单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-05-04	Single-cell RNA-seq data augmentation using generative Fourier transformer 2025-Jan-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07552-8 PMID:39843603	research paper	本文介绍了一种名为scGFT的无训练生成模型，用于增强单细胞RNA测序数据，以解决数据稀缺问题	提出了一种无需训练的生成模型scGFT，能够合成具有真实基因表达谱的单细胞数据，优于现有的基于神经网络的生成模型	未提及具体的数据集大小或实验条件的限制	解决单细胞RNA测序数据稀缺问题，提高统计可靠性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Generative Fourier Transformer (scGFT)	基因表达数据	NA
182	2025-05-04	Neutrophil extracellular traps (NETs) are increased in rheumatoid arthritis-associated interstitial lung disease 2025-Jan-22, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03111-1 PMID:39844268	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）在类风湿关节炎相关间质性肺病（RA-ILD）中的作用及其形成机制	揭示了NR4A3干扰对NET形成的促进作用及其对MRC-5细胞向肌成纤维细胞转化的影响，并提出了血浆MPO-DNA和Cit-H3作为RA-ILD亚型诊断的生物标志物组合	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，临床样本量有限，需要更大规模的临床验证	阐明NETs在RA-ILD发病机制中的作用并探索潜在治疗靶点	ZYM诱导的间质性肺炎关节炎模型小鼠、HL-60细胞、MRC-5细胞及RA-ILD患者	风湿免疫学	类风湿关节炎相关间质性肺病	单细胞测序、ELISA、ROC曲线分析	SKG小鼠模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	RA-ILD患者（未明确数量）及健康对照
183	2025-05-04	Identification of glutamine as a potential therapeutic target in dry eye disease 2025-Jan-22, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-02119-1 PMID:39837870	研究论文	本研究提出通过代谢重塑调节炎症的新方法，促进干眼症恢复，并发现谷氨酰胺在干眼症治疗中的关键作用	首次提出谷氨酰胺代谢在干眼症中的关键作用，并发现通过抑制GLS1酶增强谷氨酰胺代谢可缓解炎症驱动的干眼症进展	研究主要基于临床病例和啮齿动物模型，尚未在更广泛的人群中进行验证	探索干眼症的新型药物治疗靶点	干眼症患者及啮齿动物模型	代谢组学	干眼症	MALDI-MSI（基质辅助激光解吸/电离质谱成像）、单细胞测序	啮齿动物模型	代谢组数据、单细胞测序数据	临床病例及啮齿动物模型（具体数量未提及）
184	2025-05-04	Sexual dimorphism in the mouse bone marrow niche regulates hematopoietic engraftment via sex-specific Kdm5c/Cxcl12 signaling 2025-Jan-21, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182125 PMID:39836478	研究论文	本研究揭示了小鼠骨髓微环境中的性别二态性通过性别特异的Kdm5c/Cxcl12信号调控造血植入的机制	首次发现雄性小鼠骨髓微环境中的LepR-MSCs数量更多，且通过Kdm5c/Cxcl12信号通路调控造血植入效率	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床中验证	探究骨髓微环境中的性别二态性及其对造血植入的影响	小鼠骨髓中的LepR-MSCs和造血植入过程	造血生物学	造血系统疾病	单细胞RNA测序、骨髓移植实验、基因敲除模型	Kdm5c敲除小鼠模型	基因表达数据、移植实验数据	未明确说明具体样本数量，但涉及雄性和雌性小鼠的比较研究
185	2025-05-04	Multiomic analysis reveals cellular, transcriptomic and epigenetic changes in intestinal pouches of ulcerative colitis patients 2025-Jan-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56212-2 PMID:39837850	研究论文	通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，构建了溃疡性结肠炎患者回肠袋的细胞类型分辨转录和表观遗传图谱	发现了回肠袋中特有的吸收性和分泌性上皮细胞群，这些细胞表达部分结肠特异性基因，同时维持一些回肠特异性基因的表达	样本量较小（患者6人，健康对照6人），可能影响结果的普遍性	研究溃疡性结肠炎患者回肠袋的细胞、转录组和表观遗传变化	溃疡性结肠炎患者的回肠袋组织及健康对照的末端回肠和升结肠组织	单细胞组学	溃疡性结肠炎	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 单细胞表观遗传数据	6名患者（4男2女）和6名健康对照（3男3女）的配对活检样本
186	2025-05-04	TGF-β signaling orchestrates cancer-associated fibroblasts in the tumor microenvironment of human hepatocellular carcinoma: unveiling insights and clinical significance 2025-Jan-21, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13435-2 PMID:39838288	研究论文	本研究探讨了TGF-β信号在肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中对癌症相关成纤维细胞（CAFs）的调控作用及其临床意义	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）鉴定了HCC中的两种成纤维细胞亚型，并研究了TGF-β及其受体在HCC TME中的表达和分布，以及TGF-β高表达和低表达的肿瘤细胞与CAFs亚型之间的相互作用	研究主要基于GEO数据库和体外实验，可能无法完全反映体内复杂环境	探索TGF-β信号在HCC肿瘤微环境中的作用及其对癌症进展的影响	肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和TGF-β信号通路	肿瘤生物学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多色免疫组化（mIHC）	NA	基因表达数据、组织微阵列图像	NA
187	2025-05-04	Transcriptomic dynamics and cell-to-cell communication during the transition of prospermatogonia to spermatogonia revealed at single-cell resolution 2025-Jan-21, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11244-2 PMID:39838296	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了从原精原细胞到精原细胞转变过程中的转录动态和细胞间通讯	首次在单细胞分辨率下揭示了原精原细胞到精原细胞转变过程中的基因表达模式和细胞间信号传递机制，并发现了bHLH转录因子在此过程中的关键作用	研究仅关注了小鼠胚胎期和新生期的特定时间点，可能无法完全反映整个发育过程的动态变化	解析哺乳动物睾丸中从原精原细胞到精原细胞转变的分子调控机制	小鼠睾丸中的原精原细胞、精原细胞和睾丸体细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	4个不同发育阶段(胚胎12.5天、17.5天和出生后1天、6天)的小鼠睾丸样本
188	2025-05-04	Single-cell atlas reveals multi-faced responses of losartan on tubular mitochondria in diabetic kidney disease 2025-Jan-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06074-5 PMID:39838394	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示氯沙坦对糖尿病肾病肾小管线粒体的多方面影响	利用单细胞RNA测序技术全面分析氯沙坦对糖尿病肾病肾小管线粒体的影响，发现新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	探究氯沙坦对糖尿病肾病肾小管线粒体的治疗作用机制	糖尿病肾病小鼠模型和HK-2细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单核RNA测序(snRNA-seq), 基因本体论(GO)富集分析, GSEA/GSVA评分	NA	RNA测序数据, 图像数据	小鼠肾组织样本和HK-2细胞
189	2025-05-04	Uncovering glycolysis-driven molecular subtypes in diabetic nephropathy: a WGCNA and machine learning approach for diagnostic precision 2025-Jan-21, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00601-6 PMID:39838413	研究论文	本研究通过WGCNA和机器学习方法揭示了糖尿病肾病中糖酵解驱动的分子亚型，提高了诊断精确性	首次将糖酵解相关基因与糖尿病肾病分子机制及免疫特征联系起来，并应用XGB模型进行诊断	研究结果主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探索糖尿病肾病的分子机制并提高诊断精确性	糖尿病肾病样本中的糖酵解相关基因	生物信息学	糖尿病肾病	WGCNA、机器学习、单细胞测序、qRT-PCR	XGB	基因表达数据	GSE30122、GSE30528、GSE96804和GSE142153数据集中的样本
190	2025-05-04	Comprehensive single-cell atlas of colorectal neuroendocrine tumors with liver metastases: unraveling tumor microenvironment heterogeneity between primary lesions and metastases 2025-Jan-21, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02231-y PMID:39838423	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了结直肠神经内分泌肿瘤肝转移患者的肿瘤微环境异质性	首次对结直肠神经内分泌肿瘤肝转移患者的原发灶和转移灶进行了单细胞层面的比较分析，揭示了肿瘤微环境的异质性	样本来源仅限于新鲜组织样本，可能无法完全代表所有患者群体	揭示结直肠神经内分泌肿瘤肝转移患者原发灶和转移灶肿瘤微环境的差异	结直肠神经内分泌肿瘤肝转移患者的原发灶和转移灶组织	digital pathology	colorectal neuroendocrine tumors	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics, bulk RNA sequencing, multiplex immunohistochemistry/immunofluorescence	NA	RNA sequencing data, immunohistochemistry data	结直肠神经内分泌肿瘤肝转移患者的新鲜组织样本
191	2025-05-04	Unveiling cell-type-specific microRNA networks through alternative polyadenylation in glioblastoma 2025-Jan-21, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-02104-8 PMID:39838429	研究论文	本研究通过探索胶质母细胞瘤中替代多聚腺苷酸化（APA）在调节microRNA结合和转录后调控中的作用，揭示了细胞类型特异的microRNA网络	发现了APA在胶质母细胞瘤细胞身份和转化中的独立调控机制，并构建了microRNA-转录因子-靶基因网络	研究仅基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证	探索胶质母细胞瘤中APA对microRNA网络和细胞状态转换的调控机制	胶质母细胞瘤中的少突胶质前体细胞（OPCs）和CD133+放射状胶质样肿瘤细胞	生物信息学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
192	2025-05-04	Orchestrated response from heterogenous fibroblast subsets contributes to repair from surgery-induced stress after airway reconstruction 2025-Jan-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186263 PMID:39836476	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了气道重建手术后的成纤维细胞亚群及其在伤口愈合中的作用	首次鉴定了气道重建手术后的五种成纤维细胞亚群，并揭示了它们在手术诱导应激反应中的不同功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究气道重建手术后成纤维细胞在伤口愈合和纤维化过程中的作用机制	气道组织中的成纤维细胞亚群	单细胞转录组学	气道疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及原生和重建气道组织的比较
193	2025-05-04	Plasticity in metastatic colorectal cancer 2025-Jan-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.018 PMID:39837278	research paper	该研究探讨了结直肠癌（CRC）进展过程中癌细胞状态的变化及其对转移和治疗抵抗的影响	使用单细胞转录组测序技术绘制了CRC进展过程中癌细胞状态的变化图谱	仅关注了CRC的遗传突变和细胞状态变化，未涉及其他可能的机制	研究CRC转移和治疗抵抗的细胞学基础	结直肠癌细胞	癌症研究	结直肠癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
194	2025-05-04	Ribosome profiling and single-cell RNA sequencing identify the unfolded protein response as a key regulator of pigeon lactation 2025-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.336 PMID:39846187	研究论文	本研究通过核糖体分析和单细胞RNA测序技术，揭示了未折叠蛋白反应在鸽子泌乳过程中的关键调控作用	首次在鸽子泌乳过程中发现成纤维细胞来源的BAFF信号激活分泌上皮细胞，模拟B细胞转化并通过未折叠蛋白反应增强蛋白质生产	研究仅针对225日龄的雄性鸽子，未考虑年龄和性别差异的影响	阐明鸽子嗉囊泌乳的分子机制和细胞动态	225日龄未配对非泌乳雄性鸽子(MN)和孵化后第一天开始泌乳的雄性鸽子(ML)	分子生物学	NA	RNA测序、核糖体分析、单细胞转录组测序(scRNA-seq)、RNA荧光原位杂交(RNA FISH)	NA	RNA测序数据、单细胞转录组数据	两组雄性鸽子样本(具体数量未明确说明)
195	2025-05-04	Deciphering the toxic effects of polystyrene nanoparticles on erythropoiesis at single-cell resolution 2025-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.277 PMID:39846194	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术全面评估了聚苯乙烯纳米颗粒对斑马鱼胚胎红细胞生成的影响	首次在单细胞分辨率下揭示聚苯乙烯纳米颗粒对斑马鱼红细胞生成的毒性作用	研究仅针对斑马鱼胚胎，未涉及其他生物或发育阶段	探究聚苯乙烯纳米颗粒对水生生物造血过程的毒性影响	斑马鱼胚胎的红细胞生成过程	毒理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	斑马鱼胚胎样本
196	2025-05-04	Cross-species single-cell transcriptomics reveals neuronal similarities and heterogeneity in amniote pallium 2025-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.102 PMID:39846196	研究论文	通过跨物种单细胞转录组学揭示了羊膜动物大脑皮层的神经元相似性和异质性	首次利用单核RNA测序技术对多种羊膜动物大脑皮层进行跨物种比较，揭示了转录组保守性和物种特异性差异	研究仅基于转录组数据，未考虑蛋白质表达和功能验证	探究羊膜动物大脑皮层的进化动态和神经元同源性	猕猴、人类、小鼠、斑胸草雀、龟和蜥蜴的大脑皮层	神经科学	NA	单核RNA测序	NA	转录组数据	超过130,000个细胞核
197	2025-05-04	Multi-omics analysis and experimental verification reveal testicular fatty acid metabolism disorder in non-obstructive azoospermia 2025-Jan-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.223 PMID:39846195	研究论文	通过多组学分析和实验验证，揭示了非梗阻性无精子症（NOA）中睾丸脂肪酸代谢紊乱的关键机制	首次通过多组学方法（包括微阵列分析、单细胞RNA测序和代谢组学）系统研究了NOA中脂肪酸代谢紊乱，并确定了PPARG作为关键转录因子	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	阐明脂肪酸代谢紊乱与非梗阻性无精子症发病机制的关系	非梗阻性无精子症患者的睾丸组织和相关细胞	生殖医学	男性不育症	微阵列分析, scRNA-seq, 代谢组学	NA	基因表达数据, 代谢组数据	公共数据库中的NOA患者数据（具体数量未说明）
198	2025-05-04	TrimNN: Characterizing cellular community motifs for studying multicellular topological organization in complex tissues 2025-Jan-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5584635/v1 PMID:39877090	研究论文	介绍了一种名为TrimNN的图基深度学习框架，用于识别和分析复杂组织中多细胞拓扑组织的细胞群落基序	提出了一种自下而上的方法，通过图基深度学习框架识别细胞群落基序，区别于传统的自上而下的聚类方法，具有可解释性和普适性	NA	研究复杂组织中多细胞拓扑组织的细胞群落基序	空间转录组学和蛋白质组学数据中的细胞群落基序	数字病理学	NA	空间转录组学和蛋白质组学	图基深度学习框架	空间组学数据	NA
199	2025-05-04	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Macrophage Dynamics During MASH in Leptin-Deficient Rats 2025-Jan-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020096 PMID:39851524	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了瘦素缺陷大鼠在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）过程中巨噬细胞的动态变化	首次在大鼠模型中详细描述了MASH发展过程中肝脏巨噬细胞的动态变化，并发现了独特的M1到M2转变模式	研究仅基于瘦素缺陷大鼠模型，结果可能不完全适用于其他MASH模型或人类疾病	探究MASH发展过程中肝脏巨噬细胞的动态变化及其作用机制	瘦素缺陷大鼠的肝脏组织和其中的巨噬细胞	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	16周龄瘦素缺陷大鼠的肝脏组织
200	2025-05-04	Immune Gene Expression Profiling in Individuals with Turner Syndrome, Graves' Disease, and a Healthy Female by Single-Cell RNA Sequencing: A Comparative Study 2025-Jan-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020093 PMID:39851522	研究论文	通过单细胞RNA测序比较Turner综合征、Graves病和健康女性的免疫基因表达差异	首次使用scRNA-seq技术比较Turner综合征患者、健康女性和Graves病患者的抗原特异性CD4(+) T细胞的免疫基因表达差异	样本量较小，仅包括一名Turner综合征患者、一名健康女性和一名Graves病患者	分析Turner综合征患者与健康女性和Graves病患者在免疫基因表达上的差异	Turner综合征患者、健康女性和Graves病患者的抗原特异性CD4(+) T细胞	基因组学	Turner综合征, Graves病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	3名个体（1名Turner综合征患者，1名健康女性，1名Graves病患者）