单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-09-28	Single-cell RNA Sequencing Demonstrates the Heterogeneity of Different Molecular Subtypes in Gastric Cancer 2025-Oct, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10922-2 PMID:39311993	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示胃癌不同分子亚型的细胞异质性并鉴定亚型特异性lncRNA	首次在单细胞水平系统解析胃癌TCGA分子亚型的异质性，构建亚型特异性lncRNA-基因调控网络并鉴定预后相关标志物	NA	探究胃癌不同分子亚型的细胞组成异质性和分子特征	119,878个来自不同分子亚型胃癌的细胞	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	119,878个细胞
182	2025-09-28	Tumor necrosis facilitates perihilar cholangiocarcinoma metastasis by ANGPTL6-augmented vessel permeability and tumor dissemination 2025-Oct, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101514 PMID:40995437	研究论文	本研究探讨肿瘤坏死对肝门部胆管癌预后的影响及其通过ANGPTL6增强血管通透性促进转移的机制	首次通过空间蛋白质组学发现坏死周边区域pCCA细胞特异性高表达ANGPTL6，并证实其通过增加血管通透性促进肿瘤扩散	研究样本仅限肝门部胆管癌患者，机制研究主要依赖体外和动物模型	探究肿瘤坏死在pCCA中的预后意义、分子调控机制及微环境改变	306例pCCA患者组织样本及细胞/动物模型	数字病理学	胆管癌	激光捕获显微切割、高分辨率质谱、单细胞RNA测序	NA	组织病理图像、蛋白质组数据、转录组数据	306例pCCA患者（其中162例存在肿瘤坏死）
183	2025-09-28	Human deep subcutaneous adipose tissue is enriched for inflammatory and tissue remodeling pathways 2025-Oct-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00463.2025 PMID:40833844	研究论文	通过批量RNA测序和单细胞RNA测序比较人体皮下浅层脂肪组织与深层脂肪组织的转录组差异	首次在单细胞水平揭示深层脂肪组织具有促炎症和组织重塑倾向的独特基因表达特征	NA	比较皮下浅层与深层脂肪组织的分子和细胞差异	人体皮下浅层脂肪组织和深层脂肪组织	转录组学	代谢疾病	批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
184	2025-09-28	Glioblastoma exploits ATP from leading-edge astrocytes to fuel its infiltrative growth revealed by spatially resolved chimeric analysis 2025-Sep-26, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv5673 PMID:40991701	研究论文	本研究开发了空间分辨嵌合分析工具SCAR，揭示了胶质母细胞瘤通过利用前沿星形胶质细胞的ATP促进浸润性生长的代谢机制	首次开发SCAR计算工具解析人鼠嵌合模型中肿瘤与微环境的空间转录组互作，发现胶质母细胞瘤在浸润前沿通过CKB介导的代谢重编程利用星形胶质细胞的ATP	研究基于嵌合动物模型，与人类真实肿瘤微环境存在差异；空间转录组分辨率有限	解析胶质母细胞瘤浸润性生长的空间代谢机制	胶质母细胞瘤细胞与星形胶质细胞的相互作用	空间转录组学	胶质母细胞瘤	空间转录组学、嵌合癌症模型	SCAR计算工具	空间基因表达数据	人鼠嵌合模型样本（具体数量未明确说明）
185	2025-09-28	Integrating 3D imaging, GWAS and single-cell transcriptome approaches to elucidate root system architecture in Populus 2025-Sep-26, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiaf432 PMID:41004703	研究论文	本研究通过整合3D成像、GWAS和单细胞转录组技术，揭示了毛白杨根系构型的遗传调控机制	首次在木本植物中建立结合自动三维空间成像、多组学分析和单细胞测序的综合研究框架，发现PsiSKP2B通过非毛细胞依赖的调控机制控制侧根发育	研究仅针对毛白杨特定种质资源，结论在其他树种中的普适性需进一步验证	解析毛白杨根系构型的遗传架构和调控网络	303份来自中国不同地理区域的毛白杨种质资源	植物遗传学	NA	3D空间成像、GWAS、单细胞RNA测序、遗传转化	NA	基因组数据、转录组数据、图像数据	303份毛白杨种质资源，包含96个根系构型性状
186	2025-09-28	CFTR High Expresser BEST4+ cells are pH-sensing neuropod cells: new implications for intestinal physiology and Cystic Fibrosis disease 2025-Sep-26, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00082.2025 PMID:41005986	研究论文	通过单细胞RNA测序发现肠道BEST4+细胞是表达CFTR的pH感应神经足细胞，并探讨其在囊性纤维化疾病中的作用	首次将BEST4+细胞鉴定为CFTR高表达细胞，揭示其pH感应功能和与神经元的连接，以及在囊性纤维化病理中的新机制	研究主要基于大鼠模型，人类肠道组织的直接证据有限	探究肠道BEST4+细胞的特性及其在囊性纤维化疾病中的病理生理作用	人类和大鼠肠道上皮细胞，特别是BEST4+细胞亚群	细胞生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序、蛋白质免疫定位	NA	基因表达数据、蛋白质定位数据	野生型和ΔF508囊性纤维化大鼠空肠组织
187	2025-09-28	Integrating pathology genomics and single-cell genomics to identify lactate metabolism-related prognostic features and therapeutic strategies for melanoma 2025-Sep-26, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-025-02190-1 PMID:41006685	研究论文	本研究整合病理基因组学和单细胞基因组学，构建了基于乳酸代谢的黑色素瘤预后模型并探索治疗策略	首次将定量病理特征与深度学习特征结合，构建多组学整合的乳酸代谢特征预后模型，并发现RAB32在代谢重编程中的核心作用	模型验证主要基于TCGA队列，需要更多独立队列验证临床适用性	系统表征黑色素瘤乳酸代谢分子特征，构建预后模型并探索治疗靶点	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者组织和细胞系	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、基因集变异分析（GSVA）、机器学习算法	ResNet50 CNN、10种机器学习算法组合	病理图像、基因组数据、转录组数据	TCGA队列训练和验证，包含443个病理影像特征和11个基因特征
188	2025-09-28	Endothelial SPRY1 deficiency associates with angiogenic-metabolic reprogramming in pulmonary arterial hypertension: a multi-omics analysis of bulk and single-cell transcriptomic profiles 2025-Sep-26, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-025-02175-0 PMID:41006686	研究论文	通过单细胞RNA测序和多组学分析揭示肺动脉高压中内皮细胞SPRY1缺失与血管代谢重编程的关联	首次整合单细胞转录组与hdWGCNA机器学习方法鉴定SPRY1为PAH新型关键生物标志物	研究样本量有限，机制验证主要依赖动物模型	探究肺动脉高压血管重构的内皮细胞分子机制	肺动脉高压患者肺组织样本和MCT诱导的大鼠模型	生物信息学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、hdWGCNA、机器学习	机器学习模型	转录组数据	PAH患者与正常对照的肺组织样本（具体数量未明确）
189	2025-09-28	HIV infection reprogrammes CD4+ T cells for quiescence and entry into proviral latency 2025-Sep-26, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02128-y PMID:41006834	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示HIV感染通过激活p53通路和KLF2介导的静息程序促使CD4+ T细胞进入潜伏状态的机制	首次发现HIV感染通过KLF2/p53信号通路驱动病毒潜伏库形成，揭示了病毒劫持宿主细胞静息程序的新策略	主要基于体外原代CD4+ T细胞模型，需进一步在体内验证该机制	探究HIV潜伏库形成的分子机制	人类原代CD4+ T细胞和HIV感染者捐献的细胞	病毒学/免疫学	HIV感染/艾滋病	单细胞RNA-seq、shRNA筛选、功能获得/缺失实验	NA	转录组数据、功能实验数据	人类原代CD4+ T细胞模型及HIV+供体细胞（具体数量未明确说明）
190	2025-09-28	Transcriptome Analysis Identifies Functional and Prognostic Hypoxia-Associated Genes in Multiple Myeloma 2025-Sep-26, International journal of laboratory hematology IF:2.2Q3 DOI:10.1111/ijlh.70009 PMID:41013981	研究论文	通过转录组分析鉴定多发性骨髓瘤中具有功能和预后价值的缺氧相关基因	首次系统识别多发性骨髓瘤缺氧相关基因并验证其预后价值，发现9个核心HAGs中8个与患者总生存期显著相关	样本来源包含细胞系和公共数据库，需要更多独立队列验证临床适用性	探索缺氧促进多发性骨髓瘤进展的分子机制并寻找预后标志物	多发性骨髓瘤细胞系、MMRF CoMMpass项目患者数据、CD138+骨髓细胞	生物信息学	多发性骨髓瘤	转录组分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR	差异表达分析、生存分析	基因表达数据、临床数据	3个MM细胞系+MMRF队列患者+独立验证队列
191	2025-09-28	Decoding immune aging at single-cell resolution 2025-Sep-25, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2025.09.001 PMID:41006183	综述	本文综述单细胞测序技术在免疫衰老研究中的应用与挑战	通过单细胞多组学技术揭示人类生命周期中免疫轨迹的异质性和功能变化	存在跨平台和跨人群数据整合的技术挑战	解析免疫衰老机制并推动临床转化应用	外周免疫细胞	生物医学	老年性疾病	单细胞测序、单细胞多组学	NA	单细胞组学数据	NA
192	2025-09-28	Mechanism of Piezo1 regulating chondrocyte mitochondrial function and promoting fracture healing through β-catenin/LARS2 signaling pathway 2025-Sep-24, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00459-4 PMID:40993116	研究论文	本研究揭示了Piezo1通过β-catenin/LARS2信号通路调控软骨细胞线粒体功能并促进骨折愈合的分子机制	首次发现Piezo1通过β-catenin/LARS2轴调控软骨细胞线粒体生物能量学，并证实软骨细胞向成骨细胞转分化在骨折愈合中的关键作用	NA	探究Piezo1在软骨细胞内软骨骨化过程中的调控机制	软骨细胞及其线粒体功能	骨分子生物学	骨折愈合障碍	谱系追踪、单细胞RNA测序、蛋白互作分析	基因敲除模型	基因表达数据、线粒体功能参数	NA
193	2025-09-28	Developing a thyroid cancer differentiation state classification system using deep residual networks and metabolic signature profiling 2025-Sep-24, NPJ digital medicine IF:12.4Q1 DOI:10.1038/s41746-025-01927-1 PMID:40993300	研究论文	开发基于深度残差网络和多组学数据的甲状腺癌分化状态分类系统	首次整合代谢组学、外显子组测序和转录组学数据，结合可解释性分析构建甲状腺癌分化状态分类模型	样本量相对有限（158例肿瘤和57例正常组织），需要更大规模验证	建立甲状腺癌分化状态的精准分类模型以辅助早期诊断和临床决策	甲状腺肿瘤组织（包括高分化、低分化和未分化癌）及匹配正常组织	数字病理	甲状腺癌	非靶向代谢组学、全外显子组测序、转录组测序、单细胞RNA测序	ResNet（深度残差网络）	多组学数据（代谢组、基因组、转录组）	158例甲状腺肿瘤和57例匹配正常组织
194	2025-09-28	Single-cell RNA-seq reveals gene expression heterogeneity in NSCLC and its link to the immune microenvironment 2025-Sep-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03494-z PMID:40993499	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示非小细胞肺癌的基因表达异质性及其与免疫微环境的关联	首次在单细胞水平系统解析NSCLC细胞亚群的基因表达特征，发现60多个与免疫微环境相关的差异表达基因	仅使用单一数据库（GSE117570）的数据，样本来源和数量未明确说明	探究非小细胞肺癌不同细胞类型的基因表达模式及其与免疫微环境的相关性	非小细胞肺癌肿瘤微环境中的各类细胞	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、UMAP聚类分析	NA	单细胞转录组数据	NA
195	2025-09-28	CCDC137 knockdown suppresses bladder cancer progression by downregulating SCD 2025-Sep-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-07033-w PMID:40993629	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证揭示了CCDC137基因在膀胱癌进展中的促癌作用及其通过调控SCD影响肿瘤发展的新机制	首次系统研究CCDC137在膀胱癌中的功能，结合机器学习、多组学数据和体内外实验验证其通过调节SCD影响肿瘤进展的新机制	研究主要基于TCGA数据库和实验模型，需要更多临床样本验证其临床转化价值	探究CCDC137基因在膀胱癌中的临床意义和生物学功能	膀胱癌细胞系、组织样本和皮下异种移植瘤模型	生物信息学与肿瘤学	膀胱癌	机器学习算法、单细胞测序、空间转录组、RNA测序、Western blot、qRT-PCR	预后模型、皮下异种移植瘤模型	多组学数据（基因组、转录组）、实验数据	TCGA-BLCA队列数据、组织微阵列样本、体外细胞实验和体内动物模型
196	2025-09-28	Spatiotemporal microenvironment landscape and malignant epithelial pattern transition in breast ductal carcinoma progression 2025-Sep-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-07010-3 PMID:40993701	研究论文	本研究通过多组学技术揭示乳腺导管癌进展过程中肿瘤微环境时空动态与恶性上皮细胞模式转变的关系	首次系统描绘乳腺导管癌从原位癌到浸润性导管癌及淋巴结转移的微环境景观演变，发现FAM111B基因在增殖亚群中的关键作用及铜死亡/双硫死亡新机制	样本来源和数量未明确说明，验证实验主要基于体外模型	阐明乳腺导管癌进展过程中肿瘤微环境与癌细胞亚群的空间结构和细胞行为变化	乳腺导管癌患者组织样本（DCIS、IDC及淋巴结转移）	数字病理	乳腺癌	单细胞测序、空间转录组、bulk RNA测序、免疫组化、多重免疫荧光、流式细胞术	NA	基因组数据、空间转录组数据、蛋白质数据	NA
197	2025-09-28	scKAN: interpretable single-cell analysis for cell-type-specific gene discovery and drug repurposing via Kolmogorov-Arnold networks 2025-Sep-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03779-0 PMID:40993718	研究论文	提出基于Kolmogorov-Arnold网络的可解释单细胞分析框架scKAN，用于细胞类型注释和特异性基因发现	利用KAN网络的可学习激活曲线直接建模基因-细胞关系，相比注意力机制提供更直观的可视化解释	NA	开发可解释的单细胞RNA测序分析方法，连接分子发现与治疗应用	单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，分子动力学模拟	Kolmogorov-Arnold网络(KAN)	基因表达数据	NA
198	2025-09-28	SH3BP5-driven metabolic-immune crosstalk in DLBCL: a prognostic biomarker and therapeutic target for reshaping immunosuppressive microenvironment 2025-Sep-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06951-z PMID:40993727	研究论文	本研究探讨SH3BP5在弥漫大B细胞淋巴瘤中的代谢-免疫调控作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	首次系统揭示SH3BP5在DLBCL ABC亚型中的特异性高表达及其通过线粒体代谢重编程促进免疫抑制微环境形成的新机制	需要更大临床队列和功能模型验证结果，尚未开展体内实验验证治疗潜力	探索SH3BP5作为DLBCL预后生物标志物和治疗靶点的可行性	弥漫大B细胞淋巴瘤患者样本和细胞系，特别是ABC亚型	肿瘤免疫学	淋巴瘤	转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、体外功能实验	NA	基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据	多个数据集和验证队列的DLBCL患者样本
199	2025-09-28	Integrative single-cell and machine learning approach to characterize immunogenic cell death and tumor microenvironment in LUAD 2025-Sep-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06889-2 PMID:40993741	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和机器学习方法，系统表征了肺腺癌中免疫原性细胞死亡特征并构建预后模型	首次结合单细胞测序与机器学习量化ICD活性，开发了优于112个现有特征的11基因预后标志物，并通过功能实验验证关键基因SLC2A1的促癌作用	回顾性研究设计，需要前瞻性临床试验验证ICDRS模型的临床适用性	揭示免疫原性细胞死亡在肺腺癌进展和免疫治疗反应中的作用机制	肺腺癌患者样本和细胞系	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序、qRT-PCR、CCK-8、Transwell、克隆形成、异种移植	CoxBoost + SuperPC机器学习组合模型	基因表达数据	6个外部验证队列（具体样本数未明确说明）
200	2025-09-28	Cell-cell communication dysregulation in tuberous sclerosis complex cortical tubers and focal cortical dysplasia 2025-Sep-24, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02113-w PMID:40993764	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析mTORopathies（包括TSC皮质结节和FCD）中细胞类型特异性转录改变和细胞间通讯网络失调	首次在mTORopathies中系统揭示细胞间通讯网络异常，特别是发现NRXN-NLGN信号通路在谷氨酸能和GABA能神经元中的改变	NA	研究mTORopathies中细胞特异性转录改变和细胞通讯网络失调对皮质网络功能障碍的影响	TSC皮质结节、MTOR_FCD和DEPDC5_FCD等皮质发育畸形样本	神经科学	癫痫及相关共病（如自闭症谱系障碍）	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	包含对照组和病理样本的33个转录 distinct 细胞簇