单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-10-04	Molecular signatures of alveolar type II cell differentiation in acute respiratory distress syndrome 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1649108 PMID:41041455	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了急性呼吸窘迫综合征中肺泡II型细胞的分化轨迹及其与不同修复结局的关联	首次系统描绘了ARDS中AT2细胞的分化轨迹，发现纤维化修复和上皮修复两个关键分支，并鉴定出Wnt信号通路的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要在更大规模的人类队列中进一步验证	探究急性呼吸窘迫综合征中肺泡II型细胞的分化机制及其对疾病进展的影响	小鼠ARDS模型、ARDS患者支气管肺泡灌洗液样本、LPS诱导的AT2-成纤维细胞共培养模型	生物信息学	急性呼吸窘迫综合征	单细胞转录组测序、微阵列分析、通路富集分析、共培养模型	轨迹分析	转录组数据、蛋白质数据	公共数据库中的小鼠ARDS模型数据及患者BALF样本
182	2025-10-04	Stiff Hydrogel Encapsulation Retains Mesenchymal Stem Cell Stemness for Regenerative Medicine 2024-Oct-02, Matter IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.matt.2024.05.041 PMID:39553898	研究论文	本研究通过调控藻酸盐水凝胶微胶囊的机械性能，探索了水凝胶封装对间充质干细胞干性维持的影响	发现较硬的水凝胶壳能促进间充质干细胞增殖和干性维持，并通过单细胞RNA测序验证了这一现象	水凝胶封装对间充质干细胞亚群的影响尚未完全阐明	研究水凝胶封装对间充质干细胞干性维持的影响，提升再生医学治疗效果	间充质干细胞	再生医学	NA	液滴微流控、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
183	2025-10-04	Single cell RNA sequencing of human eosinophils from nasal polyps reveals eosinophil heterogeneity in chronic rhinosinusitis tissue 2024-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.05.014 PMID:38797240	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示鼻息肉组织中嗜酸性粒细胞的异质性及其在慢性鼻窦炎中的作用	首次在慢性鼻窦炎鼻息肉组织中发现嗜酸性粒细胞存在四种不同亚型，并识别出NP嗜酸性粒细胞中354个上调基因与炎症调控相关	样本量较小（5例对照组和5例CRSwNP患者），控制组鼻窦组织嗜酸性粒细胞数量过少（仅101个）未纳入分析	探究嗜酸性粒细胞在慢性鼻窦炎鼻息肉组织中的功能和异质性	人类鼻息肉组织和外周血中的嗜酸性粒细胞	单细胞基因组学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、流式细胞术、基因本体富集分析	NA	基因表达数据	10例患者（5例对照+5例CRSwNP），共获得19,253个嗜酸性粒细胞测序数据
184	2025-10-04	Refined and benchmarked homemade media for cost-effective, weekend-free human pluripotent stem cell culture 2024, Open research Europe DOI:10.12688/openreseurope.18245.2 PMID:41040810	研究论文	本研究优化了自制培养基配方，为人类多能干细胞提供经济高效且无需周末换液的培养方案	开发了B8+改良配方，使用市售生长因子并优化组分以适应常氧培养条件，同时系统评估了其在基因组编辑和类器官分化等功能应用中的表现	B8+培养基存在谱系定向效应，可能影响分化结果，需要谨慎使用	开发经济实用、可重复的人类多能干细胞培养方法	人类多能干细胞（包括WTC11人诱导多能干细胞系、H1和H9人胚胎干细胞系）	干细胞生物学	NA	流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序、基因组编辑	NA	基因表达数据、细胞表型数据	多种人类多能干细胞系（WTC11、H1、H9）
185	2025-10-04	CD34+ cell-derived fibroblast-macrophage cross-talk drives limb ischemia recovery through the OSM-ANGPTL signaling axis 2023-04-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.add2632 PMID:37043578	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和遗传谱系追踪技术揭示了CD34+细胞通过OSM-ANGPTL信号轴促进肢体缺血恢复的机制	首次提供了人和小鼠正常与缺血肢体组织的精确单细胞图谱，发现骨髓来源CD34+细胞作为成纤维细胞前体通过接收巨噬细胞释放的OSM信号促进血管生成	未直接验证CD34+细胞在缺血肌肉微环境中的分化潜能和功能作用	探究CD34+细胞在肢体缺血恢复中的细胞事件和细胞间通讯机制	人和小鼠的肢体缺血组织	细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、遗传谱系追踪	NA	基因表达数据	人和小鼠的肢体组织样本
186	2025-10-03	Irf4 participates in benzene-induced hematopoietic senescence through mitochondrial ROS-dependent BCAA catabolism 2025-Dec, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2025.154271 PMID:40885242	研究论文	本研究揭示了干扰素调节因子4通过线粒体活性氧依赖的支链氨基酸代谢参与苯诱导的造血衰老过程	首次报道环境剂量苯通过诱导细胞衰老参与造血干细胞损伤，并发现Irf4-BCAA代谢轴的新机制	研究主要使用小鼠模型和细胞系，尚未在人类样本中验证	探究苯暴露诱导造血衰老的分子机制	雄性C57BL/6J小鼠和FDCP1小鼠造血祖细胞系	毒理学与血液学	血液系统疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学	动物模型和细胞模型	基因表达数据、蛋白质数据、代谢物数据	小鼠暴露实验（0,10,50 ppm苯蒸气，12周）和细胞暴露实验（0,5,10 μM 1,4-BQ，24小时）
187	2025-10-03	Fueling fibrosis: metabolic dysregulation in systemic sclerosis 2025-Nov-01, Current opinion in rheumatology IF:5.2Q1 DOI:10.1097/BOR.0000000000001123 PMID:40916994	综述	本综述探讨代谢重编程如何驱动系统性硬化症中的纤维化和免疫失调	揭示了系统性硬化症中从分解代谢向合成代谢的转变机制，强调了代谢途径在纤维化进程中的主动调控作用	NA	研究代谢重编程在系统性硬化症纤维化和免疫失调中的作用机制	系统性硬化症患者的代谢通路和细胞功能	代谢疾病研究	系统性硬化症	代谢组学分析、单细胞转录组学	NA	代谢组数据、转录组数据	NA
188	2025-10-03	TargetPair: A Single Cell-omics Resource of Clinical Trials-derived Therapeutical Target Combinations for Cancer Therapy 2025-Nov-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169399 PMID:40840587	研究论文	建立了TargetPair数据库，提供临床试验衍生的癌症治疗靶点组合及其单细胞组学特征	首次系统性地整合临床相关癌症靶点组合并在单细胞水平进行特征分析	数据来源依赖于现有临床试验和文献，未涉及新的实验验证	为多靶点癌症治疗开发提供理性设计的靶点组合资源	癌症治疗靶点组合及其在肿瘤微环境中的特征	生物信息学	癌症	scRNA-seq，单细胞组学分析	NA	单细胞RNA测序数据，临床试验数据	3,022,556个单细胞，588名患者，16种癌症类型，13种细胞类型
189	2025-10-03	Ptgs2+ CPTC Function as a "Force-Immune Axis" by Responding to Acupuncture and Mediating M2 Macrophage Activation for Anti-Inflammatory Effects 2025-Oct-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202501175RR PMID:41017691	研究论文	本研究通过单细胞测序发现Ptgs2+ CPTC作为力-免疫轴响应针刺并激活M2巨噬细胞产生抗炎效应	首次确立Ptgs2+ CPTC作为连接机械刺激与免疫调节的关键力-免疫轴	NA	探索筋膜组织中细胞对针刺的响应机制及抗炎作用	腹部中线筋膜中的Cd34+/Pdgfra+端细胞及其亚群	细胞生物学	炎症性疾病	单细胞测序、深度学习、细胞形态学分析	深度学习模型	单细胞测序数据、细胞形态数据	痢疾大鼠模型
190	2025-10-03	The acute myeloid leukemia microenvironment impairs neutrophil maturation and function through NF-κB signaling 2025-Oct-02, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024028199 PMID:40663784	研究论文	本研究揭示了急性髓系白血病微环境通过NF-κB信号通路损害中性粒细胞成熟和功能的机制	首次使用非辐照中性粒细胞报告小鼠模型结合单细胞转录组学，发现AML微环境导致中性粒细胞发育不全并具有免疫抑制功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究AML微环境对健康中性粒细胞发育和功能的影响	AML暴露的中性粒细胞	血液肿瘤学	急性髓系白血病	单细胞转录组学、细胞因子筛选、染色质重塑分析、基序发现	小鼠AML模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	临床前小鼠模型和AML患者样本
191	2025-10-03	Pharmacological Inhibition of Ferroptosis Attenuates Experimental Abdominal Aortic Aneurysm Formation 2025-Oct-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323269 PMID:41036562	研究论文	本研究探讨了铁死亡在腹主动脉瘤形成中的作用，并通过药物抑制铁死亡验证其对动脉瘤发展的保护效果	首次揭示铁死亡在腹主动脉瘤形成中的关键作用，并证明特异性铁死亡抑制剂liproxstatin-1的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化价值需要进一步验证	阐明铁死亡在腹主动脉瘤发病机制中的作用并探索其治疗潜力	人类AAA组织样本、C57BL/6野生型小鼠、巨噬细胞和平滑肌细胞	分子病理学	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序、质谱分析、组织学分析、体外细胞培养	NA	基因表达数据、组织学图像、质谱数据、细胞培养数据	人类AAA组织数据库、两种小鼠AAA模型（弹性蛋白酶和弹性蛋白酶+β-氨基丙腈）
192	2025-10-03	Comprehensive bioinformatics evaluation uncovers the possible oncogenic contribution of acrylamide to endometrial cancer 2025-Oct-02, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03612-x PMID:41037154	研究论文	通过综合生物信息学分析揭示丙烯酰胺在子宫内膜癌中的潜在致癌机制	首次整合转录组数据和单细胞RNA测序数据，结合机器学习方法系统鉴定丙烯酰胺在子宫内膜癌中的关键作用基因	需要进一步的实验验证来将这些发现转化为预防和治疗策略	探索丙烯酰胺在子宫内膜癌发生发展中的致癌机制	子宫内膜癌患者和丙烯酰胺分子靶点	生物信息学	子宫内膜癌	转录组测序、单细胞RNA测序、分子对接	LASSO回归、支持向量机、随机森林	基因表达数据	来自GEO数据库的4个数据集和1个单细胞RNA测序数据集
193	2025-10-03	CD34+CLDN5+ tumor associated senescent endothelial cells through IGF2-IGF2R signaling increased cholangiocellular phenotype in hepatocellular carcinoma 2025-Oct, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.008 PMID:39674501	研究论文	本研究揭示了肝细胞癌中CD34+CLDN5+衰老内皮细胞通过IGF2-IGF2R信号通路招募间充质干细胞促进胆管细胞表型形成的机制	首次发现肿瘤相关衰老内皮细胞特定亚群并通过IGF2-IGF2R信号通路介导间充质干细胞招募促进肝癌异质性	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证有限	阐明肝细胞癌中胆管细胞表型形成的细胞机制和信号通路	肝细胞癌肿瘤微环境中的衰老内皮细胞和间充质干细胞	肿瘤微环境研究	肝细胞癌	单细胞RNA测序、体外实验、体内实验、二乙基亚硝胺诱导模型	NA	基因表达数据、细胞功能数据	未明确说明具体样本数量，使用原发肝癌模型
194	2025-10-03	Insulin-like growth factor binding protein 7 identified in aged dental pulp by single-cell RNA sequencing 2025-Oct, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.018 PMID:39674503	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索年轻与衰老牙髓组织的异质性，并鉴定出衰老牙髓的新标志物IGFBP7	首次在单细胞水平系统揭示牙髓衰老的细胞异质性，发现IGFBP7作为衰老牙髓新标志物并能缓解过氧化氢诱导的牙髓成纤维细胞衰老	需要进一步全面研究以阐明IGFBP7影响牙髓衰老的确切机制	探索年轻与衰老牙髓组织的异质性，寻找衰老牙髓的新标志物并研究其机制	年轻和衰老的牙髓组织样本	单细胞测序分析	牙髓衰老	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组织化学染色、RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	8个牙髓样本中的32,012个细胞
195	2025-10-03	Comprehensive analysis of heterogeneity and cell-cell interactions in Crohn's disease reveals novel location-specific insights 2025-Oct, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.042 PMID:39732334	研究论文	通过单细胞RNA测序分析克罗恩病结肠和回肠的异质性，发现新的DUOX2-epi上皮细胞亚群及其在炎症反应中的不同作用机制	首次在单细胞水平系统揭示克罗恩病结肠和回肠的异质性，发现DUOX2-epi新上皮细胞亚群及其通过不同配体-受体相互作用介导炎症反应的机制	研究仅针对初治患者，样本来源有限	理解克罗恩病不同肠段发病机制和治疗反应的异质性	克罗恩病患者的结肠和回肠组织	单细胞组学	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	初治克罗恩病患者样本
196	2025-10-03	Multi-omics approach reveals TGF-β signaling-driven senescence in periodontium stem cells 2025-Oct, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.037 PMID:39743213	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了TGF-β信号通路通过DNA甲基化调控牙周膜干细胞衰老的机制	首次绘制小鼠颌骨组织的空间转录组图谱，并发现TGF-β1通过DNA甲基化沉默PRKAG2基因诱导干细胞衰老的新机制	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步在体验证；人类PDLSCs样本来源未详细说明	阐明TGF-β1在牙周膜干细胞衰老中的作用及其分子机制	小鼠颌骨组织和人类牙周膜干细胞(PDLSCs)	干细胞生物学	牙周疾病	空间转录组学、假时序分析、DNA甲基化分析	NA	转录组数据、表观遗传数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠颌骨组织和人类PDLSCs
197	2025-10-03	Parkin modulates the hepatocellular carcinoma microenvironment by regulating PD-1/PD-L1 signalling 2025-Oct, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.045 PMID:39755271	研究论文	本研究探讨Parkin通过调控PD-1/PD-L1信号通路影响肝癌免疫微环境的机制	首次揭示Parkin作为E3泛素连接酶可诱导PD-1泛素化降解，并通过调节线粒体自噬影响肿瘤免疫微环境	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究Parkin在肝脏肿瘤免疫微环境中的作用机制	CCl4诱导的肝肿瘤模型小鼠，重点关注T淋巴细胞和髓系来源细胞	肿瘤免疫学	肝癌	单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光、免疫共沉淀、定量蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	Park2-/-基因敲除小鼠模型
198	2025-10-03	Mechanisms of dexamethasone-induced bone toxicity in developing bone: a single-cell perspective 2025-Oct, JBMR plus IF:3.4Q2 DOI:10.1093/jbmrpl/ziaf146 PMID:41025095	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示地塞米松对发育中骨骼的毒性机制	首次从单细胞层面系统揭示地塞米松对发育骨骼中成骨细胞、软骨细胞和B细胞谱系的影响	研究仅使用C57BL/6JRj雄性小鼠模型，未涉及其他物种或雌性个体	阐明地塞米松诱导发育骨骼毒性的分子机制	骨骼未成熟的C57BL/6JRj雄性小鼠	骨骼生物学	骨骼发育障碍	单细胞RNA测序、微计算机断层扫描	NA	基因表达数据、影像数据	经过28天地塞米松处理的骨骼未成熟小鼠群体
199	2025-10-03	Highly accurate reference and method selection for universal cross-dataset cell type annotation with CAMUS 2025-Oct-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280821.125 PMID:41034048	研究论文	提出一种跨数据集细胞类型注释方法CAMUS，通过智能选择参考数据和方法实现高精度细胞注释	首次提出通用的参考数据和方法选择策略，显著提升跨数据集细胞类型注释的准确性	NA	开发高效的细胞类型注释方法选择策略，提升单细胞数据分析的准确性	单细胞RNA测序数据和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	672对跨物种scRNA-seq数据集，80个scST数据集，5个scATAC-seq数据集
200	2025-10-03	Tracking clonal evolution during treatment in ovarian cancer using cell-free DNA 2025-Oct-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09580-0 PMID:41034582	研究论文	本研究开发了CloneSeq-SV技术，通过追踪cfDNA中的克隆特异性结构变异来监测卵巢癌治疗过程中的克隆演化	结合单细胞全基因组测序和时序cfDNA深度测序，利用肿瘤克隆特异性结构变异作为高灵敏度内源性标志物	样本量相对有限（18例患者），需要进一步验证	研究高级别浆液性卵巢癌治疗过程中耐药性的克隆演化机制	18例高级别浆液性卵巢癌患者	癌症基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序、靶向深度测序、单细胞RNA测序	NA	基因组测序数据、RNA测序数据	18例HGSOC患者从诊断到复发的多年时序样本