单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-05-23	Single-cell analyses of intestinal epithelium reveal the dysregulation of gut immune microenvironment in systemic lupus erythematosus 2025-Jan-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06147-5 PMID:39871323	research paper	通过单细胞RNA测序分析揭示了系统性红斑狼疮中肠道免疫微环境的失调	首次在系统性红斑狼疮背景下揭示了肠道上皮免疫和结构细胞间的通讯模式改变，以及抗氧化硒对γδT细胞损失的逆转作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚不充分	探究系统性红斑狼疮中肠道免疫微环境的失调机制	MRL/Lpr狼疮小鼠和MRL/Mpj对照小鼠的肠道上皮细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、定量PCR(qPCR)、流式细胞术、体内实验	NA	单细胞转录组数据	MRL/Lpr狼疮小鼠和MRL/Mpj对照小鼠的肠道上皮细胞样本
182	2025-05-23	Dynamic Reprogramming of Stromal Pdgfra-expressing cells during WNT-Mediated Transformation of the Intestinal Epithelium 2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.22.634326 PMID:39896606	research paper	该研究揭示了Pdgfra表达成纤维细胞在WNT驱动的肿瘤发生过程中如何动态重编程以促进肠道上皮的再生状态	首次揭示了Pdgfra成纤维细胞在WNT介导的组织转化中的动态重编程作用及其通过TGFB信号促进上皮再生状态的机制	研究仅基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究WNT驱动肿瘤发生过程中基质细胞与上皮细胞的相互作用机制	Pdgfra表达成纤维细胞和β-catenin突变上皮细胞	肿瘤生物学	肠道肿瘤	单细胞RNA测序(RNA-seq)	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	NA
183	2025-05-23	Mechanism of enhancing chemotherapy efficacy in pancreatic ductal adenocarcinoma with paricalcitol and hydroxychloroquine 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101881 PMID:39730001	研究论文	探讨帕立骨化醇和羟氯喹联合使用在增强胰腺导管腺癌化疗效果中的分子机制及其潜力	揭示了帕立骨化醇和羟氯喹联合使用通过调节自噬和内质网应激相关转录物，增强吉西他滨对胰腺导管腺癌的治疗效果	研究结果主要基于体外实验和小鼠模型，临床样本量有限	阐明帕立骨化醇和羟氯喹联合使用在增强胰腺导管腺癌对吉西他滨敏感性中的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)	肿瘤学	胰腺癌	蛋白质组学、单细胞RNA测序(RNA-seq)	体外实验、原位小鼠模型、患者来源的异种移植模型(PDX)	分子生物学数据、转录组数据	体外实验、小鼠模型及临床试验(NCT04524702)中的患者配对活检样本
184	2025-05-23	Author Correction: Uncovering functional lncRNAs by scRNA-seq with ELATUS 2025-Jan-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55730-9 PMID:39774948	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
185	2025-05-23	Self and parasite-derived peptides selected upon DERAA-bearing HLA-DRB1 alleles activate CD4+ T cells from Chagas cardiomyopathy patients and are associated with ventricular dysfunction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1527115 PMID:40391216	研究论文	该研究探讨了特定HLA-DRB1等位基因与恰加斯心肌病严重临床表现的关联，以及这些等位基因如何通过激活CD4+ T细胞参与心肌病的病理过程	发现携带DERAA基序的HLA-DRB1等位基因与恰加斯心肌病的严重临床表现相关，并揭示了这些等位基因通过激活CD4+ T细胞参与病理过程的机制	研究样本可能有限，且未涵盖所有可能的HLA-DRB1等位基因	探究特定HLA-DRB1等位基因在恰加斯心肌病病理过程中的作用	恰加斯心肌病患者（心脏型CCC和不确定型IND）的CD4+ T细胞	免疫学	恰加斯心肌病	计算分析、体外功能实验、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、肽段序列数据	恰加斯心肌病患者（包括CCC和IND）的CD4+ T细胞样本
186	2025-05-23	Comprehensive Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Cervical Cancer: Insights Into Tumor Microenvironment and Gene Expression Dynamics 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/5027347 PMID:40395456	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析宫颈癌的肿瘤微环境和基因表达动态	利用scRNA-seq技术揭示了宫颈癌的细胞异质性和基因表达动态，识别了与肿瘤进展相关的关键基因	未明确提及样本量是否足够大以覆盖所有亚型，以及是否进行了实验验证	探索宫颈癌的细胞异质性和基因表达动态，以寻找潜在的治疗靶点	宫颈癌样本	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, 高级生物信息学工具	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
187	2025-05-23	Pan-cancer analysis of phagocytosis regulators in female-specific cancers: a focus on HMGB2 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565924 PMID:40396172	research paper	该研究通过公共数据库分析，探讨了吞噬作用调节因子在女性特异性癌症中的作用，特别关注HMGB2的功能	首次全面分析了吞噬作用调节因子在女性特异性癌症中的表达、突变及功能，并验证了HMGB2在肿瘤细胞行为中的关键作用	研究主要基于公共数据库分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	探讨吞噬作用调节因子在女性特异性癌症中的作用，为开发有效治疗策略提供依据	女性特异性癌症（如乳腺癌、宫颈癌、卵巢癌和子宫内膜癌）中的吞噬作用调节因子	digital pathology	female-specific cancers	公共数据库分析、DNA甲基化分析、单细胞测序、体外实验	NA	genomic data, methylation data, single-cell sequencing data	基于公共数据库的多癌症样本分析，具体数量未明确说明
188	2025-05-23	Integrative single-cell and spatial transcriptomics analysis reveals MDK-NCL pathway's role in shaping the immunosuppressive environment of lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1546382 PMID:40396179	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学分析，揭示了MDK-NCL通路在肺腺癌免疫抑制微环境形成中的作用	首次揭示了MDK-NCL信号通路在肺腺癌免疫抑制微环境中的关键作用，并提出了其作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于公共数据集和有限的自有样本，需要更大规模的临床验证	探究肺腺癌肿瘤微环境的细胞组成及MDK-NCL信号通路的作用	肺腺癌肿瘤微环境中的细胞群	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学(ST), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	Seurat, inferCNV	RNA测序数据	TCGA-LUAD队列和内部队列样本
189	2025-05-23	Application of Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing (CITE-Seq) to Precisely Dissect the Brain Tumor Immune Microenvironment 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4558-1_3 PMID:40402445	研究论文	本文探讨了CITE-Seq技术在精确解析脑肿瘤免疫微环境中的应用	利用CITE-Seq技术同时获取单细胞的转录组和表面蛋白信息，为细胞表型和功能研究提供了新方法	未提及具体样本量或实验设计的局限性	研究脑肿瘤免疫微环境的细胞组成和相互作用	脑肿瘤微环境中的恶性细胞、免疫细胞、星形胶质细胞和其他基质细胞	数字病理学	脑肿瘤	CITE-Seq, scRNAseq	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA
190	2025-05-23	Immune Single-Cell Annotation by Molecular Signature-Based Deconvolution with MIXTURE 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4558-1_13 PMID:40402455	研究论文	本文提出了一种基于MIXTURE算法的单细胞RNA测序数据注释协议，用于提高肿瘤免疫微环境中细胞类型识别的准确性	使用v-SVR反卷积算法MIXTURE，解决了无监督注释方法的局限性，提供了更精确和细致的细胞类型注释	仅应用于黑色素瘤的单细胞RNA测序数据集，未在其他类型的数据集上验证	优化免疫治疗策略，解析肿瘤免疫微环境	单细胞RNA测序数据集中的细胞类型	数字病理学	黑色素瘤	scRNA-seq	v-SVR	RNA测序数据	一个已注释的黑色素瘤scRNA-seq数据集
191	2025-05-23	The IL-1β inhibitor canakinumab in previously treated lower-risk myelodysplastic syndromes: a phase 2 clinical trial 2024-11-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54290-2 PMID:39537648	研究论文	本文报道了一项关于IL-1β抑制剂canakinumab在先前治疗过的低风险骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的二期临床试验结果	首次在低风险MDS患者中评估了IL-1β抑制剂canakinumab的安全性和疗效，并通过单细胞RNA测序分析了其作用机制	研究样本量较小（25例患者），且为非随机单臂试验设计	评估靶向IL-1β信号通路是否能挽救MDS患者的无效红细胞生成	先前治疗过的低风险MDS患者	临床医学	骨髓增生异常综合征	单细胞RNA测序	NA	临床数据和RNA测序数据	25例MDS患者（中位年龄74岁，60%男性）
192	2025-05-23	Reconstructing the regulatory programs underlying the phenotypic plasticity of neural cancers 2024-11-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53954-3 PMID:39516198	研究论文	本文提出了一种名为'single-cell regulatory-driven clustering' (scregclust)的方法，用于从单细胞RNA测序数据中重建细胞调控程序	开发了scregclust算法，能高效地将目标基因划分为模块，并预测关键转录因子和激酶，计算时间短	对神经癌症细胞状态调控的理解仍有限	研究神经癌症的表型可塑性调控程序	成人和儿童脑癌	生物信息学	神经癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scregclust算法	单细胞RNA测序数据	15种肿瘤类型的数据
193	2025-05-23	Uncovering functional lncRNAs by scRNA-seq with ELATUS 2024-11-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54005-7 PMID:39521797	研究论文	本文介绍了一种名为ELATUS的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中增强功能性长链非编码RNA（lncRNA）的检测	开发了ELATUS框架，结合伪对齐工具Kallisto和选择性功能过滤，提高了lncRNA在单细胞水平上的检测准确性和一致性	依赖于参考注释的准确性，对于注释不准确的lncRNA可能仍有局限性	提高单细胞RNA测序数据中功能性lncRNA的检测能力	长链非编码RNA（lncRNA）	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq, ATAC-seq	ELATUS（基于Kallisto的计算框架）	单细胞RNA测序数据	NA
194	2025-05-23	Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.24.619910 PMID:39554174	研究论文	研究探讨了细胞因子混合物对人类THP-1巨噬细胞的重新编程能力，使其向阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型转变	首次使用特定细胞因子混合物（IL4、CSF1/MCSF、IL34和TGFβ）诱导人类巨噬细胞向疾病相关微胶质细胞（DAM）和脂质相关巨噬细胞（LAM）的转录状态转变	研究仅限于体外实验，未在体内验证细胞因子诱导的巨噬细胞重编程效果	探索细胞因子对人类巨噬细胞重编程的影响，以理解其在神经退行性疾病中的作用和潜在治疗应用	人类THP-1巨噬细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、转录组分析、功能实验	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	体外培养的人类THP-1巨噬细胞
195	2025-05-23	Distinct tumor architectures and microenvironments for the initiation of breast cancer metastasis in the brain 2024-Oct-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.015 PMID:39270646	research paper	该研究探讨了乳腺癌脑转移的早期阶段，重点关注三阴性乳腺癌（TNBC）和HER2阳性乳腺癌（HER2BC）在脑部定植的不同肿瘤结构和微环境	揭示了TNBC和HER2BC在脑部定植时形成的不同肿瘤结构和微环境，以及它们如何引发不同的阿尔茨海默病相关小胶质细胞（DAM）反应和GAS6受体AXL的参与	研究主要基于小鼠模型和人类组织样本，可能无法完全反映人类疾病的复杂性	理解乳腺癌脑转移的早期阶段和不同亚型乳腺癌在脑部定植的机制	三阴性乳腺癌（TNBC）和HER2阳性乳腺癌（HER2BC）	肿瘤学	乳腺癌	单细胞转录组学	小鼠模型	组织样本和转录组数据	未明确提及具体样本数量，但包括小鼠模型和人类组织样本
196	2025-05-23	STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics 2024-Jun-20, ArXiv PMID:38947920	研究论文	介绍了一个名为STimage-1K4M的新型数据集，该数据集通过为子图块提供基因组特征，弥补了现有医学图像-文本数据集的不足	STimage-1K4M数据集首次将病理图像的子图块与高维基因表达数据配对，提供了前所未有的细粒度数据	数据集仅包含1,149张图像，可能不足以覆盖所有病理情况	推动多模态数据分析和计算病理学领域的先进研究	病理图像和基因表达数据	计算病理学	NA	空间转录组学	NA	图像和基因表达数据	1,149张图像，4,293,195对子图块和基因表达数据
197	2025-05-23	Bioengineered vascular grafts with a pathogenic TGFBR1 variant model aneurysm formation in vivo and reveal underlying collagen defects 2024-05-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg6298 PMID:38718134	research paper	该研究通过结合人类诱导多能干细胞(hiPSCs)、生物工程血管移植物(BVGs)和基因编辑技术，建立了一种功能性的人类胸主动脉瘤(TAA)动物模型	利用基因编辑和生物工程技术创建了携带Loeys-Dietz综合征(LDS)相关致病变异的血管移植物，成功在动物体内模拟了人类TAA的形成过程	研究仅针对特定基因变异(LDS相关)导致的TAA，可能无法完全代表所有类型TAA的发病机制	建立更好的人类胸主动脉瘤疾病模型并研究其发病机制	人类诱导多能干细胞衍生的血管平滑肌细胞和生物工程血管移植物	生物医学工程	胸主动脉瘤	基因编辑、hiPSC技术、生物工程技术、空间转录组学分析	动物模型(裸鼠)	基因表达数据、蛋白质数据、组织学数据	使用基因编辑细胞和患者来源细胞构建的生物工程血管移植物
198	2025-05-23	Synovial fibroblast gene expression is associated with sensory nerve growth and pain in rheumatoid arthritis 2024-04-10, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adk3506 PMID:38598614	研究论文	本研究通过机器学习方法识别与类风湿关节炎疼痛相关的基因表达模块，并验证了滑膜成纤维细胞与疼痛感知神经元之间的相互作用	开发了基于图的基因表达模块识别方法（GbGMI），首次揭示了滑膜成纤维细胞基因表达与疼痛感知神经元生长之间的关联	研究主要基于体外实验和小样本验证，需要进一步在更大样本和体内模型中验证	探究类风湿关节炎疼痛机制与滑膜成纤维细胞基因表达的关系	类风湿关节炎患者的滑膜活检样本和疼痛感知神经元	生物信息学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序、机器学习（GbGMI）	NA	基因表达数据	两个独立队列的滑膜活检样本（已确诊RA患者和早期未治疗RA患者）
199	2025-05-23	Multimodal Analytical Tools to Enhance Mechanistic Understanding of Aortic Valve Calcification 2024-04, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2023.06.017 PMID:37517686	综述	本文综述了用于增强主动脉瓣钙化机制理解的多模态分析工具，包括转录组学、蛋白质组学和分子成像技术	整合了转录组学、蛋白质组学和分子成像技术，为CAVD研究提供了全面的方法，并有可能识别新的调控通路	NA	促进钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)和药物靶点研究的进展	钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)	生物医学研究	心血管疾病	转录组学、蛋白质组学、分子成像、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、正电子发射断层扫描/计算机断层扫描(PET/CT)	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、影像数据	NA
200	2025-05-23	Endothelial cells drive organ fibrosis in mice by inducing expression of the transcription factor SOX9 2024-02-28, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abq4581 PMID:38416842	research paper	研究发现内皮细胞通过诱导转录因子SOX9的表达在小鼠中驱动器官纤维化	揭示了内皮细胞在纤维化过程中的关键作用，特别是通过SOX9转录因子促进纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据有限	探究内皮细胞在器官纤维化中的作用及其机制	小鼠模型和人类心脏组织	生物医学	心血管疾病, 肺纤维化, 肝纤维化	RNA测序, 单细胞RNA测序	小鼠基因编辑模型	基因表达数据	多种小鼠纤维化模型及人类心脏衰竭组织样本