单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30368 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-08-06 |
Analyzing Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Using Coreset
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3418078
PMID:38913513
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研究论文 | 本文提出了一种名为scCoreset的数据摘要框架，用于从大规模单细胞RNA-seq数据中提取小型加权细胞子集，以促进下游数据分析任务 | 提出scCoreset框架，能够在保持分析结果相似性的前提下，显著提高单细胞RNA-seq数据分析的效率 | 未提及该方法在处理特定类型细胞或复杂生物问题时的适用性限制 | 解决大规模单细胞RNA-seq数据的计算和分析挑战 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | scCoreset框架 | 单细胞RNA-seq数据 | 未明确提及具体样本量，但涉及大规模数据集 |
| 182 | 2025-08-06 |
FaStaNMF: A Fast and Stable Non-Negative Matrix Factorization for Gene Expression
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3296979
PMID:37467096
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研究论文 | 提出了一种快速稳定的非负矩阵分解方法FaStaNMF，用于基因表达数据的解卷积分析 | 在保证NMF结果全局稳定性的同时兼顾准确性和速度，解决了传统NMF方法无法保证全局唯一解的问题 | 方法性能仅在四个已知真实值的数据集上进行了验证 | 开发一种快速稳定的基因表达数据解卷积方法 | 混合细胞类型的基因表达数据 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解(NMF) | FaStaNMF | 基因表达数据 | 四个基于公开数据或RNAGinesis模拟生成的数据集 |
| 183 | 2025-08-06 |
SCRN: Single-Cell Gene Regulatory Network Identification in Alzheimer's Disease
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3424400
PMID:38976461
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研究论文 | 本文提出了一种基于图学习的单细胞基因调控网络识别方法SCRN，用于研究阿尔茨海默病的基因调控机制 | 提出了一种新的基于图神经网络和γ衰减启发式链接预测的单细胞基因调控网络识别方法SCRN | 研究仅基于三个已知的AD基因构建调控网络，可能未涵盖所有相关基因 | 研究阿尔茨海默病的基因调控机制，寻找潜在的生物标志物和治疗靶点 | 阿尔茨海默病患者和正常人的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq, UMAP降维分析 | 图神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 184 | 2025-08-06 |
A New Graph Autoencoder-Based Multi-Level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-Cell Type Identification
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960
PMID:39264790
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研究论文 | 提出了一种基于图自动编码器的多级核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | scGAMF通过整合深度特征嵌入和核空间分析，学习准确的聚类亲和矩阵，并设计多级核空间融合策略以充分挖掘细胞间的深层潜在关系 | 未明确提及具体局限性 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的聚类准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 图自动编码器(GAEs) | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本量 |
| 185 | 2025-08-06 |
Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170
PMID:39255084
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研究论文 | 提出了一种基于变分图自编码器和图注意力网络的新框架MSVGAE，用于分析单细胞RNA测序数据 | 引入多编码器学习不同尺度的特征并控制非信息性特征，添加不同噪声以促进图结构信息和分布不确定性的传播 | 未提及具体在真实生物场景中的应用效果验证 | 解决单细胞RNA测序数据高维度、高稀疏性的分析挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 变分图自编码器(MSVGAE), 图注意力网络 | 基因表达数据 | 24个模拟数据集和8个真实数据集 |
| 186 | 2025-08-06 |
Discriminative Domain Adaption Network for Simultaneously Removing Batch Effects and Annotating Cell Types in Single-Cell RNA-Seq
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3487574
PMID:39471116
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研究论文 | 本文提出了一种名为D2AN的判别性域适应网络，用于同时消除单细胞RNA测序中的批次效应并进行细胞类型注释 | 通过对抗性域适应策略捕获全局低维嵌入，结合对比损失和语义对齐，以及基于域间损失的自适应学习机制，提高了模型的鲁棒性 | 未提及具体的数据集规模或模型在不同类型细胞上的泛化能力 | 解决单细胞RNA测序分析中的批次效应问题并实现细胞类型注释 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 判别性域适应网络(D2AN) | RNA测序数据 | 多个真实数据集（未提及具体数量） |
| 187 | 2025-08-06 |
Modeling Glioma Intratumoral Heterogeneity with Primary Human Neural Stem and Progenitor Cells
2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.20.619254
PMID:39484434
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研究论文 | 该研究利用人类神经干细胞和祖细胞（NSPCs）建立了一个胶质瘤起始模型，以探索肿瘤起源细胞如何影响胶质瘤的瘤内异质性 | 通过使用从胎儿人脑组织中纯化的NSPCs，结合单细胞RNA测序技术，揭示了肿瘤起源细胞对胶质瘤异质性的重要影响 | 研究使用的是免疫缺陷小鼠模型，可能无法完全模拟人类胶质瘤的免疫微环境 | 探索胶质瘤起源细胞如何塑造瘤内异质性 | 人类神经干细胞和祖细胞（NSPCs） | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤（GBM） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 从胎儿人脑组织中纯化的神经干细胞和祖细胞系 |
| 188 | 2025-08-06 |
Single-Cell Antigen Receptor Sequencing in Pigs with Influenza
2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.13.617920
PMID:39464079
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研究论文 | 本研究通过单细胞抗原受体测序技术，探究了猪在流感病毒感染后的肺适应性免疫系统反应 | 首次在猪中结合单细胞RNA测序与T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）的配对恢复，以研究其受体库 | 研究仅针对流感病毒感染的猪模型，可能不适用于其他病原体或物种 | 探究自然杀伤T（NKT）细胞是否改变猪肺中TCR和BCR库的选择，并追踪克隆扩增对流感病毒暴露的反应 | 流感病毒感染的猪肺细胞和FACS分选的T细胞 | 免疫学 | 流感 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、10x Genomics VDJ测序协议 | NA | 单细胞RNA测序数据、TCR和BCR序列数据 | 流感病毒感染或疫苗接种后的猪肺细胞样本 |
| 189 | 2025-08-06 |
Uncovering Plaque-Glia Niches in Human Alzheimer's Disease Brains Using Spatial Transcriptomics
2024-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.05.611566
PMID:39314329
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研究论文 | 利用空间转录组学揭示人类阿尔茨海默病脑中斑块-胶质细胞微环境的相互作用 | 首次结合空间转录组学(ST)和免疫组化(IHC)技术，系统分析了Aβ斑块与周围胶质细胞在人类大脑中的相互作用及其对神经元损失和炎症的影响 | 研究样本量相对有限(21例个体)，且均为死后脑组织，可能无法完全反映活体状态下的动态变化 | 探究阿尔茨海默病中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用及其病理机制 | 21例个体的78个死后脑切片中的258,987个ST位点 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学(ST), 免疫组化(IHC) | NA | 转录组数据, 图像数据 | 21例个体的78个脑切片(258,987个ST位点) |
| 190 | 2025-08-06 |
PoweREST: Statistical Power Estimation for Spatial Transcriptomics Experiments to Detect Differentially Expressed Genes Between Two Conditions
2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.30.610564
PMID:39257799
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研究论文 | 介绍了一个名为PoweREST的统计功效估计工具，用于支持10X Genomics Visium数据中差异表达基因检测的功效计算 | 填补了空间转录组学研究中差异表达基因检测功效计算工具的空白，提供了实验前和初步数据收集后的功效估计功能 | 仅适用于10X Genomics Visium数据，未涵盖其他空间转录组学技术 | 开发一个工具来估计空间转录组学实验中检测差异表达基因的统计功效 | 空间转录组学数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | NA |
| 191 | 2025-08-06 |
Vagal TRPV1 + sensory neurons regulate myeloid cell dynamics and protect against influenza virus infection
2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.21.609013
PMID:39229208
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研究论文 | 研究揭示了迷走神经TRPV1+感觉神经元通过调控髓系细胞动态和免疫病理反应，保护宿主免受流感病毒感染的机制 | 首次明确了迷走神经TRPV1+伤害性感受神经元在肺部抗病毒防御中的具体作用机制，特别是其对髓系细胞反应和免疫病理的调控作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探究迷走神经TRPV1+感觉神经元在流感病毒感染中的保护机制 | 小鼠模型中的迷走神经TRPV1+感觉神经元和髓系细胞 | 免疫学 | 流感 | 流式细胞术、单细胞RNA测序 | 小鼠感染模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 未明确说明具体数量的小鼠样本 |
| 192 | 2025-08-06 |
Respiratory viral infection promotes the awakening and outgrowth of dormant metastatic breast cancer cells in lungs
2024-Apr-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4210090/v1
PMID:38645169
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research paper | 该研究揭示了呼吸道病毒感染如何促进休眠的转移性乳腺癌细胞在肺部的苏醒和生长 | 首次展示了流感病毒和SARS-CoV-2感染通过IL-6依赖机制促进乳腺癌休眠细胞苏醒和转移的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅为观察性研究，需要进一步验证 | 探究呼吸道病毒感染对乳腺癌转移休眠细胞苏醒的影响机制 | 乳腺癌转移休眠细胞(DCC)和呼吸道病毒(流感病毒、SARS-CoV-2) | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 小鼠模型 | 基因表达数据和临床观察数据 | 小鼠实验模型和人类观察性数据 |
| 193 | 2025-08-06 |
The Extracellular Niche and Tumor Microenvironment Enhance KRAS Inhibitor Efficacy in Pancreatic Cancer
2024-04-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2504
PMID:38294344
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研究论文 | 本研究评估了KRAS抑制剂MRTX1133在胰腺导管腺癌(PDAC)中的疗效，并探讨了肿瘤微环境对治疗效果的影响 | 发现ITGB1可作为增强MRTX1133疗效的靶点，并证明3D细胞培养和体内环境中MRTX1133效果更佳，揭示了KRAS抑制通过调节肿瘤微环境促进免疫反应的机制 | 研究主要基于细胞系和动物模型，需要进一步临床试验验证 | 开发PDAC新的治疗干预措施 | 胰腺导管腺癌(PDAC)细胞系、患者来源的异种移植模型和同基因模型 | 肿瘤治疗 | 胰腺癌 | CRISPR-Cas9功能缺失筛选、数字空间分析、单细胞测序、多光谱成像 | NA | 基因表达数据、影像数据 | 多株PDAC细胞系、患者来源的异种移植模型和同基因模型 |
| 194 | 2025-08-06 |
Osteosarcoma Cells Secrete CXCL14 That Activates Integrin α11β1 on Fibroblasts to Form a Lung Metastatic Niche
2024-04-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1307
PMID:38295227
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序揭示了骨肉瘤细胞通过分泌CXCL14激活成纤维细胞上的整合素α11β1，促进肺转移微环境形成的机制 | 首次发现CXCL14-整合素α11β1轴在骨肉瘤肺转移中的关键作用，并证明靶向该轴可抑制转移 | 研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证 | 探究骨肉瘤肺转移微环境的形成机制及潜在治疗靶点 | 骨肉瘤细胞、肺转移微环境中的成纤维细胞 | 肿瘤微环境 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | 动物模型 | 基因表达数据 | 未明确说明样本量（使用治疗初治骨肉瘤样本） |
| 195 | 2025-08-06 |
Single-cell Transcriptomics Reveals Activation of Macrophages in All-trans Retinoic Acid (atRA)-induced Cleft Palate
2024 Jan-Feb 01, The Journal of craniofacial surgery
IF:1.0Q3
DOI:10.1097/SCS.0000000000009782
PMID:38049149
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了全反式维甲酸(atRA)诱导的腭裂中巨噬细胞的激活情况 | 首次在单细胞水平上描绘了atRA诱导腭裂的细胞图谱，揭示了骨髓细胞特别是M1样巨噬细胞和单核细胞的异常激活 | 研究仅基于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行 | 探究atRA暴露对腭组织发育的影响及其与腭裂发生的关联 | 妊娠16.5天的小鼠腭组织 | 数字病理学 | 腭裂 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | atRA暴露组和正常组小鼠腭组织样本 |
| 196 | 2025-08-05 |
Single-cell eQTL Mapping Reveals Cell Subtype-specific Genetic Control and Mechanism in Malignant Transformation of Colorectal Cancer
2025-Aug-04, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1561
PMID:40029140
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组、空间转录组和snMultiomes技术，揭示了结直肠癌恶性转化过程中的细胞和分子变化及动态细胞间相互作用 | 创建了结直肠癌单细胞表达数量性状位点(sc-eQTL)图谱，发现76%以上的sc-eQTL具有细胞类型特异性，且基于sc-eQTL的多基因风险评分显著提高了结直肠癌风险预测能力 | NA | 探究结直肠癌恶性转化过程中的细胞亚型特异性遗传调控机制 | 142个多阶段样本中的751,531个单细胞转录组 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序、空间转录组、snMultiomes | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、snMultiomes数据 | 142个多阶段样本，751,531个单细胞 |
| 197 | 2025-08-05 |
Spatial Analysis of Hereditary Diffuse Gastric Cancer Reveals Indolent Phenotype of Signet Ring Cell Precursors
2025-Aug-04, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-1039
PMID:40192595
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨了遗传性弥漫性胃癌（DGC）早期印戒细胞（SRC）病变的分子表型及其与晚期DGC的差异 | 揭示了SRC病变中CDH1基因表达降低和细胞外基质重塑增加的特征，并发现SRC病变缺乏胃癌已知驱动基因的突变 | 样本量较小（20例），可能影响结果的普遍性 | 阐明遗传性弥漫性胃癌早期病变与晚期病变的分子差异 | 人类全胃切除标本中的SRC病变和晚期DGC | 癌症研究 | 胃癌 | 空间转录组分析、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 20例人类全胃切除标本 |
| 198 | 2025-08-05 |
CRISPR-based genetic tools for the study of host-microbe interactions
2025-Aug-04, Infection and immunity
IF:2.9Q2
DOI:10.1128/iai.00510-24
PMID:40757822
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综述 | 本文综述了基于CRISPR的遗传工具在宿主-微生物相互作用研究中的应用及其最新进展 | 利用CRISPR技术高效、精准、高通量地探索微生物组，并结合单细胞RNA测序等新兴技术研究宿主与微生物的复杂相互作用 | 当前CRISPR工具仍存在局限性，未来需要开发更先进的遗传工具包 | 研究宿主-微生物相互作用的遗传基础及其在健康和疾病中的作用 | 宿主细胞和微生物 | 基因编辑 | NA | CRISPR筛选、靶向基因组编辑、记录系统、单细胞RNA测序 | NA | 遗传数据 | NA |
| 199 | 2025-08-05 |
Unraveling Liver Cirrhosis: Bridging Pathophysiology to Innovative Therapeutics
2025-Aug-03, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.70037
PMID:40754005
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综述 | 本文综述了肝硬化的病理生理学、系统性影响及创新治疗方法的最新进展 | 整合了单细胞转录组学和空间生物学的最新发现，探讨了肠道微生物组在肝硬化中的作用，并介绍了抗纤维化药物、衰老细胞清除剂及干细胞治疗等新型治疗策略 | 未提及具体临床研究样本量或治疗效果数据 | 探讨肝硬化的病理机制与创新治疗方法的联系 | 肝硬化及其相关病理过程 | 医学研究 | 肝硬化 | 单细胞转录组学、空间生物学、弹性成像技术、液体活检 | NA | NA | NA |
| 200 | 2025-08-05 |
Revealing the core immunotoxicity of di-n-pentyl phthalate exposure in murine models using single-cell RNA sequencing
2025-Aug-02, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118754
PMID:40753775
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术揭示邻苯二甲酸二正戊酯（DNPP）在小鼠模型中的核心免疫毒性 | 首次使用单细胞RNA测序技术全面评估DNPP对免疫系统的毒性作用，揭示了DNPP对多种免疫细胞功能的影响 | 研究仅基于小鼠模型，结果可能需要进一步在人体中验证 | 系统评估DNPP对免疫系统的影响 | 小鼠脾脏组织和外周血白细胞 | 免疫毒理学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 小鼠模型 | RNA测序数据 | 不同剂量DNPP处理的小鼠脾脏组织 |