单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-07-24	Gastric cancer adapts high lipid microenvironment via suppressing PPARG-FABP1 axis after arriving in the lymph node 2025-Jul-17, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103759 PMID:40694956	研究论文	本研究探讨了胃癌细胞在淋巴结转移过程中通过抑制PPARG-FABP1轴适应高脂微环境的机制	揭示了胃癌细胞在淋巴结转移中通过代谢重编程适应高脂微环境的新机制，特别是PPARG-FABP1轴的抑制作用	研究主要基于体外实验和部分公共数据库分析，缺乏更多临床样本验证	探究胃癌细胞在淋巴结转移过程中的代谢适应机制，特别是脂质代谢重编程的作用	胃癌细胞及其在淋巴结转移过程中的代谢变化	癌症研究	胃癌	非靶向脂质组测序、肿瘤细胞流式分选、RNA测序、单细胞测序、透射电子显微镜、BODIPY 581/591染色、ChIP-qPCR	NA	测序数据、显微镜图像、染色数据	NA
182	2025-07-24	Cluster-independent multiscale marker identification in single-cell RNA-seq data using localized marker detector (LMD) 2025-Jul-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08485-y PMID:40670619	研究论文	介绍了一种名为LMD的新工具，用于在单细胞RNA-seq数据中识别局部基因，以多分辨率和细粒度的方式表征细胞多样性	LMD通过构建细胞-细胞亲和图并在细胞图上扩散基因表达值，基于扩散动力学为每个基因评分，从而识别局部基因	未提及具体限制	提高单细胞RNA-seq数据中细胞标记物的识别准确性，以更好地理解细胞多样性和功能	小鼠骨髓和毛囊真皮凝聚物数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	LMD	基因表达数据	十个单细胞RNA测序数据集
183	2025-07-24	Pan-Cancer Spatial Profiling Reveals Conserved Subtypes and Niches of Cancer-Associated Fibroblasts 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-2181 PMID:40440095	research paper	该研究通过泛癌空间分析揭示了癌症相关成纤维细胞（CAF）的保守亚型和微环境	利用空间多组学数据首次定义了四种基于空间组织和细胞邻域的CAF亚型，为CAF分类提供了新框架	研究主要依赖于空间多组学数据，可能未完全涵盖所有肿瘤类型的CAF异质性	解析肿瘤微环境中CAF的空间异质性及其在治疗反应中的作用	多种癌症类型中的癌症相关成纤维细胞（CAF）	digital pathology	cancer	single-cell spatial multiomics	NA	spatial multiomic data	多种癌症类型的广泛单细胞空间多组学数据集
184	2025-07-24	Single-cell transcriptional profiling reveals PAX5-mediated naïve B cell differentiation defect in severe adenoid hypertrophy 2025-Jul-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114675 PMID:40675241	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了严重腺样体肥大中PAX5介导的幼稚B细胞分化缺陷	首次在严重腺样体肥大中发现幼稚B细胞积累和PAX5过表达导致的B细胞分化阻滞	样本量相对较小，未进行功能验证实验	探究腺样体肥大的分子机制	儿科腺样体肥大患者的腺样体组织	单细胞转录组学	腺样体肥大	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	45,917个单细胞转录组(来自SHA和MHA患者)
185	2025-07-24	Cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease 2025-Jul-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.06.035 PMID:40695276	研究论文	本文介绍了一种基于细胞类型特异性、多靶点的药物发现策略，用于治疗阿尔茨海默病	提出了一种结合单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录的细胞类型特异性多靶点药物发现策略，并验证了来曲唑和伊立替康组合疗法的效果	研究结果基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	开发针对阿尔茨海默病的细胞类型特异性组合疗法	阿尔茨海默病小鼠模型	精准医学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据、临床记录	NA
186	2025-07-24	Exploring the role of neutrophil extracellular traps in colorectal cancer: Insights from single-cell sequencing 2025-Jul-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i7.107589 PMID:40697221	research paper	探讨中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）在结直肠癌（CRC）中的生物学功能和分子机制及其对疾病进展的影响，并分析单细胞测序技术（SCS）在该领域的应用	结合SCS技术，靶向NETs的关键调控节点，有望逆转免疫抑制微环境，为开发新型诊断生物标志物和靶向治疗策略提供理论基础	未来研究需进一步探索SCS技术与互补方法的整合，以研究NETs并开发针对NETs的特异性检测方法和治疗策略	研究NETs在CRC中的作用及其对疾病进展的影响，推动CRC精准医学的发展	结直肠癌（CRC）中的中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）	digital pathology	colorectal cancer	single-cell sequencing (SCS)	NA	NA	NA
187	2025-07-24	Interleukin-27-producing cells in gram-negative neonatal sepsis display diverse phenotypes and functions in the liver 2025-Jul-14, ImmunoHorizons DOI:10.1093/immhor/vlaf026 PMID:40682363	research paper	该研究通过单细胞水平分析揭示了在革兰氏阴性新生儿败血症中，肝脏内产生IL-27的细胞具有多样化的表型和功能	首次在单细胞水平上详细描述了新生儿败血症中IL-27产生细胞的表型和功能多样性，并揭示了这些细胞的转录组特征	研究仅使用了小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究新生儿败血症中IL-27产生细胞的特性及其在免疫失调中的作用	新生小鼠的肝脏细胞	免疫学	新生儿败血症	单细胞RNA测序、流式细胞术、全动物成像	IL-27p28eGFP报告小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，使用报告小鼠模型进行研究
188	2025-07-24	Concerted changes in Epithelium and Stroma: a multi-scale, multi-omics analysis of progression from Barrett's Esophagus to adenocarcinoma 2025-Jul-14, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.034 PMID:40695287	研究论文	通过多组学分析，研究从Barrett食管到腺癌的进展过程中上皮和基质的协同变化	整合单细胞转录组学、细胞外基质蛋白质组学、组织力学和空间蛋白质组学，揭示了Barrett食管进展为腺癌的多组分协调系统	样本量相对较小（26名患者的107个样本），且仅基于两个独立队列	探索Barrett食管进展为食管腺癌的分子和细胞机制	Barrett食管患者的上皮和基质组织	多组学分析	食管腺癌	单细胞转录组学、细胞外基质蛋白质组学、组织力学、空间蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据、力学数据、空间数据	26名患者的107个样本
189	2025-07-24	Cellular basis for cortical network aging in primates 2025-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.08.663725 PMID:40672262	研究论文	该研究通过整合皮质相似性网络与全脑空间转录组学，揭示了灵长类动物大脑网络老化的细胞基础	首次将皮质相似性网络与全脑空间转录组学整合，揭示了深部兴奋性神经元和少突胶质细胞在皮质相似性中的主导作用，以及特定细胞类型与区域脆弱性的关联	研究样本仅限于猕猴，人类数据的验证仍需进一步研究	探索大脑网络老化的细胞机制	猕猴（N=64，年龄1-26岁）的大脑皮质网络	神经科学	老年疾病	全脑空间转录组学	NA	转录组数据、影像数据	64只猕猴，年龄跨度1-26岁
190	2025-07-24	NeuN expression in health and disease: A histological perspective on neuronal heterogeneity 2025-Jul-11, Histology and histopathology IF:2.5Q2 DOI:10.14670/HH-18-965 PMID:40697072	综述	本文综述了神经元核蛋白（NeuN）在健康和疾病状态下的表达模式及其在神经科学研究与诊断中的应用	提出NeuN不应被视为二元标记物，而应作为神经元状态的动态指标，并建议采用多标记策略和分子工具提高神经元分析的分辨率	NeuN并非在所有成熟神经元中普遍表达，且在病理条件下其表达可能动态变化，这限制了其作为神经元死亡标志物的解释	探讨NeuN表达模式、调控机制及其在研究和诊断中的意义	神经元核蛋白（NeuN/Rbfox3）及其在不同神经元类型和病理条件下的表达	神经病理学	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病和帕金森病）、脑缺血再灌注损伤、创伤性脑损伤和癫痫	免疫组织化学、空间转录组学、RNA测序	NA	组织学数据和转录组数据	NA
191	2025-07-24	Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues 2025-Jul-07, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000961 PMID:40626838	review	本文综述了空间转录组学在HIV组织持久性研究中的应用及其技术平台	空间转录组学以高分辨率（<1μm）捕获RNA分子，实现近单细胞水平的全基因组范围分析，揭示HIV感染细胞及其微环境的新机制	目标捕获中目标数量增加常导致灵敏度下降，且需确保分析严谨性并验证发现	探讨HIV在组织中的持久性机制并为治疗策略提供信息	HIV感染细胞及其周围微环境	生物信息学	HIV	空间转录组学、ATAC-seq、蛋白质捕获、T细胞受体测序	NA	RNA	NA
192	2025-07-24	scGGC: a two-stage strategy for single-cell clustering through cellular gene pathway construction 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf368 PMID:40698866	研究论文	提出了一种名为scGGC的新型单细胞聚类模型，通过整合图自编码器和生成对抗网络技术，提高了单细胞RNA测序数据的聚类准确性	scGGC的创新包括两部分：(i)构建包含细胞-细胞和细胞-基因关系的邻接矩阵，以捕捉图结构中的复杂相互作用，实现非线性降维和初始聚类；(ii)通过从初始聚类中选择高置信度样本进行对抗神经网络训练，提升聚类性能	未明确提及具体限制，但高维度、噪声和数据稀疏性仍是单细胞聚类分析的普遍挑战	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和细胞类型特异性标记基因的识别	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图自编码器(GAE)和生成对抗网络(GAN)	单细胞RNA测序数据	九个公开可用的scRNA-seq数据集
193	2025-07-24	Applications and techniques of single-cell RNA sequencing across diverse species 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf354 PMID:40698863	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在不同物种中的应用和技术	scRNA-seq技术提供了前所未有的细胞异质性、谱系分化和细胞类型特异性基因表达模式的见解	技术和财务障碍限制了其在非模式生物和具有复杂细胞组成的组织中的应用	探讨scRNA-seq在分子生物学、肿瘤学、发育生物学和生态基因组学等领域的应用	不同物种的细胞	分子生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
194	2025-07-24	Path-MGCN: a pathway activity-based multi-view graph convolutional network for determining spatial domains 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf365 PMID:40698867	研究论文	提出了一种基于通路活性的多视图图卷积网络Path-MGCN，用于确定空间转录组数据中的空间域	Path-MGCN首次整合了通路信息，通过注意力机制自适应融合空间和功能邻近性的多视图图卷积网络，提高了空间转录组数据分析的准确性和可解释性	未明确提及具体限制，但可能受限于通路数据库的覆盖范围和计算复杂度	开发一个准确且可解释的框架来分析空间转录组数据，以理解组织结构和分子通路	人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌和小鼠脑组织的空间转录组数据	数字病理学	乳腺癌	基因集变异分析(GSVA)、Zero-inflated negative binomial解码器	多视图图卷积网络(GCN)与注意力机制	空间转录组数据	多个数据集(人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌和小鼠脑组织)
195	2025-07-24	SpaDCN: Deciphering Spatial Functional Landscape from Spatially Resolved Transcriptomics by Aligning Cell-Cell Communications 2025-Jul, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202402111 PMID:39962819	研究论文	提出了一种名为SpaDCN的空间动态图卷积网络框架，用于从空间分辨转录组数据中解析空间功能景观	通过整合细胞间通讯动态和基因表达数据，在空间背景下揭示具有一致细胞组织的空间功能区域	未明确提及具体局限性	解决空间分辨转录组技术中识别病理相关空间功能景观的挑战	空间分辨转录组数据	数字病理	癌症	空间分辨转录组技术(SRT)	动态图卷积网络(SpaDCN)	基因表达数据	NA
196	2025-07-24	Metabolic reprogramming in astrocytes prevents neuronal death through a UCHL1/PFKFB3/H4K8la positive feedback loop 2025-Jul, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-025-01467-x PMID:40016338	研究论文	本研究探讨了星形胶质细胞代谢重编程在脊髓损伤(SCI)后通过UCHL1/PFKFB3/H4K8la正反馈环路防止神经元死亡的机制	揭示了UCHL1/PFKFB3/H4K8la正反馈环路在星形胶质细胞代谢重编程中的新机制，并提出了SCI治疗的潜在靶点	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	阐明星形胶质细胞代谢重编程在脊髓损伤后的作用机制	星形胶质细胞和神经元	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
197	2025-07-24	KMT2D Regulates Tooth Enamel Development 2025-Jul, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345251320922 PMID:40103013	研究论文	本研究探讨了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用及其机制	首次通过条件性敲除小鼠模型揭示了KMT2D在成釉细胞分化中的关键调控作用，并鉴定了其直接靶向的8个基因	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明KMT2D在牙釉质形成过程中的分子机制	KMT2D条件性敲除小鼠模型及其牙胚组织	发育生物学	牙釉质发育不全	条件性基因敲除、micro-CT、扫描电镜、RNA测序、CUT&RUN测序、单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据、组织学数据	KMT2D条件性敲除小鼠及其对照组
198	2025-07-24	Single-Cell Transcriptome Reveals Aquaporin-Mediated Carbon Nanosol-Induced Growth Promotion of Plants 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504459 PMID:40305768	研究论文	研究通过单细胞转录组揭示了水通道蛋白介导的碳纳米溶胶促进植物生长的机制	首次在单细胞水平上解析了碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制，并发现水通道蛋白在此过程中的关键作用	研究仅针对烟草根部细胞，未涉及其他植物组织或其他植物物种	探究碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制	烟草根部细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序、荧光标记追踪、伪时间轨迹分析	NA	单细胞转录组数据、荧光成像数据	7,897个细胞，代表13种不同的细胞类型
199	2025-07-24	PP1A Modulates the Efficacy of Lenvatinib Plus ICIs Therapy by Inhibiting Ferroptosis in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501730 PMID:40344394	研究论文	本文研究了PP1A通过抑制铁死亡调节Lenvatinib联合ICIs治疗肝细胞癌的效果	揭示了PP1A通过去磷酸化Keap1抑制铁死亡，进而影响Keap1-Nrf2相互作用和PD-L1转录的新机制	研究主要基于体外和动物实验，临床转化效果尚需进一步验证	探索PP1A在肝细胞癌治疗抵抗中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌细胞系和动物模型	肿瘤生物学	肝细胞癌	转录组分析、铁死亡代谢物分析、单细胞测序	NA	分子生物学数据、测序数据	未明确说明样本数量，使用细胞系和动物模型
200	2025-07-24	Immune-Vascular Synergy: A Photodynamic Hydrogel Activating ALDH2 to Combat Inflammation and Enhance Angiogenesis in Diabetic Wound Healing 2025-Jul, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500391 PMID:40364604	research paper	该研究开发了一种光动力水凝胶，通过激活ALDH2来对抗炎症并促进糖尿病伤口愈合中的血管生成	提出了一种双功能策略的光动力水凝胶，独特地整合了ALDH2激活与免疫-血管调节，以解决糖尿病伤口愈合中的多重挑战	未提及具体的临床前或临床试验阶段，可能缺乏人体试验数据	开发一种新型治疗方法以改善糖尿病伤口愈合	糖尿病伤口组织	生物医学工程	糖尿病	光动力疗法、单细胞测序	NA	临床标本、实验数据	未明确提及具体样本数量