单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 39582 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2026-05-19 |
Macrophage metabolism directs regenerative versus fibrotic healing through BMP signaling in the mouse digit tip
2026-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.04.722661
PMID:42146602
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研究论文 | 利用小鼠指尖截肢模型，发现一依赖于脂肪酸氧化和糖酵解代谢转换的巨噬细胞亚群通过BMP信号驱动再生性愈合，而该亚群在纤维化愈合中缺失 | 首次整合单细胞RNA-seq、空间转录组学和代谢组学分析，发现再生特异性巨噬细胞通过BMP信号促进骨再生，并揭示其由脂肪酸氧化增强和糖酵解活性降低的代谢开关调控 | 未明确解释再生指尖独特的微环境条件如何诱导该巨噬细胞亚群出现，以及其在人类再生中的适用性 | 探究巨噬细胞如何通过不同信号通路决定愈合结局为再生或纤维化 | 小鼠指尖截肢模型中再生性（P3截肢）和纤维化（P2截肢）愈合的巨噬细胞及其微环境 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学分析 | NA | 转录组数据、空间转录组数据、代谢组数据 | 小鼠指尖截肢模型（P3和P2截肢组） | 10x Genomics、Illumina | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium、Illumina NovaSeq | 10x Chromium用于单细胞RNA-seq捕获，10x Visium用于空间转录组分析，Illumina NovaSeq用于测序 |
| 182 | 2026-05-19 |
Gene-Modulated Network Diffusion for Improved Modeling of Amyloid- β Spread in Alzheimer's Disease
2026-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.04.722725
PMID:42146687
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研究论文 | 通过基因调制网络扩散模型改善阿尔茨海默病中淀粉样蛋白-β传播的建模 | 引入基因表达式调控的区域易感性到网络扩散模型中，显著提高模型性能 | 基线网络扩散模型在机制可解释性方面存在缺陷 | 改善阿尔茨海默病中淀粉样蛋白-β病理传播的建模和预测 | 阿尔茨海默病神经影像学队列和阿尔茨海默病测序计划的外部队列 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | NA | 网络扩散模型（NDM）和扩展网络扩散模型（eNDM） | NA | 阿尔茨海默病神经影像学队列和阿尔茨海默病测序计划的外部队列 | NA | NA | NA | NA |
| 183 | 2026-05-19 |
Modeling human B cell development with pluripotent stem cells
2026-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.04.722674
PMID:42146710
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研究论文 | 建立一种从人类多能干细胞高效生成B细胞的方案，并验证其能准确再现成人骨髓B淋巴细胞生成过程 | 首次实现从不同人类多能干细胞系来源的定型造血祖细胞高效生成B细胞，并揭示IL-7对功能性IgH重排的抑制效应以及卵黄囊祖细胞与定型造血祖细胞均具有B细胞潜能 | 未提及临床转化验证或长期体内功能评估 | 开发基于人类多能干细胞的B细胞生成方案，用于研究早期B淋巴细胞生成及提供治疗性浆细胞来源 | 人类多能干细胞及其分化的B细胞（前B细胞、前体B细胞、幼稚B细胞、浆细胞） | 数字病理学 | NA | 多组学单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种人类多能干细胞系 | 10x Genomics, 其他未明确公司在文中未指定 | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 184 | 2026-05-19 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2026-May-05, JACC. Basic to translational science
DOI:10.1016/j.jacbts.2026.101542
PMID:42090754
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研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学分析，发现白细胞介素-1β驱动致心律失常性心肌病的疾病进展 | 首次在人类ACM样本中结合单核RNA测序和空间转录组学，鉴定出与纤维化和炎症细胞类型共存的疾病相关空间生态位，并证明抗IL-1β中和抗体在Dsg2突变小鼠中可减轻纤维化、维持心脏功能并减少心律失常机制 | 研究主要基于有限的患者样本和动物模型，抗IL-1β治疗在人体中的安全性和有效性需要进一步临床试验验证 | 探索致心律失常性心肌病中疾病进展的分子机制及潜在治疗靶点 | 人类ACM患者的心肌样本和对照供体样本，以及Dsg2突变小鼠模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | ACM患者和对照供体的心肌样本（具体数量未提及） | 10x Genomics | 单核RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单核RNA测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 185 | 2026-05-19 |
A diagnostic plasma omics-biomarker for Alzheimer's disease informed by microglial single-cell transcriptomics: A pilot study
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.30.721959
PMID:42146366
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研究论文 | 利用小胶质细胞单细胞转录组学数据开发阿尔茨海默病血浆组学生物标志物 | 首次将单细胞转录组学数据与血浆组学结合，通过图优化传输方法将小胶质细胞基因表达特征转化为血液生物标志物 | 样本量较小（pilot study），300基因面板对认知正常患者预测准确性较低（53%） | 开发基于组学信息的血液诊断生物标志物用于阿尔茨海默病早期诊断 | 阿尔茨海默病患者与小胶质细胞基因表达相关的血液生物标志物 | 机器学习的应用 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序 | 图优化传输模型 | 转录组数据 | 小规模试点研究样本 | NA | 单核RNA测序, 血液转录组测序 | NA | NA |
| 186 | 2026-05-19 |
Spatially Resolved Microglial State Transitions Govern Strain-Specific Zika Neuropathogenesis
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.30.721456
PMID:42146367
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研究论文 | 整合高分辨率空间转录组学与感染感知细胞类型图谱，构建寨卡病毒感染小鼠脑的时空图谱，揭示小胶质细胞状态转变驱动病毒株特异性神经发病机制 | 首次建立空间分辨的病毒株特异性小胶质细胞状态转变与组织紊乱及神经功能损伤的关联框架，揭示亚洲株与非洲株寨卡病毒通过差异调控Apoe-Trem2信号通路影响疾病严重性的机制 | 未提及局限性 | 阐明不同病毒株的寨卡病毒感染如何通过空间和时间上的细胞状态转变导致神经病理差异 | 寨卡病毒感染的小鼠脑组织 | 数字病理学 | 寨卡病毒病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠脑组织样本（具体数量未提及） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 高分辨率空间转录组学 |
| 187 | 2026-05-19 |
T-cell distribution in the dorsal root ganglion across species, sex, and age
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.30.722027
PMID:42146464
|
研究论文 | 该论文通过比较生物学方法研究了T细胞在哺乳动物背根神经节中的分布，并探讨了物种、性别和年龄的影响 | 首次系统比较了人类、非人类灵长类、猪和啮齿类动物背根神经节中T细胞的分布差异，并揭示了性别和年龄对T细胞分布的影响 | 未明确说明限制性 | 探究不同物种、性别和年龄下背根神经节中T细胞的分布差异及功能意义 | 人类、非人类灵长类、猪和啮齿类动物的背根神经节 | 机器学习和数字病理学 | 疼痛和周围神经系统疾病 | 空间转录组学和免疫荧光 | NA | 图像和转录组数据 | 包括人类（不同性别和年龄）、非人类灵长类、猪和啮齿类动物的样本 | 10x Genomics, Illumina | 空间转录组学 | 10x Visium | NA |
| 188 | 2026-05-19 |
Alzheimer's Disease and circadian disruption sex-specifically contribute to a loss of bone maintenance in APP/PS1 model mice
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.01.722089
PMID:42146604
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研究论文 | 本研究探索了阿尔茨海默病和昼夜节律紊乱对APP/PS1模型小鼠骨维持丧失的性别特异性影响 | 结合高分辨率微计算机断层扫描、拉曼光谱和单细胞RNA测序，首次揭示了昼夜节律紊乱与阿尔茨海默病在骨重塑中的协同机制 | 未阐述 | 探究遗传和环境因素（昼夜节律紊乱）对骨结构、骨髓祖细胞活性和单核细胞衍生巨噬细胞的影响 | APP/PS1转基因小鼠模型 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像、文本 | APP/PS1小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 189 | 2026-05-19 |
Clonal embeddings allow exploratory analysis of lineage-resolved single-cell data
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.30.720820
PMID:42146635
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研究论文 | 开发了一种名为clone2vec的机器学习方法，用于从谱系解析的单细胞数据中学习克隆嵌入，实现可扩展的探索性分析 | 直接利用细胞表达流形学习克隆嵌入，无需离散细胞类型标签，对少细胞克隆保持稳定，并支持跨数据集对齐 | 未提及 | 解决稀疏克隆数据和注释依赖带来的分析挑战，提供谱系耦合单细胞数据的探索性分析通用方案 | 胚胎发生、肿瘤发生和造血过程中的前瞻性条形码数据集，以及TCR测序分析的肿瘤微环境 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序，TCR测序 | clone2vec（嵌入学习模型） | 单细胞转录组数据 | 涉及多个数据集，包括胚胎发生、肿瘤发生、造血过程及肿瘤微环境样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 190 | 2026-05-19 |
Cross-assay RNA modeling reveals cancer biomarkers
2026-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.30.722009
PMID:42146664
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研究论文 | 系统评估跨平台转录组数据整合方法，开发预测模型并发现癌症生物标志物 | 首次系统比较四种转录组学平台（bulk RNA-seq、scRNA-seq、NanoString、微阵列）的数据整合策略，并利用匹配的化疗前后样本减少变异，实现跨平台预测模型构建 | 微阵列和scRNA-seq数据存在系统性偏差，需要额外的数据生成和优化策略来克服平台特异性限制 | 探索跨平台转录组数据整合方法，开发癌症复发预测模型并发现生物标志物 | 高级别浆液性癌（HGSC）患者样本，包括化疗前后匹配样本及多种平台数据 | 机器学习 | 卵巢癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, NanoString, 微阵列 | 预测模型（用于疾病复发预测） | 基因表达数据 | 多队列样本：包括新生成的RNA-seq和NanoString配对数据集，以及外部验证的微阵列数据集 | Illumina, NanoString Technologies | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, NanoString nCounter, 微阵列 | Illumina测序平台, NanoString nCounter | RNA-seq与NanoString nCounter配对分析，整合单细胞和bulk RNA-seq网络分析 |
| 191 | 2026-05-19 |
Tumor glycosylation engages CD301b-mediated myeloid regulation in breast cancer
2026-May-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9347231/v1
PMID:42147159
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研究论文 | 该研究揭示了肿瘤糖基化通过CD301b介导的髓系调控影响乳腺癌进展的机制 | 首次鉴定C型凝集素受体CD301b及其人类同源物CLEC10A在乳腺癌肿瘤微环境中的免疫调控作用，并发现Tn糖抗原与CD301b⁺免疫细胞之间的互作促进肿瘤生长 | 主要基于小鼠模型和有限的人类样本，缺乏大规模临床验证，且机制细节尚需进一步阐明 | 研究肿瘤糖基化如何通过糖-凝集素相互作用调控乳腺癌免疫微环境 | 小鼠三阴性乳腺癌模型及人类乳腺癌样本 | 免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型及人类乳腺癌组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 192 | 2026-05-19 |
Histone deacetylases and cell-cycle regulators orchestrate cell-identity transitions during Arabidopsis root regeneration
2026-05-04, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2026.03.013
PMID:41889170
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序、ATAC测序、成像和突变体分析，描绘拟南芥根再生过程中细胞重编程的轨迹，揭示组蛋白去乙酰化酶和细胞周期调控因子在细胞身份转变中的作用 | 首次在单细胞水平揭示拟南芥根再生过程中细胞重编程的连续状态，发现I类组蛋白去乙酰化酶HDA9和HDA19在早期关闭旧身份和防止应激反应中的作用，以及DOF转录因子OBP1和SMR蛋白调控细胞分裂速率以促进新身份获取的机制 | 未提及 | 揭示拟南芥根再生过程中细胞重编程的分子机制 | 拟南芥根再生细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC测序, 成像, 突变体分析 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 图像数据 | 未明确提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium用于单细胞RNA测序和ATAC测序 |
| 193 | 2026-05-19 |
Robust identification of cell-cell communication heterogeneity in single cells
2026-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.29.721691
PMID:42146454
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研究论文 | 提出scRICH框架，整合机制性多尺度数学模型与学习策略，从单细胞和空间转录组数据中捕获细胞间通讯的复杂性，并揭示细胞类型内的通讯行为异质性 | 首次将机制性多尺度数学模型与学习策略相结合，利用RNA剪接的动态信息联系细胞间通讯与细胞命运决定，并通过构建多层调控网络连接细胞间相互作用与细胞内响应的尺度 | 研究未明确说明局限性 | 开发能够从单细胞转录组数据中稳健识别细胞间通讯异质性的计算框架 | 单细胞转录组数据和空间转录组数据，以及EGF配体/受体在皮肤等效类器官角质形成细胞中的共表达 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 194 | 2026-05-19 |
spatiAlytica: Viewer-Grounded Multimodal Agentic System for Interactive Spatial Omics Analysis
2026-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.29.721735
PMID:42146494
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研究论文 | spatiAlytica是一个嵌入Napari查看器的多模态交互式智能体系统，使非编程生物学家能通过自然语言进行迭代、假设驱动的空间组学分析 | 通过查看器状态序列化、智能体记忆、生物概念-数据字段映射、代码生成与调试、空间VQA以及基于查看器的推理，创新性地将用户查看器交互与空间分析紧密耦合，形成探索性和解释性推理工作流 | 文中未明确讨论局限性，但可能包括：基于Napari查看器的架构限制、生物概念映射的准确性、跨病理类型泛化能力、计算资源消耗等 | 开发一种查看器为中心的多模态交互式智能体系统，使非程序员生物学家能通过自然语言进行迭代、假设驱动的空间组学分析 | 空间转录组学和蛋白质组学数据（包括Kaposi肉瘤、结直肠癌和卵巢癌组织样本） | 计算机视觉, 自然语言处理, 数字病理学 | Kaposi肉瘤, 结直肠癌, 卵巢癌 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | 多模态智能体系统（基于大语言模型，如代码生成、调试、空间VQA） | 图像, 文本 | 三项病例研究（Kaposi肉瘤、结直肠癌、卵巢癌）涉及组织样本，基准包含222个单轮空间分析代码问题、178个多轮序列工作流问题和7350个图像基础推理问题 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 195 | 2026-05-19 |
Comparison of single-cell sequencing technologies for allele-specific expression analysis in rabbit spermatids
2026-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2026.111224
PMID:41780767
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研究论文 | 比较不同单细胞测序技术在兔精子细胞等位基因特异性表达分析中的应用 | 首次在兔精子细胞中分析等位基因特异性表达，并比较短读长和长读长测序技术的性能，发现了可能与遗传生物控制相关的候选基因 | 仅使用了有限的样本，未来需要进一步评估候选基因在遗传生物控制中的适用性 | 分析兔精子细胞中的等位基因特异性表达，以识别可用于遗传生物控制的候选基因 | 兔精子细胞 | 机器学习和基因组学 | NA | 短读长测序、长读长测序 | NA | 测序数据 | 未明确说明，涉及兔精子细胞样本 | Illumina、Oxford Nanopore Technologies、Pacific Biosciences | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq、ONT MinION/GridION、PacBio Sequel II | 短读长Illumina测序和长读长ONT/PacBio测序 |
| 196 | 2026-05-19 |
Single-cell transcriptomics identifies NF-κB/STAT3-associated neutrophil inflammatory reprogramming in rheumatoid arthritis synovium
2026-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2026.111231
PMID:41831621
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析类风湿性关节炎滑膜中的中性粒细胞异质性及其炎症重编程机制 | 首次在单细胞水平揭示RA滑膜中性粒细胞的NF-κB/STAT3轴驱动的炎症重编程，并鉴定C1和C3炎症表型以及M3/M4功能模块 | 验证仅基于bulk RNA-seq队列（n=19），缺乏功能实验的直接验证 | 阐明类风湿性关节炎滑膜中中性粒细胞的异质性和炎症重编程机制 | 8名RA患者滑膜组织的66,539个细胞，包括中性粒细胞和其他基质细胞 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 8名RA患者（66,539个细胞）和19名独立队列的bulk RNA-seq样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 197 | 2026-05-19 |
Endothelial cells recruit pro-inflammatory macrophage clusters via App-Cd74 exacerbating ICI-associated myocarditis
2026-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2026.111238
PMID:41905617
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现内皮细胞通过App-Cd74信号轴招募促炎性巨噬细胞簇，加剧ICI相关心肌炎 | 首次在单细胞水平揭示内皮细胞通过App-Cd74轴与Cxcl9+Cxcl10+巨噬细胞簇相互作用，加重ICI相关心肌炎的免疫病理机制，并利用深度学习框架scTenifoldXct验证该配体-受体相互作用 | 未提及具体局限性，但基于小鼠模型的研究结果可能需在人类样本中验证 | 阐明免疫检查点抑制剂相关心肌炎的免疫病理机制并探索潜在治疗靶点 | 小鼠ICI心肌炎模型的心脏组织 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度学习框架（scTenifoldXct） | 单细胞转录组数据 | 小鼠ICI心肌炎模型的心脏组织样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 198 | 2026-05-19 |
Unraveling the spatial landscape of dystrophinopathies: a transcriptomic approach to Becker and Duchenne muscular dystrophies
2026-May-01, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.70067
PMID:42067897
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研究论文 | 利用空间转录组学解析Becker和Duchenne肌营养不良症中肌营养不良蛋白病的空间景观 | 首次使用Visium空间转录组学技术研究肌营养不良蛋白病患者骨骼肌样本，并结合单核RNA-seq数据去卷积分析细胞类型比例和空间定位，识别脂肪斑块富集基因及活跃病理区域中纤维脂肪祖细胞等细胞类型 | 样本量较小（8例患者和4例健康对照），且缺乏对基因表达梯度动态过程的纵向验证 | 阐明Becker和Duchenne肌营养不良症的病理组织学变化，特别是肌肉纤维化和脂肪替代的分子机制 | 肌营养不良蛋白病患者（n=8）和健康对照（n=4）的骨骼肌活检样本 | 数字病理学 | 肌营养不良症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据（空间转录组和单核RNA-seq） | 12例骨骼肌活检样本（8例患者和4例健康对照） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台 |
| 199 | 2026-05-08 |
Abi3S212F Alzheimer's disease variant alters plaque structure and disrupts microglia
2026-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.71452
PMID:42092345
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研究论文 | 本研究通过构建Abi3S212F小鼠模型，发现该阿尔茨海默病风险变体会改变淀粉样斑块结构并导致小胶质细胞功能障碍 | 首次在体内揭示ABI3S209F/Abi3S212F变体通过破坏细胞骨架动力学导致小胶质细胞功能障碍和死亡，并证明这种损伤发生在斑块形成之前 | 未提及具体局限性 | 阐明ABI3S209F（Abi3S212F）阿尔茨海默病风险变体对小胶质细胞功能和淀粉样病理的影响机制 | Abi3S212F基因敲入小鼠与两种人源化β-淀粉样蛋白（Aβ）模型杂交的后代 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学， 单细胞分析， 共聚焦成像 | NA | 图像， 转录组数据 | 不同年龄段的小鼠样本（具体数量未说明） | 10x Genomics | 空间转录组学， 单细胞RNA测序 | 10x Visium， 10x Chromium | 空间转录组学使用10x Visium平台，单细胞分析使用10x Chromium平台 |
| 200 | 2026-05-19 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals APOE genotype-dependent sex differences in Alzheimer's disease
2026-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.71463
PMID:42108391
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研究论文 | 单细胞转录组分析揭示APOE基因型依赖性性别差异在阿尔茨海默病中的作用 | 首次在单细胞水平全面研究性别与APOE基因型之间的相互作用 | 未提供具体局限性信息 | 探索阿尔茨海默病中性别和APOE相关差异的单细胞转录组学变化 | 阿尔茨海默病患者的脑细胞类型（54种高分辨率细胞类型） | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |