等生物分子	分子诊断与基因组学	癌症（涉及基因组不稳定性与肿瘤演化）	滚环扩增（RCA）、CRISPR检测、下一代测序（NGS）、空间转录组分析	NA	核酸序列、基因表达数据、空间分布信息	NA（技术综述类文章未指定具体样本量）
189	2025-09-09	IGHA1 and IGHG1 Expression Panel Predicts Anti-PD-L1 Response in Muscle-Invasive Bladder Cancer 2025-Sep-08, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.70033 PMID:40919684	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组分析，发现IGHA1和IGHG1表达组合可预测肌层浸润性膀胱癌对PD-L1抑制剂的治疗反应	首次构建了TLS空间图谱，揭示IGHG1克隆型在TLS内成熟并扩散至肿瘤床的分布模式，并发现其与免疫微环境中多种细胞协同作用	样本量有限（单细胞数据仅9例，空间转录组数据仅5例），需更大规模验证	探究三级淋巴结构（TLS）与免疫球蛋白库在肌层浸润性膀胱癌中的关系及其对免疫治疗的预测价值	肌层浸润性膀胱癌患者（TCGA数据库405例，IMvigor210试验348例）	数字病理	膀胱癌	单细胞测序、空间转录组	NA	基因组测序数据、空间转录数据	单细胞数据9例（5例自研+4例公共数据），空间转录组5例（1例自研+4例公共数据），临床队列753例
190	2025-09-09	Comments on "tracking adipose-derived stem cell exosomes applied in a mouse crush injury model: insights from fluorescent labeling and spatial transcriptomics - an experimental study" 2025-Sep-08, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000003382 PMID:40919925	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
191	2025-09-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Potential Mechanism of RUNX3 Reshaping Tumor Microenvironment in Non-small-cell Lung Cancer 2025-Sep-07, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-025-18034-w PMID:40916017	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示RUNX3在非小细胞肺癌中重塑肿瘤微环境的潜在机制	首次利用单细胞RNA测序技术系统分析RUNX3表达状态对非小细胞肺癌肿瘤微环境细胞组成和免疫细胞浸润的影响	样本量较小（仅7例患者），需更大规模研究验证	探究RUNX3在非小细胞肺癌中作为抑癌基因的具体生物学机制及其对肿瘤微环境的影响	非小细胞肺癌患者组织样本（癌组织和癌旁组织）	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序，免疫组化染色	Seurat分析流程	单细胞转录组数据	7例NSCLC患者（3例癌旁+癌组织配对样本）
192	2025-09-09	Cutting-edge technologies in neural regeneration 2025-Sep-05, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00260-y PMID:40911279	综述	本文综述了推动神经再生领域发展的最新前沿技术及其未来潜力	聚焦光遗传学、化学遗传学、3D培养模型、基因编辑、单细胞测序和3D成像等突破性技术，并展望AI、高通量体内筛选和脑机接口技术的应用前景	NA	修复和恢复受损神经组织功能，特别是中枢神经系统的再生治疗	神经组织，尤其是中枢神经系统（CNS）	神经科学	神经系统疾病	光遗传学、化学遗传学、3D培养、基因编辑、单细胞测序、3D成像、AI、高通量筛选、脑机接口	NA	多组学数据、成像数据	NA
193	2025-09-09	DNA methylation subtypes dictate metastatic heterogeneity of osteosarcoma via distinct tumor-stromal interactions: Multi-omics profiling and decitabine validation 2025-Sep-05, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147473 PMID:40915448	研究论文	通过多组学分析揭示骨肉瘤DNA甲基化亚型通过肿瘤-基质相互作用调控转移异质性	首次整合批量DNA甲基化谱和单细胞RNA测序鉴定骨肉瘤甲基化亚型，发现亚型特异性转移路径并验证去甲基化药物的治疗潜力	NA	阐明表观遗传机制驱动骨肉瘤转移异质性	骨肉瘤细胞及肿瘤微环境中的髓系细胞、成纤维细胞和免疫细胞	表观遗传学	骨肉瘤	批量DNA甲基化分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、假时间轨迹分析	共识聚类	表观遗传组数据、转录组数据	NA
194	2025-09-09	Single-cell transcriptomic atlas of human retina from Chinese donors reveals population-specific cellular diversity 2025-Sep-04, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110623 PMID:40914339	研究论文	构建首个中国人群来源的人类视网膜单细胞转录组图谱，揭示种群特异性细胞多样性	首次提供中国人群视网膜单细胞RNA测序数据，填补亚洲人群视网膜转录组资源空白	样本量有限（18例视网膜标本），未与其他人群数据进行直接对比分析	解析中国人群视网膜细胞组成和功能特性	人类视网膜组织（来自活体捐赠者和遗体捐赠者）	单细胞转录组学	眼科疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	约290,000个活细胞，来自18例新鲜视网膜标本
195	2025-09-09	Fueling fibrosis: metabolic dysregulation in systemic sclerosis 2025-Sep-04, Current opinion in rheumatology IF:5.2Q1 DOI:10.1097/BOR.0000000000001123 PMID:40916994	综述	本文综述了代谢重编程如何驱动系统性硬化症中的纤维化和免疫失调，重点探讨营养感知和能量通路在疾病进展中的作用	揭示了系统性硬化症中从分解代谢向合成代谢的转变机制，并识别了特定代谢物（如α-酮戊二酸、琥珀酸）在纤维化信号调控中的双重作用	NA	探讨代谢失调在系统性硬化症纤维化和免疫异常中的驱动机制	系统性硬化症（SSc）的代谢通路、免疫细胞和成纤维细胞	NA	系统性硬化症	代谢组学分析、单细胞转录组学	NA	NA	NA
196	2025-09-09	Integrated machine learning-based RNA sequencing and single-cell analysis reveal RNA methylation regulation patterns in the immune microenvironment of Alzheimer's disease 2025-Sep-03, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01650 PMID:40903964	研究论文	本研究通过整合机器学习、RNA测序和单细胞分析，揭示了RNA甲基化在阿尔茨海默病免疫微环境中的调控模式	首次结合bulk转录组和单细胞RNA测序分析RNA甲基化水平，并利用机器学习识别出5个与甲基化相关的长链非编码RNA作为阿尔茨海默病的预测标志物	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外神经元模型，缺乏更广泛的体内验证	探究RNA甲基化与阿尔茨海默病发生发展的关系及其对免疫微环境的调控机制	阿尔茨海默病患者样本、体外培养的神经元细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	RNA测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot	机器学习算法	转录组数据、单细胞数据	未明确说明样本数量，但包含患者样本和体外神经元细胞
197	2025-09-09	UCP2 is identified as a therapeutic target for abdominal aortic aneurysm by comprehensive bioinformatic analysis and experimental validation 2025-Sep-03, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152589 PMID:40915059	研究论文	通过生物信息学分析和实验验证，识别UCP2作为腹主动脉瘤的潜在治疗靶点	首次系统探索胞葬作用相关基因在腹主动脉瘤中的作用，并发现UCP2在巨噬细胞中高表达且其药理抑制可显著减缓疾病进展	研究主要基于生物信息学分析和小鼠模型，人类临床验证尚不充分	探究胞葬作用相关基因在腹主动脉瘤发病机制中的作用并寻找治疗靶点	腹主动脉瘤患者组织样本和弹性蛋白酶诱导的小鼠模型	生物信息学	心血管疾病	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫荧光染色	LASSO、Random Forest、XGBoost	基因表达数据	使用多个数据集（GSE47472、GSE57691、GSE7084）和小鼠模型
198	2025-09-09	Lhx2 specifically expressed in HSCs promotes liver regeneration and inhibits liver fibrosis 2025-Sep-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001201 PMID:39693275	研究论文	研究发现HSC特异性表达的转录因子Lhx2具有促进肝脏再生和抑制纤维化的双重功能	首次揭示Lhx2作为HSC中特异性表达的关键调控因子，能同时促进再生和抑制纤维化，并阐明其通过上调SMAD6阻断TGF-β通路和调控HGF等促再生因子的分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床应用的转化潜力仍需进一步验证	鉴定肝星状细胞中同时促进再生和抑制纤维化的特异性靶点并阐明其分子机制	肝星状细胞(HSCs)和小鼠肝脏损伤模型	分子生物学	肝脏疾病	RNA-seq、单细胞RNA-seq、基因敲降和过表达	NA	基因表达数据	小鼠急慢性肝损伤模型及原代HSCs，包含人和小鼠样本的比较分析
199	2025-09-09	Sour neuronal signalling attenuates macrophage-mediated liver injury 2025-Sep, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.02.026 PMID:40058705	研究论文	本研究揭示酸味刺激通过神经元信号减少TAFA2产生，从而减弱巨噬细胞介导的肝脏缺血再灌注损伤	首次发现神经元源性TAFA2通过CCR2招募并激活巨噬细胞导致肝损伤，并证实酸味刺激可抑制这一通路	机制研究主要基于动物模型，临床样本量有限，酸味刺激的具体剂量和长期效果需进一步验证	探究神经免疫相互作用在肝脏缺血再灌注损伤中的作用及酸味刺激的治疗潜力	小鼠模型和肝切除术患者	神经免疫学	肝脏疾病	单细胞测序、RNA测序、基因敲除、FLAG标记	动物疾病模型	基因表达数据、临床指标	小鼠模型和注册临床试验患者（ChiCTR2400088096）
200	2025-09-09	Tacrolimus prolongs corneal allograft survival and prevents dendritic cell infiltration in a myeloid-derived suppressor cell-dependent manner 2025-Sep, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2025.05.018 PMID:40398562	研究论文	研究他克莫司通过诱导髓源性抑制细胞依赖的方式延长角膜移植物存活并抑制树突状细胞浸润的细胞机制	首次揭示他克莫司通过MDSC介导的免疫抑制机制延长角膜移植物存活，并发现该作用的时效依赖性特征	研究基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	探究他克莫司在角膜移植中的免疫抑制机制	小鼠角膜穿透性移植模型	免疫学	移植免疫排斥	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、抗体介导的细胞清除	NA	基因表达数据、免疫组织化学数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）