单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-05-22	IGFBP7: A novel biomarker involved in a positive feedback loop with TGF-β1 in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-May-15, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111867 PMID:40381971	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，发现IGFBP7作为特发性肺纤维化(IPF)的新型生物标志物，并与TGF-β1形成正反馈循环	首次鉴定IGFBP7作为IPF的新型生物标志物，并揭示其与TGF-β1的正反馈循环机制	研究主要基于公共数据集和体外模型，需要进一步临床验证	寻找IPF的诊断和治疗新靶点	特发性肺纤维化(IPF)患者样本和细胞模型	生物医学研究	肺纤维化	scRNA-seq, 批量RNA测序, 双免疫荧光染色	NA	RNA测序数据	公共数据集中的IPF样本和体外细胞模型
182	2025-05-22	Phenotypic heterogeneity and plasticity in colorectal cancer metastasis 2025-May-15, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100881 PMID:40393458	研究论文	本研究探讨了结直肠癌（CRC）中表型异质性和可塑性在肿瘤进展、转移和治疗抵抗中的关键作用	揭示了具有再生和炎症表型的癌细胞状态，这些状态与小鼠模型中的转移起始细胞极为相似，并识别了一个具有混合再生和干细胞表型的中间群体	调控因素和驱动表型异质性的外在信号仍不明确	揭示结直肠癌转移中的表型异质性和可塑性的调控机制	结直肠癌（CRC）患者	癌症研究	结直肠癌	单细胞多组学和空间转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据	原发性和转移性CRC患者样本
183	2025-05-22	Single-cell elderly blood-CSF atlas implicates peripherally influenced immune dysregulation in normal pressure hydrocephalus 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412159122 PMID:40324076	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了特发性正常压力脑积水（iNPH）患者外周血和脑室脑脊液的细胞图谱，揭示了与认知功能下降相关的免疫失调现象	首次构建了iNPH患者的单细胞转录组图谱，发现外周血和脑脊液单核细胞的促炎性改变与认知功能下降相关，并识别了可能代表脑室周围神经胶质细胞脱落的脑脊液细胞群	样本量相对有限（140,207个单细胞转录组），且仅针对iNPH患者进行研究	探究特发性正常压力脑积水患者外周血和脑脊液的免疫特征及其与认知功能的关系	特发性正常压力脑积水（iNPH）患者的外周血和脑室脑脊液样本	数字病理学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	140,207个单细胞转录组
184	2025-05-22	Hdac1 as an early determinant of intermediate-exhausted CD8+ T cell fate in chronic viral infection 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502256122 PMID:40333757	research paper	该研究揭示了组蛋白去乙酰化酶1（Hdac1）在慢性病毒感染中作为中间耗竭CD8+ T细胞命运早期决定因子的作用	首次发现Hdac1对T-int细胞亚群分化的特异性调控作用，并阐明其通过表观遗传机制同时促进T-int细胞命运和抑制耗竭程序过度激活的双重功能	研究主要基于小鼠慢性病毒感染模型，在人类疾病中的普适性需要进一步验证	探究慢性病毒感染中CD8+ T细胞不同耗竭亚群分化的表观遗传调控机制	抗原特异性CD8+ T细胞亚群（Tcf1干细胞样细胞、T-int中间耗竭细胞和终末耗竭细胞）	免疫学	慢性病毒感染	单细胞转录组测序、染色质可及性分析	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA（未明确说明具体样本数量）
185	2025-05-22	Interferon-induced activation of dendritic cells and monocytes by yellow fever vaccination correlates with early antibody responses 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2422236122 PMID:40333758	研究论文	研究黄热病疫苗接种后树突状细胞和单核细胞的干扰素诱导激活与早期抗体反应的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了黄热病疫苗接种后树突状细胞和单核细胞亚群的激活状态及其与早期IgM抗体反应的相关性	研究仅关注了疫苗接种后的早期免疫反应，未评估长期免疫保护机制	阐明黄热病疫苗接种后早期先天免疫事件与快速产生保护性免疫的关系	人类血液中的树突状细胞和单核细胞亚群	免疫学	黄热病	转录组分析、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	大量疫苗接种者的血液样本
186	2025-05-22	Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421421122 PMID:40339128	研究论文	研究探讨了昼夜节律钟调控的细胞周期进程如何影响小鼠舌上皮中味觉敏感性的时间依赖性变化	揭示了昼夜节律通过调控干细胞增殖和细胞死亡来影响味觉细胞群体动态变化的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索昼夜节律如何通过细胞更新调控味觉敏感性的时间依赖性变化	小鼠舌上皮细胞和味蕾类器官(TBOs)	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠舌上皮细胞和味蕾类器官
187	2025-05-22	Targeting mesenchymal monocyte-derived macrophages to enhance the sensitivity of glioblastoma to temozolomide by inhibiting TNF/CELSR2/p65/Kla-HDAC1/EPAS1 axis 2025-May-13, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.032 PMID:40373963	研究论文	本研究通过识别一种新型的单核细胞衍生巨噬细胞亚型MES-MDM，揭示了其在促进胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药性中的作用机制，并提出了针对MES-MDM的治疗策略	首次识别了MES-MDM这一新型MDM亚型，并阐明了其通过TNF-CELSR2/p65/Kla-HDAC1/EPAS1轴促进胶质母细胞瘤对TMZ耐药性的机制	研究结果需要在更大规模的临床试验中进一步验证	探索胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药性的机制并开发新的治疗策略	胶质母细胞瘤(GBM)及其微环境中的单核细胞衍生巨噬细胞(MDM)	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、患者来源的GBM类器官模型、颅内原位GBM模型	NA	基因表达数据、空间转录组数据	NA
188	2025-05-22	Immune-endothelial cell crosstalk in hepatic endothelial injury of liver fibrotic mice 2025-May-13, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177730 PMID:40374060	研究论文	本研究探讨了肝纤维化中肝内皮细胞损伤的机制及细胞间通讯的潜在调控途径	揭示了肝内皮细胞与免疫细胞间的通讯机制，特别是通过Ptprc-Mrc1和Sell-Podxl信号通路维持细胞间相互作用	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	探索肝纤维化中肝内皮细胞损伤的机制及细胞间通讯的调控途径	C57BL/6雄性小鼠的肝内皮细胞和免疫细胞	肝脏病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、扫描电子显微镜（SEM）、PCR技术	NA	基因表达数据、图像数据	24,534个细胞
189	2025-05-22	Spatial multi-omics reveals the potential involvement of SPP1+ fibroblasts in determining metabolic heterogeneity and promoting metastatic growth of colorectal cancer liver metastasis 2025-May-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.004 PMID:40340245	研究论文	本研究探讨了结直肠癌肝转移（CRLM）中关键微观区域的作用，重点关注癌症相关成纤维细胞（CAFs）在促进肿瘤进展中的关键作用，并利用多组学技术为其诊断和治疗提供分子和代谢水平的见解	发现了SPP1+成纤维细胞在CRLM中的代谢异质性和促进转移性生长中的潜在作用，并通过空间多组学技术揭示了其与肿瘤细胞的相互作用	样本量较小（仅2名未治疗CRLM患者的12个新鲜手术样本），可能限制结果的普遍性	研究CRLM中关键微观区域的作用，特别是CAFs在肿瘤进展中的作用，为诊断和治疗提供分子和代谢水平的见解	结直肠癌肝转移（CRLM）患者的手术样本和冷冻组织样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学（ST）、空间代谢组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、RT-qPCR、非靶向代谢组学	NA	空间转录组数据、代谢组数据、单细胞RNA测序数据	12个新鲜手术样本（来自2名患者），92个冷冻组织样本（来自40名患者）
190	2025-05-22	Spatial proteomic landscape of primary and relapsed hepatocellular carcinoma reveals immune escape characteristics in early relapse 2025-May-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000979 PMID:38900411	research paper	该研究通过空间蛋白质组学技术揭示了原发性与复发性肝细胞癌的免疫逃逸特征	发现了与早期术后复发相关的树突状细胞新亚群(PDL1 + CD103 + DCs)，并揭示了其通过多种配体-受体途径增强免疫抑制和免疫逃逸的机制	样本量相对有限(46例患者)，且研究结果需要更大规模的队列验证	探究肝细胞癌术后复发的空间分子结构变化	46例接受手术切除治疗的原发性和复发性肝细胞癌患者的92个手术标本	digital pathology	liver cancer	imaging mass cytometry, single-cell RNA sequencing	NA	spatial proteomic data, single-cell RNA sequencing data	46例患者的92个手术标本中的358,729个单细胞
191	2025-05-22	Revealing VCAN as a Potential Common Diagnostic Biomarker of Renal Tubules and Glomerulus in Diabetic Kidney Disease Based on Machine Learning, Single-Cell Transcriptome Analysis and Mendelian Randomization 2025-May, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1 DOI:10.4093/dmj.2024.0233 PMID:39849979	research paper	该研究通过机器学习、单细胞转录组分析和孟德尔随机化方法，揭示了VCAN作为糖尿病肾病肾小管和肾小球共同诊断生物标志物的潜力	首次将VCAN鉴定为糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断标志物，并验证其与免疫基因上调和免疫细胞浸润的关联	未明确说明样本量大小及具体机器学习模型类型	寻找糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断生物标志物	糖尿病肾病患者的肾小球壁上皮细胞和近曲小管细胞	machine learning	diabetic kidney disease	single-cell transcriptome analysis, Mendelian randomization	NA	gene expression data	NA
192	2025-05-22	Distinct transcriptional changes in hematopoietic progenitor subsets on LPS-induced emergency granulopoiesis 2025-Apr-30, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104792 PMID:40316244	研究论文	研究探讨了在LPS诱导的紧急粒细胞生成过程中，不同多能祖细胞（MPPs）的转录变化及其对粒细胞生成的贡献	揭示了LPS暴露如何影响淋巴偏向的MPP4的移植能力，并通过单细胞RNA测序发现非谱系定向的MPPs向髓系和红系祖细胞的转录重编程	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探究LPS诱导的紧急粒细胞生成过程中MPPs的作用及其转录变化	野生型小鼠中的多能祖细胞（MPPs）	免疫学	感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	野生型小鼠的MPPs样本
193	2025-05-22	Correlative analysis of metallomic gene expression and metal ion content within the mouse hippocampus 2025-Mar-28, Metallomics : integrated biometal science IF:2.9Q3 DOI:10.1093/mtomcs/mfaf009 PMID:40175292	研究论文	本研究通过多模态模板结合X射线荧光显微镜和空间转录组学，揭示了小鼠海马区金属离子含量与金属组基因表达的相关性	首次将元素映射与空间转录组学结合，揭示了海马区金属离子富集与特定转录本区域富集的分子基础	研究仅局限于小鼠海马区，未涉及其他脑区或物种	探究大脑金属稳态的分子机制及其对神经功能的影响	小鼠海马区及其亚区域的金属离子含量和基因表达	神经科学	NA	X射线荧光显微镜, 空间转录组学	NA	元素映射数据, 基因表达数据	小鼠海马区样本
194	2025-05-22	CellPie: a scalable spatial transcriptomics factor discovery method via joint non-negative matrix factorization 2025-Mar-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf251 PMID:40167331	研究论文	介绍了一种名为CellPie的快速、无监督因子发现方法，用于联合非负矩阵分解空间RNA转录本和组织学图像特征	采用加速分层最小二乘法显著减少计算时间，适用于高维空间转录组数据集	NA	开发一种可扩展的空间转录组学因子发现方法	人类癌症组织的空间转录组数据	数字病理学	癌症	空间转录组学	非负矩阵分解(NMF)	空间RNA转录本和组织学图像	三种不同空间分辨率的人类癌症类型数据集，包括一个高分辨率的Visium HD数据集
195	2025-05-22	An analysis of single-cell data reveals therapeutic effects of AMG487 in experimental autoimmune uveitis 2025-02, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2024.116671 PMID:39615601	研究论文	通过单细胞数据分析揭示了AMG487在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的治疗效果	首次使用单细胞测序技术分析AMG487对免疫细胞的影响，揭示了其在调节免疫细胞比例和功能方面的作用机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究AMG487在自身免疫性葡萄膜炎中的治疗效果及其作用机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠和Vogt-Koyanagi-Harada患者的免疫细胞	数字病理学	葡萄膜炎	单细胞转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)和RNA测序(RNA-seq)	NA	单细胞测序数据	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠和Vogt-Koyanagi-Harada患者的样本
196	2025-05-22	Spatial transcriptomic clocks reveal cell proximity effects in brain ageing 2025-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08334-8 PMID:39695234	研究论文	本研究通过空间转录组学技术构建了大脑衰老的空间时钟模型，揭示了T细胞和神经干细胞对邻近细胞的促衰老和促再生效应	首次开发了空间衰老时钟模型，系统研究了衰老组织中细胞间相互作用的分子机制	研究仅基于小鼠模型，人类组织的验证仍需进一步研究	探究衰老过程中细胞间相互作用对组织功能衰退的影响机制	成年小鼠大脑中的420万个细胞	空间转录组学	神经退行性疾病	空间转录组测序	机器学习模型（空间衰老时钟）、深度学习	单细胞转录组数据	20个不同年龄段的420万个细胞
197	2025-05-22	CMAP prediction and experimental validation of Forskolin as a podocyte protective and anti-proteinuric drug for nephrotoxic serum-treated mice 2025-02, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2024.116727 PMID:39716644	研究论文	该研究通过结合肾脏单细胞RNA-seq数据库和CMAP数据库预测并验证了Forskolin作为一种保护足细胞和抗蛋白尿的药物在肾毒性血清治疗小鼠中的效果	首次结合单细胞RNA-seq和CMAP数据库预测针对特定足细胞损伤的药物，并验证了Forskolin的保护作用	研究仅在小鼠模型和体外培养的足细胞中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索针对特定足细胞损伤的精准药物治疗策略	肾毒性血清(NTS)处理的小鼠和体外培养的足细胞	生物医学研究	肾脏疾病	单细胞RNA-seq, CMAP分析, GO和KEGG富集分析	小鼠疾病模型	基因表达数据	NTS处理的小鼠和对照组小鼠的肾小球单细胞RNA-seq数据
198	2025-05-22	Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics 2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029 PMID:39919554	研究论文	利用单细胞转录组学技术解析小鼠肝脏中药物代谢酶、转运体和转录因子的细胞类型特异性及区域分布	首次系统性地描述了肝脏不同细胞类型和区域中药物处理基因的基线mRNA富集情况	研究仅基于已发表的单细胞和核转录组数据集，未进行实验验证	解析肝脏中药物处理基因的分布特征	小鼠肝脏细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	已发表的单细胞和核转录组数据集
199	2025-05-22	Mapping Human Uterine Disorders Through Single-Cell Transcriptomics 2025-01-21, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030156 PMID:39936948	research paper	该研究通过单细胞转录组学技术探索人类子宫疾病的细胞异质性和分子机制	利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示了子宫疾病中的关键细胞类型、信号通路和阶段特异性动态	面临可扩展性和可重复性等挑战	研究子宫疾病的细胞和分子基础，以发现生物标志物和治疗靶点	子宫内膜异位症、腺肌症、子宫内膜癌和子宫肌瘤等子宫疾病	digital pathology	gynecological disease	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA-seq data	NA
200	2025-05-22	Liver X receptor unlinks intestinal regeneration and tumorigenesis 2025-Jan, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08247-6 PMID:39567700	研究论文	本研究通过RNA测序数据集挖掘和多种实验方法，发现肝脏X受体（LXR）通路激活作为组织对损伤的适应性反应，能够相互调节肠道再生和肿瘤发生	首次揭示了LXR通路在肠道损伤修复和肿瘤发生中的双重调节作用，并发现CYP27A1酶在这一过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索肠道再生与肿瘤发生之间的分子调控机制	肠道上皮细胞和结直肠癌	分子生物学	结直肠癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序、肠道类器官培养、功能获得和缺失实验	NA	基因表达数据	两种肠道损伤模型和人类结直肠癌标本