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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2026-07-15 |
GEfetch2R: fetching single-cell/bulk RNA-seq data from public repositories to R and benchmarking the subsequent format conversion tools
2026-01-21, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag039
PMID:41964930
|
研究论文 | 介绍GEfetch2R,一个能从公共存储库获取单细胞/批量RNA-seq数据并转换格式的R包 | 首次提供能获取多种单细胞RNA-seq数据类型(原始数据、计数矩阵、处理对象)并加载到R、转换对象格式以及基准测试格式转换工具的综合工具 | NA | 开发一个R包以简化从公共存储库获取和探索基因表达数据的过程 | 单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq | NA | 数值数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 182 | 2026-07-15 |
Unraveling the indolence of papillary thyroid carcinoma: an exploratory study on B-cell subsets based on genetic predisposition and tumor immunity
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1769020
PMID:41929497
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研究论文 | 本研究整合孟德尔随机化、流式细胞术、单细胞转录组学和临床验证,探究特定B细胞亚群在甲状腺乳头状癌惰性行为中的因果作用及潜在生物标志物价值 | 首次通过孟德尔随机化确立外周B细胞亚群与甲状腺癌易感性的因果关系,并联合多组学方法验证其与肿瘤惰性行为的关联 | 研究为探索性,样本量有限,需进一步在更大队列中验证;孟德尔随机化结果需谨慎解释因果方向 | 探究特定B细胞亚群在区分惰性和进展性甲状腺乳头状癌中的潜在价值 | 甲状腺乳头状癌患者的外周血和肿瘤组织B细胞亚群 | 机器学习 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 孟德尔随机化 | NA | 基因表达数据 | 33例甲状腺乳头状癌患者(流式细胞术);公共数据库(TCGA-THCA)队列 | Illumina | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序;TCGA RNA测序数据 |
| 183 | 2026-07-15 |
Dual role of icaritin in attenuating allograft rejection and exerting antitumor effects in mice
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1762553
PMID:41929489
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研究论文 | 该文章研究了淫羊藿苷在减轻小鼠同种异体移植排斥反应和发挥抗肿瘤作用中的双重角色 | 首次证实淫羊藿苷能减轻同种异体移植排斥反应,并揭示其通过靶向CEBPB/PIM1轴抑制CD4+ T细胞活化、增殖和Th1分化的机制 | 未提及明显的局限性 | 开发具有抗肿瘤疗效的免疫抑制剂,以解决器官移植后长期免疫抑制导致的恶性肿瘤风险升高问题 | BALB/c小鼠到C57BL/6J小鼠的异位心脏移植模型,以及荷瘤小鼠移植模型 | 机器学习 | 癌症(恶性肿瘤)、移植排斥反应 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、分子对接、分子动力学模拟、细胞热转变分析 | NA | 基因表达数据(scRNA-seq) | 小鼠模型,具体数量未在摘要中提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)用于受者脾细胞分析 |
| 184 | 2026-07-15 |
Multi-omics and experimental validation identify USP54 as a prognostic deubiquitinase promoting pancreatic ductal adenocarcinoma progression within the immune microenvironment
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1791707
PMID:41929495
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研究论文 | 通过多组学分析和实验验证,鉴定去泛素酶USP54在胰腺导管腺癌免疫微环境中促进肿瘤进展的预后标志物作用 | 首次揭示USP54作为去泛素酶在胰腺导管腺癌免疫微环境中的促癌作用,并通过单细胞RNA测序、空间转录组学与机器学习联合分析阐明其调控机制 | 未明确说明样本来源和数量;部分机制如KLF5转录调控USP54的详细通路有待进一步验证 | 探究去泛素酶在胰腺导管腺癌免疫微环境中的整体活性及其驱动肿瘤进展的作用 | 胰腺导管腺癌患者肿瘤组织、BxPC-3和PANC-1细胞系、小鼠模型 | 机器学习, 数字病理学 | 胰腺导管腺癌 | 多组学分析、机器学习、单细胞RNA测序、空间转录组学、实时定量PCR、蛋白质印迹、免疫组化 | Coxnet, Fuzzy SVM, SCENIC, LIANA+, cell2location | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 185 | 2026-07-15 |
Single-cell sequencing reveals dynamic immune features of paraneoplastic pemphigus in a patient with follicular lymphoma
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1733718
PMID:41929499
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研究论文 | 通过单细胞测序揭示一例滤泡性淋巴瘤伴副肿瘤性天疱疮患者的动态免疫特征 | 首次利用单细胞转录组和TCR测序,纵向分析滤泡性淋巴瘤伴副肿瘤性天疱疮患者治疗过程中外周血和骨髓的免疫动态变化,发现ITGAL+ T细胞、TRDV1偏向γδT细胞簇和BCL2+ B细胞相对丰度,以及治疗后TCR克隆扩增与免疫重塑 | 仅基于单一患者样本,描述性和假设生成性质,无法建立因果关系且结果不具普适性 | 阐明副肿瘤性天疱疮(尤其继发于淋巴瘤时)的细胞和分子机制 | 一例滤泡性淋巴瘤伴副肿瘤性天疱疮患者的外周血单核细胞和骨髓细胞 | 数字病理学 | 滤泡性淋巴瘤 | 单细胞转录组测序, 单细胞TCR分析 | NA | 文本 | 1名患者,3个时间点(治疗前、治疗中、治疗后)的外周血和骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 186 | 2026-07-15 |
CX3CR1 identifies a potent effector CD8+ T cell subset associated with anti-PD-1 therapeutic efficacy in colorectal cancer
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1770119
PMID:41929510
|
研究论文 | 本研究通过多维度方法鉴定出CX3CR1+CD8+ T细胞亚群是结直肠癌中与抗PD-1治疗效果相关的强效效应细胞 | 首次发现CX3CR1标记的CD8+ T细胞亚群具有Temra样终末效应表型,表现出强细胞毒性和低耗竭特征,并识别出ETS1、PRDM1和STAT1驱动的调控网络 | 未明确说明,但需进一步验证CX3CR1+CD8+ T细胞亚群作为生物标志物的临床转化可行性及调控网络的具体机制 | 解码结直肠癌中肿瘤浸润CD8+ T细胞的异质性,鉴定驱动肿瘤控制的效应亚群,以优化患者分层和治疗策略 | 结直肠癌患者的肿瘤浸润CX3CR1+CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫组化(mIHC)、临床数据挖掘、体内小鼠模型 | NA | 基因表达数据、组织切片图像、临床数据 | 涉及结直肠癌患者的样本,具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 187 | 2026-07-15 |
Comprehensive Bioinformatics Analysis and Experimental Verification RNF186 Is a Recurrence Signature Gene of Hepatocellular Carcinoma that Promotes Cell Proliferation
2026, Oncology research
IF:2.0Q3
DOI:10.32604/or.2026.071617
PMID:41930175
|
研究论文 | 通过综合分析单细胞RNA测序数据及实验验证,发现RNF186是肝细胞癌复发特征基因,可促进细胞增殖,并构建了复发相关风险模型用于预测预后和免疫治疗效果 | 首次在单细胞分辨率水平上识别复发相关基因,并发现RNF186以SESN2依赖方式促进肝细胞癌细胞增殖,为HCC复发机制和精准治疗提供了新靶点 | 本研究基于公开数据,样本量有限;RNF186功能验证仅在细胞水平进行,尚未在动物模型或临床队列中验证 | 识别肝细胞癌复发相关基因,构建预后模型以预测生存结局和免疫治疗反应,并探究RNF186在复发中的作用 | 12例原发性和6例复发性肝细胞癌样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归分析 | Cox比例风险模型 | 基因表达数据, 临床预后数据 | 18例肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 188 | 2026-07-15 |
Molecular modulation of cell migration via chitosan-based hydrogels: Toward smart biomaterial for wound regeneration
2026 Jan-Dec, Journal of applied biomaterials & functional materials
IF:3.1Q3
DOI:10.1177/22808000261431513
PMID:41930473
|
综述 | 综述了基于壳聚糖的水凝胶通过分子调控细胞迁移实现智能伤口再生生物材料的设计策略 | 整合了生化和物理信号对细胞-基质相互作用的调控机制,提出利用单细胞转录组学、先进成像和AI驱动建模克服转化挑战的路线图 | 体内机械与分子影响的定量解耦、改性壳聚糖衍生物的长期生物相容性以及高通量筛选数据向临床转化的挑战 | 开发下一代个性化伤口治疗生物材料 | 基于壳聚糖的水凝胶及其对细胞迁移的分子调控 | 机器学习 | 伤口修复 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 189 | 2026-07-15 |
Investigating the Role of TNFSF12 in Thyroid Cancer Progression via Single-Cell RNA Sequencing and Integrated Multiomics Analyses
2026, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/4753653
PMID:41930700
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和整合多组学分析,研究TNFSF12在甲状腺癌进展中的作用 | 首次鉴定出TNFSF12在甲状腺癌中具有保护效应,但功能实验却显示其促进癌细胞增殖、侵袭和迁移,揭示了作为情境依赖性癌基因的复杂角色 | 未提及 | 识别和验证驱动甲状腺癌进展的关键髓系衍生基因 | 甲状腺癌组织样本、甲状腺癌细胞系 | 单细胞组学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序、高维加权基因共表达网络分析、孟德尔随机化、qPCR、CCK-8、集落形成实验、Transwell实验、微生物相关性分析、分子对接 | NA | 单细胞转录组数据、多组学数据 | 未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 190 | 2026-07-15 |
Isolation and Sequencing of Single Circulating Tumor Cells
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5050-9_17
PMID:42426460
|
研究论文 | 本文介绍了从非小细胞肺癌患者中富集、检测和分离单个循环肿瘤细胞并进行单细胞测序的工作流程 | 针对CTC稀有性和异质性挑战,开发了从富集到单细胞测序的完整流程 | 未提及具体技术局限或挑战 | 研究循环肿瘤细胞的分子异质性及靶向治疗耐药性 | 非小细胞肺癌循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序, 全基因组扩增, 靶向下一代测序, 低覆盖全基因组测序 | NA | 序列数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 191 | 2026-07-15 |
Maternal high-fat diet exposure is associated with altered hypothalamic microglial development and reduced early postnatal TGFβ1 signaling in male offspring
2026, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2026.1862234
PMID:42440439
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研究论文 | 研究母体高脂饮食暴露对后代雄性小鼠下丘脑小胶质细胞发育及TGFβ1信号的影响 | 首次揭示母体高脂饮食通过干扰早期出生后TGFβ1/SMAD3信号通路,破坏下丘脑小胶质细胞稳态表型获取的发育过程 | 仅研究雄性后代,未涉及雌性后代;结果基于小鼠模型,人类外推需谨慎 | 探讨母体高脂饮食暴露是否干扰后代下丘脑小胶质细胞发育关键窗口期的稳态特征获取 | 高脂饮食喂养母鼠的雄性后代小鼠 | 机器学习 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据、免疫组化图像 | 多种发育阶段的雄性后代小鼠 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3' 测序 |
| 192 | 2026-07-15 |
Molecular diagnostics in pancreas transplantation: past, present, and future
2026, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2026.1825364
PMID:42440699
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综述 | 本文回顾了胰腺移植中分子诊断的应用,从过去的组织学评估到当前的转录组分析,并展望了未来发展方向 | 将胰腺移植物损伤概念化为双隔室过程,包括外分泌排斥和内分泌胰岛损伤,为评估新兴分子诊断提供了新框架 | 胰腺移植研究受限于小规模单中心队列,且胰腺特异性基因表达标志物尚未充分探索,缺乏其临床用途的稳健证据 | 综述胰腺移植中分子诊断的历史、现状和未来,并提出双隔室损伤框架 | 胰腺移植中的分子诊断技术和基因表达标志物 | 数字病理学 | 胰腺移植排斥反应, 1型糖尿病 | RNA-seq, scRNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 193 | 2026-07-15 |
Spatial RNA velocity reveals cellular state transitions and prognostic markers in the melanoma microenvironment
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1845013
PMID:42440764
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研究论文 | 开发了一种新的计算框架,利用亚细胞转录本定位(以核RNA和胞质RNA分别作为未剪接和剪接mRNA的代理)进行空间RNA速度分析,揭示黑色素瘤微环境中的细胞状态转变和预后标志物 | 首次提出利用空间转录组学数据中核/胞质RNA分区信息替代传统剪接/未剪接mRNA计数进行RNA速度分析,填补了高分辨率空间转录组数据无法推断转录动力学的空白 | 未提及具体局限性 | 从静态空间转录组数据解码时空动态,识别黑色素瘤微环境中细胞状态转变轨迹和预后相关基因 | 黑色素瘤空间转录组数据中的黑色素瘤细胞和浸润T细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学 | scVelo动态模型 | 图像 | 未提及具体样本量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 194 | 2026-07-15 |
Immune heterogeneity and therapeutic resistance in gynecological malignancies
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1837428
PMID:42440783
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综述 | 本综述总结了单细胞测序在宫颈癌、卵巢癌和子宫内膜癌中的免疫异质性、治疗抵抗及精准免疫治疗研究进展 | 系统整合了单细胞测序揭示的三种妇科恶性肿瘤在免疫微环境动态重塑、肿瘤-免疫互作网络及治疗抵抗机制方面的最新见解 | 未详细讨论各技术平台间的比较验证及跨队列整合分析中的批次效应问题 | 阐述单细胞测序技术如何解析妇科恶性肿瘤的免疫异质性与治疗抵抗机制 | 宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜癌的肿瘤生态系统 | 数字病理学 | 宫颈癌, 卵巢癌, 子宫内膜癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明,涵盖已发表研究中涉及的肿瘤组织及液体活检样本 | 未明确提及 | 单细胞RNA测序 | 未明确提及 | 未明确提及 |
| 195 | 2026-07-15 |
Identifying Distinct Molecular Subtypes and Establishing a Prognostic Framework for DLBCL Patients via Multiomics Analysis and Machine Learning Approaches
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/7614954
PMID:42440855
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研究论文 | 通过多组学分析和机器学习方法识别弥漫大B细胞淋巴瘤的分子亚型并建立预后框架 | 首次利用单细胞RNA测序数据识别出弥漫大B细胞淋巴瘤中六个恶性B细胞亚群,并发现MB5亚群与不良预后相关,进而基于该亚群标志基因开发了CoxBoost-RSF机器学习预后模型 | 研究依赖公开数据集,MB5亚群的机制及临床应用仍需进一步验证 | 揭示弥漫大B细胞淋巴瘤的异质性并建立预后预测框架 | 弥漫大B细胞淋巴瘤患者的恶性B细胞亚群及预后生物标志物 | 机器学习 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序、多组学分析 | CoxBoost-RSF | 单细胞转录组数据(scRNA-seq)和批量转录组数据 | GSE182434数据集和GSE32918数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 196 | 2026-07-15 |
YAP1 depletion enhances TAZ and its complexation with TEAD4 and AP-1 heterodimer C-JUN/FOSB in gastric cancer progression and metastasis
2026, Cancer heterogeneity and plasticity
DOI:10.47248/chp2603010003
PMID:42441024
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研究论文 | 本研究发现YAP1的缺失增强TAZ及其与TEAD4和AP-1异二聚体c-JUN/FOSB的复合物形成,促进胃癌进展和转移 | 首次揭示在胃癌腹膜转移中YAP1抑制导致TAZ补偿性上调,并阐明TAZ与TEAD4及AP-1复合物结合的新机制,强调联合靶向YAP1和TAZ的优越抗肿瘤效果 | 未提及具体局限性 | 探究YAP1、TAZ和TEAD1-4在胃癌腹膜转移中的表达状态,并评估同时靶向YAP1和TAZ是否比单独抑制任一协同激活因子具有更强的抗肿瘤活性 | 胃癌腹膜转移样本及相关小鼠模型和细胞系 | 机器学习 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、共免疫荧光染色、基因敲除、反义寡核苷酸抑制、免疫共沉淀、荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据、图像 | 胃癌腹膜转移样本(数量未明确)、患者来源异种移植模型、KP-Luc2同源模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 197 | 2026-07-15 |
Transcriptomic characterization of key psoriasis-associated genes based on single-cell RNA-seq and machine learning
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0352663
PMID:42441578
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研究论文 | 基于单细胞RNA测序和机器学习技术,表征银屑病的关键相关基因 | 结合单细胞RNA测序与机器学习算法,从大量数据中精准筛选出四个银屑病关键驱动基因(DEFB4A、GJB2、SERPINB3、SERPINB13),并探索其调控机制及潜在靶向治疗策略 | 仅依赖公共数据库数据,可能缺乏临床样本多样性;四个关键基因的功能验证还需进一步实验支持 | 识别银屑病的关键驱动基因并探索其作为治疗靶点的潜力 | 银屑病患者和健康对照的皮肤组织样本 | 机器学习 | 银屑病 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | 机器学习算法(具体模型类型未明确) | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的银屑病和健康样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 198 | 2026-07-15 |
Establishment, functional dissection, and single-cell transcriptomal characteristics of patient-derived pulmonary sarcomatoid carcinoma organoids
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1867600
PMID:42444803
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研究论文 | 本研究成功建立并表征了肺肉瘤样癌患者来源的类器官模型,评估了其在病理、基因组和功能上的保真度及转化潜力 | 首次建立并系统验证了肺肉瘤样癌患者来源的类器官模型,通过单细胞RNA测序揭示了类器官与原始肿瘤在细胞组成、转录组特征和拷贝数变异图谱上的高度相似性 | 仅基于单个患者来源的肿瘤组织建立了两个类器官系,样本量较小,可能无法完全代表PSC的异质性 | 建立并表征肺肉瘤样癌患者来源的类器官模型,评估其作为研究平台和个性化治疗筛选工具的潜力 | 肺肉瘤样癌患者肿瘤组织及其衍生的类器官模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自1名肺肉瘤样癌患者的肿瘤组织,建立了2个类器官系(PDO1和PDO2) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 199 | 2026-07-15 |
Integrative multi-omics analysis implicates the RNF40-LIMA1 axis in hepatocellular carcinoma progression and immune microenvironment remodeling
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1846606
PMID:42444812
|
研究论文 | 该研究通过多组学整合分析,探讨RNF40-LIMA1轴在肝细胞癌进展及免疫微环境重塑中的作用 | 首次整合批量转录组、单细胞RNA测序和空间转录组数据,揭示RNF40通过泛素化降解LIMA1调控肝癌进展及免疫抑制微环境的新型分子机制 | LIMA1的预后和免疫治疗预测价值需在独立临床队列和更大规模的免疫检查点抑制剂治疗肝癌数据集中进一步验证 | 阐明RNF40介导的LIMA1泛素化在肝细胞癌进展和免疫微环境重塑中的分子机制 | 肝细胞癌中的RNF40和LIMA1表达及功能关系 | 机器学习 | 肝癌 | 批量转录组测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 多个转录组和蛋白质组数据集,包括TCGA-LIHC等公共数据及实验验证中的小鼠模型 | Illumina | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | Illumina NovaSeq, 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒, 10x Visium FFPE空间转录组试剂盒 |
| 200 | 2026-07-15 |
Identification and validation of novel candidate genes with diagnostic value for sepsis via weighted gene co-expression network analysis
2026, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2026.1817161
PMID:42445139
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研究论文 | 通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定脓毒症候选基因并评估其诊断价值 | 结合多个GEO数据集,利用WGCNA和蛋白质互作网络(PPI)筛选出五个核心基因(CDK1, CCNB1, CCNA2, AURKB, BUB1),并构建逻辑回归模型,在多个验证集中表现出诊断潜力 | 当前结果为相关性分析,未建立因果关系,仅作为假设生成性结论,需进一步在前瞻性独立队列中验证 | 筛选脓毒症候选基因并评估其诊断价值 | 脓毒症相关基因及其诊断模型 | 机器学习 | 脓毒症 | RNA-seq, qRT-PCR | 逻辑回归, WGCNA, PPI网络分析 | 基因表达数据, 单细胞RNA-seq数据 | 多个GEO数据集(包含儿童和成人样本) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |