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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-11-02 |
Integrated machine learning-based establishment of a prognostic model in multicenter cohorts for acute myeloid leukemia
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1649594
PMID:41164126
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研究论文 | 本研究通过整合机器学习方法建立了急性髓系白血病的预后模型MLAPS | 使用10种机器学习算法的101个模型开发预后特征,并通过实验验证CD69在AML恶性进展中的作用 | NA | 评估白血病细胞相关基因的功能和预后意义 | 急性髓系白血病患者 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 集成机器学习模型 | 基因表达数据 | 多个独立队列验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 182 | 2025-11-02 |
Integrative modeling of malignant epithelial programs in EGFR-mutant LUAD via single-cell transcriptomics and multi-algorithm machine learning
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1661679
PMID:41164195
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和多算法机器学习整合建模EGFR突变肺腺癌中的恶性上皮程序 | 在单细胞水平解析EGFR突变上皮细胞的恶性程序,开发了EGFRmERS预后评分系统并验证其优于现有模型,首次将PERP鉴定为关键功能基因 | 使用公开数据库数据,样本来源可能受限;功能验证仅限于体外实验 | 表征EGFR突变肺腺癌中恶性上皮细胞特征,开发预后预测模型 | EGFR突变肺腺癌患者样本中的恶性上皮细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,Transwell迁移/侵袭实验,集落形成实验 | inferCNV,k-means聚类,Monocle2,十种机器学习算法 | 单细胞转录组数据,批量转录组数据 | 多个独立队列的EGFR突变肺腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 183 | 2025-11-02 |
Integrative multi-omics reveals energy metabolism-related prognostic signatures and immunogenetic landscapes in lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1679464
PMID:41164190
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学方法开发了能量代谢相关预后模型,用于评估肺腺癌预后并揭示相关免疫遗传通路 | 首次结合孟德尔随机化和机器学习方法构建能量代谢相关基因的预后模型,并通过单细胞RNA测序揭示其在肿瘤微环境中的细胞特异性表达 | 研究样本量有限,需要更大规模的前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 探索能量代谢相关基因在肺腺癌中的预后价值和免疫遗传机制 | 肺腺癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 多组学整合分析, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | 随机生存森林机器学习算法 | 基因组数据, 转录组数据, 临床数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 184 | 2025-11-02 |
Ménière's disease and vestibular migraine: a narrative review of pathogenetic insights, diagnostic evolution, and clinical management advances
2025, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2025.1653509
PMID:41164402
|
综述 | 比较分析梅尼埃病与前庭性偏头痛的发病机制、临床特征和诊断标准,总结研究进展并展望未来研究方向 | 提出整合单细胞转录组学、高分辨率内耳MRI、标准化蛋白质组平台和机器学习方法的综合研究框架 | 现有生物标志物研究受限于样本量小和缺乏标准化验证方案 | 阐明梅尼埃病与前庭性偏头痛的发病机制并改进临床诊疗策略 | 梅尼埃病和前庭性偏头痛患者 | 医学研究 | 前庭疾病 | 单细胞转录组学, 高分辨率MRI, 蛋白质组学, 机器学习 | 机器学习 | 临床数据, 影像数据, 分子数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 185 | 2025-11-02 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
|
研究论文 | 本研究通过单细胞核RNA测序和空间转录组学分析,发现白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病进展中的关键驱动作用 | 首次在ACM中识别出炎症-纤维化空间生态位,并证明靶向IL-1β可改善疾病表型 | 研究样本量有限,主要基于小鼠模型验证机制 | 探究致心律失常性心肌病的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠模型 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间基因表达数据 | ACM患者和对照供者心肌样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 186 | 2025-11-02 |
Method of moments framework for differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data
2024-Oct-31, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.09.044
PMID:39454576
|
研究论文 | 提出了一种用于单细胞RNA测序数据差异表达分析的矩量法框架工具Memento | 开发了可同时分析均值表达、变异性和基因相关性的稳健高效差异分析工具,可扩展至数百万细胞和数千样本 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中区分生物和技术变异源、评估细胞组间定量比较统计显著性的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 矩量法框架 | 基因表达数据 | 70,000气管上皮细胞、160,000 CRISPR-Cas9扰动T细胞、120万外周血单核细胞、5000万细胞CELLxGENE数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 187 | 2025-11-02 |
STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics
2024-Jun-20, ArXiv
PMID:38947920
|
研究论文 | 介绍了一个名为STimage-1K4M的新型空间转录组学数据集,该数据集将组织病理学图像与基因表达数据相结合 | 首次提供了亚图像切片与高维基因表达数据的配对,实现了前所未有的数据粒度 | NA | 解决现有医学图像-文本数据集中文本描述过于概括、缺乏亚区域细节的问题 | 组织病理学图像和基因表达数据 | 计算病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像, 基因表达数据 | 1,149张图像,4,293,195对亚切片图像-基因表达配对 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 188 | 2025-11-01 |
Mechanisms of lactylation-related biomarker in neonatal hypoxic-ischemic brain damage analyzed through multi-omics data
2025-Oct-30, Pediatric research
IF:3.1Q1
DOI:10.1038/s41390-025-04538-4
PMID:41168403
|
研究论文 | 本研究通过多组学数据分析乳酰化相关生物标志物在新生儿缺氧缺血性脑损伤中的作用机制 | 首次在新生大鼠缺氧缺血性脑病模型中采用多组学方法,探索乳酸盐代谢相关基因的作用 | 研究基于大鼠模型,结果向人类临床转化的有效性需进一步验证 | 研究乳酰化相关基因在新生儿缺氧缺血性脑损伤中的机制并探索潜在治疗靶点 | SD大鼠新生幼鼠的脑组织 | 多组学分析 | 新生儿缺氧缺血性脑病 | 转录组学, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 机器学习, 分子对接 | 机器学习 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞数据 | SD大鼠脑组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 189 | 2025-11-01 |
Nicheformer: a foundation model for single-cell and spatial omics
2025-Oct-30, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02814-z
PMID:41168487
|
研究论文 | 提出基于Transformer的基础模型Nicheformer,用于单细胞和空间组学数据分析 | 首个同时训练于人类和小鼠解离单细胞及靶向空间转录组数据的基础模型,能够学习捕获空间背景的细胞表征 | 未明确说明模型在特定组织类型或疾病状态下的性能限制 | 开发能够整合多尺度数据的机器学习模型,用于空间单细胞分析 | 人类和小鼠的细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | Transformer | 单细胞数据,空间转录组数据 | 超过1.1亿个细胞(5700万解离细胞和5300万空间解析细胞),涵盖73种组织 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 190 | 2025-11-01 |
A Dynamic DNA Nano-Antioxidant Targeting Galectin-3 Attenuates Liver Fibrosis via Reducing Macrophage Oxidative Stress
2025-Oct-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509977
PMID:41168966
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研究论文 | 开发了一种靶向Galectin-3的动态DNA纳米抗氧化剂,通过减少巨噬细胞氧化应激缓解肝纤维化 | 首次开发动态DNA纳米抗氧化剂实现肝巨噬细胞特异性siRNA递送,并发现Galectin-3与巨噬细胞氧化应激的正相关性 | 研究仅在小鼠模型中进行验证,尚未进行临床前或临床试验 | 开发靶向治疗肝纤维化的新型纳米药物平台 | 肝巨噬细胞和肝纤维化小鼠模型 | 纳米医学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序,siRNA递送,IVIS成像 | NA | 基因表达数据,荧光成像数据,组织学数据 | 四氯化碳诱导的肝纤维化小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 191 | 2025-11-01 |
Spatiotemporal transcriptomic and metabolomic landscapes of wild soybean seed development reveal regulatory mechanisms of nutrient accumulation
2025-Oct-29, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2025.101580
PMID:41169047
|
研究论文 | 本研究结合空间转录组学和代谢组学解析野生大豆种子发育过程中的营养积累调控机制 | 首次在野生大豆中整合空间转录组学和代谢组学分析,揭示了胚胎不同区域细胞的代谢分化模式及关键调控因子GsMAPK23-4的功能 | 研究仅聚焦于中成熟期种子,未涵盖整个发育过程的动态变化 | 阐明野生大豆种子发育过程中细胞分化和营养积累的时空调控机制 | 野生大豆(Glycine soja Sieb. et Zucc.)种子 | 植物生物学 | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学, 差异表达分析, 伪时间轨迹分析, 细胞间通讯分析 | NA | 转录组数据, 代谢组数据 | 中成熟期野生大豆种子 | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 192 | 2025-11-01 |
Kell and Kx blood group systems: an update
2025-Sep-01, Immunohematology
|
综述 | 更新自2015年以来Kell和Kx血型系统的最新研究进展,包括新发现的抗原、等位基因及其与红细胞膜稳定性的关系 | 首次报道婴儿McLeod综合征诊断,发现大量新抗原和等位基因(截至2025年Kell系统已有38种抗原),强调分子诊断在解决血清学模糊性和神经退行性疾病诊断中的作用 | NA | 总结Kell和Kx血型系统的最新研究进展和临床应用 | Kell和Kx血型系统的抗原、等位基因及其与红细胞膜稳定性和疾病的关系 | NA | 血液系统疾病 | 单细胞测序、多组学分析、基因编辑、细胞治疗 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 193 | 2025-10-31 |
Thymic myeloid cells are heterogenous and include a novel population of transitional dendritic cells
2026-Jan-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20250733
PMID:41123595
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示胸腺髓系细胞的异质性并鉴定出一种新型过渡性树突状细胞群 | 发现传统认知的DC2实际包含四个不同细胞谱系,并首次鉴定出CX3CR1+过渡性树突状细胞(tDC)这一新型细胞群 | 研究主要基于小鼠模型,人类胸腺髓系细胞的异质性仍需验证 | 解析胸腺髓系细胞的谱系身份、发育和成熟机制 | 胸腺髓系细胞(包括树突状细胞和巨噬细胞) | 单细胞生物学 | 免疫系统疾病 | 单细胞转录组测序,谱系定义小鼠模型 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 194 | 2025-10-31 |
Pan-cancer neural regulation pattern with implications for patient stratification and immunotherapy
2025-Dec-09, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2025.102732
PMID:41147013
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研究论文 | 通过整合多组学数据系统描绘了泛癌神经调控模式及其对患者分层和免疫治疗的临床意义 | 首次系统性描绘泛癌神经-肿瘤相互作用全景图,发现神经信号与临床特征的相关性并构建神经癌症亚型分类 | 基于回顾性数据分析,需要进一步实验验证神经调控机制 | 探究神经系统与癌症相互作用的调控模式及其在免疫治疗中的临床应用价值 | 10,000+ TCGA批量转录组、239个泛癌空间转录组、115个批量检查点抑制剂治疗转录组和120,000+单细胞转录组 | 生物信息学 | 泛癌研究 | 批量转录组测序, 空间转录组学, 单细胞转录组测序 | 配体-受体相互作用网络分析 | 转录组数据, 空间转录组数据 | >10,000 TCGA样本 + 239空间样本 + 115治疗样本 + >120,000单细胞 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 195 | 2025-10-31 |
Single-Cell RNA-Seq Revealed the Immune Microenvironment Reprogramming by Dexmedetomidine Treatment in Ischemic Stroke
2025-Dec, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-05237-1
PMID:40751033
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了右美托咪定通过HK2介导的小胶质细胞代谢重编程维持免疫微环境稳态,从而在缺血性脑卒中发挥神经保护作用的机制 | 首次采用多组学方法系统阐明右美托咪定通过HK2调控小胶质细胞代谢重编程维持免疫微环境稳态的神经保护机制 | 研究主要基于小鼠MCAO模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究右美托咪定在缺血性脑卒中中的神经保护作用机制 | 大脑中动脉闭塞模型小鼠和小胶质细胞 | 单细胞组学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA-seq, RNA-seq, 代谢组学 | NA | 单细胞转录组数据, 代谢组数据 | MCAO小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | NA | NA |
| 196 | 2025-10-31 |
Beyond gut and neural mechanisms: A multi-organ system perspective on insecticide resistance
2025-Dec, Pesticide biochemistry and physiology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.pestbp.2025.106701
PMID:41162084
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综述 | 本文从多器官系统视角探讨杀虫剂抗性的形成机制,突破传统孤立研究的局限 | 提出将杀虫剂抗性视为多器官协同作用的系统现象,强调器官间信号传导和补偿机制的重要性 | 在解析器官间通讯、识别组织特异性抗性标记物及开发现场诊断方法方面仍存在挑战 | 探索多器官系统在塑造杀虫剂抗性中的作用机制 | 昆虫的脂肪体代谢、循环运输、跨代效应、呼吸调节、马氏管排泄和内分泌调节等生理系统 | 系统生物学 | NA | 多组学技术、单细胞RNA测序、先进成像技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 197 | 2025-10-31 |
Caloric Restriction Substantially Improves Glucose Regulation in Mice With Hnf1a-Deficient Beta-Cells
2025-Dec, Acta physiologica (Oxford, England)
DOI:10.1111/apha.70121
PMID:41165340
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研究论文 | 本研究探讨饮食对HNF1A突变胰岛β细胞的影响,发现热量限制显著改善Hnf1a缺陷β细胞的血糖调节 | 首次系统研究饮食因素对HNF1A-MODY疾病发生发展的影响,揭示了Hnf1a缺陷β细胞对饮食线索的高度敏感性 | 研究主要基于小鼠模型,人类验证仅使用体外干细胞胰岛,样本规模有限 | 探索环境因素(特别是饮食)对HNF1A-MODY发病和进展的影响机制 | 转基因小鼠(Hnf1a突变β细胞)和人类干细胞胰岛(HNF1AP291fsinsC杂合突变) | 代谢疾病研究 | 单基因糖尿病(HNF1A-MODY) | 免疫荧光、蛋白质组学、bulk转录组学、单细胞转录组学 | 转基因小鼠模型、干细胞胰岛模型 | 生理测试数据、蛋白质组数据、转录组数据 | 转基因小鼠暴露于四种不同饮食方案,人类干细胞胰岛及其同基因对照 | NA | 单细胞转录组学, bulk转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 198 | 2025-10-31 |
Eupatilin ameliorates spinal cord injury by inhibiting damage-associated microglia and optimizing the regenerative microenvironment
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113687
PMID:41146716
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现损伤相关小胶质细胞在急性脊髓损伤中的关键作用,并证实黄岑素能促进其向稳态小胶质细胞转化 | 首次通过整合单细胞RNA测序和微阵列数据识别急性脊髓损伤特异性损伤相关小胶质细胞亚群,并发现黄岑素促进其向有益表型转化的新功能 | 研究仅使用C57BL/6小鼠模型,尚未在更大型动物或临床样本中验证 | 探索脊髓损伤中小胶质细胞的动态变化及黄岑素的治疗机制 | C57BL/6小鼠脊髓挫伤模型中的小胶质细胞 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, 微阵列分析, 生物信息学分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 199 | 2025-10-31 |
Decoding Dendritic Cell Subtypes via Integrated Radiogenomics: A Stacked Ensemble Model for Predicting Immunotherapy Response in NSCLC
2025-Nov-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202501990R
PMID:41160086
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、影像组学和深度学习技术,开发了一个多模态框架来预测非小细胞肺癌患者对免疫治疗的应答 | 首次将单细胞转录组学、影像组学和深度学习相结合,通过堆叠集成学习方法识别树突状细胞亚型与免疫治疗应答的关联 | 样本量相对有限,需要在更大规模队列中验证模型的泛化能力 | 预测非小细胞肺癌患者对PD-1抑制剂免疫治疗的应答 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤样本和影像数据 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 影像组学, 深度学习 | LSTM, ResNet50, 堆叠集成学习 | 转录组数据, 临床数据, 影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 200 | 2025-10-31 |
Single-cell RNA sequencing reveals the ameliorative effects of Kai-Xin-San on depression via regulating neuroplasticity and inflammation in the hypothalamus of rats
2025-Nov-10, Neuroscience
IF:2.9Q2
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示开心散通过调节下丘脑神经可塑性和炎症改善大鼠抑郁的分子机制 | 首次使用单细胞RNA测序技术系统阐明开心散通过抑制前驱活性、恢复星形胶质细胞线粒体代谢和重塑神经-星形胶质细胞相互作用网络来增强突触可塑性的抗抑郁机制 | 研究仅针对大鼠下丘脑区域,未涉及其他脑区;样本数量相对有限 | 探究开心散改善抑郁症状的分子机制 | 慢性不可预见轻度应激诱导的抑郁模型大鼠 | 单细胞转录组学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序,行为学实验,分子生物学实验 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据,行为学数据 | 45,482个下丘脑细胞,来自对照组、CUMS模型组、开心散治疗组和氟西汀治疗组大鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |