单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-06-18	Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements 2024-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.28.534017 PMID:37034704	研究论文	本文提出了一种结合多重扰动和单细胞RNA测序的实验框架，用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件及其调控的基因	开发了一种结合多重扰动和单细胞RNA测序的新方法，用于大规模筛选细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件	未明确提及方法的适用范围或潜在的实验限制	开发一种方法用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件及其调控的基因	K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元	基因治疗	自闭症谱系障碍(ASD)和神经发育障碍(NDD)	CRISPRa, 单细胞RNA测序(sc-RNA-seq)	NA	基因表达数据	493个gRNAs靶向的候选调控元件
182	2025-06-18	Glutamine antagonist DRP-104 suppresses tumor growth and enhances response to checkpoint blockade in KEAP1 mutant lung cancer 2024-03-29, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9859 PMID:38536921	研究论文	研究谷氨酰胺拮抗剂DRP-104在KEAP1突变肺癌中抑制肿瘤生长并增强检查点阻断反应的效果	首次展示了DRP-104通过抑制谷氨酰胺依赖的核苷酸合成和促进抗肿瘤T细胞反应来抑制KEAP1突变肿瘤的生长，并增强抗PD1治疗的响应	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	开发针对KEAP1突变肺癌的靶向治疗方法	KEAP1突变的肺癌肿瘤	肿瘤学	肺癌	多模态单细胞测序和体外功能实验	NA	NA	临床前患者来源的异种移植模型和抗原性原位肺癌模型
183	2025-06-18	Spatially resolved single-cell atlas of ascidian endostyle provides insight into the origin of vertebrate pharyngeal organs 2024-03-29, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adi9035 PMID:38552007	research paper	通过Stereo-seq和单细胞RNA测序技术，构建了海鞘内柱的空间分辨单细胞图谱，揭示了脊椎动物咽部器官的进化起源	发现了与脊椎动物听觉侧线系统毛细胞转录组相似的细胞群，重塑了对基础脊索动物咽部的理解	NA	探索脊椎动物咽部器官的进化起源	海鞘内柱	单细胞测序	NA	Stereo-seq, 单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
184	2025-06-18	Multiple parallel cell lineages in the developing mammalian cerebral cortex 2024-03-29, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn9998 PMID:38536915	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和条形码谱系追踪技术，揭示了哺乳动物大脑皮层发育中多个平行细胞谱系的存在	发现了多个顶端放射状胶质细胞(RGC)类别启动平行谱系，最终汇聚到共同的新生神经元类别，这一现象在具有折叠皮层的物种(如雪貂和人类)中保守，但在小鼠中不保守	研究主要关注雪貂和人类，未全面涵盖其他哺乳动物物种	探究具有扩展生发区和折叠皮层物种(如人类)的大脑皮层神经发生机制	雪貂和人类大脑皮层生发区的祖细胞及其谱系	发育神经生物学	大脑皮层畸形	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 条形码谱系追踪	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个雪貂和人类皮层生发区样本
185	2025-06-18	Temporal Single-Cell Sequencing Analysis Reveals That GPNMB-Expressing Macrophages Potentiate Muscle Regeneration 2024-Mar-28, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4108866/v1 PMID:38585871	研究论文	通过时间单细胞测序分析揭示表达GPNMB的巨噬细胞增强肌肉再生	发现了一种表达GPNMB的独特巨噬细胞亚群，该亚群在巨噬细胞介导的肌肉再生中起关键作用	NA	研究巨噬细胞在骨骼肌修复中的作用及其表型多样性	骨骼肌中的巨噬细胞	生物医学	肌肉损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	不同时间点的骨骼肌单细胞
186	2025-06-18	Gastrulation-stage gene expression in Nipbl+/- mouse embryos foreshadows the development of syndromic birth defects 2024-03-22, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl4239 PMID:38507484	research paper	研究Nipbl+/-小鼠胚胎在原肠胚阶段的基因表达变化，以预测综合征性出生缺陷的发生	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了Nipbl+/-小鼠胚胎在原肠胚和早期心脏新月阶段的基因表达异常及其与Cornelia de Lange综合征的关联	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探讨Nipbl基因缺陷如何通过基因表达失调和细胞谱系分配异常导致出生缺陷	Nipbl+/-和野生型小鼠胚胎	发育生物学	Cornelia de Lange综合征	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型和Nipbl+/-小鼠胚胎
187	2025-06-18	Kidins220 and Aiolos promote thymic iNKT cell development by reducing TCR signals 2024-03-15, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj2802 PMID:38489359	研究论文	本文研究了Kidins220和Aiolos在胸腺iNKT细胞发育过程中通过减少TCR信号的作用	首次揭示了Kidins220通过调节TCR信号在iNKT细胞发育不同阶段的双重作用，并确定了Aiolos作为Kidins220下游效应分子的角色	研究主要基于小鼠模型，人类iNKT细胞中的类似机制尚未验证	阐明Kidins220在iNKT细胞发育过程中的调控机制	胸腺iNKT细胞	免疫学	NA	scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	T细胞特异性Kidins220敲除小鼠和Aiolos敲除小鼠
188	2025-06-18	Single-cell nanobiopsy enables multigenerational longitudinal transcriptomics of cancer cells 2024-03-08, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl0515 PMID:38446884	研究论文	介绍了一种能够从单个细胞及其后代中进行多代纵向细胞质采样的纳米活检平台	开发了一种基于扫描离子电导显微镜（SICM）的纳米活检平台，实现了对单个细胞及其后代的多代纵向转录组分析	目前仅在体外对胶质母细胞瘤细胞进行了72小时的实验，尚未在更广泛的细胞类型或更长时间内验证	研究细胞状态转换的动态轨迹，特别是癌症细胞在化疗和放疗后的转录组变化	胶质母细胞瘤（GBM）脑肿瘤细胞	单细胞测序技术	胶质母细胞瘤	扫描离子电导显微镜（SICM），单细胞RNA测序	NA	转录组数据	体外培养的胶质母细胞瘤细胞，实验持续72小时
189	2025-06-18	ACC1-mediated fatty acid biosynthesis intrinsically controls thymic iNKT cell development 2024-02-21, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxad049 PMID:38041796	研究论文	本研究探讨了乙酰辅酶A羧化酶1（ACC1）在胸腺不变自然杀伤T细胞（iNKT细胞）发育中的关键作用	揭示了ACC1通过调控细胞存活来控制胸腺iNKT细胞发育的新机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类iNKT细胞的发育	探究代谢通路在iNKT细胞发育中的作用	胸腺iNKT细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	T细胞特异性ACC1缺失的小鼠模型
190	2025-06-18	Techniques for Rapidly Sampling Six Crucial Organs in Adult Xenopus 2024-02-16, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66489 PMID:38436453	研究论文	本文提供了一种快速采样成年非洲爪蟾六个关键器官的技术方案	更新了成年非洲爪蟾器官识别和取样的标准，以适应定量蛋白质组学和单细胞转录组学等现代方法的需求	仅针对六种特定器官，未涵盖所有可能的器官或组织	建立成年非洲爪蟾器官识别和取样的标准化方法，以促进多实验室对成年器官系统的研究	成年非洲爪蟾的心脏心室、肝脏、脂肪体、胰腺、成对肾脏和皮肤	生物医学研究	NA	定量蛋白质组学、单细胞/核转录组学、原位杂交、免疫组织化学、组织学	NA	组织样本	NA
191	2025-06-18	Identification of immune-related gene signatures for chronic obstructive pulmonary disease with metabolic syndrome: evidence from integrated bulk and single-cell RNA sequencing data 2024-01-29, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxad043 PMID:37878760	research paper	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别慢性阻塞性肺疾病（COPD）与代谢综合征（MetS）共有的免疫相关基因标记	首次结合WGCNA和机器学习方法筛选并验证了13个COPD与MetS共有的枢纽基因，并通过单细胞RNA测序分析揭示了肺泡巨噬细胞中ROS的积累	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源和数量未明确说明	探索COPD与MetS共有的免疫相关生物标志物及其潜在机制	慢性阻塞性肺疾病（COPD）与代谢综合征（MetS）患者	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病, 代谢综合征	bulk RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, 机器学习	机器学习（具体模型未说明）	RNA测序数据	NA
192	2025-06-18	Utilization of donor CLL-1 CAR-T cells for the treatment of relapsed of acute myeloid leukemia following allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1491341 PMID:39896798	research paper	评估供体来源的CLL-1 CAR-T细胞在治疗异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病(AML)中的疗效和安全性	首次使用供体来源的CLL-1 CAR-T细胞治疗异基因HSCT后复发的AML患者，并探索了CD4+和CD8+ CAR-T细胞比例对副作用的影响	样本量较小(仅12例患者完成治疗)，且缺乏长期随访数据	评估供体CLL-1 CAR-T细胞治疗移植后复发AML的安全性和有效性	14例异基因HSCT后复发的AML患者(最终12例完成治疗)	细胞治疗	急性髓系白血病	CAR-T细胞治疗，scRNA-seq	NA	临床数据，单细胞转录组数据	12例完成治疗的AML患者
193	2025-06-18	Advances in epigenetic studies of plant cadmium stress 2024, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2024.1489155 PMID:40520647	综述	本文综述了植物对镉胁迫的表观遗传响应及其机制，旨在为分析主要作物重金属胁迫的表观遗传机制提供理论见解	结合基因组学、单细胞测序、stereo-seq等先进技术与表观基因组学、植物遗传学和分子生物学技术，全面深入研究植物在镉暴露后的表观遗传变化	NA	分析植物对镉胁迫的表观遗传机制，为可持续农业和重金属污染土壤的生物修复提供理论支持	植物对镉胁迫的表观遗传响应	植物生物学	NA	基因组学、单细胞测序、stereo-seq、表观基因组学、植物遗传学和分子生物学技术	NA	NA	NA
194	2025-06-18	Glutamine antagonist DRP-104 suppresses tumor growth and enhances response to checkpoint blockade in KEAP1 mutant lung cancer 2023-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.27.546750 PMID:37425844	research paper	研究新型谷氨酰胺拮抗剂DRP-104在KEAP1突变肺癌中抑制肿瘤生长并增强检查点阻断反应的效果	首次证明DRP-104通过抑制谷氨酰胺依赖性核苷酸合成和增强抗肿瘤T细胞反应来抑制KEAP1突变肿瘤生长，并与抗PD1疗法联合使用	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	开发针对KEAP1突变肺癌的靶向治疗方法	KEAP1突变肺癌	肿瘤学	肺癌	多模态单细胞测序和功能实验	NA	NA	患者来源的异种移植模型和抗原性原位肺癌模型
195	2025-06-17	Astrocytic AEG-1 drives neuroinflammation and enhances seizure susceptibility 2025-Aug, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106957 PMID:40383165	研究论文	本研究探讨了星形胶质细胞中AEG-1基因在神经炎症和癫痫易感性中的作用	首次揭示了AEG-1通过NF-κB信号通路介导神经炎症和癫痫易感性的机制	研究主要基于小鼠模型和体外培养的星形胶质细胞，人类临床相关性尚待验证	探究AEG-1在神经炎症和癫痫发病机制中的作用	小鼠模型和体外培养的星形胶质细胞	神经科学	癫痫	单细胞RNA测序	小鼠炎症模型	基因表达数据	NA
196	2025-06-17	Multi-omics characterization of oncosis in spinal cord injury 2025-Aug, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106982 PMID:40467009	研究论文	本研究通过多组学方法描述了脊髓损伤后细胞肿胀性坏死的特征	首次绘制了脊髓损伤后肿胀性坏死相关基因的时空表达图谱	研究主要基于动物模型，人类样本验证不足	阐明肿胀性坏死在脊髓损伤中的作用机制	脊髓损伤后的细胞死亡过程	生物医学研究	脊髓损伤	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qRT-PCR, 免疫荧光, TEM	NA	基因表达数据, 图像数据	大鼠脊髓损伤模型和LPS处理的PC12细胞系
197	2025-06-17	FCGR2A contributes to M2 macrophages polarization in HCC through IL-4/JAK/STAT6 axis 2025-Aug, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102429 PMID:40482466	研究论文	本文研究了FCGR2A在肝细胞癌（HCC）中通过IL-4/JAK/STAT6轴促进M2巨噬细胞极化的机制	揭示了FCGR2A通过IL-4/JAK/STAT6轴促进M2巨噬细胞极化的新机制，为HCC治疗提供了新的靶点	研究主要集中在体外和动物模型，临床样本验证有待进一步研究	探究FCGR2A在HCC肿瘤微环境中对巨噬细胞极化的调控机制	肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
198	2025-06-17	Single-cell sequencing and machine learning reveal the role of dioxin-interacting genes in HCC prognosis and immune microenvironment 2025-Jul-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118484 PMID:40483782	研究论文	通过单细胞测序和机器学习揭示了二恶英相互作用基因在肝细胞癌预后和免疫微环境中的作用	结合单细胞和批量转录组分析及机器学习，识别了与免疫逃逸、代谢重编程和细胞周期调控相关的二恶英相互作用差异表达基因（DI-DEGs），并构建了预后模型	分子机制仍需进一步研究，实验验证仅限于体外	探究二恶英在肝细胞癌（HCC）发展中的分子机制及其对预后和免疫微环境的影响	肝细胞癌（HCC）患者和二恶英相互作用基因	数字病理学	肝癌	单细胞测序、批量转录组分析、机器学习、分子对接	机器学习模型	转录组数据	未明确提及具体样本数量
199	2025-06-17	Plaque erosion risk and JAK2 V617F variant 2025-Jun-16, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf114 PMID:40053703	research paper	该研究探讨了JAK2 V617F变异与心肌梗塞（MI）两种机制——斑块侵蚀和斑块破裂之间的具体关联	首次明确了JAK2 V617F变异与斑块侵蚀风险之间的显著关联，并通过单细胞RNA测序揭示了中性粒细胞激活的潜在机制	研究样本主要来自单一中心，可能限制结果的普遍性	探究JAK2 V617F变异与心肌梗塞不同机制之间的关联	728例斑块侵蚀患者、919例斑块破裂患者和804例对照个体	心血管疾病研究	心血管疾病	数字滴PCR、单细胞RNA测序	逻辑回归分析	基因测序数据、临床数据	728例侵蚀病例、919例破裂病例和804例对照
200	2025-06-17	An Efficient Organoid Cutting Method for Long-Term Culture and High-Throughput Analyses 2025-Jun-16, Tissue engineering and regenerative medicine IF:4.4Q2 DOI:10.1007/s13770-025-00731-y PMID:40522442	research paper	该研究介绍了一种高效的类器官切割方法，用于增强长期培养并实现高通量分析	采用3D打印技术制造切割夹具，提高了切割效率和一致性，同时设计了模具方法用于创建密集排列的类器官阵列和冷冻切片	未提及具体样本量或实验重复次数，可能影响结果的普遍性	解决类器官长期培养中的缺氧和营养限制问题，提高培养效率和样本制备一致性	人多能干细胞（hPSC）衍生的类器官	生物医学工程	NA	3D打印技术，类器官培养技术	NA	生物样本	NA