单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28749 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2025-06-13 |
Identification of Synovial Lymphatics in the TMJ and their Roles in Arthritis and Pain
2025-May-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6683299/v1
PMID:40502768
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research paper | 该研究首次识别了颞下颌关节（TMJ）中的滑膜淋巴系统，并探讨了其在关节炎和疼痛中的作用 | 首次发现TMJ中的滑膜淋巴系统，并揭示淋巴功能障碍如何驱动TMJ关节炎和疼痛 | 研究主要基于小鼠模型和人类组织，临床应用的直接证据尚需进一步研究 | 探讨TMJ关节炎中淋巴系统的调控和功能 | 颞下颌关节（TMJ）的淋巴系统 | 生物医学研究 | 关节炎 | 遗传报告小鼠、组织透明化、3D体积成像、功能遗传学、scRNA-seq | 小鼠模型 | 组织样本、基因表达数据 | 遗传报告小鼠和人类组织样本 |
| 182 | 2025-06-13 |
Quantitative molecular cartography of emergency myelopoiesis reveals conserved modules of hematopoietic activation
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656712
PMID:40501607
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，开发了一种通用的细胞注释方法和造血分化定量模型，揭示了不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的分子机制 | 开发了HemaScribe细胞注释方法和HemaScape造血分化定量模型，发现了多种在不同造血干细胞层级上增强骨髓生成的策略，并识别了一个跨多种炎症挑战的髓系前体细胞模块 | NA | 阐明不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的共享或独特分子机制 | 造血干细胞和前体细胞(HSPCs) | 生物医学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | HemaScribe, HemaScape | 基因表达数据 | NA |
| 183 | 2025-06-13 |
sciLaMA: A Single-Cell Representation Learning Framework to Leverage Prior Knowledge from Large Language Models
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.28.635153
PMID:40501921
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研究论文 | 本文介绍了一种名为sciLaMA的新型表示学习框架，旨在通过整合多模态大型语言模型的静态基因嵌入与单细胞RNA测序数据，提升单细胞数据分析的效果 | 提出了一种结合大型语言模型基因嵌入与单细胞RNA测序数据的表示学习框架，解决了现有方法在整合外部生物知识方面的不足 | 未明确提及具体局限性，但暗示了计算成本和表格基因表达数据适用性可能是潜在挑战 | 开发一个计算高效、统一的框架，用于全面的单细胞数据分析和生物学可解释的基因模块发现 | 单细胞RNA测序数据和基因表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 变分自编码器(VAE)与大型语言模型(LLM)结合 | 基因表达数据 | NA |
| 184 | 2025-06-13 |
MIC-Drop-seq: Scalable single-cell phenotyping of mutant vertebrate embryos
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656468
PMID:40502104
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research paper | 介绍了一种名为MIC-Drop-seq的新技术，用于在斑马鱼胚胎中进行大规模单细胞表型分析 | 结合了高通量基因干扰和多重单细胞RNA测序技术，实现了在脊椎动物发育中大规模基因功能图谱的绘制 | 技术主要应用于斑马鱼胚胎，可能在其他模型生物中的应用需要进一步验证 | 开发一种可扩展的平台，用于在脊椎动物发育中以细胞分辨率绘制基因功能 | 斑马鱼胚胎 | 基因组学 | NA | Multiplexed Intermixed CRISPR Droplets, scRNAseq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1,000个斑马鱼胚胎，靶向50个转录调节因子 |
| 185 | 2025-06-13 |
Spatiotemporal Single-Cell Analysis Reveals T Cell Clonal Dynamics and Phenotypic Plasticity in Human Graft-versus-Host Disease
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.24.655962
PMID:40501545
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研究论文 | 该研究通过时空单细胞分析揭示了人类移植物抗宿主病（GVHD）中T细胞克隆动力学和表型可塑性 | 开发了名为DecompTCR的新型计算工具用于纵向TCR分析，并揭示了与GVHD严重程度相关的克隆扩增程序及TCR特征 | 研究样本量相对较小（27例alloHCT受者），可能限制结果的普遍性 | 解析alloHCT后GVHD中复杂的T细胞介导的病理机制 | 27例alloHCT受者的T细胞 | 免疫学 | 移植物抗宿主病 | 混合淋巴细胞反应克隆'指纹识别'、TCR克隆分型、单细胞RNA/TCR测序、空间转录组学 | DecompTCR（新型计算工具） | 单细胞RNA测序数据、TCR序列数据、空间转录组数据 | 27例alloHCT受者的血液和肠道样本 |
| 186 | 2025-06-13 |
Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655632
PMID:40501660
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research paper | 本研究通过多模态单细胞测序和刺激实验，定义了来自不同组织的人类巨噬细胞的转录特征 | 揭示了人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性基因和蛋白质特征，并与小鼠巨噬细胞进行了同源性比较 | 研究样本来源于器官捐献者，可能无法完全代表所有人群 | 探索人类巨噬细胞在不同组织中的转录特征及其在稳态和激活状态下的变化 | 人类巨噬细胞和单核细胞 | 免疫学 | NA | 多模态单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 来自肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结的巨噬细胞样本 |
| 187 | 2025-06-13 |
Spatiotemporal transcriptomic analysis during cold ischemic injury to the murine kidney reveals compartment-specific changes
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.25.654911
PMID:40501673
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research paper | 利用空间转录组学技术对小鼠肾脏冷缺血损伤进行时空转录组分析，揭示特定区域的变化 | 首次使用空间转录组学技术全面表征冷缺血损伤的分子机制，并开发了一个计算工作流程来识别时空转录组变化 | 研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类 | 揭示冷缺血损伤对肾脏移植结果的负面影响及其分子机制 | 小鼠肾脏 | digital pathology | renal disease | spatial transcriptomics | murine model | transcriptomic data | 小鼠肾脏样本（冷缺血损伤0-48小时） |
| 188 | 2025-06-13 |
miR-190 is a Key Regulator in Establishing Cell Polarity and Specification in the Drosophila Nervous System
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656688
PMID:40501908
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研究论文 | 本文发现miR-190在果蝇神经系统细胞极性和分化中的关键调控作用 | 首次揭示miR-190通过调控Par复合体和基底决定因子的定位来建立神经母细胞极性的分子机制 | 研究仅限于果蝇胚胎神经母细胞，尚未在哺乳动物系统中验证 | 探究神经系统发育过程中细胞不对称分裂的分子调控机制 | 果蝇胚胎神经母细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序、转录组分析、qPCR | NA | RNA测序数据、基因表达数据 | NA |
| 189 | 2025-06-13 |
Peripheral blood cell-type and sex-specific signatures of alcohol misuse revealed by single-cell transcriptomics
2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.21.655347
PMID:40501697
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示酒精滥用在外周血细胞类型和性别特异性中的分子特征 | 使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术全面分析酒精使用障碍（AUD）患者的外周血单个核细胞（PBMCs），揭示了淋巴细胞和单核细胞比例失调及性别和剂量依赖的免疫细胞功能特征变化 | 研究仅关注外周血单个核细胞，未涉及其他组织或细胞类型 | 更好地表征AUD中的免疫失调 | 酒精使用障碍（AUD）患者和健康对照者的外周血单个核细胞（PBMCs） | 单细胞转录组学 | 酒精使用障碍 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | AUD患者和健康对照者的PBMCs样本 |
| 190 | 2025-06-13 |
Single-Cell RNA Sequencing + TCR Sequencing Reveal the Proportion and Characteristics of Dual TCR T Cells in Tertiary Lymphoid Structures in Pemphigus
2025-May-24, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.05.008
PMID:40419016
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序和TCR测序分析，揭示了天疱疮三级淋巴结构中双TCR T细胞的比例和特征 | 首次发现天疱疮三级淋巴结构中含有较高比例的双TCR T细胞，并鉴定出克隆扩增的双TCR CXCL13+CD4+ T细胞的独特富集 | 研究局限于天疱疮病理皮肤组织，未涉及其他自身免疫性疾病 | 探索天疱疮三级淋巴结构中淋巴细胞的起源、特征及其在发病机制中的作用 | 天疱疮患者、慢性特发性红皮病患者和健康对照者的皮肤组织 | digital pathology | pemphigus | single-cell RNA-sequencing, TCR-sequencing | NA | RNA-seq data | 天疱疮、慢性特发性红皮病和健康对照者的皮肤组织样本 |
| 191 | 2025-06-13 |
Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial
2025-May-24, Journal of sport and health science
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.jshs.2025.101063
PMID:40499717
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research paper | 该研究探讨了在食管腺癌新辅助化疗期间进行预康复运动训练对肿瘤免疫反应的影响 | 首次证明预康复运动训练可以增强食管腺癌肿瘤中的免疫细胞浸润和三级淋巴结构的成熟度 | 样本量较小(n=22)，且未观察到临床结局(如生存率)的显著差异 | 评估预康复运动训练是否增加肿瘤浸润淋巴细胞(TILs) | 局部晚期食管癌患者 | 肿瘤免疫学 | 食管腺癌 | 高分辨率多光谱免疫组化(mIHC)和NanoString空间转录组学 | NA | 组织样本和心肺功能数据 | 22名患者(预康复组11人，对照组11人) |
| 192 | 2025-06-13 |
Single-cell profiling demonstrates the combined effect of wheeze phenotype and infant viral infection on airway epithelial development
2025-May-23, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adr9995
PMID:40408478
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research paper | 研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了喘息表型和婴儿期病毒感染对2至3岁儿童鼻气道上皮细胞发育的联合影响 | 首次结合喘息表型和婴儿期RSV感染，通过单细胞RNA测序揭示气道上皮细胞的发育异常和免疫反应变化 | 研究样本仅限于2至3岁儿童，且仅关注鼻气道上皮细胞，可能无法完全代表下呼吸道情况 | 阐明哮喘患者气道上皮发育异常的机制 | 2至3岁儿童的鼻气道上皮细胞 | digital pathology | asthma | single-cell RNA sequencing | NA | RNA-seq数据 | 来自预先设计的嵌套出生队列的四组互斥儿童（喘息/非喘息且婴儿期RSV感染/未感染） |
| 193 | 2025-06-13 |
Protocol to decipher complex spatial transcriptomics data using STMiner
2025-May-22, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103838
PMID:40411788
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研究论文 | 介绍了一种使用STMiner解析复杂空间转录组数据的协议 | 提出了一种无需额外参考数据即可应用于不同分辨率和平台的协议 | 未提及具体性能指标或与其他方法的比较 | 开发一种解析复杂空间转录组数据的协议 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | STMiner | 空间转录组数据 | NA |
| 194 | 2025-06-13 |
SCIG: Machine learning uncovers cell identity genes in single cells by genetic sequence codes
2025-May-22, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf431
PMID:40433981
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research paper | 介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞水平上识别细胞身份基因 | SCIG方法通过独特的遗传序列特征和单细胞RNA-seq数据，无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因 | 未明确提及具体局限性 | 识别细胞身份基因以理解细胞分化、发育和疾病相关的细胞身份失调 | 单细胞中的细胞身份基因 | machine learning | NA | single-cell RNA-seq | NA | genetic sequence, gene expression | human endothelial cell atlas |
| 195 | 2025-06-13 |
Protocol for high-quality RNA sequencing, cell surface protein analysis, and genotyping in single cells using TARGET-seq
2025-May-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103832
PMID:40408252
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研究论文 | 本文介绍了TARGET-seq+协议，该协议结合了RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和单细胞基因分型，提高了灵敏度 | 优化了TARGET-seq，开发出TARGET-seq+，结合了RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和单细胞基因分型，提高了灵敏度 | 未提及具体局限性 | 研究预恶性和癌性组织中体细胞突变的后果 | 单细胞 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq, scRNA-seq, 基因分型 | NA | RNA测序数据、蛋白质表达数据、基因分型数据 | NA |
| 196 | 2025-06-13 |
Dissecting the immune landscape in pediatric high-grade glioma reveals cell state changes under therapeutic pressure
2025-May-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102095
PMID:40315846
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学，对儿童高级别胶质瘤（pHGG）的免疫景观进行了全面转录组分析 | 揭示了儿童与成人胶质瘤免疫微环境的差异，以及癌症治疗后免疫抑制环境的显著变化 | 研究样本可能有限，未明确提及样本数量 | 理解儿童高级别胶质瘤的免疫微环境变化及其对治疗反应的影响 | 儿童弥漫性高级别胶质瘤（HGG）或高级别室管膜瘤患者的恶性细胞、髓系细胞和T细胞 | 数字病理学 | 儿童高级别胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 197 | 2025-06-13 |
Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis
2025-May-14, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09018-7
PMID:40369079
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体（TAUT）轴在促进白血病干细胞（LSCs）生长和白血病发生中的关键作用 | 首次发现骨髓基质细胞中的牛磺酸生物合成是白血病干细胞生长的关键依赖，并揭示了TAUT抑制与venetoclax联合治疗急性髓系白血病（AML）的协同效应 | 研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚不明确 | 探索骨髓微环境信号在白血病发生中的作用机制 | 白血病干细胞（LSCs）和骨髓基质细胞 | 肿瘤微环境研究 | 急性髓系白血病（AML） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR筛选、多组学分析 | TAUT功能缺失小鼠模型 | 单细胞转录组数据、患者来源的AML细胞数据 | 患者来源的AML细胞和小鼠模型 |
| 198 | 2025-06-13 |
POPARI: Modeling multisample variation in spatial transcriptomics
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652741
PMID:40462963
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research paper | 介绍Popari，一种用于多样本空间转录组学数据建模的概率图模型 | Popari通过差异先验和空间降采样实现多分辨率层次分析，能够捕捉条件特异性空间组织变化 | 未明确提及具体限制 | 开发针对多样本空间转录组学数据分析的方法 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病, 卵巢癌 | 空间转录组学 | 概率图模型 | 基因表达数据 | 涉及小鼠大脑、胸腺和卵巢癌等多个真实数据集 |
| 199 | 2025-06-13 |
CellTypeAgent: Trustworthy cell type annotation with Large Language Models
2025-May-13, ArXiv
PMID:40463689
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research paper | 介绍了一种名为CellTypeAgent的可信大语言模型代理，用于单细胞RNA测序分析中的细胞类型注释 | 结合大语言模型和相关数据库验证，提高了注释准确性并减少了幻觉现象 | NA | 提高单细胞RNA测序分析中细胞类型注释的效率和可靠性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | LLM（大语言模型） | RNA测序数据 | 9个真实数据集，涉及36个组织的303种细胞类型 |
| 200 | 2025-06-13 |
Randomized phase 2 trial of pembrolizumab alone or in combination with low dose chemotherapy for patients with non-small cell lung cancer and poor performance status
2025-May, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108513
PMID:40203764
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研究论文 | 比较pembrolizumab单独使用或与低剂量化疗联合治疗非小细胞肺癌且体能状态较差患者的随机2期临床试验 | 首次在体能状态较差的非小细胞肺癌患者中比较pembrolizumab单独使用与联合低剂量化疗的疗效 | 样本量较小（43例患者），且仅20例患者可评估反应 | 评估pembrolizumab单独或联合低剂量化疗在体能状态较差的非小细胞肺癌患者中的疗效和安全性 | 非小细胞肺癌且体能状态较差（ECOG PS 2）的患者 | 临床肿瘤学 | 非小细胞肺癌 | 流式细胞术、单细胞测序 | NA | 临床数据、血液样本 | 43例患者（20例可评估反应） |