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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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181 | 2025-07-04 |
Plasma exosomes from individuals with type 2 diabetes drive breast cancer aggression in patient-derived organoids
2025-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.13.612950
PMID:39345362
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研究论文 | 该研究探讨了2型糖尿病患者血浆外泌体如何通过影响肿瘤微环境中的免疫细胞,促进乳腺癌的侵袭性 | 首次开发了一种从乳腺癌切除标本中生成患者来源类器官(PDOs)的新方法,并保留了肿瘤浸润淋巴细胞(TILs),用于研究外泌体信号传导 | 研究仅关注了2型糖尿病对乳腺癌的影响,未涉及其他代谢疾病或癌症类型 | 研究2型糖尿病如何通过外泌体信号传导影响乳腺癌的侵袭性和免疫微环境 | 2型糖尿病患者的血浆外泌体和乳腺癌患者来源的类器官 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量,但涉及2型糖尿病和非糖尿病患者的血浆外泌体及乳腺癌患者来源的类器官 |
182 | 2025-07-04 |
Stable isotope tracing in human plasma-like medium reveals metabolic and immune modulation of the glioblastoma microenvironment
2025-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.29.542774
PMID:37398280
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研究论文 | 本文介绍了一种在体外使用类人血浆培养基(HPLM)进行稳定同位素追踪的方法,用于研究胶质母细胞瘤微环境中的代谢和免疫调节 | 开发了在HPLM中培养胶质瘤外植体并进行稳定同位素追踪的新方法,能够更好地模拟体内微环境 | NA | 研究胶质瘤在生理营养水平和完整肿瘤微环境(TME)下的代谢特征 | 人胶质瘤外植体和胶质瘤干细胞样细胞系(GSC) | 肿瘤代谢研究 | 胶质母细胞瘤 | 稳定同位素追踪(15N2-谷氨酰胺追踪),空间转录组学 | NA | 代谢组数据,转录组数据 | NA |
183 | 2025-07-04 |
SORBET: Automated cell-neighborhood analysis of spatial transcriptomics or proteomics for interpretable sample classification via GNN
2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.30.573739
PMID:38260586
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研究论文 | 介绍了一种名为SORBET的几何深度学习框架,用于分析空间转录组学或蛋白质组学数据,以进行可解释的样本分类 | SORBET是首个在空间转录组学数据上进行表型预测的框架,利用图卷积网络分析相邻细胞图,并通过新颖的数据增强技术确保预测的稳健性 | 未明确提及具体限制,但可能受限于数据质量和样本量 | 通过整合空间信息与分子数据,准确预测临床表型,如免疫治疗反应 | 转移性黑色素瘤、非小细胞肺癌和结直肠癌样本 | 空间组学 | 黑色素瘤、非小细胞肺癌、结直肠癌 | 空间转录组学、空间蛋白质组学(IMC、CODEX) | GNN(图卷积网络) | 空间转录组学数据、空间蛋白质组学数据 | CosMx空间转录组学数据集(转移性黑色素瘤)、IMC和CODEX数据集(非小细胞肺癌和结直肠癌) |
184 | 2025-07-04 |
Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data
2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.12.589216
PMID:38659857
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研究论文 | 本研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确性和准确性,并提出了优化研究设计的实用指南 | 首次系统评估了sc/snRNA-Seq数据的定量精确性和准确性,开发了VICE工具用于评估数据质量和预测差异表达基因的真阳性率 | 研究主要基于单核吞噬细胞数据,可能不适用于所有细胞类型 | 提高单细胞/单核RNA测序研究的可靠性和可重复性 | 单细胞/单核RNA测序数据 | 生物医学研究 | NA | sc/snRNA-Seq | NA | RNA测序数据 | 23个数据集,包含3,682,576个细胞,来自339个样本 |
185 | 2025-07-04 |
Sp140L Is a Novel Herpesvirus Restriction Factor
2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.13.628399
PMID:39713285
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研究论文 | 该研究揭示了Sp140L作为一种新型疱疹病毒限制因子,其在抵抗疱疹病毒感染中的作用机制 | 首次发现Sp140L作为疱疹病毒的限制因子,并揭示了其在干扰素非依赖性先天免疫反应中的作用 | 研究主要关注EB病毒和疱疹病毒saimiri,对其他DNA病毒的适用性需要进一步验证 | 探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制,特别是EBNA-LP蛋白在其中的作用 | EB病毒(EBV)和疱疹病毒saimiri | 病毒学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | EBNA-LP敲除模型 | RNA-seq数据 | 未明确说明样本数量,使用EBNA-LP敲除感染的B细胞 |
186 | 2025-07-04 |
[Research Advances in the Replication of Animal Models for Periodontal Diseases]
2025-Mar-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition
DOI:10.12182/20250360103
PMID:40599292
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综述 | 本文综述了近年来牙周病动物模型的复制方法及其特点,并提出了一个整合空间转录组学、单细胞测序和荧光成像技术的多模态评估框架 | 提出了整合空间转录组学、单细胞测序和荧光成像技术的多模态评估框架,以克服现有研究挑战 | 当前可用的牙周炎动物模型难以同时捕捉疾病复杂性、追踪动态修复过程并满足转化需求 | 研究牙周病的病理机制及治疗方法 | 啮齿类动物模型 | 牙周病研究 | 牙周病 | 空间转录组学、单细胞测序、荧光成像 | NA | NA | NA |
187 | 2025-07-04 |
Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.17.643805
PMID:40166301
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research paper | 该研究探讨了新生儿MR1T细胞的TCR使用多样性、细胞毒性降低以及对常见儿童病原体反应能力的不足 | 揭示了新生儿MR1T细胞与成人相比具有更广泛的TCR使用多样性、较低的细胞毒性和对常见儿童病原体反应能力的限制 | 研究样本量较小(n=5),且仅针对特定MR1-5-OP-RU-tetramer(+)细胞进行分析 | 了解新生儿MR1T细胞的免疫特性及其在新生儿败血症中的作用 | 新生儿脐带血和成人外周血中的MR1T细胞 | 免疫学 | 新生儿败血症 | 单细胞RNA测序/TCR测序(scRNA-seq/scTCR-seq) | NA | 基因表达数据和TCR序列数据 | 5例新生儿脐带血样本和5例成人外周血样本 |
188 | 2025-07-04 |
SpatialDeX Is a Reference-Free Method for Cell-Type Deconvolution of Spatial Transcriptomics Data in Solid Tumors
2025-Jan-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1472
PMID:39387817
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研究论文 | 开发了一种名为SpatialDeX的参考自由方法,用于在固体肿瘤的空间转录组数据中进行细胞类型去卷积 | SpatialDeX是一种基于回归模型的方法,无需单细胞RNA-seq参考即可估计肿瘤ST点中的细胞类型比例,并在性能上与基于参考的方法相当,优于其他参考自由方法 | NA | 开发一种无需单细胞RNA-seq参考的方法,用于解析空间转录组数据中的细胞类型比例,以更深入地了解肿瘤微环境的动态 | 固体肿瘤的空间转录组数据 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学(ST) | 回归模型 | 基因表达数据 | NA |
189 | 2025-07-04 |
Clearance of p21 highly expressing senescent cells accelerates cutaneous wound healing
2025-Jan, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00755-4
PMID:39537987
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research paper | 该研究通过Xenium空间转录组学技术识别了一种在伤口愈合过程中诱导产生的具有促炎特征的p21高表达衰老细胞群,并发现清除这些细胞可以加速伤口闭合 | 首次识别并描述了p21高表达衰老细胞群在伤口愈合中的独特作用,揭示了其通过NF-κB抑制部分介导的机制 | 未明确p21高表达衰老细胞群的具体分子机制及其与其他类型衰老细胞的相互作用 | 探究衰老细胞在组织重塑中的多功能性,特别是p21高表达细胞在伤口愈合中的作用 | p21高表达的衰老细胞 | 生物医学 | 伤口愈合 | Xenium空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
190 | 2025-07-04 |
Triple-Negative Breast Cancer on the Rise: Breakthroughs and Beyond
2025, Breast cancer (Dove Medical Press)
DOI:10.2147/BCTT.S516125
PMID:40599557
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综述 | 本文综述了三阴性乳腺癌(TNBC)的发病率上升、分子遗传学特征、治疗进展及个性化诊断和治疗的新趋势 | 总结了TNBC的最新治疗进展,包括免疫检查点抑制剂、PARP抑制剂和抗体药物偶联物的应用,以及机器学习成像和空间转录组学等诊断工具的进展 | 作为综述文章,未涉及原始研究数据,主要依赖已有文献的综合分析 | 探讨TNBC的发病率、分子机制、治疗选择和诊断技术的进展 | 三阴性乳腺癌(TNBC)及其患者群体 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 机器学习成像、空间转录组学 | NA | NA | NA |
191 | 2025-07-04 |
Identification of anoikis-related subtypes and a risk score prognosis model, the association with TME landscapes and therapeutic responses in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1602831
PMID:40599775
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研究论文 | 本研究通过分析肝癌中与失巢凋亡相关基因的表达、突变和拷贝数变异,建立了预后风险评分模型,并探讨了其与肿瘤微环境特征和免疫治疗反应的关系 | 首次在肝癌中鉴定了两种不同的失巢凋亡亚型,并开发了一个基于TTC26和TPX2的双基因预后模型,揭示了TTC26在肝癌细胞增殖、迁移和侵袭中的促进作用 | 研究主要基于公共数据集,需要更多独立队列验证模型的临床适用性 | 阐明失巢凋亡相关基因在肝癌中的预后意义和治疗相关性 | 肝癌患者和肝癌细胞系 | 肿瘤基因组学 | 肝癌 | WGCNA, LASSO Cox回归, 单细胞RNA-seq | 预后风险评分模型 | 基因表达数据, 突变数据, 拷贝数变异数据 | 公共数据集中的肝癌样本 |
192 | 2025-07-04 |
Single-cell RNA sequencing: new insights for pulmonary endothelial cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1576067
PMID:40599812
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review | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)在肺内皮细胞(PECs)研究中的新见解及其在生理和病理条件下的应用 | 利用scRNA-seq技术揭示了PECs在表型多样性和分子特征上的异质性,及其在肺微环境中的空间定位依赖性 | 未提及具体的技术限制或样本量不足等问题 | 探讨scRNA-seq在PECs研究中的应用及其对肺病理生理学治疗的推动作用 | 肺内皮细胞(PECs) | digital pathology | lung cancer | scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
193 | 2025-07-04 |
Tumor-associated macrophage-based predictive and prognostic model for hepatocellular carcinoma
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0325120
PMID:40601653
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研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序数据和批量测序数据,构建了一个基于肿瘤相关巨噬细胞的肝细胞癌预测和预后模型 | 整合scRNAseq和批量测序数据,构建了能够有效分层HCC患者的预后模型,并揭示了肿瘤微环境中免疫细胞浸润的差异模式 | 需要在更大规模的前瞻性研究中验证结果,并进一步研究TAMs在HCC进展中的功能影响 | 研究肝细胞癌的肿瘤微环境及其与肿瘤相关巨噬细胞的相互作用,以改善患者分层和指导新治疗方法的开发 | 肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNAseq)、批量测序、生物信息学分析(差异基因表达分析、Cox回归、逻辑回归建模) | Cox回归、逻辑回归模型 | RNA测序数据 | 多个HCC队列 |
194 | 2025-07-04 |
Identification of three T cell-related genes as diagnostic and prognostic biomarkers for triple-negative breast cancer and exploration of potential mechanisms
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1584334
PMID:40606662
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研究论文 | 本研究通过识别与T细胞相关的三个基因(CACNA1H、KCNJ11和S100B)作为三阴性乳腺癌(TNBC)的诊断和预后生物标志物,并探索其潜在机制 | 首次将CACNA1H、KCNJ11和S100B识别为TNBC的诊断和预后生物标志物,并揭示其与免疫细胞浸润及信号通路的关联 | 研究依赖于公开数据库的数据,未进行实验验证,样本来源可能有限 | 识别TNBC的诊断和预后生物标志物,并探索其潜在机制 | 三阴性乳腺癌(TNBC)患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、机器学习算法、GSEA分析 | 逻辑回归(LR)模型 | 转录组数据、临床数据 | 来自TCGA-BRCA数据集和GEO数据库的样本 |
195 | 2025-07-04 |
Comprehensive bioinformatics analysis of the common mechanism of atherosclerosis and atrial fibrillation: emphasizing mitochondrial metabolic disorder and immune inflammation
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1595048
PMID:40607061
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研究论文 | 通过生物信息学分析揭示动脉粥样硬化和心房颤动的共同机制,重点关注线粒体代谢紊乱和免疫炎症 | 首次整合多组学数据探索AS与AF的共病机制,发现MRPS23作为连接线粒体功能障碍与免疫失调的新型生物标志物 | 需在临床前模型和临床队列中进一步验证MRPS23的诊断和治疗价值 | 揭示动脉粥样硬化(AS)和心房颤动(AF)的共同分子通路,并识别诊断生物标志物 | AS和AF患者的转录组数据集 | 生物信息学 | 心血管疾病 | GO/KEGG富集分析、WGCNA、LASSO/SVM/随机森林算法、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习(LASSO/SVM/随机森林) | 转录组数据 | 多个公共转录组数据集(具体数量未明确说明) |
196 | 2025-07-04 |
Interferon Regulatory Factor 4 Recruits Immature B Cells to Signal Tertiary Lymphoid Structure Immaturity and Progression of Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.113737
PMID:40607252
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研究论文 | 该研究通过整合转录组和临床数据,构建了与三级淋巴结构(TLS)相关的预后风险评分,并探讨了干扰素调节因子4(IRF4)在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的作用 | 揭示了IRF4在促进TLS不成熟和免疫功能障碍中的机制作用,并提出了一个潜在的免疫治疗靶点 | 研究主要基于ccRCC患者数据,结果在其他癌症类型中的普适性尚不明确 | 探讨TLS在ccRCC中的预后相关性和调控机制 | 928名ccRCC患者和ccRCC细胞系(786-O和769-P) | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 机器学习算法、免疫组织化学、多重免疫荧光分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学 | NA | 转录组数据、临床数据、图像数据 | 928名ccRCC患者 |
197 | 2025-07-04 |
Integrative multi-omics analysis of IFNγ-induced macrophages and atherosclerotic plaques reveals macrophage-dependent STAT1-driven transcription in atherosclerosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1590953
PMID:40607379
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析,探讨了IFNγ诱导的巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块中STAT1驱动的转录机制 | 揭示了STAT1与PU.1协同作用在巨噬细胞特异性IFNγ激活转录反应中的新机制,并提出了新的生物标志物和治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本,可能不完全反映人类动脉粥样硬化的复杂性 | 探究巨噬细胞STAT1介导的信号在动脉粥样硬化进展中的作用 | IFNγ诱导的巨噬细胞和人类及小鼠动脉粥样硬化病变 | 分子生物学 | 心血管疾病 | ATAC-seq, ChIP-seq, RNA-seq, scRNA-seq | LDLr-/-和ApoE-/-高脂饮食小鼠模型 | 基因组和转录组数据 | 人类颈动脉和冠状动脉粥样硬化病变样本及小鼠主动脉病变样本 |
198 | 2025-07-04 |
Integrative analysis of T cell-associated markers in Ewing sarcoma reveals prognostic signatures and immune dynamics
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1586544
PMID:40607387
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research paper | 该研究通过整合单细胞RNA测序、WGCNA和批量RNA-seq分析,探索了尤文肉瘤中T细胞相关标志物的预后特征和免疫动态 | 鉴定了CLEC11A、BDP1和ID3作为关键的T细胞相关预后标志物,并构建了一个预测生存结果的模型,同时揭示了ID3在免疫逃逸和肿瘤增殖中的作用 | 研究样本量较小,且需要进一步实验验证模型的临床适用性 | 探索尤文肉瘤中T细胞相关标志物的预后特征和免疫动态,以改善预后评估和免疫治疗策略 | 尤文肉瘤患者和细胞系 | digital pathology | Ewing sarcoma | 单细胞RNA测序, WGCNA, 批量RNA-seq, CIBERSORT算法 | Cox回归模型 | RNA-seq数据 | 未明确提及具体样本数量,但使用了外部数据集进行验证 |
199 | 2025-07-04 |
Single-cell analysis of peripheral blood and pleural effusion reveals functional diversity of γδ T cells in tuberculosis infection
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1605827
PMID:40607390
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研究论文 | 通过单细胞测序分析结核病患者外周血和胸腔积液中γδ T细胞的功能多样性 | 首次在结核病患者中鉴定出7种γδ T细胞亚群,并发现Vδ2细胞具有强效应功能和高FCGR3A表达 | 未明确γδ T细胞亚群在结核病免疫反应中的具体作用机制 | 探索γδ T细胞在结核病免疫反应中的作用及其亚群分化机制 | 结核病患者的外周血单个核细胞(PBMC)和结核性胸腔积液(TPE) | 免疫学 | 结核病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 结核病患者的外周血和胸腔积液样本 |
200 | 2025-07-04 |
Decoding neuroinflammation in Alzheimer's disease: a multi-omics and AI-driven perspective for precision medicine
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1616899
PMID:40607399
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研究论文 | 本文探讨了阿尔茨海默病中的神经炎症,结合多组学和AI驱动的方法,旨在实现精准医疗 | 利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术高分辨率分析AD脑组织细胞异质性,结合AI分析和多组学平台解码AD复杂的免疫炎症网络 | 未提及具体样本量或实验验证的局限性 | 解码阿尔茨海默病中的神经炎症机制,推动精准医疗发展 | 阿尔茨海默病(AD)脑组织中的细胞异质性和免疫炎症网络 | 精准医疗 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),AI分析,多组学平台 | NA | 单细胞RNA测序数据,多组学数据 | NA |