单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 40810 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2026-06-23 |
Identification and analysis of diagnostic senescence-related gene signatures for acute myocardial infarction based on multi-omics data and machine learning
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1775092
PMID:42327787
|
研究论文 | 基于多组学数据和机器学习识别急性心肌梗死诊断相关的衰老基因特征并构建多维度模型 | 整合转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序及小鼠模型等多维度数据，首次构建基于衰老相关基因（FOS、SOD2、MXD1、GRN）的急性心肌梗死诊断分类器、患者分层系统和衰老评分系统 | 研究样本量有限，且模型仍需在更大规模的前瞻性队列中进行验证；衰老评分与中性粒细胞浸润的相关性仅为中度，机制尚未完全阐明 | 识别急性心肌梗死相关的衰老基因并建立多维度诊断评估和患者分层模型 | 急性心肌梗死患者和健康对照组的血液样本及小鼠心肌梗死模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA测序、单细胞RNA测序、蛋白质组学 | 机器学习-四种算法联合应用 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据 | 106例AMI患者和76例对照（训练集）；37例AMI患者和15例对照（验证集） | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 182 | 2026-06-23 |
Integrating In silico perturbation with multilayer omics to decode regulatory networks in cancer immunity: a new frontier in precision oncology
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1857447
PMID:42327793
|
综述 | 本文综述了通过计算机模拟敲除整合多层组学数据（基因组、转录组、蛋白质组和代谢组）以解译癌症免疫调控网络的方法，并探讨其在精准肿瘤学中的应用前景 | 将计算机模拟敲除方法与多层组学数据整合，用于解码肿瘤免疫调控网络，并扩展到空间转录组学以实现组织水平细胞间相互作用的建模，代表精准肿瘤学前沿方向 | 当前多层组学数据整合仍面临挑战，且肿瘤生物学的复杂性限制了模型的准确性 | 探索计算机模拟敲除方法在解码癌症免疫调控网络中的应用，推动精准免疫治疗的发展 | 肿瘤微环境中的免疫调控基因、免疫逃逸机制及治疗靶点 | 机器学习 | 癌症 | 计算机模拟敲除 | 深度学习框架 | 组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 183 | 2026-06-23 |
VSIG2 is associated with an immune-cold microenvironment and reduced response to PD-1 blockade in bladder cancer
2026, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2026.1859986
PMID:42328167
|
研究论文 | 本研究探讨VSIG2在膀胱癌中与免疫冷微环境及PD-1阻断治疗反应降低的关联 | 首次揭示VSIG2作为肿瘤内在分子在膀胱癌中促进免疫排斥并影响免疫治疗疗效，并体内验证其作为治疗靶点的潜力 | 未提供明确局限性信息 | 探究VSIG2在膀胱癌免疫微环境塑造及免疫治疗反应中的作用 | 膀胱癌患者肿瘤组织样本、单细胞RNA-seq数据集、MB49小鼠模型 | 机器学习 | 膀胱癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA-seq数据 | 多个独立队列及湘雅队列（具体数量未说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'测序 |
| 184 | 2026-06-23 |
Fibrillin-1 Orchestrates a Pro-senescent Niche Driving Peritubular Endothelial Senescence via ZEB1/endothelin-1/β-catenin Signaling
2026, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.133521
PMID:42328432
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞/空间转录组学、脱细胞支架模型、多种小鼠慢性肾病模型、血管超声及组织透明化三维成像技术，发现纤连蛋白-1（FBN1）作为促纤维化微环境核心组分，通过ZEB1/内皮素-1/β-catenin信号轴直接驱动血管内皮细胞衰老，导致微血管稀疏 | 首次揭示FBN1通过空间组织的FBN1/ZEB1/ET-1/β-catenin信号轴连接基质成分与内皮衰老，证明基质组分通过构建稳定病理微环境主动促进慢性肾病血管病变 | 未在人体样本中验证该信号轴的作用，且仅在鼠类模型中观察，物种差异可能影响临床转化 | 阐明慢性肾病中微血管稀疏的上游调控机制，特别是内皮细胞衰老的启动因素 | 小鼠肾脏组织内皮细胞及管周微环境中的基质组分 | 计算机视觉 | 慢性肾病 | 单细胞转录组学，空间转录组学，组织透明化三维成像，血管超声 | NA | 基因表达数据，图像 | 多种小鼠慢性肾病模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序，10x Visium空间转录组学 |
| 185 | 2026-06-23 |
Spatial and single-cell transcriptomics reveal a HIF-1α/NF-κB-driven hypoxia-induced senescence axis in BPH epithelium
2026, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.130242
PMID:42328456
|
研究论文 | 整合空间和单细胞转录组学揭示HIF-1α/NF-κB驱动的缺氧诱导衰老轴在良性前列腺增生上皮中的作用 | 首次通过整合激光捕获显微切割RNA测序、公共单细胞RNA测序、空间转录组学、人类组织验证、小鼠模型分析和扰动实验，揭示了缺氧相关HIF-1α/NF-κB信号轴驱动BPH上皮衰老的机制 | SA-β-gal阳性细胞主要在上皮中，但未探索其他细胞类型如间质细胞的具体作用，且样本量有限，缺乏更广泛的队列验证 | 阐明良性前列腺增生中缺氧相关上皮衰老的分子机制 | 良性前列腺增生（BPH）患者组织样本、BPH-1和RWPE-1细胞系、睾酮丙酸酯诱导的BPH样小鼠模型 | 自然语言处理 | 前列腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 52个人类BPH标本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 186 | 2026-06-23 |
Integrated Transcriptomic and Single-Cell Analyses Link ATP7A, a Cuproptosis-Related Hub Gene, to ECM-Adhesion Signaling Dysfunction in UVB-Induced Skin Photodamage
2026, Clinical, cosmetic and investigational dermatology
DOI:10.2147/CCID.S607933
PMID:42328487
|
研究论文 | 整合转录组和单细胞分析揭示ATP7A作为铜死亡相关核心基因与UVB诱导皮肤光损伤中ECM-黏附信号失调的关联 | 首次将铜死亡相关基因ATP7A与UVB诱导的皮肤光损伤联系起来，并通过单细胞分析揭示其在角质形成细胞ECM-黏附信号中的作用 | 研究主要基于公共数据集和动物模型，可能无法完全模拟人类真实光损伤环境；机制探讨尚需进一步实验验证 | 探究UVB诱导皮肤光损伤与铜死亡之间的关联并识别关键调控基因 | UVB照射的人皮肤转录组数据（GSE41078）和单细胞RNA-seq数据（GSE289389）中的角质形成细胞，以及急性光损伤细胞和小鼠模型 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 转录组测序、单细胞RNA-seq | WGCNA、CellChat | 转录组数据、单细胞转录组数据 | GSE41078数据集包含UVB照射的人皮肤样本，GSE289389数据集包含单细胞样本；细胞和小鼠模型中具体样本数未说明 | NA | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 187 | 2026-06-23 |
QeITH: Quantifies Tumor Ecosystem Heterogeneity to Predict Cancer Progression and Treatment Benefit
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0061
PMID:42328538
|
研究论文 | 提出了QeITH计算框架，通过熵量化解剖肿瘤生态系统异质性，预测癌症进展和治疗获益 | 首次通过香农熵整合单细胞、 bulk和空间转录组数据，量化肿瘤生态系统异质性，揭示其在恶性转化、免疫治疗响应中的双重作用 | 研究依赖于现有数据集，可能未涵盖所有癌症类型；空间转录组分析中的异质性分布需进一步验证 | 量化肿瘤生态系统异质性并评估其在癌症进展和治疗响应中的临床意义 | 肿瘤生态系统中的细胞组成和功能状态 | 机器学习 | 泛癌种 | 转录组测序 | NA | 转录组数据 | 包含单细胞、 bulk和空间转录组的多数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 188 | 2026-06-23 |
Integrated transcriptomics identifies ER stress-associated apoptosis in post-resuscitation AKI and supports early Dl-3-n-butylphthalide-associated renoprotection in a porcine TCA model
2026, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2026.1841271
PMID:42328631
|
研究论文 | 通过整合转录组学，识别心肺复苏后急性肾损伤中内质网应激相关凋亡，并支持在猪创伤性心脏骤停模型中早期DL-3-正丁基苯酞的肾保护作用 | 首次在猪创伤性心脏骤停模型中，通过整合批量转录组和单细胞RNA测序数据，发现NBP通过调节内质网应激/未折叠蛋白反应相关凋亡通路发挥肾保护作用 | NA | 研究NBP对猪创伤性心脏骤停后急性肾损伤的影响及其与内质网应激/未折叠蛋白反应相关凋亡的关联 | 猪心脏骤停模型及肾组织样本 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | RNA-seq, 批量转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 健康雄性巴马小型猪，随机分为假手术、TCA和TCA+NBP三组 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 189 | 2026-06-23 |
JADE: Joint Alignment and Deep Embedding for Multi-Slice Spatial Transcriptomics
2025-Dec, Advances in neural information processing systems
PMID:42326616
|
研究论文 | 提出一种名为JADE的统一计算框架，用于同时学习多切片空间转录组数据的空间位置对齐和共享低维嵌入 | 首次在共享潜在空间中联合优化对齐和表示学习，采用往返框架交替进行对齐和嵌入细化，利用注意力机制动态评估嵌入维度的重要性 | 主要依赖两个数据集（10x Visium人DLPFC和Stereo-seq蝾螈脑数据集）进行验证，未提及在更多样化或更大规模数据集上的泛化能力评估 | 解决多切片空间转录组学分析中物理畸变、技术变异和批次效应带来的对齐与特征整合挑战 | 10x Visium人背外侧前额叶皮层和Stereo-seq蝾螈脑多切片空间转录组数据 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 空间转录组学 | 注意力机制 | 基因表达数据 | 两个多切片空间转录组数据集：10x Visium人DLPFC和Stereo-seq蝾螈脑 | 10x Genomics, BGI | 空间转录组学 | 10x Visium, Stereo-seq | 10x Visium适用于组织切片空间基因表达分析，Stereo-seq用于高分辨率空间转录组学 |
| 190 | 2026-06-23 |
Sparse Semiparametric Discriminant Analysis for High-dimensional Zero-inflated Data
2025, Journal of machine learning research : JMLR
IF:4.3Q2
PMID:42325817
|
研究论文 | 针对高维零膨胀数据，提出一种基于截断潜高斯copula模型的稀疏半参数判别分析方法，并在人类肠道微生物组、乳腺癌microRNA和单细胞RNA测序数据上验证了其优越的分类准确性和对数据变换的鲁棒性 | 首次将截断潜高斯copula模型用于判别分析，同时处理高偏度和零膨胀数据，且估计过程对数据变换具有鲁棒性，无需依赖特定变换方法 | NA | 开发一种能够处理高维零膨胀数据且对数据变换具有鲁棒性的半参数判别分析框架 | 人类肠道微生物组、乳腺癌microRNA和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 截断潜高斯copula模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 191 | 2026-06-23 |
Think twice: how single-cell suspensions from solid tissues for single-cell transcriptomics are well prepared
2025-Jan, Infectious diseases & immunity
DOI:10.1097/ID9.0000000000000136
PMID:42325859
|
综述 | 本文详细分析了从实体组织中制备高质量单细胞悬液的关键步骤，包括酶消化、机械解离和细胞活力评估 | 对实体组织单细胞悬液制备过程中的关键实验细节进行了深入分析和澄清 | 未提及具体实验比较或定量评价不同制备方法的优劣 | 指导研究人员优化从实体组织制备单细胞悬液的实验流程以获得高质量单细胞测序数据 | 实体组织单细胞悬液制备过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 192 | 2026-06-22 |
Magnesium sulfate attenuates sepsis-induced myocardial injury through macrophage Fxyd2/NF-κB signaling: Integrated evidence from a propensity-matched cohort, single-cell atlas, and mechanistic validation
2026-Jun-16, Toxicology and applied pharmacology
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.taap.2026.117918
PMID:42303054
|
研究论文 | 整合倾向性匹配队列、单细胞图谱和机制验证，揭示硫酸镁通过巨噬细胞Fxyd2/NF-κB信号减轻脓毒症心肌损伤 | 首次通过多层级证据（临床队列、单细胞转录组和体外机制验证）阐明硫酸镁通过巨噬细胞Fxyd2/NF-κB轴发挥免疫调节作用，而非营养补充效应，为脓毒症心肌损伤提供靶向治疗新策略 | 研究基于回顾性数据库和动物模型，需前瞻性随机对照试验进一步验证；单细胞数据来自小鼠，人类巨噬细胞亚群的保守性需确认 | 探究硫酸镁对脓毒症心肌损伤的靶向治疗作用及其分子机制 | 脓毒症心肌损伤患者（MIMIC-IV数据库）、小鼠心脏组织及巨噬细胞-心肌细胞共培养模型 | 机器学习, 数字病理学 | 心血管疾病, 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹法, RT-qPCR, 焦亡检测 | Cox比例风险模型 | 临床数据, 单细胞转录组数据, 蛋白表达数据 | 2219例脓毒症心肌损伤患者（倾向性匹配后992例） | Illumina | 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 193 | 2026-06-22 |
Covalent Photo-Aptamer Tagging (CPAT) for Single-Cell Multiplexing and Chemical Transcriptomic Screens
2026-Jun-16, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.6c02091
PMID:42300017
|
研究论文 | 提出共价光适配体标记（CPAT）策略，用于单细胞多路复用和化学转录组筛选 | 通过二氮丙啶介导的卡宾插入，将瞬时分子识别转化为永久共价锚定，实现动力学锁定机制 | 未在摘要中提及明确局限性 | 开发高保真的单细胞样本多路复用方法，减少信号串扰和数据损耗 | 单细胞RNA测序中的样本多路复用及药物扰动下的化学转录组筛选 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未在摘要中说明具体样本量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 194 | 2026-06-22 |
Lense: optimizing data preprocessing in single-cell omics using large language models
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag288
PMID:42242684
|
研究论文 | Lense是一种利用大语言模型自动优化单细胞组学数据预处理的方法 | 首次将大语言模型引导与数据预处理流程自动选择相结合，实现无需人工调参的跨平台适应性优化 | 依赖于可视化图表的质量和语言模型对低维表示的比较能力，可能在新兴平台上的泛化性仍需验证 | 改进单细胞组学数据预处理的鲁棒性和自动化水平 | 单细胞组学数据，特别是来自空间转录组学等新兴平台的数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞组学分析、空间转录组学 | 大语言模型 | 图（低维表示可视化图） | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 195 | 2026-06-22 |
Nanoplastics target lung monocytes, disrupting immune dynamics
2026-May-01, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2026.141961
PMID:41934838
|
research paper | 利用全身荧光成像、流式细胞术和单细胞RNA测序，研究纳米塑料在雌性小鼠体内的生物分布及其对肺免疫动态的影响 | 发现纳米塑料优先靶向肺脏，并特异性被非经典单核细胞和CD206+间质巨噬细胞摄取，扰乱了单核细胞向巨噬细胞的分化过程 | 仅使用雌性小鼠模型，未探讨不同性别或长期暴露的影响 | 探究纳米塑料在生物体内的分布及其对肺免疫动态的直接干扰机制 | 系统性暴露于纳米塑料的雌性小鼠的肺脏和血液细胞 | machine learning | geriatric disease | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 荧光成像 | NA | 单细胞转录组数据, 荧光成像数据 | 雌性小鼠（具体数量未在摘要中说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 版本 |
| 196 | 2026-06-22 |
Multi-Omics Graph Attention Network for Key Gene Prediction in Triple-Negative Breast Cancer
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3682485
PMID:41955157
|
研究论文 | 提出基于图注意力网络的多模态框架，整合单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和影像组学数据，用于三阴性乳腺癌关键基因预测 | 首次将图注意力网络应用于单细胞多组学与影像组学的跨模态整合，通过多模态图结构捕捉转录调控、染色质可及性和成像特征间的相互作用，并利用集成多层感知器分层患者预后 | 未详细说明方法在更大规模或不同种族队列中的泛化能力，以及对计算资源的需求 | 开发可解释的多模态生物标志物发现策略，用于三阴性乳腺癌的个性化治疗 | 三阴性乳腺癌患者的单细胞转录组、染色质可及性和影像组学数据 | 机器学习 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 影像组学 | 图注意力网络, 多层感知器 | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据, 影像组学数据 | 外部TCGA-TNBC队列（未明确样本数量） | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 197 | 2026-06-22 |
Integrated single-cell and bulk RNA-seq analysis identifies BCAA metabolism-related prognostic signatures in head and neck squamous cell carcinoma
2026-05, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2026.153200
PMID:42263482
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA-seq分析，识别头颈部鳞状细胞癌中支链氨基酸代谢相关的预后基因特征 | 首次整合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据构建BCAA代谢相关四基因预后模型，并揭示其在免疫微环境和细胞分化中的潜在作用 | 结论主要基于计算预测，RT-qPCR验证队列样本量小，限制了实验验证的强度 | 识别头颈部鳞状细胞癌中与BCAA代谢相关的预后基因并阐明其功能角色 | 头颈部鳞状细胞癌患者样本 | 机器学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | RNA-seq, RT-qPCR | Cox回归模型，LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 多个数据集（TCGA-HNSCC, GSE65858, GSE41613, GSE103322, GSE140042）及RT-qPCR小样本 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 198 | 2026-06-22 |
Inferring gene-regulatory networks using epigenomic priors
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115165
PMID:41953005
|
研究论文 | 利用表观基因组先验网络提高基因调控网络推断的准确性 | 通过整合DNA甲基化、染色质可及性和组蛋白修饰等多组学数据构建表观基因组先验网络，显著提升基因调控网络推断精度，且发现DNA甲基化数据在推断先验网络时比染色质可及性数据覆盖更多基因 | 未说明 | 开发基于表观基因组先验网络的基因调控网络推断方法并验证其有效性 | 12项不同研究的数据集，包括人类胚胎发育和乳腺癌风险女性的样本 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、DNA甲基化测序、染色质可及性测序、组蛋白修饰测序 | 基因调控网络推断模型 | 基因表达数据、表观基因组数据 | 12项研究的公开数据集 | NA | 单细胞RNA测序、DNA甲基化测序、染色质可及性测序 | NA | NA |
| 199 | 2026-06-22 |
DJ-1 inhibition reshapes tumor microenvironment and potentiates immune checkpoint inhibitors
2026-Apr-10, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ady7556
PMID:41950330
|
研究论文 | 发现DJ-1作为T细胞负调控因子，抑制DJ-1通过调控巨噬细胞重编程增强抗肿瘤免疫并提高免疫检查点抑制剂疗效 | 首次揭示DJ-1通过调控巨噬细胞ROS/NF-κB/STAT3信号通路重编程肿瘤微环境，间接激活T细胞，并验证双硫仑作为DJ-1抑制剂可有效增强PD-1阻断抗肿瘤效果 | 主要为小鼠模型研究，临床转化仍需进一步验证 | 探索DJ-1作为免疫检查点抑制剂增敏靶点的潜力及机制 | DJ-1基因敲除小鼠及荷瘤模型、肿瘤浸润CD45细胞、巨噬细胞 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 小鼠模型（具体样本量未提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于肿瘤浸润CD45细胞单细胞测序 |
| 200 | 2026-06-22 |
BEASTsim-a benchmarking and analysis platform for spatial transcriptomics simulations
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag144
PMID:41947420
|
研究论文 | 介绍了一个用于空间转录组模拟的综合基准平台BEASTsim，评估不同模拟方法在数据属性分布、生物信号保存和相似性度量方面的性能 | 提出了一个超越简单数据复制的基准框架，强制模拟生成具有生物学意义的变异，并构建了帮助用户选择最合适模拟模型的决策树 | 未明确讨论平台的计算效率或大规模数据集上的扩展性，也未涉及真实组织类型模拟中可能出现的生物学复杂性不足 | 开发一个统一的评估平台，标准化空间转录组模拟方法的比较，促进空间转录组与单细胞RNA测序数据的整合 | 空间转录组模拟方法及单细胞RNA测序与空间转录组数据的整合分析 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 未知 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |