单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-05-15	Decoding the Tumor Microenvironment of Myoepithelial Cells in Triple-Negative Breast Cancer Through Single-Cell and Transcriptomic Sequencing and Establishing a Prognostic Model Based on Key Myoepithelial Cell Genes 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6454413 PMID:40365116	研究论文	本研究通过单细胞和转录组测序解码三阴性乳腺癌中肌上皮细胞的肿瘤微环境，并基于关键肌上皮细胞基因建立预后模型	揭示了肌上皮细胞在三阴性乳腺癌发展中的关键作用，开发了基于CoxBoost的预后模型，并鉴定出TPD52作为潜在治疗靶点	研究样本量未明确说明，且模型验证仅限于20个生存队列	探索肌上皮细胞在三阴性乳腺癌中的作用并开发预后模型	三阴性乳腺癌组织中的肌上皮细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序，转录组测序	CoxBoost	基因表达数据	NA
182	2025-05-15	Shh agonist enhances maturation in homotypic Lgr5-positive inner ear organoids 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107345 PMID:40365278	研究论文	本研究探讨了同源Lgr5阳性祖细胞来源的内耳类器官中立体纤毛成熟的分子和功能机制，并与传统异源培养结果进行了比较	使用Shh激动剂促进毛细胞结构成熟，并通过单细胞RNA测序鉴定了与立体纤毛发育相关的基因表达变化	初始形态学评估显示立体纤毛结构未成熟，且仅在小鼠模型中进行研究	探索内耳毛细胞再生的分子机制和功能成熟	同源Lgr5阳性祖细胞来源的内耳类器官	再生医学	感音神经性听力损失	磁激活细胞分选(MACS)、bulk RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、电子显微镜、FM1-43摄取实验、微电极阵列记录	内耳类器官模型	基因表达数据、电生理数据、图像数据	小鼠耳蜗Lgr5阳性祖细胞
183	2025-05-15	Nuclear damage-induced DNA damage response coupled with IFI16-driven ECM remodeling underlies dilated cardiomyopathy 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.112247 PMID:40365289	研究论文	本研究探讨了DNA损伤反应(DDR)与IFI16在扩张型心肌病(DCM)中的作用及其与细胞外基质(ECM)重塑和心脏功能障碍的联系	揭示了DDR-IFI16-ECM重塑轴在DCM发病机制中的新作用，并验证了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究DDR-IFI16轴在DCM中的作用机制及其治疗潜力	扩张型心肌病(DCM)的发病机制	心血管疾病研究	扩张型心肌病	生物信息学分析、qPCR、ELISA、siRNA敲除	阿霉素诱导的小鼠DCM模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据	人类iPSC-CM模型和DCM心脏组织样本、小鼠模型
184	2025-05-15	Apolipoprotein E promotes primary resistance to AR-targeted therapy via inducing TRIM25-mediated AR ubiquitination and sensitizes immunotherapy in prostate cancer 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.109994 PMID:40365288	研究论文	本文研究了载脂蛋白E（APOE）在前列腺癌（PCa）中对AR靶向治疗的原发耐药性中的作用，并探讨了APOE高表达对免疫治疗敏感性的影响	揭示了APOE通过介导E3连接酶TRIM25与AR的相互作用促进AR的泛素化和降解，从而抑制AR信号通路，导致AR靶向治疗的原发耐药性，同时发现APOE高表达与抗PD-L1治疗的增强反应相关	研究主要基于组织微阵列和临床队列，可能受到样本量和患者异质性的限制	探究APOE在前列腺癌中对AR靶向治疗耐药性的作用及其对免疫治疗敏感性的影响	前列腺癌（PCa）患者及其组织样本	癌症研究	前列腺癌	流式细胞术、免疫沉淀、质谱分析、单细胞RNA测序	NA	临床数据、转录组数据	组织微阵列和临床队列
185	2025-05-15	Genomic Exploration of Nonalcoholic Fatty Liver Disease: Insights From Gene Expression and Variation in Morbidly Obese Individuals 2025, Journal of obesity IF:3.8Q2 DOI:10.1155/jobe/9245699 PMID:40365443	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析，探索了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）在肥胖个体中的基因表达和遗传变异	发现了与代谢、免疫和脂质功能相关的基因及其新致病变异，强调了它们在NAFLD发病机制中的关键作用	研究主要基于肥胖患者的数据，可能不适用于所有NAFLD患者群体	探索NAFLD的致病基因和遗传变异，寻找早期诊断和治疗的潜在靶点	肥胖患者的肝细胞和NAFLD相关基因	生物信息学	非酒精性脂肪肝病	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
186	2025-05-15	Egg-driven immunosuppression and granuloma zonation in Peyer's patches of mice with Schistosoma japonicum infection 2025, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2025.1587166 PMID:40365538	research paper	该研究探讨了日本血吸虫感染小鼠模型中卵驱动的免疫抑制和Peyer斑块中肉芽肿的分区现象	揭示了卵沉积导致Peyer斑块结构破坏和免疫抑制的机制，并通过单细胞RNA测序发现卵沉积驱动B细胞凋亡、T细胞耗竭和髓系细胞纤维化途径的激活	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究日本血吸虫感染中卵与肠道免疫系统的相互作用及其对Peyer斑块功能的影响	日本血吸虫感染的小鼠模型	免疫学	血吸虫病	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	RNA测序数据	NA
187	2025-05-15	Quantitative Analysis of Tomato Flower Pedicel Abscission and Single-Cell Transcriptome Analysis 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4470-6_16 PMID:40366596	研究论文	本文详细描述了番茄花梗离区的定量分析方法及单细胞转录组测序技术	采用单细胞转录组学这一新方法解析番茄花梗离区细胞的特性	NA	提高作物产量和品质	番茄花梗离区	植物生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	不同基因型的番茄花梗样本
188	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing of the holothurian regenerating intestine reveals the pluripotency of the coelomic epithelium 2024-Dec-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.01.601561 PMID:39005414	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究海参再生肠道的细胞组成，揭示了体腔上皮的多能性	首次应用scRNA-seq和HCR-FISH技术解析海参再生芽基的细胞群，发现四种新的前体细胞群	研究仅关注再生芽基的转录组特征，未涉及功能验证实验	探究海参肠道再生过程中芽基细胞的分子特征	海参再生肠道中的细胞群	单细胞组学	NA	scRNA-seq, HCR-FISH	NA	单细胞转录组数据	13个不同的细胞簇
189	2025-05-15	Cancer-specific innate and adaptive immune rewiring drives resistance to PD-1 blockade in classic Hodgkin lymphoma 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54512-7 PMID:39737927	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间分析，揭示了经典霍奇金淋巴瘤(cHL)中PD-1阻断反应的免疫重编程机制	发现了循环和肿瘤浸润的IL1β单核细胞/巨噬细胞群体在cHL患者中的存在，并揭示了其在PD-1阻断抵抗中的作用	研究样本可能有限，未明确提及样本量，且结果主要基于cHL患者，可能不适用于其他癌症类型	探究cHL患者对PD-1阻断反应的免疫机制	经典霍奇金淋巴瘤(cHL)患者和健康捐赠者的免疫细胞	肿瘤免疫学	经典霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序, 空间分析	NA	RNA测序数据, 空间分析数据	NA
190	2025-05-15	Immune checkpoint inhibitor-induced severe epidermal necrolysis mediated by macrophage-derived CXCL10 and abated by TNF blockade 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54180-7 PMID:39737932	研究论文	本文研究了免疫检查点抑制剂（ICI）诱导的严重表皮坏死松解症的发病机制，并探讨了TNF阻断剂在治疗中的作用	发现巨噬细胞来源的CXCL10在ICI诱导的SJS/TEN中起关键作用，并通过TNF阻断剂治疗显著改善患者症状	样本量较小（25名患者），且研究结果需进一步验证	探究ICI诱导的严重皮肤不良反应（SCAR）的发病机制及潜在治疗方法	ICI诱导的Stevens-Johnson综合征/中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）患者	免疫治疗	皮肤不良反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	25名ICI诱导的SJS/TEN患者
191	2025-05-15	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54761-6 PMID:39737976	研究论文	利用空间转录组学和蛋白质组学技术筛选胰腺导管腺癌(PDAC)的分子靶点，并开发针对Claudin-4的肽类分子成像剂	首次结合空间转录组学和蛋白质组学数据筛选PDAC分子靶点，并开发出针对Claudin-4的高特异性分子成像剂	研究仅针对Claudin-4进行了验证，未评估其他潜在靶点的成像效果	开发胰腺导管腺癌的分子成像诊断方法	胰腺导管腺癌(PDAC)组织和转移灶	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学、蛋白质组学、PET成像	NA	转录组数据、蛋白质组数据、PET图像数据	人类手术样本（具体数量未提及）
192	2025-05-15	Monocyte Invasion into the Retina Restricts the Regeneration of Neurons from Müller Glia 2024-Nov-13, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0938-24.2024 PMID:39353729	research paper	研究探讨了单核细胞侵入视网膜如何限制Müller胶质细胞再生神经元的能力	揭示了外周免疫系统反应作为中枢神经系统再生障碍的新机制，并发现Osteopontin信号轴在抑制哺乳动物神经发生中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他哺乳动物模型	探索视网膜神经元再生的障碍因素及潜在治疗策略	Müller胶质细胞和单核细胞	神经科学	视网膜疾病	scRNA-seq分析	CCR2敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明，但使用了两种性别的CCR2敲除小鼠
193	2025-05-15	Identification and Analysis of Biomarkers Associated with Lipophagy and Therapeutic Agents for COVID-19 2024-06-07, Viruses DOI:10.3390/v16060923 PMID:38932215	研究论文	通过生物信息学分析，研究COVID-19中与脂噬相关的生物标志物及治疗药物	首次研究了脂噬相关基因在COVID-19中的功能，并识别出7个可作为生物标志物和药物靶点的脂噬相关基因	研究基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	研究COVID-19中与脂噬相关的生物标志物及治疗药物	COVID-19患者的基因表达数据	生物信息学	COVID-19	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习算法（随机森林、SVM-RFE、GLM、XGBoost）	随机森林, SVM-RFE, GLM, XGBoost	RNA-seq数据	三个GEO数据集（GSE145926、GSE183533、GSE190496）
194	2025-05-15	Identification of a myofibroblast differentiation program during neonatal lung development 2024-May-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202659 PMID:38602479	research paper	该研究通过使用Fgf18CreER谱系追踪小鼠、细胞分选、单细胞RNA测序和原代细胞培养，识别了新生儿肺中多种间充质细胞亚型，包括一种未成熟的前体细胞，该细胞可产生成熟的肺泡肌成纤维细胞（MyoFB）	研究发现了MyoFB的分化程序，这一程序与其他间充质细胞类型不同，并增加了新生儿肺中间充质细胞类型的已知种类	NA	研究新生儿肺发育过程中肌成纤维细胞的分化程序	新生儿肺中的间充质细胞，特别是肺泡肌成纤维细胞（MyoFB）和脂质丰富的细胞	发育生物学	NA	Fgf18CreER lineage trace, cell sorting, single-cell RNA sequencing, primary cell culture	NA	RNA测序数据	NA
195	2025-05-15	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.07.574209 PMID:38249519	研究论文	该研究利用空间转录组学和蛋白质组学技术，筛选胰腺癌表面受体靶点用于分子影像学和治疗诊断	提出了一种基于数据驱动选择分子靶点的新方法，并发现紧密连接蛋白claudin-4作为治疗诊断靶点	研究仅针对胰腺癌，未验证在其他癌症类型中的适用性	开发胰腺癌分子影像学和治疗诊断的新方法	胰腺癌表面受体靶点	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学, 蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质数据	未明确说明样本数量
196	2025-05-15	A protocol to analyze single-cell RNA-seq data from Mycobacterium tuberculosis-infected mice lung 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102544 PMID:37659083	研究论文	本文提出了一种分析来自结核分枝杆菌感染小鼠肺部的单细胞RNA测序数据的协议	提供了一套详细的步骤，用于下载处理后的scRNA-seq数据、整合不同条件下的样本、进行聚类分析，并识别淋巴样细胞亚型、差异分析和通路富集分析	NA	开发一种协议，用于深入评估健康和结核分枝杆菌感染小鼠肺部淋巴细胞群体	健康和结核分枝杆菌感染小鼠的肺部淋巴细胞	生物信息学	结核病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	健康和结核分枝杆菌感染小鼠的肺部细胞
197	2025-05-15	Enrichment of carcinogen-driven "mitochondria-primed" human skin stem cells and their identification using single-cell analyses 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102545 PMID:37690024	研究论文	本文描述了一种富集和鉴定线粒体启动的干细胞（mpSCs）的方案，用于其表征和应用	提出了一种使用环境致癌物2,3,7,8-四氯二苯并二噁英在皮肤角质形成细胞谱系中富集mpSCs，并通过单细胞转录组学和单细胞显微镜分析相关干细胞标记物表达来鉴定mpSCs的方法	NA	开发一种富集和鉴定线粒体启动的干细胞的方案	人类皮肤干细胞	细胞生物学	NA	单细胞转录组学, 单细胞显微镜分析	NA	单细胞数据	NA
198	2025-05-15	Protocol for identifying immune checkpoint on circulating tumor cells of human pancreatic ductal adenocarcinoma by single-cell RNA sequencing 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102539 PMID:37659082	研究论文	本文提出了一种通过单细胞RNA测序识别人类胰腺导管腺癌循环肿瘤细胞上免疫检查点的协议	开发了一种从胰腺导管腺癌肝转移患者中分离循环肿瘤细胞并进行单细胞RNA测序以识别免疫检查点的协议	协议的具体执行细节需要参考Liu等人（2023）的完整说明	建立有效的免疫疗法以预防肿瘤转移	人类胰腺导管腺癌的循环肿瘤细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	胰腺导管腺癌肝转移患者的循环肿瘤细胞
199	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing and analysis of rodent blood stage Plasmodium 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102491 PMID:37581982	研究论文	本文提供了一种使用单细胞RNA测序技术分析啮齿动物血液阶段疟原虫基因表达调控的协议	采用单细胞RNA测序技术，克服了传统批量RNA测序无法区分疟原虫发育阶段特异性基因调控的局限性	仅针对啮齿动物疟原虫（Plasmodium chabaudi chabaudi AS）进行研究，未涉及人类疟原虫	开发一种能够表征疟疾血液阶段发育特异性基因表达调控的方法	感染疟原虫的红细胞（iRBCs）	基因组学	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞分选（FACS）	NA	RNA测序数据	感染疟原虫的小鼠红细胞
200	2025-05-15	Isolation of Thymus Stromal Cells from Human and Murine Tissue 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2679-5_13 PMID:36255703	研究论文	详细介绍从人类和小鼠组织中分离胸腺基质细胞的方法	提供了针对基质细胞分离优化的组织解离方案，适用于高通量单细胞分析技术	未提及该方法在临床应用中的具体效果或限制	研究胸腺基质细胞的分离方法以支持T细胞分化的研究	人类和小鼠的胸腺基质细胞	细胞生物学	NA	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞数据	未明确提及样本数量