单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-07-02	Neuroprotective liver portal area macrophages attenuate hepatic inflammation 2025-Jul, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02190-y PMID:40537510	research paper	该研究通过整合全肝叶成像和小鼠肝脏中CX3CR1细胞的单细胞RNA测序分析，发现了一种新型的肝门区巨噬细胞（LPAMs），其在维持肝脏免疫稳态中发挥重要作用	识别了一种新型的CX3CR1CD63肝门区巨噬细胞（LPAMs），并揭示了其在肝脏免疫稳态中的独特功能和与交感神经的密切互动	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究肝脏中特定巨噬细胞亚群的功能及其在肝脏免疫稳态中的作用	小鼠肝脏中的CX3CR1细胞	免疫学	非酒精性脂肪性肝炎	全肝叶成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	小鼠肝脏样本
182	2025-07-02	T-cell differentiation stage block bias confers hypermethylation and mediastinal preference in T-cell lymphoblastic lymphoma 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70380 PMID:40579780	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞T细胞受体测序，揭示了T-LBL中恶性T细胞主要在DN和DP阶段受阻，并探讨了这种阻滞模式如何导致免疫抑制微环境和纵隔偏好	首次从分化阻滞的角度揭示了T-LBL和T-ALL的异质性，并发现E2F2通过上调UHRF1导致肿瘤抑制基因高甲基化的新机制	研究样本主要来自单一中心，可能影响结果的广泛适用性	重新评估T-LBL和T-ALL之间的差异，探索其分子机制和治疗靶点	T细胞淋巴母细胞淋巴瘤(T-LBL)和T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)	肿瘤学	淋巴瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq)	NA	流式细胞数据, 体细胞突变数据, 单细胞测序数据, 表达阵列数据	NCH-TALL-LBL队列(具体数量未明确说明)
183	2025-07-02	Spatial Transcriptome Analysis Reveals Diverse Human Burn Wound Microenvironment 2025 Jul-Aug, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.70061 PMID:40579885	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了人类烧伤伤口微环境的多样性	首次应用空间转录组学技术于烧伤组织，揭示了不同烧伤深度区域的基因表达空间模式及其与细胞类型和生物通路的关联	提供了该技术在烧伤组织中应用的注意事项	理解人类烧伤伤口微环境并识别具有再生潜力的特定区域	人类烧伤组织	数字病理学	烧伤	空间转录组学	NA	空间转录组数据	未明确说明样本数量
184	2025-07-02	Infiltrative classical monocyte-derived and SPP1 lipid-associated macrophages mediate inflammation and fibrosis in ANCA-associated glomerulonephritis 2025-Jun-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfae292 PMID:39694817	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了ANCA相关性肾小球肾炎中肾脏巨噬细胞的多样性及其在炎症和纤维化中的作用	首次在ANCA相关性肾小球肾炎中鉴定出四种主要巨噬细胞亚群，包括经典单核细胞来源的巨噬细胞和SPP1脂质相关巨噬细胞，并揭示了它们在炎症和纤维化中的不同作用	样本量较小（仅5名AGN患者），且未探讨这些巨噬细胞亚群在其他肾脏疾病中的普遍性	探究ANCA相关性肾小球肾炎中肾脏巨噬细胞的多样性及其在疾病进展中的作用机制	ANCA相关性肾小球肾炎患者的肾脏CD45+免疫细胞	免疫学	ANCA相关性肾小球肾炎	单细胞转录组分析，免疫染色，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据，流式细胞数据	5名活动期AGN患者，1名狼疮性肾炎患者和1名肾切除对照的25,485个新鲜肾脏CD45+免疫细胞
185	2025-07-02	Identification of key genes and development of an identifying machine learning model for sepsis 2025-Jun-30, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-025-02068-7 PMID:40583108	研究论文	本研究旨在通过整合多器官单细胞RNA测序和机器学习，识别脓毒症的关键基因并构建脓毒症识别模型	结合多器官scRNA-seq数据和机器学习方法识别脓毒症关键基因并构建高精度识别模型	需要进一步研究验证发现的关键基因和模型	脓毒症关键基因识别和诊断模型开发	脓毒症小鼠心脏和肺组织样本	机器学习	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)	基因表达数据	5个GEO数据集(GSE207363, GSE207651, GSE185263, GSE69063, GSE134347)
186	2025-07-02	Tracing and Capturing the Epiblast Pluripotency of Sheep Preimplantation Embryos 2025-Jun-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417764 PMID:40586282	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析羊的植入前胚胎，捕获了不同多能性状态的干细胞，并建立了羊的形成性和原始多能性干细胞系	首次在羊模型中建立了能够维持超过100代并分化为三个胚层的形成性和原始多能性干细胞系，并揭示了不同物种间早期胚胎发育的保守性和差异性	研究主要聚焦于羊模型，可能不完全适用于其他物种	研究羊植入前胚胎的多能性变化及其调控机制	羊的植入前胚胎（E1至E14）	再生医学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	羊植入前胚胎（具体数量未明确说明）
187	2025-07-02	A spatial transcriptomic atlas of the host response to oropharyngeal candidiasis 2025-Jun-30, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00849-25 PMID:40586608	研究论文	利用空间转录组学技术构建宿主对口腔念珠菌病反应的图谱，揭示免疫细胞间的相互作用和新型抗菌蛋白家族	首次应用10× Visium空间转录组学技术，在口腔念珠菌病模型中高分辨率映射宿主微环境，发现2型免疫反应和M2巨噬细胞在维持组织稳态中的作用，以及血小板脱颗粒在疾病消退中的预测作用，并鉴定出一类新型富含脯氨酸的小抗菌蛋白家族	研究基于小鼠模型，结果向人类转化需要进一步验证	探究口腔念珠菌病感染微环境中免疫反应的平衡机制	小鼠口腔念珠菌病模型中的舌组织	空间转录组学	口腔念珠菌病	10× Visium Spatial Transcriptomics	NA	空间转录组数据	NA
188	2025-07-02	Integrated Transcriptome and Metabolomics Analyses Show MYC as a Potential Therapeutic Target for Behçet's Uveitis 2025-Jun-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417843 PMID:40586758	研究论文	通过整合转录组和代谢组学分析，揭示MYC作为贝赫切特葡萄膜炎潜在治疗靶点	首次结合非靶向代谢组学和单细胞RNA测序技术，发现MYC在调控糖酵解和T细胞反应中的核心作用，并提出其作为治疗靶点	研究样本量有限，且动物模型(EAU小鼠)与人类疾病存在潜在差异	探索贝赫切特葡萄膜炎的疾病特异性代谢改变及治疗靶点	贝赫切特葡萄膜炎患者和健康对照者的代谢组与转录组数据，以及实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型	生物医学研究	贝赫切特葡萄膜炎	非靶向代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	代谢组数据、转录组数据	贝赫切特葡萄膜炎患者与健康对照者(具体数量未明确)，以及EAU小鼠模型
189	2025-07-02	Diversity of mast cell subpopulations in the tumor microenvironment of colorectal cancer and their prognostic implications 2025-Jun-30, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04119-8 PMID:40586903	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探索了结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其与预后的关系	首次揭示了结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的功能异质性及其在肿瘤进展中的不同作用，并鉴定了亚群特异性标记基因	样本量相对较小（40例CRC肿瘤样本），且未进行实验验证	探索结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其预后意义	结直肠癌肿瘤微环境中的肥大细胞亚群	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、生物信息学分析	非负矩阵分解（NMF）	RNA测序数据	40例CRC肿瘤样本（单细胞数据）及HMU、GEO和TCGA队列的批量RNA-seq数据
190	2025-07-02	TRAF3IP2-AS1 Deficiency Induces Necroptosis to Promote Pancreatic Cancer Liver Metastasis 2025-Jun-30, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4784 PMID:40586914	研究论文	研究发现lncRNA TRAF3IP2-AS1的缺失通过诱导坏死性凋亡促进胰腺癌肝转移	首次揭示TRAF3IP2-AS1通过调节坏死性凋亡和免疫抑制微环境在胰腺癌肝转移中的关键作用	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证有待进一步开展	探究胰腺癌肝转移的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色、3D体外模型	患者来源类器官模型、TGFβ1条件性敲除小鼠模型	RNA测序数据、免疫荧光图像	PDAC患者样本和动物模型
191	2025-07-02	Pan-cancer analysis of enhancer-induced MIR17HG and validation as a SIRT1-promoting factor in colorectal cancer 2025-Jun-30, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02841-y PMID:40586938	研究论文	本研究通过泛癌分析探讨了MIR17HG在恶性肿瘤中的作用，并验证了其在结直肠癌中作为SIRT1促进因子的功能	发现HSF1介导的增强子活性是MIR17HG过表达的新驱动因素，促进SIRT1依赖的结直肠癌进展	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏更深入的体内机制验证	探究MIR17HG在多种癌症中的致癌作用及其在结直肠癌中的调控机制	MIR17HG基因及其在23种肿瘤类型中的表达模式	癌症基因组学	结直肠癌	生物信息学分析、单细胞测序数据分析、敏感性分析、虚拟筛选	NA	基因表达数据、临床样本数据、小鼠样本数据	23种肿瘤类型的表达数据及临床和小鼠样本
192	2025-07-02	Spatial Transcriptome Analysis of B7-H4 in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma: A Novel Therapeutic Target for Anti-Immune Checkpoint Inhibitors 2025-Jun-30, Head and neck pathology DOI:10.1007/s12105-025-01815-w PMID:40586978	研究论文	本研究通过免疫组化和空间转录组学技术，探讨了B7-H4在头颈部鳞状细胞癌中的表达及其作为抗免疫检查点抑制剂新靶点的潜力	发现B7-H4与PD-L1在肿瘤细胞中呈现互斥表达模式，并证实B7-H4与低CD8+ T细胞浸润显著相关	样本量有限，空间转录组分析仅涉及6例HNSCC样本	探索B7-H4作为免疫检查点抑制剂耐药性头颈部鳞癌治疗新靶点的潜力	头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)组织样本及其相邻鳞状上皮内瘤变(SIN)和正常口腔黏膜(NOM)	肿瘤免疫治疗	头颈部鳞状细胞癌	免疫组化(IHC), 空间转录组学(ST)	NA	组织微阵列数据, 空间转录组数据	94例HNSCC样本, 94例相邻SIN样本, 69例NOM样本(免疫组化); 6例HNSCC样本及其配对的SIN和NOM样本(空间转录组)
193	2025-07-02	Autophagy-related biomarkers in non-obstructive azoospermia: insights from transcriptomics and single-cell sequencing 2025-Jun-30, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03559-6 PMID:40587077	研究论文	通过转录组学和单细胞测序技术，筛选出与非梗阻性无精子症相关的自噬相关生物标志物	首次结合差异表达分析、WGCNA和机器学习算法，鉴定出四个自噬相关基因作为NOA的生物标志物，并通过单细胞水平分析揭示了这些基因的表达模式	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索自噬相关基因在非梗阻性无精子症中的作用及其作为诊断工具和治疗靶点的潜力	非梗阻性无精子症患者	生物信息学	男性不育症	转录组测序、单细胞测序、RT-qPCR	机器学习	基因表达数据	多个公共数据集（GSE9210和GSE145467）
194	2025-07-02	Isolation of mitochondrial mutation-specific T cell receptors 2025-Jun-30, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf139 PMID:40587813	研究论文	该研究成功分离出针对线粒体突变的特异性T细胞受体（TCRs），并验证了其在癌症免疫治疗中的潜在应用	首次报道了肿瘤线粒体DNA突变特异性TCRs的分离，并证明线粒体突变可作为新抗原来源	研究中存在一些生物学障碍需要克服，且样本量相对较小	探索线粒体DNA突变作为新抗原来源的可能性及其在癌症免疫治疗中的应用	肿瘤线粒体DNA突变及其衍生的新抗原	癌症免疫治疗	癌症	单细胞测序、表位预测算法	NA	基因组数据、肽段数据	38种肿瘤类型的3,798个非同义单核苷酸突变，10名HLA-A*0201纯合健康供体
195	2025-07-02	Multi-pronged analysis of pediatric low-grade glioma and ganglioglioma reveals a unique tumor microenvironment associated with BRAF alterations 2025-Jun-30, Brain pathology (Zurich, Switzerland) DOI:10.1111/bpa.70023 PMID:40588233	研究论文	通过单细胞RNA测序、空间转录组学和细胞因子分析，研究儿童低级别胶质瘤和神经节胶质瘤的肿瘤微环境及其与BRAF突变的关系	首次利用多组学方法揭示儿童低级别胶质瘤和神经节胶质瘤的肿瘤微环境异质性，并发现KIAA1549-BRAF肿瘤比BRAF V600E肿瘤更具免疫原性	需要进一步研究免疫细胞浸润和肿瘤-免疫相互作用的机制	探索儿童低级别胶质瘤和神经节胶质瘤的肿瘤微环境特征及其对免疫治疗的影响	儿童低级别胶质瘤（pLGG）中的毛细胞星形细胞瘤（PA）和神经节胶质瘤（GG）	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、细胞因子分析	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、细胞因子数据	未明确说明样本数量，但包括PA和GG两种肿瘤类型
196	2025-07-02	LaGrACE: estimating gene program dysregulation with latent regulatory network 2025-Jun-30, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-025-00115-3 PMID:40588571	研究论文	介绍了一种名为LaGrACE的新方法，用于结合组学数据和临床信息估计基因程序的失调	提出LaGrACE方法，能够结合组学数据和临床信息估计基因程序的失调，并在单细胞分辨率下有效识别药物反应信号	未明确提及具体局限性	估计基因程序的失调，以增强对疾病亚群潜在分子机制的发现	基因表达程序及其调控网络	生物信息学	乳腺癌、慢性阻塞性肺疾病(COPD)	RNA-seq	LaGrACE	组学数据、临床数据	合成数据、bulk RNA-seq临床数据集（乳腺癌、COPD）、单细胞RNA-seq药物扰动数据集
197	2025-07-02	Exploration of shared diagnostic genes and mechanisms between crohn's disease and ischemic stroke by integrated comprehensive bioinformatics analysis and machine learning 2025-Jun-30, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10145-9 PMID:40588645	研究论文	通过综合生物信息学分析和机器学习方法，探索克罗恩病和缺血性中风之间的共享诊断基因和机制	首次使用综合生物信息学和机器学习方法识别克罗恩病和缺血性中风的共享诊断基因，并揭示TLR介导的炎症反应在两者共病中的关键作用	研究结果需要进一步的实验验证，样本来源和数量可能限制结论的普适性	探索克罗恩病和缺血性中风共病的共享机制和诊断标志物	克罗恩病和缺血性中风患者的基因表达数据	生物信息学	克罗恩病和缺血性中风	WGCNA、机器学习算法、单细胞RNA测序、CIBERSORT、Mendelian随机化、分子对接	机器学习	基因表达数据	NA
198	2025-07-02	FemXpress: Systematic Analysis of X Chromosome Inactivation Heterogeneity in Female Single-Cell RNA-Seq Samples 2025-Jun-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504754 PMID:40583143	research paper	介绍了一种名为FemXpress的计算工具，用于在女性单细胞RNA测序数据中基于X染色体失活（XCI）的起源对细胞进行分类	FemXpress无需父母基因组信息即可稳健地对单细胞样本中的XCI起源进行分类，并能识别逃逸XCI的基因	NA	开发一种计算工具，用于分析女性单细胞RNA测序数据中的X染色体失活异质性	女性单细胞RNA测序数据，特别是X染色体失活的异质性	computational biology	NA	scRNA-Seq	NA	RNA sequencing data	多个组织的食蟹猴单细胞RNA测序数据，以及胚胎和结肠肿瘤的scRNA-Seq数据集
199	2025-07-02	Immune mechanisms and signatures in lethal and non-lethal sepsis revealed by single-cell transcriptomics 2025-Jun-28, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf140 PMID:40580488	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了致命和非致命败血症中的免疫机制和特征	利用单细胞RNA测序技术，发现了败血症中单核细胞亚群Mono2的动态变化及其与疾病严重程度的相关性，并验证了多个基因标记在患者诊断中的潜在应用	研究基于小鼠模型，虽然验证了患者数据，但临床转化仍需进一步研究	探索败血症的免疫机制和分子特征，以改善诊断和治疗策略	小鼠模型中的外周血单个核细胞及公开的患者数据	单细胞转录组学	败血症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型及公开的患者数据
200	2025-07-02	Single-cell transcriptomics reveals Sox6 positive interneurons enriched in the prefrontal cortex of female mice vulnerable to chronic social stress 2025-Jun-28, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03088-9 PMID:40581656	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术揭示了雌性小鼠前额叶皮层中Sox6阳性中间神经元在慢性社交压力易感性中的重要作用	首次发现Sox6中间神经元在雌性小鼠慢性社交压力易感性中的富集现象及其与抑郁样行为的关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究女性抑郁症的细胞和分子机制	雌性小鼠前额叶皮层的细胞类型	神经科学	抑郁症	单核RNA测序(snRNA-Seq)，加权基因共表达网络分析(WGCNA)	慢性社交挫败压力(CSDS)小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，使用雌性小鼠前额叶皮层细胞