单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-08-08	Anatomical Region-Specific Transcriptomic Signatures and the Role of Epithelial Cells in Pterygium Inflammation: A Multi-Omics Analysis 2025-Aug-01, Translational vision science & technology IF:2.6Q2 DOI:10.1167/tvst.14.8.13 PMID:40772680	研究论文	通过多组学分析研究翼状胬肉组织中主区和副区的细胞和分子模式差异，重点关注炎症和线粒体能量代谢	首次在翼状胬肉研究中区分解剖区域（主区和副区），并发现上皮细胞在炎症中的关键作用	样本量较小（6例批量RNA-seq和2例单细胞RNA-seq数据）	识别翼状胬肉的特定生物标志物以实现更高效的诊断和治疗	翼状胬肉患者组织样本	数字病理学	眼科疾病	RNA-seq（批量及单细胞）	NA	转录组数据	6例批量RNA-seq样本和2例单细胞RNA-seq样本
182	2025-08-08	scCOSMIX: A Mixed-Effects Framework for Differential Coexpression and Transcriptional Interactions Modeling in Single-Cell RNA-Seq 2025-Aug, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.70213 PMID:40772737	研究论文	本文提出了一种名为scCOSMIX的混合效应框架，用于在单细胞RNA测序数据中建模差异共表达和转录相互作用	scCOSMIX框架能够考虑单细胞实验中常见的多主体层次设计，并通过基于copula的方法对零膨胀、边缘和关联参数进行建模，使其能够适应不同数据的需求	未明确提及具体限制，但可能受限于单细胞RNA测序数据的质量和复杂性	研究单细胞RNA测序数据中的基因-基因相互作用动态变化	单细胞RNA测序数据中的基因共表达和转录相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	混合效应模型	基因表达数据	使用了GSE266919和GSE108989两个数据集，具体样本数量未明确说明
183	2025-08-08	CYCLONE: recycle contrastive learning for integrating single-cell gene expression data 2025-Jul-30, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06214-0 PMID:40739171	research paper	本文介绍了一种名为CYCLONE的新方法，用于通过循环对比学习网络整合单细胞基因表达数据	CYCLONE通过循环更新MNN对和结合KNN对来识别批次特异性细胞类型，避免了批次效应过度校正的问题	NA	整合单细胞转录组测序数据以减少批次效应，提高对细胞身份和功能的理解	单细胞基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	对比学习网络和VAE模型	基因表达数据	模拟和真实的scRNA-seq数据集
184	2025-08-08	Bacterial Infections Shape Cardiac Macrophages' Response to Ischemia 2025-Jul-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325147 PMID:40735767	研究论文	探讨细菌感染对心脏髓系细胞的长期影响及其对后续心肌缺血的潜在影响	发现细菌感染后心脏巨噬细胞的两个新亚群，并揭示它们在后续缺血性损伤中的不同作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究细菌感染如何通过影响先天免疫细胞来增加心血管事件的风险	心脏髓系细胞、外周白细胞、造血干细胞和祖细胞	心血管疾病	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、纳米颗粒介导的RNA干扰	遗传命运映射模型	细胞数据、RNA测序数据	NA
185	2025-08-08	Columbianadin targets TRIM7 to maintain P2X7 palmitoylation, inhibiting cuproptosis in synovial M2 macrophages 2025-Jul-30, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157091 PMID:40768810	研究论文	本研究探讨了天然植物化学物质Columbianadin (CBN)通过靶向TRIM7维持P2X7棕榈酰化，抑制滑膜M2巨噬细胞铜死亡的分子机制	首次将TRIM7鉴定为铜死亡警报蛋白，并揭示了CBN通过TRIM7-ZDHHC5-P2X7轴调控铜流出的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	阐明CBN治疗创伤性滑膜炎的分子机制，为其临床转化提供理论基础	创伤性滑膜炎小鼠模型和TRIM7条件性敲除小鼠	分子病理学	创伤性滑膜炎	单细胞测序、生物信息学分析、荧光共定位、电感耦合等离子体质谱、酰基生物素交换实验	小鼠前交叉韧带非破坏性撕裂模型	基因表达数据、蛋白质互作数据、金属离子浓度数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型
186	2025-08-08	Exploration and Application of Malignant Cell Heterogeneity Analysis with Single-Cell Transcriptome Sequencing Technology 2025-Jul-25, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2025.0836 PMID:40768639	研究论文	本文探讨了利用单细胞转录组测序技术分析恶性肿瘤细胞异质性及其应用	强调了单细胞RNA测序技术在解析肿瘤细胞异质性方面的创新应用，尤其是在肿瘤细胞本身的研究上，而不仅限于免疫和基质细胞群	当前单细胞RNA测序技术的应用仍主要集中于免疫和基质细胞群体，对肿瘤细胞本身的研究相对较少	阐明肿瘤的生物学机制，以提高诊断精度和治疗效果	恶性肿瘤细胞及其异质性	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
187	2025-08-08	Role of APE1 redox function in chronic rhinosinusitis pathogenesis: Implications for targeted therapy 2025-Jul-17, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.07.004 PMID:40683569	研究论文	本文探讨了APE1氧化还原功能在慢性鼻窦炎发病机制中的作用及其靶向治疗的潜力	揭示了APE1氧化还原功能在慢性鼻窦炎中驱动2型炎症、线粒体氧化应激、黏液产生和上皮屏障功能障碍的新机制，并评估了APE1氧化还原抑制剂C10的治疗潜力	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，需要进一步临床验证	阐明APE1氧化还原功能在慢性鼻窦炎发病机制中的作用并评估其靶向治疗的潜力	人类鼻组织、CRS小鼠模型、气液界面培养的人鼻上皮细胞和BEAS-2B细胞	病理生理学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序、免疫组化、Western blot、定量RT-PCR	CRS小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，涉及人类鼻组织、小鼠模型和细胞系
188	2025-08-08	Single-cell and spatial transcriptomics map senescent vascular cells in arterial remodeling during atherosclerosis in mice 2025-Jul-14, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00889-z PMID:40660002	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统性地研究了小鼠动脉粥样硬化中衰老血管细胞的异质性	发现了动脉粥样硬化中血管特异性衰老转录组特征，包括Spp1、Ctsb和Tnfrsf11b mRNAs的富集	研究主要基于小鼠模型，人类VSMC衰老的体外模型验证有限	探究动脉粥样硬化中衰老血管细胞的异质性及其转录组特征	小鼠主动脉中的血管平滑肌细胞(VSMCs)、成纤维细胞和T细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	p16-tdTomato和Ldlr; p16-3MR小鼠模型	RNA序列数据	使用两种小鼠动脉粥样硬化模型和人类VSMC体外模型
189	2025-08-08	Immunosuppressive JAG2+ tumor-associated neutrophils hamper PD-1 blockade response in ovarian cancer by mediating the differentiation of effector regulatory T cells 2025-Jul, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70021 PMID:40120139	研究论文	本研究揭示了JAG2+肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）中通过促进效应调节性T细胞（eTregs）分化导致免疫抑制微环境及PD-1阻断治疗抵抗的机制	首次阐明JAG2+ TANs通过Notch信号通路驱动eTregs分化的分子机制，并提出LY3039478（Notch抑制剂）和JAG2中和抗体可逆转PD-1治疗抵抗	研究主要基于HGSOC模型，结论在其他癌症类型中的普适性需进一步验证	解析JAG2+ TANs在HGSOC免疫抑制微环境中的作用机制并探索克服PD-1治疗抵抗的策略	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者样本（304例）及患者来源肿瘤类器官（PDTOs）	肿瘤免疫学	卵巢癌	多重免疫组化、流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外共培养系统、荷瘤小鼠模型	PDTO模型、异种移植模型	组织样本、单细胞转录组数据	304例HGSOC样本（含274例队列样本和30例PDTO样本）
190	2025-08-08	miRNA centered regulatory networks identify FN1 and miR27b as metastatic drivers in HPV negative head and neck cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08646-3 PMID:40593296	研究论文	本研究通过分析HPV阴性头颈部鳞状细胞癌的转录组数据，开发了一个基于miRNA调控网络的转移预测模型，并识别了miR-27b和FN1作为转移的关键驱动因素	开发了一个基于miRNA调控网络的转移预测模型，识别了miR-27b和FN1作为HPV阴性头颈部鳞状细胞癌转移的关键驱动因素，并验证了其在单细胞水平和体外实验中的作用	研究样本量虽大但仍可能存在一定的偏差，且体外实验结果需要在体内进一步验证	探究HPV阴性头颈部鳞状细胞癌转移的调控机制并开发预测模型	HPV阴性头颈部鳞状细胞癌患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	转录组测序，单细胞RNA-seq	miRNA调控网络模型	RNA-seq数据	333例HPV阴性HNSC肿瘤样本
191	2025-08-08	Identification of matrix stiffness-related molecular subtypes in HCC via integrating multi-omics analysis and machine learning algorithms 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06733-7 PMID:40598539	研究论文	通过整合多组学分析和机器学习算法，识别与基质硬度相关的HCC分子亚型	首次构建了包含57个基因的基质硬度相关特征，并验证了PPARG在HCC中的关键作用	研究结果需要在更大规模的临床队列中进行验证	探索基质硬度在肝细胞癌(HCC)预后和治疗反应中的作用	肝细胞癌(HCC)患者	数字病理学	肝癌	多组学分析、scRNA-seq、空间转录组学	机器学习算法	多组学数据	未明确说明具体样本数量
192	2025-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals anterograde trans-synaptic degeneration and exacerbated synaptic remodeling in myopia 2025-Jul, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01489-y PMID:40610752	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了近视中视网膜神经节细胞的凋亡信号激活及视觉皮层突触重塑	首次揭示了近视中前向跨突触变性(TSD)的作用及其对视网膜神经节细胞凋亡和视觉皮层突触重塑的影响	研究未涉及TSD在近视发展中的具体分子机制	探究近视中前向跨突触变性的作用及其对视网膜和视觉皮层的影响	视网膜神经节细胞和视觉皮层	生物医学	近视	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
193	2025-08-08	Identification of MACF1 as a causative gene of generalised epilepsy 2025-Jun-24, Journal of medical genetics IF:3.5Q2 DOI:10.1136/jmg-2025-110699 PMID:40350249	研究论文	该研究通过全外显子测序等方法，发现MACF1基因是全身性癫痫的一个潜在致病基因	首次揭示了MACF1基因与全身性癫痫的关联，并阐明了不同变异类型与不同神经发育表型的基因型-表型关联	样本量较小（仅10例患者），需要更大规模的研究验证	探索MACF1基因在癫痫和神经发育中的作用	来自中国癫痫基因1.0项目的全身性癫痫患者队列	神经遗传学	全身性癫痫	全外显子测序（WES）、单细胞测序	NA	基因组数据、表达谱数据	10例无关患者
194	2025-08-08	Nanoparticles may influence mast cells gene expression profiles without affecting their degranulation function 2025-06, Nanomedicine : nanotechnology, biology, and medicine IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.nano.2025.102818 PMID:40185352	研究论文	开发并验证了一种体外方法，用于监测纳米颗粒对IgE依赖性肥大细胞脱颗粒功能的影响	首次通过单细胞测序揭示了纳米材料对肥大细胞基因表达谱的影响，而传统功能免疫检测未能发现这些效应	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境下的验证	评估纳米颗粒对肥大细胞功能的影响	肥大细胞	纳米医学	过敏性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	七种纳米材料（四种临床级纳米药物和三种商业研究级纳米材料）
195	2025-08-08	Chevreul: An R Bioconductor Package for Exploratory Analysis of Full-Length Single Cell Sequencing 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656486 PMID:40501968	研究论文	介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	Chevreul区别于其他scRNA-seq分析包的特点在于其易用性、能够分析全长RNA测序数据以进行外显子覆盖和转录本异构体推断，以及支持批次校正	现有分析工具未提供专门的异构体水平分析或可变剪接检测工具	开发一个易于使用的工具，使没有编程经验的研究人员能够分析全长scRNA-seq数据	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
196	2025-08-08	Comprehensive single-cell profiling of T and B cell subsets in mice reveals impacts on memory immune responses in FMDV infection 2025-05, Virology IF:2.8Q3 DOI:10.1016/j.virol.2025.110496 PMID:40090183	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了FMDV感染对小鼠记忆免疫反应的影响	首次全面分析了FMDV感染对T和B细胞亚群的影响，并揭示了Fos相关基因的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探究FMDV感染对记忆免疫反应的影响机制	小鼠脾脏中的T和B细胞亚群	免疫学	口蹄疫	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量，研究对象为小鼠脾脏细胞
197	2025-08-08	Activated polyreactive B cells are clonally expanded in autoantibody positive and patients with recent-onset type 1 diabetes 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115425 PMID:40117290	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和BCR测序分析了自身反应性B细胞在1型糖尿病中的克隆扩增和基因表达变化	首次揭示了自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者中胰岛抗原反应性B细胞的克隆扩增现象及其多反应性特征	样本量相对有限，且仅分析了外周血中的B细胞而未直接研究胰腺组织中的B细胞	探究1型糖尿病中自身反应性B细胞的作用机制	非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者的胰岛抗原反应性B细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序、BCR测序	NA	单细胞转录组数据、BCR序列数据	包含非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者的样本
198	2025-08-08	SIGMAR1 screened by a GPCR-related classifier regulates endoplasmic reticulum stress in bladder cancer 2025-Apr-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06393-7 PMID:40211230	研究论文	本研究通过构建GPCR-TME分类器，识别了SIGMAR1作为调控膀胱癌内质网应激的关键因子，并验证了其在肿瘤生长和免疫细胞浸润中的作用	构建了GPCR-TME分类器，首次揭示了SIGMAR1在膀胱癌中调控内质网应激的具体机制及其对预后的影响	研究主要基于公共数据库和体外实验，临床样本验证和机制研究的深度有待进一步加强	探究GPCRs在膀胱癌中的作用机制，特别是SIGMAR1对肿瘤微环境和内质网应激的调控	膀胱癌组织样本、细胞系和裸鼠模型	癌症生物学	膀胱癌	scRNA-seq, WGCNA, GSEA, CIBERSORT, western blotting	GPCR-TME分类器	RNA测序数据、临床病理数据、免疫组化数据	公共数据库中的批量测序数据、单细胞RNA测序数据、免疫治疗反应数据和临床病理特征数据，以及体外实验和裸鼠模型
199	2025-08-08	Protocol to boost the robustness and accuracy of spatial transcriptomics algorithms using ensemble techniques 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103608 PMID:39879360	研究论文	提出了一种使用加权集成方法（WEST）增强空间转录组学算法鲁棒性和准确性的协议	利用集成技术提升现有算法的鲁棒性和准确性	未提及具体实验验证结果或性能比较	提升空间转录组学算法的鲁棒性和准确性	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	加权集成方法（WEST）	基因表达数据	NA
200	2025-08-08	A unified framework for cell-type-specific eQTL prioritization by integrating bulk and scRNA-seq data 2025-Feb-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2024.12.018 PMID:39824189	研究论文	本文提出了一个统计框架IBSEP，通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据来增强细胞类型特异性eQTL的优先级排序	IBSEP框架通过分层线性模型整合两种数据类型的汇总统计，克服了各自技术的局限性并利用了各自的优势	scRNA-seq研究受限于较小的样本量和技术限制	提高细胞类型特异性eQTL的优先级排序，以更深入地理解复杂疾病的遗传基础	外周血单个核细胞和大脑皮层数据集	基因组学	复杂疾病	bulk RNA-seq, scRNA-seq	分层线性模型	RNA-seq数据	未明确说明具体样本量，但包括外周血单个核细胞和大脑皮层数据集